3U57A

Structures of alkaloid biosynthetic glucosidases decode substrate specificity
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
502
structure length
471
Chain Sequence
NDATRISRSDFPADFIMGTGSSAYQIEGGARDGGRGPSIWDTFTHRRPDMIRGGTNGDVAVDSYHLYKEDVNILKNLGLDAYRFSISWSRVLPGGRLSGGVNKEGINYYNNLIDGLLANGIKPFVTLFHWDVPQALEDEYGGFLSPRIVDDFCEYAELCFWEFGDRVKHWMTLNQPWTFSVHGYATGLYAPGRGRSTGNPGTEPYWVTHHLLLAHAAAVELYKNKFQRGQEGQIGISHATQWMEPWDENSASDVEAAARALDFMLGWFMEPITSGDYPKSMKKFVGSRLPKFSPEQSKMLKGSYDFVGLNYYTASYVTNASNFSYNTDIHVTYETDRNGVPIGPQSGSDWLLIYPEGIRKILVYTKKTYNVPLIYVTENGVDDVKNTNLTLSEARKDSMRLKYLQDHIFNVRQAMNDGVNVKGYFAWSLLDNFEWGEGYGVRFGIIHIDYNDNFARYPKDSAVWLMNSFHK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Raucaffricine-O-beta-D-glucosidase
publication title Structures of alkaloid biosynthetic glucosidases decode substrate specificity.
pubmed doi rcsb
source organism Rauvolfia serpentina
total genus 180
structure length 471
sequence length 502
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.1.219: Vomilenine glucosyltransferase.
pdb deposition date 2011-10-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3u57A00
1QHOA 1UWUA 2W61A 4ATWA 1R7AA 2D3LA 4IM4A 4UOZA 1KWKA 1CLVA 1WNOA 1WDPA 1L8NA 2WC7A 3CZEA 5A8PA 2PWGA 3AHTA 1UWQA 1OIMA 1E71M 4B16A 4F79A 4HPGA 1RP9A 2QPSA 3ZJ8A 1H09A 3I3DA 2VX6A 4U5KA 4DWSD 1LG2A 1UD5A 3FXYA 1ZJAA 4OOZA 5D4YA 1F4AA 1MQRA 2DT0A 1MWOA 4S3JA 2WBGA 2PB1A 2WZIA 3BGAA 4JL1A 1E70M 3AXIA 1GVYA 1PZ3A 2XIIA 1E6PA 3VD9A 3WL1A 1CECA 2YA0A 1ZU8A 1E0VA 2CBUA 3WMBA 3VX1A 4MNLA 1CYGA 4PMOA 1HJVA 2VX5A 4Y7EA 2YL8A 3PZTA 1OGGA 1BG9A 4IUGA 1ODUA 1QNQA 4OBRA 1GJWA 3W25A 1BQCA 2A3BA 3ZMRA 4E4PA 2F2HA 1EHAA 3U7VA 2CYGA 1MFVA 1CBGA 3OB8A 3CH9A 3ZM8A 5CQ1A 1KCKA 4F66A 5ABEA 4IPNB 