3VF4A

Crystal structure of the o-carbamoyltransferase tobz s530a variant in complex with carbamoyl phosphate and adp
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
566
structure length
566
Chain Sequence
MRVLGLNGWPRDFHDASAALLVDGRIAAFAEEERFTRKKHGYNTAPVQAAAFCLAQAGLTVDDLDAVAFGWDLPAMYRERLGGWPHSDSEALDILLPRDVFPRRTDPPLHFVQHHLAHAASAYYFSGEDRGAVLIVDGQGEEECVTLAHAEGGKITVLDTVPGAWSLGFFYEHVSEYTGLGGDNPGKLMGLAAHGTTVDETLSAFAFDSDGYRLNLIDPQARDPEDWDEYSVTERAWFAHLERIYRLPPNEFVRRYDPAKGRVVRDTRRDPYEYRDLAATAQAALERAVFGLADSVLARTGERTLFVAGGVGLNATMNGKLLTRSTVDKMFVPPVASDIGVSLGAAAAVAVELGDRIAPMGDTAAWGPEFSPDQVRAALDRTGLAYREPANLEREVAALIASGKVVGWAQGRGEVGPRALGQRSLLGSAHSPTMRDHINLRVKDREWWRPFAPSMLRSVSDQVLEVDADFPYMIMTTKVRAAYAERLPSVVHEDWSTRPQTVTEASNPRYHRMLTELGDLVGDPVCLNTAFNDRGEPIVSSPADALLTFSRLPIDALAVGPYLVTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords O-carbamoyltransferase TobZ
publication title The O-Carbamoyltransferase TobZ Catalyzes an Ancient Enzymatic Reaction.
pubmed doi rcsb
source organism Streptoalloteichus tenebrarius
total genus 194
structure length 566
sequence length 566
ec nomenclature ec 6.1.2.2: Nebramycin 5' synthase.
pdb deposition date 2012-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02543 Carbam_trans_N Carbamoyltransferase N-terminus
A PF16861 Carbam_trans_C Carbamoyltransferase C-terminus
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vf4A01
3.30.420.350 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vf4A02
3.90.870.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex DHBP synthase DHBP synthase 3vf4A03
