3U7VA

The structure of a putative beta-galactosidase from caulobacter crescentus cb15.
Total Genus 159
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
159
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
DAAMPQLVTKDGRHALMVDGAPFLMLAAQVNNSSAWPSQMAKVWPAIEKVGANTVQVPIAWEQIEPVEGQFDFSYLDLLLEQARERKVRLVLLWFGTWKNSSPSYAPEWVKLDDKRFPRLIKDDGERSYSMSPLAKSTLDADRKAFVALMTHLKAKDAAQKTVIMVQVENETGTYGSVRDFGPAAQKVFNGPAPATLVKAVGAKPGTWSQAFGKDADEFFHAWHIGRFVDQVAAGGKAVYPLPMYVNAALRDPIKPGDPKTYSAGGPTDNVIGVWQAAAPSIDLIAPDIYMKESVKYEAVLGHYARPNNALFVAETGNDPAYARYVFSTLGKQGIGWSPFGMDYTGYGNYPLGAAKVDEALIEVFAANYRLLAPMARELARLSFEGKVWGGAEPDDRAAQTTTMGDWTVSLRYGKWQFGASDWTWLKDRPPGPQGPEGGGLVAQLSPNEFLVTGRNVRVEFGRATADGKPMMMARVEEGHFENGQWVFDRLWNGDQTDYGLNFTGGSQILRVKLATY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-galactosidase
publication title The structure of a putative Beta-galactosidase from Caulobacter crescentus CB15.
rcsb
source organism Caulobacter crescentus
total genus 159
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature ec 3.2.1.23: Beta-galactosidase.
pdb deposition date 2011-10-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02449 Glyco_hydro_42 Beta-galactosidase
A PF18120 DUF5597 Domain of unknown function (DUF5597)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.20 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 putative beta-Galactosidase from caulobacter crescentus 3u7vA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3u7vA01
2YL8A 4GZIA 2WVVB 3OBAA 3TP4A 1JZ2A 5C70A 1M53A 1HKJA 1UR9A 4TUFA 3B8SA 4TTGA 1X6LA 4ZXOA 5BXPA 1OT2A 4H8VA 3N1AA 3ZSSA 1QI3A 1E6QM 3ARPA 1XHGA 2VX5A 1C8QA 2GK1B 3AZRA 5CXPA 2O9TA 4RE4A 4GO8A 1WDPA 3M6DA 3EYPA 3MUAA 4AZ5A 1KR0A 4EANA 1QNOA 4AD5A 1IZKA 3BSHA 3VIFA 3ZO9A 3ZJKA 3WFLA 3AS2A 3WEOA 2Z1SA 5AYBA 1MQPA 4AD2A 2ZUNA 1E4NA 1FH9A 4U3CA 4HA3A 2J8GA 1EQPA 1AQ0A 4MJ4A 4CN1A 1ISVA 1UKQA 2J8FA 4AZHA 1KWGA 1AVAA 1SMDA 3CZJA 1P6WA 2XYLA 4Z2GA 2XHYA 5I0DA 