3K4AA 1EOKA 1WO2A 2W91A 4B3KA 2JALA 1CXKA 3LPPA 2WZHA 4X9YA 4NZCA 2YKKA 1HJSA 3N12A 1GW1A 2WWCA 1UWSA 3W27A 4PMQA 3UG3A 3AIUA 2ZUMA 4EANA 5AY7A 1HX0A 1OGBA 5F7UA 3AXHA 4TXEA 2VCCA 1DP0A 3ECQA 1GOQA 8A3HA 1JDCA 3POCA 4RE4A 4Z2LA 3W6LA 2J7DA 2BHUA 4J3TA 4QAWA 5ABGA 4EE9A 1A3HA 3T09A 3THCA 3UCQA 1HJQA 3RMEA 1XD1A 4YHEA 3FNDA 3SURA 5CSUA 5HDRA 4PTWA 2DDXA 2WSKA 4GI8A 3M07A 4UFMA 4AEEA 4M24A 4UFJA 5GNXA 2OWXA 3VPLA 4ACZA 5A8OA 2A3HA 1VEOA 4AY1A 1ZB5A 2JF6A 3GH4A 3VD7A 1XV8A 2XVGA 3SEPA 1Q6EA 4JAWA 3WF3A 2GVYA 1XSKA 5A2BA 1KGXA 1OBAA 5DMYA 4UQDA 1CDGA 4JKKA 3O9NA 4QCFA 2W92A 5AYBA 2BY3A 1LWJA 3J7HA 3U7BA 4GZEA 1E6NA 1PJ9A 3VGBA 1E4LA 2J7CA 4EK7A 2WMGA 3KE0A 4NI3A 2FDMA 4CD7A 2V38A 5A6BD 1L0PA 1V02A 3WDJA 1E55A 2GK1B 2FH6A 1FHDA 5E9AA 2Q8XA 3LPFA 4W89A 1C3FA 1CEOA 1ZBWA 3EDDA 3CO4A 3NSNA 1H1NA 4XX6A 1V3IA 4M81A 2VTFA 5E0FA 4B15A 5HNNA 2DT1A 3CHEA 2QMKA 4PTMA 3VMNA 4HA3A 4FK9A 3WNLA 2VJXA 2J7BA 3A4AA 5LA0A 4YPJA 3AYSA 2XGBA 4OBSA 1U30A 3W0KA 3MANA 2ZE0A 4KMQA 1DHKA 3AIRA 4MDPA 1VFFA 4B9YA 3W38A 2NT0A 3JUGA 3WQ6A 3AS3A 3PBGA 4GIAA 2Y8VA 1UZ4A 1V0NA 1E5NA 3VM5A 1CIUA 2ZOXA 2J77A 4UR9A 3DYOA 7CGTA 4WSKA 1TCMA 5I0DA 2EO7A 4GO8A 1EH9A 4FF5A 2BXZA 1M03A 2Z1KA 4JKMA 3ARYA 4H7VA 4CU7A 4EAMA 4F8XA 5FD0A 1BYBA 2XM1A 4LPCA 1W1PA 5GPRA 1TZ7A 1J12A 2VVSA 3LPGA 4HU0A 4V2XA 2ZIDA 1BGGA 3E1F1 2AAAA 3WFLA 4AW7A 4ZE4A 2D23A 4Q7NA 4W8AA 4KH2A 3BH4A 1OT2A 4TUFA 8CGTA 6A3HA 4ZE5A 3CHDA 5IHRA 3MKKA 3EMQA 1E1EA 2VOTA 3AIQA 1W1YA 2EPMX 1QNRA 2VZVA 1J0KA 1VIWA 1W9VA 1KXHA 2RGMA 4WKHA 3NSMA 1FA2A 3TONA 2PWHA 1V6WA 2G3MA 3B8SA 1GHRA 5M03A 1G01A 1UR0A 1XYZA 2WSPA 4BS0A 1CPUA 2UY3A 5M5DA 3TTOA 4WF7A 3VIKA 1RP8A 3CZJA 4PEEA 5ABHA 1OCQA 1M7XA 3ARTA 4AZGA 1V3JA 3ARUA 4LQ1A 1V6YA 4S3KA 1NOFA 2PWEA 2OWCA 3CMGA 1QI5A 3N15A 4AZBA 