2D0PA 2NRHA 4BC2A 2IVNA 1KAZA 2P9NB 1IJJA 3TPQA 3WEEA 2CGKA 2YCHA 3I8BA 3QB0A 1SAZA 1HPMA 2Q2RA 4BG8A 5BPLA 5JLHA 3SLCA 1BA1A 1C0FA 3D2FB 4BVOA 1ATNA 3VPZA 3HSCA 2QWQA 3AAPA 2ITMA 2D1KA 2NLXA 1NGIA 3D7EO 2GEMA 4BRKA 2P9IB 5EVZA 4H5RA 1S3XA 4O5FA 1GLCG 4FWOA 5AQZA 1SQKA 5CE3A 4FWQA 3A5NC 4XH1A 1DEJA 4BRGA 1DGKN 5LJWA 4E1JA 3UKRA 5ELZA 4PKIA 2YI1A 2A42A 2P9UA 3LM9A 3QMLA 2NZTA 4NB4A 3EO3A 3QICA 4EHUA 3BUZB 4CZKA 1GLFO 4BGBA 4BR7A 2Q1NA 5AQOA 3EN9A 4CZEA 2A40A 5LJVA 3LDLA 1MWKA 3ID8A 3D2EB 3LDOA 3VEZA 2P9KA 2FXUA 3TTCA 5F2RA 4BC3A 1BA0A 3CIPA 4FOEA 3SK3A 2HF4A 2YHYA 3WXIA 4B1ZA 4BQZA 1G99A 4H03B 1OKJA 3CI5A 3FZMA 2EWSA 2UYTA 2ZWHA 2P9SB 4FWLA 1LCUA 1ZBSA 3TTFA 1U2VB 3WUHA 4BRAA 5AQHA 4I6MB 4BRIA 3CJCA 2ASPA 3CJAA 3MK6A 4CD1A 3BF1A 5AQMA 1SZ2A 1ZXOA 3ZEUA 4HTLA 3WQTA 5AQTA 5JLFA 1Q18A 2Q0UA 3WXJA 4CBWA 1QZ5A 2QWPA 2Q0RA 3FGUA 4BGAA 5FPEA 2A3ZA 1T6DA 3CETA 4O8KA 1BOTO 3H6EA 1YVNA 3O1WA 4WQ4A 1K8KB 3C0BA 3H1VX 4CZMA 2QM1A 3CQXA 3HM8A 3C7NA 4BRMA 1YXQA 3UKUB 2KHOA 4CZGA 4XEIA 3H3OB 4BRHA 3VEXA 1XQSC 5LY3A 2E1ZA 4XH4A 3WT0A 1NGJA 3QBWA 2CH6A 3LDNA 4BRPA 4JN4A 4CJ7A 5TKYA 3EL2A 3SMSA 5FPDA 4H0VB 3ZX0A 1NGEA 3ULEA 1NGCA 2QWMA 1KAXA 2H3GX 4K41A 2HOEA 3CHWA 2GTDA 4CZIA 4FWSA 3LDQA 1QQNA 3FLCO 3WXKA 5EOYA 2IVPA 2VCPA 4B1WB 2PAVA 5AQLA 3UE5A 2FSJA 3DXMB 4BREA 2P9PB 4H5VA 5AR0A 4WQ5C 2V7YA 1YUWA 2QWOA 4FSVA 3VGKA 3BEXA 3VESA 3U9DA 5F0XA 4H0PA 4WYBA 4EIAA 3VEWA 4BQLA 2E8AA 3FR0A 1YAGA 4CZHA 3TSQA 4BR0A 4RCHA 1NLVA 1DKGD 5E26A 1LOTB 4CZJA 3A8YA 3EKSA 4QS9A 4YDUC 1T44A 1HX1A 3AAQA 4H0YB 4BVPA 5KPTA 3VF6A 4B1UB 4DHYA 1WOQA 2P9NA 2DPNA 1TYQB 4BRFA 1XUPO 4HWIA 2A5XA 5AQRA 3MN6A 2WUSA 3TU5A 1X3MA 1NWKA 1Z6RA 2FLOA 3D2FA 3HTVA 4BC4A 3JS6A 4ISFA 3GL1A 4B1YB 5EY4A 3CERA 4A62A 4CD3A 3FZHA 1RDWX 3M3ZA 2YHXA 1NMDA 3H3NO 2Q31A 1S22A 2GWKA 2P9IA 3VTHA 4BRDA 4FWPA 1Y64A 3VENA 3VF4A 5AQFA 3A0IX 3VEOA 4QS7A 4XH5A 4BRNA 3O5BA 3ZX3A 1C0GA 3O8MA 2VYPA 2V51B 4JD2B 1GLEG 1HLUA 1QHAA 4B9QA 4BRLA 4Y0WA 1KAYA 3KVGA 3U9ZA 3AY9A 1T6CA 3ZETB 3RSEB 4A2AA 5BREA 4A2BA 3FE1A 4DB3A 2J4RA 3F9MA 