3U6FA

Mouse trex1 d200n mutant
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
228
structure length
217
Chain Sequence
PHGHMQTLIFLDLEATGLPSSRPEVTELCLLAVHRRALENSQGHPPPVPRPPRVVDKLSLCIAPGKACSPGASEITGLSKAELEVQGRQRFDDNLAILLRAFLQRQPQPCCLVAHNGDRYDFPLLQTELARLSTPSPLDGTFCVDSIAALKALEQARKSYSLGSIYTRLYWQAPTDSHTAEGNVLTLLSICQWKPQALLQWVDEHARPFSTVKPMYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Three prime repair exonuclease 1
publication title Defects in DNA degradation revealed in crystal structures of TREX1 exonuclease mutations linked to autoimmune disease.
pubmed doi rcsb
source organism Mus musculus
total genus 69
structure length 217
sequence length 228
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2011-10-12
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3u6fA01
3RMCA 2FBYA 2B6AA 4FLVA 2RKIA 4DSFA 3WNHA 2XY6A 4RW6A 4M3WA 2DFEA 4ICLA 2X74A 3DYAA 1BL3A 4CFAA 1X9SA 4Y1DA 4CF9A 2FBVA 2ZD1A 1S1VA 3HVRA 4DTXA 1S9EA 4B9NA 4Z4EA 4CF0A 1VSLA 1Z25A 5CZ2A 1X9WA 2BANA 1QSYA 1EP4A 2RPIA 4FJ9A 1QSLA 3DM2A 4TSXA 4HUEA 1TV6A 4QAGA 4XIUA 2A1RA 1W9HA 4YNQA 3QIOA 4Q5VA 1XI1A 1RT7A 2GUIA 4DSJA 4DSKA 4B3OA 4OLAA 1WLJA 3LDSA 4BDYA 1RBSA 3P5JA 3E01A 1VSEA 2E6MA 3OYAA 5T7BA 4DF4A 1W0HA 4CFBA 4FK4A 2YV0X 3TAMA 4DQPA 4CEZA 1IKXA 5FRNA 1U47A 3VA0A 2B4JA 3T3FA 1YTAA 1VSFA 3TAQA 1R0AA 3AO2A 2PYLA 2P5OA 3V1RA 3LP2A 3M8QA 2XY7A 1JLEA 2G8HA 3ISNC 3NF8A 4OPJA 4CJTA 4AH9A 1RBUA 1SKRA 2IGIA 1Y97A 3AVHA 4CJKA 1UA1A 1A5WA 3A2FA 4CHQA 3MXIA 4M3UA 4DU1A 1A5XA 3EZ5A 4DQSA 1TL1A 4OVLA 2XHBA 3O4QA 3F73A 2G8FA 1JLBA 2HW3A 4O55A 4E1NA 1NJWA 2WOMA 1BQMA 4E19A 2G8IA 5CZ1A 1U49A 1VRUA 3LPUA 2D0AA 4AHUA 4CHOA 5HP1A 3AO5A 2F96A 2KFZA 1DLOA 2JGUA 1RBRA 1ZBUA 1L3SA 2G8WA 3G10A 3C6UA 4FVMA 4FK0A 4CEAA 3PX0A 3QETA 1NKEA 