3V2YA

Crystal structure of a lipid g protein-coupled receptor at 2.80a
Total Genus 150
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
150
sequence length
462
structure length
455
Chain Sequence
VSDYVNYDIIVRHYNYTGKLNISADKENSIKLTSVVFILICCFIILENIFVLLTIWKTKKFHRPMYYFIGNLALSDLLAGVAYTANLLLSGATTYKLTPAQWFLREGSMFVALSASVFSLLAIAIERYITMLKNNFRLFLLISACWVISLILGGLPIMGWNCISALSSCSTVLPLYHKHYILFCTTVFTLLLLSIVILYCRIYSLVRTRNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYASRSSENVALLKTVIIVLSVFIACWAPLFILLLLDVGCKVKTCDILFRAEYFLVLAVLNSGTNPIIYTLTNKEMRRAFIRIMGRPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sphingosine 1-phosphate receptor 1, Lysozyme chimera (E.C.3.
publication title Crystal structure of a lipid G protein-coupled receptor.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 150
structure length 455
sequence length 462
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-12-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3v2yA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3v2yA01
4G7QB 1QUDA 3HAPA 1QTZA 216LA 2Z73A 143LA 4EKQA 2RBSA 1CU5A 1CV4A 1QTDA 1S51A 1QT6A 1L93A 3ZPQA 5EN0A 1LGUA 4GYCA 1L55A 255LA 1L23A 2OE7X 5ETZA 1CUQA 2LC9A 1OVJA 3C81A 1L24A 5AHYA 1PQIA 4K5YA 1FBBA 3QDCA 2AT9A 201LA 144LA 232LA 5LWEA 1L47A 215LA 4IAPA 2KS9A 2B6ZA 235LA 5H2KA 1L44A 1L49A 1L62A 1JFPA 1MGYA 1KGBA 1L61A 1G1VA 1ZURA 1L31A 1LW9A 3F9LA 5G36A 2BRDA 4W54A 1L83A 2JAFA 5B6YA 2OEAX 4I7MA 247LA 181LA 1QT8A 3ODUA 120LA 1L48A 1T6HA 1R2NA 2B73A 1L0MA 1OVKA 1LYIA 3HH4A 2G87A 3PBLA 4EA3A 2RB2X 4XT1A 2J4YA 2F95A 3AYNA 1L40A 1L67A 3DMVA 169LA 3NS0A 262LA 1NHBA 191LA 1CU3A 3NY8A 2Y02A 4N6HA 112LA 1BM1A 3OAXA 3DDLA 5B6XA 3PXOA 168LA 5C1MA 197LA 198LA 2ANVA 1T8AA 3C80A 3GUOA 3QJUB 1L91A 1L76A 245LA 1XJUA 4UHRA 3GUIA 4HYXA 222LA 1KY1A 3OE0A 3JR6A 192LA 1L92A 1L56A 4KNFA 3HAOA 5H2MA 2OE4X 223LA 4GRVA 1P2RA 4J4QA 1B6IA 1L60A 1PQJA 102LA 1S8LA 1C6CA 1Q5JA 171LA 1QM8A 4EPIA 1E12A 4I7NA 109LA 226LA 1P56A 4ARPA 3DKEX 3HTFA 2YCXA 1QTVA 1SSWA 162LA 1L46A 2B6YA 156LA 1KG9A 3EH5B 4WAVA 1ZYTA 1L71A 210LA 256LA 2ZFEA 1KY0A 1C6MA 1H2SA 4JQ6A 1S53A 4EKPA 196LA 1ZWNA 5DHGA 4GBRA 4EKSA 2KSYA 4Y9HA 5H2LA 1OWYA 3HAQA 155LA 1L38A 1C67A 4WW3A 5G2CA 3SN6R 2YDVA 184LA 1BRXA 1DZEA 1JTMA 182LA 3HUAA 5H2IA 4ARQA 1L75A 1OYUA 4ARMA 2EI4A 3HASA 251LA 1LYDA 227LA 