3V1OA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
HGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
total genus 53
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1oA00
3OYKA 4CGIA 4LH4A 4F3TA 4KFBA 3VQ8A 3ZT4A 3MXMA 3HJFA 4CHNA 1JL1A 4F2RA 4FJ9A 3DRRA 4CECA 3OYFA 4DTOA 3QETA 1HYZA 2DFHA 1X9SA 3CM5A 4I7FA 3OVNA 3KLHA 1RTJA 4FW2A 1ASWA 1TKXA 1BISA 2ITGA 4C8NA 4FM0A 4E7HA 4E7LA 3HPGA 4DQSA 3LZIA 3V9UA 4B3OA 1EKEA 2XHBA 3NHGA 1U04A 3NGIA 4FM1A 4KREA 2YNIA 3KK1A 3L2QA 3L8BA 2B5JA 4O4GA 4B08A 4H4MA 4C8OA 4CJEA 2Q3SA 1JLAA 4O44A 1Z26A 4B9TA 2OZSA 3T3FA 1ZBIA 1J53A 3MECA 3ZT3A 1IKVA 4FZZA 2XY7A 5I42A 4KB1A 3OY9A 1QHTA 4OPJA 4AILC 3NE6A 4KTWA 2XY6A 3S9HA 3O3FA 3AVHA 1HPZA 3M8RA 3VQ9A 4BACA 4Z4HA 1RTDA 3BGRA 3K5OA 4FJ8A 1VSLA 3ITHA 3KK3A 3L2VA 3NH0A 3NGYA 5HBMA 1LWCA 1TL3A 4DSEA 1UA1A 4HCBA 4O55A 1KRPA 4DU4A 3IS9A 3QINA 3HP6A 3OYAA 4NCAA 3AVLA 4Z4FA 3JSMA 3QNOA 3HVRA 4KPYA 4FLYA 5CZ2A 3SQ4A 1HQUA 2JLEA 2FBXA 1CZ9A 1YTAA 3CM6A 3RMAA 2YKMA 2B6AA 1L3SA 4PUOA 2BGGA 3M8QA 2LSNA 4OLAA 2X6NA 1DTTA 1REVA 1RT3A 4F2SA 4DFKA 3ZSZA 1JLEA 3NF8A 1D9FA 1SUQA 5KTQA 4KHSA 3KLGA 3UIQA 3ZSQA 3CQ8A 2DFEA 2FBYA 4AH9A 4E1NA 3LDSA 4BE2A 1NK5A 4DQPA 4M3TA 3H08A 1C1BA 4DQIA 4EP4A 1IKWA 1TKTA 4DLGA 1Z25A 1TV6A 5EU7A 3OYIA 4DQQA 3RMBA 1KFSA 5J2MA 4J2DA 4IFVA 1J5OA 5CZ1A 3QERA 3L3VA 2EHGA 4KHYA 3RTVA 2QXFA 3V1QA 4AHUA 3OYJA 4DU1A 1SL2A 1VSFA 3SQ0A 2YNFA 3ASMA 4M3YA 1HRHA 3CFOA 1UA0A 3QEWA 1XHZA 5KI6A 2Z1GA 4OGEA 1UAXA 2VG7A 1VSDA 2IDOA 3VQQA 3WNFA 4IKFA 4CJLA 4CF2A 1U4BA 5KRTA 3K5LA 1BIZA 1LWEA 3ISNC 3T1AA 3SPYA 3F73A 1T7PA 3LANA 1NK0A 2E6MA 4DSIA 4KHUA 3OYMA 3VQPA 1JXBA 3NFAA 3TAPA 4LY7A 4QAGA 5KGWA 3M8PA 1VSJA 1JLBA 4LSNA 4Z4CA 3SQ1A 3TANA 4E0DA 3VN5A 1KVAA 4UQGA 4KHNA 3KLEA 3AVBA 5HROA 4I9QA 1ASUA 1YTUA 3AA2A 4CJVA 1X9MA 3DLRA 2YHAA 5SZTA 1N6QA 4CJQA 3PX4A 3QEVA 4IDKA 4W5RA 3OS2A 4HTUA 1HYSA 3KTQA 1A5XA 5CYQA 3KLFA 4DSKA 4E3SA 3AO4A 4DF8A 4IG0A 4CK2A 3V6DA 4FLVA 3SQ2A 2JGUA 1D8YA 2RPIA 3C95A 4BWJA 4DLEA 3LZJA 1HNIA 2D0CA 1I39A 2YHBA 3HPHA 4C8MA 3S3MA 3DI6A 1TL1A 4CEDA 