1BDGA 3A5MC 3H45C 5AQJA 5AQXA 1ZC6A 5BRFA 3M1FA 4MLHA 3P4IA 3EZWA 3QFPA 4BR2A 1JCEA 3UB5A 3D2EA 3ATUA 3DWLA 3H1QA 1NGHA 1NGBA 3CJBA 5E84A 3GG4A 3DXKB 2HMPA 1BG3A 2F9TA 4C23A 4FPBA 5BR9A 2QXLA 2P9SA 3O80A 2ZGZA 3IUCA 2CGJA 2D4WA 3OHRA 4H5TA 4RTFD 1U2VA 4EHTA 4H0TB 4I6MA 1J6ZA 5JICA 3ATVA 2P9LB 4H5WA 4M7YA 4FWMA 5F1XA 4B1VA 4CBUA 3H46O 3BP8A 2ZF5O 5AQPA 2E88A 3CJ9A 4QS8A 4B1XB 4ISGA 1MWMA 1K8KA 5AQYA 4BR9A 5KQ8A 3LL3A 3O08A 4H0XB 1E4GT 1HKCA 4CZLA 3UKUA 2V7ZA 3QBXA 3VEVA 5KQDA 3VEYA 3TSUA 3G25A 3MMVA 4LC9B 4FWKA 3CJ7A 3R6MA 1KXPA 3GE1A 1HKBA 3EKUA 5AZJB 1NGFA 5AZIB 5AQGA 2OANA 5AQSA 4IZ9A 3FFKB 1X3NA 3FZFA 3ENHA 1QQOA 2PBDA 2GWJA 5AQKA 4H0OA 2W40A 4MLEA 1P8ZA 1Z05A 4WQ5A 1NGAA 5BN8A 2A6AA 3FZLA 5AQVA 2I7NA 3FZKA 2I7PA 3IDHA 3DAWA 1NBWA 3MN5A 4L3QA 4K42A 5AFUA 3DXMA 4YDUA 2P9PA 1HJOA 3GDQA 1RGIA 1H1VA 1V4SA 2QW9A 3MN9A 3U4LA 3VF2A 3A5LC 3M6GA 3LM2A 3VGLA 3KHYA 4F9OA 3BF3A 4IXCA 4PL8A 3B8AX 4BRQA 1MA9B 4ISEA 1ATSA 4JAXA 3UKRB 1NGGA 2P9UB 4BC5A 1NGDA 4K43A 4Z94A 3GOIA 1HKGA 3QFUA 4DCHA 1EQYA 2AA4A 2VWBA 3JXUA 2FF6A 2FSNA 5I9EB 1TYQA 3HI0A 2AP1A 4FPAA 4IJAA 3CJ1A 1R59O 2YJEA 5AQUA 5AQIA 1ATRA 5KPRA 1JCGA 3J8AA 4M7XA 5FPMA 3CQYA 3I33A 1GLDG 2P9KB 4EFHA 3SMPA 1BUPA 4GNIA 4PKGA 4GY2B 3W3DA 3W0LA 4JNEA 4K25A 4FO0A 4BRCA 2HF3A 3HBTA 3S41A 3VGMA 3WQUA 2FF3B 2ASMA 4JD2A 5FPNA 4BR4A 1XC3A 3IFRA 3AARA 4J8FA 2BTFA 3DJCA 4CI6A 2CGLA 3ZETA 3RSEA 4FWRA 5AQQA 2FSKA 2GELA 4PL7A 3MCPA 3VETA 4CZFA 3MN7A 2CH5A 3IMXA 5AFUH 3U8XA 4JHDB 1BO5O 1QZ6A 2Q36A 3ZEUB 1GLJO 1RFQA 3HZ6A 3TSPA 2YHWA 4AM7A 2E2NA 5ADXA 5EX5A 4BR5A 4AM6A 1BWFO 2E2OA 3DXKA 3L4IA 3C7NB 5BRDA 1E4FT 4IO8A 4MO5A 1GLLO 3QDKA 4JHDA 4M63C 2A41A 2QWLA 2ZGYA 3L6QA 4MO4A 3GBTA 4CBXA 3R9PA 4H5NA 3A5OC 5B8HA 2E20A 1X9JA 4WQ4C 4DQ8A 2IVOA 3VERA 1GLBG 4RWTA 3ULEB 4FWNA 2P9LA 4FOIA 2YJFA 3MDQA 5KPZA 4IJNA 