3V1QA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
AETHGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
total genus 47
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1qA00
4ELUA 4B9LA 1G15A 4CJPA 4E7JA 4E0DA 5KGXA 3HXMA 1HYVA 4B9MA 4OLAA 2JLEA 2XY5A 4DS4A 1VSDA 1XHXA 1UOCA 4O5BA 4FLTA 4EP5A 1JLBA 3V9UA 4JRQA 4Z4GA 5HRNA 1UA1A 4NYNA 5DK5A 3NE6A 1T05A 2OPRA 3S3NA 2KW4A 1C0UA 4H4OA 3MXJA 4HVJA 2W42A 3SCXA 2FBTA 3I8DA 1ZBLA 3DRPA 2D0BA 3ITHA 4HUGA 1UAXA 4NCBA 3I0RA 1BGXT 3MEGA 4FLXA 3KLHA 4CERA 1DTTA 3OVNA 3OS1A 5SWMA 2WONA 3SZ2A 1KFSA 1CXQA 5CYQA 4DQSA 1TKXA 1MU2A 4CHQA 4DTRA 5HBMA 1NK5A 2X6SA 5KRTA 5HROA 4CK3A 2FBXA 3HVTA 1S5JA 1QTMA 4FLUA 2RPIA 3DI6A 1IH7A 4ICLA 1BCMA 3I0SA 3LPUA 4BDYA 4M3RA 1C6VA 3T1AA 4J2BA 4G1QA 1WNSA 2ETJA 3RMDA 4M3UA 1ZBHA 4RG8A 5DMRA 2QKBA 2O4GA 3QINA 4IKFA 2P5OA 1SKWA 1NK9A 1NKBA 3CM6A 1NK7A 4I7FA 5E41A 1NK6A 1QSSA 3KK2A 3V9SA 4K8ZA 3NF7A 2EX3A 4MFBA 3T3FA 1RTIA 3KLIA 3LP3A 2P1JA 4AHRA 3L2UA 1BQMA 3VQ8A 4J2AA 4KO0A 3DRRA 1TL1A 2RF2A 3MEDA 3ZSZA 2HVIA 2KZZA 5FROA 2HVHA 1U04A 3F9KA 3TR8A 4DTUA 3SQ0A 4ELTA 2HB5A 4PY5A 3AO3A 1J5OA 1NK8A 3PX0A 2XY8A 3AVMA 2PY5A 1RT5A 1QHTA 3DOKA 2Q3SA 4FLZA 1KSPA 1ITGA 2HHQA 2KZMA 1S1VA 3LDSA 4DQIA 3PV8A 4CJTA 1IO2A 4F2RA 4CEZA 4FJGA 1LWCA 3NGYA 4KHWA 4Y1DA 3L2VA 2XY7A 3OS2A 2GUIA 4CEEA 2B6AA 4BWMA 3V9WA 4O44A 3L2WA 4DTXA 3TAQA 3WNEA 4LSNA 1ASVA 4FM0A 3C6TA 1SUQA 3DLRA 5C25A 1IG9A 4F3OA 1FXXA 1RBUA 3OYIA 3WNGA 3TARA 1U45A 4DFKA 1CZ9A 4LH4A 3K5MA 2AJQA 3AVIA 5CYMA 4E7IA 1Q8IA 4M3XA 1S1XA 1YTAA 3K2PA 4DSEA 2OZMA 1RDAA 1S6PA 4Z0UA 4HHTA 1HJRA 2I5JA 4CFDA 3VQAA 4CEOA 2VG7A 4E1NA 4NCGA 1L3TA 4CE9A 4CHYA 3LALA 2OZSA 3AVGA 1XWLA 4HUEA 4FXDA 3KIOA 4FJXA 4M3WA 1KFDA 1X9SA 4CGGA 1HYSA 3AO1A 4IFYA 1RCHA 3LPTA 2XRIA 4IDKA 3SUNA 4F4KA 2DFFA 1SKSA 3HM9A 3L3VA 3AO2A 3IRXA 5HLFA 3ULDA 1SL2A 4KAZA 2E4LA 4CEBA 3F73A 1RT6A 1Z25A 2IS3A 4KTWA 3S3OA 4OJRA 1KLMA 1WSHA 4FJ8A 4RW6A 4KV8A 3OYEA 4GMJB 2WOMA 4CEAA 3HSTB 4CK2A 3B6OA 4B8CA 2QK9A 1I39A 4I2QA 3O4NA 1NKCA 4BDPA 1VSIA 4FJJA 1FK9A 1ZYQA 3QNNA 4C8LA 3KKRA 