3V9UA

Crystal structure of rnase t in complex with a preferred ssdna (aat) with two mg in the active site
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
206
structure length
206
Chain Sequence
NAQLTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSGYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Ribonuclease T
publication title How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 68
structure length 206
sequence length 206
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3v9uA00
1VSMA 1VSKA 4DQRA 2BE2A 3ISNC 4N41A 1XC9A 3AVGA 3UIQA 1KVAA 3ZSQA 2B4JA 3SV3A 5CYMA 3KK3A 1RBSA 3RMBA 1C0UA 4R5PA 4B9TA 3L3UA 1U48A 1A5WA 1IKVA 3T19A 2A1SA 3ZSXA 4RW4A 4CFDA 2FBXA 1JL1A 1GOAA 3SPYA 1XHZA 4E7HA 3VQPA 1TK0A 2BDPA 4Y1CA 2Z1HA 4CF1A 4HCCA 2VG7A 2WONA 2QXFA 1I39A 3C6TA 4RW9A 2IC3A 4HTUA 1T7PA 1IH7A 1RTHA 4CERA 3HP6A 1SL1A 2F8TA 2QK9A 1LAWA 2ZE2A 4BDZA 3ZSYA 4NCBA 1IG9A 3DLRA 4CFCA 3OYAA 4ELUA 3C6UA 2ZD1A 2OPPA 4EP4A 1S1TA 1JLFA 2D0CA 2XRIA 4O44A 5FROA 3L2WA 3VA0A 1WNSA 2G8WA 1C6VA 4CK3A 4C8NA 4OPKA 1NK0A 4CEFA 4W5NA 1G15A 1YVUA 1HNIA 3AVLA 3MXJA 4I2QA 3ZSOA 2Y1JA 3PY8A 4B9NA 1W0HA 2VG5A 4ZTFA 1C0MA 4I2PA 4CHYA 1BCOA 3QEVA 1NJWA 4KHQA 1EX4A 1WAFA 5HRRA 4E3SA 3TI0A 1X9MA 4IFYA 2IGIA 2RPIA 4W5QA 2YKNA 1C0TA 3PX4A 3TANA 4Y1DA 1A5XA 3O4NA 3NH2A 5J2PA 3SCXA 4KHSA 5I42A 4DS5A 4J2EA 5HROA 1VSLA 3OYNA 1QSSA 2HW3A 3K58A 4B8CA 3RWUA 4CJVA 2DTUA 3SUNA 2HNZA 3DRPA 3CYMA 3AVIA 4DG1A 4ZHRA 3OYKA 5JS1A 2E6MA 4O55A 4CEEA 4G1QA 4F3OA 3TAPA 1D5AA 4FZZA 4MQ3A 4N5SA 4DSEA 4CGJA 3OJSA 4CJUA 1LWCA 5T7BA 3MXIA 4FZYA 2OZSA 1KRPA 3DRSA 4CK1A 1IKWA 2DFFA 4FJ8A 3O3HA 2ATQA 2LSNA 2YNIA 4PA1A 1L3UA 3P5JA 1RTJA 4ELTA 5DMRA 1J54A 4KAZA 4NYNA 3NF8A 3VA3A 4QCLA 4FJMA 4CGHA 3ZT2A 1NK6A 4L8RB 3V1OA 4KHWA 1RNHA 3TAEA 1S1UA 3QEWA 4EZ9A 3VQCA 4JLHA 4OPJA 3AA4A 5SZTA 2E6LA 4DF4A 4Z4FA 2GV9A 1K6YA 1SV5A 1RBVA 3ZSWA 3SNNA 1J53A 4RW8A 3S3MA 4LSLA 1NKBA 2OZMA 3SYZA 