3VGMA

Crystal structure of a rok family glucokinase from streptomyces griseus in complex with glucose
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
GLTIGVDIGGTKIAAGVVDEEGRILSTFKVATPPTAEGIVDAICAAVAGASEGHDVEAVGIGAAGYVDDKRATVLFAPNIDWRHEPLKDKVEQRVGLPVVVENDANAAAWGEYRFGAGQGHDDVICITLGTGLGGGIIIGNKLRRGRFGVAAEFGHIRVVPDGLLCGCGSQGCWEQYASGRALVRYAKQRANATPENAAVLLGLGDGSVDGIEGKHISEAARQGDPVAVDSFRELARWAGAGLADLASLFDPSAFIVGGGVSDEGELVLDPIRKSFRRWLIGGEWRPHAQVLAAQLGGKAGLVGAADLARQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Glucokinase
publication title Substrate recognition mechanism and substrate-dependent conformational changes of an ROK family glucokinase from Streptomyces griseus
pubmed doi rcsb
source organism Streptomyces griseus
total genus 103
structure length 312
sequence length 312
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2011-08-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgmA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vgmA02
1ATNA 4AM6A 1CZAN 1KXPA 2W41A 4O8KA 4PKHA 1KAYA 1S3XA 4O5FA 4BRAA 4BRNA 2VCPA 4FPAA 3GE1A 3R6MA 3VF4A 1X9JA 1DKGD 2QWLA 3ZX3A 4WQ4C 2F9WA 3BP8A 4JAXA 3VESA 3FZKA 2ASMA 2OANA 3ZETB 4ISFA 4A61A 3RSEB 2E2NA 4DB3A 3D2FA 4B1YB 4CZHA 1NMDA 5TKYA 3UKRB 2P9KA 1ZC6A 3GOIA 1H1VA 3W3DA 4CZFA 2P9NB 3LDPA 4BC2A 2WUSA 3EL2A 2E1YA 3M6GA 2V51B 1YVNA 4BQZA 5BPMA 4BG8A 3QBXA 3ENOA 1GLCG 2HOEA 2YHWA 1HPMA 4FO0A 4H0VB 1Z05A 1NGEA 4PKGA 3DWLA 4BRKA 2QW9A 3CJ7A 2Q0UA 5E84A 3WEEA 2CH5A 1GLJO 4MO4A 2E2QA 1TYQA 2YJFA 1WOQA 3GDQA 2E2OA 4J8FA 5AQKA 1ZXOA 2A41A 1NLVA 1BA0A 3O5BA 1HUXA 4HWIA 4XEIA 1SZ2A 4XH5A 3I8BA 4B1VA 4CBWA 1BUPA 1NGCA 1QQOA 3UKUA 2H3GX 4B1UB 3F9MA 2Q1NA 3L4IA 5BPNA 1YAGA 4CBUA 5LJVA 2P9PA 1SAZA 3IMXA 4BRGA 4K41A 3C7NB 3MN7A 4H5TA 3HZ6A 4IJNA 5AQGA 3UB5A 3LDLA 3WXIA 3ZEUA 1RGIA 1C0GA 1LCUA 3SMSA 2ITMA 4EFHA 4MLHA 3HTVA 2V52B 3D2EB 2EWSA 3ZX0A 3TU5A 2KHOA 1V4TA 2HF3A 5AQOA 5JMVA 5FPEA 3ATUA 4FWOA 2CH6A 5LJWA 5BN8A 5LY3A 4BG9A 1K8KB 2Q97A 3A5MC 3DAWA 2NZTA 5ELZA 4BQLA 4BRFA 3FR0A 4BC4A 1NGDA 3SK3A 4B9QA 3G25A 1NGFA 1J6ZA 3O80A 5ADXH 3IFRA 2P9IA 5ADXA 4HTLA 3AARA 5F1XA 3DXKB 