3VA3A

Crystal structure of rnase t in complex with a duplex dna product (stem loop dna with 2 nucleotide 3' overhang)
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
205
structure length
205
Chain Sequence
QLTGLCDRFRGFYPVVIDVETAGFNAKTDALLEIAAITLKMDEQGWLMPDTTLHFHVEPFVGANLQPEALAFNGIDPNDPDRGAVSGYEALHEIFKVVRKGIKASGCNRAIMVAHNANFDHSFMMAAAERASLKRNPFHPFATFDTAALAGLALGQTVLSKACQTAGMDFDSTQAHSALYDTERTAVLFCEIVNRWKRLGGWPLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Ribonuclease T
publication title How an exonuclease decides where to stop in trimming of nucleic acids: crystal structures of RNase T-product complexes
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 58
structure length 205
sequence length 205
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3va3A00
3IAYA 4C8NA 2FC0A 3VQPA 3HP6A 4DTSA 1S6PA 3BDPA 3NH1A 5KTQA 1VSEA 4HVJA 4DTUA 3MXIA 3S3MA 2FBXA 2HW3A 3QETA 3TAEA 5D3GA 1CZ9A 4BACA 4RG8A 4FJMA 3QEPA 5KGXA 4DFMA 3V9SA 1O1WA 3KKSA 1YVUA 2D5RA 2RF2A 4CJ3A 1SL1A 4YFUA 1TK8A 3OY9A 1QQCA 2OYQA 2LSNA 3I8DA 4AHCA 4LH5A 3LWMA 1NK9A 4EZ6A 3LP3A 3SJJA 4CGFA 1VSHA 4CJRA 1FK9A 4CFBA 1BGXT 4DSFA 4N41A 4PWDA 3DLKA 3T1AA 2D0BA 2X6SA 3ZT4A 4CEBA 1TKDA 2GBZA 4H4OA 3LANA 1QE1A 4C8OA 4FW2A 5J2MA 4IKFA 5J1EA 4E7IA 4LH4A 3RR7A 2BGGA 3L2WA 1B9DA 1NJWA 4E7JA 2G8VA 2ATQA 3LP0A 3MXJA 4DFJA 2ETJA 4KTWA 4IG0A 2YNHA 1SKWA 4B9NA 3JSMA 1JLAA 4RW8A 3C6UA 3LALA 4BE0A 4KHWA 3EYZA 4F3OA 3UIQA 5K14A 4ID1A 1IG9A 1ZYQA 5HRNA 3M8RA 4CJWA 2KQ2A 1VSJA 1TKTA 4HUGA 2G8HA 2HHVA 3DYAA 1JXEA 1C1CA 2EX3A 4AHSA 2KZMA 1NOYA 4O5BA 4CF2A 4CK3A 2HNDA 1JXBA 3HJFA 2RKIA 3KK1A 1RCHA 3AO2A 2IAJA 3OYIA 1S9EA 4CGDA 1JKHA 4F4KA 3KLHA 5KI6A 4ELUA 3DLGA 4FJNA 4KV8A 4K8ZA 4CF0A 3NGIA 1DLOA 5KRTA 3K5NA 1KVCA 1C1AA 1EETA 4CFDA 