3VIKA

Crystal structure of beta-glucosidase from termite neotermes koshunensis in complex with cellobiose
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
TVYTFPDEFKLGAATASYQIEGAWDENGKGPNIWDTLTHEHPDYVVDGATGDIADDSYHLYKEDVKILKELGAQVYRFSISWARVLPEGHDNIVNQDGIDYYNNLINELLANGIEPMVTMYHWDLPQALQDLGGWPNLVLAKYSENYARVLFKNFGDRVKLWLTFNSPLTFMDGYASEIGMAPSINTPGIGDYLAAHTVIHAHARIYHLYDQEFRAEQGGKVGISLNINWCEPATNSAEDRASCENYQQFNLGLYAHPIFTEEGDYPAVLKDRVSRNSADEGYTDSRLPQFTAEEVEYIRGTHDFLGINFYTALLGKSGVEGYEPSRYRDSGVILTQDAAWPISASSWLKVVPWGFRKELNWIKNEYNNPPVFITENGFSDYGGLNDTGRVHYYTEHLKEMLKAIHEDGVNVIGYTAWSLMDNFEWLRGYSEKFGIYAVDFEDPARPRIPKESAKVLAEIMNTRKIPERFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase
publication title High-resolution structures of Neotermes koshunensis beta-glucosidase mutants provide insights into the catalytic mechanism and the synthesis of glucoconjugates
pubmed doi rcsb
source organism Neotermes koshunensis
total genus 200
structure length 472
sequence length 472
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3vikA00
1H1NA 5IHRA 4JZ5A 1PIGA 3F5JA 4FF5A 4MAZA 3T0DA 1BHGA 3CIVA 5KZ6A 4V28A 4PMNA 4MNJA 2X0YA 4Z2IA 1G0CA 3UG3A 2XSBA 3VNYA 3KZSA 1CXLA 4XZBA 1CENA 1R87A 2WM0A 2FHCA 2DSVA 2XWEA 1JIBA 2ZWZA 3VDAA 3UG5A 3WFLA 1US2A 3DYPA 4S3KA 1FH8A 1UA3A 2QLYA 1D7FA 1NOFA 3ZJ8A 1JDCA 3BH4A 3F5LA 1HKMA 4CD6A 1UD3A 4M8UA 1JFXA 3W27A 4UOZA 1TFVA 2WMGA 4RL3A 3NDZA 2DH3A 5KEZA 1XH2A 4TX6A 2UY2A 2WMJA 4HA3A 1UYQA 4B9YA 3BSGA 1JNDA 1V3MA 3T08A 4AXNA 4R27A 1E6NA 2WMIA 1LWJA 3MV01 1NOWA 2Y5EA 1RPKA 5CLWA 1FHDA 4UQEA 1ZBVA 4XB3A 3BMWA 1OWQA 2ZX6A 3WQVA 4M80A 5GNXA 1LG2A 4DUXA 1GW1A 3SCPA 4D6HA 1FP9A 3DYOA 1UD2A 3VMNA 1E4NA 1NWUA 4MB4A 4JHZA 3WMCA 1W1YA 1KCKA 2JALA 4UZSA 1DWHM 4KMQA 2WZEA 3G6LA 3TTSA 3BAKA 2FDMA 3FHAA 2QMKA 4HZ6A 5IFTA 1JZ8A 1UR2A 2PF0A 3MUZ1 3K8MA 3ARUA 3G6MA 2D1ZA 1I1XA 1XYZA 1BG9A 2ZX8A 1NH6A 3SEPA 2XFYA 1K9TA 1JZ5A 4HU0A 3UESA 1OBAA 1RP8A 3WUFA 1YQ2A 3GXMA 1V6YA 4GZJA 4PEEA 1MW1A 2YDRA 1XSIA 2DSUA 1UH2A 4HMDA 4AD5A 1OGBA 3AXIA 1UD5A 3K4DA 1KWGA 1WE5A 1FA2A 3SURA 3WQ8A 1V6UA 3PZMA 