3M8PA 1J54A 3V9ZA 2B5JA 1JLQA 4CJ4A 5E41A 5KI6A 1S6PA 5KGWA 3M8RA 4Z4FA 3ZCMA 3L2RA 2E6LA 5J2QA 3MEDA 3TANA 1NK0A 4DFMA 4K8XA 5CY4A 3KK3A 4B9TA 4J2AA 5HBMA 2XY8A 1TVRA 4CGHA 3U3GA 2X6NA 4OKKA 2IDOA 3CFOA 4E7JA 1T03A 4NCBA 1VSDA 4GW6A 3TAPA 1QSSA 1FK9A 4KTQA 2Z1JA 1FKOA 3NDKA 1ZBIA 3ZSRA 4FYDA 1ASUA 2RF2A 1ASWA 5C42A 3VQEA 3HM9A 4IDKA 3OYMA 3QIPA 4AHTA 2JLEA 1KFDA 1LAWA 1REVA 4OKJA 4RG8A 2Z1HA 1WNSA 2EX3A 1TK5A 4CJUA 2XO7A 3TAGA 1TL3A 1S1XA 3G0ZA 4IFVA 3SI6A 3LAMA 3SV4A 4BDPA 1C0UA 1C6VA 4UQGA 1L3UA 1LW0A 1LWEA 1N5YA 4B9MA 1Q8IA 1HQUA 4CFCA 3RR7A 4CEDA 3AO1A 3QEVA 2QKBA 1GOCA 3K2PA 3L2QA 1JKHA 1RDDA 4CEOA 1L3VA 4ZTFA 3OYCA 3AVIA 3KJVA 2D0BA 5FRMA 2FC0A 3CM5A 1O1WA 2VG6A 2XRIA 2OYQA 2ETJA 4DTNA 1I39A 3NAEA 3VQDA 5DK5A 3LZIA 4E7HA 3OYBA 4HUGA 3JYTA 2XY5A 3DLHA 4KB1A 4Q0BA 1RTJA 3KK2A 4FLWA 1B9DA 1JLFA 4BACA 3TI0A 3L3UA 3K59A 3RWUA 1BIUA 1C1BA 1VSKA 4ELTA 4NCAA 4W5QA 4KHUA 4LH5A 4JRQA 3T1AA 3HL8A 1NK5A 1IKVA 5C25A 1RCHA 3QESA 1L3TA 1BISA 4AHRA 3S3NA 4J2DA 1B9FA 4GMJB 4H4OA 1CLQA 3AVCA 4B9UA 4NYFA 4C8NA 4ZTJA 3QEXA 4OLBA 1I3AA 1TKTA 1TGOA 4GVMA 4CK1A 4DFPA 3K5OA 4CHYA 3C95A 3EY1A 3O4NA 1TAQA 4FM0A 2Q3SA 4PUOA 1JXEA 4BE0A 4DS4A 4KPYA 3TAEA 4CJ3A 4FZZA 3VQ4A 2I5JA 1CZ9A 3KLFA 1DTQA 3QEWA 1WSIA 1HJRA 4I2QA 1NK4A 4DU3A 4KRFA 4E0DA 4PWDA 3SQ4A 2OZSA 4CIGA 2WONA 3AA2A 3DLRA 4O44A 4EP5A 3OY9A 4OKEA 4BE1A 4RW4A 4CEEA 4CK2A 3NF9A 3B6PA 4CJEA 3RTVA 4DTPA 5J1EA 3QEIA 1G15A 4DTJA 1S1WA 3ZT0A 4M42A 4J2EA 4OGEA 4CIFA 4DFKA 4KHYA 1ZBFA 1JL1A 3F9KA 1TK0A 2HHWA 3K58A 4CHNA 2G8UA 1JLCA 3VQ8A 3VQ9A 3IG1A 4CECA 4CF2A 1Q9YA 4ZHRA 3RMDA 2HHSA 3JSMA 3T19A 2GBZA 3RMBA 3DRSA 2Y1IA 4OJRA 4KTZA 1BI4B 1TKDA 4CGJA 3VQCA 4FLUA 4DQIA 3KKRA 3VQ5A 3M8SA 1NK8A 1D9FA 3SV3A 5FDLA 3LP3A 1RBTA 1N6QA 3OYHA 3DLKA 3V6DA 3V9WA 