3U3GA

Structure of lc11-rnase h1 isolated from compost by metagenomic approach: insight into the structural bases for unusual enzymatic properties of sto-rnase h1
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
140
structure length
140
Chain Sequence
MNKIIIYTDGGARGNPGPAGIGVVITDEKGNTLHESSAYIGETTNNVAEYEALIRALEDLQMFGDKLVDMEVEVRMDSELIVRQMQGVYKVKEPTLKEKFAKIAHIKMERVPNLVFVHIPREKNARADELVNEAIDKALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease H
publication title Activity, stability, and structure of metagenome-derived LC11-RNase H1, a homolog of Sulfolobus tokodaii RNase H1
pubmed doi rcsb
source organism Uncultured organism
total genus 46
structure length 140
sequence length 140
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2011-10-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3u3gA00
4LH5A 4WE1A 1NK0A 4I2QA 4HUEA 3AVFA 3HXMA 1S1WA 1SV5A 4ELTA 3AVHA 1UOCA 5I3UA 4DS4A 4DTXA 2ITGA 1O1WA 4AHCA 5E41A 3K59A 1VK0A 1WLJA 5KI6A 4KTZA 5D3GA 2F8SA 2JGUA 1BQMA 4Z4FA 4ZTJA 1J54A 1KVCA 1TKTA 1IO2A 1RT4A 2KW4A 3DLGA 3L8BA 2PY5A 4FLYA 4FLXA 1A5VA 1QSSA 2KZZA 5KGWA 3SQ2A 5HLFA 3K2PA 3MXJA 1XWLA 2IGIA 3AA3A 1CXUA 4H4MA 3HPHA 3O4QA 4OKJA 3AA4A 4CEOA 3L2QA 3EY1A 2FBVA 3OJUA 3SNNA 2ZE2A 1LWFA 2HHQA 1DTTA 1S1UA 4OJRA 4CF0A 1IKWA 5HRSA 1NJXA 4B9UA 4FLZA 2RN2A 4CEEA 1XI1A 1HQEA 1RILA 3K5LA 4O0IA 1BI4A 4KV8A 3LP2A 1BIZA 4E1MA 2XRIA 3L2VA 4JS5A 4KREA 4AH9A 2XY5A 1HJRA 1RT3A 3OYMA 3OYAA 3LAKA 3TR8A 1DTQA 4OGEA 2P1JA 4BDPA 2LSNA 3AO2A 3SUPA 4FJ8A 5SWMA 2P51A 4Q5VA 4FW1A 3AVNA 3KK1A 5I42A 2DFFA 4FJ7A 2E6LA 4PQUA 1LW2A 5KRSA 2PZSA 1TKDA 4KHYA 4YNQA 3D0PA 4CJ3A 4DTUA 3MXMA 1TVRA 4IG0A 4O55A 2DY4A 4EZ9A 5C42A 3LDSA 4CEZA 4C8LA 2X74A 3M8SA 4CFDA 4BACA 2HB5A 1U49A 3WNEA 1L5UA 4CJVA 4OPKA 4TSXA 3FFIA 