The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
92
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structure length |
92
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Chain Sequence |
PPDTVLEMGAFLHPCEGDIVCRSINTKIPYFNAPIYLENKTQVGKVDEILGPLNEVFFTIKCGDGVQATSFKEGDKFYIAADKLLPIERFLP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Isomerase/protein binding
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| molecule keywords |
H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4
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| publication title |
Reconstitution and structural analysis of the yeast box H/ACA RNA-guided pseudouridine synthase
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| total genus |
17
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| structure length |
92
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| sequence length |
92
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-10-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Probable tRNA pseudouridine synthase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3UAI C; 2V3M A; 2HVY B; 2EQN A; 3MQK C; 3U28 C; 2EY4 C; 2RFK C; #chains in the Genus database with same CATH topology 1MCV A; 4B71 A; 2V3M A; 1H8D H; 7GCH F; 3VEQ B; 2VWL A; 1FV9 A; 2ZG0 H; 1WV7 H; 1TAB E; 1DM4 B; 3HK6 B; 5E0H A; 1XVM A; 1Y3W A; 1DUA A; 1DUE A; 4CRA A; 5KED A; 1UTJ A; 3AK5 A; 2OP9 A; 3M5O A; 3FVF B; 3DSG A; 2TGP Z; 4DCD A; 1F2S E; 1BRC E; 1VIT F; 1CU1 A; 4I8H A; 2WPM S; 4YOJ A; 2CF8 H; 2ZGC A; 5JB9 S; 2GZ9 A; 1P2Q A; 3PMH B; 1GJC B; 1AUT C; 1S83 A; 4IW4 E; 3QDZ B; 1N6Y A; 2RDL A; 3ZZ7 A; 1YM0 A; 1ANC A; 1Z8J B; 3ATM A; 3QK1 A; 1NBM D; 2A5K A; 3FN8 A; 3A89 A; 2W7S A; 1LQE A; 2GD4 B; 3A82 A; 5ESB A; 2GV7 A; 3BTF E; 2GT8 A; 1BUI A; 2GGV B; 2UWO A; 2ZU2 A; 1AIX H; 3F9G A; 1Z7K A; 3MO6 A; 5A09 A; 2KCO A; 1DY8 A; 1O3D A; 1LVM A; 