2F8TA 5I3UA 3AVGA 1KTQA 5HRNA 3VQQA 3QLHA 4CF1A 1Q9XA 3V9UA 3PY8A 1QQCA 1BQNA 4N76A 3NGIA 2P1JA 1RT6A 1NJZA 1RDAA 4M3XA 4CCHA 2Z1IA 1EETA 3OYIA 4KI4A 4FJHA 1BI4A 3I8DA 4CHZA 4DSIA 3SQ0A 1RNHA 4O0IA 3O3HA 3ZSVA 4EZ9A 1CXUA 1K6YA 2IS3A 4FZXC 2HNZA 3OS1A 4Z4GA 2A1SA 4CK3A 5KRTA 4YFUA 4FJ5A 4EZ6A 4I2PA 4R5PA 3TR8A 3SPYA 4Z4IA 1TKZA 1WSFA 3PX6A 2F8SA 4CIEA 4C8LA 3OYEA 3UIQA 1LW2A 4I7FA 1X1PA 2GV9A 3QNNA 1QS4A 4ID5A 5HROA 3KTQA 4ID1A 1S1UA 2E4LA 5HLFA 4FXDA 4LSNA 2ZQBA 1RDCA 3HT3A 3OJUA 3SYZA 4F3OA 4IFYA 3LPTA 1IO2A 2OPQA 2QKKA 2HVHA 4I9LA 4CGGA 4DS5A 4FM2A 3NH1A 3SJJA 1WSHA 1WSGA 2HHQA 1QHTA 4CERA 4KREA 2HHUA 4CFDA 3HPHA 1JLAA 1WN7A 3KKSA 3O3GA 4B9SA 1D9DA 3BDPA 2HHXA 4CJPA 4FLZA 2VG7A 3THVA 4LH4A 4DTSA 4FLYA 3FFIA 4AHSA 4HTUA 3KIOA 1GOBA 1ZYQA 4W5OA 1U4BA 1VSHA 4KB0A 2DFFA 4FLXA 1UWBA 3NF7A 4G1QA 3KLEA 1VSIA 4CJVA 1C1AA 2LSNA 4FW1A 3VQ7A 2OZMA 4FZYA 4BE2A 4Z4CA 3HPGA 2VWKA 3OVNA 3NCIA 4C8MA 4FJJA 1DTTA 2YNFA 4B8AB 4L8RB 3K5NA 1U48A 1KVBA 3DLGA 1HYZA 3MEGA 5KTQA 2KZMA 4CGIA 5KRSA 1UAXA 4O4GA 2VG5A 3PV8A 1IG9A 4CJWA 3ULDA 3VQ6A 1BCMA 3NF6A 3ALYA 5CYMA 3CFRA 1XHZA 3RR8A 1IKWA 3SUNA 1FKPA 4HVJA 3SNNA 1TK8A 4F2RA 1IKYA 3HYFA 3I0RA 2G8VA 2HMIA 3MEEA 4WE1A 4DTRA 3SPZA 3TABA 5I42A 3LWMA 1KCFA 3AVNA 4JRPA 3S3OA 4FK2A 2DFHA 3AO3A 3VQBA 3OYFA 3K57A 1LWFA 4NYNA 4CEQA 4CJRA 1NOZA 4DLGA 4DTUA 1KSPA 1YVUA 3PUFA 1NK6A 3L2VA 4F3TA 1SL2A 2DY4A 4F8RA 3L3VA 3ZT1A 3DMJA 3IS9A 4OPKA 4QOZB 4CE9A 4DF8A 4RW9A 3TARA 4FJXA 4HCCA 4FJLA 1U04A 3DOKA 3DOLA 4DMNA 3NFAA 3S3MA 5FROA 3DLBA 1B92A 3L2WA 1ASVA 2P51A 3D45A 3H08A 3AVBA 2HHVA 3K5LA 3TAFA 4ELVA 4M3RA 1RDBA 4H4MA 1WSJA 1S6QA 2OPSA 3ZSYA 2KW4A 5CYQA 1UOCA 1VRTA 4DQRA 2QK9A 1XHXA 2QXFA 1T8EA 2IOCA 2DTUA 2HNDA 1XWLA 3TWHA 4KHQA 1HYSA 3OS2A 2FBTA 3ZSQA 5J2PA 2EHGA 3L8BA 