4CF1A 4UQGA 1QSYA 1C1BA 3TAPA 3G10A 3HP6A 2Z1HA 4DTOA 3AVAA 3PY8A 1VSMA 2YNGA 2KFNA 4KFBA 3OS0A 4B9SA 1JLEA 3O4QA 3KD5E 2IDOA 4QCLA 1L3UA 4FZZA 1RBSA 3DLGA 1WLJA 4CGJA 4CJEA 3VQCA 3OYLA 5SZTA 4W5QA 3K59A 4ELVA 4F8RA 3C95A 1TVRA 4KKOA 1IKWA 1RT4A 1RBVA 2BANA 1JXBA 1O1WA 4OGCA 1A5WA 4AHVA 3SV3A 3TI0A 4KI4A 3P83D 3M8QA 2DFEA 4JRPA 4W5OA 4FK4A 3CM5A 5CZ2A 3SQ2A 1B92A 3AV9A 3SYZA 1LWEA 4KREA 1U47A 4DSFA 4NYFA 4ZTFA 1C1CA 2KTQA 1WSIA 3SQ1A 3HYFA 1RT2A 4E19A 1LAWA 1RTJA 3NF9A 4LH5A 2F96A 3EZ5A 2R7YA 4BE1A 2HW3A 2FBVA 4CIGA 3RRHA 4JLHA 2OPPA 3VQ7A 3IS9A 4CJSA 4AHSA 1BQNA 1KVCA 3ISNC 1RBTA 4N47A 4EP4A 1D9FA 2PYLA 3SV4A 3VQ5A 2RN2A 1N6QA 4Z4IA 1FKPA 4KRFA 3RR7A 2X78A 4RW8A 4AH9A 2LSNA 4R5PA 3EYZA 3QLHA 4B9VA 4FJKA 3LP1A 4M42A 3AA3A 3UIQA 1D9DA 1NOYA 4M41A 3OYDA 1TL3A 3HO1A 5JS1A 4O0IA 1TK5A 3ZSOA 1HPZA 3ZT3A 1S9GA 4CGDA 1S1WA 3HP9A 3E01A 3DYAA 2OPQA 1ASUA 2DFHA 4CHPA 1HNIA 4KTZA 4HUFA 4DTSA 4AHUA 2YNHA 3C94A 4DSKA 4W5RA 4CHZA 4LD0A 4JS4A 4AILC 4E7HA 3DMJA 2Z1IA 1J53A 2D5RA 3QERA 1TKZA 3U3YA 4DWIA 3RMBA 1R0AA 4FCYA 4FLWA 1Q9XA 2D0AA 3DLBA 4I2PA 4FJLA 3V1RA 3CG7A 2Z1GA 4CECA 4CFCA 1DLOA 4FK0A 4GVMA 1JLFA 3OY9A 1EETA 4HTUA 3QETA 3MXMA 3OYMA 3M8SA 2B5JA 3AA4A 1HMVA 2OA8A 2PYJA 4BACA 3L3UA 2DTUA 2RKIA 3PO5A 3JSMA 4E3SA 3TABA 1HQUA 1C0MA 3AVCA 3AVLA 3L8BA 1X1PA 4CFAA 2G8KA 2BGGA 4NCAA 4FYDA 4YNQA 1ZBIA 5FDLA 2X6NA 4MQ3A 1NK4A 1IKXA 1TK0A 3RRGA 2KQ2A 2HNZA 4C8OA 4M3ZA 4O0JA 3LZIA 5KTQA 4YFUA 1REVA 3K5OA 3VQEA 4FJMA 4M45A 3VQ4A 1HNVA 3AVKA 3V81A 3CFRA 3SNNA 4C8MA 2QXFA 3OYHA 5HRRA 3LP2A 1LV5A 3AA5X 1JLGA 2O4IA 3FFIA 3SQ4A 3OYBA 4DQQA 4KI6A 4CJ4A 3LWLA 4EZ9A 4FJNA 3WNHA 1WSFA 4OVLA 1S6QA 4B8AB 3RWUA 3L2QA 2D0CA 3PUFA 1NJYA 3KTQA 4B08A 3OJUA 1A5XA 3EY1A 1T8EA 4BE2A 3KLEA 3O3HA 1VSKA 3KLGA 1TAUA 2BDPA 1TK8A 4CFBA 4PQUA 3VQQA 1RNHA 1WAJA 4I9LA 1BISA 4DS5A 1BIZA 4ID5A 1W9HA 1KVBA 1RDBA 2YHBA 2YKMA 3HPGA 2G8IA 4FLVA 2OYQA 3U6FA 1GOBA 4Z4HA 3ZSXA 4E7LA 1VSLA 5I3UA 3HK2A 1ZBUA 4CEQA 3KJVA 4F3TA 4H8KA 5I42A 1EXQA 4Q0BA 1CXUA 4DMNA 5FRMA 1BI4A 3SUPA 3AO5A 4QAGA 3NH1A 3OYNA 3S3MA 4W5TA 