3ULDA

High resolution structure of dna/rna hybrid in complex with rnase h catalytic domain d132n mutant
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords Ribonuclease H
publication title RNA/DNA hybrid in complex with RNase H catalytic domain mutant D132N
rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 40
structure length 133
sequence length 133
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2011-11-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3uldA00
1XWLA 1K6YA 1JXEA 3NDKA 1N6QA 2DFEA 4IBNA 4ZTJA 4C8OA 1RT3A 5EU7A 3OYLA 1GOBA 4KHYA 1RT1A 4CEOA 4O5BA 3T1AA 3AVCA 3EYZA 2KQ2A 3ZSOA 4KHSA 4ZTFA 1CLQA 3HYFA 2FBXA 3OS2A 5SZTA 1BL3A 1J53A 3TWHA 4FM0A 4O44A 5J2NA 4CJLA 1D9FA 2OZSA 2DY4A 4DTOA 4FLYA 2QKKA 1S1TA 3P1GA 2OPSA 4I9LA 1FK9A 1RBVA 5CZ2A 3I8DA 1T7PA 3PX0A 4DS5A 1LWFA 3VA0A 4HCBA 4B9TA 3SQ2A 1RT2A 3LP2A 4F3TA 4GW6A 1HJRA 3JYTA 2BE2A 3MECA 4HUFA 4H4OA 3SV4A 3WNGA 4FLUA 3SYZA 2XY7A 1JL1A 3DOLA 3NAEA 3SPZA 3PO4A 3T19A 3O4QA 3U6FA 1B9DA 1YT3A 4FJKA 3OS0A 1RTHA 3KLIA 3OYJA 3QEXA 3EZ5A 3NCIA 3SPYA 3NH0A 4CF9A 4KB0A 4BDZA 1VK0A 3AA5X 4M3UA 1WNSA 3ZT2A 4EP4A 4N5SA 4H8KA 3V9WA 4DQRA 2QXFA 2X6SA 2EHGA 5DK5A 1L3VA 3HP9A 3OJUA 3I0SA 1JL2A 5HRSA 4OPJA 3MEDA 3KLEA 1DTTA 3K2PA 3KTQA 3OYCA 1ASVA 1HQUA 1JLCA 2Z1GA 2E4LA 4CE9A 3AA3A 3T3FA 3QEPA 2X74A 3QNNA 1NJYA 4KREA 4YFUA 4CHYA 3RMBA 3DLHA 4CGGA 4F2SA 1Q9YA 4CF0A 1BQNA 1ITGA 3CYMA 1WSFA 2OPPA 3OS1A 1NK7A 1RTJA 2HVIA 3UIQA 4FM2A 1VSDA 4M3TA 1RDBA 2G8WA 5KRTA 5CY4A 1QE1A 3VQ7A 3HPOA 4FCYA 3TI0A 3KK2A 1NOZA 1TVRA 2O4IA 3M8QA 1GOCA 1RBSA 4CEEA 1VSKA 1BIUA 3QIPA 1SKSA 4FLXA 1Z25A 2O4GA 4CGDA 4W5OA 4DWIA 4OKJA 3KKSA 3TAMA 4CGFA 3TAGA 4W5TA 1IH7A 3LANA 4ICLA 2G8UA 3NF8A 2IC3A 3KKRA 4LSLA 3O4NA 2P5OA 1RILA 1TL3A 2Z1IA 3NGIA 4ELTA 4M3WA 4M3XA 4PWDA 4E1NA 4I2QA 4ID1A 3K5NA 3L2RA 2YNFA 1QTMA 4CF1A 4LH4A 3L2WA 1NK5A 1VSMA 2XY6A 3S3OA 5HLFA 4C8KA 3C94A 1SL2A 4FZZA 3KIOA 5KGWA 