3VINA 3RO8A 7TAAA 1G0CA 1UWUA 3WDPP 2WXDM 4WLCA 5A8PA 2QF8A 1E0VA 3DHPA 3ZT5A 3VIMA 4D1JA 3PZNA 3NIYA 3W81A 4MAVA 1ZL1A 3E1F1 3OLIA 3GM8A 4D6DA 4AXNA 1CBGA 3CHCA 1ODUA 4MNJA 1E3ZA 4Z2LA 2WYSA 4QFUA 4R27A 3ZJ7A 3PZVA 4W88A 1KGXA 2VRKA 3CTTA 2IXUA 1V02A 1CDGA 2DGAA 3SCNA 1DHKA 1TA3A 3WQ4A 2A3HA 1E6XM 2GJXA 3W82A 2ZWYA 1XRVA 2CIPA 1DEDA 3CUFA 2EPNA 1TUXA 1ZB5A 4B3KA 1W32A 4PTXA 2ZX6A 1ESWA 1B9ZA 5D9OA 1JG9A 4PMOA 1O7AA 4MDOA 3ZQ9A 4IISA 4DM2A 1PAMA 5DO8A 2W62A 3BH4A 2BY3A 4JFUA 2WAGA 2UWFA 4CD7A 1GZJA 6TAAA 4DUVA 1C8YA 2FGZA 3NSMA 1E0XA 2VZSA 3ARTA 2ZE0A 4Z2HA 3WQ6A 2VI0A 2W5FA 4RE2A 3VGDA 3W24A 1HXJA 2J7EA 2YL6A 2Q8XA 4ATDA 4AD1A 4W87A 4DWSC 4UCFA 3AMLA 4UQCA 1N82A 3VNZA 1FH8A 3B9AA 1R7AA 2DT0A 4UFMA 4WSKA 3GH7A 3RMEA 5A6MA 4D6GA 1EIBA 1UKSA 1B2YA 1B0IA 3AYRA 3UERA 1HP4A 4DWSB 2O92A 4W8AA 1XSKA 3UCQA 4NZCA 4UQBA 4L4PA 2ZX8A 2YBTA 1W1PA 3SUSA 5IHSA 4GI6A 4GQQA 2BHUA 1MXDA 4WK9A 4LQ1A 4TX6A 4PTWA 1XGZA 4MB3A 3UR7A 1J0KA 1WDQA 1M03A 4GPNA 4JL2A 4E2OA 3CZEA 2YA2A 1J0ZA 3MKKA 1HIZA 4UQAA 2V5CA 3HJEA 3MMUA 2EPKX 2EEXA 4TVDA 2MANA 1J0YA 3HU7A 2E8YA 3N11A 4KH2A 5EFDA 3CMGA 3PZTA 2RGMA 2WHKA 4CU8A 1FFRA 3VILA 1Q4NX 1W1VA 3AMGA 4Q7NA 1XCXA 4H41A 4H04A 1FHLA 3PZMA 5JBDA 4XX6A 2DT3A 1GHSA 2FHBA 1E5JA 2YDRA 3MUY1 4YHGA 1CXFA 3L4VA 4M29A 4XUYA 1CECA 4CVWA 4TTUA 3AIBA 4F9DA 1W3JA 2XFYA 1WDSA 1BPLB 1Q6DA 4PBGA 1VAHA 1GORA 2DQXA 5CPSA 3AS0A 3KEHA 3SCOA 3UG4A 1I75A 3BMWA 2V3DA 3VIHA 3BLKA 1ZS2A 4OOUA 3F5KA 3GXFA 4D1IA 1J11A 3N17A 3WL1A 3NSXA 5KEZA 3VUPA 2DSVA 3VIKA 3SCRA 4CKQA 1IZJA 3GBDA 4TOQA 2XG9A 4BCEA 4OIFA 1MXGA 3WMBA 5BXRA 2G3NA 3GYCA 1GOIA 4D72A 4LGXA 3WY1A 3K8MA 1F4AA 4BQ3A 1C90A 2WSPA 2XWDA 1KWKA 1LQ0A 3SUTA 2QHAA 1UA7A 4PUDA 1UD8A 5BRQA 3GDBA 4PCSA 2D20A 1C93A 4X0NA 2O9RA 1GUVA 1WNOA 1KXTA 2O9PA 4B15A 4MB4A 2DIEA 3WN6A 4JZ5A 1V3IA 1O6IA 5E6YA 3CMJA 4MADA 3VGHA 2XVLA 2OSYA 4E8DA 2W91A 4W86A 1B3YA 3MU7A 1FH7A 4M24A 4X9YA 2W4XA 3KL0A 1XH1A 1BVZA 4F79A 4AEEA 3O6AA 1DWGM 1E4IA 1HN1A 1ZJBA 3M46A 1B3WA 