3V2WA

Crystal structure of a lipid g protein-coupled receptor at 3.35a
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
456
structure length
442
Chain Sequence
SDYVNYDIIVRHYNYTGKLNISALTSVVFILICCFIILENIFVLLTIWKTKKFHRPMYYFIGNLALSDLLAGVAYTANLLLSGATTYKLTPAQWFLREGSMFVALSASVFSLLAIAIERYITMLKNNFRLFLLISACWVISLILGGLPIMGWNCISALSSCSTVLPLYHKHYILFCTTVFTLLLLSIVILYCRIYSLVRTRNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYASRSSENVALLKTVIIVLSVFIACWAPLFILLLLDVGCKVKTCDILFRAEYFLVLAVLNSGTNPIIYTLTNKEMRRAFIRI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sphingosine 1-phosphate receptor 1, Lysozyme chimera
publication title Crystal structure of a lipid G protein-coupled receptor.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 151
structure length 442
sequence length 456
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-12-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3v2wA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3v2wA01
218LA 3PQRA 156LA 3NSBA 4G70B 1L07A 1L63A 4MD2A 1Q5JA 1QT5A 1P8HA 5H2NA 158LA 4EKPA 1L42A 2EI4A 1KGBA 3CDOA 4LDEA 2L6XA 1QUDA 2Y04A 1L91A 5FJGA 4BUOA 2AT9A 1L06A 1G0LA 1UAZA 3HH4A 4G72B 3SB9A 1QTHA 1LYJA 1QUGA 2Q9DA 3DN4A 235LA 1QUOA 2O79A 3SBAA 1L88A 1L22A 1L67A 4FPDA 4GBRB 216LA 2OTYX 1C6QA 3C83A 3QAKA 1P6YA 5LWEA 122LA 2J4YA 1L14A 1L18A 1C6FA 3DN3A 166LA 4XTLA 4A4MA 5H2KA 3RFMA 2NTWA 1PQKA 2OE4X 2QB0B 1LYHA 1CVKA 236LA 3HDEA 1IW9A 1FBBA 4G7RB 1XMEB 5AZDA 3LZMA 253LA 1CX6A 254LA 2G87A 1P3NA 152LA 1K28A 1L53A 2Y01A 4N4WA 141LA 1CUQA 230LA 1L50A 4LZMA 1PQDA 2OU9A 1OVJA 1L29A 5G53A 4MD1A 5G2DA 1Q5IA 1C6PA 3OE0A 4EPFA 143LA 2Y02A 2ZFEA 1HZXA 1L19A 3UONA 3C9MA 1PY6A 4I7SA 248LA 5G28A 118LA 1CU3A 1L16A 3PWHA 1AT9A 1C6LA 1LI2A 2RBQA 145LA 1G1VA 3QJRB 3DN1A 4WW3A 5H2JA 163LA 1ZWNA 213LA 2YDVA 2B74A 1CV0A 4I7QA 1F88A 1L54A 2RBSA 1L83A 3DMXA 1QS5A 1DYBA 1F50A 4ARMA 1L96A 1T8AA 2RBPA 3HUKA 5AHZA 2LNLA 234LA 3EH4B 2KS9A 1L61A 2LC9A 4W58A 3SB5A 1GU8A 3F9LA 2B6YA 1C6AA 3QBKA 1L13A 129LA 1C6TA 1L21A 113LA 1C3WA 1R84A 2Y03A 3AYMA 3CAPA 2WJLA 2ZZLA 3ZEVA 3C8RA 112LA 4ARQB 1X0SA 