4JIEA 5I6SA 2RGMA 3SCWA 2YL9A 1JF5A 4W89A 3WH7A 1HL8A 2WVVA 4DWSC 1FH9A 3PZ9A 4GQQA 2HISA 4P7QA 1JYVA 3WDJA 1AQHA 1QOXA 1W9DM 4P8WA 3F5KA 1WDSA 1WNOA 2O92A 3T2QA 2Y2WA 5A8PA 4YPJA 3MUY1 2GDUA 3PTKA 3PZGA 4ZEPA 2WHKA 1CGWA 5BXPA 1QNQA 3CUHA 1DWFM 2CXGA 2BVYA 1M7XA 3BLKA 1E4MM 2CCRA 1CXHA 4PTXA 3WBEA 1JFHA 5FL0A 2XFFA 5I79A 1V3IA 4MNKA 1VEOA 2C0HA 2GSJA 4C7DA 4D72A 1WB0A 1MW3A 1Q6CA 5EB8A 2UY3A 2E8YA 4QCEA 1HKJA 4HMCA 4JFVA 3AHYA 5AC5A 1VFUA 3HJEA 5IDIA 1GOQA 4WKFA 4PCTA 2J7GA 2DQXA 2DDXA 4W88A 1DEDA 4UQ9A 4AIUA 4CN1A 3O6AA 4PTVA 3VPLA 1JDDA 1I75A 2WKGA 1L8NA 3OLIA 2OYLA 1W2VA 2WHJA 2YL5A 2EPNA 3N13A 1BG4A 3CUJA 5HNNA 4CUCA 5A1AA 4XX6A 3POCA 1BYCA 3GH7A 2ZWYA 4DUVA 1D3CA 1E1EA 1VRXA 1W3LA 4UQDA 3AI0A 2PWGA 1UR4A 4PMQA 5IHSA 2ZX9A 4WKHA 3W82A 1B3VA 3CPUA 1KBBA 5A69A 1EDGA 1HT6A 2GJXA 2VI0A 3UG4A 1V3LA 4U3AA 4EK7A 1LQ0A 2GK1A 4Y7EA 3UETA 3W4RA 5AY7A 3BAWA 2G3NA 3CUIA 2W63A 3WF3A 1PZ2A 3M46A 3WMBA 1GNXA 2E8ZA 3OBAA 1I1WA 4LYPA 4AD3A 3ARZA 4DWSA 4FLSA 1W9BM 5CPQA 5E0CA 4PMYA 2OSWA 2FH6A 4A3HA 5FKYA 4D6DA 1KXQA 5JIWA 3WL0A 3AXXA 2ZXQA 3PN8A 2VCBA 4H04A 1UZ4A 1EXPA 5I23A 2A3AA 4PMZA 4UOQA 4GI9A 4CU8A 2DGAA 2WPGA 3NUKA 1PPIA 2UY4A 4HZ7A 3GXIA 3GYCA 1E15A 1WPCA 3IJ8A 3VD3A 3FAXA 2Z1KA 5GQBA 3WKZA 2DT0A 4CD4A 1UH3A 5CXPA 3CH9A 1EDTA 1JAKA 1JZ7A 4EE9A 3MS8A 1AMYA 7TAAA 4HTYA 2E4TA 3WF1A 3NJ3A 4P8UA 3KWXA 4YN5A 4UTFA 3MKKA 1UHVA 1XD0A 4IISA 1WDRA 2F8QA 5M3WA 5E6ZA 2WBGA 1EOKA 1SFSA 3NYDA 2DPEA 4X0NA 3S6TA 1FH7A 1MYRA 3K8LA 3W81A 2Y8KA 4W7WA 3ZQ9A 1C8YA 4MAVA 2WVSA 1P6WA 4AZIA 2CBJA 1CXEA 4NI3A 4MJ2A 3TP4A 2F2HA 1VJZA 1HKIA 2BHUA 3GDBA 4N42A 5DMYA 1J10A 1YHTA 4ACZB 5A2AA 1GPFA 1QNOA 2WC4A 4J3UA 3UR8A 5CGTA 2WKLA 1C93A 1J0KA 3VIJA 2J7HA 3VX1A 3KEHA 3LPGA 1E6QM 5A3HA 3MSDA 3SCRA 3K4AA 1H3GA 2ZUMA 3WDHA 2VRQA 2EPKX 5BROA 5HBFA 5I5RA 2DT3A 1KGUA 1U30A 3WELA 1QI5A 4PRWA 3CZJA 3MMDA 4J7RA 1QI4A 2DSZA 3UR7A 2OWCA 2ZICA 4L4OA 1M04A 4PTMA 1CBGA 5CPSA 7CGTA 3U57A 1OGSA 4NSBA 5EFDA 4P7LA 1UQYA 2D3NA 2ZIDA 3L4UA 2G3MA 1LL4A 4L4PA 4MB3A 4JFWA 2J75A 2WWCA 2VOTA 2G8ZA 3CZGA 5C71A 1UR8A 4AZHA 3CMJA 1GVYA 2WHLA 