3UNDA

Substrate-bound crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from burkholderia pseudomallei
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
283
structure length
283
Chain Sequence
GSMNVAISPGVTAGNSLPFVLFGGINVLESLDFTLDVCGEYVAVTRKLGIPFVFKASFDKANRSSIHSYRGVGLDEGLKIFAEVKARFGVPVITDVHEAEQAAPVAEIADVLQVPAFLARQTDLVVAIAKAGKPVNVKKPQFMSPTQLKHVVSKCGEVGNDRVMLCERGSSFGYDNLVVDMLGFRQMAETTGGCPVIFDVTHSLQCRDPLGDASGGRRRQVLDLARAGIAVGIAGLFLEAHPDPDRARCDGPSALPLHQLEGLLSQMKAIDDLVKRMPALEIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase 2
publication title Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
pubmed doi rcsb
source organism Burkholderia pseudomallei
total genus 95
structure length 283
sequence length 283
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2011-11-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3undA00
4O28A 3KX6A 5HUPA 1FX6A 2I14A 3WK3A 2Q3OA 3DFPA 4DELA 4CLMA 3TK7A 1JCMP 2A7RA 2G5WA 4P2VA 3RU6A 3GNDA 3W7GA 4UTIA 3NYZA 4N2YA 3L5MA 1O60A 3C3NA 2CW6A 1VLIA 5LGXA 4N4PA 1QMLA 1C9DA 5HNRA 5LSMA 1AMKA 1FDZA 2X16A 4TX9A 3EX1A 3TKFA 1JQXA 1VYRA 2CLOA 3RF9A 3EB2A 2ZCGA 5D2YA 1XBXA 2C1HA 4EOUA 3C0JA 4UFJA 3I7SA 1EWDA 1M7OA 4GUIA 5FF4A 1H61A 3I7QA 3BW4A 5AYXA 3UQNA 1LLZA 2DJXA 4UFMA 4K36A 4IMEA 3LXBA 3QSRA 2QJGA 3E0IA 2WSQA 3LM7A 1QR7A 3S42A 1THFD 3LCLA 4ZQPA 5AN7A 1S5VA 3DKLA 2C3ZA 4ICNA 3BGJA 2GVLA 2CLMA 4PFMA 1YDVA 1ZY9A 3LBCA 3N73A 3G1DA 4QITA 3G1FA 3P62A 4Z1AA 4JN6A 3GK0A 3M44A 4UR8A 3G0SA 4UTWA 3THAA 4PC8A 2QF7A 4LWWA 1FDJA 4K39A 4Z1BA 3P80A 4FHAA 1G6CA 2PURA 4JTUA 4LS1A 5A5WA 2ZBTA 4DQWA 1W5OA 1TPUA 3W7QA 3E96A 1P0NA 2ZA3A 3U6WA 1RQBA 3WK0A 2FB3A 3MWAA 3LXCA 4M19A 5D30A 2I9EA 3NL6A 4MIMA 4FIQA 3HGRA 4O11A 5CPMA 5AOUA 4AAJA 2Z2UA 1H7OA 2XFWA 3W7DA 5EMUA 2QUTA 2YGYA 3PUEA 2QCGA 2C19A 4LNYA 1SZGA 4UC5A 4OT7A 3W3OA 3FYOA 1R2SA 3W72A 4XBSA 3THQA 1G4TA 1NAL1 2IQTA 4NXKA 5BOOA 4DPQA 4YWIA 4HNNA 4IGHA 3CWOX 4FXSA 3RFAA 1W1ZA 1H62A 4FXRA 3MP4A 3NQMA 1QO5A 3PULA 3STCA 1MEIA 2W0UA 3BG9A 3ZS4A 1KW1A 3IEBA 4M6QA 4PTNA 1JUBA 