3VIIA

Crystal structure of beta-glucosidase from termite neotermes koshunensis in complex with bis-tris
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
TVYTFPDEFKLGAATASYQIEGAWDENGKGPNIWDTLTHEHPDYVVDGATGDIADDSYHLYKEDVKILKELGAQVYRFSISWARVLPEGHDNIVNQDGIDYYNNLINELLANGIEPMVTMYHWDLPQALQDLGGWPNLVLAKYSENYARVLFKNFGDRVKLWLTFNEPLTFMDGYASEIGMAPSINTPGIGDYLAAHTVIHAHARIYHLYDQEFRAEQGGKVGISLNINWCEPATNSAEDRASCENYQQFNLGLYAHPIFTEEGDYPAVLKDRVSRNSADEGYTDSRLPQFTAEEVEYIRGTHDFLGINFYTALLGKSGVEGYEPSRYRDSGVILTQDAAWPISASSWLKVVPWGFRKELNWIKNEYNNPPVFITENGFSDYGGLNDTGRVHYYTEHLKEMLKAIHEDGVNVIGYTAWSLMDNFEWLRGYSEKFGIYAVDFEDPARPRIPKESAKVLAEIMNTRKIPERFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase
publication title High-resolution structures of Neotermes koshunensis beta-glucosidase mutants provide insights into the catalytic mechanism and the synthesis of glucoconjugates
pubmed doi rcsb
source organism Neotermes koshunensis
total genus 200
structure length 472
sequence length 472
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3viiA00
1ZB5A 2DSVA 6A3HA 1C3FA 4PEEA 2XJ7A 4PUDA 2VC9A 4QLJA 3AI0A 1E0VA 4E8CA 3ZT7A 4R5EA 2JIWA 2CYGA 5E70A 2CERA 3M07A 2VT0A 2VMFA 3S2CA 3VIKA 3OLGA 1BSIA 4HOXA 2WM0A 3CPUA 1E4IA 2ZUNA 1XV8A 5I23A 1GUVA 1LQ0A 1V03A 2XSBA 4AIEA 1UD6A 1JF5A 1UKSA 3CBWA 1R7OA 3AJ7A 3MUZ1 1CECA 5BWFA 5CLWA 2C8NA 2OSXA 1OGGA 2E0PA 2WW5A 2EBNA 1XYZA 3WELA 1V6WA 1GOQA 2XFYA 3A4WA 3BXWA 2ZWZA 5HBFA 4AIOA 4F9JA 4TVUA 2CHNA 5A3HA 1V0NA 2CBIA 3ZR6A 1PIGA 2XGBA 3LPFA 1W3LA 2D3LA 1B2YA 1IV8A 2D24A 2VX7A 3SIMA 1LL4A 4AY1A 3AZTA 4DWSB 1BYDA 2ZUVA 3AMLA 3CHFA 3UERA 2NSXA 4WSJA 1B90A 1FA2A 1CENA 1BYBA 1MW2A 2XWDA 3WNNA 3N11A 5IDIA 3THCA 2BHZA 4W8BA 4ZENA 2JIEA 5I77A 3GYCA 5A2CA 3HMCA 1E6RA 2XFRA 3SCOA 1H3GA 3GH4A 3WF0A 1E71M 2RGMA 2Y5EA 3D5HA 3CUIA 4H8UA 5FIPA 4ZXOA 2FHBA 5E6ZA 1JIBA 3VTRA 1AQHA 4AZCB 3PZGA 3SCTA 5EMYA 5FOOA 