4PY5A 3ASMA 3V4IA 1NK7A 2VWJA 4FJ7A 3QINA 1HRHA 1C0TA 2YHBA 3RMAA 4RW8A 1JLGA 3P83D 3WNFA 4Z4HA 1SL1A 4HUFA 2Z1GA 3NH2A 1VSMA 2IC3A 2OPPA 4EP4A 1T05A 1HPZA 3MAQA 4B9VA 3DRRA 1EXQA 1JL2A 4B8CA 3OS0A 3QEPA 1CZBA 4C8KA 4CGDA 1KFSA 4KAZA 4DTOA 3HO1A 4M41A 3AVJA 1J5OA 1F21A 1NKBA 3RRGA 4M45A 1WAJA 3WNEA 4CJQA 3AVKA 2ITGA 2IAJA 4KFBA 1MU2A 4DTMA 3SUQA 3IAYA 3AO4A 4IKFA 4M3ZA 4DSLA 2YNIA 4CESA 3SUPA 2NUBA 3HK2A 1L5UA 3LZJA 4W5NA 1Z26A 1RT4A 5K14A 4W5TA 4JLHA 4O0JA 1KRPA 5JS2A 3V1QA 3SZ2A 1J53A 1RILA 4FJKA 4FCYA 4N5SA 1HNVA 3NH0A 2R7YA 1C1CA 3LP1A 2YNHA 1RTIA 1T7PA 4KI6A 1NJYA 2FBXA 3SQ2A 1A5VA 2AJQA 2D0CA 1NKCA 1TKXA 3LAKA 4N56A 3PX4A 1BCOA 3HP9A 4CJ5A 4DLEA 1UA0A 4BWMA 4DSEA 4FJGA 4Y1CA 3K5MA 4CJFA 3OYKA 3OYLA 1FXXA 1CXQA 4HHTA 3CM6A 2YKNA 2HVIA 2KFNA 3D0PA 4DU4A 4FJ8A 1TAUA 1NOYA 3VQPA 4E3SA 4M3TA 3HXMA 3NHGA 1RTHA 1X9MA 1KVCA 4F2SA 3DRPA 3ZT4A 3LP0A 1KVAA 3AVMA 2HB5A 3DLEA 3ZSZA 1QTMA 1HYVA 5KGXA 5D3GA 4OGCA 3EYZA 1SKSA 2HNYA 5J2MA 3DI6A 4KHSA 1LAVA 4AHVA 1ZBHA 4E7KA 3MXMA 4DG1A 2X6SA 4DQQA 4PA1A 4KKOA 4F4KA 2BGGA 3NGYA 3QO9A 4CGFA 4AILC 5EU7A 3ITHA 1WAFA 3NE6A 3I0SA 3U6FA 4C8OA 2O4IA 4PQUA 4W5RA 3V9SA 3SCXA 1RT2A 4E1MA 1S1TA 1QE1A 4E7IA 1LWCA 2D5RA 1S5JA 4CEFA 4N47A 1NJXA 3BGRA 4FM1A 3VN5A 3CYMA 4Z0UA 4HCBA 4I9QA 4JS4A 4ELUA 4FJIA 3U3YA 3LWLA 1U45A 1IH7A 1BIZA 1SKWA 1S9GA 3AA3A 3C94A 3ZT3A 3ZSXA 4CJSA 4J2BA 3QERA 3LALA 2OPRA 3B6OA 1WSEA 5DMRA 5SWMA 4QCLA 3O3FA 3C6TA 3V9XA 4KHWA 1BGXT 1J9AA 4FW2A 1LV5A 2PZSA 3S9HA 5C24A 4IG0A 4BDZA 5JS1A 4DWIA 4O5BA 1RT1A 4FLTA 4FJNA 5J2NA 1BHLA 1NK9A 1ITGA 4CJLA 3IRXA 5SZTA 1KLMA 2KQ2A 3MECA 2YNGA 2ZE2A 1SV5A 4BWJA 4B08A 3AV9A 1ZBLA 4CF8A 4LSLA 5HRSA 1D5AA 4FJMA 2YKMA 1RTDA 3NBPA 3AA5X 4KO0A 3HPOA 3VA3A 2KTQA 2YHAA 3KD5E 1XC9A 4LD0A 1SL0A 3MXJA 3OYJA 