1K9TA 2NT1A 3WQ5A 3W82A 4AD0A 1JL8A 3OLGA 2YLLA 4J27A 3WBEA 1K9DA 2FHFA 2J7HA 1N82A 1XC6A 1UKOA 1KB3A 1ISWA 3GXIA 2CCRA 4PMXA 2J8FA 3AIVA 1Q6DA 1VFMA 1HF6A 1VRXA 1NH6A 1HL9A 4BA0A 1B9ZA 1KXQA 2VMFA 2VZTA 1W3HA 4AWEA 3VGFA 4KRUA 5I2UA 3N1AA 1W9BM 1UKPA 4ACZB 1J9YA 1HXJA 1LJYA 3VVGA 4Z2HA 1QOXA 4ZENA 3SIMA 4OJYA 1KR1A 1LQ0A 1UUQA 3SUUA 3WD4A 4QLJA 4QLKA 1CWYA 4JCMA 2WLZA 4U3AA 2D20A 3OIHA 4MDOA 4LYPA 3WNKA 5LA2A 2XWDA 1WE5A 1GNXA 1WKYA 4W7VA 3VDCA 2UY5A 4UQCA 5A94A 1K9EA 2CHNA 3DHUA 3SUTA 4HA1A 1C7SA 3S2CA 3VMPA 1W9DM 2ZUTA 3ZSTA 3FHQA 3CZ8A 2XFRA 3EMZA 3OGSA 3AZRA 2FGZA 1JYVA 2BY2A 3VU2A 3WDIA 3MV11 1V3LA 1EIBA 1SR0A 1CLXA 3KL3A 3L2LA 2ZWZA 3N13A 2ZX9A 2D0FA 2XG9A 1JF6A 2CBIA 1VJZA 2D2OA 1UH3A 2VRQA 3VMOA 1QW8A 3ZT6A 1E6RA 1DWAM 1GZJA 3ZT5A 1XYFA 2EXOA 3ARVA 1E73M 2GJRA 4UCFA 3VIHA 3UG5A 3MUAA 2VURA 4EKJA 3RPMA 1EA9C 1UR9A 1FP8A 1UR8A 4TVCA 2CPUA 1OIFA 1U2YA 5I79A 3L4TA 3QOMA 4HOZA 4DUVA 3K8KA 1D3CA 2UWFA 1C92A 1Q6FA 2D24A 3PZMA 1QPKA 1G0CA 3WSUA 1EDGA 1VF8A 5I3DA 5D8WA 4A4AA 5BYWA 2HISA 3WUGA 4DM1A 5AC4A 3TTSA 1JG9A 1J0YA 2C8NA 2BNJA 3FN9A 2WMFA 4JCLA 3VILA 2VRJA 1MXGA 1V02E 1JD7A 3W28A 3RDKA 4CD6A 2CHOA 4PMNA 3WDRA 2D1ZA 1LL6A 3EBVA 3WMSA 4TTGA 1WDSA 1H0GA 2ESCA 4FLOA 4W7WA 3WFZA 5EBAA 1H5VA 4UTFA 3K8LA 1BYCA 4MNJA 3VGGA 1H2JA 1HL8A 2E40A 3TP4A 3GXFA 1B3WA 2VQUA 3CTTA 1W32A 3L4YA 4MB1A 3AMCA 5D8ZA 2D0HA 1FP9A 2G41A 1B0IA 4D6IA 2VC9A 2WKGA 1HKJA 3AHZA 2VR4A 1HP5A 4W5ZA 5I78A 4M82A 4D71A 1PZ2A 2A3AA 2G3NA 2A3EA 2V3EA 1EXPA 4CKQA 2VR5A 4LYRA 4W8LA 3BLPX 1R85A 2J7EA 3F4VA 1VBRA 1CXIA 1S46A 2PBOA 1HKKA 1XCXA 1HP4A 5DFAA 4XZBA 3L4UA 4J7RA 2TAAA 2F8QA 3BMWA 2JEQA 3K1DA 2ZX8A 2XVKA 3UEQA 1BSIA 1M53A 1MQPA 1HKMA 3VO0A 1D7FA 1DWGM 1SFSA 3CLWA 1MW0A 2X0YA 5CJ5A 5E0CA 3ZOAA 1UYQA 1FOBA 1W9PA 