1LJYA 2ZX5A 3ARRA 2BY2A 4U3AA 1V6YA 3EMQA 3WDRA 2OLHA 1PPIA 3AIEA 1KXHA 3SIMA 3D3AA 2EPMX 1B30A 1U30A 4PMUA 4KWUA 2W66A 1TVPA 1GQJA 3SUWA 4URIA 2VO5A 1TCMA 3MANA 5JIWA 2YDQA 1QW8A 3G6LA 5E6ZA 1US3A 1LWHA 2Z1KA 5LYRA 1V3JA 5DT5A 2G3IA 4W5UA 5A94A 2PWFA 4MPKA 3LPFA 2CHOA 3QHOA 3N18A 4D6EA 4AZ7A 4UZSA 3WH6A 5A6AA 2VRQA 1H49A 3N12A 4CVUA 1ZBCA 3W25A 3OIHA 2WC7A 5IFTA 3BC9A 4PEEA 1BGAA 4KGLA 1PIGA 5CQ1A 1JD7A 3GNPA 1JZ3A 2BVYA 2OSXA 4B9YA 1SMAA 5FL1A 4PRWA 2VZTA 2ZIDA 3EMCA 2PWGA 4AZBA 2Y2WA 4P8WA 1W2VA 1SYTA 3AMDA 3GH4A 3W28A 5FCZA 1JZ7A 1H5VA 3AS1A 2CNCA 4UFIA 2WLZA 5I5RA 2VRJA 1JIBA 1L8NA 1WDRA 4M8UA 3TTSA 1HKMA 3MMWA 3VO0A 2ZWZA 3L2MA 3PZQA 3UETA 1E43A 1W3LA 2OYKA 3BGAA 1GVYA 1X1NA 2WCGA 2W67A 3CUIA 4PTMA 3D5HA 2X05A 3A4WA 3QGVA 2XM1A 4JFVA 5I3DA 3OA5A 4CU7A 1V6UA 1QW9A 4L4OA 2YL9A 5CPTA 3RIKA 1EDTA 2BV9A 1JYVA 3U5UA 3CHDA 1PZ3A 1B3VA 4MNMA 1HJWA 2PB1A 1UR8A 4A3YA 3VD7A 1A47A 3L4ZA 1WO2A 4ZFMA 2HISA 2WK2A 3TA9A 3VNYA 2O9OA 4PCTA 5FOOA 3IK2A 1G01A 1ZBWA 4M81A 2PWEA 3CHFA 1MW3A 1B1YA 1EDQA 2OYLA 5A6JA 2WCSA 3ARWA 3PBGA 1K9FA 3W37A 2E9LA 4AMCA 1BVNP 2BXZA 1CLVA 2Y4SA 4PMYA 1V6VA 1PJ9A 3BCDA 3K8LA 1G5AA 1OT1A 4PMQA 5HDRA 5HPOA 2CKSA 2BS9A 4CN4A 2WM0A 1XSJA 4CCDA 4AZCA 5JUVA 1NWTA 2D0FA 2WB5A 4M56A 2WMHA 5EFFA 2PI6A 1V3HA 1V6XA 3WNKA 5JIPA 3N9KA 5FD0A 2V38A 5A2AA 1W1TA 3J7HA 4MB5A 3T08A 2PC8A 5E70A 1TR1A 1NWSA 1QNRA 7CGTA 1NQ6A 1GHRA 2YIHA 1VBRA 4P7RA 4JKLA 1UA3A 2WHMA 3SCSA 2X09A 2ZXAA 2XJ7A 2FGLA 2C7FA 4XZWA 3VIIA 1QPKA 2CESA 3ARUA 2X8RA 3ALFA 4AY1A 2BNJA 1VF8A 2YKKA 1UOKA 1VFFA 3WF4A 2DT2A 3VMOA 1H09A 2Y8KA 4IM4A 1J0HA 4NI3A 4ACZA 1UD5A 5GNZA 2ZXDA 4FK9A 1W9PA 1TE1A 4PMZA 1NH6A 1EOMA 5M03A 1WZKA 3U7VA 4FLQA 5FIPA 2XPKA 4WKHA 1NWUA 4XV0A 2JEPA 2E0PA 2VVSA 3WDQA 3NUKA 1ISXA 3W6LA 1UQYA 2J62A 3WFZA 1EHNA 3UEQA 5A8NA 3AROA 4HPGA 3W6MA 1E3XA 3AXXA 4QP0A 4GKLA 1E1EA 3ZR5A 5A69A 1E6ZA 1VEPA 1XYZA 4CGTA 1KBBA 4BQ2A 1HJSA 2J7FA 4W7VA 4UZUA 4HU0A 1CXKA 3WF2A 2D24A 4AD3A 1KB3A 3CHEA 3WF0A 2WLYA 3O2LA 