3TUU | Genus

Total Genus 114

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	114
sequence length	307
structure length	306
Chain Sequence	SVDDIKSLRLITAIKTPYLPDGRFDLEAYDALVNMQIVDGAEGVIVGGTTGEGQLMSWDEHIMLIGHTVNCFGGSIKVIGNTGSNSTREAIHATEQGFAVGMHAALHINPYYGKTSLEGLVSHFESVLPMGPTVIYNVPSRTGQDIPPGVIHTVAQSANLAGVECVGNDRIKQYTDNRIVVWSGNDDQCHDAKWDYGATGVISVTSNLIPGLMRQLLFKGKNPSLNAKIMPLVNWLFEEPNPIGLNTALAQLGVVRPVFRLPYVPLPLAKRVEFVNIVKEIGRENFVGEKDVKVLDDDDFILVGRY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	dihydrodipicolinate synthase
publication title	Crystal, Solution and In silico Structural Studies of Dihydrodipicolinate Synthase from the Common Grapevine. pubmed doi rcsb
source organism	Vitis vinifera
total genus	114
structure length	306
sequence length	307
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature	ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date	2011-09-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3tuuA00

1SO3A 2O7SA 1I2RA 4O0ZA 3W75A 1SO4A 1C8VA 1H61A 1L6WA 4O19A 4NNBA 5EPDA 1IGSA 4JTTA 3N9SA 3UPWA 1D3HA 3ABSA 1QPNA 2X30A 1K02A 3PR2A 3LRLA 1DOSA 2V5BA 5D03A 3L21A 1JQXA 3CHVA 3IVSA 2TMDA 2DJLA 3NYZA 3GDKA 3TDFA 3TH6A 1SZGA 1UUOA 1B57A 1MXSA 1H1ZA 3UWZA 4IQLA 1WBHA 2QUVA 3EXTA 3R8RA 1O5KA 3UYCA 1RD5A 5LHEA 5L6UA 4AVFA 1H7PA 3C2VA 3PVFA 4UMBA 5DBUA 3SFKA 2ZZ1A 2FLIA 3SECA 4W9TA 3EXSA 1G4PA 4K6AA 1TPUA 3HIJA 3QSTA 2QCFA 3PUEA 1KFCA 1A5AA 5CZ0A 2Y70A 4X3ZA 3IV3A 1GWJA 1TV5A 4NJHA 3GDLA 2NX1A 2NXHA 3FJ6A 1FWWA 3CWOX 1G69A 2DP3A 5MHBA 2ZA3A 4FNUA 3FLUA 5LGXA 5I3GA 4NNCA 3GDTA 2XN1A 2WSYA 3LXCA 3EX3A 1QAPA 4JTJA 1YDNA 3MYOA 2B4GA 2GVGA 3H54A 5DY3A 3P84A 5HINA 3CEPA 3PWAA 1O95A 3W7PA 2FJKA 2VEKA 4HNTA 3HG4A 3W87A 1XFBA 4JIQA 1ZAJA 4U28A 2J88A 3HG2A 3A23A 2GUUA 3M5ZA 3DFNA 2C13A 2Y7FA 4BK9A 3LHVA 4PA8A 4Y90A 1BWLA 1LOQA 1GOXA 1LZOA 3PG8A 2ZZ6A 4MYXA 4KWWA 3P62A 4WJEA 3RMJA 3R89A 4KKXA 4IOTA 3TJXA 2YGYA 3C3NA 1N55A 4NX5A 2H3BA 3GDMA 3UXAA 2TPSA 2C19A 4HSOA 3ABQA 5F4WA 1W56A 3NEVA 3P7YA 4Z0JA 1X6UA 3W1MA 3GDRA 4PODA 2JKAA 3NNTA 2HS8A 3W7HA 4L4LA 4JY9A 