5AQNA 1QQMA 3ZX2A 1ESVA 3O4WA 5BRHA 2E2PA 5JMVA 5BPNA 2W41A 3O6WA 2F9WA 2IIRA 3WXLA 4IWVA 5BPMA 1NM1A 1TUUA 1JCFA 1HUXA 3LDPA 4BROA 1WUAA 2E2QA 3TTDA 4KBOA 4NO7A 1D4XA 3VOVA 5BN9A 1IG8A 3KZBA 4BG9A 3WEEB 2D0OA 2GUPA 2V52B 3ENOA 1MDUB 4FL9A 5EXWA 1CZAN 1GLAG 3O1BA 4A61A 2BUPA 2QWRA 4EAHD 1BU6O 1V4TA 4PKHA 2Q97A 2E1YA 2ASOA 3R8EA 5AQWA 2QWNA 3SJHA 5AZJA 1U6ZA 5ADXH 1TUYA 5AZIA 3L0QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NRHA 1B9FA 3QEPA 1T3VA 1IJJA 3AA5X 2VQFK 2BH1A 4MDBA 1GOBA 4IEEA 3SUOA 2OPRA 1KSPA 4OGEA 3SLCA 1BA1A 3K57A 4CF2A 3VPZA 2QWQA 3AAPA 4KHNA 2YKNA 4DF4A 2NLXA 4CEQA 1NKEA 2DFEA 4O4GA 4O5FA 4M3YA 1SQKA 1IKYA 3ALYA 5CE3A 2VWJA 4CJWA 3A5NC 3L4QA 2E6LA 3MCAB 4YOTA 2P9UA 1VSIA 4NB4A 4B9VA 3MX2A 3OY9A 4DQSA 1VQKN 4CZKA 1IO2A 4FJHA 1T7PA 2RISA 3G4SN 2FBTA 2HBKA 2P9KA 3AVKA 3L2RA 4B9NA 4IG0A 3JSMA 3DOKA 3TTCA 5F2RA 4CECA 4JI2K 3WXIA 2YHYA 4CEAA 4KHSA 1RDCA 1CZ9A 4E1BA 3SUQA 3KWIA 4Q0BA 5KGXA 1LCUA 1TKXA 4NLBA 3OBYA 4H4OA 3HSTB 1JL1A 4FJMA 1UWBA 3SCXA 4KPYA 3WUHA 4BRAA 3V1RA 4LSLA 3BF1A 5AQMA 3NHGA 3TAPA 2HW3A 4CK3A 3V1OA 3KLGA 4YNQA 4KO0A 3AVIA 4CBWA 3FGUA 3P38A 5FPEA 3OYCA 1ASUA 3H6EA 4CHQA 3KKSA 2G8VA 4BRMA 3C7NA 2B5JA 1YXQA 3CFOA 4DSJA 4CZGA 1TKTA 2HSTA 3VEXA 3HPHA 1EX4A 1NOYA 3QEVA 1ZYQA 4I9QA 4C8LA 5SWMA 2X6SA 4JKFA 3OYEA 3EL2A 3VA0A 4H0VB 3HYFA 5C12A 1NGEA 2ITGA 4LH4A 4X65K 1UOCA 3VQDA 1KAXA 3M8QA 2Z1HA 2H3GX 4E0DA 1VK0A 3ZT3A 1XNRK 3WXKA 3FLCO 4FLYA 4PWDA 3LZJA 3SV4A 3G6EN 4GMJB 4EZ9A 4A5AA 2PAVA 4YOYA 3UE5A 4YHHK 3M8PA 1SNNA 4U7BA 4O0JA 2V7YA 1YUWA 2QWOA 1RBVA 4FSVA 3VGKA 4JI3K 3MIOA 3BEXA 3VESA 2DFFA 4H0PA 4EIAA 1YAGA 4CJKA 1L5UA 4BR0A 1ZBHA 5HBMA 3JYTA 4YDUC 3PV8A 1YTUA 3MXJA 4JRPA 5LL6Z 3QERA 3VF6A 4B1UB 4DV6K 4JI5K 1WOQA 2P9NA 2DPNA 1UAXA 1JCUA 4C1NI 2JLEA 4BRFA 4F8RA 2BANA 3J7ZO 3RTVA 1Q7YO 1X3MA 2YNFA 4DFPA 