3N9KA 4FMVA 3EDEA 1E0WA 1GOIA 1QI0A 2E4TA 2ZX8A 3WH7A 3WN6A 3T0BA 1BGGA 1PX3A 3MMUA 2D20A 2V3EA 1Q6GA 4HA3A 1K9TA 4GZJA 1QPKA 4NRSA 2YJQA 4UFMA 2WMIB 1PX8A 4F79A 1XH2A 2JF6A 2YA0A 2YKKA 3B8SA 4JAWA 3VDBA 3K1DA 1TR1A 1PZ2A 5GPRA 5DFAA 4CD4A 1EDTA 4CCDA 4N0RA 3AFBA 2VO5A 4H8HA 3WDQA 3OGSA 2WC3A 2CESA 4Q7NA 1J9YA 4AEFA 5AYIA 3PZOA 3IJ9A 5D8WA 2VCCA 4BQ2A 3VD5A 2X1IA 3NDZA 3ARRA 3W28A 2AMGA 2ZXQA 1M01A 1ZU8A 3ARPA 4LX4A 3WIJA 1LWJA 1BFNA 1CDGA 3N18A 1MXGA 5FD0A 1TE1A 1ZJBA 1ECEA 2BVTA 4M8UA 2VQUA 4AD2A 2C7FA 4AIUA 5D9PA 4IUGA 4AZGA 1UR8A 2XTKA 1TG7A 4MB5A 2FH8A 4P7RA 4LGXA 4QP0A 2A3CA 1W1VA 3SUUA 3PZUA 1FH9A 1BVZA 2BXYA 3VU2A 2YA2A 4M82A 3WQWA 4DM1A 3WH5A 1E72M 1UWQA 3OBAA 4N42A 2B31A 4F66A 4JHOA 3SUTA 4B3LA 2QMJA 1S46A 1OD8A 1HT6A 4HZ8A 3BCFA 4E8DA 2X2YA 3TONA 1E70M 5I2UA 3OIHA 1KXQA 4W85A 3VGFA 2WMFA 1HIZA 1PAMA 2XFFA 4BA0A 1RP8A 4AISA 1E0XA 2XG9A 1OGBA 1DHKA 1UD5A 2DT1A 2J25A 3VDHA 4CN6A 3AMDA 4H8VA 3E1F1 2Y2WA 3NDYA 2ZUSA 3ZJ8A 4BQ3A 1ODUA 1VFUA 2O9TA 3U5YA 1JYNA 2VCAA 3PZTA 5A94A 4B3KA 2YL5A 4FLQA 2WWDA 4A4AA 1NQ6A 1HJUA 3IAQA 4DUXA 1NWTA 1R7AA 1VRXA 2WCAA 1UWRA 4W93A 3UG5A 3VGBA 1FHDA 1TZ7A 3CZKA 1W2VA 2W66A 3FNDA 5BXPA 3VMOA 3WF1A 2D2OA 1OT2A 1R86A 4YN5A 2VX4A 4PMQA 4KGLA 1K9FA 4XX6A 2OSYA 2ZIDA 3MSDA 3AS1A 1EOMA 1HVXA 3WMCA 4CD5A 1WAWA 1G01A 1JZ2A 5FCZA 4DUVA 1UD8A 2XUCA 3VILA 4AD4A 1SFSA 2RGLA 3SUWA 4J3VA 1HKJA 5IFPA 3O2LA 4B9ZA 4AD3A 4D6FA 2CNCA 1Q6FA 1R87A 1J0HA 3ZO9A 4OUEA 4NF7A 3RMEA 4W89A 1E4MM 2E9MA 1GVIA 1E40A 1UKOA 3WQ4A 3TTSA 3NSXA 1EOKA 4MB4A 3B9AA 4AZBA 3LPPA 4MAVA 3K8MA 2ZXAA 3GNOA 1OB0A 4UCFA 2UY2A 3GBDA 1GOKA 1J01A 2YDQA 4UOZA 1CXEA 3HN3A 2V5DA 5LA2A 1JNEA 5EB8A 1QNRA 1KWGA 2AAAA 4JKLA 4JKKA 4UOJA 3VIFA 4MPKA 1E5JA 1KXTA 5EFFA 3VD3A 4QCFA 3N1AA 1HP4A 1LG1A 1UD4A 1KBBA 4CCCA 2VZOA 2WMHA 1J0IA 3ZIZA 4M29A 4MJ2A 5LA1A 4D6CA 5JIPA 4UFKA 1W9VA 2WCSA 3DHPA 3ALGA 1TFVA 2GJRA 1W2PA 3AICA 1OM0A 