1MQ5 A; 1GHB F; 1QQU A; 1G36 A; 4JK5 A; 1BTZ A; 1HLT H; 1A46 H; 3MO9 A; 3A86 A; 3F68 H; 1G30 B; 3KEE A; 2H1U A; 3SU4 A; 5T6D A; 3T29 A; 4UFE H; 2F3C E; 3ZVC A; 1GDN A; 1Y3U A; 2BYA X; 3LGW A; 2FZZ A; 2XTT B; 5DP7 A; 3PO1 B; 5L30 H; 3A7T A; 4ISN A; 1NRS H; 3GDV A; 3RXK A; 3UOP A; 3HKJ B; 3RUO A; 1TGS Z; 2VIW A; 4FUC A; 1V2J T; 4AFS A; 1BA8 B; 1AD8 H; 1MZD A; 4CH2 B; 3U1J B; 3ELA H; 1Y8T A; 2ZQ2 A; 2ODP A; 3UAI C; 2Y80 A; 5F03 A; 3ZVB A; 2CV3 A; 3ZVE A; 3VG8 A; 3SNC A; 2TGA A; 1FY8 E; 1XUF A; 2BXT H; 2UUF B; 4JZE H; 3VGC C; 1LVO A; 1DY9 A; 1QA7 A; 4OGY A; 3D23 A; 2KAI A; 3A7W A; 2ZGJ A; 3VXF H; 1BMF D; 3O8D A; 2TGD A; 2FLB H; 1TGC A; 2FOB A; 3E90 B; 3L3T A; 3PLK A; 3DD2 H; 3QGN B; 3V7T A; 1F0U A; 1VGC C; 2GCT B; 4MDS A; 1ZOM A; 1GJ7 B; 4PRO A; 1VR1 H; 1TX7 A; 1YPK H; 3RXU A; 2NU1 E; 1HAV B; 1S81 A; 1ESA A; 3N7O A; 3MOC A; 3AAU A; 1WAY B; 3HGN A; 1Z6J H; 1RIW B; 3UOU A; 5HIZ A; 4FVB A; 1DWB H; 2J92 A; 3B9F H; 1D3P B; 2ZHD A; 3GY2 A; 3U8O H; 4EST E; 5DPA A; 3SU1 A; 1MCT A; 4YLU A; 2GT7 A; 1SPJ A; 5EW1 H; 3TNS A; 4FUF A; 1K0H A; 3MH5 A; 1MKW H; 5GPI B; 3LJJ A; 4B74 A; 4X8S H; 1P2J A; 4ZKN U; 1MZA A; 3I29 A; 3ATI A; 5T3H A; 5F8X A; 1FY1 A; 4NWL A; 3LON A; 3OTP A; 1F0T A; 2G51 A; 1YCP K; 2WIN I; 5GCH F; 3QWC H; 1ELT A; 2IN2 A; 3ATW A; 3KYF A; 2PP6 A; 3E0N B; 2KFW A; 3PWB A; 4NFF A; 5C0T A; 2JKH A; 4CRC A; 4XBB A; 3VPK A; 4D9R A; 1F0S A; 5GWZ A; 1JOU B; 1IQK A; 3Q3K A; 1NS3 A; 1Z8R A; 3OAA D; 3QZR A; 3Q3X A; 4MPU A; 3SJO A; 3KCG H; 1RTL A; 1THP B; 2JDI D; 3SUG A; 5EGM A; 4AX9 H; 2ZFQ H; 1GJ8 B; 2PHB A; 3F6U H; 3GCO A; 3LC3 A; 1TNI A; 3HPT B; 2ZU3 A; 4VGC C; 1OWJ A; 4YM9 A; 1QUR H; 1P03 A; 3TVJ B; 1CT4 E; 1O2Z A; 1K1P A; 2ZEB A; 3P8F A; 2Q6D A; 3UR6 A; 1CGI E; 5FX6 A; 1HNE E; 1O5E H; 3D62 A; 2W7U A; 5AFY H; 3QZQ A; 1PYT D; 1QB9 A; 4MPV A; 1V2U T; 2CK3 D; 1PJP A; 1X7A C; 2HLC A; 4H6T A; 4B6E A; 1EPT B; 1YC0 A; 3RC5 A; 2SGQ E; 