2GJXA 1JZ8A 1E6ZA 3WF0A 5FL0A 3WQVA 3PZOA 2O9RA 5BRPA 1KR0A 1M04A 2X1IA 3IAPA 1UD2A 2PC8A 4D72A 2XSAA 1CGXA 4J3WA 4P7OA 4QLLA 3VNZA 4UNIA 3B9DA 2FHBA 3AROA 3U5YA 1WDRA 2XFYA 4D6FA 5ABFA 4ACYA 1V0KA 2WC3A 2W4XA 4AMCA 1V6XA 1WB0A 1KQYA 3D5HA 2QLYA 3ARPA 2J4GA 1LG1A 1BF2A 5A3HA 4KRTA 4UQAA 4BCEA 2WCGA 3UERA 3L4XA 5A8QA 2GJPA 2XHYA 2ZXDA 1B90A 4D1IA 1JYNA 1MFUA 1HIZA 5BCAA 3FHAA 5CG0A 2WMHA 2WMKA 4X0NA 1ZBVA 2EPLX 3CBWA 3MUY1 1WAWA 1UQYA 2XWEA 2OSXA 2ZX6A 2CEQA 3ZR6A 1SMDA 5A6AA 3CIVA 2YA1A 4R27A 4BQ2A 5IHSA 4PMDA 3WF1A 2VZUA 2YDSA 4XZWA 4K68A 4J3UA 3AYRA 3UR8A 2G3JA 5JBFA 1GQIA 4F9DA 1BGAA 2EQDA 4L4OA 2J62A 5I5RA 3BAJA 3GM8A 1Q6GA 9CGTA 3AS0A 1JGIA 4CCEA 3VDAA 3N18A 1ZS2A 2E8YA 4D6EA 3B9AA 1UZ1A 3AI0A 3PZ9A 3GXMA 1PEZA 2YOCA 2E0PA 1ECEA 2VL4A 3WY1A 4PTXA 1US3A 3OGVA 2J74A 2OSYA 2JE8A 1XH1A 1WZAA 1OT1A 1Z32X 5JUVA 2WPGA 1IZKA 5M17A 3ZQ9A 2J79A 3OGRA 5CXPA 4NSBA 4D1JA 2CXGA 3W6MA 4J3XA 1LWHA 2QPUA 4E8DA 4TVUA 1HJXA 4PMYA 2HVMA 4IISA 4HOXA 3CZLA 1GOIA 2Y8KA 2YLAA 1B3VA 3WD1A 3FW6A 3UR7A 2WBKA 4MTVA 3TTYA 3AZTA 3A4XA 3EDFA 1CXHA 1W3JA 1VEPA 3U5UA 1OINA 2F61A 2DIJA 3WF4A 1C91A 3WH7A 2VRKA 1HJUA 4UOQA 3RCNA 4DWSA 3T2PA 3CGTA 4GQRA 2BVYA 3PZQA 1W9UA 4AD2A 1QI0A 3OLEA 1BYAA 1HT6A 3BAXA 2CKRA 2J7FA 3GH7A 1E9LA 5TD4A 5LA1A 1A47A 1ZBCA 1JXKA 3WD2A 2AOSA 5DEZA 1TA3A 2WLYA 3WUFA 1FFQA 2BY0A 2BFGA 5BXPA 5CZKA 1BYDA 4P8WA 4W84A 3SCRA 4HZ7A 1CNVA 5ECUA 2YIHA 1FH8A 4AEFA 2EBNA 3TA9A 4TX8A 1WDQA 5DF0A 3ZJ6A 1XGZA 3NDZA 4OOUA 4E2OA 2WMIB 1W9XA 1P6WA 5CPTA 1B2YA 3VOCA 3GTNA 2WWDA 2XYLA 2X05A 4AD4A 3A47A 2YJQA 2WNWA 3PZNA 4P8VA 4TVDA 1CGVA 3WNMA 1KXVA 2V5CA 3VIFA 3SCUA 3SUWA 2GJXB 4UQEA 5BROA 4AXNA 3MUZ1 3CZGA 2QV4A 1RH9A 1RD6A 5HPCA 2BY1A 1E3ZA 2PWFA 4CN4A 1ODZA 4ZXOA 4IPLA 3DYPA 3VTRA 3QOKA 1NWRA 1JNEA 