4CF0A 4FJIA 4OKJA 5I3UA 5KTQA 3O3GA 3V4IA 1NKEA 2KZZA 1HQUA 2OPRA 2Q3SA 4KRFA 2HVHA 1S5JA 3LP0A 4O5BA 2HHSA 3ZSVA 4FK0A 3HXMA 4C8KA 4CK2A 1HYVA 4W5OA 3PX0A 2DFEA 3F73A 3QETA 3LP3A 3NGIA 3TABA 1N6QA 4DFMA 2O4IA 3TR8A 4AHUA 4JRQA 2G8KA 3AVCA 5SWMA 4AHTA 1KSPA 2P1JA 3RMCA 1Z25A 4NCGA 4KI4A 2FC0A 4CHOA 4KV8A 3VQAA 3KK1A 3DMJA 3LAMA 2XO7A 4CJEA 4QOZB 2R7YA 3HO1A 4DU4A 2JGUA 4YNQA 3CG7A 4CESA 3OS2A 3BDPA 4GW6A 1ZBUA 3LP2A 1QHTA 2YNGA 3I0RA 4CJ5A 4FW2A 3OY9A 2D0AA 3LWLA 1QE1A 4CGDA 2VWJA 3AVBA 3NBPA 3BGRA 3LZJA 4IG3A 5C42A 3EZ5A 4I7FA 5EU7A 1TKTA 3VQDA 1RCHA 3PO5A 3VQ8A 3TARA 4CCHA 3V81A 3ZCMA 4Z4GA 4CFBA 4E89A 2W42A 3V9UA 2YV0X 4DTPA 1DTQA 4CJ4A 1JKHA 4E1MA 4FLUA 1T05A 1ASVA 1SKRA 4OKKA 4KTWA 1RT7A 4FJ7A 1S1WA 4FVMA 4E7IA 1S1XA 1JLGA 4DQIA 4CEAA 2ZQBA 4Z4CA 3MXMA 3QEXA 4N56A 3M8SA 1TKXA 4FXDA 3AO2A 3QIPA 3OYDA 4ICLA 3AA2A 2OA8A 3WNGA 1WSEA 3MEDA 2HMIA 5J2QA 3OYHA 4B8AB 1U49A 3KLGA 2X6SA 3V9XA 4Q0BA 1RBTA 3TAFA 3THVA 4FJGA 4FZXC 4B08A 4M3YA 1I3AA 1L5UA 3DLGA 2YNHA 3AA3A 5CZ2A 4CJWA 4IDKA 2G8VA 3LPTA 4KB1A 2G8HA 1JXEA 4J2DA 4CEZA 3HPGA 3VQBA 1NKCA 4BACA 3ASMA 3HSTB 3OYJA 4HUEA 1XI1A 3AO4A 4CEOA 4W5TA 3WNEA 1KLMA 4DSKA 4FJLA 4BWJA 4OVLA 1QSLA 4CGGA 1ZBHA 3OYEA 3CFPA 4H4OA 4DQQA 4AILC 2HVIA 3K5NA 3U3YA 4M3WA 3DOLA 4CE9A 1HPZA 4H8KA 1KFSA 4BWMA 2VWKA 4RG8A 2EHGA 3CM6A 4ID1A 4DTJA 3SQ2A 3LWMA 4CEBA 4JS4A 1HYZA 3K2PA 4DSIA 4FJJA 1RDDA 3SV4A 1ZYQA 2PY5A 2NUBA 1EXQA 1NOYA 1VRTA 1S9GA 4DS4A 1FXXA 2I5JA 1ZBFA 1J5OA 3NCIA 2G8IA 4CJRA 1U4BA 4DTOA 1UAXA 3JYTA 5CZ1A 2ETJA 5HBMA 1XHXA 1DTTA 2P5OA 4KHYA 4FM0A 1QTMA 3NFAA 5HRNA 3LPUA 2YHBA 5HLFA 4BE2A 3SQ0A 2YKMA 1KVCA 4RW6A 5KGWA 3V9WA 4M41A 5HRPA 2QKKA 4B9MA 1HNVA 3KIOA 3RRHA 2KW4A 1TL1A 4N47A 3TWHA 3QLHA 4UQGA 1VSJA 1WN7A 2AJQA 2PZSA 4QAGA 3VQ4A 4DTMA 3AVJA 4CJQA 3AV9A 1RT6A 3V9SA 1KLNA 1CZ9A 3RRGA 1BL3A 3LALA 1ITGA 3PUFA 3HT3A 2Y1IA 4B9UA 2WOMA 3S3OA 1QS4A 4Z4EA 4PWDA 2XHBA 4FM2A 3LANA 3S9HA 2XY8A 4CIGA 1CZBA 