2B9L A; 2P8O B; 1G3D A; 1N8O C; 1C9T A; 1PPG E; 1WUN H; 3P95 A; 1G37 A; 3A7X A; 3FOA A; 2HWL B; 1TMU H; 2QY0 B; 1LTO A; 1QRZ A; 1MTV A; 2WV4 A; 3OX7 U; 1QRW A; 2XRC A; 3SQE E; 2WV9 A; 4K1T A; 2SGP E; 4K3J A; 3OTJ E; 1C4Y 2; 1V2S T; 1C4V 2; 2QF5 A; 2C8Z B; 3DUX H; 1AB9 C; 1O2H A; 3GCH B; 3TH2 H; 3ZVA A; 1D6R A; 4HZH A; 3FP6 E; 2ZGH A; 1K1I A; 5FL7 D; 1A0J A; 1NBM E; 1TOC B; 1EB2 A; 1WXR A; 2ZCL P; 1EP5 A; 2ZGX H; 3ITI A; 2ANM H; 4R0I A; 1K22 H; 1KYN A; 4K8Y A; 4D7G A; 1OP2 A; 1J9C H; 3N7D A; 3GY6 A; 2H2Z A; 2WPL S; 1DT2 A; 5J4S A; 3ENS B; 4DY7 B; 1Y5U T; 4GUX A; 1O5G H; 2ALP A; 1ANE A; 2EY4 C; 2A32 A; 2GJG A; 1CBW C; 1T8O A; 3RDZ A; 4DVA U; 3M35 A; 4TWY A; 2VIV A; 1F5R A; 3A8D A; 4B76 A; 2B5T B; 3SNE A; 1UK3 A; 3BG4 C; 4IGD A; 2BY8 X; 5J4Q A; 4FUD A; 3RU4 D; 1NRO H; 4UFD H; 3SN8 A; 1GL1 A; 2AEI H; 1PQ5 A; 3GOV B; 1EAX A; 2ZFR H; 3AW1 A; 2J38 A; 3O8C A; 4D8N A; 3K2U A; 2W3I A; 1D3T B; 1XXF A; 2Y7Z A; 4Q80 A; 3AW0 A; 2W26 A; 4Y8Y A; 1FY3 A; 3NZI A; 2IJO B; 1B0E A; 4MNW A; 4CRG A; 2WUC A; 1V2P T; 2H5C A; 4NIW A; 4ZUH A; 3RLW H; 5C2Z A; 1ETT H; 4X8V H; 3ATK A; 1KDQ B; 1QNJ A; 1C5W B; 4CRD A; 2ZHQ H; 1SGP E; 1XXD A; 4AFU A; 5EIY A; 2OQ5 A; 1AO5 A; 4U30 A; 2CHA B; 3WWB A; 1O5D H; 4ZKO U; 1C5O H; 1SFQ B; 1KTS B; 1TA6 A; 1Z8I B; 2BZ6 H; 4GHQ A; 1P3E A; 3MU5 A; 4DGJ A; 3STJ A; 1QB6 A; 4BAH B; 1EXF A; 1FI8 A; 3I77 A; 5FBE A; 2ZDK A; 6EST A; 1E34 B; 1OSS A; 1P2K A; 3S7K B; 1Y3Y A; 3KYG A; 4DJZ B; 3GY3 A; 3MFJ A; 1GI8 B; 4B2A A; 4I8J A; 5A8Y A; 5KEC A; 1ZHP A; 1YPG H; 1UVP A; 2CMY A; 1QBV H; 4HGC A; 1XUH A; 2F9P A; 5AFZ H; 4NSY A; 1IQN A; 1S6L A; 1OHH D; 5K7R A; 3V12 A; 1FQ3 A; 4WVP E; 1J15 A; 2EC9 H; 3S9C A; 4FUG A; 1CHG A; 2XWB I; 2Q6G A; 4YTA A; 4O3T A; 4AZ2 B; 2F9V A; 8GCH G; 2NWN A; 1O2S A; 3K65 B; 4ISO A; 2Z94 A; 4ACA A; 4WF8 A; 3SQH E; 3PO1 C; 3C1K A; 2B8O H; 4X6P A; 2QXH A; 4Q7X A; 3SGA E; 4IC6 A; 2LNC A; 1DS2 E; 1FY4 A; 2V3H