3VIFA

Crystal structure of beta-glucosidase from termite neotermes koshunensis in complex with gluconolactone
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
473
structure length
473
Chain Sequence
DTVYTFPDEFKLGAATASYQIEGAWDENGKGPNIWDTLTHEHPDYVVDGATGDIADDSYHLYKEDVKILKELGAQVYRFSISWARVLPEGHDNIVNQDGIDYYNNLINELLANGIEPMVTMYHWDLPQALQDLGGWPNLVLAKYSENYARVLFKNFGDRVKLWLTFNEPLTFMDGYASEIGMAPSINTPGIGDYLAAHTVIHAHARIYHLYDQEFRAEQGGKVGISLNINWCEPATNSAEDRASCENYQQFNLGLYAHPIFTEEGDYPAVLKDRVSRNSADEGYTDSRLPQFTAEEVEYIRGTHDFLGINFYTALLGKSGVEGYEPSRYRDSGVILTQDAAWPISASSWLKVVPWGFRKELNWIKNEYNNPPVFITENGFSDYGGLNDTGRVHYYTEHLKEMLKAIHEDGVNVIGYTAWSLMDNFEWLRGYSEKFGIYAVDFEDPARPRIPKESAKVLAEIMNTRKIPERFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase
publication title High-resolution structures of Neotermes koshunensis beta-glucosidase mutants provide insights into the catalytic mechanism and the synthesis of glucoconjugates
pubmed doi rcsb
source organism Neotermes koshunensis
total genus 200
structure length 473
sequence length 473
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3vifA00
4MNJA 3GNOA 4GZEA 3VGBA 4CD8A 1CZ1A 2WZHA 1W2VA 3L4UA 3OBAA 5HOSA 2XWEA 1HJSA 1H5VA 1V6WA 4PSPA 3BAIA 1M01A 4M82A 2NSXA 2VX5A 3WSUA 4EKJA 1ZS2A 5DEZA 3QOMA 1YHTA 1UH3A 1C91A 1GVIA 4P7LA 2GJXA 2V3EA 4R27A 1V6UA 3WD2A 4GI8A 4E2OA 1BVZA 1ZBKA 1E5JA 5BYWA 3HMCA 2WANA 2VZVA 1W3KA 4OKDA 2VRKA 2XG9A 2ZUVA 2CBVA 3SIMA 3OG2A 3BXWA 3WQWA 3WQ5A 2E40A 1VFOA 2PWFA 2EPNA 3GBEA 3MSGA 3AIWA 3WEMA 1J01A 1WDPA 4W8BA 3UG5A 3WD1A 4KGLA 1GVYA 3D3AA 1XCXA 2CHNA 4W86A 3RM8A 2ZICA 1KXVA 2V38A 2VL4A 3PHAA 1OBAA 1XH2A 4WKHA 2DT2A 1UQZA 1CXLA 3OGSA 1A47A 4PMRA 5E09A 2PC8A 1OGBA 1UKQA 3WDIA 3RIKA 2VZOA 5FD0A 3WD0A 1GZJA 4W93A 2Y8KA 3GH7A 4ATLA 3NSNA 4BS0A 3B9DA 3T09A 2V5DA 1GONA 1E72M 1HXJA 2VUYA 3AS2A 4CCCA 1O6IA 4JL1A 3VNZA 3EMQA 2WPGA 3OLGA 4DWSB 3WH7A 5A1AA 1M7XA 3GXIA 2V3FA 