1TK8A 2ZD1A 5FRNA 3LPTA 3TABA 3LP0A 4DQPA 4KHNA 1CXUA 1S1UA 1XHXA 2KFZA 1NKBA 2KZZA 2XRIA 3KJVA 1I3AA 4CJVA 1RDAA 4Y1DA 1S9GA 4CHNA 1HNVA 3TAPA 1TAUA 4FLVA 1EETA 4FJJA 3O3FA 2YHAA 1CZ9A 3ZT0A 4AHVA 2GUIA 1J54A 2F8TA 3ZSYA 1TAQA 5JS1A 4KRFA 4M3YA 1S9EA 2P51A 4LY7A 3NH2A 1DTQA 3LZIA 4AHUA 4DU1A 3RRHA 2P1JA 4CF8A 3K5MA 5J2MA 3U3GA 3S3MA 2PZSA 3OYKA 3V81A 1L3SA 2VG6A 4AILC 3VQ9A 1S1XA 3CQ8A 4CK2A 5C24A 4E7IA 3SI6A 4WE1A 4J2BA 2P5GA 1T03A 1BQMA 1QQCA 1RDDA 3CM6A 4FM1A 3OYFA 1X9MA 4DTSA 4AHTA 2OPRA 5JS2A 3DLEA 3HM9A 4I9QA 1LW2A 1A5WA 4JS5A 4XIUA 1JLQA 5HRRA 4DMNA 2JGUA 4DSJA 1CZBA 2XHBA 1VRTA 2Z1JA 3IRXA 1ZBIA 4CEBA 4C8MA 4FK4A 2D5RA 5J1EA 3DM2A 3RR8A 4DFJA 4UQGA 4CJFA 1GOAA 3AO4A 5CYQA 4BE2A 4DTJA 2HVHA 4KI6A 1WSEA 4ELUA 4DLEA 4HHTA 3PUFA 1KVAA 4OLBA 1NKEA 4DTPA 5J2PA 4DF4A 2RN2A 3QESA 1KRPA 2DTUA 3SQ1A 2HNYA 4DFPA 3H08A 4B9NA 3NF6A 3V9SA 4PY5A 4Z4GA 1KVBA 2W42A 2DFFA 4DLGA 4E7KA 2Y1JA 1L5UA 2IOCA 4B9UA 2Q3SA 2HNZA 4DSIA 5CYMA 2RKIA 4DFMA 1B92A 1REVA 2GBZA 1ZBLA 2B6AA 3K5LA 3HL8A 4LH5A 3AVIA 4W5QA 1BI4B 1JLGA 3OYAA 1KLMA 2FBVA 2B4JA 3QNOA 4FZYA 3HO1A 1LAWA 3V6DA 4N47A 4F3OA 1QHTA 1WLJA 3AV9A 4CJ4A 4O0IA 3EY1A 1N5YA 3AO2A 1KFDA 1U48A 3MXMA 1WAJA 3NGYA 3KD1E 3PV8A 4FJHA 3A2FA 3RR7A 4DS4A 4KTZA 3L2QA 4B9LA 4E89A 1TKTA 4CIFA 2BDPA 4BE1A 4NYFA 2D0AA 4KO0A 2E6MA 4EP5A 1UA1A 4CHQA 3LWLA 4L8RB 2JLEA 1BGXT 1IKWA 4I7FA 3C6UA 3V1QA 4ELVA 4B9MA 3CFRA 2ZQBA 2HHUA 4CFCA 3TAFA 3ISNC 3I0RA 3S3NA 3L2UA 3O3GA 3AA4A 4F8RA 3FFIA 4JRQA 4AHRA 1U49A 3S9HA 4CGJA 3DLBA 4CEDA 1SV5A 4CIGA 4CEFA 2HMIA 3VQ6A 1XC9A 4KV8A 4DSFA 3PX6A 4FJMA 4NCAA 4CGIA 4DQIA 3SUNA 3KK1A 3AVAA 1HNIA 3RMAA 4OVLA 3SQ4A 1NOYA 4BDYA 4GMJB 1ZBFA 3HPGA 2X6NA 3AVJA 5HP1A 3AO5A 1ZBHA 1U45A 3HVTA 2OZMA 4M3ZA 3QLHA 4LD0A 2OA8A 3ZSWA 4GVMA 4E3SA 1IKXA 1RT4A 4CJ3A 1L3TA 1TL1A 1YVUA 3PX4A 1RT5A 1SL1A 1SL0A 5T7BA 1MU2A 2RF2A 3IG1A 1L3UA 4CIEA 3L2VA 4TSXA 5KTQA 4DF8A 3DYAA 3QERA 2I5JA 3AA2A 3WNHA 2G8HA 