2WHKA 5A1AA 1V3KA 1KBBA 4HA4A 1E6XM 1M01A 3MUIA 4CD4A 5EFFA 1UH4A 4W5UA 1KQZA 5HBFA 2JIWA 4ZEPA 2IXUA 4D6JA 3EYPA 2WCAA 4GQQA 4MB5A 1UD3A 2CIPA 4MNMA 1QI3A 4AZCA 4C7FA 5AC5A 4J3VA 3CHCA 4JIEA 3IJ8A 2WXDM 2WB5A 5A6MA 2YBTA 3T0BA 1E0XA 3UG4A 1CENA 3AHVA 1ISVA 3ARSA 3PTMA 4PSRA 2E8ZA 2VX4A 3L4ZA 2YA2A 3MMWA 3NJ3A 5IXEA 1JZ6A 1E43A 3NUKA 1FH9A 2DPEA 1RPKA 2VVNA 3WEMA 1BLIA 1C8YA 1EO7A 4ATLA 3GZAA 5C71A 3QHOA 1F4HA 4RL3A 1CXFA 1HN1A 2XIBA 4R5EA 2Z1SA 2D22A 3QHMA 3BSGA 2ZICA 3AMLA 5AYIA 2XGIA 4HMEA 2DSWA 5GNYA 4GO9A 3L4VA 4JFWA 3IJ9A 4N0RA 3IAQA 1B31A 1DWJM 1GHSA 4W86A 2VNCA 5JBDA 1MQQA 1KCLA 3VIOA 2XM2A 1QBBA 2J47A 3S6TA 3WMCA 3NSXA 1TE1A 2DH3A 3EDJA 3A6OA 3RIKA 5I23A 3PZIA 2OWWA 3AISA 4MJ4A 3BAYA 1TMQA 1QI2A 2DSZA 4WKAA 2JEPA 3VIMA 4ZXLA 1V0MA 2WAGA 1NP0A 2WVVA 3NYDA 1DEDA 1JI2A 5E6YA 3ARXA 2UY4A 3DYMA 5HXMA 2DEPA 3BCDA 3DHPA 3GNPA 4ATDA 3WEOA 3FAWA 1BG4A 3WQ8A 1VENA 1DWHM 1E15A 5CPSA 1BHGA 1GOOA 4PMVA 4W85A 2V5DA 4Z2GA 2WHJA 1E4IA 5D9NA 3WIJA 3W26A 4MNKA 4PSPA 3VDHA 2E9LA 1TA3B 2FHCA 2WHLA 4M1RA 2QF8A 4AZ5A 5CGTA 3VUPA 3WDHA 5FOOA 4CCDA 1JFHA 2J7GA 2EJ1A 4LGXA 3VD3A 4Q22A 4AC1X 1NOUA 5DT5A 3NDYA 1HVXA 4P7LA 1JZ4A 4NRSA 3AIEA 3F5JA 5FIPA 3BLKA 3RJYA 3CPUA 4M29A 3W24A 3HJEA 3VGDA 4RE2A 3VIGA 1UA7A 3I3BA 4CUCA 3AJ7A 1UR2A 4C7DA 1NWUA 2J25A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QHO A;  1UWU A;  2W61 A;  4ATW A;  1R7A A;  2D3L A;  4IM4 A;  4UOZ A;  1KWK A;  1CLV A;  1WNO A;  1WDP A;  1L8N A;  2WC7 A;  3CZE A;  5A8P A;  2PWG A;  3AHT A;  1UWQ A;  1OIM A;  1E71 M;  4B16 A;  4F79 A;  4HPG A;  1RP9 A;  2QPS A;  3ZJ8 A;  1H09 A;  3I3D A;  2VX6 A;  4U5K A;  4DWS D;  1LG2 A;  1UD5 A;  3FXY A;  1ZJA A;  4OOZ A;  5D4Y A;  1F4A A;  1MQR A;  2DT0 A;  1MWO A;  4S3J A;  2WBG A;  2PB1 A;  