2G8WA 4CIEA 5HRNA 3LAMA 4PQUA 1NKEA 1GOCA 1I3AA 3AO1A 4E89A 4ELVA 4NCBA 3O3GA 1WSFA 3LP2A 1SV5A 3DOKA 1Y97A 3F9KA 3V9WA 4O0IA 4Q5VA 1WN7A 4CJRA 3S3OA 1BGXT 2VG5A 3VQDA 3NF9A 3NF6A 4M3WA 4CEFA 4Y1DA 1Q8IA 3QNNA 5JS2A 4OLBA 4FCYA 3OYEA 2E4LA 1S1VA 4DS5A 3JYTA 3IAYA 4FK2A 1RNHA 2ZE2A 4M3UA 3U3YA 3B6OA 4CHQA 3MEGA 2HHQA 1JLGA 4CEZA 1LW0A 3ZSVA 1D5AA 4CJ5A 1S1UA 4FJHA 3AVMA 1RBRA 2IAJA 3KD1E 3SUNA 3T19A 3U6FA 1SL1A 1JLCA 4OKKA 4CJFA 4CERA 1XI1A 3KKSA 4J2EA 2D0AA 3SCXA 2YNHA 1QSLA 4BDPA 2HHWA 1HQEA 3TR8A 4TSXA 3E01A 1S5JA 1JXEA 4B8AB 2KFNA 4L8RB 2QKKA 1KLMA 2HHSA 1C6VA 3QIPA 3HT3A 3VQ6A 4PY5A 1BQMA 3TAQA 4DMNA 3DLHA 4FJLA 3V1RA 3TAEA 3V9XA 4ZTJA 4I2PA 4CK1A 5I3UA 3NH2A 4FLZA 4YNQA 3DLEA 2IS3A 3DRPA 4CFDA 4O5BA 2BDPA 4GMJB 4KI6A 1TK0A 4DU3A 1B9DA 2D0BA 5DMRA 3SUQA 3NBPA 5HRRA 1ZBLA 1KLNA 3AO2A 3P1GA 3EZ5A 2P1JA 1NJWA 3S3NA 4HUEA 4H8KA 1Q9YA 4FJXA 4M3ZA 2OYQA 1NK6A 1KVCA 2O4GA 1BI4A 4H4OA 5HLFA 1IKXA 2BANA 3B6PA 3P83D 4K8XA 4MFBA 3OS0A 1IKYA 1RT1A 4FJNA 4DF4A 4CFAA 2RKIA 1SKWA 3LAKA 1TKDA 1LW2A 4DTRA 3TI0A 3O3HA 3O4NA 3OYGA 4F4KA 4M42A 4FJJA 3FFIA 1HMVA 1EXQA 1VSMA 3RMCA 4CFBA 5K14A 4E19A 1FKOA 1QS4A 1R0AA 3AVAA 4DSFA 4FJIA 3LPUA 5C24A 3WNHA 4OKEA 1WSHA 4FJ5A 4CGFA 2HNYA 1RT7A 3RWUA 4K8ZA 4DFPA 1FK9A 3VQEA 2P5GA 3VQ4A 1KVBA 1Q9XA 4KV8A 1O1WA 2OPPA 1ASVA 3K57A 1QTMA 3MXJA 1S6PA 5C42A 4FXDA 3NAEA 1CXQA 1MU2A 1DLOA 4AHVA 4DFMA 1D9DA 3KD5E 4JRPA 4RW9A 1J54A 4DTXA 2A1SA 1RT5A 3DLBA 1EX4A 3O4QA 4E7KA 3CFPA 4ELUA 1U48A 4KO0A 4DTNA 3AA5X 4CJWA 1RTHA 3K2PA 3HVTA 1NJYA 4FVMA 3LPTA 4F3OA 1C0UA 1LAWA 1WSIA 3G10A 3CFRA 4NYNA 4CIGA 5T7BA 1KCFA 1U49A 1NJZA 1RBVA 2P51A 3HL8A 3PUFA 4CEBA 3OJSA 2ETJA 1WLJA 3ZSOA 3PO5A 4B9SA 1BQNA 4JS5A 2E6LA 4CJSA 3PV8A 2PZSA 3SUOA 4CK3A 3KK2A 2HHXA 4FK4A 1JKHA 1KTQA 1UOCA 5J1EA 4R5PA 1YT3A 3AV9A 3HM9A 3SV4A 3SNNA 1NJXA 2HVHA 3HK2A 3ZT2A 4M41A 4YFUA 2KQ2A 2X6SA 1W9HA 3KLIA 1VSKA 3AO5A 4Z4IA 4FLXA 4CHYA 1S1XA 3LP1A 4CHOA 3V9ZA 2GV9A 3AVFA 4NCGA 3IG1A 4FLTA 1SL0A 2WONA 5FDLA 2RF2A 4BE0A 4E7JA 3KKRA 3L2RA 3RR7A 1RDDA 2IOCA 3OJUA 3AVKA 4C8LA 3TAMA 4PWDA 