4OO9A 1L79A 1L80A 1OV5A 1XIOA 1D3FA 1L04A 1L55A 3UTXA 219LA 5F8UA 221LA 2B6XA 4DJHA 4TL3A 4X31A 189LA 246LA 3C8SA 3DMZA 1C62A 1DYCA 4ZPUA 3QDCA 5B6ZA 177LA 4GP4B 2ANXA 1JFPA 1LWKA 3FADA 1LW9A 1P64A 2RB1X 3S3DB 1C66A 2NTUA 3SN6R 137LA 3GUIA 3CDTA 1CUPA 1FBKA 3P0GA 3UTYA 3C7WA 3ABWA 4QI1A 191LA 3HAPA 3SB7A 261LA 175LA 1L56A 3PXOA 165LA 3HT9A 1C6GA 128LA 4W57A 4G7QB 1L20A 262LA 126LA 1L27A 1L43A 1L85A 2RBNA 5A45A 1LYEA 5EN0A 5AHYA 4X1HA 3HASA 214LA 2F93A 260LA 1WTHA 2B6ZA 211LA 1OV7A 185LA 1T8GA 1JV6A 1TN0A 3QJTB 1G0QA 3RZEA 1L52A 115LA 1P36A 4I7KA 2YDOA 1L33A 1L76A 5G2CA 3EH5B 3EMLA 4PXFA 1KNIA 256LA 1L77A 1L58A 1LPYA 2F2QA 1P8UA 1D3NA 2KSAA 1LGXA 1L89A 251LA 4GYCA 1L36A 1JV7A 3CDRA 1CU5A 225LA 4EJ4A 3GULA 2Z73A 4KLYA 5H2LA 4FA7B 4DKLA 2QPEB 3C82A 4JQ6A 197LA 231LA 1G1WA 3X3BA 2YCYA 1L51A 3KJ6A 2B73A 233LA 3AM6A 4JR8A 5LZMA 1C6EA 3DDLA 3HDFA 1H2SA 4MQTA 5B35A 5H2MA 103LA 5B2NA 3HUAA 139LA 1L25A 1D2YA 1BM1A 2HUKA 1L59A 257LA 1BRRA 190LA 4HWLA 130LA 1SX7A 3HTGA 1GZMA 1T97A 1L84A 3QBIA 192LA 195LA 4N4YB 3DQBA 1OYUA 1L09A 4EA3A 237LA 4W51A 3C81A 222LA 1JQUA 1L01A 1L86A 3FI5A 4JKVA 4UG2A 3HT8A 182LA 1L60A 159LA 220LA 1C8RA 2B75A 244LA 259LA 1P2RA 232LA 4LDOA 196LA 4W59A 1C8SA 4W52A 3QBLA 1S8JA 5A8EA 226LA 1CU0A 3C7ZA 1SX2A 4YXCA 3QJVB 1IXFA 1LGWA 123LA 1KY0A 4PXKA 172LA 3HANA 3UG9A 164LA 1D9WA 4LDLA 2L78A 1L35A 2F47A 1KW7A 2B6WA 3V2WA 2F32A 1GUEA 5B6VA 2RB2X 4EPIA 5B34A 3WQJA 4ARPA 1LYGA 1S53A 227LA 1L37A 4I7TA 1L34A 2I35A 1L74A 168LA 1C64A 3SB6A 4ARMB 2O7AA 1L95A 212LA 1L68A 3HUQA 1D2WA 2RAYX 4YXAC 6LZMA 4X32A 1B6IA 4BEZA 1L28A 1L17A 5JJEA 1P7SA 3G3VA 4I7MA 3EH3B 4ARJA 3DN0A 1H68A 5JJNA 2NTGA 1C6MA 1L02A 3VG9A 1QTCA 3VW7A 4E97A 1E12A 1PXRA 1DYFA 1SSWA 2O4WA 4BVNA 5I14A 4GPOA 3F8VA 1PQOA 3DNAA 4Y9HA 1L30A 1L65A 1L87A 1SWZA 3DN2A 4I7RA 1G0KA 1L72A 1EHKB 1LWGA 217LA 2HULA 4S0WA 4K5YA 1F4ZA 4EKQA 4WAVA 180LA 2PEDA 4L35A 127LA 243LA 1OWZA 2R4RA 3X3CA 1G0GA 1L24A 1QT8A 1L48A 223LA 4G7SB 1IW6A 3UZAA 1QTBA 2RAZX 2B70A 4IAPA 1C67A 1S52A 5AX1A 1CTWA 2RB0X 1L00A 2B7XA 1QTVA 1LI6A 1G0JA 3HTDA 1ZURA 2RH1A 3G3WA 1L41A 245LA 3CDQA 