3V1RA

Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease h domain of xmrv with inhibitor beta-thujaplicinol
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
HGTRPDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKAVLET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
publication title Crystal structures of the reverse transcriptase-associated ribonuclease H domain of xenotropic murine leukemia-virus related virus.
pubmed doi rcsb
source organism Xenotropic mulv-related virus vp35
total genus 48
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v1rA00
1DTQA 1HMVA 2XHBA 4DLEA 4W5TA 4E7KA 3SQ1A 3SPZA 3V9UA 3AVGA 4RW8A 1D8YA 1LWCA 4CJUA 4DFPA 2B6AA 2IAJA 3SCXA 1XHZA 1BCOA 3A2FA 4LH4A 4DQRA 1WAFA 4ELVA 3QESA 1D9DA 4DG1A 4HCCA 2DY4A 1BHLA 1HJRA 1RBUA 2Z1HA 3TANA 1KCFA 4FLZA 3QEVA 1JXBA 2BDPA 4N47A 4DLGA 1T03A 1N6QA 1QTMA 3OYJA 4FJ7A 4FJNA 4CEDA 4DSJA 1TV6A 1XI1A 3AO1A 3SQ4A 3VQCA 1S6QA 4CHOA 3SUPA 3LP0A 1JLCA 3IG1A 3O4QA 4CJEA 4FK0A 1VSMA 3AA5X 3E01A 3TAMA 3C95A 3DRRA 3ZSRA 3CFPA 4KI6A 3HPHA 3P83D 3OYEA 1QSLA 2JGUA 2D5RA 5J1EA 2HB5A 4KPYA 3AVCA 3LP3A 1YT3A 4HUGA 3VQ9A 3HYFA 1RBSA 2E6MA 4N5SA 5I3UA 4KHWA 4OLBA 5J2MA 4CJTA 4FJKA 4KTQA 1D9FA 1WSFA 3K58A 2VWJA 2RPIA 2WONA 3S9HA 4NYFA 4FLXA 2FBYA 1BCMA 5SZTA 4R5PA 3OYAA 2PZSA 2HHSA 3QIOA 1REVA 3LAMA 4CJVA 1C0MA 3AO4A 3VA3A 4AILC 3S3NA 3S3OA 3KD5E 2O4IA 2HNZA 1D5AA 1U48A 3OYCA 2ZE2A 2IGIA 3VQAA 1BQNA 3KD1E 1KLMA 3LPTA 1NK0A 1WAJA 4B9NA 1VSIA 3VQEA 1EETA 1JXEA 4PA1A 5CYQA 1NK7A 4DQQA 1FXXA 4DTOA 4FW1A 5J2PA 1WLJA 3OYFA 4CJLA 4WE1A 3PX4A 3SUNA 3QO9A 4E7HA 1SL1A 1BGXT 1JLBA 1ZBUA 1Z25A 4H4MA 4RW9A 4UQGA 1QSSA 3AVMA 3KK2A 3L8BA 3ASMA 3VQBA 2OPQA 4DS5A 3SQ2A 3F73A 4QOZB 2Z1GA 3SQ0A 3VQQA 4CIEA 5SWMA 4EP5A 2YHBA 4EZ6A 5DK5A 5C25A 1VK0A 2DFFA 3AO2A 3DLGA 1EXQA 4B3OA 3TAGA 2VG6A 1UOCA 4IFYA 4DU3A 4PY5A 1BI4A 3JSMA 3KK1A 4NCBA 4L8RB 2ZD1A 3U6FA 5K14A 4CEEA 5HRPA 3SUQA 3KTQA 4RW4A 4CE9A 3KLGA 4XIUA 