5F0XA 2E2PA 1NGHA 1E4FT 2AP1A 3MN5A 4B1ZA 4BRIA 5AQJA 3VF6A 2D0OA 4PL7A 4H0TB 4QS7A 4L3QA 4GY2B 3FFKB 2FSJA 3IDHA 3I33A 2P9LB 4WYBA 3VGLA 4BC5A 5AQVA 5AQSA 5EXWA 4FWQA 4BROA 3QDKA 3SLCA 1Z6RA 4CZLA 4I6MB 1OKJA 1ZBSA 5AQXA 2DPNA 4BR2A 2CGJA 3QFPA 4BVPA 2P9SA 4FSVA 5I9EB 3ULEB 5AQRA 3FZLA 3KHYA 4IXCA 3O4WA 3QB0A 3H46O 2ASPA 1T44A 1HX1A 5EOYA 4FWNA 2FSNA 2PBDA 4E1JA 4RCHA 2I7PA 5AQWA 3GG4A 1NGJA 2E20A 3FGUA 3QMLA 2GUPA 3CJCA 1GLLO 3VETA 3MN9A 3R8EA 3UE5A 4JNEA 3CJ1A 4JD2A 2QWRA 4H5WA 2YJEA 3U8XA 4RTFD 1X3NA 2ZGZA 2BUPA 5KQDA 5AFUH 5AFUA 4LC9B 4JHDB 3L6QA 1ESVA 3A0IX 3B8AX 4FWMA 1QHAA 2GTDA 3ZX2A 5KPTA 5CE3A 4M63C 2YCHA 3GBTA 4BREA 3J8AA 1G99A 1IJJA 4H03B 1HKBA 1QQMA 4CZGA 4DCHA 4CD1A 2GWKA 1BU6O 1QZ5A 4FWRA 4PL8A 5AZJA 2FF3B 1NGBA 3SJHA 3QBWA 5AQPA 3KVGA 3VEXA 4FWPA 3VGMA 2P9UA 4CZMA 2FSKA 4JN4A 5BPLA 1SQKA 4CJ7A 5JLHA 3U9ZA 2FXUA 1RDWX 3P4IA 2Q31A 3AY9A 2PAVA 4MLEA 3H1QA 4BVOA 2D1KA 5AQYA 5JLFA 1BO5O 2A5XA 1HKGA 3A8YA 3EO3A 4CZIA 2QWQA 3VOVA 3H45C 2A3ZA 4EIAA 3LDOA 5EVZA 5AQNA 1NWKA 1ATSA 1T6DA 3CETA 3U9DA 4BRQA 3D2FB 5F2RA 3H1VX 3CQYA 3WXKA 1X3MA 3VGKA 5BREA 3GL1A 2BTFA 1DEJA 1GLAG 2GELA 2P9KB 3BEXA 5KPZA 3DXMA 5BRHA 2YHXA 1V4SA 5AR0A 2E8AA 5AQHA 3S41A 4H5NA 4BRDA 1GLFO 5AZIA 1U6ZA 3LM2A 1RFQA 2NRHA 4FWLA 3VERA 2ASOA 2YHYA 3H6EA 3O08A 3MDQA 3WXLA 1LOTB 1Y64A 2P9UB 3WEEB 3EZWA 5AQZA 1TYQB 3RSEA 4RWTA 2D0PA 3CHWA 4EHTA 4XH4A 5AQFA 1WUAA 2QWPA 3FZMA 4B1XB 1HKCA 3FE1A 5FPDA 1MWKA 2VYPA 4H0PA 3IUCA 3UKRA 1BDGA 4BR4A 5AQUA 3O1WA 3WT0A 3UKUB 1S22A 4WQ5A 3LL3A 4FWKA 4IZ9A 4AM7A 1U2VA 2Q0RA 2P9PB 3FZFA 2ZF5O 3CI5A 3H3OB 2F9TA 2FLOA 2A42A 4IJAA 3BUZB 2E1ZA 2GWJA 3M3ZA 4BR9A 3O1BA 3ZEUB 1T6CA 3O8MA 3CIPA 4H0XB 2A6AA 2V7ZA 2CGKA 1GLBG 4BR0A 4IWVA 4BRLA 4WQ4A 2W40A 3BF1A 4XH1A 5BRDA 4H0OA 5E26A 2Q2RA 4WQ5C 1YXQA 3CQXA 2QM1A 3QFUA 4PKIA 3VEZA 3WXJA 1YUWA 5AQLA 2P9IB 1NGAA 1BG3A 2AA4A 1HJOA 3C7NA 3FZHA 4BGBA 1TUYA 2IVPA 2IIRA 2ZWHA 3VEWA 1JCFA 2HF4A 2HMPA 2J4RA 5KQ8A 3JS6A 5AQQA 3CJAA 1IG8A 3D2EA 1JCGA 4FOEA 4FL9A 3A5OC 2CGLA 3LDNA 3C0BA 2P9SB 3CJBA 4BC3A 3BF3A 1EQYA 4C23A 1U2VB 3VEYA 1Q18A 1K8KA 4IO8A 4FOIA 4YDUA 5EY4A 3LM9A 