2ZE2A 4N5SA 1NJXA 3LWMA 4O4GA 3NGZA 3D0PA 4CF0A 4CK1A 3KLFA 2E6MA 1W0HA 2B4JA 4K8XA 2HHSA 1EKEA 4KTQA 3TANA 3C6UA 3VQDA 3ZT4A 4DQRA 4DTJA 3VQPA 2G8UA 4N41A 1ASWA 1QQCA 1RBRA 4IFVA 3RTVA 3ZT2A 4DU4A 3DLHA 1B9FA 2ZD1A 3A2FA 1J9AA 3NCIA 3OYGA 3S9HA 2G8WA 4PA1A 1NJWA 1D5AA 4E89A 1RT3A 4B9NA 4CGIA 4IBNA 1QE1A 4KHNA 4FLYA 3KK1A 1RT7A 2HNDA 4DLEA 1WSJA 1S1TA 4CJQA 5J1EA 4DF8A 1EP4A 3V1QA 4CJLA 4GW6A 2BE2A 4CJFA 4CJWA 1GOAA 4DFPA 1S1UA 4HCCA 4C8KA 4FJ9A 3TAFA 1Y97A 5J2MA 2PZSA 2VG6A 3QEWA 3ALYA 4CF2A 3HVRA 4W5NA 3L2RA 1LAVA 3HL8A 2F8TA 1SKRA 4FJIA 2HHTA 4RW7A 2Z1JA 4Q5VA 2IAJA 4E7KA 1L3SA 1ZBFA 1QSLA 3VA0A 4B3OA 4Z4CA 4DU3A 3ZSWA 3RR8A 4J2DA 4OKKA 1JL1A 1VRTA 3M8PA 4CF9A 2OPSA 4DSLA 4L8RB 5C24A 2JGUA 3O3FA 4FZYA 4OGEA 3NBPA 3NF8A 1BCOA 2ITGA 1WN7A 3DM2A 2X74A 5D3GA 5K14A 4DG1A 3AVJA 1C0TA 4AHCA 4DFMA 3NHGA 1UA0A 4KB1A 4KHQA 2QKKA 2XHBA 4FW1A 4CJVA 1JLAA 1RTHA 3CQ8A 3SI6A 1TGOA 1VRUA 1WSEA 4DTPA 3BDPA 4J2EA 4DTMA 4BE0A 3SPZA 3K58A 3LANA 4KHUA 1YTUA 2GBZA 3KKSA 1XC9A 2HMIA 1L5UA 4IG0A 5CY4A 1BIUA 3JYTA 4FW2A 1JKHA 5J2PA 4DF4A 3QEXA 5T7BA 3KK3A 3V6DA 5HP1A 3MXIA 2FC0A 2IGIA 2YV0X 3PX6A 2HNYA 1VSJA 2VWJA 3TAGA 3AA2A 3U3GA 2G8VA 4PUOA 4Z4FA 1RTDA 2EHGA 2F8SA 1TAQA 3SPYA 4KHSA 4IG3A 3K57A 4B9UA 4FM2A 4LY7A 3OYCA 4BDZA 1IKVA 3ZSYA 3HPOA 4CEDA 1RDCA 4CJKA 4EZ6A 1VSEA 3TWHA 1FKOA 2ZQBA 4AHTA 1NKEA 3V9ZA 4OKEA 4FJHA 4CJRA 3NH2A 1NK0A 1N5YA 1DTQA 1C1AA 3P5JA 3B6PA 4QOZB 5KI6A 3ZT0A 3NH0A 3PX4A 1HRHA 1UWBA 3QEIA 1TKDA 4H4MA 4CGHA 4KHYA 5C42A 4DLGA 3LAMA 3MAQA 3WNFA 1U48A 1RILA 5KGWA 1BHLA 1KTQA 3HPHA 3VQ6A 2HHXA 3QEVA 1NJZA 3HT3A 5CZ1A 3D45A 4DSJA 3OYFA 4CEFA 1LW0A 2YNFA 4CIEA 4XIUA 5J2NA 3ZSRA 2IC3A 5JS2A 4ZHRA 3K5LA 4DU1A 4TSXA 2NUBA 3ASMA 1F21A 3ZSVA 2GV9A 1U4BA 4DQPA 4CGFA 3CFPA 1KVAA 4DTNA 1BI4B 4CJ5A 3NF6A 4OPJA 3OJSA 3SUQA 1JLQA 5J2QA 4CHNA 3OYKA 2FBYA 3DLEA 4RW9A 3VA3A 3MECA 1U49A 1T7PA 5EU7A 3MEEA 3NAEA 1X9MA 1K6YA 3IG1A 1J54A 2IOCA 4Y1CA 4CJ3A 4CIFA 1WSGA 2P51A 2XO7A 2XY6A 1SV5A 4WE1A 2YNIA 2E6LA 5HRSA 2P5GA 4CHOA 4RW4A 1RDDA 2VWKA 2A1RA 4FJ7A 1VSHA 4N56A 3O3GA 4FJ5A 