4JTJA 4FNTA 2J24A 3DHDA 1HL2A 3W7KA 3RLVA 3TC6A 1QPQA 2RDUA 4I7WA 2R8WA 4ZQOA 2Y6ZA 2NLIA 4MYAA 2C0AA 3MYPA 5BMXA 1K7XA 2DZVA 4RCXA 1S5WA 2Y7GA 2QCEA 3N2XA 3QPYA 1G4SA 1DBTA 4JTTA 3S8HA 1L9WA 4EVZA 3I68A 4NNBA 4OU1A 2RFGA 1IXQA 4JTGA 1TPWA 4MY9A 3P60A 4KWWA 5AHNA 4E38A 4LRTA 1G4EA 4AB4A 1ZAHA 3G1VA 3GXTA 1SO6A 3NAVA 4R53A 3EKLA 2JGYA 4CQAA 3FFSA 1DV7A 1W56A 4S1FA 1FCQA 2Y62A 3IIVA 2A1YA 4UTTA 3W7NA 3NPWA 3TXVA 3QEZA 1KTNA 4AHQA 2EPHA 5CZSA 4FNUA 4JIQA 1OF6A 3NPVA 5U7SA 1VCFA 4CCEA 2CZEA 2ZA1A 1ADOA 3QH2A 3NZRA 4XKYA 1PE1A 4ZVJA 3IIZA 4QJ1A 4UNLA 3W6YA 3VNDA 3PY2A 3QMRA 3P82A 6TIMA 1GVSA 3BO9A 2NXGA 2ZZ7A 3PBVA 5FEPA 3W2MA 5CZ0A 1JRCA 1KA9F 3N2MA 5K9XA 1OYCA 2Y7FA 2B7PA 2QCCA 3C4UA 4LVGA 4ORIA 5F2IA 3W83A 3EEGA 3LHVA 2WNQA 3DFTA 3IVUA 4ZQNA 5C2XA 1T8XA 4RZ5A 3SR7A 2FLIA 1DQWA 2V30A 5H91A 2ALDA 1F05A 1KM0A 5G1YA 3RLUA 2FPYA 2ZFAA 4H3DA 2HMCA 3TU9A 2E1DA 3MHUA 4O10A 4AHPA 3T7VA 4GUFA 3USBA 3LBMA 1Z41A 3CM4A 4LVDA 1VLWA 1YYAA 4CCCA 3KAOA 3S1VA 2J9XA 4O52A 5D32A 3W1XA 1EUAA 2JKAA 2X30A 3UWWA 2EAWA 3UWUA 2YPIA 1EP1A 2YW4A 4FNSA 5D2WA 4QNEA 1O5XA 3L0KA 2CZFA 4JICA 5HWJA 4LS0A 3QQ1A 3TA6A 4IPJA 1GT8A 3NZ1A 3QJAA 4JIPA 5KINA 4AHOA 1ICSA 3OVQA 1W8SA 3SIZA 1JVNA 1SW3A 4R7JA 2AGKA 4P61A 5D2TA 3TMLA 1GYNA 4NNCA 4KWVA 3EWWA 2PE4A 3R8RA 5E1QA 3M5ZA 3S1WA 3SY5A 2BX7A 3NR0A 1OFRA 5AHFA 3UXDA 3L9CA 4ZMGA 3NQDA 4NJKA 1VGAA 3O06A 1ZCOA 1J5TA 3B05A 1I2OA 3HO8A 5G4EA 1B3OA 4JX5A 4OHQA 1X6UA 4WOQA 3NGJA 3MBFA 3NVTA 2KZHA 3W1AA 2JBMA 4PCFA 2Q3RA 2NX1A 4E0CA 1D3HA 2Z6IA 3GVGA 3L2IA 2UV8G 3DZ1A 3LCFA 3MI6A 2E6YA 3PBYA 4JYDA 1VZWA 1X1OA 3OHIA 3B8DA 3UD6A 3QW4B 3OVPA 5TQLA 2QCHA 3LB0A 3TUUA 3NA8A 3W07A 1U83A 4MKNA 2NV2A 5HR7A 2WPBA 2ZDRA 1LORA 2YZRA 3HPXA 2A6LA 2VFHA 4H6KA 2ZTKA 3FOKA 1MO0A 2FJKA 1H7RA 3GB6A 2TMDA 1LOQA 1XCFA 1WYIA 2OJPA 2YR1A 4LV9A 1W3IA 1ZAIA 3LLFA 5FEZA 3PM6A 2FTPA 4MVAA 3WJWA 3O8AA 4N9EA 1K8XA 3LX9A 4LUJA 1MEHA 3QC3A 3W2KA 3HBLA 4KFNA 5D04C 2H6RA 3PSWA 3TDFA 1YPFA 5AC8A 1TCDA 4UCGA 3M47A 3H53A 4DF2A 1PCWA 3A24A 4MZYA 5TIMA 2VENA 5I3KA 5LHEA 1OFEA 5G2WA 4JGDA 