3UV4A

Crystal structure of the second bromodomain of human transcription initiation factor tfiid subunit 1 (taf1)
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
125
structure length
125
Chain Sequence
SMDDDQVAFSFILDNIVTQKMMAVPDSWPFHHPVNKKFVPDYYKVIVNPMDLETIRKNISKHKYQSRESFLDDVNLILANSVKYNGPESQYTKTAQEIVNVCYQTLTEYDEHLTQLEKDICTAKE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription
molecule keywords second bromodomain of human Transcription initiation factor
publication title Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 48
structure length 125
sequence length 125
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.3.1.48: Histone acetyltransferase.
pdb deposition date 2011-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3uv4A00
4UIUA 3MB3A 3IU6A 2E3KA 4NR9A 4IR4A 5HQ6A 4PKLA 1E6IA 4UYDA 5ENCA 2NXBA 5FG6A 4QSPA 4A9KA 4O77A 5A5OA 5I86A 4WHUA 3JVJA 4MEPA 5H1UA 5EM3A 5FFYA 5LVQA 5EISA 4A9EA 4N4HA 3UVYA 3JVMA 4NR8A 5ENFA 3SVGA 3UV5A 4NUEA 5C85A 5CUCA 5EPRA 4O78A 5A5SA 4UYFB 4LYIA 3G0LA 4O76A 5IG6A 5I83A 4QY4A 1ZS5A 3HMEA 4MR5A 4ZQLA 2DKWA 4TT4A 2FSAA 3P1DA 3Q2EA 2GRCA 4J0SA 5LJ2A 2DVQA 5A5NA 5A83A 2DVSA 3LJWA 5IBNA 1X0JA 5LKXA 5E7DA 4CUUA 5CTLA 5EWCA 5E9IA 5HLSA 5HELA 5CQ5A 3HMHA 4A9JA 3MXFA 5ENJA 5E9KA 5FFWA 5LKTA 4QEVA 3MB4A 5IGKA 2G4AA 4HXPA 5A5RA 2YELA 2RNWA 3UVXA 4LRGA 4LYSA 2RNYA 5HRXA 4GPJA 3O35A 3UVWA 4A9LA 3S92A 1WUMA 4A9OA 5CZGA 3QZSA 5I88A 5EWVA 5DW2A 5CFWA 4QYLA 3UV4A 5LVRA 3TLPA 4TTEA 2YEKA 4O7EA 4YAXA 4BW4A 2YYNA 4ALGA 5LJ1A 4YBMA 4HBXA 5JI8A 4IR3A 3JVKA 4HXLA 4KV1A 5D24A 5CQ7A 3UVDA 4N4GA 4QZSA 5EWWA 1JSPB 4UYHA 1F68A 3P1EA 5E73A 5EK9A 4QSWA 5EGUA 5LKZA 5HENA 4HBYA 2R0VA 4HXKA 5ENEA 5CP5A 4LZ2A 3SVHA 4MEOA 4NR7A 3P1CA 5F61A 2DVVA 4MR6A 2D9EA 4MR4A 4TZ2A 4YYGA 2OSSA 3U5PA 4CFKA 5E9VA 4UIYA 5DKDA 5A5QA 5ENBA 4YBSA 5EPSA 2DATA 4C66A 3MULA 5D3NA 4HXMA 5E3GA 5C87A 4NR5A 4O7BA 4HBVA 5ACYA 4QSRA 4ZW1A 2RFJA 5FE1A 3FKMX 5CUAA 5E74A 4LDFA 3O33A 5KHMA 3K2JA 2F6JA 3I3JA 5I1QA 5H1VA 4WIVA 4NRBA 3JVLA 2R10A 4IR5A 4NQMA 