2X6NA 3KLIA 4KHNA 2FBVA 4E7JA 2KFZA 1VSIA 1B9FA 3G10A 3M8RA 3PV8A 4DSFA 1RT2A 4F8RA 3RTVA 1SL0A 3A2FA 1YTAA 1FKOA 3TAGA 2HHUA 5FRMA 5CYQA 1LW2A 2KZMA 2IS3A 2DFHA 2YNFA 1S9EA 4DTXA 1WSGA 1ZBIA 2XY6A 3SUPA 1EETA 2KQ2A 3JSMA 3CQ8A 1VSHA 2FBTA 3C94A 4FLWA 2XY5A 3F9KA 2HHXA 1HQEA 4JS5A 5KI6A 4LY7A 1LAVA 4CECA 3OYIA 3L2RA 3SI6A 2HHVA 4CJSA 1LWEA 1RT4A 2B6AA 5DK5A 3KD1E 4M3XA 4HUFA 5J2MA 1EP4A 1A5VA 2YHAA 3AO3A 1B9DA 4FJNA 2IAJA 3L8BA 1WSJA 5K14A 4FK2A 4DFJA 2P51A 4FJXA 2ITGA 2GUIA 4KHUA 3HJFA 1NK9A 3V9ZA 1CLQA 4C8MA 1TK5A 2RKIA 1TKZA 4O4GA 3KLFA 1X9SA 3IAYA 4J2AA 4I9QA 1RTDA 3PX6A 3OS1A 1EKEA 1QSYA 4O0IA 1BHLA 2DY4A 3LZIA 3HPHA 4CHZA 5KGXA 2X78A 3NF6A 3NGZA 4KB0A 3DLBA 3AVHA 3HM9A 3HP9A 4RW7A 3OYCA 1C1CA 4FYDA 1RBUA 1RBRA 4CJKA 1D9FA 3T3FA 4ID5A 3MECA 3DYAA 2FBYA 1WLJA 4CEDA 3D0PA 4PQUA 1B92A 1JLAA 4FCYA 3QESA 4DSLA 4DQSA 3ZT0A 1LV5A 4LH4A 4CIEA 4FJ9A 3ITHA 4DTSA 4Q5VA 2A1RA 4CGIA 3KLHA 3KTQA 1YT3A 2P5GA 3KD5E 4H4MA 3QEPA 1VK0A 3DRRA 3QO9A 4KKOA 4FJKA 4DQPA 2Z1GA 4PY5A 3AVMA 1IKYA 5KRTA 1X9WA 4KO0A 3NHGA 1GOBA 3OYFA 3D45A 4KI6A 1S6QA 1S1VA 1QQCA 3HVRA 4DFKA 1J9AA 4TSXA 3DI6A 1XWLA 1R0AA 4B3OA 3M8QA 3VQ7A 3ZT3A 3QEIA 2QKBA 2OPSA 1TAQA 3K5OA 3EYZA 1D8YA 4M45A 4M42A 1BIZA 1BISA 1Y97A 3WNHA 3I8DA 1UWBA 3QERA 3VN5A 3IG1A 1CXQA 2D5RA 4CGFA 3SUQA 3OYBA 3E01A 4OGEA 4M3UA 1TAUA 4O0JA 4E1NA 2HB5A 3OYLA 4BE0A 1NK7A 1T03A 1RDBA 3I0SA 1NK4A 3K5MA 4FLYA 1GOCA 4AHSA 1TV6A 3DOKA 3LP1A 1WSFA 1HJRA 4FW1A 3T1AA 4DWIA 1JXBA 4K8ZA 2D0BA 2IDOA 3ZSZA 1SL2A 4Z0UA 4DU3A 3NH0A 4KFBA 1WAJA 4BDYA 2XY7A 2JLEA 2PYLA 1FK9A 2F8SA 1BCMA 2E4LA 4IG0A 3KK2A 1D9DA 1BI4B 4K8XA 1WSIA 1SUQA 4FLTA 4DTUA 4C8OA 3AO1A 1IO2A 1FKPA 4KREA 1TK8A 4GMJB 3SQ1A 4F2SA 1SKWA 3KKSA 4E0DA 2G8FA 4HCBA 1NJZA 4B9LA 4GVMA 4WE1A 4DFPA 1TKDA 1JLEA 4C8LA 1JLQA 5HRSA 3CFRA 1C1BA 3HYFA 2F96A 4OKEA 2HNYA 2HNDA 1RDAA 2Z1JA 3AA5X 1L3TA 1U47A 2G8UA 1KFDA 4E7KA 4B9VA 3FFIA 4IBNA 1ASWA 3ZT4A 4MFBA 1VSDA 1U45A 