3NCIA 1QE1A 3SZ2A 1U45A 4B9LA 2HMIA 5J2QA 2G8FA 4CJPA 1T03A 2RN2A 3NF7A 5HP1A 4EZ6A 4IFYA 1KSPA 4KKOA 3TAFA 2ZQBA 1LAVA 4FLUA 4CF9A 4I9LA 2HHUA 1TGOA 1WSGA 2HVIA 4W5QA 1BCOA 4CCHA 4CGHA 4CIFA 4BDYA 1LV5A 4HCCA 4KI4A 4FJGA 2Z1HA 4DTSA 3K58A 1TAQA 5SWMA 4NYFA 4E7IA 4FYDA 3U3GA 4HHTA 2GBZA 1S1WA 1CZBA 2WOMA 2XY8A 4B9UA 4O0JA 2OPQA 4BWMA 1HYVA 4DTMA 3PO4A 4M3XA 4OGCA 3WNGA 4W5TA 3V81A 2D5RA 1SKSA 3SUPA 3TABA 3OYLA 4EZ9A 3VQ7A 1NKBA 4DTJA 4HUGA 3CG7A 4CF1A 3L2UA 1HNVA 1C1CA 2Z1IA 2YNGA 4J2AA 3TAGA 3K5NA 3EYZA 2P5OA 4GW6A 4N5SA 3ZT1A 3HPOA 4LH5A 2KTQA 3NGZA 5JS1A 1XWLA 4Z4EA 2AJQA 4CEAA 1SKRA 1BI4B 2PYLA 4ZHRA 3D0PA 4DS4A 5J2NA 4HUFA 3ZSXA 3VQ5A 4W5NA 3HXMA 3RR8A 3QIOA 4DQRA 1NK4A 4Z4GA 2HW3A 1ITGA 2IGIA 5KGXA 4CJ3A 3WNEA 4QOZB 3C94A 3IRXA 3ZCMA 4PA1A 3SV3A 2QKBA 1RBUA 4Y1CA 1BIUA 1RTIA 3V4IA 1QSYA 5J2PA 4KHWA 4RW8A 5KRSA 4ICLA 3SJJA 2F8TA 1RDAA 2G8IA 1FXXA 2VG6A 2HNDA 3I0SA 5HRPA 3C6TA 3RMDA 1IG9A 3PX6A 5DK5A 2FBTA 4JS4A 1YVUA 3NH1A 4C8KA 4FZYA 2DFFA 4W5OA 3PX0A 3DLKA 3VA3A 2Y1JA 2HNZA 1CXUA 2G8UA 4RW6A 1L3VA 2IC3A 2NUBA 4B9NA 1IH7A 2FC0A 1QQCA 1ZBFA 4M3RA 4F8RA 1C1AA 3OYHA 3M8SA 3MEEA 1QSSA 3BDPA 2OPSA 3AA3A 3DLGA 1S6QA 3KJVA 3L2WA 2G8VA 3G0ZA 3V9SA 4AHRA 1IO2A 4FJMA 2ATQA 2VWJA 2DY4A 2DTUA 1HJRA 2B4JA 2GUIA 4HVJA 4KTQA 3MEDA 1X9WA 2X74A 3QLHA 4FM2A 1EP4A 3DM2A 3ZSYA 2F8SA 1TK8A 2PY5A 4CJUA 4CEOA 3K59A 3KIOA 4RW7A 1NOZA 4WE1A 1NK9A 1J9AA 1FKPA 4JRQA 1WSJA 2OPRA 4Z0UA 1X1PA 3SPZA 3THVA 3LP0A 3HP9A 2YKNA 3LP3A 3OYCA 1K6YA 1WNSA 3OYBA 4AHSA 1GOBA 4XIUA 4CESA 4CHPA 3TWHA 2A1RA 3QEPA 3AVJA 1BL3A 3L3UA 1RT2A 1BCMA 2ZD1A 1WSEA 3AO3A 4LD0A 2R7YA 4CF8A 2W42A 1VSEA 4LSLA 4CJ4A 1JLQA 4DTPA 1DTQA 2KZZA 4I2QA 1RILA 3QESA 3RRGA 1VK0A 3DMJA 4M45A 1TVRA 3VQBA 4CJKA 4B9MA 1S9GA 2QK9A 4OVLA 4CFCA 3AVCA 1NK7A 4KB0A 4OJRA 4FLWA 3MAQA 4AHTA 2OA8A 4RW4A 2Z1JA 3QEXA 4MQ3A 1A5VA 1RCHA 4CF0A 4DG1A 3K5MA 1B9FA 4CE9A 3AVNA 1S9EA 3DRSA 5CYMA 4B8CA 3I8DA 4FJKA 1KFDA 1RDCA 3V1OA 3AVIA 3VQAA 4DFJA 1T8EA 2X78A 2VWKA 3OYNA 3C6UA 3PY8A 2FBVA 4FJ7A 1S1TA 2KZMA 1BHLA 1G15A 4CHZA 5C25A 4ID1A 5HRSA 