3VFLA

Structure, function, stability and knockout phenotype of dihydrodipicolinate synthase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
310
structure length
308
Chain Sequence
SYQDLKECKIITAFITPFHEDGSINFDAIPALIEHLLAHHTDGILLAGTTAESPTLTHDEELELFAAVQKVVNGRVPLIAGVGTNDTRDSIEFVKEVAEFGGFAAGLAIVPYYNKPSQEGMYQHFKAIADASDLPIIIYNIPGRVVVELTPETMLRLADHPNIIGVKECTSLANMAYLIEHKPEEFLIYTGEDGDAFHAMNLGADGVISVASHTNGDEMHEMFTAIAESDMKKAAAIQRKFIPKVNALFSYPSPAPVKAILNYMGFEAGPTRLPLVPAPEEDVKRIIKVVVDGDYEATTVTGVLRPDY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
publication title Structure, Function, Stability and Knockout Phenotype of Dihydrodipicolinate Synthase from Streptococcus pneumoniae
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 101
structure length 308
sequence length 310
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date 2012-01-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3vflA00
3T44A 4MFDA 2NWRA 5I3GA 3NGJA 3TW7A 2H3DA 4X9SA 1K8XA 3FEMA 3M6YA 5HR7A 3P60A 1W3IA 2C13A 3W72A 4LRTA 2B7NA 2OJPA 3S1UA 5D09A 4IPJA 2ZZ5A 1KLZA 1H7WA 3THAA 1OFRA 2QUTA 1XC4A 3I7SA 4O54A 3RLVA 2JKAA 3SI9A 1O94A 1QCWA 1OABA 1AK5A 4JIPA 4IMEA 4UFMA 3S8HA 3TJXA 4EF9A 4UXDA 2ZYFA 4NJHA 4WJEA 2QJHA 1EP2A 4DO6A 4UMBA 4JTJA 3WFAA 5D37A 4XKYA 3HGSA 1FCQA 3IRDA 1MO0A 5DCEA 5DELA 3G18A 3NAVA 3MMTA 4FNUA 4GBUA 1DQWA 1KBIA 3ZR4A 4DPPA 3G1FA 3P80A 4OV4A 4O1AA 1G7VA 4N9BA 5D2XA 3LXAA 2A1YA 5TQLA 4AHPA 1J4EA 5AHMA 4LVFA 3RLUA 4JTKA 4IMCA 1R46A 1VCVA 2QCDA 2A7NA 3PC0A 1SZGA 4LVBA 3C2VA 3QW3A 1GG1A 4ALDA 2E5BA 2Y88A 2WNNA 3W1MA 2Y7GA 3PB0A 3LTYA 3V75A 1EIXA 4HHPA 1RR2A 1LOSA 3ZWSA 3CT7A 4BWLA 5AHFA 1LYXA 3DFQA 3BO9A 4MYXA 2AGKA 5I3HA 1ZHAA 4O8RA 2YFNA 4FF7A 4X22A 1B4KA 3QMSA 1RPXA 2R14A 3W1QA 3KRUA 1FWSA 3S5OA 3NPVA 4ONVA 5FF0A 1JUEA 1KW1A 2ZRXA 1FXQA 1EX5A 2J88A 3A23A 3G1YA 1NF0A 5DLCA 2DP3A 3BG3A 3PR2A 2B7OA 4UFKA 4PFMA 2F7FA 4HNNA 3G0SA 1OX4B 4XQ6A 4YWIA 1VHNA 2ATMA 1ME9A 2V0TA 4IOTA 4CQ9A 1WV2A 2QJGA 3ABSA 2CLFA 4X2RA 3LRLA 2V5BA 1GTHA 2ZZ4A 1QOPA 4M7TA 1YADA 3B0VC 2PRHA 1QWGA 2C15A 