5KKHA 1QKPA 241LA 3C8QA 253LA 3D4SA 3DN0A 3PDSA 4OV0A 1D3NA 1C63A 3NSBA 240LA 4W52A 3X3BA 3DMXA 4W53A 1LYGA 1L35A 1DYFA 1C64A 3CDQA 5AHZA 3QJQB 238LA 1F4ZA 237LA 126LA 1P46A 5G54A 1WTHA 2NTHA 1G07A 3SBAA 1CV0A 130LA 1L07A 206LA 2B74A 5G2DA 1C8RA 3UZAA 4IAQA 3V2YA 1LWGA 1I6SA 1L0JA 2LNLA 1L64A 3VG9A 2I1XA 3QBGA 261LA 3HTDA 3VW7A 4X32A 4I7SA 1P37A 2VT4A 3EH3B 1L16A 4W56A 1L00A 152LA 228LA 1VGOA 1QUGA 1DYGA 1G0QA 3CDRA 3F8VA 2X72A 2B6TA 3FADA 3SB7A 2B7XA 1M0MA 3C8RA 3S3CB 1XMEB 3NY9A 4NC3A 1U19A 1C6PA 2Y00A 123LA 176LA 1D2YA 3HDEA 4PXKA 1D3FA 1L15A 212LA 1L42A 3GUMA 5B2NA 1LYFA 239LA 2F47A 1L17A 4ARLA 1C6FA 2PEDA 231LA 3GUJA 1XIOA 1UAZA 5B6ZA 4XTNA 2OTZX 1D3JA 3RFMA 1L37A 3SB8A 4AQNA 5ITEA 183LA 1C60A 2F32A 4I7RA 1GZMA 5G28A 149LA 1SX2A 1T8GA 2B72A 3QJRB 3S3DB 1L90A 4ZPUA 1L22A 1L39A 4BEZA 217LA 1L26A 2OE9X 2WJKA 1F50A 1L73A 4X1HA 3VI0A 1P8UA 146LA 229LA 111LA 1L66A 254LA 4MQTA 3S8FB 5B6VA 2QPEB 3QAPA 3DN4A 1L68A 2CUUA 3UTVA 4LZMA 1Q5IA 4S0WA 3PQRA 2I20A 2L78A 1GU8A 1L0KA 4PJZA 1PY6A 243LA 4W55A 1CV6A 3HU8A 2RH1A 4PK0A 2RAYX 1QHJA 1L95A 1DYDA 1JTNA 1L30A 4I7JA 5A8EA 4GP4B 1G0JA 3RUNA 1C3WA 145LA 2Q9DA 4EXMA 172LA 3A7KA 5AWZA 4BEYA 1L54A 1QTBA 3GULA 3DN2A 4QRYA 1L51A 4GP8B 1CVKA 5AX0A 3SB6A 148LE 1UCQA 3K2RA 159LA 1SWZA 4JKVA 160LA 104LA 4I7TA 5BR2A 1L89A 1JV7A 1X0SA 4PXFA 158LA 260LA 3HDFA 4N4YB 1QTHA 1HZXA 1C6JA 1L86A 3C82A 4AMJA 2RBQA 1L84A 115LA 1L13A 1CV5A 1TN5A 4FAAB 4LDEA 3SB5A 2R4RA 2HUKA 4XXJA 1L12A 1CU6A 175LA 1S54A 107LA 4I7QA 2RB1X 2HUMA 4I7PA 1L82A 1L70A 185LA 1L19A 4MBSA 3HTGA 1PXRA 7LZMA 3C7ZA 161LA 3UG9A 1SX7A 178LA 2QARC 4MQSA 173LA 4I7KA 5AX1A 3C8SA 1L08A 1C6AA 3PWHA 125LA 1G06A 1CU2A 2L6XA 1C66A 2HULA 3HUKA 1IXFA 1LYHA 1DYEA 205LA 236LA 1CX7A 4EJ4A 1JGJA 3UTWA 4YX7C 1SSYA 259LA 3HTBA 165LA 2ZZLA 3DN6A 4A4MA 3C7YA 1CV3A 4HYJA 5G2AA 3DNAA 1L63A 3OE9A 1AT9A 3QBLA 1TLAA 3P0GA 1L25A 5I14A 3SBBC 4DJHA 1LYEA 3HH5A 4UG2A 1C6GA 1C6KA 1SWYA 4EPFA 1LI6A 1L81A 1E0PA 3HARA 3CODA 1L43A 5H2JA 140LA 1OWZA 180LA 1L96A 189LA 4I7OA 4GP5B 1L33A 4QI1A 4AMIA 250LA 186LA 1L14A 1L74A 2A4TA 1L04A 1CV1A 3EMLA 1CTWA 1QKOA 2YDOA 246LA 244LA 2IGCA 1OVHA 1L18A 2Y01A 1D9WA 1X0I1 3CDTA 1L32A 3S8GB 1QSQA 1KNIA 1PQMA 1P8HA 1C6NA 1L10A 3ZPRA 5ITCA 214LA 1KS3A 2JAGA 1L11A 174LA 177LA 4XT3A 138LA 4G7RB 1XEPA 2NTUA 5J7AA 3OE6A 1G0KA 2B75A 5A44A 