4OLBA 3ZT1A 1HQEA 4ZTJA 3BGRA 4C8NA 3V9XA 2A1SA 2KFZA 5FRNA 1GOCA 2ATQA 1JLCA 2YKNA 1CLQA 1SL0A 4Z4EA 1KCFA 3LZJA 1LWFA 4F2SA 1Q9YA 4M3TA 3PO4A 4N76A 1IKYA 3DLKA 1S9EA 3VQBA 2DY4A 3QIOA 4DFJA 3RMAA 2VG5A 3NFAA 4BWJA 4FVMA 1LW2A 3OYAA 3LAKA 4M3YA 4FM1A 3M8RA 1NOZA 4DSIA 3DRSA 3AVBA 4HCBA 4ID1A 2HHWA 4O55A 3NGIA 1KLNA 4LSLA 3KD1E 4OKJA 3P1GA 3SJJA 2Y1IA 2HHUA 3AVNA 4E1MA 2HHVA 3SUOA 2G8FA 1HYZA 3QNOA 1QS4A 3IAYA 3AVHA 3ZCMA 3H08A 4CCHA 4B9TA 4I9QA 1VSFA 3QESA 3HJFA 3LP0A 4FK2A 4CESA 4CJUA 1X9WA 1JL2A 3QIPA 3CYMA 1XHZA 4KPYA 1TKTA 1BL3A 1XI1A 1YT3A 3DOLA 3RMCA 3TAEA 3CFOA 1VK0A 3AO4A 3V1OA 3ZSQA 5HRPA 3AVFA 3G0ZA 4FZXC 2YHAA 3NDKA 1EX4A 1B9DA 3VN5A 3TAMA 2G8HA 1TV6A 3VQ9A 3QEPA 3THVA 5KRSA 1KRPA 1WAFA 3T19A 3OYJA 1SL1A 1L3VA 1A5VA 4OPKA 1CZBA 1Z26A 2Y1JA 1YVUA 1JXEA 3QO9A 3V4IA 4PWDA 1D8YA 4KB0A 1T03A 4JS5A 1I3AA 3K5NA 4CF8A 1RT1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CJ1A 4CJPA 4BR9A 4MO4A 4OLAA 4FWQA 4DS4A 1VSDA 3CIPA 1JLBA 3VEWA 5HRNA 4M3YA 3SCXA 3O8MA 1GLAG 3I8DA 2QTDA 4HTLA 2YX6A 3IMXA 3SZ2A 4JI6K 1KFSA 2X6SA 4CK3A 3D2EA 4FLUA 1T3VA 1BCMA 3I0SA 3LPUA 1K73O 3T1AA 1C6VA 2GX9A 2ASPA 4EHTA 4M3UA 3BY5A 5AQMA 5DMRA 3CCQN 3LM2A 3P31A 1SKWA 4PKHA 3CM6A 1QSSA 3KK2A 3THXA 3EKUA 4EFHA 1RTIA 1BQMA 4KO0A 5FPEA 2QM1A 3TR8A 2HBJA 1FW6A 5E84A 4PY5A 2V7YA 1J5OA 1U6ZA 2PY5A 5AR0A 1NGBA 3CHWA 4IFEA 3MWPA 1ZBSA 2UUCK 4FOIA 4F2RA 3OS2A 2GUIA 2B6AA 3TAQA 3BZCA 4NO7A 4LSNA 4FM0A 2NRTA 4H5VA 3WNGA 4RTFD 4DFKA 1CZ9A 4LH4A 3K5MA 2AJQA 3AVIA 3AY9A 5AQPA 1YTAA 4DSEA 2OZMA 3I33A 4K0KK 3WQTA 4CE9A 3LALA 4HUEA 1XWLA 4KH6A 3KIOA 4CGGA 1E3MA 1Q81O 2F9WA 4JKDA 2XRIA 2E1YA 3T7ZA 3SUNA 1P8ZA 2OCEA 2KLAA 2E4LA 1Z25A 1VQLN 4JAXA 1KLMA 3FLCO 2DPNA 5BPMA 3OYEA 4CEAA 2A6AA 3HSTB 4CK2A 4B8CA 4I2QA 4BR2A 5ADXA 1NKCA 1QZ6A 4H03B 4C8LA 1QSYA 3TAPA 3O08A 4JKGB 2ASOA 3VETA 4BG8A 3OYLA 1RT4A 2P9UB 1O1WA 1OH7A 3TI0A 4ISGA 4JRPA 3K9JA 5AQHA 1N34K 5EX5A 4NYFA 4ZTFA 1C1CA 2KTQA 4H0YB 2J4RA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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