3MK6A 3EKSA 4ISGA 3AAPA 3L0QA 4A62A 4BR7A 1BOTO 4M7YA 4BGAA 4Y0WA 4GNIA 1MA9B 3HSCA 2IVOA 3DXKA 1XQSC 4QS8A 2VWBA 3VENA 2IVNA 1D4XA 1GLDG 2ZGYA 4K25A 4JD2B 4K43A 2NLXA 4F9OA 1R59O 1QQNA 2QWNA 3ENHA 2P9LA 3VEOA 3WQTA 4KBOA 4BRHA 3MCPA 3ATVA 3MN6A 4YDUC 4I6MA 3SMPA 1NM1A 4B1WB 4BRMA 2FF6A 1C0FA 5FPMA 4DQ8A 1KAXA 4CZEA 2A40A 3ULEA 1NBWA 5AQMA 4H5VA 5KPRA 5EX5A 3HI0A 3TPQA 5B8HA 4H0YB 4BR5A 4DHYA 2UYTA 3W0LA 4BRPA 5AZJB 3A5NC 3MMVA 3H3NO 1E4GT 4EHUA 1HLUA 3QICA 3WUHA 3A5LC 1BWFO 3KZBA 1XUPO 4CBXA 4QS9A 1BA1A 5BR9A 4A2AA 4EAHD 2QWMA 1MDUB 3WQUA 4NB4A 4A2BA 4CD3A 3ZETA 4K42A 2E88A 4FPBA 3EKUA 4JHDA 3LDQA 5BN9A 2D4WA 4H5RA 3DJCA 3HM8A 5AQIA 3VEVA 1TUUA 3JXUA 1GLEG 2P9NA 2QXLA 5FPNA 1MWMA 1NGGA 4MO5A 4NO7A 4CI6A 1JCEA 3U4LA 4M7XA 3AAQA 1DGKN 4FWSA 3OHRA 2YI1A 4BRCA 3VPZA 3ID8A 3HBTA 1NGIA 3M1FA 1P8ZA 3R9PA 3CJ9A 3D7EO 1KAZA 1QZ6A 2QWOA 2GEMA 4ISEA 4CZKA 1XC3A 2V7YA 5AQTA 3DXMB 3EN9A 5BRFA 1ATRA 3FLCO 3VF2A 4Z94A 5JICA 4CZJA 5AZIB 2Q36A 3CERA 2I7NA 3O6WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2KZZA 4AM6A 3S9HA 1LAVA 2W41A 4PKHA 1S3XA 1KVBA 2G8WA 3ZSOA 1WSHA 4FZZA 3DRSA 4KREA 1KQSM 4KHUA 5HRRA 4CGDA 4AQYK 1LV5A 3PLAA 4JAXA 4ILHA 3ZETB 4ISFA 3KLEA 3RSEB 4DB3A 5BR8K 3D2FA 3C6HA 2QXFA 1NMDA 1RBVA 5TKYA 3LDSA 4GW6A 3JSMA 1VQ5N 4DKWA 2P9KA 4DTUA 4CZFA 3THXA 4DU3A 3WNEA 1BL3A 4LSLA 4KHPK 1ZBUA 4FVUA 2G8KA 2V51B 1EETA 1WSEA 5FROA 4BQZA 2HVIA 3OJSA 4K8XA 5MLCQ 2HHXA 3N4PA 2YHWA 4JI4K 1J54A 4IFYA 1YTUA 1TAUA 1HRHA 1Z05A 3T3FA 1IKWA 1JXBA 4JI2K 2QW9A 4HUGA 2Q0UA 4LH5A 4TSXA 4M45A 4H8KA 3TR8A 3CMEN 2CH5A 3O4QA 5FLXO 1WOQA 1OH5A 3KLHA 5AQKA 4XH5A 3OS2A 2QA4N 1BUPA 1QQOA 2RN2A 3TAQA 4B1UB 4FXDA 3CM6A 5LJVA 3CMAN 4DLGA 5HRPA 3IMXA 4BRGA 3MN7A 3HZ6A 1LWCA 5AQGA 3UB5A 2PZSA 2LSNA 4FM1A 4BWJA 3ZSQA 4MLHA 4JS5A 1VSJA 3V9ZA 1RDUA 1P90A 4YORA 3TU5A 2KHOA 1V4TA 3MEDA 4IFVA 2WTUA 3CPWM 4IOCL 2YNIA 3ATUA 2Q97A 2O8EA 1LWEA 1KRPA 3DLKA 4OKKA 4AH9A 4BRFA 3C65A 1A5VA 4B9QA 3SYZA 3G25A 4CEAA 4Q0BA 1J6ZA 2KQ2A 5H1SQ 5F1XA 1EXQA 4JI8K 1NGHA 5AQJA 1TGOA 3CD6N 2HW3A 4WFNL 3QEIA 4L3QA 4I9LA 3THWB 1ASVA 4HVJA 2P9LB 3NVKA 3QETA 4Y1DA 1NJWA 3R3LA 3TSUA 