4TT6A 5HFRA 2E7OA 4O71A 4QNSA 5CQAA 5K29A 4YYKA 5EU1A 4YYNA 4Q0OA 5G4SA 5LJ0A 5E3DA 4TU4A 4NS5A 5HRWA 5E9MA 5EI4A 5A7CA 5FBXA 5ETBA 4MEQA 5IIDA 4UIZA 2R0YA 4AKNA 2DWWA 4YABA 4DONA 2OUOA 4NQNA 4HXSA 2H60A 5FG5A 5CUBA 5F25A 4YK0A 5KO4A 5D26A 4CUSA 4QR3A 5CQ8A 4O70A 4PY6A 4LZSA 3AQAA 4QBMA 3RCWA 5G4RA 4QR4A 4IR6A 2D82A 5EWHA 5HEMA 4F3IA 4XYAA 4A9NA 3SVFA 4QR5A 4Z1SA 5FB0A 5F3AA 1WUGA 4OGIA 5EQ1A 2RO1A 5E9LA 5KTXA 4BHWA 2YDWA 2YQDA 5C8GA 2L5EA 4KCXA 4BJXA 3MQMA 4NYWA 4X2IA 4Z6IA 5C89A 3LQHA 4UYFA 5A82A 5LKUA 5CGPA 1JM4B 4YH4A 5DKCA 5IGLA 3U5MA 4PCIA 4IORA 5DYUA 5DX4A 5EVAA 5COIA 2YW5A 5AD3A 4LYWA 5DYAA 4YBTA 5J0DA 3QZVA 5D3SA 5FE6A 4J1PA 4BW2A 4XUAA 2R0SA 4QSXA 4YYDA 5D0CA 4CURA 5CQ3A 4N4FA 2L85A 5DW1A 5HJCA 5CQTA 3O36A 5CU8A 4A9MA 5F60A 4TYLA 5I80A 4TQNA 3P1FA 3ZYUA 4HBWA 5FE8A 4TU6A 5FH8A 4XY8A 5D3TA 4LZRA 4LC2A 4NUDA 5EPBA 5L8UA 5EWDA 1N72A 4CUPA 5EA1A 5E9YA 5ENIA 5FB1A 5KTUA 5HQ5A 2RNXA 3U5OA 5KTWA 4HXNA 5I89A 4UIWA 1EQFA 4BW1A 4MR3A 5CS8A 5FE3A 4YC9A 5H1TA 3P5OA 2KTBB 4J3IA 5D3HA 2OO1A 4N3WA 5L99A 4A9IA 5TCMA 4YYJA 4O7FA 5D3PA 5FE4A 5F63A 5D25A 3O37A 3LQJA 5DY7A 5F62A 5A85A 3NXBA 4BW3A 4YYMA 5FG4A 3U5NA 5C4QA 4IOQA 3GG3A 4QEWA 4NUCA 5EICA 5FE0A 5D7XA 4TT2A 5HRVA 5CQ4A 4QSTA 5H85A 5L8TA 5JWMA 5ENGA 4CFLA 5EV9A 3IU5A 3DAIA 5TB6A 3UW9A 5AMEA 5L97A 5II2A 4N4IA 2F6NA 5ETDA 2RI7A 4A9FA 4WHWA 3S91A 5I29A 5AD2A 5F2PA 3AADA 4Y03A 2WP2A 2I8NA 4RVRA 5BT5A 2WP1A 4NRCA 3MUKA 5F1LA 4UITA 5AMFA 5IGMA 5DKHA 5CUGA 4FLPA 4CUQA 4O75A 3DWYA 2LSPB 5DLZA 4XUBA 2N9GA 4TZ8A 5FE5A 4UIXA 4YY4A 5CRMA 3HMFA 5KU3A 2DVRA 4O7AA 4NYVA 4CLBA 5F5ZA 5D3RA 5HFQA 3O34A 5CY9A 4PS5A 4Q0NA 5DYXA 3D7CA 4YY6A 5FE7A 5DYCA 5BT4A 5C7NA 4XY9A 3U5JA 3LXJA 3G0JA 5DBMA 4QB3A 4QYDA 5A5PA 5HQ7A 4C67A 5CUEA 5IGNA 5BT3A 4ZC9A 5L96A 4OGJA 5CQ6A 5FE2A 3QZTA 5I40A 4Z1QA 4YADA 4J0RA 5DFDA 4IOOA 5HCLA 5HM0A 4NYXA 4KV4A 5DFBA 4Z93A 4MENA 4TS8A 4YYIA 5LUUA 2MJVB 5I7XA 5D3LA 4HXOA 5ENHA 4ALHA 4QSUA 2YEMA 5DLXA 4O74A 5F36A 4QUUA 4E96A 5DFCA 4PCEA 4QC1A 4NR4A 5D3JA 5EP7A 4LR6A 5A81A 5FH6A 2I7KA 