2J24A 2V8ZA 3BW2A 1VCGA 3WK0A 3EWXA 5L6UA 4EIVA 2W6RA 2Y70A 1W37A 4A29A 2ZCGA 4IGHA 3CM4A 5I3IA 4TMBA 2DZPA 5CPMA 5C5YA 3EWZA 1DV7A 1EWDA 5SWUA 3NQMA 4NJIA 4NNAA 3QSTA 4GFSA 4ADUA 3S42A 5H2ZA 4RXGA 4M5PA 1GEQA 5DCDA 3TR2A 1OX6A 3MW7A 3O06A 3I65A 4FX7A 3C2EA 3M0ZA 3TDFA 4UR7A 1AW2A 3EXSA 3R8RA 5LGXA 5A5WA 1TPEA 2XN0A 2Y89A 1PCWA 2QF7A 2GPTA 4LS1A 1Z48A 1QMLA 4O28A 1YTEA 3L5MA 5D2WA 3TSBA 3L68A 5DY2A 3G3MA 3GDTA 1QPRA 3NQFA 5BOOA 4R34A 1JR1A 4K39A 3G0UA 2IQTA 3K30A 4UFHA 1EUNA 1SO3A 3F03K 2V9DA 2Z2UA 3GAYA 3TAOA 3QJAA 1GZGA 3HF3A 5A8GA 1GTEA 2CLEA 2BX7A 3ABQA 5HNRA 3T55A 3L2IA 2H8XA 2QDHA 1WOAA 4A3UA 3V1PA 4MY9A 4YXGA 2CZDA 3LCFA 4TIMA 3UXDA 3PUDA 4LRSA 1S5VA 1FCBA 3BPWA 4FNPA 4MYAA 3W73A 3GR8A 5K4ZA 2X16A 4XZ9A 3LLFA 1W5PA 3G0XA 4M6VA 4O19A 5DXYA 3M7WA 4M19A 4QISA 3AJXA 1VR6A 4P61A 3O07A 1HL2A 5G1YA 2DZWA 4FXSA 4OT7A 4ZQRA 2QCCA 4JXCA 1H63A 5MHBA 1H60A 3SGZA 2DZUA 4ML9A 2WSRA 4NU7A 4MUZA 3PUOA 1G4SA 1VS1A 2EAWA 4S2BA 2V5LA 5BMWA 4UIOA 2OMAA 3CIXA 3DI1A 3ABRA 2RDTA 1Z42A 2O7QA 5HQEA 3GKAA 3G1SA 4O52A 1OX4A 1OK6A 3CEUA 4Y96A 3LTSA 4CNPA 1L6WA 5GVJA 4AMAA 5EPDA 3DKLA 2J6XA 3QPYA 4NXKA 5KINA 1WDWA 4FB7A 4WXYA 1M5WA 4FX8A 5AYXA 3MBFA 4LS0A 3PF3A 3VKJA 5BMXA 4DQWA 2OT1A 1OFBA 1OHLA 2X1UA 1H5YA 3IGUA 1W5MA 2C16A 1N7KA 3FJ6A 4CNNA 3QMRA 1TIMA 2P1FA 2FIQA 3NQ7A 4DF1A 2KZHA 2ALDA 4M6PA 4AH7A 1QR7A 4PODA 1XKYA 2ZRVA 1KFKA 1TO3A 2A7PA 1O4UA 3T7VA 4C1KA 1OYAA 1W1ZA 5K4XA 1YXCA 3EXRA 1G4EA 2C3ZA 3WJXA 3BGJA 4RZ5A 2GVJA 4CLMA 2NUWA 1TTQA 2BLEA 4DO5A 2Y7FA 1TPUA 4JS3A 3G22A 3LI0A 2XFWA 4HSOA 2YDAA 4UNLA 4IWWA 3P61A 2DZVA 3EX1A 5FF3A 1LTDA 4MPQA 3TMQA 2OZ0A 1SUXA 1GPWA 3G8RA 1B9BA 3UYCA 2QCFA 4RZ6A 4LUIA 1KBJA 1KFJA 3TV8A 1F73A 3VNDA 3P8IA 3L5LA 1I2OA 1TYGA 5BNKA 3CC1A 4HNTA 5U7SA 3FKKA 3GDKA 4LOCA 3KVLA 1A5AA 3W1TA 3U6WA 3UWVA 1OFAA 4ZMGA 3FJLA 5K9XA 2ZRWA 1V5XA 2GOUA 3LRKA 1J5TA 2BZNA 3WJYA 2YR1A 3O05A 4ADTA 1I2RA 3MHUA 1NFBA 3DHFA 4YL2A 4HNUA 1OF6A 2NUXA 4UMAA 4NJKA 2TPSA 5F2GA 2ZRYA 4LC8A 4JY8A 4JR5A 4JX6A 3ZWTA 2J9YA 1SR9A 5D04C 3GX9A 4Q32A 3STEA 4AAJA 3TW6A 4PTNA 3IGXA 3MI2A 