1TAUA 3EY1A 4N56A 3CYMA 4CEQA 4G1QA 3MXIA 3ZT0A 1A5WA 1B92A 1NK8A 1WAJA 1W0HA 2KW4A 4N41A 1EETA 3VA0A 4GVMA 3OS1A 3AVGA 2BE2A 4EP5A 1F21A 4N76A 1VRTA 1C0TA 1TKZA 3LWMA 4J2BA 1JL2A 2XRIA 4CGGA 1WAFA 2EX3A 3A2FA 3TARA 1CLQA 4BE1A 4FK0A 1RT6A 1XHXA 3RRHA 2OZMA 4KAZA 3P5JA 3DOLA 4KHQA 1LWFA 4KRFA 3ZSWA 5E41A 3SI6A 3OYDA 4DSJA 5D3GA 1UWBA 1JLFA 4RG8A 1VSHA 3HSTB 4OPKA 1RBTA 2Y1IA 5FROA 3LWLA 4Q0BA 4IG3A 4ELTA 4KTZA 1TK5A 1NKCA 2HHTA 2HB5A 4FW1A 5CY4A 3SYZA 3QEIA 4ZTFA 4CGJA 4IBNA 4E1MA 1T05A 4B9VA 4ID5A 3VQCA 1RBSA 2XY5A 1XC9A 1C0MA 1ZYQA 1L5UA 3I0RA 2G8HA 4DSLA 5FRNA 2O4IA 3AA4A 4FZXC 4JLHA 4N47A 1RT4A 3HO1A 2HHVA 4DWIA 3ZSRA 1VRUA 3ALYA 4OKJA 2PYJA 4BDZA 4QCLA 2XO7A 3NDKA 3QO9A 4DTUA 1NOYA 2KFZA 4CGDA 3D45A 1ZBUA 5FRMA 1VSIA 1RDBA 2YV0X 3ULDA 3DYAA 1GOAA 1N5YA 1L3UA 1U47A 2G8KA 4CJTA 3HYFA 4AHCA 2I5JA 4CEEA 3LALA 2F96A 1ZBHA 1L3TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NLCA 5AQQA 2GTDA 4AM7A 3ZT4A 3MXMA 4B9QA 4FJ9A 3KVGA 4CECA 3VGMA 1HYZA 1X9SA 1BISA 2E8AA 4E7HA 3LZIA 1DGKN 2A41A 2OANA 1EKEA 3NGIA 4FM1A 4KREA 3L2QA 3H1VX 4DV6K 3WXKA 1ZXOA 2RHKA 3THYB 4QS9A 1J53A 4FZZA 2GWKA 5I42A 2VQEK 2XY6A 4JKGA 1TYQB 3HSCA 5AZIB 1J6ZA 1SAZA 1QVGM 4FWQA 3NH0A 1UA1A 3KWGA 4HCBA 4WFAL 4O55A 1KRPA 2F8SA 4B1YB 3QNOA 4CZFA 5CR4A 4FLYA 1HQUA 3RSEB 1CZ9A 2BGGA 4JI7K 3CF5L 2A42A 1DTTA 1RT3A 2IVPA 4JD2B 3VF6A 2BUPA 1SUQA 4A5BA 1KQSM 4XEIA 3ZSQA 2DFEA 1NK5A 3BEXA 1E4FT 1IKWA 4M7YA 3OYIA 4AQYK 4DQQA 1KFSA 1O13A 5J2MA 3CCMN 5M1OA 1J5OA 4MDAA 2ZJQL 2EHGA 4FOEA 3THWA 2P9LA 3RTVA 4AHUA 1RFQA 5EVZA 1VSFA 3A5MC 2YNFA 3ENBA 1GLCG 3M6GA 3O9QA 3CCSN 1UA0A 1VHXA 3WNFA 4LF8K 3NVKA 3ISNC 3EO3A 2NLXA 4QS7A 4DSIA 3SBGA 1BU6O 4LY7A 5KGWA 3M8PA 1JLBA 4LSNA 2VGMA 3TANA 4E0DA 3VN5A 1KVAA 3AVBA 5HROA 3TPQA 2IIRA 4XH5A 3DLRA 1N6QA 5SZTA 3PX4A 3QEVA 4IDKA 1QHAA 3ATUA 3KTQA 3SQ2A 4FLVA 1ATNA 2JGUA 1D8YA 2RPIA 3C95A 1DKGD 2YHBA 3HPHA 1VQ6N 2G8WA 4CIEA 3LAMA 2E1YA 1YUWA 2HOEA 4PQUA 4CD3A 3TSQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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