2DTUA 4CJ4A 4BDPA 4C8KA 1KFSA 1B92A 2DFFA 3SYZA 3NF8A 4NYNA 4Y1DA 3HPOA 4FJGA 3VQ8A 3QO9A 4B9LA 5KGWA 2KFZA 5SZTA 4H8KA 3OYNA 3VQCA 4O44A 1EP4A 1Q8IA 3SQ1A 1S1VA 2HVIA 1VSKA 4W5QA 1WNSA 1TV6A 1J54A 2Z1GA 3WNFA 3KIOA 3ZCMA 4DTXA 5JS1A 4CCHA 1CXUA 1D9FA 2JGUA 3DRPA 1ZBHA 3L3VA 4AILC 3DRSA 4KTZA 4DG1A 3OS2A 1RTJA 2Z1IA 1NJZA 1TK5A 1QSLA 1TK0A 5HRRA 1X9WA 1ASWA 4RW6A 3SQ4A 3SI6A 3F9KA 5FRMA 1S5JA 1BL3A 4Z4CA 3CM6A 5J2PA 1RT2A 1R0AA 1FXXA 4FJKA 3PX6A 1X9SA 4DU1A 4M3UA 3P1GA 1EXQA 3RR8A 1C0UA 4CEQA 4OGEA 1T05A 1UOCA 1GOCA 3AO1A 1LW0A 1RDDA 3OS1A 1C6VA 2VWKA 4EP5A 2XY6A 4AH9A 3TAQA 5JS2A 2XHBA 4DF8A 2RN2A 4OKKA 4CEZA 4IDKA 3RRGA 3SUQA 4I2QA 3CFPA 4DQRA 1RT3A 4Z4EA 3VQ9A 3T3FA 1RTIA 1T8EA 2OZSA 1VSIA 2F96A 4QAGA 4J2BA 3EY1A 4DTJA 4KHSA 3THVA 1B9FA 1IKWA 4KFBA 4KI4A 3NF9A 3ULDA 4MFBA 1RTHA 1A5VA 3CFOA 4IG3A 1QS4A 4FM1A 3ZSZA 4CJLA 4DTRA 4BE1A 2E4LA 3OVNA 4E7KA 2FBVA 3KLEA 4LSLA 1L3TA 4DTOA 1S1TA 4FK4A 4DTNA 3KLFA 3F73A 1QTMA 1YTAA 2DFHA 3RMBA 5J2NA 3O4QA 3AVFA 4UQGA 3V9WA 2ZQBA 2PYJA 3L2VA 3WNGA 4CF1A 1T03A 3VQ6A 1L3SA 4BWMA 4CEDA 3ALYA 1CXQA 4FJHA 1G15A 4G1QA 1JLGA 4CF9A 2R7YA 4CF8A 1TAUA 3AVJA 3KLIA 4AHVA 4CGIA 4JLHA 2P1JA 3CYMA 2IOCA 4CK1A 2VWJA 3CQ8A 3O3GA 4Z4GA 2IS3A 3OYBA 2WOMA 1KCFA 1RTDA 3KK2A 4M3YA 4PQUA 1VSDA 4DQQA 3DI6A 4FJ9A 1GOBA 1S6QA 3CFRA 3AVAA 1NJXA 4JRQA 4WE1A 3G10A 3MAQA 4DF4A 1SL2A 3QINA 3MECA 4N56A 3AA2A 3MEEA 4N47A 3V9XA 4CHQA 4FZXC 4FJ5A 1BISA 1XWLA 5CZ1A 3VA0A 2G8KA 2DFEA 3RTVA 4HTUA 4J2EA 3SCXA 4CK2A 2YNGA 4M3TA 2VG6A 3AO5A 4N5SA 3ZSYA 4FLTA 3QNOA 2Y1IA 3SPYA 5CYMA 1RNHA 4FLYA 2Z1JA 1UA1A 1ZBUA 4CIEA 4JS4A 4CFAA 4E89A 4CGJA 4GVMA 4CJ5A 1JL1A 3OYDA 4DFPA 3DLEA 4B3OA 4CEFA 3L2QA 3OYLA 1IKYA 4DMNA 1RBUA 2HHXA 1S9GA 3VQ7A 2HB5A 4CJQA 1RT1A 2BDPA 2NUBA 3SUOA 4JRPA 3HVTA 