4AHVA 3VQ8A 4M41A 2G8VA 4FJGA 2FBXA 3VQ5A 1WNSA 5FROA 4ICLA 3TAPA 1HPZA 1J5OA 3NFAA 3HO1A 2YKMA 1U45A 3RMBA 4FLTA 1HQUA 1QS4A 2G8UA 4PWDA 1RT1A 3KKSA 4OKKA 3I0SA 2OA8A 3KKRA 1GOAA 3DRSA 4YFUA 1QTMA 1KCFA 1WSHA 3QESA 4CK1A 4W5OA 1ZBFA 3C94A 3VQDA 4FLVA 3S3OA 1QSYA 3WNHA 1SL0A 3WNGA 4LH4A 1FKPA 3ZSYA 4HCCA 3VQAA 3M8PA 4GW6A 4CGDA 1RDAA 4RW8A 4KHQA 4DFMA 3QINA 4H8KA 4FCYA 4CJKA 4LD0A 3K58A 3K5OA 3LWLA 1EP4A 1TGOA 4E1NA 1MU2A 4CF2A 3TARA 4M3XA 3HT3A 3EYZA 3LALA 1C6VA 4B08A 2Y1IA 1NJYA 2VG7A 1X9SA 3JYTA 4CGJA 3G10A 4FM1A 4CJ4A 3QEVA 2HVHA 1HRHA 3NDKA 3CYMA 3G0ZA 4B8AB 2G8WA 3SZ2A 3AO4A 1NKBA 4LSLA 4ELVA 4F3OA 1S9GA 2I5JA 3MEEA 5DK5A 4BE0A 3SJJA 3IG1A 4CJ5A 2O4GA 1A5XA 2G8HA 3LZJA 4M42A 4FW2A 3OYJA 1JLCA 3OYBA 2A1RA 4CIFA 1YT3A 3AA5X 4EP4A 4HCBA 3QO9A 4FXDA 3V1QA 3V1OA 1VRTA 3PV8A 4KB0A 1NK6A 4KHWA 1B9DA 4DQQA 1LAWA 3OYHA 3OYLA 4FYDA 2G8KA 1QHTA 3OYEA 2DFHA 5KGXA 5HRPA 3TWHA 1IG9A 3M8RA 3WNFA 3TAGA 3AO3A 2HNZA 1C0TA 4MQ3A 4Q0BA 1RDBA 4DQPA 1WSFA 1GOBA 5JS2A 3CFOA 4ID5A 4CJRA 2YNFA 4K8ZA 4CJWA 5KRTA 4CEAA 4FLWA 1EX4A 1LWEA 4BE1A 3CFRA 3ZSRA 1U48A 3U3YA 4B9NA 2HHSA 3HP9A 4B9MA 3PO5A 4MFBA 4FJNA 2R7YA 4BWJA 1ZBHA 4QCLA 4FJXA 3NGIA 3SUOA 1RDCA 2A1SA 4LY7A 3OYFA 2OZSA 1LWCA 4CHZA 4ZTFA 1Z25A 2IC3A 3NGZA 3RMCA 3MEGA 4FJMA 1JLGA 4NYNA 4W5TA 1NKEA 1FKOA 4CESA 3V9ZA 4M45A 1ASVA 3KLGA 1UA0A 4DLGA 1HMVA 4F8RA 1HYZA 4OVLA 4Z4EA 3VQ7A 2P5OA 4IG3A 3KK3A 3VQPA 4KFBA 4AHSA 4KB1A 2IDOA 4EZ6A 3VQEA 3THVA 2YNHA 4DSJA 1C0MA 2EHGA 3NGYA 3DI6A 5HRRA 4CJFA 1ZBUA 4PUOA 1VSKA 1KFSA 4QAGA 3O3FA 3V4IA 1IH7A 1IKXA 4B9LA 3K5NA 2VWKA 4CK3A 3DMJA 3KLEA 2WOMA 3AVAA 3NAEA 3QETA 1KFDA 1ZYQA 1N5YA 3HSTB 2D5RA 4NCBA 4M3UA 3CM6A 3ZSOA 3ZT0A 4AHTA 3VA3A 1REVA 4DWIA 4FZXC 3HYFA 4J2DA 1B92A 3NHGA 2OPSA 4Z4CA 3QNOA 1RT2A 1C1BA 4DSFA 