5EXWA 4FWQA 3QDKA 5GIPA 4DUYK 4CZLA 1ZBSA 2P9SA 3V1QA 2HHSA 4EZ9A 3FZLA 4IXCA 2X6NA 1NK7A 4E1JA 2PBDA 1K6YA 1QSYA 3O3HA 2I7PA 1KFDA 3VQCA 1VSMA 2E20A 4H4OA 3QMLA 2OPSA 3VQAA 3MN9A 4NYNA 1OVQA 1QE1A 3VQQA 4CJRA 4LH4A 1QVGM 3PUFA 4CIEA 3OY9A 3HXMA 1BCOA 3PY8A 4H5WA 3QEXA 2UU9K 4RW7A 3U8XA 1X3NA 1EWQA 2BUPA 5KQDA 3LP0A 1NOZA 2G8VA 4LC9B 4JHDB 1SS6A 5E41A 3A0IX 3B8AX 4CF2A 3J7ZO 5JS1A 1UA1A 4FJLA 3ZX2A 4ZTFA 1VRTA 2IS3A 1TK8A 4M3WA 1IJJA 4H03B 2WONA 4O55A 4J2AA 4PL8A 5AZJA 5HL7L 2VQEK 4IDHA 3K5MA 5AQPA 3JYTA 4GV6A 3AVHA 2P9UA 3P31A 3IG1A 2O8DB 2FSKA 1S72N 3AVIA 2Z1IA 2NRTA 4J2DA 3MAQA 5TKWA 2Q31A 4HUEA 3VQ4A 1S5JA 1TKDA 4MLEA 3ZT4A 4CGGA 3H1QA 1JJ2M 3NF6A 4KAZA 3E9OA 3IS9A 2D1KA 5HOOA 1BO5O 2A5XA 1W0HA 4LD0A 3K59A 1TK5A 3TTFA 3MECA 4EIAA 3OYAA 3QESA 1RDAA 2P1JA 1NWKA 1ATSA 3CFOA 1NK0A 1W97L 4KKOA 3U9DA 3D2FB 3NAEA 3ZSWA 3HPHA 3CQYA 3WXKA 1X3MA 3VGKA 4NLBA 3GL1A 2BTFA 1GLAG 2P9KB 3ALYA 4CHNA 5KPZA 3THXB 3NF7A 2E8AA 3S41A 5DM6L 4BRDA 1NMNA 1Q81O 2XO7A 1I94K 1RFQA 2NRHA 1VQKN 4IO9L 4FWLA 3VERA 3OA9A 3H6EA 3MDQA 3WXLA 4AHVA 4KHNA 3Q7BA 3LAKA 4OPKA 1LOTB 3VQ6A 1XHZA 2ZD1A 4N47A 3K2PA 1Y64A 1U49A 4JKFA 4DSJA 3NFAA 1JLFA 2P5OA 5AQZA 3CHWA 4FK2A 4B1XB 3FZMA 1MWKA 3IUCA 1BDGA 4BR4A 4E7LA 1WB9A 2A1SA 3K9KA 3VQ8A 1S22A 1VQ4N 3LL3A 4FWKA 3CYMA 3FZFA 1S9GA 4I7FA 3VQ7A 2ITGA 3H3OB 4DF8A 1NG9A 2F9TA 3SCXA 2FLOA 3OS1A 4JS4A 3BUZB 3MX5A 1O1WA 1YF5L 4NLCA 3E9PA 1T6CA 1SUQA 4KHSA 2PFUA 1N32K 4B9NA 1JLGA 2VG6A 4N41A 4IWVA 3EE9A 3BF1A 4XH1A 4CJFA 4KHQA 1BI4A 5HLFA 1YXQA 3CQXA 3NGIA 4A59A 2O8EB 3QFUA 4PKIA 4DR4K 2E6MA 3SAGA 2F8SA 1HQUA 2PYJA 4DV4K 3U6FA 4F3OA 1NGAA 1BG3A 1RT5A 1TUYA 3DOKA 3ZCMA 4DV2K 5AQQA 5M1FA 2HNYA 1VSFA 4WF9L 1RBTA 3WNHA 4DR5K 3KKSA 1JCGA 1NK9A 2CGLA 5HROA 4G9ZA 2GV9A 1RTHA 2P9SB 2ZE2A 1L3VA 1HNIA 3CJBA 1S1TA 4DG1A 1NKCA 3LM9A 3DLGA 4ISGA 4ELVA 2KFZA 2F4VK 4A62A 3QIOA 1SKRA 3OBWA 4B3RK 4MDBA 3SQ4A 3HSCA 4DR3K 4W5NA 1JLEA 4JEPA 2IVNA 1K73O 2ZGYA 3EYZA 4DV5K 3AO3A 1VQON 4PWDA 1QQNA 2FBTA 2ZM6K 2QWNA 3VQ5A 3VEOA 3K9JA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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