4AC1X 2VRJA 3AIQA 3FW6A 2VNCA 2WLZA 1LWHA 1FHDA 5LA1A 4X0VA 1H09A 2W63A 3T0DA 1KR0A 2EXOA 1LL4A 1GUVA 1WPCA 4JHZA 1H11A 4AXNA 3SCPA 3TP4A 3W27A 2GDUA 5CSUA 1ISVA 2A3EA 1JD7A 3S6TA 2WVVB 4HMEA 2YA1A 3DHPA 3L2MA 3WUFA 1GHSA 2J62A 1AQ0A 1D2KA 4D6FA 3EMCA 3WEOA 4ATWA 4MAZA 4PTMA 1Q6DA 5BWFA 2TAAA 1KFWA 1JF6A 3W6LA 1TVPA 1C3FA 1W9XA 5IFPA 5HXMA 2E9BA 3L4ZA 3GNRA 3NSMA 2XVGA 1NQ6A 2GK1A 4Z2LA 2GDVA 5GPRA 3AJ7A 9CGTA 4PUDA 4U3AA 1VEPA 3AMDA 4H8VA 1QI3A 4BZYA 3N04A 1GOOA 3L2LA 1UKSA 4M8UA 1OGGA 1PBGA 2W92A 3JUGA 3BLPX 1FHLA 4QAWA 1LG2A 3VD9A 1XYFA 1SMAA 1KXHA 1R8LA 2WKGA 4JIEA 4A3HA 4IISA 2Y4SA 2D0GA 2YIHA 4A3YA 3N18A 1W1PA 5CLTA 1FOBA 1E1EA 1UKPA 1QVBA 4HPHA 1MQRA 5A6AA 3AXXA 3ARPA 4PSRA 3WBAA 1SFSA 3WNKA 1US2A 1C8YA 3GZAA 3VMPA 3CHDA 1HP4A 3TA9A 1SR0A 4TXEA 5GQBA 2W91A 5I24A 3GH5A 3AS1A 2BY3A 2WMJA 1WDSA 1CGUA 3NDZA 4JFVA 1XGZA 1MW3A 4U31A 4PRWA 1JDDA 4IPNB 4F9DA 4V27A 3WNMA 3K4DA 2DIEA 3LMYA 1I75A 5AC5A 4OZOA 1UYQA 3RPMA 3WNOA 4D6DA 3MSDA 1BHGA 4JFUA 5C70A 2WVTA 1EGZA 3DYOA 3CHCA 3ZR5A 4GQRA 5I6SA 4GIAA 4URIA 4UOJA 3PZGA 4EANA 1XSKA 3WQ8A 3OZPA 5E0CA 2XVNA 3CHFA 1OM0A 1KGUA 3AMGA 1HIZA 3KL5A 5EMYA 2CESA 3AIBA 4D6IA 3DHUA 1JZ2A 4PMZA 4CN1A 1E3XA 3BLKA 1HL9A 2BVYA 4AD2A 1V6XA 2EPKX 4W84A 4D6CA 3CIVA 3T08A 5BCAA 2E9LA 3KL3A 4QP0A 3ZJ7A 2YL5A 1UR4A 1UWRA 2D3LA 4PYSA 5A8OA 1VIWA 1E15A 5I2UA 3WMBA 4ACYA 3DECA 1MW2A 4XZBA 4FLOA 3I3DA 3THCA 3WEZA 2BS9A 1WZKA 2XGBA 1R86A 4UTFA 4P7NA 1P6WA 2ZXQA 3AMLA 4HMCA 3RM9A 2BY0A 4QLKA 2EPLX 5A8NA 2VC9A 4ZFMA 3AI0A 5CGMA 1GPFA 3CTTA 5EB8A 2BY2A 2WXDM 3MUY1 5IHRA 3BC9A 2OSXA 1H1NA 3WKZA 4FLRA 2Q8XA 4PTXA 2XGIA 2E9MA 1B3VA 2WCAA 5CGTA 4ZE5A 2VTFA 4FLSA 3WUGA 1PX4A 4QDMA 1NWSA 3WENA 1B1YA 3CO4A 5CJ5A 2YBTA 1MQQA 3WQ6A 3K4AA 3A47A 1CYGA 1G5AA 1U2YA 2D0FA 1V3MA 2ZWYA 5LA0A 2WYSA 2J7BA 2XIIA 4M24A 2WM0A 3OGVA 2PBOA 4PN2A 4DM2A 2CETA 2ZX5A 3SUVA 3BCFA 4QLLA 3CUGA 5CPTA 1J0ZA 1GJWA 1VFMA 2WSPA 