1L99A 4AMJA 108LA 1L66A 1L46A 109LA 5AWZA 3ZPRA 1L26A 1L0KA 229LA 4XTNA 1EPYA 1L44A 3G3XA 5G54A 1QT3A 205LA 3PBLA 242LA 1S54A 3QJSB 144LA 2I20A 247LA 3AYNA 188LA 161LA 1LYFA 167LA 181LA 1DYGA 1KW5A 1ZYTA 2OE7X 3HH3A 1X0K1 5TGZA 1L10A 2NTHA 1VJMA 2LCBA 1M0KA 1QTDA 1L97A 1U19A 160LA 1DYAA 4XT3A 2Y00A 1S51A 3HT6A 1XEPA 4I7LA 1QM8A 249LA 1PQIA 1S8LA 3NY9A 5B6YA 228LA 1TLAA 1G0PA 4KNFA 176LA 151LA 1CX7A 1P2LA 2HUMA 239LA 206LA 4HYXA 1G0MA 5ITCA 4I7JA 2A4TA 3HAQA 1JGJA 1PXSA 3OAXA 1L12A 4W55A 1C6DA 3K2RA 3RUNA 2I1XA 147LA 1C6KA 2ANVA 215LA 4EXMA 3NYAA 4FAAB 1G06A 1C60A 1DYEA 3T45A 1L49A 1QUHA 241LA 3DKEX 5A44A 3NY8A 3L2XA 240LA 1M0MA 4L6RA 4AMIA 2LZMA 4EKSA 1SSYA 1L32A 3V2YA 3NS0A 1D3MA 4G71B 1C6NA 1VGOA 1C68A 1L64A 2QPDB 3JR6A 110LA 4HYJA 1KS3A 4UHRA 4PJZA 3GUKA 5DYSA 2KSYA 210LA 2OU8A 1CU2A 4I7NA 125LA 1QT4A 5H2PA 3C80A 2IGCA 3CDVA 2YCWA 250LA 3DN8A 3COCA 3C9LA 1L57A 2ZIYA 4PK0A 5AX0A 1L94A 3UZCA 2Q9EA 7LZMA 1LLHA 4BV0A 2B72A 1R2NA 4EKRA 169LA 1DZEA 1L31A 3HU9A 1XJIA 1L47A 2OTZX 198LA 1CV1A 4GP8B 1P46A 1C6CA 1CWQA 1L9HA 4I7PA 3S3BB 1DYDA 3OE8A 1L81A 1QT7A 3QJUB 1OWYA 5J7AA 1JTNA 1L92A 3HTFA 4NC3A 4W56A 3C7YA 1L45A 2B6TA 3A7KA 186LA 187LA 1I6SA 1L40A 107LA 1P8IA 3HAOA 1L39A 174LA 4AQNA 5ITEA 1L23A 201LA 1P37A 3VGAA 111LA 3VVKA 3GUOA 3OE9A 4QRYA 5C1MA 1M0LA 3CODA 1C6JA 1KG9A 3BVDB 3HU8A 4GRVA 2F95A 3QJQB 1QS9A 4J4QA 5JJJA 1C6HA 4GBRA 1JTMA 155LA 1CV4A 1OVHA 3HT7A 2YCXA 1XJTA 1SWYA 3REYA 183LA 146LA 1QSQA 5B0WA 1KY1A 1C63A 1QKPA 2HPYA 4DAJA 2M3GA 2OU0X 1QKOA 1OVKA 4EIYA 171LA 4MBSA 1LGUA 5DHHA 2KSBA 1P56A 140LA 5KKHA 1L11A 104LA 3SBBC 1L82A 200LA 3L64A 1BRDA 2CUUA 2X72A 119LA 2YCZA 4XT1A 1PQJA 2R4SA 1L71A 3HH6A 5H2OA 3VI0A 199LA 1QSBA 1TN5A 1C65A 3HTBA 1L0MA 258LA 209LA 2WJKA 4IB4A 4IARA 1L15A 1X0I1 3DN6A 255LA 3QBGA 4MQSA 1L69A 4BEYA 2OE9X 4FBZA 1MGYA 4YX7C 1KMEA 3S8FB 3VHZA 1LI3A 3GUJA 3HARA 150LA 170LA 1C6BA 1LYDA 5G36A 1T8FA 1AP9A 2QARC 2RBOA 114LA 1QHJA 1L90A 3PDSA 5DHGA 4QIDA 1PQMA 1C69A 1L70A 4XXJA 238LA 1L93A 5ETZA 4W53A 3C8QA 1CV6A 5BR2A 178LA 1D3JA 4BWBA 1C6IA 1QT6A 4W54A 1L62A 2RBRA 1LN6A 4IAQA 1L03A 