2E7NA 4CUTA 4OUFA 4PTBA 2RS9B 3ONIA 3U5LA 5FH7A 5II1A 4Z6HA 4NXJA 4YATA 3LQIA 4A9HA 4QSSA 4YYHA 4YH3A 5L98A 4O7CA 4QSVA 4QUTA 4UYGA 3UV2A 5E0RA 4CL9A 5CPEA 4QSQA 4QEUA 4HXRA 5FDZA 3U5KA 5I7YA 3Q2FA 5F1HA 4NR6A 4QC3A 5FFVA 2L84A 4UIVA 4O72A 4NRAA 5CUDA 4UYEA 5FE9A 5CRZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4UIUA 3MB3A 3IU6A 2E3KA 4NR9A 4IR4A 5HQ6A 4PKLA 2EJNA 1E6IA 4UYDA 5ENCA 2NXBA 5FG6A 4QSPA 4A9KA 4O77A 5A5OA 5I86A 4WHUA 3JVJA 4MEPA 5H1UA 5EM3A 1PUOA 5FFYA 5LVQA 5EISA 4A9EA 4N4HA 3UVYA 3JVMA 4NR8A 5ENFA 3SVGA 3UV5A 4NUEA 5C85A 5CUCA 5EPRA 4O78A 5A5SA 4UYFB 4LYIA 3G0LA 4O76A 5IG6A 5I83A 4QY4A 1ZS5A 3HMEA 4MR5A 4ZQLA 2DKWA 4TT4A 2FSAA 3P1DA 3Q2EA 2GRCA 3ERRA 4J0SA 5LJ2A 2DVQA 5A5NA 5A83A 2DVSA 3LJWA 5IBNA 1X0JA 5LKXA 5E7DA 4CUUA 5CTLA 5EWCA 5E9IA 5HLSA 5HELA 5CQ5A 3HMHA 4A9JA 3MXFA 5ENJA 5E9KA 5FFWA 5LKTA 4QEVA 3MB4A 5IGKA 2G4AA 4HXPA 5A5RA 2YELA 2RNWA 3UVXA 4LRGA 4LYSA 2RNYA 5HRXA 4GPJA 3O35A 3UVWA 4A9LA 3S92A 1WUMA 4A9OA 5CZGA 3QZSA 5I88A 5EWVA 5DW2A 5CFWA 4QYLA 3UV4A 5LVRA 3TLPA 4TTEA 2YEKA 4O7EA 4YAXA 4BW4A 2YYNA 4ALGA 5LJ1A 4YBMA 4HBXA 5JI8A 4IR3A 3JVKA 4HXLA 4KV1A 5D24A 5CQ7A 3UVDA 4N4GA 4QZSA 4AKHA 5EWWA 1JSPB 4UYHA 1F68A 3P1EA 5E73A 5EK9A 4QSWA 5EGUA 5LKZA 5HENA 4HBYA 2R0VA 4HXKA 5ENEA 5CP5A 4LZ2A 3SVHA 4MEOA 4NR7A 3P1CA 5F61A 2DVVA 4MR6A 2D9EA 4MR4A 1ZKRA 4TZ2A 4YYGA 2OSSA 3U5PA 4CFKA 5E9VA 4UIYA 5DKDA 5A5QA 5ENBA 4YBSA 5EPSA 2DATA 4C66A 3MULA 5D3NA 4HXMA 4AI6A 5E3GA 5C87A 4NR5A 4O7BA 4HBVA 5ACYA 4QSRA 3D1DA 4ZW1A 2RFJA 5FE1A 3FKMX 5CUAA 5E74A 4LDFA 3O33A 5KHMA 3K2JA 2F6JA 3I3JA 5I1QA 5H1VA 4WIVA 4NRBA 2R10A 3JVLA 4IR5A 4NQMA 4TT6A 4AKGA 5HFRA 2E7OA 4O71A 4QNSA 5CQAA 5K29A 4YYKA 5EU1A 4YYNA 4Q0OA 5G4SA 5LJ0A 5E3DA 4TU4A 4NS5A 5HRWA 5E9MA 5EI4A 5A7CA 5FBXA 5ETBA 4MEQA 5IIDA 4UIZA 2R0YA 4AKNA 2DWWA 4YABA 4DONA 2OUOA 4NQNA 4HXSA 2H60A 5FG5A 5CUBA 5F25A 4YK0A 5KO4A 5D26A 4CUSA 4QR3A 5CQ8A 4O70A 4PY6A 4LZSA 3AQAA 4QBMA 3RCWA 5G4RA 4QR4A 4IR6A 2D82A 5EWHA 5HEMA 4F3IA 4XYAA 4A9NA 3SVFA 4QR5A 4Z1SA 5FB0A 5F3AA 1WUGA 4OGIA 5EQ1A 