1KTCA 2CLEA 1P4CA 5H91A 2B7OA 1SO5A 4ZQNA 2OX1A 4DBDA 4JIPA 1R2RA 3QSRA 2BTMA 1VRDA 3LX9A 4S2CA 4Z0SA 1HO1A 4B5NA 2Q8ZA 4MFEA 3IVUA 4IPIA 1GPWA 4O14A 2DORA 1TPEA 3MHGA 4GJ1A 3DFTA 4MJMA 5CPLA 3BLFA 4MZ8A 3BW3A 2Y62A 3EX1A 3TU9A 4L4MA 3S1VA 3W6YA 5K9XA 3UWYA 3W7EA 1JULA 1HUVA 5AHNA 5C2XA 1YXCA 3O05A 5AYYA 3CB8A 4P2VA 2FB3A 2KZHA 4CQ8A 2OT0A 3HB9A 4XTIA 2RFGA 3WJYA 3STEA 3B06A 3NL2A 1XBVA 3SR7A 1NFBA 2E6DA 1H7XA 2J9ZA 4GUIA 3W2UA 3O8AA 4LS1A 3U2OA 3TJLA 2ZCGA 1GTHA 4JYFA 4A29A 5HWNA 3UY7A 3OA3A 5LNWA 2A0NA 3P8IA 3CIWA 4NQ1A 1XBXA 1QPRA 1AL7A 2GVLA 3BG9A 3O16A 3PY2A 3TAKA 3EWWA 4UUIA 4TMCA 3O6YX 2V81A 3W07A 4DQWA 1KM4A 3N2XA 2V2DA 1IXPA 1H7WA 2JKPA 1YPFA 5CSRA 1JJKA 2D73A 3TC7A 1WOBA 3PB0A 2QUTA 1VYSX 4A21A 4XBSA 2BSLA 2I1OA 3JRKA 3L9CA 4XWUA 3DBPA 3VE9A 1ME7A 2X2GA 3P8JA 3RLUA 4PL2A 3B04A 3MW7A 4O17A 5FEZA 2VEMA 1FCVA 1VZWA 1KBIA 3TIMA 1DORA 4PTNA 1VCVA 3W72A 3HG3A 4FO4A 5AFDA 2CU0A 3BO9A 3SY5A 5FEPA 2V8ZA 3IIPA 4IMFA 1AMKA 3LI0A 3LHWA 3TQVA 4WX2A 2DZPA 1TPFA 4RXGA 1ICPA 2BWGA 1VH7A 3GR8A 4A2RA 4UFHA 1K8ZA 4LW7A 3CIXA 2Y7DA 3EX4A 2NXGA 3EWYA 2ZZ5A 4GRSA 2VFDA 3KOFA 1DL3A 2R94A 3N14A 4MUZA 4N6EA 2CLIA 1S5VA 4UFLA 1JUKA 3T40A 4FHAA 2QAFA 1YTKA 4NX0A 3LXAA 1M6JA 5AHMA 3WJXA 3MUXA 2QCDA 3WJSA 3IIOA 3LCFA 4LU0A 1ZALA 1K8YA 1KV8A 1Y0EA 3TQ0A 3HG5A 5EKYA 1OYAA 3I7RA 3NQDA 1NF0A 3NXFA 5LNUA 3RLVA 2W6RA 3IGSA 5AHEA 2QCMA 3PULA 5LHFA 1F7BA 4QSHA 1SZEA 3NQ7A 4GUHA 4O50A 4RKAA 4DEFA 3L65A 6ALDA 1GG0A 3HQ1A 3DU0A 3FKKA 2A5HA 3LTPA 4JTEA 4MFDA 1PL9A 3ZWTA 1JCJA 2JGQA 5FF2A 3W7RA 1TB3A 3W2LA 3NQEA 2ZTKA 4UTTC 2PC4A 3W2KA 5LNSA 2HSAA 2DZXA 5FEXA 3DI1A 4N6FA 1SZFA 3G24A 1W5QA 1N7KA 4LOCA 3P60A 1XDMA 4O1DA 4N9CA 2YFNA 3GVGA 3E02A 5CZSA 3W1PA 4NJJA 4K36A 3BG5A 5LZLA 3PBUA 4FNTA 5DBTA 3BV4A 1RVGA 2QR6A 1NEYA 3LHUA 3NDOA 4NVTA 2CLMA 5AYZA 3LTYA 1S5TA 5G2WA 3NPVA 3NQ6A 2BXVA 3E96A 3M41A 5F2LA 3W85A 5E93A 2P1FA 4OHQA 1OFBA 1XBYA 4DBEA 3JS3A 4X2RA 4AWSA 1XDLA 3W70A 1JRBA 1MEHA 1PCKA 3G1XA 3LTSA 3A21A 2E09A 4N2YA 1G4SA 4OBTA 2ZBTA 3NA8A 2V0TA 3DFOA 1LROA 1YPIA 2I9EA 3B0UX 3PB2A 4DELA 2ZRXA 1BEUA 4HKPA 