3W22A 2QCMA 3FFSA 3RFAA 4GNJA 1LOLA 4BWLC 5FEWA 5D05A 4FHAA 4KFPA 3QM3A 5D02A 5I3KA 3ABOA 3SECA 4OU1A 3IIVA 4Z1DA 1WAUA 3NQ2A 2VFEA 4MLRA 4WOZA 3HIJA 3LBMA 3BW3A 1ICQA 2QDGA 1FBAA 3W7QA 5K7JA 4XTDA 4PCFA 5KTLA 1IXNA 2YW3A 2P0OA 3N34A 1XUZA 4O11A 3W7EA 4PA8A 1NEYA 4MZ1A 4E0CA 2JKPA 4A21A 1FDZA 4OHQA 3FOKA 4UNKA 4IX2A 4C1LA 1PS9A 2VXNA 4AXKA 2E5DA 3HG3A 4LC6A 2ZRZA 1AG1O 3EWWA 4Z1BA 3W7OA 3TFCA 1I2PA 4ZQNA 4MIMA 3TX9A 3KVMA 5HWNA 1CI1A 1XL9A 3B06A 4HT3A 2V82A 2A21A 1UB3A 2E6DA 2TRSA 1AMKA 3E49A 3IEBA 5AHLA 2G5WA 4BI5A 4E38A 2H8ZA 3QEZA 1JQVA 1H62A 2HMCA 5G1TA 2C6QA 1QFEA 1OFEA 2WNZA 4O16A 5DN1A 3NVTA 2PRLA 1K03A 3W7DA 3YPIA 1KTNA 3S5ZA 3W1XA 3L5AA 4UR8A 3B03A 1UUOA 4Z1CA 1A5SA 1VH7A 3MWAA 4K8HA 1ALDA 4IPIA 2WO5A 3NO5A 1KM1A 3USBA 3CPRA 1GJPA 3NYZA 2FPTA 4MKNA 3LX9A 1ZALA 3DKJA 1R2RA 3W2NA 4YCOA 3PB2A 1FXPA 2ISWA 1TCDA 3LV5A 1BKSA 3NQ8A 1F6PA 3UWZA 3U2OA 2QCLA 3EXTA 5EY5A 3LBCA 2ISSA 1A5CA 2WJZA 1SSDA 1H50A 1ICSA 1S3HA 5AHIA 2GQ9A 4X3ZA 2NXIA 2H90A 1OG0A 4CNOA 1LM1A 2Y61A 5E93A 4O50A 3LERA 4QIUA 1JCLA 3W76A 3JR2A 3LHYA 3LHUA 2YFOA 3LM7A 1OYBA 3F4WA 1FCVA 3T78A 2HSAA 3O8AA 1X6UA 4LWWA 4QJ1A 3P74A 1FWNA 1G6CA 1HTIA 1QPOA 4ORMA 5G2IA 1W5OA 3W2MA 2CZFA 2QJIA 3OVPA 2R94A 3BLEA 4YCPA 3DAQA 5CZTA 3CWNA 2ZFAA 3LCIA 3TUUA 3WK1A 2ZZ1A 5HINA 5FEXA 1HO1A 1W54A 4JICA 5AYYA 1K8YA 4O4VA 3W7JA 3GDMA 3IIXA 1VC4A 1TMHA 1OYCA 1KV5A 3GVGA 2V2CA 1LBFA 3G1XA 2Z0IA 3KX6A 1EPXA 3HB9A 1DKWA 3UZJA 1OJXA 2E6FA 1LDCA 1WBHA 4L4LA 1PV8A 1SZNA 5C6MA 3W2LA 2E6AA 1QO5A 4OE7A 1KTCA 2TYSA 4D2JA 1GG0A 5KZMA 3A22A 3EWUA 1WBJA 3NZ1A 1QDSA 1TV8A 3HBLA 4OBTA 5LGZA 3KXQA 1G7UA 4TO8A 1FY6A 4MZYA 1GOXA 1DL3A 1OF8A 2E68A 2AAMA 2NLIA 1J2WA 4O0ZA 2FB2A 1DBTA 1FDJA 4B5NA 3N73A 1Q45A 3A24A 5AC8A 2JGYA 4BI7A 2CZEA 4WY0B 4N9DA 3B0UX 3HGJA 1DORA 4WD0A 1P1XA 1H7PA 2D73A 4LUJA 3TCEA 3L67A 4K7VA 3Q94A 3C8FA 2YPIA 1E51A 5TIMA 2O7SA 5G5IA 2HS6A 3E0IA 1XBYA 5KZDA 3W07A 3N9RA 1TTIA 3QRHA 4O12A 2E1DA 1EP1A 1D9EA 2EKCA 3NPUA 1G67A 1W3TA 2Q8LA 3PM6A 5AOUA 4JTHA 1ZAHA 4S2CA 4HN4A 2WSQA 3HG4A 1QOQA 1UCWA 2FQIA 2J9XA 3DFSA 1VYRA 