4ARQA 1L38A 184LA 1L0JA 3HWLA 3FA0A 162LA 2OEAX 1L08A 1CV5A 148LE 3UTVA 3OE6A 2JAGA 1CV3A 4XTOA 3DMVA 4OV0A 3D4SA 1QTZA 224LA 4ARLA 2BRDA 1T6HA 3QAPA 5B6XA 3UTWA 142LA 1BRXA 1NHBA 5G2AA 4N6HA 1P5CA 1G07A 157LA 2Z6BA 3GUPA 102LA 2I21A 131LA 1L73A 3ZPQA 3ODUA 3S3CB 3GUNA 5H2IA 3GUMA 1C61A 3MBVA 2JAFA 5H2HA 1L98A 4I7OA 120LA 149LA 1O0AA 4GP5B 1LYIA 1KG8A 1E0PA 5B6WA 5BR5A 138LA 1CU6A 252LA 1UCQA 3SB8A 3HH5A 173LA 2VT4A 2Z55A 3S8GB 1L75A 1XJUA 1L05A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TMWA 1LCNA 1J1XY 2W1XA 4MD2A 1Q5JA 1QT5A 5H2NA 5K7OA 3A96A 2L6XA 4LDEA 3WW6A 1L06A 1HFXA 4HTQA 4G72B 2Q9DA 3DN4A 2O79A 1VDQA 3F6ZA 1GFUA 1GBWA 5FDJA 4GBRB 3C83A 2J4YA 1L14A 5E4PA 1C6FA 2OE4X 1CVKA 4NGJA 253LA 254LA 4CHXA 1K28A 2Y01A 1GB9A 4LZMA 1KXXA 1PQDA 1OVJA 1L29A 5KXYA 4NEBA 1Q5IA 4H93A 4EPFA 135LA 3C9MA 4NSIA 1NBYC 1CU3A 5LYMA 4WW3A 3TMUA 2HEEA 4OOOA 1LMQA 2RBSA 4LYMA 1IX0A 1LSGA 1IOQA 1F50A 2RBPA 1LZ9A 2LNLA 2DQDY 5KXSA 1GU8A 5LVIA 1LZYA 1L13A 1L21A 113LA 2WJLA 112LA 1L80A 2BQDA 2BQFA 4DJHA 246LA 3DMZA 4ZPUA 5HMVA 177LA 3B0OA 2ANXA 1JFPA 1LWKA 1LW9A 3WMKA 3S3DB 3SN6R 137LA 5LYTA 5L9JA 3UTYA 1IWZA 4GN4A 5C6IA 4XJGA 4TX7A 1C6GA 4R0FA 3D9AC 1NWGA 2YBLA 1L27A 1WTNA 3LYOA 4X1HA 2F93A 211LA 4G49A 1G0QA 3OJPA 115LA 3WPLA 3EMLA 4YOPA 5LXWA 1GE4A 2NWDX 1GF8A 2KSAA 3LYZA 4WG7A 2Y8PA 4KL7A 4ZFPA 2H9KA 2IHLA 4JQ6A 133LA 1G1WA 207LA 4NGIA 1CNSA 3N9EA 4J0LA 2B73A 4WO9A 3TXBA 3DDLA 3HDFA 3IJVA 5B35A 5H2MA 3QY4A 139LA 1TDYA 2D6BA 2MEDA 4ZIXA 4QDNA 1GZMA 1L84A 4N4YB 3WUNA 1OYUA 1GFTA 4UG2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2NTH A;  1VJM A;  2LCB A;  1M0K A;  1QTD A;  1L97 A;  1U19 A;  160L A;  1DYA A;  4XT3 A;  2Y00 A;  1S51 A;  3HT6 A;  1XEP A;  4I7L A;  1QM8 A;  249L A;  1PQI A;  1S8L A;  3NY9 A;  5B6Y A;  228L A;  1TLA A;  1G0P A;  4KNF A;  176L A;  151L A;  1CX7 A;  1P2L A;  2HUM A;  239L A;  206L A;  4HYX A;  1G0M A;  5ITC A;  4I7J A;  2A4T A;  3HAQ A;  1JGJ A;  1PXS A;  3OAX A;  1L12 A;  4W55 A;  1C6D A;  3K2R A;  3RUN A;  2I1X A;  147L A;  1C6K A;  2ANV A;  215L A;  4EXM A;  3NYA A;  4FAA B;  1G06 