3VQ4A 4W5RA 3NBPA 1FKOA 1BQMA 3V9ZA 3V4IA 5CYQA 3S3OA 2OZMA 4M3XA 2YV0X 2PY5A 4KHYA 3OYEA 4Q5VA 3VQ5A 1BQNA 4RW4A 2O4IA 1VRUA 5C25A 5CY4A 3IG1A 3RWUA 3ZSXA 1XC9A 1RDBA 1N6QA 1S1WA 3V1QA 4OJRA 3ZT1A 4B08A 3KJVA 4DWIA 1UWBA 4KPYA 1ASVA 1IH7A 3SNNA 1KLNA 1JLBA 4BE2A 3HXMA 2I5JA 2QK9A 1XHXA 4I2PA 1BI4A 2O4GA 3JYTA 3K2PA 3KK3A 4DSIA 4O0JA 3NDKA 2YHBA 4E7HA 1S1XA 3OYMA 3DLBA 4OLBA 3TR8A 3C6TA 4IFYA 4FCYA 1DTTA 1WSJA 1U45A 3AA4A 2FBYA 4FXDA 4BDYA 2KFNA 3TWHA 4CGGA 1HQEA 1LAVA 3ITHA 4LD0A 5HRPA 4FM0A 4IBNA 3HVRA 3OJSA 3K59A 1QSSA 3MEDA 1ASUA 3I0SA 1C0MA 4OKEA 4MQ3A 4R5PA 5KRSA 4Z4IA 2AJQA 3DRRA 3K57A 3G0ZA 3K5MA 4CHOA 3KTQA 1HJRA 2B4JA 4OGCA 4FJJA 1NK8A 4KI6A 2IDOA 5C42A 3TARA 4FK0A 4OPKA 1U4BA 3LAMA 2G8FA 3TAMA 4E19A 2KW4A 1EX4A 4O4GA 3TAFA 1EKEA 1RT6A 4FLUA 2IGIA 3VQDA 3OYJA 4DSKA 4KB1A 1TKZA 1LV5A 3NGZA 1KRPA 2HMIA 5C24A 4KHUA 4IFVA 4TSXA 2Y1JA 2YNIA 4OVLA 4CJFA 4N76A 1VSLA 4ZTFA 4FZYA 4KHQA 4CFCA 4KKOA 3ZSOA 1A5XA 3ZT2A 3OYGA 2E6LA 3D0PA 2G8WA 3NCIA 5FDLA 3WNHA 4BDZA 1WSIA 2XY8A 1DTQA 4I9QA 4PUOA 1QHTA 4QOZB 4CEEA 3CG7A 1S1UA 3DMJA 2P5OA 1RDAA 5SWMA 4KHNA 1NKEA 4B9UA 1TAQA 4DSEA 1BI4B 4B9SA 4FYDA 3O4NA 4FLVA 2DY4A 3QESA 3OJUA 3A2FA 3OYHA 4I9LA 3AA5X 4Z0UA 2OA8A 2HHUA 3ZSRA 1SUQA 4O55A 1J9AA 4EP4A 2GV9A 3HK2A 1WLJA 4CERA 4M3RA 3LWLA 4C8LA 1KSPA 3TI0A 2HVHA 3QIPA 2WONA 2X74A 4O0IA 3VQEA 4M41A 1RT4A 2HHTA 1KLMA 1HPZA 1NK0A 3WNEA 4AHUA 5I42A 1REVA 5HRSA 3BGRA 4LY7A 5T7BA 2QKKA 4J2DA 4QCLA 4B9TA 4EZ9A 1Q9XA 4I7FA 4FJ7A 4NCBA 3K5OA 3O3HA 3ZSWA 4Q0BA 3AVIA 2GUIA 1JLQA 3NF7A 1LW2A 3AVNA 3MEGA 4RW7A 2FBTA 1Y97A 1JLFA 1WN7A 1VSFA 1I39A 3KKRA 4DU3A 2E6MA 1ITGA 2ZE2A 1SL0A 4B8AB 3ZSVA 3NGYA 2Q3SA 5DK5A 1WSHA 1C0TA 3FFIA 4E1MA 3EZ5A 4M45A 3ZT0A 5J2QA 3QEWA 1NK4A 3LP2A 4GW6A 1D9DA 4FJIA 3PX0A 1RT5A 