2RO1A 5E9LA 5KTXA 4BHWA 2YDWA 2YQDA 5C8GA 2L5EA 4KCXA 4BJXA 3MQMA 4NYWA 4X2IA 4Z6IA 5C89A 3LQHA 4UYFA 5A82A 5LKUA 5CGPA 1JM4B 4YH4A 5DKCA 5IGLA 3U5MA 4PCIA 4IORA 5DYUA 5DX4A 5EVAA 5COIA 2YW5A 5AD3A 4LYWA 5DYAA 4YBTA 5J0DA 3QZVA 5D3SA 5FE6A 4J1PA 4BW2A 4XUAA 2R0SA 4QSXA 4YYDA 5D0CA 4CURA 5CQ3A 4N4FA 2L85A 5DW1A 5HJCA 5CQTA 3O36A 5CU8A 4A9MA 5F60A 4TYLA 5I80A 4TQNA 3P1FA 3ZYUA 4HBWA 5FE8A 4TU6A 5FH8A 4XY8A 5D3TA 4LZRA 4LC2A 4NUDA 5EPBA 5L8UA 5EWDA 1N72A 4CUPA 5EA1A 5E9YA 5ENIA 5FB1A 5KTUA 5HQ5A 2RNXA 3U5OA 5KTWA 4HXNA 5I89A 4UIWA 1EQFA 3VKHA 4BW1A 4MR3A 5CS8A 5FE3A 4YC9A 5H1TA 3P5OA 2KTBB 4J3IA 5D3HA 2OO1A 4N3WA 5L99A 4A9IA 5TCMA 4YYJA 4O7FA 5D3PA 5FE4A 5F63A 5D25A 3O37A 3LQJA 5DY7A 5F62A 5A85A 3NXBA 4BW3A 4YYMA 5FG4A 3U5NA 5C4QA 4IOQA 3GG3A 4QEWA 4NUCA 5EICA 5FE0A 5D7XA 4TT2A 5HRVA 5CQ4A 4QSTA 5H85A 5L8TA 5JWMA 5ENGA 4CFLA 5EV9A 3VKGA 3IU5A 3DAIA 5TB6A 3UW9A 5AMEA 5L97A 5II2A 4N4IA 2F6NA 5ETDA 2RI7A 4A9FA 4WHWA 3S91A 5I29A 5AD2A 5F2PA 3AADA 4Y03A 2WP2A 2I8NA 4RVRA 5BT5A 2WP1A 4NRCA 3MUKA 5F1LA 4UITA 5AMFA 5IGMA 5DKHA 5CUGA 4FLPA 4CUQA 4O75A 3DWYA 2LSPB 5DLZA 4XUBA 2N9GA 4TZ8A 5FE5A 4UIXA 4YY4A 5CRMA 3HMFA 5KU3A 2DVRA 4O7AA 4NYVA 4CLBA 5F5ZA 5D3RA 5HFQA 3O34A 5CY9A 4PS5A 4Q0NA 5DYXA 3D7CA 4YY6A 5FE7A 5DYCA 5BT4A 5C7NA 4XY9A 3U5JA 3LXJA 3G0JA 4QB3A 4QYDA 5DBMA 4AKIA 5A5PA 5HQ7A 4C67A 5CUEA 5IGNA 5BT3A 4ZC9A 5L96A 4OGJA 5CQ6A 5FE2A 3QZTA 5I40A 4Z1QA 4YADA 4J0RA 5DFDA 4IOOA 5HCLA 5HM0A 4NYXA 4KV4A 5DFBA 4Z93A 4MENA 4TS8A 4YYIA 5LUUA 2MJVB 5I7XA 5D3LA 4HXOA 5ENHA 4ALHA 4QSUA 2YEMA 5DLXA 4O74A 5F36A 4QUUA 4E96A 5DFCA 4PCEA 4QC1A 4NR4A 5D3JA 5EP7A 4LR6A 5A81A 5FH6A 2I7KA 2E7NA 4CUTA 4OUFA 4PTBA 2RS9B 3ONIA 3U5LA 5FH7A 5II1A 4Z6HA 4NXJA 4YATA 3LQIA 4A9HA 4QSSA 4YYHA 4YH3A 5L98A 4O7CA 4QSVA 4QUTA 4UYGA 3UV2A 5E0RA 4CL9A 5CPEA 3D1BA 4QSQA 4QEUA 4HXRA 5FDZA 3U5KA 5I7YA 3Q2FA 5F1HA 4NR6A 4QC3A 5FFVA 2L84A 4UIVA 4O72A 4NRAA 5CUDA 4UYEA 5FE9A 5CRZA
chains in the Genus database with same CATH topology
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