3CDVA 3VHZA 1P7SA 3RZEA 1QUHA 139LA 1C6HA 3UONA 2OU9A 3LZMA 2QB0B 4E97A 1C6IA 1G0LA 1D3MA 1QSBA 4ARJA 1P5CA 4FBZA 129LA 1P64A 3UTYA 1L27A 1QT5A 3HT6A 249LA 1L06A 2ZIYA 1DYBA 218LA 4I7LA 1H68A 4BVNA 4ARMB 3GUPA 2RBRA 2QPDB 5B6WA 2Q9EA 3HH6A 2I35A 213LA 3HU9A 1R84A 1QUOA 1G0PA 1LN6A 190LA 3VVKA 3DN8A 151LA 163LA 200LA 2R4SA 2B6XA 113LA 1D2WA 1P3NA 1C8SA 1IW6A 4IARA 1DYCA 5AZDA 1DYAA 4L6RA 1L97A 167LA 3DN3A 3COCA 1L80A 1PQKA 3HT7A 3CAPA 1L85A 1QS5A 2Y04A 1BRDA 1G0GA 2RAZX 3HANA 1P8IA 2LCBA 3REYA 3DMZA 1S52A 5DYSA 3CDOA 2Z55A 221LA 2O7AA 4L35A 2OU0X 2WJLA 4XTLA 108LA 1L50A 3FI5A 1PQOA 2O4WA 2HPYA 3KJ6A 5BR5A 2ANXA 3UTXA 1OV5A 1LPYA 1X0K1 1XJTA 1M0KA 4BUOA 1C61A 4GPOA 3HUQA 3HT8A 3QAKA 1L9HA 3SB9A 3AYMA 225LA 234LA 3QBIA 1PQDA 1P6YA 4IB4A 4MD2A 3WQJA 1CWQA 3QJTB 1KG8A 3V2WA 4LDOA 3C7WA 137LA 1C6DA 4BV0A 1L09A 1L45A 2RBPA 4EKRA 131LA 1C6BA 1C6LA 1TN0A 3C9MA 3S3BB 2NTGA 1L01A 4G7SB 122LA 5H2PA 224LA 1CX6A 2I21A 4XTOA 1T8FA 1L20A 211LA 257LA 1F88A 1JV6A 5B34A 1L87A 4DAJA 5TGZA 1T97A 3MBVA 3X3CA 3NYAA 187LA 1L94A 5LZMA 3QJSB 2YCZA 2OTYX 3G3VA 1AP9A 4JR8A 1P36A 1XJIA 1LGXA 4HWLA 110LA 1C6TA 5A45A 5JJJA 1L99A 6LZMA 1LWKA 230LA 119LA 3HT9A 2RBOA 3ABWA 4OO9A 2RB0X 5JJNA 219LA 2RBNA 1M0LA 3EH4B 1LGWA 5G53A 1L88A 1QTCA 1O0AA 2KSAA 3BVDB 1JQUA 1PXSA 1L02A 5B35A 3DN1A 3L64A 1L03A 3GUKA 147LA 1L53A 4N4WA 142LA 233LA 1S8JA 1G1WA 103LA 5JJEA 1L79A 4G70B 2B6WA 1LLHA 4W51A 1VJMA 5B0WA 2OU8A 1OV7A 1C6QA 1BRRA 1P2LA 3C9LA 3UZCA 3G3XA 1CU0A 5H2HA 1L69A 4QIDA 1KW7A 188LA 1L98A 1C68A 4W57A 4MD1A 252LA 1L72A 4W58A 128LA 2B70A 4FA7B 258LA 157LA 1L36A 220LA 5H2OA 1K28A 1QT3A 3AM6A 4FPDA 4KLYA 3L2XA 2M3GA 1L29A 1L52A 195LA 170LA 1L58A 1FBKA 3G3WA 4YXCA 2Z6BA 4G71B 1G0MA 1L57A 4W59A 1L34A 3QJVB 4EIYA 3QBKA 1C6EA 127LA 1IW9A 3OE8A 4G72B 242LA 1L28A 1EPYA 1L05A 2YCWA 4BWBA 1CUPA 1L77A 1C65A 1C69A 118LA 2F93A 150LA 4X31A 5F8UA 4TL3A 4GBRB 1L59A 2F2QA 5FJGA 1QT7A 3T45A 1L41A 1QT4A 4YXAC 3ZEVA 1KMEA 1L21A 2LZMA 1EHKB 2NTWA 3DQBA 3HWLA 2O79A 141LA 4ARQB 1LI3A 3HH3A 209LA 1LYJA 164LA 1C62A 4LDLA 2KSBA 3VGAA 1QS9A 3C83A 2YCYA 1KW5A 166LA 1L65A 5DHHA 3FA0A 114LA 248LA 5H2NA 1GUEA 4DKLA 199LA 2Y03A 3GUNA 1LI2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LMQA 4G7QB 4XENA 2EIZC 2Z73A 3AGHA 1LGUA 2RSCA 3C81A 1HF4A 1PQIA 4KXIA 5AMYA 1WTMA 4IAPA 2KS9A 235LA 1XGPC 