1UKPA 2WMKA 4CUCA 4TVCA 1AQHA 4A3HA 1JXJA 4ZE5A 4OZOA 4W84A 2YA0A 3WQ5A 1V02E 1A3HA 2WBKA 1CGXA 5ABEA 7A3HA 1QHZA 2E9BA 1E6PA 1TMQA 3FHQA 3VOCA 1KQYA 2WKGA 1HP5A 4OBRA 2VNCA 3AISA 5A3HA 2QLYA 3CUHA 2WVSA 2XVPA 4U33A 1CXHA 1R85A 1EH9A 4DM1A 2VTFA 2YJQA 1TVNA 1EXPA 5HBFA 2YLLA 2UY3A 3SURA 1U2YA 1UYQA 1E9LA 4V27A 3GH5A 3VD4A 1EOKA 2BHYA 4Z2IA 4F9JA 4ZE4A 3ZT6A 4PN2A 4GIAA 5D9MA 3CZLA 4UTFA 4B9ZA 1GOMA 4CD4A 3IJ8A 3RJXA 1R87A 3VKKA 4AZIA 3L4YA 1CIUA 4H2CA 3AIUA 3IJ9A 4HZ6A 2FHCA 5A2CA 4W5ZA 4FMVA 4JAWA 1JFHA 3WNPA 4MAZA 2DSUA 3L4XA 2EPOA 4K68A 5A8MA 3U7BA 1W9DM 2Y8VA 1UWQA 1KQZA 3S6TA 5D9NA 3WMSA 4EAMA 4LPCA 4JKMA 2VX4A 2CBVA 3BLPX 2J7BA 1GVIA 2WW5A 1LLOA 1W2PA 3CZ8A 2D3NA 3AFBA 1Q6GA 2JE8A 2WMGA 1ZBVA 1UHVA 4PSRA 5F7UA 4WJXA 4UQEA 3WBAA 1QI4A 2PBGA 3APGA 1EO7A 1OBAA 1UUQA 3PZGA 1SFSA 1H41A 2FH8A 2WMIA 4QLJA 1VJZA 3WELA 2X2YA 3F5LA 1CENA 1GNXA 5I23A 1KCLA 3WQVA 1LL7A 5GNYA 1YHTA 5IDIA 4D6FA 2XGBA 1AMYA 1HF6A 1CXIA 5M3WA 2GJRA 1UZ1A 2HVMA 3DC0A 1VEMA 2UY4A 3T0BA 1WZLA 3PZOA 5BRPA 2Y24A 3L4WA 2B31A 4FLOA 4PMXA 4PMNA 1UR2A 1M04A 3L4TA 4YPJA 3TTQA 2XIIA 1R86A 4WSJA 4ATLA 3A3HA 1J0IA 9CGTA 4W93A 5ABFA 3VDAA 3MV11 3AZSA 3NDZA 2C0HA 4PMRA 3SUVA 3NCOA 1W9XA 1NARA 3VM5A 1Q6FA 1GOOA 2D1ZA 3OB8A 5A6KA 3ARXA 3CUGA 1BSIA 2NT0A 2ZUVA 1H0GA 3TTYA 1QHPA 4CN6A 3PZ9A 1CGUA 5BXSA 2YA1A 3RM9A 1BTCA 1C3FA 3N15A 4RL3A 1RH9A 3VX0A 1H1NA 5E0CA 1W1YA 1JGIA 4DUXA 4P7NA 1DWHM 1GOQA 2JIEA 4W7WA 4WF7A 5E0FA 2TAAA 2EPLX 1DWFM 5CLTA 1J18A 1G1YA 4MNLA 2VMFA 2WZEA 4AC1X 3ZR6A 3AHVA 1K9DA 1ZU8A 2WMFA 1M7XA 2WSKA 2VR5A 3QHMA 3CZKA 3WEZA 2J74A 1OIFA 2DSKA 3RDKA 3PTQA 1BG4A 4KGJA 2E8ZA 2F8QA 4UFJA 4UNIA 5CPQA 5FL0A 1MFVA 1MVYA 5JBFA 1ISWA 5I77A 3KL3A 2WVVA 2J79A 4U2YA 1W3KA 2AAAA 2GDVA 3QR3A 3UG5A 1D7FA 3AQUA 3WH5A 3EDKA 1JL8A 2VCAA 1QBBA 5ECUA 3POHA 4V2XA 4PUEA 4J3VA 1US2A 2VQUA 4MJ2A 2ZOXA 4JHOA 4QCFA 2GK1A 3L4UA 5IHRA 3VMNA 3AZTA 1HJUA 3QOMA 1HKIA 2BY0A 3CO4A 4EKJA 3ARQA 2A3EA 3ZJ8A 1OINA 3FAXA 5I24A 4AEFA 1R8LA 1WP6A 1GPFA 