3WJSA 3LHTA 4O0KA 2F7FA 2QDHA 3FEMA 2RDWA 2HTMA 2NX9A 4UFHA 3PBWA 3HPSA 4A29A 1SU5A 1I2PA 3LHWA 3O63A 4HT3A 4NVTA 1ZAJA 1B9BA 5KZEA 4YCOA 1Q6QA 1FDYA 1LZOA 1XBZA 2JGQA 4NJHA 2Y70A 3FLUA 5D02A 5K9CA 3EWYA 1M5WA 1YTDA 1L6SA 3O1NA 4PL1A 3BG5A 3FIGA 4Q32A 1IF2A 4HNVA 1UBSA 4NJGA 4AF0B 4CNOA 2FIQA 3MJYA 1RQHA 3SW6A 5DELA 2GJNA 1ML1A 5FEXA 1Q45A 3K30A 2P0OA 2Y63A 4JTEA 3T55A 3W7HA 4AEOA 3NEVA 1XFBA 3QSTA 5EA9A 3W75A 3HMJG 4B5NA 4HIBA 3HG2A 3EWXA 3DAQA 1GVQA 1DL3A 1W3NA 2ZRWA 3TQKA 2Y61A 4UMAA 2RDTA 3B03A 3MMTA 2WQPA 4L4LA 4HHPA 5CPLA 5KSWA 4RR4A 5K4XA 4ADTA 4UXDA 1KLYA 5AHMA 2FPVA 1IXNA 4UR7A 3LDVA 3G18A 3C2VA 2CLIA 2QCMA 1R30A 3EKZA 1R47A 3P7YA 3WK1A 1TV5A 3STEA 3UZ5A 1V7YA 2B0MA 3HGJA 1PV8A 1G7UA 5FI8A 2C15A 3CLMA 2QUVA 3P67A 2WNZA 4KKXA 4NX5A 4IMDA 3W1LA 3MI3A 1GTEA 2V9DA 2DP3A 4JDBA 3BGGA 5FEWA 4UFLA 1OFPA 1D3GA 3VI2A 1W37A 1F76A 1LTDA 5BMWA 1SSGA 5EY5A 3TC7A 4BWLA 1UASA 3A5FA 2Y85A 3GAKA 4UNKA 1W0MA 2ZRUA 3GZ3A 5J5DA 1LBLA 5F2MA 3LLDA 1CW2A 2OX1A 3S0CA 2WV8A 3O16A 1RQEA 4AH7A 3B0UX 2WO5A 3TE9A 3NM1A 3PUOA 3ANYA 5CKSA 1EPXA 2C14A 2OT1A 2VKZG 1X7FA 3ABRA 1JUEA 3B0VC 3V1PA 2E6DA 4RJEA 3NQ8A 1A5AA 2A7PA 1QPOA 2QAPA 2VOMA 3R13A 1ONRA 3CWNA 1TB3A 1O4UA 1LLWA 2DZXA 4AF0A 4UTKA 3IGXA 2V2CA 2QR6A 3IVSA 3IGSA 4RV8A 5F4XA 1QWGA 1XKYA 3W7JA 1LP6A 1I4NA 4MZ1A 4JY8A 2VEPA 4GXMA 3MP3A 3EXRA 3LHYA 2OCZA 2X1RA 3ABOA 1KTBA 3KHJA 3P8JA 4S2BA 3EXSA 3TJXA 4XTDA 4I9AA 2VELA 1TTIA 5MHBA 3A5VA 3IIPA 1CX9A 1J4EA 3MI2A 4FNRA 4AWSA 4O0ZA 3G3MA 4UMCA 1Y0EA 4TMBA 5DXXA 4A3UA 2JKEA 4U4MA 2Q8ZA 1SFJA 2BWGA 3R5EA 4IMCA 2ISVA 1GEQA 2TYSA 4UFIA 1M6JA 4O54A 3QF0A 1H7NA 3ATYA 1SPQA 4YCPA 5G2HA 1TQJA 1TV7A 4MZ8A 4W9TA 5LGZA 1JCXA 1KLZA 3MW7A 3G1SA 3ZR4A 2NZLA 3O6CA 1NSJA 3FKKA 3SECA 4GUHA 3VE9A 5FF2A 3GIYA 4LVFA 3C8FA 3NL3A 1UJPA 1VPXA 4BF9A 1GZGA 1LROA 3NQVA 3NOEA 3UY8A 3GDMA 3WFAA 2Y7EA 1T96A 3TAOA 1QOPA 1F2JA 1WDWA 3DENA 3CU2A 4ZQRA 1K03A 1YLVA 4ZQMA 4JTKA 4K8HA 3PUDA 5F2LA 3A22A 4Z1DA 4HPXA 3KRUA 4YL2A 4MUZA 3W7CA 1OFAA 2HS8A 4WQ6A 1GJPA 5IM51 1EWEA 3L0GA 4GFSA 3P74A 3N34A 3HJZA 