4LSNA 3P83D 1HYSA 3AVKA 4CHNA 3QNOA 1VSFA 3VQQA 4N76A 1RTIA 2HHQA 3RMAA 4NCAA 5HP1A 3LAKA 2OPQA 3G0ZA 3RR7A 4LD0A 3OS0A 1NOZA 1RT1A 1S6PA 4CF8A 4DMNA 3KJVA 1TVRA 2KFNA 1F21A 1C1AA 4EP5A 1UA1A 4J2BA 1U04A 4BE1A 1CXUA 2HHWA 4CF9A 1UA0A 1O1WA 2GBZA 3MAQA 1T8EA 3QINA 4OJRA 3PO4A 4DTNA 1UOCA 1L3VA 1KTQA 3KKRA 3QIOA 3CM5A 4CHQA 3ALYA 3KLEA 4DLGA 1RDCA 3QNNA 3SJJA 1RILA 1MU2A 3SPZA 1RT5A 4HVJA 3NDKA 1BGXT 2O4GA 5KRSA 2Z1IA 3L2UA 3RMDA 3IRXA 3M8PA 4CHPA 3NAEA 3K59A 1WSHA 4F4KA 4AHCA 2B5JA 1X1PA 4CFAA 3L2VA 1BIUA 4ELVA 4DTRA 4FLVA 5J2NA 1NK8A 4FM1A 4EZ6A 4OGCA 3DLHA 1JLBA 2X74A 3U3GA 3V1RA 1VRUA 3SUOA 4CF2A 2RN2A 3MEGA 5C24A 3OYMA 3AVAA 3HL8A 3NH1A 1YTUA 3C95A 1W9HA 3NF7A 3NF9A 4FLXA 3K5LA 4IFVA 4PUOA 2BGGA 3ZT1A 4E19A 2KTQA 1NJXA 3HK2A 3AVFA 1BI4A 3OVNA 3SQ4A 4HHTA 5FDLA 4M3RA 3O4QA 2OYQA 3L3VA 1JLCA 1L3SA 4F3TA 3V6DA 4ZTJA 3IS9A 4JRPA 2EX3A 3AO5A 3L2QA 1ASUA 3NE6A 3B6PA 3EY1A 4Z4IA 3WNFA 3ULDA 3K57A 4DLEA 1VSEA 1LW0A 4W5RA 4FJ5A 3H08A 3U6FA 3VQ6A 4NYFA 3TAQA 2PYJA 1KCFA 2BANA 4DF8A 1ZBLA 4FJHA 1HRHA 4CJ3A 1SKSA 4YFUA 1TL3A 4M3ZA 4Z4HA 4FLZA 4AHRA 1REVA 1Z26A 4DSJA 5JS2A 4CJFA 1DLOA 3AVNA 3TAMA 1IKXA 3VQEA 3S3NA 1KVBA 4CJPA 3MEEA 3HVTA 3DLEA 1HMVA 1Q9XA 4IKFA 5D3GA 4XIUA 2IOCA 4I9LA 4CIFA 1TGOA 4AHVA 1JL2A 1N5YA 1BQNA 3OJUA 4DU1A 1NK5A 4F2RA 4HUGA 2HHTA 5J1EA 1Q8IA 2VG6A 4KTZA 3SZ2A 3RR8A 3ZSRA 4E7LA 4CEQA 4BDPA 1BQMA 4CJTA 3CFOA 4LH5A 3B6OA 3DLKA 3OYGA 4AH9A 3DM2A 4M3TA 4OLAA 3VQ5A 5FRNA 4KTQA 3V1QA 4FK4A 5C25A 4OLBA 1LWFA 3O3FA 3LDSA 4KPYA 2RF2A 1Q9YA 3NGYA 3HPOA 5CY4A 3VQ9A 4B9SA 1NJYA 1RT3A 5E41A 3P1GA 4CJLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BTFA 2YJEA 3MCAB 1WOQA 1XC9A 5AQVA 5BREA 4B1XB 1C0UA 4R5PA 3THYA 2HBMA 3T19A 4CFDA 3ZSXA 1GOAA 1TK0A 4Y1CA 2QXFA 3C6TA 4RW9A 3WT0A 2IC3A 1RTHA 4BVOA 4FVUA 4BVPA 1IG9A 3I33A 4WQ4C 4GKKK 1GLDG 4EP4A 2D0CA 4O44A 4B3TK 2G8WA 4OPKA 1YVUA 4I2QA 1OH8A 4B9NA 2VG5A 4I2PA 1U6ZA 1WAFA 5AQPA 2YKNA 