5LVHA 1INUA 1L49A 1L62A 1MGYA 1LSAA 1G1VA 1L31A 3F9LA 5G36A 2BRDA 1L83A 5LVKA 1JHLA 4ANRA 4GN4A 4DS7E 1XFPL 1R2NA 120LA 1L48A 1L0MA 1EQEA 3KAMA 2J4YA 169LA 1LYSA 1LJ4A 1NHBA 3NY8A 1CU3A 2Y02A 3W6CA 1C46A 1LSNA 1NWGA 197LA 198LA 2ANVA 2YDGA 3QJUB 2LYZA 1L76A 2XQOA 1GHLA 3GUIA 1GE1A 5LINA 1L92A 5KJ9A 5KXTA 5KXZA 2OE4X 1RE2A 1CNSA 4AGAA 3WU9A 2XBSA 4I7NA 3TXIA 1P56A 2YCXA 3HTFA 1QTVA 4OWEA 4MSTA 4WM2A 256LA 2ZFEA 3AZ6A 1PS5A 1YAMA 4Z46A 1S53A 1LCNA 2BQAA 1GXV2 1C43A 2KSYA 4Y9HA 1OWYA 1L38A 1GBWA 1LZAA 1JTMA 4ARMA 1OYUA 3WVYA 1LYDA 2G4PA 1J1XY 5HQ1A 1I20A 3DN0A 1D3NA 4ZIXA 1IWUA 2MEHA 240LA 2Y8PA 4HJVA 4H9FA 1XGTC 1L35A 1AKIA 1UBZA 3CDQA 3RZ4A 1F4ZA 237LA 5LIOA 1QSAA 3SBAA 1CV0A 1L07A 206LA 5G2DA 2EQLA 1LSEA 2ZIKA 1DPXA 1KXYA 3VW7A 4X32A 1HMKA 3F6ZA 2VT4A 1B7PA 1L00A 152LA 1VGOA 3P66A 1G7HC 1DZBX 2X72A 2B6TA 1GF9A 1HEOA 1I1ZA 1Z55A 3S3CB 4YOPA 4H9EA 1C6PA 123LA 2BLYA 5B2NA 1LYFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3S8G B;  1QSQ A;  1KNI A;  1PQM A;  1P8H A;  1C6N A;  1L10 A;  3ZPR A;  5ITC A;  214L A;  1KS3 A;  2JAG A;  1L11 A;  174L A;  177L A;  4XT3 A;  138L A;  4G7R B;  1XEP A;  2NTU A;  5J7A A;  3OE6 A;  1G0K A;  2B75 A;  5A44 A;  3CDV A;  3VHZ A;  1P7S A;  3RZE A;  1QUH A;  139L A;  1C6H A;  3UON A;  2OU9 A;  3LZM A;  2QB0 B;  4E97 A;  1C6I A;  1G0L A;  1D3M A;  1QSB A;  4ARJ A;  1P5C A;  4FBZ A;  129L A;  1P64 A;  3UTY A;  1L27 A;  1QT5 A;  3HT6 A;  249L A;  1L06 A;  2ZIY A;  1DYB A;  218L A;  4I7L A;  1H68 A;  4BVN A;  4ARM B;  3GUP A;  2RBR A;  2QPD B;  5B6W A;  2Q9E A;  3HH6 A;  2I35 A;  213L A;  3HU9 A;  1R84 A;  1QUO A;  1G0P A;  1LN6 A;  190L A;  3VVK A;  3DN8 A;  151L A;  163L A;  200L A;  2R4S A;  2B6X A;  113L A;  1D2W A;  1P3N A;  1C8S A;  1IW6 A;  4IAR A;  1DYC A;  5AZD A;  1DYA A;  4L6R A;  1L97 A;  167L A;  3DN3 A;  3COC A;  1L80 A;  1PQK A;  3HT7 A;  3CAP A;  1L85 A;  1QS5 A;  2Y04 A;  1BRD A;  1G0G A;  2RAZ X;  3HAN A;  1P8I A;  2LCB A;  3REY A;  3DMZ A;  1S52 A;  5DYS A;  3CDO A; 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 3EH4 B;  1LGW A;  5G53 A;  1L88 A;  1QTC A;  1O0A A;  2KSA A;  3BVD B;  1JQU A;  1PXS A;  1L02 A;  5B35 A;  3DN1 A;  3L64 A;  1L03 A;  3GUK A;  147L A;  1L53 A;  4N4W A;  142L A;  233L A;  1S8J A;  1G1W A;  103L A;  5JJE A;  1L79 A;  4G70 B;  2B6W A;  1LLH A;  4W51 