4N41A 1HQEA 1RT5A 4K8ZA 1GOAA 3LANA 4KTWA 3KLGA 1D8YA 3SQ1A 3KK1A 2P5GA 1EKEA 1EX4A 4CEBA 2G8KA 2X78A 4M3YA 3QNOA 2KZZA 2BDPA 2PYJA 1VSJA 4B9LA 4IG3A 3CQ8A 3V81A 2O4GA 2ATQA 3AA4A 2W42A 3P1GA 4KV8A 3OYGA 3WNGA 4E89A 4H8KA 4MQ3A 2Y1JA 1KLNA 3CFPA 3AVFA 5HRRA 4AHCA 2PY5A 4CHPA 3AVLA 3PO4A 2BE2A 4LY7A 4RW7A 3ZSWA 3OJSA 3L2UA 4JS5A 1VK0A 1RT3A 4DFJA 3HSTB 3VQAA 3KLHA 4E7LA 3RRHA 2RN2A 3SUOA 1HMVA 3OYNA 4IBNA 3PO5A 4KHNA 1YTUA 1C0MA 3HJFA 2HHTA 3KLIA 1HNIA 3NGZA 1JXBA 5HRPA 3CG7A 3AVAA 4NCGA 3ZT2A 1SUQA 3HVTA 3OYDA 2OA8A 3ZSOA 3HP6A 1RBVA 4MFBA 3V1OA 3KD1E 1YT3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FBYA 2X74A 3DYAA 3HM8A 3SLCA 4Y1DA 4CF9A 4BRPA 5C0YA 1S1VA 4YOUA 1X9WA 1Z25A 4TSXA 4CZLA 1HLUA 3QIOA 4Q5VA 1RT7A 4CZHA 4DSJA 5AQUA 2Q0RA 2VGMA 4B3OA 1WLJA 2GTDA 4MDBA 3LDSA 4BDYA 3CD6N 1RBSA 4FWKA 1HNXK 3E01A 2E6MA 3EEQA 4CVNE 4CFBA 1YXQA 4BVPA 4FK4A 3T1HK 1N36K 3VA0A 5LJWA 4NXMK 5KPTA 2P5OA 3V1RA 2XY7A 1YUWA 3ISNC 1SKRA 5BREA 1ATRA 4CHQA 3MXIA 4M3UA 3ZEUA 4DU1A 2QWNA 3P31A 5BN8A 4DV3K 4E1NA 4LF5K 2YJEA 1U49A 2D0AA 3AY9A 2F96A 4JD2B 2NRHA 1ZBUA 1W2BM 1NKEA 1JLQA 3VPZA 4CJ4A 2D1KA 2WTUA 1ZC6A 3ZCMA 4K8XA 2E6LA 4DFMA 4B9TA 2HF3A 4E7JA 1VSDA 4F9OA 2IVPA 3GL1A 3ZSRA 2HBKA 2RF2A 5C42A 3VQEA 4X65K 3MX5A 1KFDA 3CC2N 4PKIA 1WNSA 4CJUA 1VQKN 2XO7A 3HTVA 3SV4A 1L3UA 4UQGA 3GBTA 4MO5A 3OW2M 3QEVA 2QKBA 5AQOA 4IXCA 1JKHA 4CEOA 5EOYA 3OYCA 3KJVA 1KQSM 2VG6A 4QS9A 4DTNA 3NAEA 2D0PA 3VQDA 3OYBA 3CCMN 3JYTA 3DLHA 3THYB 1RTJA 4FLWA 4BACA 2YX6A 2ZGYA 2HBJA 5C25A 4FWSA 4LF7K 1QZ5A 5HOOA 1SZ2A 4GMJB 1K8KB 1CLQA 4B9UA 4ZTJA 3QEXA 1TKTA 4GVMA 3C95A 2VCPA 3PSFA 1TAQA 4DS4A 1YJ9N 3DXMB 1VQ9N 2QA4N 3RVCA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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