3VIIA 3LPGA 2E8YA 2DEPA 1JYXA 1PX4A 3DYOA 3OZOA 4J27A 1G0CA 4P8UA 3NSMA 3WF3A 1N82A 5CSUA 3WD4A 2E9BA 5DT7A 5LA0A 5JBFA 4JFSA 3BSHA 1WDQA 3MV01 5A6LA 3A4AA 1IZJA 1MXDA 3QR3A 1CXFA 3WQ5A 2X09A 3WENA 2DSUA 2VX5A 4PMOA 3RIKA 3CIVA 1KGWA 1ESWA 1WO2A 3QOKA 4MTVA 1NWSA 3UG4A 4UQCA 2V38A 3CUGA 3VINA 3AHXA 1WPCA 4D6HA 4IPLA 3CTTA 1WP6A 4AXNA 4KRUA 4CD6A 2WVVB 1QBAA 1MQRA 2JEPA 2GJPA 3KEHA 4W86A 4OZOA 1R8LA 1TA3B 4TX8A 2DPEA 4PMNA 1E5NA 1B3XA 1B3VA 1VFFA 3CO4A 2WHLA 2XWEA 2DDXA 3N15A 3WMSA 4CN4A 2DH2A 4V28A 2PI6A 2VJXA 1Z32X 2WWCA 1V3MA 4MB1A 3WNLA 4GZEA 1GOWA 1EXPA 3A6OA 4NRRA 5HOSA 1CIUA 4L4OA 1XSIA 1OIMA 2BFGA 2WHKA 1JDCA 1CXHA 3AYSA 3T08A 5HPCA 2EO7A 2O9PA 2BY2A 3WMBA 4C7FA 4HZ6A 2WCGA 4UZSA 4CU7A 5I6SA 1HJQA 3U5UA 1WE5A 3WQ6A 4CD8A 1SMAA 1V0KA 1CPUA 1H2JA 3AXXA 3MSGA 4MB3A 1J12A 1OSEA 1B3WA 5A6SA 3ARZA 3O6AA 2CITA 2NW0A 4LPCA 4PTVA 3GM8A 3PTKA 2VQTA 2JFEX 4CKQA 2DH3A 1WZKA 3UETA 3WL1A 4ZE5A 4CVUA 3N04A 5KEZA 4AC1X 5DO8A 3BAXA 4DUWA 4XZWA 5M3WA 4S3KA 2GK1B 4PMRA 3SCSA 1FFRA 1FP9A 4PSPA 1VJSA 2A3BA 4QAWA 2V5CA 1MW3A 2X8RA 3N17A 4XB3A 2ZUUA 2YA1A 5C70A 2VURA 4GPNA 3TOPA 1CGUA 2EQDA 3IK2A 3VMPA 1ISYA 2E9LA 3PTQA 4QFUA 2VNCA 1J0ZA 3WBAA 4ATWA 7TAAA 2JALA 1MVYA 1SR0A 3ZR5A 3ZJKA 2TAAA 1W3KA 1BQCA 5DF0A 1U33A 1AVAA 1RPKA 3WQVA 3WUBA 2YL8A 5A69A 3KE0A 1EHNA 3UCQA 3FN9A 1UR4A 2WC4A 1UH3A 2IXVA 1UR0A 2EPNA 3L4XA 1AQMA 2FGZA 2ESCA 1LJYA 3AIRA 3VX0A 3WD3A 1CYGA 2PC8A 3AIBA 1GQIA 4QCEA 5A6BD 1GVYA 2YBTA 5AYBA 4ACZB 3SUVA 4GI6A 2YBUA 6CGTA 4BQ5A 1V6XA 3KZSA 3VD7A 5A8MA 4GI9A 3BSGA 1QW8A 3W29A 1HL9A 2WVSA 4KH2A 1WZLA 2CETA 1C91A 3FXYA 1W3JA 4C7DA 1CNVA 4UR9A 1QI5A 2YL6A 4UNIA 3N12A 1ODZA 3I3BA 4UFJA 4JKMA 3DYMA 1M7XA 3OGRA 2VZVA 4FLOA 3POHA 1KQZA 1UD2A 2BY3A 1XC6A 4P7QA 2V3DA 4ZFMA 1E6SM 3WDRA 1EH9A 2A3EA 2WBKA 5I0DA 3OLIA 1HJWA 1JDAA 3QHOA 5EBAA 1RH9A 3WFLA 2WB5A 4AYSA 3RPMA 4J3SA 4CU8A 4HA4A 1HJVA 1M53A 2BHYA 1E55A 