A;  1C60 A;  1DYE A;  3T45 A;  1L49 A;  1QUH A;  241L A;  3DKE X;  5A44 A;  3NY8 A;  3L2X A;  240L A;  1M0M A;  4L6R A;  4AMI A;  2LZM A;  4EKS A;  1SSY A;  1L32 A;  3V2Y A;  3NS0 A;  1D3M A;  4G71 B;  1C6N A;  1VGO A;  1C68 A;  1L64 A;  2QPD B;  3JR6 A;  110L A;  4HYJ A;  1KS3 A;  4UHR A;  4PJZ A;  3GUK A;  5DYS A;  2KSY A;  210L A;  2OU8 A;  1CU2 A;  4I7N A;  125L A;  1QT4 A;  5H2P A;  3C80 A;  2IGC A;  3CDV A;  2YCW A;  250L A;  3DN8 A;  3COC A;  3C9L A;  1L57 A;  2ZIY A;  4PK0 A;  5AX0 A;  1L94 A;  3UZC A; 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 2CUU A;  2X72 A;  119L A;  2YCZ A;  4XT1 A;  1PQJ A;  2R4S A;  1L71 A;  3HH6 A;  5H2O A;  3VI0 A;  199L A;  1QSB A;  1TN5 A;  1C65 A;  3HTB A;  1L0M A;  258L A;  209L A;  2WJK A;  4IB4 A;  4IAR A;  1L15 A;  1X0I 1;  3DN6 A;  255L A;  3QBG A;  4MQS A;  1L69 A;  4BEY A;  2OE9 X;  4FBZ A;  1MGY A;  4YX7 C;  1KME A;  3S8F B;  3VHZ A;  1LI3 A;  3GUJ A;  3HAR A;  150L A;  170L A;  1C6B A;  1LYD A;  5G36 A;  1T8F A;  1AP9 A;  2QAR C;  2RBO A;  114L A;  1QHJ A;  1L90 A;  3PDS A;  5DHG A;  4QID A;  1PQM A;  1C69 A;  1L70 A;  4XXJ A;  238L A;  1L93 A;  5ETZ A;  4W53 A;  3C8Q A;  1CV6 A;  5BR2 A;  178L A;  1D3J A;  4BWB A;  1C6I A;  1QT6 A;  4W54 A;  1L62 A;  2RBR A;  1LN6 A;  4IAQ A;  1L03 A;  4ARQ A;  1L38 A;  184L A;  1L0J A;  3HWL A;  3FA0 A;  162L A;  2OEA X;  1L08 A;  1CV5 A;  148L E;  3UTV A;  3OE6 A;  2JAG A;  1CV3 A;  4XTO A;  3DMV A;  4OV0 A;  3D4S A;  1QTZ A;  224L A;  4ARL A;  2BRD A;  1T6H A;  3QAP A;  5B6X A;  3UTW A;  142L A;  1BRX A;  1NHB A;  5G2A A;  4N6H A;  1P5C A;  1G07 A;  157L A;  2Z6B A;  3GUP A;  102L A;  2I21 A;  131L A;  1L73 A;  3ZPQ A;  3ODU A;  3S3C B;  3GUN A;  5H2I A;  3GUM A;  1C61 A;  3MBV A;  2JAF A;  5H2H A;  1L98 A;  4I7O A;  120L A;  149L A;  1O0A A;  4GP5 B;  1LYI A;  1KG8 A;  1E0P A;  5B6W A;  5BR5 A;  138L A;  1CU6 A;  252L A;  1UCQ A;  3SB8 A;  3HH5 A;  173L A;  2VT4 A;  2Z55 A;  3S8G B;  1L75 A;  1XJU A;  1L05 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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