4IWVA 3MWPA 5J2PA 3SCXA 4B3MK 3OYNA 3A5MC 4CZLA 4JI8K 4CJVA 4PKIA 3SUNA 2O8BB 1CZAN 3AVIA 4DG1A 2NRRA 4F3OA 4K25A 4N5SA 3VF4A 4DSEA 1KAXA 4CJUA 1LWCA 3PIOL 1KRPA 2GEMA 2E5LK 2LSNA 1J54A 3VA3A 4FJMA 4CGHA 4CZMA 4KHWA 1RNHA 3TAEA 3THXB 1S1UA 4EZ9A 1DGKN 2IVPA 2J4RA 4MDAA 3ZSWA 2QXLA 5EXWA 2QWMA 1BDGA 4WFNL 2O8EB 3O3GA 4BR7A 1HQUA 5F0XA 1S5JA 3LP0A 3ZSVA 1ZC6A 3ZYYX 4WQ5C 3PX0A 3UKRA 2P9KB 3NGIA 4FWKA 4DFMA 2E2OA 3AVCA 5HOOA 3G4SN 2P1JA 2O8CA 4NCGA 4KI4A 4CHOA 4KV8A 1SQKA 3J7AP 1MDUB 3LP2A 2V7ZA 4FW2A 2D0AA 3LWLA 4CGDA 3DXMB 3GE1A 3NBPA 1LOTB 3MWTA 4I7FA 5EU7A 3M1FA 2A41A 3TARA 1GLFO 3V81A 3ZCMA 4BG9A 2VQEK 2YV0X 4DTPA 4CJ4A 1SKRA 1ASVA 2RE2A 1RT7A 4ISFA 1S1WA 4KHPK 3FE1A 3VENA 1S1XA 5FPMA 5FPDA 3FGUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2BTF A;  2YJE A;  3MCA B;  1WOQ A;  1XC9 A;  5AQV A;  5BRE A;  4B1X B;  1C0U A;  4R5P A;  3THY A;  2HBM A;  3T19 A;  4CFD A;  3ZSX A;  1GOA A;  1TK0 A;  4Y1C A;  2QXF A;  3C6T A;  4RW9 A;  3WT0 A;  2IC3 A;  1RTH A;  4BVO A;  4FVU A;  4BVP A;  1IG9 A;  3I33 A;  4WQ4 C;  4GKK K;  1GLD G;  4EP4 A;  2D0C A;  4O44 A;  4B3T K;  2G8W A;  4OPK A;  1YVU A;  4I2Q A;  1OH8 A;  4B9N A;  2VG5 A;  4I2P A;  1U6Z A;  1WAF A;  5AQP A;  2YKN A;  4IWV A;  3MWP A;  5J2P A;  3SCX A;  4B3M K;  3OYN A;  3A5M C;  4CZL A;  4JI8 K;  4CJV A;  4PKI A;  3SUN A;  2O8B B;  1CZA N;  3AVI A;  4DG1 A;  2NRR A;  4F3O A;  4K25 A;  4N5S A;  3VF4 A;  4DSE A;  1KAX A;  4CJU A;  1LWC A;  3PIO L;  1KRP A;  2GEM A;  2E5L K;  2LSN A;  1J54 A;  3VA3 A;  4FJM A;  4CGH A;  4CZM A;  4KHW A;  1RNH A;  3TAE A;  3THX B;  1S1U A;  4EZ9 A;  1DGK N;  2IVP A;  2J4R A;  4MDA A;  3ZSW A;  2QXL A;  5EXW A;  2QWM A;  1BDG A;  4WFN L;  2O8E B;  3O3G A;  4BR7 A;  1HQU A;  5F0X A;  1S5J A;  3LP0 A;  3ZSV A;  1ZC6 A;  3ZYY X;  4WQ5 C;  3PX0 A;  3UKR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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