3AVCA 4CHPA 4B1YB 3Q7CA 4DKWA 3I0RA 4A62A 3PX0A 2YKMA 1LAWA 1RDWX 2GWKA 3VTHA 2X74A 3LANA 3VF4A 3A0IX 4FJNA 3OA9A 4BRNA 3V9UA 4JKHA 5DK5A 2VYPA 2I5JA 1HLUA 3T1HK 4B9QA 5GAEP 4Y0WA 3NMUA 1KAYA 3KVGA 4FJJA 4M3ZA 5BREA 1ASWA 4A2BA 3FE1A 4DV1K 2EHGA 5AQXA 4P8EA 1NJYA 2NRZA 3IG1A 2Z1IA 3EZWA 3DLEA 2HBMA 4BR2A 1S9EA 4B3TK 3P1GA 4OPAA 4U67L 4CEEA 4E89A 1NGBA 3QEWA 1K4LA 4DS4A 2E4LA 2P1JA 3OYHA 3S3OA 1NK7A 4OVLA 4CGJA 4A59A 2F9TA 3DLKA 4CJFA 2UXDK 4F2SA 4Z0UA 1T05A 2ZGZA 1BI4B 3HP6A 4CJ5A 4AHCA 2ZJQL 3IS9A 2OA8A 4B9TA 1WN7A 4WFAL 3PX6A 4I6MA 1C6VA 3CM6A 4M7YA 4H5WA 1BISA 2W6KA 4FWMA 5F1XA 3S3NA 4W5RA 3AVJA 4Z4CA 5FROA 4B1XB 3LP2A 3T7ZA 3LDSA 4DFMA 3T3FA 3RMBA 5GAGP 4NLCA 3TR8A 5IT9O 1E4GT 3K58A 3SJJA 3L7VA 4DV0K 3UKUA 3QBXA 4DV4K 5KQDA 2NRWA 3O3HA 3SAFA 1TVRA 2XY5A 1OH5A 1YVUA 3VMFB 4CJTA 1JLQA 1XC9A 1Q81O 1HKBA 1SL1A 4IOAL 4P8JA 4HCBA 3TWHA 5AQGA 3FZFA 1QQOA 2PBDA 3ZT2A 4N5SA 4KHYA 1VSJA 3FZKA 1JLGA 2I7PA 1EP4A 3NH0A 4L3QA 2OZSA 1RDAA 3J7YP 4CF1A 3G0ZA 3O9QA 2O8CA 1TKZA 3THXB 1H1VA 2XO7A 2O8FB 1DLOA 3M6GA 4YOUA 1HMVA 3SQ0A 3RWUA 3RMCA 1ASVA 5C42A 4PL8A 3VQ5A 1RDBA 4BRQA 1ATSA 1EXQA 4DU3A 3HRGA 4I2QA 3LRJA 4YY3K 4DQIA 3GOIA 4DCHA 3JXUA 1VSHA 2HB5A 3HI0A 4IBNA 3AGKA 4CHZA 1ATRA 1JCGA 3J8AA 4M7XA 1VRTA 3I33A 3MGZA 3SV3A 1IG9A 2D0CA 3C6HA 1BUPA 4YFUA 1X1PA 2ZJRL 1WLJA 4LFCK 3C6TA 2HF3A 3EE8A 3CMEN 3HO1A 3DI6A 2G8IA 2FF3B 2O8DA 5FPNA 4BR4A 1TKDA 1Q8IA 3IFRA 3AARA 1J9AA 4J8FA 4N76A 3DJCA 2CGLA 4K8XA 4TSXA 2W42A 5AQQA 3O3GA 2GELA 4PL7A 3MCPA 3U8XA 4O44A 2Q36A 1DTQA 3KLEA 1RFQA 3SBTA 3TI0A 4JS4A 4DR6K 3KK1A 4O5BA 4AM6A 4IKFA 3K2PA 1X9SA 3PSIA 3ITHA 3QDKA 4KB0A 1RTDA 3A2FA 3VTIA 1K4PA 1JJ2M 4IG3A 5C15A 3GBTA 1YJ9N 1U4BA 1RT3A 1KLMA 3KKRA 5LMNK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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