1W0HA 3NH1A 4CJRA 3C6TA 1TKDA 2F8SA 3NGZA 1UA0A 4BE0A 4CHZA 1QSYA 2RPIA 3V9UA 3CM5A 4DTRA 4FZXC 4Z4IA 2E6LA 3DRPA 3SUQA 4CGHA 1RTDA 1NJZA 4DSLA 1JLEA 1FKPA 1KFSA 5I3UA 3IAYA 1X9WA 4CECA 4CJWA 3DRSA 3ITHA 4DQSA 3DOKA 2YV0X 3IS9A 4QCLA 3O3HA 4BACA 4R5PA 2HHVA 2LSNA 1WAFA 5KRSA 1TK5A 5KGXA 4F4KA 3VN5A 4W5NA 2FBTA 3K5OA 3LAMA 2KTQA 1YTUA 4EZ6A 1X9SA 4KB1A 4FYDA 3VQQA 3MXIA 1KCFA 3OYBA 4CJQA 4CF2A 1WSJA 4OGEA 4W5RA 1UWBA 2XO7A 3RWUA 4F2RA 4RG8A 2VG7A 3TAQA 4CJ5A 3M8PA 4QAGA 4CCHA 4M45A 4I2PA 3VA3A 3SJJA 3LWMA 1NK8A 2PYLA 3OVNA 2D0BA 1C1AA 3M8RA 4MQ3A 1ASWA 1S1VA 3ZT3A 1VSJA 3L8BA 3OYNA 3AVLA 1KSPA 3RRGA 3AVBA 1C0MA 1WSIA 1S6QA 3HVRA 3AVGA 3G10A 3LALA 5FROA 2G8IA 2KFNA 2HB5A 4CJTA 1C1BA 2ZE2A 4EZ9A 1VSEA 4PUOA 4N41A 3NBPA 3VQBA 3SCXA 1F21A 5DMRA 4CJUA 1LWEA 3HJFA 4ID5A 3DLRA 4RW9A 4JLHA 4NCGA 4OLAA 1JKHA 3K58A 3ULDA 4E7LA 4CJEA 1FKOA 1U04A 5HRPA 3JSMA 2G8KA 2OPQA 3PO5A 3KD5E 1A5VA 3DMJA 3K59A 4KHUA 4CFBA 1SKRA 1J9AA 3NFAA 2IAJA 4ZHRA 3QEWA 4DG1A 4RW7A 4BDPA 4RW4A 4CERA 4K8XA 3KLGA 5KI6A 4JS4A 1T05A 3LP1A 4FLZA 4IG3A 4M41A 3SNNA 4CESA 3QO9A 1RT7A 1WN7A 4FJ5A 1U47A 4CJKA 2PYJA 1ZYQA 2GV9A 1S6PA 3AVKA 3V4IA 1LW0A 4JRPA 1BI4A 1RT6A 4KFBA 4OGCA 3RTVA 4DTXA 2OYQA 1VSHA 1Z26A 4IFVA 2ITGA 1G15A 1UAXA 1JXBA 3F9KA 3LDSA 1NK4A 4G1QA 1FXXA 2KW4A 2G8FA 1UOCA 3RMDA 4OKEA 4KPYA 1A5XA 1VSFA 3QINA 4DSEA 4DSKA 3SUOA 3ZSRA 1ZBUA 5CZ1A 3ZSQA 1RDCA 3HSTB 3OYEA 1RNHA 3VQ4A 3KLHA 3MXJA 1C6VA 3AVHA 3MEEA 4FJLA 1RBRA 5SWMA 2ATQA 4M3RA 5HROA 1QSSA 4K8ZA 3OYMA 3CFOA 2YNGA 4IFYA 3ALYA 3DI6A 2R7YA 2BGGA 4N56A 1IO2A 4DFKA 3M8SA 4O4GA 1EKEA 1VRUA 1KTQA 4H4MA 1T8EA 5C42A 4Q5VA 4Z4FA 1IG9A 4QOZB 4E0DA 1EX4A 3F73A 4CEAA 2HHXA 3CG7A 3TARA 1TK0A 3ZSXA 2B5JA 4Z4HA 4DU3A 1D8YA 4KTQA 2BANA 4FJNA 4B9VA 4O55A 4AH9A 2QK9A 1HPZA 3B6OA 1HRHA 2G8VA 1KVCA 3HPHA 4OPKA 3VQDA 1I39A 4NCBA 2IDOA 1B9FA 3B6PA 1JLFA 2ETJA 4CJPA 2F96A 2DFHA 1HQEA 4FVMA 3V1RA 2NUBA 1TKXA 5HRNA 3AO3A 3OYGA 