1UYQA 2OYMA 1DWIM 4UTFA 4RE4A 3MMWA 1HN1A 3APGA 1K9DA 1MQPA 1XGZA 5DEZA 5M5DA 1EHAA 3EYPA 1XD1A 2ZOXA 2XVPA 1W9UA 3KL3A 3TTYA 4B16A 1GQLA 4PMVA 1DWJM 5E0FA 3WD1A 4J3WA 3MUAA 4D6GA 3PZQA 3CHEA 1NH6A 2WZHA 4W84A 1IZKA 2BVYA 3VOCA 5CXPA 3AZSA 4MAZA 2VVSA 3WF4A 1KQYA 3AS2A 1E6ZA 2PWDA 4J3TA 4W7UA 4DWSC 2YLAA 4U3CA 1DTUA 1MFVA 1CXKA 4MNKA 5ABGA 1LLOA 5CPQA 1QHPA 3OA5A 3T2QA 2UY4A 1RD6A 1HP5A 2EJ1A 3GNPA 1H5VA 4CU6A 1VEPA 2J7CA 3BAIA 2PWEA 4W88A 2J78A 2QLYA 2OYKA 4JZ5A 2OWWA 1QBBA 3L4YA 3WF2A 2J75A 2J74A 1V6YA 3MS8A 3ZJ7A 5JUVA 3PZIA 1WZAA 5CJ5A 4JHZA 3WNOA 3VVGA 3M7SA 4OOUA 5D4YA 4PMZA 1PBGA 3CUJA 5GNYA 2ZUMA 1UWTA 2JE8A 3UR8A 1WDRA 1WDSA 4P7OA 2VI0A 5HPOA 4P7NA 4D72A 2DIJA 1V02E 2MANA 5M17A 5I79A 2F2HA 1LF1A 4AWEA 1E6NA 1MYRA 1E56A 1WDPA 4YHEA 4EK7A 4TUFA 5FKYA 5D9OA 3VIMA 2XPKA 2QHAA 3GXFA 3QHMA 1A47A 5FL1A 2E40A 3EMCA 1V3JA 2VRQA 1QVBA 1QI2A 3SCPA 3OG2A 3L4TA 4CN1A 4K68A 1OWQA 1BAGA 2G4FA 1MW0A 2DQXA 3GNRA 2GJXA 1NOFA 3BH4A 2DSZA 3I3EA 3SCVA 3SCUA 4U2ZA 1XCXA 5C8BB 3ARUA 4YPJA 3OLEA 3QHNA 1JD9A 3FHAA 5CLTA 1FHLA 2VCBA 1CGVA 4M1RA 2BNJA 4TVDA 1H1NA 1VEOA 3ZMRA 2VRJA 4Z2KA 4BQ4A 4P7LA 1Q4NX 3T2OA 4YHGA 2WSKA 3VIJA 4D6IA 3SCRA 3FW6A 1VFOA 1W9BM 1VFMA 4JFTA 4W7WA 1UWSA 2WANA 3WQ8A 4OIFA 1D7FA 3A4XA 3HJEA 4UQAA 4U2YA 1JZ3A 1UQZA 1C7SA 1AMYA 5CGTA 1QHOA 2WHJA 1VF8A 1NWRA 2PB1A 2QMKA 4AEEA 4D6JA 1H09A 3CHCA 4BS0A 1H4PA 1EDGA 5A2BA 2YLLA 4GIAA 3VIPA 1CTNA 1PEZA 2D0FA 3IANA 3WY1A 4DWSD 7CGTA 2CCRA 2X0HA 2BS9A 4AZ5A 5KZ6A 3PHAA 4U3AA 2EPLX 2W63A 1K6AA 1QHZA 1WNOA 3VGDA 3BAWA 5CQ1A 4NI3A 2OYLA 3VM5A 3AIEA 2XGIA 1ISVA 2J8FA 2DSWA 3CGTA 1UHVA 1US3A 4B15A 1OD0A 2Z1KA 3QOMA 1B1YA 1XYFA 3CZLA 3AQUA 2QPSA 1QI3A 3K4DA 2J7EA 4MNJA 5BXTA 1X6NA 3WSUA 3ZSSA 3L4WA 2VVNA 3DC0A 3ZT5A 1UKQA 3WDPP 3ZJ6A 4Z2IA 3GTNA 4HPHA 4GZIA 5D9MA 1WB0A 4MJ4A 1V3IA 2CXGA 2VUYA 3G6LA 1B31A 1HJSA 1DEDA 2D1ZA 5FL0A 5HDRA 3F5KA 3AISA 3WH9A 5JBEA 2VR4A 