4E1MA 1HYSA 1S1UA 3WNHA 4JS4A 5JS1A 3I0SA 1UAXA 4BE0A 1WSHA 4KKOA 1ASUA 4CEFA 4RW7A 3QNNA 3L2WA 1KFDA 2I5JA 4K8ZA 4MQ3A 4AHRA 1LAWA 3D0PA 3VQ5A 4ICLA 3HVRA 4KTZA 5CYMA 4FJXA 3OYLA 2O4GA 4NYNA 4FLVA 4FM0A 1HQEA 4E3SA 1ASVA 2G8FA 4DFJA 4LY7A 1NJXA 5HROA 1UA0A 4CK3A 4NCAA 4CJPA 1B9DA 1TKZA 1B9FA 2G8IA 1G15A 3C6UA 4CEAA 4ID5A 2BGGA 4OJRA 2HW3A 4Q5VA 2HHVA 3V4IA 3WNGA 4YNQA 4KV8A 2HNYA 4I9QA 2E4LA 1EKEA 3TI0A 2B5JA 3V1RA 4ZTJA 3AVBA 4LD0A 3KK3A 4CHQA 4DU1A 3FFIA 1A5VA 1IH7A 1CXUA 1J9AA 4ELUA 3M8PA 1SKSA 2IS3A 3THVA 3AVNA 1L5UA 3BGRA 3HXMA 2YKMA 1VSHA 2GBZA 2A1SA 1NKCA 4B9TA 3O3FA 4B9VA 4DSLA 3K5LA 2HHTA 1TGOA 3KLEA 3DMJA 3I0RA 2RN2A 2OZSA 4DTMA 4CGHA 1KFSA 3IAYA 4FJIA 3ZSVA 3ZSQA 1VSKA 1NOYA 4DF4A 2XRIA 1U49A 4HUFA 4C8OA 4Z4GA 1JLAA 3CM6A 1NK8A 5KRSA 1T7PA 3HP9A 4I2PA 2JLEA 1KVBA 3K5MA 1CLQA 3TAEA 3ZT1A 3CFRA 2P1JA 1K6YA 3B6OA 4CEZA 4E1NA 3QETA 1J54A 3HO1A 4DQPA 3DOLA 3DRPA 4QAGA 4DTJA 4AHTA 1TVRA 2YNHA 1IO2A 3KIOA 1R0AA 1GOAA 3PV8A 3HK2A 4BDPA 3VQDA 4O44A 3KLFA 2OYQA 1WN7A 3AVAA 4G1QA 3VQPA 4AHSA 4CJRA 1JLGA 2QKKA 4HHTA 2YNGA 3VQ7A 4CF1A 4FYDA 3OYBA 3PX0A 3SPYA 1TAUA 5CZ1A 5FRMA 2G8KA 4DS4A 2EX3A 1QSYA 4E7JA 3AVFA 4FK2A 2D0AA 4CHZA 4DQSA 3RWUA 2YNFA 1SL0A 1RT2A 3RRGA 3RMBA 3RR7A 3CM5A 3T3FA 1JLFA 3O4NA 4Q0BA 2RF2A 4KHSA 1T8EA 1L3SA 4M3UA 5D3GA 3QEWA 3G0ZA 1S1WA 2FC0A 3H08A 3SV4A 3V9WA 1EX4A 3NFAA 1YVUA 3DLBA 1QS4A 1RTIA 2OPRA 5HRRA 4I2QA 3AA2A 2NUBA 4E89A 5KGWA 4Y1DA 1RDCA 3S3MA 3L3VA 2HMIA 3TARA 1TAQA 3EYZA 1VSLA 2ZQBA 4DTXA 1TK8A 3HP6A 4N56A 1X9MA 4E19A 4E0DA 5JS2A 1S1XA 3MEEA 4CEBA 2KZZA 4Z4HA 1RDBA 4M3XA 3P5JA 1VSEA 3ZT4A 1TL3A 2WOMA 3QEPA 3IRXA 3EZ5A 4YFUA 5C24A 4E7LA 4PQUA 3DRSA 2EHGA 1U4BA 3NH0A 1RTDA 1IKYA 3NGYA 4FJLA 2OA8A 4BWMA 4CJ4A 1SUQA 1KLNA 3L2QA 4CERA 2FBXA 2XY7A 4FLWA 3L2VA 2IDOA 3OYDA 3AVHA 2GUIA 3VQ4A 4OKJA 4IG3A 3DLKA 4CK2A 1BQMA 4HUEA 5FRNA 4OKKA 4CJ3A 4CF2A 4FJJA 1HRHA 1NKBA 1TKTA 3NGIA 3MXJA 2XO7A 2D0CA 4CF0A 4FZXC 4EZ9A 3RTVA 2IC3A 