2WZI A;  3BGA A;  4JL1 A;  1E70 M;  3AXI A;  1GVY A;  1PZ3 A;  2XII A;  1E6P A;  3VD9 A;  3WL1 A;  1CEC A;  2YA0 A;  1ZU8 A;  1E0V A;  2CBU A;  3WMB A;  3VX1 A;  4MNL A;  1CYG A;  4PMO A;  1HJV A;  2VX5 A;  4Y7E A;  2YL8 A;  3PZT A;  1OGG A;  1BG9 A;  4IUG A;  1ODU A;  1QNQ A;  4OBR A;  1GJW A;  3W25 A;  1BQC A;  2A3B A;  3ZMR A;  4E4P A;  2F2H A;  1EHA A;  3U7V A;  2CYG A;  1MFV A;  1CBG A;  3OB8 A;  3CH9 A;  3ZM8 A;  5CQ1 A;  1KCK A;  4F66 A;  5ABE A;  4IPN B;  3K4A A;  1EOK A;  1WO2 A;  2W91 A;  4B3K A;  2JAL A;  1CXK A;  3LPP A;  2WZH A;  4X9Y A;  4NZC A;  2YKK A;  1HJS A;  3N12 A;  1GW1 A;  2WWC A;  1UWS A;  3W27 A;  4PMQ A;  3UG3 A;  3AIU A;  2ZUM A;  4EAN A;  5AY7 A;  1HX0 A;  1OGB A;  5F7U A;  3AXH A;  4TXE A;  2VCC A;  1DP0 A;  3ECQ A;  1GOQ A;  8A3H A;  1JDC A;  3POC A;  4RE4 A;  4Z2L A;  3W6L A;  2J7D A;  2BHU A;  4J3T A;  4QAW A;  5ABG A;  4EE9 A;  1A3H A;  3T09 A;  3THC A;  3UCQ A;  1HJQ A;  3RME A;  1XD1 A;  4YHE A;  3FND A;  3SUR A;  5CSU A;  5HDR A;  4PTW A;  2DDX A;  2WSK A;  4GI8 A;  3M07 A;  4UFM A;  4AEE A;  4M24 A;  4UFJ A;  5GNX A;  2OWX A;  3VPL A;  4ACZ A;  5A8O A;  2A3H A;  1VEO A;  4AY1 A;  1ZB5 A;  2JF6 A;  3GH4 A;  3VD7 A;  1XV8 A;  2XVG A;  3SEP A;  1Q6E A;  4JAW A;  3WF3 A;  2GVY A;  1XSK A;  5A2B A;  1KGX A;  1OBA A;  5DMY A;  4UQD A;  1CDG A;  4JKK A;  3O9N A;  4QCF A;  2W92 A;  5AYB A;  2BY3 A;  1LWJ A;  3J7H A;  3U7B A;  4GZE A;  1E6N A;  1PJ9 A;  3VGB A;  1E4L A;  2J7C A;  4EK7 A;  2WMG A;  3KE0 A;  4NI3 A;  2FDM A;  4CD7 A;  2V38 A;  5A6B D;  1L0P A;  1V02 A;  3WDJ A;  1E55 A;  2GK1 B;  2FH6 A;  1FHD A;  5E9A A;  2Q8X A;  3LPF A;  4W89 A;  1C3F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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