H; 2W6J D; 2BDG A; 3GDS A; 1BHX B; 4JYT A; 2FWW A; 4GSO A; 2JJ1 D; 2HNT E; 3QN7 A; 1BT7 A; 2VGC B; 4LZ1 H; 2FOA A; 3PV4 A; 1FUJ A; 2GVF A; 3RU4 T; 1UVU H; 1EZU C; 2OQU A; 2VH0 A; 3BTQ E; 1GVK B; 5T6G A; 1EAS A; 1MKW K; 2HAL A; 3E91 A; 3RXA A; 2Z3D A; 2SFA A; 2JH0 D; 2IPQ X; 4AG2 A; 3RMO H; 2SGE E; 1P9U A; 3M3S A; 1O2R A; 4Q2K A; 4AGK A; 4XOJ A; 1FY5 A; 1ZJK A; 1A4W H; 3U69 H; 2ZFF H; 3TU7 H; 2BX3 A; 3ATL A; 3PRB A; 1JRT A; 2O8U A; 3UTU H; 4K2Y A; 3K9X B; 3D49 H; 4O9V A; 4X0W U; 4Y71 A; 3I78 A; 2XC5 A; 4GPG A; 5CHB A; 5ETX A; 4KP0 A; 1K1M A; 2XWA A; 1P02 A; 4O3U A; 3M37 A; 3UWI A; 1RIW C; 1ZSL A; 2BVR H; 4JZF H; 2ZHW H; 1BHX F; 1GI5 A; 3LT3 A; 1BRB E; 3SJI A; 3KF2 A; 2PUX B; 1HAI H; 1E79 D; 3M5M A; 3SU3 A; 4ACB A; 3RXE A; 6GCH G; 1F7Z A; 5FXL A; 3KID U; 3UR9 A; 2NU0 E; 3TK9 A; 1ID5 H; 1C2L A; 1NU9 A; 3A8A A; 2FI3 E; 3IIT A; 4JMY A; 2AIP A; 4F48 B; 2SGD E; 7EST E; 1H4W A; 1MD8 A; 2ZZU H; 2LEL A; 2FMJ A; 2I6S A; 1TNJ A; 1TLD A; 1WQV H; 2H9E H; 2EST E; 1ZGI A; 2QF0 A; 3PMB B; 1UTL M; 4Y0Z E; 1GHZ A; 3A81 A; 1NY2 2; 4OS2 A; 2HVX A; 4YES B; 1LPG B; 3E16 B; 5A2M H; 1PPE E; 2GX4 A; 3SV9 A; 4I8L A; 2GMT B; 3F2H A; 2G4U A; 1UHB A; 3RM2 H; 1OWE A; 1P2I A; 1K1L A; 5E8E H; 3QX5 H; 3TGJ E; 1O2W A; 2GV6 A; 1UTM A; 1ZZZ A; 1F92 A; 2ZPS A; 3A8C A; 4TYD A; 3RU4 E; 3KN2 A; 3A83 A; 1NFX A; 3CS7 A; 3NK8 A; 1QL9 A; 1G2L A; 1MKX H; 3F2F A; 5EXN A; 1IQM A; 1H1B A; 1DVA H; 1XUG A; 4NG9 H; 1AVW A; 5FX5 A; 4GAW A; 8LPR A; 2ZDM A; 1EPT C; 1OKX A; 1RD3 B; 1ELE E; 1K1N A; 4HTC H; 1O5C B; 2EEK A; 1K1O A; 2P8O C; 1GVZ A; 1ACB E; 5DGJ A; 1ELD E; 3H5C B; 4FUH A; 2VBC A; 4JZ1 A; 1P57 B; 3OY5 U; 4NGA H; 5EPN A; 1O2M A; 1GJA B; 3KQE A; 1TPS A; 3P8N A; 3WW7 A; 1J8A A; 1O3P B; 1AN1 E; 3A80 A; 1KSN A; 1W0J D; 1FMG A; 4B73 A; 3GCH C; 4BAM B; 2VVU A; 1SQT A; 2A7H A; 3AAS A; 2Z3E A; 3ZZC A; 2BD5 A; 1CT0 E; 3A88 A; 1WTH D; 1GHA F; 4FUJ A; 4KTU A; 4VGC B; 2Y5F A; 