3VKKA 1MQQA 3GBEA 2J4GA 1HNYA 2YKKA 2VRJA 1CGVA 7A3HA 1G5AA 2DEPA 1EHAA 1TVNA 1QHZA 1KXTA 4AD0A 1IV8A 2NSXA 5E6YA 3QHOA 2Z1SA 4MTVA 2XPKA 3WDIA 3N15A 5AC4A 8CGTA 1NWTA 4X9YA 1FFQA 3W53A 3SCUA 3AHXA 3PZUA 1WAWA 4HU8A 2VURA 2YLAA 4UR9A 1CGUA 3VMOA 1HJVA 2F61A 2V3GA 4TTGA 1V0NA 3CHEA 1WCGA 3GXDA 4JKKA 4B3LA 2WSPA 1R85A 1G94A 1MQRA 4P7OA 1V6WA 1H0GA 4M81A 4W7UA 2CETA 3ZT5A 3CHFA 4W8AA 3PTQA 1MQPA 2Y24A 1U33A 3ZT6A 4KGLA 4AMCA 2A3EA 2OSXA 1UWIA 4OOUA 4ZFMA 2FHFA 3KL3A 2E3ZA 2VTFA 3ZM8A 2QPSA 4UQCA 5CZKA 3CLWA 1GOMA 1WZKA 3A47A 1UUQA 3WH8A 1E4IA 3ZO9A 2VCCA 5E0FA 1E0XA 3L2MA 4CD7A 1TE1A 3THCA 3HN3A 3CUFA 3AROA 2J47A 5JUVA 1KXHA 1B3WA 1K6AA 1SMDA 3ZT7A 1F4AA 4P8XA 3BGAA 2ZX7A 4WLCA 2BY1A 3FNDA 4UFHA 3AMGA 1HJUA 1XD1A 4CCDA 2BVTA 3UEQA 2D2OA 2FHBA 4PTWA 1BVZA 4D6CA 3AHVA 3FHQA 4PMOA 5M5DA 1JL8A 2CKSA 2J74A 2BS9A 3WEZA 1KGWA 5BXSA 3DYMA 4GQRA 4CU7A 3CHDA 3WF4A 3ZSTA 4AIOA 4TVCA 5DF0A 2D3LA 2CHOA 3VD4A 5HPCA 1E1FA 2O9RA 1HJXA 4JAWA 1EA9C 4W87A 2XJ7A 4CU6A 4HOXA 3GNOA 4AZCB 3J7HA 2J7CA 2J8GA 2CBIA 2WZIA 1BLIA 4W5UA 4DM1A 5A8OA 1J0IA 3T2OA 3MUIA 3VX0A 1JZ3A 2A3CA 2ZUWA 4BZYA 5I78A 1LLOA 3QHNA 3OZPA 1WZLA 4EAMA 5BCAA 2XVKA 5A6BA 1C8QA 1JG9A 2VCAA 1XCWA 1UR1A 2FGLA 3OB8A 1ITCA 5LA2A 4CD5A 3QGVA 2NW0A 3EYPA 2Y8VA 4PN2A 3RIKA 3WL1A 2J78A 3WNLA 4H7VA 1GHSA 4LPCA 4GINA 4W93A 2D24A 1GUVA 4FK9A 2ZXBA 4GPNA 3F4VA 4AWEA 1V3KA 3B9EA 2XVGA 4W8LA 4J3XA 4EKJA 1XSKA 5CGMA 1CPUA 1ZB5A 3WF2A 4W8BA 2XVLA 1E72M 1HP5A 2ZE0A 3VD9A 3K8KA 3RM4A 4Z2GA 1GOIA 3OLEA 4MNMA 5JBFA 3JUGA 3PZIA 4CN4A 1ISXA 3BAJA 1WKYA 2D0HA 4GI8A 2XIIA 2W5FA 2ZUVA 3AHZA 3II1A 3EBVA 3M6DA 5A6KA 2QPUA 2ZUTA 2HVMA 2EPLX 3WUBA 2PC8A 2QHAA 1KB3A 5E09A 1EIBA 3U7BA 6CGTA 4W5ZA 4E2OA 4OKDA 1TR1A 3VD5A 1GOOA 4OBRA 1H4PA 1ZBWA 2J25A 4D71A 3WQ6A 4ATWA 2WMIB 3APGA 2OYKA 1M03A 4QCFA 4HA4A 4PMDA 3N04A 4BS0A 3AMLA 1CZ1A 3M7SA 4WKAA 1B90A 4FLOA 4MB5A 1OT2A 1UWQA 4A3YA 5DEZA 5A8NA 1CGXA 3DECA 1HIZA 3MUAA 2XVPA 2EPOA 1UR9A 4IPLA 2BHYA 1GQKA 4GKLA 3SCVA 1WDQA 2ZUSA 1VBRA 4E8DA 1KCLA 2OYMA 2X0HA 3NIYA 4LYRA 2CYGA 1X6LA 3W6MA 2YL6A 1GQIA 1MVYA 3ARTA 3AZTA 1U2YA 2QF8A 