A;  1VJM A;  5B0W A;  2OU8 A;  1OV7 A;  1C6Q A;  1BRR A;  1P2L A;  3C9L A;  3UZC A;  3G3X A;  1CU0 A;  5H2H A;  1L69 A;  4QID A;  1KW7 A;  188L A;  1L98 A;  1C68 A;  4W57 A;  4MD1 A;  252L A;  1L72 A;  4W58 A;  128L A;  2B70 A;  4FA7 B;  258L A;  157L A;  1L36 A;  220L A;  5H2O A;  1K28 A;  1QT3 A;  3AM6 A;  4FPD A;  4KLY A;  3L2X A;  2M3G A;  1L29 A;  1L52 A;  195L A;  170L A;  1L58 A;  1FBK A;  3G3W A;  4YXC A;  2Z6B A;  4G71 B;  1G0M A;  1L57 A;  4W59 A;  1L34 A;  3QJV B;  4EIY A;  3QBK A;  1C6E A;  127L A;  1IW9 A;  3OE8 A;  4G72 B;  242L A;  1L28 A;  1EPY A;  1L05 A;  2YCW A;  4BWB A;  1CUP A;  1L77 A;  1C65 A;  1C69 A;  118L A;  2F93 A;  150L A;  4X31 A;  5F8U A;  4TL3 A;  4GBR B;  1L59 A;  2F2Q A;  5FJG A;  1QT7 A;  3T45 A;  1L41 A;  1QT4 A;  4YXA C;  3ZEV A;  1KME A;  1L21 A;  2LZM A;  1EHK B;  2NTW A;  3DQB A;  3HWL A;  2O79 A;  141L A;  4ARQ B;  1LI3 A;  3HH3 A;  209L A;  1LYJ A;  164L A;  1C62 A;  4LDL A;  2KSB A;  3VGA A;  1QS9 A;  3C83 A;  2YCY A;  1KW5 A;  166L A;  1L65 A;  5DHH A;  3FA0 A;  114L A;  248L A;  5H2N A;  1GUE A;  4DKL A;  199L A;  2Y03 A;  3GUN A;  1LI2 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1IOR A;  3CSZ A;  2B5Z A;  1LHI A;  3REY A;  3B0O A;  1YAN A;  1JKD A;  1S52 A;  3G3A B;  4OWB A;  4L35 A;  2WJL A;  3LYM A;  2W1Y A;  5LVG A;  1OV5 A;  1LPY A;  4ZFP A;  1QQY A;  3HT8 A;  3QAK A;  3SB9 A;  225L A;  1PQD A;  1LJE A;  1P6Y A;  3RT5 X;  5KXO A;  3V2W A;  4LDO A;  2H9K A;  2LZT A;  1NDM C;  137L A;  1C6D A;  2YSS C;  1L09 A;  131L A;  1C6L A;  3C9M A;  4H90 A;  3N9E A;  5I4W A;  1L01 A;  6LYZ A;  211L A;  2DQG Y;  1GDW A;  5TGZ A;  1UA6 Y;  1T97 A;  4NIJ A;  3NYA A;  1BB7 A;  5EBH A;  5JEN B;  1AP9 A;  1P36 A;  1XEK A;  1GE0 A;  1LWK A;  119L A;  5K7O A;  1RFP A;  2ZYC A;  3ABW A;  5JJN A;  4H91 A;  1QTC A;  1O0A A;  2KSA A;  1GB9 A;  1PXS A;  147L A;  5LVI A;  4N4W A;  233L A;  5JJE A;  5B0W A;  1OV7 A;  1UUZ C;  1BWJ A;  1L69 A;  1YKY X;  1WVV A;  4GN3 A;  4W57 A;  5I4X A;  1WTN A;  1L72 A;  4W58 A;  4U3X B;  4FA7 B;  1L36 A;  5H2O A;  4HPE A;  1JIY A;  1N4F A;  1DI5 A;  3L2X A;  1W6Z A;  1L52 A;  195L A;  3TXE A;  170L A;  4YEO A;  4DDC A;  4G4C A;  3G3W A;  4YXC A;  2Z6B A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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