3DECA 3VPLA 4JCMA 4J7RA 4HU8A 1CGTA 1G9HA 3NSNA 4KWUA 4WKAA 1CGWA 1WCGA 1E4NA 2YOCA 1JZ4A 3VDCA 3GXIA 5A6BA 1QI4A 3VD9A 3AIWA 2WLZA 1UUQA 4PMXA 1JF6A 3AOFA 4E4PA 5A95A 1JZ6A 4X9YA 2W61A 3SEPA 4ML4A 5A8NA 4WJXA 1KGUA 4U5KA 3CZJA 4J3XA 4WF7A 1UR9A 4KGJA 1XHGA 2GVYA 4M24A 2VX6A 2FHFA 2W5FA 4BCEA 3MUIA 2WKLA 4PN2A 5D8ZA 2G8ZA 3W4RA 2BXZA 3CUFA 3WBEA 3AHVA 4J28A 1FP8A 2D22A 3MV11 1RP9A 4XV0A 3TA9A 2Q8XA 1XH0A 1O6IA 3AHZA 3FAXA 4PTMA 4HMCA 5CGMA 4KRTA 4Z2JA 1DP0A 4J3UA 3W27A 4EE9A 1NARA 1XD0A 2X0YA 1E15A 1H49A 1CXIA 5ABFB 1W3HA 2WHMA 5A6KA 1LL6A 1C8XA 1OCQA 4JFWA 3W53A 1V6UA 3OB8A 3BC9A 1ZL1A 4W8AA 5ABEA 3L4VA 1ZBCA 3GXDA 2DT0A 3VGGA 3D3AA 1ISWA 5LYRA 2WPGA 4NSBA 3FAWA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZB5 A;  2DSV A;  6A3H A;  1C3F A;  4PEE A;  2XJ7 A;  4PUD A;  2VC9 A;  4QLJ A;  3AI0 A;  1E0V A;  4E8C A;  3ZT7 A;  4R5E A;  2JIW A;  2CYG A;  5E70 A;  2CER A;  3M07 A;  2VT0 A;  2VMF A;  3S2C A;  3VIK A;  3OLG A;  1BSI A;  4HOX A;  2WM0 A;  3CPU A;  1E4I A;  2ZUN A;  1XV8 A;  5I23 A;  1GUV A;  1LQ0 A;  1V03 A;  2XSB A;  4AIE A;  1UD6 A;  1JF5 A;  1UKS A;  3CBW A;  1R7O A;  3AJ7 A;  3MUZ 1;  1CEC A;  5BWF A;  5CLW A;  2C8N A;  2OSX A;  1OGG A;  2E0P A;  2WW5 A;  2EBN A;  1XYZ A;  3WEL A;  1V6W A;  1GOQ A;  2XFY A;  3A4W A;  3BXW A;  2ZWZ A;  5HBF A;  4AIO A;  4F9J A;  4TVU A;  2CHN A;  5A3H A;  1V0N A;  2CBI A;  3ZR6 A;  1PIG A;  2XGB A;  3LPF A;  1W3L A;  2D3L A;  1B2Y A;  1IV8 A;  2D24 A;  2VX7 A;  3SIM A;  1LL4 A;  4AY1 A;  3AZT A;  4DWS B;  1BYD A;  2ZUV A;  3AML A;  3CHF A;  3UER A;  2NSX A;  4WSJ A;  1B90 A;  1FA2 A;  1CEN A;  1BYB A;  1MW2 A;  2XWD A;  3WNN A;  3N11 A;  5IDI A;  3THC A;  2BHZ A;  4W8B A;  4ZEN A;  2JIE A;  5I77 A;  3GYC A;  5A2C A;  3HMC A;  1E6R A;  2XFR A;  3SCO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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