1TV6A 4CK3A 1SKWA 3V9XA 1KLNA 4FK0A 3LP3A 3OYIA 3VQEA 4B08A 5I42A 4DTUA 3DRRA 1C1CA 1Q8IA 4Z4CA 3VQ8A 4J2AA 4N76A 2HHTA 2D0CA 3HXMA 4IDKA 3PY8A 1DLOA 1S1WA 3P83D 3KLFA 3D0PA 4KHQA 3V9ZA 4DQQA 1NK9A 4M42A 4C8NA 5E41A 3U3YA 1HMVA 3ZSZA 1RTIA 1RCHA 4J2DA 2PY5A 3VQCA 1BIZA 4FJ9A 1HYVA 3LAKA 4DTNA 3ZT4A 1D9DA 1LAVA 3NF9A 5FRMA 4BWJA 4CJSA 4CEZA 4YNQA 4FW2A 3L3UA 1EXQA 1XI1A 1BHLA 3KK3A 4BWMA 1NK0A 1JLAA 5HBMA 3OY9A 4CEQA 4J2EA 4KKOA 1C0TA 2VWKA 2IGIA 3VQAA 4HTUA 4PQUA 4B9SA 5D3GA 3NF7A 2FC0A 5FDLA 3NHGA 3OJSA 1IKYA 4RW6A 3TANA 3VQ5A 1NJWA 4Y1CA 3NE6A 3VQPA 4HUGA 3SV3A 4FJ8A 1TKZA 4CK1A 3BDPA 3WNEA 1LV5A 1RBUA 3P5JA 1D5AA 1X1PA 4DU4A 1J5OA 2A1SA 1BISA 4CFDA 4AHCA 3C95A 3ASMA 4PA1A 4Z0UA 1JLBA 3MEGA 4OJRA 4CHPA 4HCCA 1YTAA 4CFAA 1S5JA 2EX3A 4Q0BA 1O1WA 1BCOA 1VSIA 2IS3A 3QETA 1EP4A 4KHWA 4E19A 4LSNA 3MAQA 3ZCMA 1NK6A 5K14A 4KAZA 2VG5A 2Z1HA 1C0UA 2YNHA 3K57A 1HYZA 3LPUA 4B8AB 4FW1A 3QEVA 1Y97A 3LZJA 2WONA 3QIOA 4AHSA 2HNDA 3DLGA 4RW8A 4E7HA 2XY5A 2HHSA 4IKFA 1SUQA 1VSLA 3G0ZA 4B8CA 1Q9XA 4Z4EA 3CFPA 3WNFA 3SUPA 4IG0A 1HYSA 2HHQA 1WSGA 3AVNA 4O0JA 3AVFA 1RBTA 3HK2A 3HP6A 2HHWA 4FJ7A 2KZMA 4FLTA 4B3OA 3AO1A 3QEIA 2FBYA 5J2QA 3SQ0A 1QSLA 1QS4A 3ZSVA 3HT3A 2YKNA 3E01A 1TGOA 3D45A 4MFBA 3THVA 1WSHA 2QKBA 2YNIA 3BGRA 4NYNA 4FJGA 2X78A 2WOMA 3L3VA 3TAEA 4DTMA 1XHZA 4HUEA 4FXDA 3DLKA 3OYHA 1U4BA 2YHBA 2YKMA 2AJQA 4KTWA 1LWCA 2HW3A 1NKCA 1CXQA 4KI4A 3RMCA 2VWJA 2A1RA 4C8LA 4FLWA 3AVMA 3ZT1A 1R0AA 2Y1IA 4E7JA 1BCMA 1NJXA 4E1MA 3TR8A 4FJIA 4FK2A 4CHOA 2XY8A 4HVJA 3SZ2A 1IKVA 4FJXA 1W9HA 3V1OA 1ASUA 4OKKA 5C25A 3OYDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NMDA 5AQXA 2DFEA 4ZTJA 4C8OA 1RT3A 5EU7A 3ZYYX 3EYZA 5CHIA 1CLQA 4FM0A 1ZBSA 3O9UA 3TSUA 1Q86O 2QKKA 1S1TA 3P1GA 1T7PA 1FK9A 4XH5A 1TYQB 3PX0A 4E1JA 4A5BA 4DS5A 1OH8A 3SQ2A 2ASMA 2BE2A 4JD2B 4HUFA 3SV4A 2NRWA 4C1NK 1VQ7N 3U6FA 4WFAL 1B9DA 1YT3A 4FJKA 3EZ5A 5BRHA 3NCIA 4KB0A 1SAZA 1DKGD 3FZLA 