2OPSA 4Z4IA 4CGDA 2IOCA 5FROA 4BWJA 1SKRA 4Z4FA 4DTPA 3VN5A 3B6PA 3QIPA 2Z1IA 3V1QA 4CF9A 4IDKA 4ZHRA 1GOCA 2QK9A 2HHUA 3P1GA 3ZSXA 3VQ6A 3NE6A 3G10A 2KFZA 2XY6A 3BDPA 4JRPA 4FLUA 1O1WA 1WSIA 4J2BA 2GV9A 3DLHA 4OPJA 2HHXA 2HVIA 4B9LA 4FLTA 3MEDA 1KTQA 1NK6A 1XWLA 3LANA 4H4OA 4FW2A 4DFKA 4KHYA 1IKVA 2BE2A 1LW2A 1RDDA 2HVHA 3RMDA 2XY5A 3D45A 4CHYA 1SV5A 4BE1A 1J53A 1RTJA 3L2UA 5HRNA 2D0BA 3IS9A 4FCYA 4CHPA 4FJ9A 3OYKA 4KTWA 1KVCA 1CZBA 1RNHA 4DTSA 1VSJA 1S9EA 4O5BA 4Z0UA 5T7BA 4W5RA 4FXDA 1BISA 2FBTA 3RMCA 1RT5A 3AV9A 3PUFA 4F8RA 2BANA 4IG0A 3C94A 4JLHA 3O3GA 3O3HA 1HYVA 3ZT2A 3AVIA 4O0IA 1L3UA 3OY9A 4DTRA 3U3YA 4F4KA 1S1TA 4B08A 1WNSA 1RT4A 2LSNA 1Q9XA 2KZMA 4OLAA 1RBTA 1RTHA 4GVMA 5HLFA 2KTQA 5HP1A 4DSFA 4N41A 1TKDA 1T05A 4OPKA 3AVJA 3T19A 4J2AA 1TKXA 4MFBA 1C1BA 1YTAA 3ITHA 1Y97A 3NF8A 4CGFA 1HYZA 3WNFA 4KO0A 1Q9YA 4HVJA 3ZCMA 3ZSOA 1BIZA 1C1CA 2X6SA 4EP4A 4H8KA 3KKSA 3OYHA 3KLHA 2R7YA 3V9ZA 3V9XA 4CIFA 4DQIA 5KGXA 1JLQA 2DFHA 4DSEA 1LV5A 4Z4CA 3L3UA 4CGIA 2P51A 3MXMA 4B9SA 4FJ8A 4KHUA 3QINA 4O4GA 4AHCA 2Z1JA 1NK5A 1IG9A 4W5QA 4NCGA 3AO5A 4TSXA 4RG8A 5KI6A 1JLEA 3M8QA 1TK5A 2G8UA 1W9HA 2DFEA 1FK9A 5KRTA 3NF9A 1NKEA 4HCBA 1ITGA 1NK9A 1C6VA 1QQCA 4O0JA 3SNNA 3SZ2A 4ZTFA 4CECA 1UA1A 4N76A 3AO3A 2HHQA 4M3ZA 3LPUA 3QERA 3WNEA 3HM9A 4DSKA 4FM2A 4CJKA 2FBVA 1B92A 3ZSWA 4FJ5A 4CJSA 1A5XA 1S1VA 4OKEA 1LWEA 3OS1A 4LH5A 4BE2A 5J2NA 1X9WA 2YKNA 1RBRA 3K5OA 3QNOA 1BL3A 1UWBA 3SV3A 3NF7A 1ZBHA 4IFVA 3CFOA 2Y1JA 3TAFA 4BACA 2AJQA 4M3WA 1S6PA 3LZJA 4FJGA 3EY1A 2PY5A 4J2DA 1X1PA 4OVLA 4DSIA 4CESA 2B4JA 1NJZA 4CFAA 3AVKA 1JL2A 1ZBLA 1I39A 4KI4A 3KJVA 1DLOA 1HQUA 2ITGA 3LWMA 4DFMA 4CEOA 3SI6A 3TABA 3NDKA 4CEQA 2Q3SA 4B8AB 3MECA 3HPOA 1XHXA 2XY8A 4DWIA 3JYTA 1TK0A 3NH2A 2DTUA 4FJHA 2KFNA 4M42A 4CJFA 3ISNC 3ZSYA 2E6LA 1BI4B 4QCLA 5CZ2A 2ETJA 1VSDA 2HHWA 4CGJA 3NH1A 1ZBFA 4GMJB 1C1AA 4F2SA 5FDLA 4KAZA 4CFCA 4K8XA 3K2PA 3AVLA 3HL8A 2Y1IA 4CFBA 4W5NA 4CJ5A 3OYMA 3LDSA 