1G69A 1OX6A 4I7UA 2PRLA 3NQAA 1FWNA 4O19A 4UTMA 1B57A 2H8XA 3NG3A 1T0OA 3OG3A 3T44A 5FF7A 3VKJA 3W7OA 3S5OA 1SUXA 1TTJA 3G8RA 4MY8A 1AW5A 3KRZA 1I8JA 4RXGA 1KBIA 4JTFA 5E93A 4M7SA 2AQWA 3L68A 1A5CA 1ME7A 4DO4A 1JCLA 4LV4A 3BV4A 3M16A 4MPQA 1G4PA 2ZZ2A 3B06A 3W71A 2PC4A 1W31A 1RZMA 2GQAA 4K7YA 5AYYA 3M0ZA 1A50A 2E5BA 2HS6A 3VE7A 3N14A 2B7NA 1F73A 3GDRA 3IIOA 1FCBA 4FX6M 4AWUA 5D33A 1WBHA 2WNNA 1FWSA 1LCOA 1WOAA 3FYPA 1JCYA 3TQ0A 1OFQA 3W1QA 3M1ZA 3DH7A 1I2RA 1FWWA 1VCVA 3UWYA 4GWEA 5CG7A 3OIXA 5LZLA 4U28A 2J27A 3W7LA 1Q6RA 4N02A 3KVLA 2FFCA 2EKCA 3NPXA 1L6YA 2ZQ0A 2GQ8A 3L5LA 3B0PA 4WD0A 3GKAA 2DZWA 4N9CA 2DZPA 1TTQA 2FB2A 4BI7A 2CLEA 3JRKA 1LRTA 2VFIA 3M9YA 2V0TA 1HUVA 1XI3A 4WY0F 4UTHA 5C54A 1FWTA 3P5YA 3PF3A 2CLFA 4MFDA 2CLHA 5D37A 3S1XA 5DBUA 3ABQA 2OMAA 1P0KA 2YX0A 3HG5A 5DCBA 4D2JA 2PRHA 2ZRVA 3O6DA 1HO1A 3H54A 4GNJA 3DBPA 4O50A 4PL2A 1LDCA 3V75A 3MHGA 4MJMA 2YFNA 3HF3A 3QYQA 3TFXA 1SSDA 1HTIA 2C6QA 1TPH1 4UIOA 5K7JA 3C56A 3A21A 1DKWA 3OVRA 1LRQA 3NQGA 5LNSA 4GUJA 5FESA 1WA3A 3DHFA 3NM3A 3PG9A 4ML9A 4RXFA 4ZQCA 3N9RA 1VQTA 1HG3A 4WY0B 2E09A 4A21A 2B7QA 3M43A 1P5BA 3TR2A 5TBOA 2ZZ5A 3QW3A 1H7WA 4IPIA 2VFDA 4Y90A 1YADA 3GR7A 3KRSA 2GVGA 5KZDA 1KBJA 5ABTA 3LV6A 2CLLA 2GOUA 5F1UA 2V2DA 2FQIA 2A0NA 3NNTA 4IUOA 1WX0A 5K3VA 3MP5A 3R12A 2H90A 4JX4A 3U2OA 4WXZA 2CFFA 3TJLA 4FX7A 1OFBA 2E6AA 2RHGA 1P1XA 2ZRZA 1Z48A 3QPZA 3LHZA 1KV8A 4JYFA 3W22A 2ZTJA 1QFEA 5F4SA 3FS2A 2DU2A 3E12A 5K4ZA 3L67A 3PR2A 3TH6A 3BLFA 5F1VA 1DJQA 1KM4A 3NQ6A 1FUYA 4R34A 4POCA 4EF9A 4WOZA 3WJXA 3W88A 5HUOA 3C2OA 1TMHA 4ONVA 1NF7A 4AXKA 1TIMA 3ATZA 3QZEA 2ZZ6A 4BR1A 3P84A 4XQ6A 2CU0A 3O05A 1ME8A 2NX3A 4OV4A 1OHLA 4OWGA 3RMJA 3W1RA 3WK2A 5LHFA 3KVKA 2J9ZA 1PVNA 1W3TA 3C52A 4UFKA 3HIJA 3Q94A 2QJIA 3W70A 2LLEA 1GQNA 5AYZA 3NQ7A 1UCWA 5EL1A 3KFTA 2PCQA 5HWMA 4CNPA 5G4WA 1WXJA 2BLEA 2J9YA 4K37A 4OV9A 1JUKA 3NPUA 4O14A 3L0NA 5K2ZA 1SZEA 1YTEA 4TR9A 4WY0A 4KFOA 1OVDA 1SO4A 3G1HA 5LNRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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