3U7BA 2YDRA 2YL9A 4TOQA 1JD9A 2WNWA 3VMOA 1OSEA 5A95A 2W66A 4HP5A 3OIHA 3TTOA 1GHRA 1OD8A 1NM9A 1VFFA 3RMEA 1UKTA 4AZHA 2CEQA 2OWXA 1ZBCA 2YL8A 3M07A 1E40A 3BAKA 5EFDA 2ZUTA 5CSYA 2EJ1A 1X6NA 3AIRA 1QBAA 1OGSA 5DMYA 2IUZA 1MXDA 4NRSA 3NSXA 2J7EA 3IAPA 3WELA 4B16A 5DO8A 2F8QA 2CNCA 1JYNA 3MS8A 2WMIB 4KMQA 1HP5A 3ZOAA 1BG4A 1ZBVA 4DWSA 4C7FA 2FH8A 3DC0A 3VX0A 3POCA 1C93A 4AD3A 2E0PA 3VIPA 3RM4A 4GPNA 3CUHA 2VJXA 1JF5A 3CZEA 1WP6A 3ZT7A 2OWWA 3CUIA 3IK2A 3ALGA 3U5YA 3VIMA 1TE1A 2PB1A 1KBKA 3SCUA 4NI3A 4DWSD 5HNNA 3VIGA 2D20A 3GXFA 4J3SA 3TTSA 2JEPA 3L4WA 1E9LA 4Z2KA 5JIWA 3ZMRA 1E55A 1ESWA 1BF2A 3IJ9A 3TTYA 2VMFA 3W28A 1RPKA 3MUAA 1ZB5A 1JAKA 1TFVA 1E4LA 2QMJA 4OIFA 4AZBA 1UD2A 2HISA 1CEOA 1TCMA 1E1FA 4Z2GA 1V3JA 4MAVA 1X1NA 4UNIA 4JKMA 3CZKA 4OBSA 3VD5A 4J7RA 4AIUA 4MJ4A 4F66A 4AZIA 1JI2A 3OLDA 2A3BA 3VDAA 3MMUA 3ZT6A 2FH6A 1MYRA 2BHUA 3AOFA 1OCQA 1JXJA 3EMZA 2QHAA 7TAAA 5AC4A 1Q6EA 4QFUA 3TOPA 2JE8A 4W85A 1JYXA 3SEPA 1JFXA 1BYAA 4H8HA 3VD3A 1F4HA 1HJUA 3OA5A 2OSWA 3VGGA 4HOZA 1AQMA 1OIMA 3W24A 3FAWA 3VKKA 1GW1A 4BCEA 3W25A 2D1ZA 1QNRA 5BXRA 1V02A 1QI2A 1ZJAA 1UR1A 2DT0A 3O9NA 4UCFA 4P8WA 2CXGA 4YPJA 4GI9A 2NT1A 3MUIA 3FNDA 1DWIM 1GQKA 5GNZA 3OLEA 2OYMA 1MQPA 2WZIA 3FHAA 1ITCA 1N82A 1QNSA 4WJXA 1G01A 3T2PA 3S2CA 2YBUA 1XHGA 2W67A 3N15A 3VM7A 4CU6A 4KRTA 2WZEA 5A3HA 2CBUA 4U2ZA 1ISWA 3N12A 2WVUA 1HKJA 3VUPA 1K9FA 1E0WA 2A3HA 1UH2A 1QBBA 5TD4A 1J12A 1JZ3A 2C0HA 2X0YA 5A6MA 1BQCA 3W4RA 4UFKA 2VVSA 3PN8A 4UQAA 2WW5A 5JBFA 4LQ1A 2VQUA 5BROA 4HZ8A 1H4PA 2WC3A 5A6LA 3K8LA 4GZJA 8CGTA 3AXHA 2WVSA 5IXEA 3TONA 1W32A 2D0HA 1TMQA 5ECUA 1V02E 1B3YA 5C71A 4C7DA 3KL0A 3BSHA 5CPQA 3THDA 3ARSA 2JF7A 1MXGA 1EQCA 3VDHA 2VZUA 1B31A 2W5FA 4AD0A 1HJVA 4U3CA 3F4VA 4WLCA 4K68A 2OYKA 1U30A 1JYVA 3SCVA 4MTVA 3AXIA 1UA3A 1UWSA 3ZT5A 1QI0A 2GJPA 2V5CA 2XJ7A 4F8XA 6TAAA 3W6MA 3WDJA 1MFUA 1CECA 3AISA 3VGHA 4QLJA 4GINA 2DSUA 1J11A 3K46A 1UKOA 