2G8IA 4CGFA 3HPOA 1JL2A 1HNVA 1Q8IA 4H4OA 3NF6A 4F3TA 3HP6A 4DS5A 1NJZA 1DLOA 1LAVA 4N47A 4DLEA 3V9WA 1VSEA 3T1AA 3L2WA 4CE9A 1A5WA 4FM2A 4CGHA 3QEXA 1HYVA 3CG7A 2KZMA 1VSMA 4KHSA 3QERA 4BWMA 4F2RA 3AVGA 4CJPA 3L3VA 1QQCA 2IOCA 2B4JA 3PX6A 1RTDA 4F4KA 1NOYA 1W9HA 3OS0A 4BDZA 1F21A 3QEIA 4DSEA 3F73A 4ELUA 1JLBA 2YHAA 4J2AA 2P5GA 1C1AA 1XHXA 2X78A 3DYAA 5KTQA 4CEFA 1S5JA 4CEBA 3T3FA 1ZBIA 1T03A 4N76A 3C6TA 2XY6A 3OYNA 2ETJA 4KAZA 5HRNA 2IS3A 2IAJA 4N5SA 3VQQA 3TABA 1SUQA 2XHBA 2HVIA 2YNGA 3L2RA 3AVBA 3SYZA 1NK5A 4DQSA 1KVAA 3DLHA 4E89A 3DRRA 3IRXA 1NK9A 3OYKA 4HUFA 3OYCA 3OYDA 3V1RA 4PA1A 4RW7A 2Z1IA 2OPRA 5C25A 4DMNA 3SCXA 1RT6A 3M8QA 3VQ4A 3SV4A 3OS1A 4NYFA 3KTQA 1JL1A 1S6QA 1RBSA 2WONA 3QLHA 5CYMA 4XIUA 1C1CA 3KD5E 4CF9A 2HHUA 3LANA 3LP1A 3DOLA 4CGGA 4M3WA 3TANA 3SQ0A 2BGGA 1IKVA 2QKBA 1WSJA 4BDYA 3AVJA 3TAFA 4DTMA 3HM9A 1BQNA 4CK2A 3LAMA 3ITHA 2B6AA 1L3UA 3LPUA 3KLHA 3TAEA 1RBUA 3LPTA 4Z0UA 4CIGA 1EKEA 4FK2A 4RW6A 2E6MA 4E7JA 3V9XA 3AVIA 3P1GA 2RF2A 3QEPA 2QK9A 2RPIA 3K57A 4RG8A 3PX0A 5T7BA 3S9HA 1D9DA 1CLQA 1I3AA 4DSIA 5JS1A 2E4LA 1RT7A 5FDLA 1RTHA 4B9SA 3IAYA 3ZSQA 1CXQA 1BHLA 3SUNA 4DTSA 1U04A 3PY8A 1FK9A 1LW0A 4O5BA 4CIEA 4OLBA 3KJVA 3MECA 1TL3A 4DFJA 2D0CA 3DLEA 3C6UA 4E19A 1SL1A 4LSNA 1KSPA 4B9VA 3NF8A 5J1EA 4DG1A 2OPQA 4FK0A 5HROA 4CJTA 4QOZB 5CZ1A 4K8XA 3ZT4A 3LP3A 2BE2A 3SPZA 3ASMA 4E7HA 2F96A 2Z1HA 1NK4A 3ZT2A 2PYLA 4L8RB 4KHUA 4NCGA 1X9WA 3JSMA 4CFAA 1BISA 2HHXA 3L3UA 3ALYA 5FRNA 3MAQA 1CZBA 1Y97A 4M3TA 3PO4A 3KLIA 1HYSA 4FJ9A 3SUQA 1NK7A 1T7PA 3NCIA 3NBPA 3OYGA 3H08A 3KLFA 4DSKA 1JLAA 3U6FA 1ZBLA 1RTJA 2ZQBA 2ZD1A 3NF7A 4E7KA 4FJJA 1SKRA 1S6PA 4DQRA 1RBRA 3QIPA 2XY7A 1J53A 2BDPA 4FK4A 1JXBA 1NK8A 3I0RA 2YNIA 3RWUA 2Z1JA 3S3MA 2W42A 1RNHA 1SL2A 4FVMA 4FM0A 4KI4A 3OY9A 4CF1A 2Z1GA 