3F2G A; 1P2N A; 2WPD D; 4FU9 A; 3LOX A; 3RXC A; 5EG4 A; 1B0F A; 4BXW A; 4R8T B; 1SL3 A; 4AN7 A; 1EZX C; 1O2Y A; 3M7U A; 4Q4L A; 2FP7 B; 3W95 A; 1FPH H; 2HPP H; 3MHW U; 2F9B H; 3DCL A; 1W12 U; 3ZZ9 A; 2GZ7 A; 4XD7 D; 3OYP A; 1C1P A; 4ZKS U; 2FI5 E; 4NWK A; 2BDB A; 2ZC9 H; 2AGI X; 3SOR A; 5AF9 H; 2O8W A; 3RMN H; 2BY6 X; 3W94 A; 2PKA B; 1ZPZ A; 4A7I B; 2VWO A; 1GDQ A; 1HJ8 A; 1AB9 B; 2OBO A; 1GBE A; 1C5M D; 3JZ1 B; 4A1X A; 1HBT H; 5C5N A; 2ZFT A; 8GCH F; 1PPB H; 3SNB A; 2RG3 A; 5A0C A; 3KGP A; 2A31 A; 2ODY B; 2I6Q A; 2ANY A; 2JH6 D; 3P8G A; 1O39 A; 3URC A; 1LPZ B; 3F9E A; 1FIW A; 1OYQ A; 5JBA S; 5DP8 A; 2FOH A; 1WYK A; 1O3F A; 2YMS B; 1C5Z B; 2CHA C; 4XSK U; 4BTT B; 2QE7 D; 2J2U A; 2PTC E; 1F0R A; 2ZKS A; 3ZZ5 A; 5T1V A; 4MPX A; 5JPM H; 4CR5 A; 3M7T A; 2QA9 E; 4UFG H; 1TRY A; 2FOG A; 1S82 A; 4RT1 A; 4ZHM U; 2PGQ B; 4MPW A; 2ZF0 H; 1TGT A; 1UK4 A; 5H4I B; 2ZPR A; 3KL6 A; 4I8K A; 1MH0 A; 3S69 A; 1GBD A; 2QAA A; 3M5N A; 2F9O A; 1FAX A; 1O3C A; 1C2I A; 4SGB E; 1O5B B; 2BVS H; 1TOM H; 4P00 A; 3NXP A; 1P2O A; 5FCK A; 1WCZ A; 2OCV B; 1VCQ A; 2Z9J A; 1O2G H; 1P8V C; 1PQA A; 4X6O A; 3T2N A; 3FAO A; 4FUI A; 3E8L A; 1P12 E; 1GBL A; 1FZZ A; 3RXB A; 3PM3 A; 2R0K A; 1C1Q A; 2ZTZ A; 1B5G H; 4DOQ A; 1IQH A; 1UCY H; 1UTK A; 1CGJ E; 3M3T A; 2JET B; 1VCW A; 4CRE A; 1AWF H; 1GMD G; 2KR7 A; 4ZKR U; 6GCH F; 1YWU A; 1A2C H; 2VGC C; 1MD7 A; 4Y8Z A; 3S9A A; 3AAV A; 1GL0 E; 3EAJ A; 1NU7 B; 1C2E A; 1YLN A; 5G4B A; 1QB1 A; 4X6N A; 2G4T A; 1W3C A; 4BAQ B; 3UQO A; 2RA0 A; 4GVU A; 2RDE A; 1INC A; 1E1R D; 2XBY A; 4RSP A; 2DUC A; 2A5A A; 1MU6 B; 1EUF A; 1C1V H; 3QGJ A; 1AGJ A; 1W0K D; 3CS0 A; 1PPZ A; 3ZYE A; 5BPE A; 3ZVF A; 1AVX A; 1GG6 B; 1S0R A; 1DIC A; 4UD9 H; 3ZV8 A; 4ABF A; 2VWM A; 1ELF A; 5F8T A; 1S84 A; 3W1E A; 1P9S A; 1VZQ H; 1TNK A; 2ZTX A; 5BRR E; 4A1V A; 2BY7 X; 1AI8 H; 4AOR A; 1P05 A; 1TMT H; 2JJ2 D; 1W7G H; 1K1J A; 1O2J A; 2GCH F; 3MNX A; 