2D23A 3AZRA 3O2LA 4BQ2A 1V6YA 1Q6CA 4MNLA 3FXYA 1JAEA 2WMHA 4AEFA 4AZCA 3K8KA 1HJQA 2EPMX 3SCQA 2VCAA 3UESA 1RD6A 4P7OA 1KXQA 4UFLA 5ABGA 4HTYA 1KXTA 1EO7A 3VX1A 2XVLA 5A8QA 3IANA 1XD1A 4CD6A 2WWDA 1PIGA 3WH5A 5HPCA 4PUEA 4N0RA 1W3LA 3OB8A 1CDGA 2YLAA 3ARZA 4E4PA 3VD7A 2XWDA 1GOMA 2XSAA 3WQ4A 1MW1A 3ARRA 1VRXA 1JZ6A 1HVXA 3OZOA 1UG6A 5M5DA 1W9PA 2ZUUA 1CIUA 1Z32X 1B9ZA 3IAQA 1QI5A 2ZUWA 1RH9A 4UQBA 3A6OA 3W81A 1V08A 1VF8A 5E6YA 1DWHM 3WUBA 3WY1A 1L0PA 2E3ZA 3ZJKA 3CMJA 3WD4A 1W9DM 3BAYA 2IXVA 4WKAA 4X0NA 1E6ZA 3GXMA 3VMNA 2XPKA 2WMIA 4UZUA 1WKYA 2V3GA 4N42A 5D9PA 4LYPA 3WQVA 4DWSC 5JUVA 2DGAA 2J79A 4MDOA 4TX6A 4XX6A 4W7UA 2O9TA 4W5UA 4IUGA 2WK2A 4UZSA 3K8MA 1KCKA 3LPFA 1UR9A 1C8XA 1ZBWA 5JIPA 2DSVA 2JIWA 3QHNA 3VGEA 1XCWA 1ISXA 3GTNA 1E3ZA 3WMSA 1E71M 2XHYA 2DH2A 3WMCA 2GJRA 1CXKA 3II1A 4CGTA 5I78A 5CG0A 4PTWA 1HNYA 2O9RA 4B9ZA 5LYRA 1ECEA 1FA2A 1OB0A 4XZWA 1C7TA 3VTRA 5BXTA 4JHOA 1DP0A 2W4XA 3WNNA 3KZSA 1BLIA 1Y7VA 3AIEA 3AZSA 1GOWA 5ABFB 1TZ7A 4W87A 2PWHA 3AHZA 3O6AA 1FFQA 2ZUMA 4EE9A 5DT5A 3WN6A 1BGAA 4KH2A 3QOKA 1HN1A 3RJXA 2J7CA 4UFJA 2J8FA 1UZ1A 3AHVA 1M53A 1KCLA 3HN3A 3CBWA 1CWYA 2VURA 1V03A 1QNPA 1B3ZA 3SURA 1V0KA 3WH8A 2O9OA 2WMGA 3ARXA 1JGIA 3A4AA 3ARVA 3ARUA 1VJSA 1K9DA 3PZIA 4P7QA 1FH7A 4LXFA 1TA3B 3W37A 1G9HA 2AMGA 1C92A 1J18A 1V3LA 2DT1A 5FCZA 3AZTA 2CHOA 5A2CA 3WH9A 2WBGA 3SUSA 2G41A 5IDIA 4CCDA 1XYZA 3WDRA 4RE2A 3PBGA 3WFLA 3LPOA 1JDCA 4BF7A 2X05A 3LPGA 1NARA 3AYSA 1QHPA 3ZIZA 1WCGA 1KGWA 2DT3A 4EAMA 5DF0A 1NP2A 4UQDA 2G3NA 4BQ3A 3N13A 1WE5A 3PZQA 3OLIA 1PPIA 2JF6A 3VU2A 1HF6A 2NW0A 1Q4NX 4R5EA 4CCEA 4ZEPA 1GJUA 2EEXA 2VI0A 3N1AA 4H41A 1GOQA 1OT2A 5CXPA 3CPUA 4E8DA 5HPOA 1NWUA 1QOXA 3VIFA 3AHTA 4AZ6A 4KGJA 1CBGA 4P8XA 5BXSA 2CIPA 3ARWA 2FGLA 3UG4A 4DUXA 4C7GA 5D9OA 4HOWA 2VT0A 1W9VA 3PZUA 4DM1A 1AVAA 4WIWA 4AZ7A 1UQYA 1J0YA 3WNLA 1KQYA 4WKFA 2GFTA 4OUEA 3J7HA 1JG9A 5FOOA 2E4TA 2E8YA 2ZWZA 1HKIA 