1YTUA 1XI1A 1HQUA 1C1BA 3HO1A 4FJLA 4KB0A 4M42A 4CJUA 3QEIA 1NK7A 1N5YA 3M8SA 1JLCA 4YNQA 3L2RA 3TABA 2XRIA 1RBTA 4CEAA 5HP1A 1W9HA 3E01A 1WAJA 3QLHA 1SKSA 3TAGA 3HM9A 2HHWA 4KRFA 1VRTA 3LDSA 1L5UA 1LAWA 3V1OA 4FK2A 3NH2A 3RRHA 1NK5A 3AV9A 4AHTA 3S3NA 4BWJA 4FJXA 3ISNC 5EU7A 3U3GA 3SQ2A 4CHPA 3O3FA 3HSTB 2HHSA 3PV8A 3AVCA 3SV4A 3LZJA 2HNZA 2G8UA 3PO4A 2OPPA 4CJPA 1X9MA 4L8RB 4FW1A 1XHZA 3PY8A 1F21A 1SKRA 4JS5A 1Q9YA 2XO7A 4W5NA 3DOKA 4CHZA 3LAKA 4ID5A 4DTMA 1FKPA 4CIGA 4E0DA 1IO2A 3T19A 1VK0A 3OYKA 4CJKA 2PZSA 1MU2A 1W0HA 3VQBA 5E41A 2F8TA 4FZZA 3AVMA 2D0AA 4Y1CA 1QSYA 3VQQA 3D45A 4OKJA 3QIOA 3L2UA 4FLWA 1T7PA 4HHTA 5DMRA 1RDCA 4DS5A 2ITGA 2OPRA 2XY7A 3M8PA 2EHGA 4CHNA 1ZBFA 4W5TA 3V81A 1U47A 1TL1A 4H4MA 1TGOA 5HBMA 3KLGA 3K5LA 3AVGA 3LZIA 3U3YA 3VN5A 4C8MA 4PY5A 5HROA 4FM2A 2G8IA 3SUPA 1BHLA 3NFAA 2HNYA 3NF6A 1LWFA 4FJ8A 3KD5E 3AO3A 4ELTA 4HUEA 4OLAA 3HP9A 4HCBA 2KTQA 1SV5A 3HPHA 3PO5A 4CJEA 2D0CA 3SPZA 4DTPA 3MXMA 1HYVA 4DS4A 3HPGA 3NE6A 1HRHA 3ZT3A 4NCAA 2A1RA 3LPUA 4ZTJA 2KZZA 1D5AA 3QEVA 4B9MA 3B6PA 1LWCA 1JLEA 3C95A 1ZBIA 3U6FA 4F8RA 5HLFA 3SZ2A 3DLHA 4CESA 2OPQA 3P5JA 2QXFA 3NAEA 3M8QA 1BCMA 2Z1HA 3B6OA 1KTQA 3DLRA 3V1RA 4K8XA 3V6DA 1RBSA 1CLQA 3NHGA 4CJSA 4OPJA 4CJVA 3L3UA 3VQAA 1TVRA 3RMAA 5FRNA 3ZSQA 3VA3A 4DLGA 3IS9A 4AHRA 4DQSA 1X1PA 3H08A 3LP1A 2RPIA 4E1NA 4HUFA 1NKBA 3KD1E 2W42A 2YNFA 3C94A 1KVBA 3AA3A 3AVBA 1IKVA 3QNNA 4LSNA 3TAPA 4HCCA 1VSMA 4B8CA 1BIUA 3TANA 3LPTA 1ZBLA 3OYFA 3SUNA 1J5OA 1KFDA 1TL3A 2OPSA 4DSLA 3OYCA 4Z4HA 1HYSA 1RILA 2P51A 1RBVA 3K58A 4DU4A 3HT3A 3QERA 1KVAA 4FLXA 4M3ZA 2YHAA 1J53A 2IC3A 5FROA 4CHYA 3V9UA 2BE2A 1NK6A 1IKXA 1L3UA 4J2AA 1BIZA 1WSEA 4ICLA 1TKXA 1K6YA 3OS0A 4E3SA 3HL8A 3L8BA 2XY5A 5I3UA 4DLEA 4E7LA 4F2SA 4M3WA 4Z4FA 1A5WA 1LWEA 1WSFA 1WSGA 