4YOI A; 5HKK D; 1ETS H; 2UUJ B; 1LHC H; 2PUQ H; 1KXC A; 4ISI H; 1H8E D; 1O2I A; 3BTH E; 2IOT A; 3RXO A; 5C17 A; 1KMH B; 2YMS D; 4B1T A; 1C1O A; 1A0L A; 3PLP A; 1IQE A; 1A7S A; 4CBN A; 2ZU4 A; 4XBD A; 2UWP A; 1G32 B; 4JYU H; 4HI3 A; 1O32 A; 3E6P H; 1PPF E; 2C8Y B; 3LC5 A; 3OFN D; 1MKX K; 3U1I B; 3GIC B; 1ZTL A; 1RTK A; 3GY8 A; 1AWH B; 4D76 A; 3LDX H; 2BD8 A; 2KM0 A; 3L33 A; 5L2Y H; 1QGF A; 1BMM H; 3GYL B; 4KTS A; 2HNT F; 5FBI A; 5LPR A; 1CQQ A; 2BZA A; 1MQ6 A; 1GMH G; 2VWN A; 1OWI A; 1O5F H; 1MAY A; 1JBU H; 1QTF A; 2GMT C; 2Z6B D; 1ELV A; 2YNA A; 1W0Y H; 1P3C A; 2PGB B; 4Z0K A; 1G3E A; 1HAH H; 1SLX B; 1LMW B; 2AS9 A; 3LGI A; 2BMG B; 2V6N A; 4A5T S; 3MH4 A; 2WPI S; 3T25 A; 4IMZ A; 1O3E A; 1SOZ A; 2PWX A; 4HG6 A; 1VKY A; 3DFL A; 1DWC H; 1E1Q D; 5FCR A; 1C1M A; 1QBN A; 3SZN A; 2LPR A; 1O2P A; 3RXD A; 4Y10 E; 3SHC H; 3DHK H; 4INK A; 5CHA B; 1GHV H; 4UEH H; 3SJ8 A; 5F53 A; 1B7X B; 1TIO A; 2C8W B; 1O2X A; 3LPR A; 4X8U H; 1DXW A; 3M3V A; 1QRX A; 1YPJ H; 3LKW A; 3FAN A; 1MBM A; 1HGT H; 2J4I A; 1QIX B; 4FUE A; 3TH3 H; 5HGG A; 4AFZ A; 4Y6D A; 1O3N A; 1N6X A; 3F0O A; 2FPZ A; 2UWL A; 3MH7 A; 1YLD A; 2OC7 A; 2R2M B; 2XBV A; 4I33 A; 1AUJ A; 4ABH A; 2A0Q B; 2ALV A; 5DP6 A; 2R2W U; 3RM0 H; 2CJI A; 5B6L A; 3ZV9 A; 1FXY A; 2WPJ S; 1NFW A; 1HRT H; 1SG8 B; 3HKI B; 4RN6 A; 5C1U A; 2TRM A; 4BTU B; 2EI8 A; 4KTC A; 2ILN A; 4FU8 A; 4X2W A; 1Q3X A; 1YCP M; 4MNX A; 3SUF A; 2WSS D; 5EJL A; 2BVX H; 4XRN A; 4XBC A; 4BXS A; 1ZMN A; 3SV6 A; 4B2B A; 1FN8 A; 1A5G H; 2XC0 A; 2AH4 X; 2P94 A; 1E35 B; 4I8G A; 1GBI A; 2F43 B; 3G01 A; 1TWX B; 4NIV A; 2HLD D; 1O0D H; 5E0G A; 4JZI A; 2P3T B; 3TJU A; 1HIA B; 3KQ5 A; 1L4D A; 1C5Q A; 1YPL H; 2FX6 A; 2H9T H; 4AFQ A; 1MTN B; 1AKS A; 1L4Z A; 3KHV A; 2J9N A; 2VVV A; 1O30 A; 1LVB A; 2FI4 E; 3NPS A; 3SND A; 2C4F H; 3BTT E; 4WH6 A; 1GI2 A; 1TYN A; 3QTO H; 4J2Y B; 4FOU C; 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