3RRGA 4Y1CA 4B8CA 2AJQA 4CJQA 1KRPA 1T8EA 4KHNA 4FJLA 3DOKA 4CJEA 4FZZA 5FRMA 3V9UA 3K5MA 3VA0A 1TK5A 1RBTA 1SKSA 4OLAA 3HVTA 4HVJA 2HNDA 3ZCMA 4HTUA 1NJWA 4B9TA 1TK0A 4CHQA 2O4IA 1FXXA 4M3YA 3ZT1A 2PYJA 1IKYA 4JLHA 1XC9A 3AVKA 4DTJA 2X6NA 4JRPA 3AVLA 3DLBA 2NUBA 4EP5A 1Q9XA 3BDPA 4CECA 4DTOA 3TAQA 4N56A 2JLEA 1ASUA 3O3GA 3LZIA 1VSJA 1Z26A 3S3NA 1S9EA 1NOZA 4CEQA 4M3RA 1LV5A 4CCHA 1CZ9A 4CJUA 1JKHA 3U3GA 4KTQA 3ZSZA 1X1PA 4G1QA 5J2MA 3LP0A 4GVMA 4OGCA 2HMIA 3HK2A 2BANA 3C95A 1BL3A 1U4BA 3SI6A 4ZHRA 4KTWA 2Y1JA 3NH1A 1BGXT 2HHTA 1RBVA 4DF4A 3P83D 2EX3A 5HP1A 3RMAA 1SKWA 1YTAA 2F8TA 3VN5A 3SQ4A 1KLMA 2VG5A 2YHBA 3UIQA 4KKOA 4O44A 4E7IA 1BCMA 1D9FA 4O4GA 1QE1A 2D0BA 3V81A 1B9FA 1C0UA 4ID1A 3L2UA 3HVRA 2RKIA 3NF9A 4KPYA 3ZT3A 2FBTA 1W0HA 2VG6A 3MEDA 4CHPA 2G8FA 2QKKA 4DSLA 2B5JA 1JLFA 2D0AA 4DTRA 4DFKA 1RT5A 3ISNC 1VSHA 4CF8A 4C8MA 4DU3A 2OZMA 3QEWA 3B6PA 1Q9YA 4F2SA 1ASWA 4W5NA 1VSIA 4JRQA 3HPGA 1UA1A 4FJKA 4IFVA 4C8KA 5SZTA 2GUIA 4I2PA 3OS2A 3RMDA 4JS4A 1J9AA 3CQ8A 1N6QA 2HHWA 4E0DA 1WN7A 3D45A 1QSLA 3ZSXA 1KTQA 4CGIA 4J2BA 2KTQA 5CZ2A 3P5JA 3AVCA 2HNYA 4FLUA 2GBZA 4IKFA 4C8OA 4AHRA 1TKXA 1G15A 1K6YA 3VQCA 3PUFA 3KD1E 2DTUA 1VSFA 1L3SA 4Z4IA 3TI0A 3DRPA 3KIOA 1EETA 3BGRA 4IDKA 3V6DA 4M3ZA 1TK8A 4OKEA 4J2EA 1ITGA 3AO1A 2FC0A 4Y1DA 1YVUA 3VQ9A 4CHYA 3QNNA 2OYQA 3SV3A 3VQBA 4FZYA 1UWBA 1VRUA 3LWMA 1KLNA 1U47A 4CEDA 4KI6A 1D5AA 1TKZA 3B6OA 1BCOA 1T05A 2HHVA 5J2PA 1RTIA 5HBMA 4B3OA 4W5QA 4AHUA 1JLEA 4RW9A 4I9LA 2YKNA 5K14A 1JXEA 3RTVA 4DTPA 3OJSA 4FJ5A 4RW4A 4NCAA 4DFPA 4PY5A 1VSDA 1RCHA 4DTNA 2DFEA 1WSEA 3RR7A 4IBNA 3RR8A 1S1TA 1UAXA 1WAFA 2X6SA 3E01A 1KVBA 4CHOA 1WSIA 3O3HA 4CERA 1BIUA 3CFPA 4E3SA 5J2QA 2KFNA 3V9SA 1BI4B 3DLKA 4CJSA 3NH2A 2KFZA 1YTUA 3OYIA 1JLQA 1WSGA 1NKCA 3ULDA 3HJFA 1I39A 