3WJZA 3W3OA 2VFIA 3W74A 1F2JA 5I3JA 2Z6IA 2VEPA 3PBUA 1TJRA 5EL1A 5D2VA 3PS7A 1XXXA 5E1QA 2YX0A 3HPXA 3HG2A 3LV6A 4UTJA 1TPFA 1P0KA 5C2XA 1I45A 3A9IA 3FYOA 3I7QA 2A6LA 1Y0EA 3GYEA 4GUHA 5F1UA 1MZHA 2GVGA 1EB3A 4FO4A 3W6YA 4DF0A 4JTGA 3D0CA 3N2XA 2WQPA 3W2KA 2VFGA 2XN2A 3C56A 4HPXA 1SW0A 3EX4A 1JJKA 4JX5A 2VEMA 3PBVA 2B0MA 2UV8G 2QCGA 3B0PA 4RR4A 5EA9A 1BEUA 4KFNA 1WXJA 2JKEA 4POCA 5D33A 2V2DA 3RNDA 1H1YA 1W5NA 2C0AA 3LGEA 2VEIA 4YLWA 1XI3A 2C18A 3HGOA 3C3NA 3QQ1A 5IM51 1TB3A 3C2OA 1YLVA 4XBSA 3NG3A 4O13A 4PH6A 1F76A 2Z6JA 3QYQA 4IXHA 2BXVA 3Q37A 1WA3A 1LBLA 3WK2A 1RQEA 1YDNA 2RH9A 2Y63A 3UWWA 5AHEA 4NUWA 1G69A 1ML1A 4U4MA 3G8EA 3HJZA 1HFBA 3CWOX 5BW6A 1B4EA 3RU6A 3M9YA 2CW6A 4WUIA 3CB8A 1W56A 7TIMA 1FDYA 1TPDA 5D2YA 3P5ZA 2G96A 1TV7A 4O10A 3KOFA 1DVJA 4WY0A 2VC6A 4Q4KA 2BWGA 3QFEA 4NJJA 5F2MA 2PURA 1UBSA 3P7YA 1C29A 2A2IA 1VLIA 3MP3A 3VE7A 3IIPA 1CX9A 4MY1A 1SFJA 1RZMA 3EB2A 4AEOA 4JTFA 1TPC1 4UMCA 3TK7A 1JQXA 1QNVA 1X1ZA 3UXAA 1G4PA 2VEKA 4DBEA 2W79A 3Q2DA 1YPIA 1Q3NA 3PG9A 2I9EA 4N4PA 3BW4A 5DCBA 4CQAA 4JX4A 1VHCA 1D3HA 3U8GA 2V81A 1FWRA 5F2IA 3VE9A 1O95A 3SW6A 2TSYA 5HMSA 1BTMA 1VCFA 4N9EA 3NOEA 1KM4A 1AL7A 4UTWA 5CZ0A 4DBDA 1VJIA 1C9DA 3PULA 3KVJA 3LCXA 4O4WA 4O57A 1DHPA 4MOZA 3O6CA 3ATYA 1F7BA 2CU0A 1H7RA 3DH7A 3GXTA 3LHZA 4Z0JA 1FQ0A 2HS8A 3GIYA 3SR7A 4AVFA 2HTMA 2GUUA 1FWTA 3UWUA 3WK3A 4Z1AA 5T26A 5FI8A 3MBDA 4H6KA 1KA9F 3N2MA 1KFLA 1AL8A 3P81A 4A2SA 4I7VA 4DEFA 4HIBA 3SFKA 1SPQA 5DBTA 1W8SA 5DXXA 4HSNA 1LRQA 3LHTA 3PVFA 4UTTA 1GYNA 1IIHA 2EF9A 3W75A 3T40A 1VYSX 2RHGA 2A7RA 3W88A 5HUPA 4UTKA 1NVMA 3NQVA 2Y7EA 2R8WA 4JY9A 4NXSA 3ELFA 2DU2A 2ZZ7A 1YXYA 4QM1A 3LXCA 2VENA 1GVFA 2WPBA 1OK4A 3NEVA 1K8ZA 4W9TA 1SO6A 1BWLA 4EOUA 5F2LA 2ZA1A 4H4IA 4M7SA 3NQEA 1K7EA 2X1RA 4U28A 2C14A 3GLCA 3M44A 1L2UA 3UD6A 3B8DA 1XM3A 3GDLA 4K7YA 4FIRA 1JUKA 3M1ZA 1JRBA 3DHDA 3W87A 4MLJA 3EWBX 1JCMP 3R5EA 1ZCOA 3O6DA 2NX1A 4R7JA 4AWSA 1W0MA 2EGZA 5F4SA 4P2VA 1EWEA 2Y62A 5CSRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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