4NJGA 3UD6A 4HPXA 1YDVA 3I68A 2ZYFA 3A24A 3M0ZA 4UTMA 1VS1A 1JVNA 3IVTA 3PBVA 3WK2A 2V5LA 4XKYA 2QAPA 3AO0A 4NXKA 3VNDA 4LC6A 3P81A 5IBXA 3G1FA 3KRSA 1GEQA 3M5YA 2CLOA 3NQCA 4NZJA 2GVJA 1CI1A 3LHZA 1FWNA 1PS9A 2G95A 2VKZG 1IXNA 1GYNA 3KFTA 5CSSA 3LHTA 4UNKA 2NUWA 2H8ZA 3HGRA 2H3DA 4K7VA 4FX6M 4O1AA 1YTEA 1MSSA 3M5XA 3CC1A 3T4CA 1KA9F 1K7FA 4O1BA 3WJZA 4O18A 2WSRA 5DELA 3N19B 2ZTJA 3INPA 3QRHA 4CCDA 2RHGA 1K8XA 4DXVA 5D30A 3E0IA 5AC6A 1OVDA 4EF8A 3TR2A 4DPPA 3PBYA 2DU2A 1VLWA 2QKFA 1LRNA 3H53A 4Z1DA 4O10A 4Q32A 1C29A 2WOQA 2WSQA 3PC0A 1OF6A 3TAOA 3NQVA 3QYQA 4LRTA 3LCWA 3CPRA 2X1TA 5I3HA 3UZJA 4IMGA 5HJLA 3O06A 1RV8A 2DZSA 4RV8A 2YCEA 1Q6OA 1NAL1 1TTJA 4HPJA 4O57A 1ZY9A 3KAOA 1OF8A 2VC6A 1QO5A 3DENA 2ABAA 4TR9A 5F1UA 3G0XA 1UB3A 4KFNA 3W73A 1TPH1 1FDZA 2YR1A 5EA9A 1LBFA 4H6KA 5BNKA 2E5CA 2DZTA 1RZMA 2NWRA 3NM3A 4HNUA 4AHQA 1T8XA 1GJPA 1YLVA 4DO4A 1EB3A 1QOQA 2RDTA 4LTSA 3TNOA 4UTUA 3FA5A 3FS2A 3HO8A 2FIQA 2FFCA 5D37A 3LCIA 3QJAA 2QCNA 2WQPA 4FB7A 3TSDA 1L6YA 1EP2A 4PCFA 4DPQA 3G0UA 3TA6A 4JX5A 4MY8A 1OFPA 1EA0A 3NM1A 3KXQA 3GAYA 5CPMA 2J24A 4R53A 3OHIA 3W7IA 4A3UA 1H7OA 5TIMA 4OV4A 4UFIA 2R14A 4HNVA 3L5AA 4I9AA 5CPNA 1ME8A 2YDAA 1K7EA 1TMHA 1TPVA 4IXXA 4JTSA 4OT7A 3NZRA 4MYAA 4MY9A 1PHWA 4IUOA 5HR7A 3HMJG 2CLKA 4IGHA 3HPZA 5AHLA 3M43A 1WYIA 1OFOA 3W1LA 3GIYA 4MIMA 1X1OA 3S5NA 5D2YA 3EEGA 3KHJA 4MPQA 1ML1A 3W7OA 3BPWA 3CU2A 3UWQA 3N9RA 5HUPA 3S5OA 1LOLA 1OX4A 1T99A 4IJBA 3RFAA 4FEZA 3G1HA 4BWLC 3DFPA 3HGJA 1WOAA 2WNZA 2VFFA 3P82A 3STGA 1LP6A 2NWSA 2Z1BA 1TQJA 4ZQCA 1W3NA 4DF0A 2CLLA 3W7QA 3MBFA 3S1WA 4UFMA 4DO6A 1W37A 4JDBA 4O15A 3ZWSA 4OV9A 3MP4A 1SSDA 1NVMA 4X22A 1XKYA 2J9XA 3G8EA 3M1ZA 1LRTA 4JTUA 5DN1A 2VXNA 4FNQA 3ELFA 2EGZA 4N9BA 3TKFA 5G4EA 3F4NA 3NQMA 1ONRA 4X9SA 2Z2UA 4ZQRA 1X7FA 3BK0A 1YYAA 2B7NA 3N2MA 2H6RA 1QMLA 3GLCA 1DQWA 4BI5A 4P61A 1V5XA 2ALDA 3PSVA 3W7CA 4ZVJA 1QOPA 5D2XA 3OVQA 1RQEA 2J9YA 3O63A 2AGKA 4Q33A 3OIXA 2ABBA 3R13A 5E1QA 3TK7A 4RK8A 3G18A 2VFIA 4YL2A 5HUOA 3W84A 1J4EA 1EPXA 5HWMA 2Z6IA 4CNNA 1NF7A 3LRMA 1TPC1 3DXIA 3GB6A 1QNVA 4CQ9A 5HQEA 1M7OA 3PS7A 