1TV6A 2XO7A 3NE6A 1GOCA 1WAJA 3O4NA 3AO5A 4CHNA 2KQ2A 4E7LA 4Z4GA 1TL1A 3NH0A 4HHTA 3TAMA 4C8NA 2VWJA 3OVNA 3I8DA 1VSLA 1XHZA 4N41A 3DLRA 3A2FA 4BE2A 4GMJB 5EU7A 4DU4A 3SPYA 3EZ5A 4HUGA 1EXQA 3SQ1A 2Q3SA 3T19A 4R5PA 3KK2A 1S1XA 1TAQA 4CJLA 4AILC 5C24A 4FJIA 2YV0X 3PX4A 3VQ6A 4W5RA 2HW3A 2FBYA 5CYQA 4CFBA 2ATQA 5DMRA 4Z4HA 3DM2A 4I9QA 3RRHA 5CY4A 4CFCA 4IFYA 1L3TA 2XY8A 3ZSWA 1R0AA 4I7FA 5J2NA 3AA2A 4KRFA 3ZSVA 4OPJA 3CM5A 1D8YA 3AVMA 3IS9A 3AV9A 4KO0A 4UQGA 1HNIA 4DQIA 1TAUA 1S1VA 3F9KA 2OPPA 4DU1A 4DF8A 1X9MA 4O0JA 3MXIA 2GV9A 3HL8A 2QXFA 1RDDA 1L3VA 3QIOA 4FJHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DGKN 4OO1J 3AVFA 1SV5A 4DTXA 4AHCA 5E41A 1OVQA 5AQIA 1WLJA 4M7YA 4KTZA 4ILHA 1BQMA 3H6EA 4ZTJA 1ATRA 1J54A 1KVCA 2KW4A 4JI4K 2PY5A 3H3NO 4FLXA 3O9QA 4CBUA 2FSJA 5C25A 4H4MA 3HPHA 3O4QA 2FBVA 3CQXA 3GL1A 4CEEA 1XI1A 1NGEA 4O0IA 4RWTA 3EKSA 4E1MA 4JEPA 4AH9A 1VQON 3LAKA 1DTQA 3LDOA 4QS8A 3H1VX 4FJ8A 3SUPA 2OTJN 2P51A 5C10A 5KRSA 2PAVA 4YNQA 1TVRA 4O55A 2OCEA 4NB4A 1W7AA 3QBXA 2X74A 3M8SA 4BR0A 2HB5A 1U49A 3WNEA 4CJVA 4ILJA 5AQYA 2G8VA 4B1VA 1N33K 3RMBA 1HQUA 1QS4A 2UXDK 3KKRA 3DRSA 1KCFA 5AZIA 4FLVA 3S3OA 2QWQA 4B3SK 3M1FA 4IOXA 1RDAA 3CJ1A 2VQEK 4KHQA 2YHYA 4DFMA 1QZ6A 2O8CB 1YF5L 2J4RA 2E2OA 4CJKA 4LD0A 3K5OA 3LM9A 1MU2A 4M3XA 2Y1IA 4CGJA 2IVPA 4FM1A 4CJ4A 2HVHA 3NDKA 4ELVA 1RGIA 1A5XA 2G8HA 3OYJA 1TYQB 1YVNA 2E8AA 2A1RA 2UYTA 4HCBA 3QO9A 3O4WA 3CC7N 4GV9A 1LAWA 3OYHA 3OYLA 2G8KA 3SJHA 1IG9A 5HRPA 4LFCK 4MQ3A 3VEOA 2O8FA 4K8ZA 1GLCG 4BRHA 3EN9A 2Q31A 4CJWA 5KRTA 5AQFA 5GADP 1N36K 2NRVA 3CFRA 3EL2A 3O5BA 3U3YA 4B9NA 4BC2A 2HHSA 2E2NA 4WQ5A 3CPEA 2A1SA 5M1PA 4BVOA 3OYFA 3CD6N 1Z25A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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