3CUFA 2ZE0A 2ZXBA 2ZX8A 3BMVA 4MB3A 4MNKA 2ZX9A 4HA1A 3ZR6A 4D1JA 3A4WA 4B3LA 1J0KA 3GXDA 3VM5A 1RP8A 4RE4A 2UY2A 1XSJA 3W29A 5I23A 3N11A 5FL0A 1GOIA 1EHNA 3CHEA 2DPEA 3RJYA 3ZJ6A 1GORA 1UZ4A 2PI6A 1H2JA 2BY1A 1FP9A 1E6NA 3AHXA 4PCTA 1B90A 1HJXA 1K9EA 3BAJA 4H04A 4HU0A 3SCWA 5CPSA 1CENA 1FH9A 1UD4A 3UEQA 5BXPA 1OD0A 2DSKA 1AQHA 1C7SA 2WHMA 4F9JA 4CU8A 1E6PA 1VB9A 1KWKA 1BYCA 1QNOA 1E0XA 3TTQA 4GKLA 2GK1B 2J74A 4NZCA 3AIUA 2OWCA 1VENA 3U57A 2WVVA 5D9MA 1XH1A 2CKRA 3PZTA 1HL8A 4XV0A 1S46A 2HVMA 1WZAA 4D6EA 4F79A 3ZSSA 4BA0A 3CGTA 5CLWA 1CLVA 4DUVA 1XRVA 2DQXA 3AIVA 3F5JA 1WO2A 1VJZA 4CN4A 1LL6A 4M80A 1DWJM 2DIJA 4UQEA 5I79A 3FN9A 3K1DA 3T0BA 1E6XM 5I3DA 1E6QM 4B9YA 4LGXA 1XC6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4MNJ A;  3GNO A;  4GZE A;  3VGB A;  4CD8 A;  1CZ1 A;  2WZH A;  1W2V A;  3L4U A;  3OBA A;  5HOS A;  2XWE A;  1HJS A;  1H5V A;  1V6W A;  4PSP A;  3BAI A;  1M01 A;  4M82 A;  2NSX A;  2VX5 A;  3WSU A;  4EKJ A;  1ZS2 A;  5DEZ A;  3QOM A;  1YHT A;  1UH3 A;  1C91 A;  1GVI A;  4P7L A;  2GJX A;  2V3E A;  4R27 A;  1V6U A;  3WD2 A;  4GI8 A;  4E2O A;  1BVZ A;  1ZBK A;  1E5J A;  5BYW A;  3HMC A;  2WAN A;  2VZV A;  1W3K A;  4OKD A;  2VRK A;  2XG9 A;  2ZUV A;  2CBV A;  3SIM A;  3OG2 A;  3BXW A;  3WQW A;  3WQ5 A;  2E40 A;  1VFO A;  2PWF A;  2EPN A;  3GBE A;  3MSG A;  3AIW A;  3WEM A;  1J01 A;  1WDP A;  4W8B A;  3UG5 A;  3WD1 A;  4KGL A;  1GVY A;  3D3A A;  1XCX A;  2CHN A;  4W86 A;  3RM8 A;  2ZIC A;  1KXV A;  2V38 A;  2VL4 A;  3PHA A;  1OBA A;  1XH2 A;  4WKH A;  2DT2 A;  1UQZ A;  1CXL A;  3OGS A;  1A47 A;  4PMR A;  5E09 A;  2PC8 A;  1OGB A;  1UKQ A;  3WDI A;  3RIK A;  2VZO A;  5FD0 A;  3WD0 A;  1GZJ A;  4W93 A;  2Y8K A;  3GH7 A;  4ATL A;  3NSN A;  4BS0 A;  3B9D A;  3T09 A;  2V5D A;  1GON A;  1E72 M;  1HXJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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