1ZNNA 3W7JA 5HULA 4ZQPA 1O4UA 4K39A 3B03A 1VYRA 4CNOA 1SW0A 2OJPA 2VFHA 1AW1A 2R8WA 3SGZA 1LORA 2FB2A 3BW4A 1PVNA 1R2TA 4IX0A 1FWTA 4PH6A 4ML9A 2YPIA 4O0KA 1OABA 4QJ1A 3ATZA 1Q6RA 2CZEA 4M5PA 2A6LA 4FF7A 3LDVA 2DJXA 3C0JA 4BFAA 1G4EA 1DQXA 1JCMP 4UIOA 1Z42A 4BI6A 1J5TA 4O52A 4D2JA 1V7YA 4LV9A 3Q58A 3GYEA 5F1VA 4YCPA 5E0KA 3W7MA 1ZAIA 1SFLA 1LBMA 3EWXA 2PCQA 2C14A 3B8DA 4TX9A 1I2QA 5AHIA 5AB3A 3IGUA 2B7PA 5GVJA 3A9IA 2CWNA 5C5YA 3TW7A 4YXGA 2OMAA 3S9YA 4JN6A 3L66A 4HNNA 1QPQA 2G5WA 4RZ5A 5F2MA 1TTQA 4AHOA 2V2HA 4Y9AA 2EHHA 1L2UA 3FFSA 3S1UA 1W8SA 1WX0A 3M47A 4O4WA 4RR4A 2WO5A 3H55A 3LM7A 3P5ZA 5F4SA 1GZGA 2ZRZA 4JTFA 5H2ZA 4BR1A 1I4NA 1X8FA 2WV8A 2A6NA 4KFPA 5AC7A 3GX9A 2EAWA 3HJZA 2ZFAA 4RZ4A 2ISVA 1VCFA 3G0SA 1LRQA 1UUMA 1QWGA 1IIGA 3MWAA 1Z41A 4ICNA 1OX6A 3E9AA 1SO6A 3ATYA 3LLFA 4YLWA 4N4PA 3EWZA 4UTWC 3MI3A 4H3DA 5D2TA 3TCEA 1TJRA 4POCA 3A5VA 1JUEA 1AK5A 1SQ7A 2A85A 4Z1BA 1YXDA 2RDWA 1A50A 3L0NA 1TRDA 5DY2A 2FPVA 4JICA 4S1FA 5FF0A 4ADTA 1JCYA 1W54A 1LTDA 1LCOA 3NQFA 3UWUA 4JNMA 4LWWA 1AG1O 2C18A 5DXYA 4LS0A 4I7WA 4PC8A 3C56A 3T7VA 3SZ8A 2W79A 1LDCA 3KVJA 2ZDRA 3L0KA 2P0OA 1HFBA 3DFQA 2Y7EA 5FF3A 1EUAA 5D2WA 1KM3A 1H63A 3NQ8A 5G1TA 3TUUA 1WXJA 3NL6A 3TW6A 1P0KA 4RZ6A 2CW6A 3HGSA 3GNNA 3NVTA 2DZUA 2TYSA 2EKCA 1GG1A 2CZ5A 2C1HA 2OT1A 4ZQMA 3MHUA 3TC6A 4QQ3A 4HT3A 1SZNA 2PRMA 3PM6A 4HN4A 3EWUA 4JTLA 3YPIA 2FDSA 5KITA 2CLFA 4M6VA 3ZR4A 1DHPA 4E2BA 2YW4A 1B4EA 7TIMA 2WPBA 3T44A 3N73A 2V2CA 5FF4A 2NUYA 1FWRA 5HMSA 1SU5A 2BZNA 5LNVA 4UMCA 1BTMA 1TREA 4Z08A 1KBJA 1WV2A 1G4TA 3THAA 3BGGA 3LCXA 3W22A 2YYUA 3O1NA 5BRBA 3BG3A 5K2ZA 3CQ0A 1EWEA 1KM6A 2C3ZA 1HL2A 4O12A 5AN7A 2NX3A 3LCHA 3RF9A 4XQ6A 1OFEA 4WQ6A 5K9CA 1TPDA 5KZDA 4AF0A 4GWEA 4WXZA 2TSYA 3VCRA 2IQTA 1DBTA 2A21A 2DZVA 1T96A 3LV6A 5EBUA 2VOMA 1WQ5A 3F1QA 1Q45A 4FX8A 2JGYA 1W0MA 3CTLA 1UBSA 4JX4A 4LVDA 5HR6A 1TTPA 4UTJA 1AL8A 4UC5A 4GE8A 4QIUA 3QQ1A 5BMWA 3TSMA 5G2HA 3S1XA 3MP5A 4JXCA 3OBKA 1W3IA 3W88A 4MLRA 1SPQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3TUUA

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