2BANA 1I3AA 1HNVA 2X78A 3AVKA 4CEOA 4KTQA 4W5OA 2P5GA 2X6NA 3HYFA 4GMJB 2B5JA 1NOZA 1Z26A 4CGHA 1YT3A 3SV3A 1CZBA 1U04A 3AVLA 4CE9A 3OYAA 4F2RA 4XIUA 4FVMA 4PA1A 1UAXA 2F8SA 4CIFA 2JLEA 4F3TA 2HHQA 4FLZA 1L3VA 4CJTA 1WAFA 2YKMA 2VG7A 1JL2A 2A1SA 1NKCA 4DQPA 3ASMA 1RBRA 3PUFA 4CECA 2PYLA 4DFKA 2B6AA 3DM2A 3PX4A 4KAZA 1HMVA 1Z25A 4DSJA 1HYZA 4KREA 1D8YA 4ZHRA 4KO0A 1U49A 3S9HA 3IRXA 4DQIA 4ELVA 2YKNA 2ZD1A 3AVHA 3SQ0A 5CZ2A 2QKBA 3CM5A 1UA0A 3RMCA 1RT7A 3DOLA 3AO4A 4NCGA 3QEXA 3RMDA 4B9VA 1HNIA 4NYFA 1NJYA 3I0RA 3NH0A 4RW9A 1GOAA 1U48A 2VG5A 3P83D 1BCOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VQPA 5F0XA 3BDPA 5ADXA 3ENBA 4JKFA 4LF8K 2FBXA 4RTFD 1RDUA 2IIRA 4ILJA 3QEPA 4DFMA 3KKSA 1YVUA 3Q7CA 1QQCA 2D0PA 2OYQA 2WFBA 1NK9A 5BN9A 5AZJB 4BR4A 3LP3A 3H46O 4CGFA 4C23A 4CFBA 3LDOA 3DLKA 3T1AA 2X6SA 2ZWHA 4O5FA 3ZT4A 4I6MA 2A6AA 4IKFA 1VQMN 4B1WB 4DR6K 4WF9L 4LH4A 2G8VA 3LP0A 4DFJA 3MXJA 3CCEN 4KTWA 3JSMA 1WB9A 1JLAA 3LALA 1VQ6N 3QBXA 3CXCM 3M8RA 2VQFK 3THXB 4CJWA 4JK9A 3LDLA 3MX5A 2GEMA 3QMLA 1JXBA 4JI0K 2RKIA 3KK1A 3O8MA 1RCHA 1KQSM 3KLHA 3DLGA 4FJNA 4K8ZA 4CF0A 2UXCK 1KVCA 1VQON 2DTUA 4LFBK 3MN5A 4C8KA 1KFSA 1B92A 5LJVA 2DFFA 4FJGA 4OX9K 5KGWA 4H8KA 4O44A 1EP4A 2KHOA 4H5WA 1WNSA 1TV6A 2Z1GA 5LY3A 4JNEA 4JK8A 3ZCMA 3PIPL 3ZLJA 3OS2A 4DG1A 1VQ4N 1QSLA 1TK0A 4RW6A 3SI6A 5KPTA 5FRMA 2ZM6K 1S5JA 3GG4A 3CM6A 1R0AA 3SAHA 3HZ6A 4DU1A 1X9SA 4M3UA 4BG8A 3P1GA 2O8EB 3RR8A 4IJAA 4B9QA 4OGEA 1T05A 3WQTA 3OS1A 1C6VA 2VWKA 4C1NK 3CMEN 5LJWA 4Y0WA 3VEZA 4CEZA 5AJ3K 3BUZB 4DQRA 2Q2RA 3HI0A 3HSCA 2VYPA 4JKDA 4QAGA 3WT0A 4J2BA 1IV0A 1IKWA 1TUYA 3WEEB 3FZLA 3CFOA 1QS4A 4B3TK 4BC4A 4FOEA 4DTOA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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