1VRTA 3LZIA 1Z26A 4DMNA 4Y1CA 1ZYQA 1U45A 5EU7A 4JS5A 3MXIA 1C0UA 3OYIA 1JKHA 1KVAA 1RT6A 2QXFA 4CJQA 1N5YA 1L3VA 1MU2A 4CJWA 3OYGA 2W42A 4F3TA 1U04A 1KSPA 1BIUA 5E41A 3NHGA 3QEXA 3DYAA 4DTUA 4I9LA 4B9MA 3K57A 1SL2A 2KW4A 3NAEA 4ID1A 1QE1A 4OGCA 1J5OA 4DU4A 2YHAA 1LW0A 1RBVA 3KLIA 4B8CA 4FK4A 1GOBA 4CF8A 3SUOA 5DMRA 3DOKA 3AA4A 1DTTA 3DLRA 3RR8A 1IKWA 1WSJA 3NF6A 3LWLA 2F96A 2VG7A 3TR8A 4B9UA 3V9SA 4AHVA 5I42A 4M3YA 4KREA 3I8DA 2ATQA 4O55A 3RRHA 2QKBA 3LALA 4LSLA 4C8MA 3CQ8A 1VSFA 3OJSA 2X78A 2G8WA 1FKOA 1Q8IA 3MAQA 4J2EA 1FKPA 3F9KA 3ZSZA 4FLYA 4CCHA 4KRFA 1WSEA 4KB0A 2G8HA 4C8LA 1VRUA 1RDAA 4HTUA 3OS2A 4M3TA 4CGGA 1QHTA 1HPZA 4FVMA 3NBPA 4Z4EA 3DM2A 1A5WA 1ZBIA 3VQ8A 3NGZA 4I7FA 3LP2A 3QLHA 3CYMA 3HJFA 3KKRA 3QEIA 3V1OA 1U47A 1LAVA 1NJYA 3LP1A 3ZT0A 1TL1A 2X6NA 4AHUA 3OJUA 4JRQA 3TWHA 2F8SA 4AH9A 4FZYA 4BDZA 3DI6A 2VG5A 3AA3A 4IBNA 2P5OA 2OZMA 4F2RA 2HNDA 3TAPA 4FZZA 3K59A 1NJWA 2X74A 2F8TA 2VWKA 3ALYA 4PWDA 2KQ2A 3RMAA 1WSGA 1RCHA 3OS0A 4FM1A 4OGEA 3PY8A 3K5NA 5C42A 2PYLA 2P5GA 3PX6A 2PYJA 2OPPA 3DLEA 1ASWA 3HPGA 5HBMA 4M45A 4E7IA 5J2QA 1XC9A 1CZ9A 3ZT3A 4CHNA 3V81A 4IKFA 1LWFA 4KHQA 3MEGA 1W0HA 3LAKA 4CIGA 3UIQA 1HNVA 4KHNA 1L3TA 4W5OA 1CXQA 3U3GA 5CY4A 4GW6A 1SKWA 3PO4A 4LSNA 4M41A 4DF8A 1NK4A 3OVNA 4F3OA 2A1RA 2G8VA 1X9SA 4KB1A 3M8RA 1F21A 3CG7A 5HRSA 4BDYA 1KRPA 1YTUA 3T1AA 3HSTB 1RILA 4C8NA 3L2RA 3V6DA 1IKXA 4M3RA 1RT3A 2YNIA 3SJJA 2RKIA 3OYNA 3M8SA 1NOZA 4FJMA 3TAQA 1JL1A 3VA0A 3C6TA 4KFBA 1RT1A 4DTNA 1EP4A 4CFDA 1I3AA 3PO5A 3SYZA 4PUOA 1S9GA 3HT3A 1HNIA 1C0TA 1S5JA 1RT7A 2YV0X 4C8KA 3ULDA 3HVTA 4CK1A 4RW6A 3NCIA 5KTQA 4ELTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2O8BB 4DLEA 4W5TA 2QW9A 3SPZA 3CCRN 2HBMA 4CJUA 3BEXA 1XHZA 1XMOK 1BCOA 4LH4A 4NLCA 4A57A 1WAFA 2HF3A 2GWJA 1ATRA 4ELVA 3QESA 4DG1A 4HCCA 4PL8A 1BHLA 1HKBA 4IJAA 5AQNA 3T1HK 1KCFA 4FWNA 3ZEUA 1JXBA 2BDPA 3E9PA 1N6QA 5AQMA 1QTMA 1VAZA 4CJEA 1NG9A 3AA5X 4IOAL 3CFPA 3P83D 2JGUA 