3SEPA 4HOXA 2JEQA 1X6NA 3AHYA 1XD0A 4J3WA 4LYPA 2WC4A 1V3LA 3K8KA 4H8HA 4HZ8A 5HXMA 3ARYA 1S46A 2XM2A 1BYCA 1BYDA 3HN3A 5ABHA 3CLWA 4ML4A 1PX3A 3VD9A 1WB0A 4J7RA 2ZX7A 3IAPA 4MNKA 3WENA 1MFUA 2DIJA 1JYXA 2FDMA 2DPEA 1JAKA 2GVYA 1CWYA 2CXGA 2ESCA 1V03A 5M17A 2J47A 1BYBA 1V3MA 2XVGA 4P7OA 2YLAA 1JDAA 1GQLA 1JZ8A 4IUGA 4CU6A 1UD2A 1GJUA 3EDDA 3LPPA 3CPUA 3T09A 3TTOA 2VURA 4X0VA 2JF7A 3BAIA 1CNVA 2E4TA 3POCA 3CGTA 2EXOA 3BAJA 3ECQA 1FOBA 4QAWA 5D4YA 4YN5A 3U57A 3WUGA 1J12A 2XSAA 2VZVA 3PTKA 1JNDA 1FP8A 1I1WA 4M1RA 4F8XA 1KFWA 1Z32X 4OJYA 4C7DA 3ZMRA 2PBOA 4HOWA 1WE5A 3AI0A 1E6RA 2UY5A 1E0WA 5A95A 1UR0A 4GZEA 1RP9A 1KGUA 1ISYA 2J77A 2E9MA 4QLLA 3VTRA 3FN9A 2VZUA 4HA4A 1TA3B 1EA9C 2GJXB 1E55A 3CUJA 3VIOA 3OLEA 2EO7A 3PHAA 3T2PA 3EDJA 2BVTA 3WH9A 1MWOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2YL8 A;  4GZI A;  2WVV B;  3OBA A;  3TP4 A;  1JZ2 A;  5C70 A;  1M53 A;  1HKJ A;  1UR9 A;  4TUF A;  3B8S A;  4TTG A;  1X6L A;  4ZXO A;  5BXP A;  1OT2 A;  4H8V A;  3N1A A;  3ZSS A;  1QI3 A;  1E6Q M;  3ARP A;  1XHG A;  2VX5 A;  1C8Q A;  2GK1 B;  3AZR A;  5CXP A;  2O9T A;  4RE4 A;  4GO8 A;  1WDP A;  3M6D A;  3EYP A;  3MUA A;  4AZ5 A;  1KR0 A;  4EAN A;  1QNO A;  4AD5 A;  1IZK A;  3BSH A;  3VIF A;  3ZO9 A;  3ZJK A;  3WFL A;  3AS2 A;  3WEO A;  2Z1S A;  5AYB A;  1MQP A;  4AD2 A;  2ZUN A;  1E4N A;  1FH9 A;  4U3C A;  4HA3 A;  2J8G A;  1EQP A;  1AQ0 A;  4MJ4 A;  4CN1 A;  1ISV A;  1UKQ A;  2J8F A;  4AZH A;  1KWG A;  1AVA A;  1SMD A;  3CZJ A;  1P6W A;  2XYL A;  4Z2G A;  2XHY A;  5I0D A;  3VIN A;  3RO8 A;  7TAA A;  1G0C A;  1UWU A;  3WDP P;  2WXD M;  4WLC A;  5A8P A;  2QF8 A;  1E0V A;  3DHP A;  3ZT5 A;  3VIM A;  4D1J A;  3PZN A;  3NIY A;  3W81 A;  4MAV A;  1ZL1 A;  3E1F 1;  3OLI A;  3GM8 A;  4D6D A;  4AXN A;  1CBG A;  3CHC A;  1ODU A;  4MNJ A;  1E3Z A;  4Z2L A;  2WYS A;  4QFU A;  4R27 A;  3ZJ7 A;  3PZV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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