1WNSA 4MLHA 3V9WA 2X6SA 4NXNK 3SAGA 5DK5A 3I0SA 5CR4A 3MEDA 2ZGZA 3KLEA 3KTQA 4QS8A 5C10A 4GKJK 2E4LA 4O8UA 5HL7L 3QEPA 1EWQA 3DLHA 4CGGA 4CVNE 2P9LA 4M7YA 4CF0A 1GLDG 1WSFA 3OS1A 1VQON 3C0BA 1QVFM 5KPTA 1VSDA 3TI0A 2O4IA 3BF1A 1GOCA 4CEEA 3J7AP 1SKSA 2O4GA 4JKHA 4OKJA 5B8HA 3TAMA 4FL9A 1M90O 2IC3A 3KKRA 2P5OA 3NGIA 2Z1IA 1X3NA 4E1NA 5MLCQ 4BRIA 1QTMA 4LC9B 5HLFA 1SL2A 3KIOA 5KGWA 1TK8A 1SZ2A 2NRTA 5AQHA 4CZEA 3NMUA 1S1UA 1KD1O 1XHXA 3KJVA 3ZLJA 3GL1A 3A8YA 1RDAA 4BR2A 4CHNA 1HNVA 1TAUA 3O3FA 1CZ9A 2OANA 1J54A 3HOTA 2VQEK 3D2EA 5JS1A 4KRFA 3EKUA 3RRHA 2P1JA 3PSFA 5EVZA 2PZSA 2VG6A 4ISFA 4JKGA 3VQ9A 2FSNA 1D4XA 3FZMA 3GBTA 2W40A 4JI5K 2NZTA 4XH1A 4XH4A 1W97L 4XIUA 3T1HK 4DMNA 5AJ3K 1CZBA 2XHBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NMD A;  5AQX A;  2DFE A;  4ZTJ A;  4C8O A;  1RT3 A;  5EU7 A;  3ZYY X;  3EYZ A;  5CHI A;  1CLQ A;  4FM0 A;  1ZBS A;  3O9U A;  3TSU A;  1Q86 O;  2QKK A;  1S1T A;  3P1G A;  1T7P A;  1FK9 A;  4XH5 A;  1TYQ B;  3PX0 A;  4E1J A;  4A5B A;  4DS5 A;  1OH8 A;  3SQ2 A;  2ASM A;  2BE2 A;  4JD2 B;  4HUF A;  3SV4 A;  2NRW A;  4C1N K;  1VQ7 N;  3U6F A;  4WFA L;  1B9D A;  1YT3 A;  4FJK A;  3EZ5 A;  5BRH A;  3NCI A;  4KB0 A;  1SAZ A;  1DKG D;  3FZL A;  1WNS A;  4MLH A;  3V9W A;  2X6S A;  4NXN K;  3SAG A;  5DK5 A;  3I0S A;  5CR4 A;  3MED A;  2ZGZ A;  3KLE A;  3KTQ A;  4QS8 A;  5C10 A;  4GKJ K;  2E4L A;  4O8U A;  5HL7 L;  3QEP A;  1EWQ A;  3DLH A;  4CGG A;  4CVN E;  2P9L A;  4M7Y A;  4CF0 A;  1GLD G;  1WSF A;  3OS1 A;  1VQO N;  3C0B A;  1QVF M;  5KPT A;  1VSD A;  3TI0 A;  2O4I A;  3BF1 A;  1GOC A;  4CEE A;  3J7A P;  1SKS A;  2O4G A;  4JKH A;  4OKJ A;  5B8H A;  3TAM A;  4FL9 A;  1M90 O;  2IC3 A;  3KKR A;  2P5O A;  3NGI A;  2Z1I A;  1X3N A;  4E1N A;  5MLC Q;  4BRI A;  1QTM A;  4LC9 B;  5HLF A;  1SL2 A;  3KIO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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