1QQMA 4CZKA 4BR5A 3CCQN 3G6EN 4BRNA 3MK6A 5EXWA 4OLBA 3W3DA 3DXKA 4CJTA 3JAMO 3CCMN 3S9HA 1BCMA 3ZX0A 3OYAA 3O80A 3QIOA 4CJVA 5JLHA 2J4RA 3WT0A 3S3NA 2ZJPL 1VQ4N 2NZTA 1WBDA 1U48A 2NRTA 3AAQA 1BQNA 4K42A 3LPTA 1WAJA 1MWKA 3VQEA 3MWPA 4XH1A 4FW1A 2KLAA 4WE1A 3QO9A 3KWIA 1BGXT 1N32K 3KK2A 3L8BA 3P31A 3F73A 2NRRA 1T6CA 4QOZB 4YOYA 3VGMA 5SWMA 3O08A 5C25A 3AO2A 2DFFA 3DLGA 2VG6A 4NB4A 5M1KA 3SAGA 2HHHK 4PY5A 3JXUA 4ISGA 3KK1A 2QI2A 4NCBA 4LC9B 5HRPA 1S72N 1NLVA 4CE9A 4E1MA 1S1UA 2P9NB 4JS4A 4IOCL 3I0SA 5JS1A 4KKOA 4JD2A 3ZX3A 4JI7K 3L2WA 4FWKA 4K8ZA 3OHRA 3VQ5A 4ICLA 5CYMA 5EVZA 3L4QA 4H0OA 3H3OB 4NYNA 4FLVA 4FM0A 1U2VA 3FR0A 4DV6K 2VQEK 4WFBL 5E84A 4DFJA 4CJPA 3K9KA 1XNRK 1TKZA 2G8IA 4XH4A 2HW3A 3V4IA 3WNGA 2HNYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2O8B B;  4DLE A;  4W5T A;  2QW9 A;  3SPZ A;  3CCR N;  2HBM A;  4CJU A;  3BEX A;  1XHZ A;  1XMO K;  1BCO A;  4LH4 A;  4NLC A;  4A57 A;  1WAF A;  2HF3 A;  2GWJ A;  1ATR A;  4ELV A;  3QES A;  4DG1 A;  4HCC A;  4PL8 A;  1BHL A;  1HKB A;  4IJA A;  5AQN A;  3T1H K;  1KCF A;  4FWN A;  3ZEU A;  1JXB A;  2BDP A;  3E9P A;  1N6Q A;  5AQM A;  1QTM A;  1VAZ A;  4CJE A;  1NG9 A;  3AA5 X;  4IOA L;  3CFP A;  3P83 D;  2JGU A;  1QQM A;  4CZK A;  4BR5 A;  3CCQ N;  3G6E N;  4BRN A;  3MK6 A;  5EXW A;  4OLB A;  3W3D A;  3DXK A;  4CJT A;  3JAM O;  3CCM N;  3S9H A;  1BCM A;  3ZX0 A;  3OYA A;  3O80 A;  3QIO A;  4CJV A;  5JLH A;  2J4R A;  3WT0 A;  3S3N A;  2ZJP L;  1VQ4 N;  2NZT A;  1WBD A;  1U48 A;  2NRT A;  3AAQ A;  1BQN A;  4K42 A;  3LPT A;  1WAJ A;  1MWK A;  3VQE A;  3MWP A;  4XH1 A;  4FW1 A;  2KLA A;  4WE1 A;  3QO9 A;  3KWI A;  1BGX T;  1N32 K;  3KK2 A;  3L8B A;  3P31 A;  3F73 A;  2NRR A;  1T6C A;  4QOZ B;  4YOY A;  3VGM A;  5SWM A;  3O08 A;  5C25 A;  3AO2 A;  2DFF A;  3DLG A;  2VG6 A;  4NB4 A;  5M1K A;  3SAG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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