3SCTA 1SYTA 3OIHA 1C90A 3WNOA 3MO4A 1A47A 3PZVA 1KFWA 2YLLA 1PIFA 3VIPA 4WK9A 1V02A 4TTUA 3L2LA 2VR4A 5D4YA 1K9FA 3W0KA 3VDBA 3VIFA 4AIEA 2OWWA 1B31A 1OGGA 2XG9A 1N82A 3ARWA 1J0HA 5EBAA 1IT0A 2X1IA 1E9LA 3THDA 4M82A 4PMRA 3ZIZA 1JI1A 1R7OA 4F9JA 2WVVB 5ECUA 1UH4A 1EHNA 3B9DA 3VGGA 3WD3A 1TVPA 3AFBA 4Z2LA 1LF1A 3VIIA 2CIPA 2DSWA 1V0KA 5A6JA 1LL6A 3GH4A 4HOWA 2J8FA 2X8RA 1QI3A 2BY0A 2CNCA 4ZXLA 1XH1A 4AD1A 1AVAA 3MU7A 3RPMA 4QLLA 4RE2A 1B3XA 1ODUA 1UWTA 1E73M 3PBGA 4K68A 9CGTA 5D9NA 1QHOA 2YBTA 4XV0A 2V3DA 4Q22A 3LPPA 3KL5A 2XM2A 2PBOA 3SIMA 1XV8A 3GTNA 2YOCA 2PWHA 3N9KA 3VUPA 1JNEA 1BAGA 5DT5A 3N12A 4OBSA 4OUEA 4LQ1A 2X09A 3TOPA 2XSAA 3N1AA 1US3A 2XIBA 1DWIM 2VX6A 1JZ2A 4J28A 3AQUA 3WH6A 1CECA 4PSRA 3WNKA 2E9MA 4B15A 3TONA 4TUFA 4AZBA 3VVGA 1BYAA 3ZJ7A 4ZE4A 2GJPA 2V5DA 3VDCA 2W91A 3WNPA 1QW9A 2CBVA 5EMYA 4URIA 3CZEA 3FXYA 1ITXA 4KRUA 1OIMA 3WFZA 1EQPA 4AZ7A 2ZUUA 1S46A 2RGLA 1EO7A 3OG2A 5CSUA 5ABEA 2G41A 4TX8A 3B8SA 4TVDA 1V6VA 3ZOAA 3BAYA 1QPKA 4DM2A 5HPOA 2WC7A 5D8ZA 4E4PA 1JGIA 2DIEA 3ECQA 3W25A 1VFMA 1FFRA 4CD8A 4TVUA 1QW8A 2VZOA 2YIHA 3CZ8A 4AZGA 4P7RA 5HXMA 1R86A 3AOFA 1C3FA 1WDPA 1VJSA 3WF0A 3I3EA 1C8XA 1JXKA 3T0BA 4U5KA 1L0PA 3RMEA 1HXJA 1BVNP 3WD1A 4TXEA 3ZJ6A 3GNPA 1OD8A 2CERA 1ECEA 3BAXA 4J3SA 1E40A 2IXUA 1NQ6A 5FL1A 4R5EA 2WZHA 3ZJKA 2G3JA 2WCAA 3CMGA 1Q6GA 1LWHA 1E3ZA 4P8VA 3AIBA 4KWUA 4W86A 1NM9A 5JBDA 4JCLA 5BYWA 2UWFA 2WB5A 4LXFA 3TTOA 4GO8A 2YBUA 5I0DA 1DTUA 1TCMA 3VIKA 2YJQA 1CNVA 3LMYA 3OZOA 1W91A 3NDYA 2VC9A 4QLKA 2IUZA 6A3HA 3D5HA 3BLPX 1LG1A 3U5UA 1KBKA 3WNNA 4AZ6A 5HOSA 5A8MA 2YL8A 3WEOA 3GBDA 3ZMRA 4JL2A 2CESA 1B1YA 2JE8A 5F7UA 5CQ1A 2WCGA 1UQZA 1W3KA 4J3TA 2TAAA 2JF7A 4H8VA 5A6SA 4U2ZA 4JHOA 3BSHA 3CZLA 4W85A 4E8CA 4NRRA 4AEFA 4IUGA 5IXEA 3RDKA 4F79A 2ZXAA 1B9ZA 4D6GA 2D0FA 3VD7A 3AIEA 1KGXA 4UFMA 4NZCA 4HOZA 3DC0A 4X0VA 1ESWA 4WSKA 2WBKA 2ZXDA 1JI2A 1ZL1A 3WENA 3B9AA 2ZX5A 3ZR5A 2W61A 2FGZA 1CXKA 3ZR6A 4RE3A 4QAWA 4QDMA 2WNWA 3VTRA 2QV4A 2C7FA 1MFUA 5M17A 2MANA 4J27A 1BYDA 4M56A 4C7FA 4JKMA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1H1N A;  5IHR A;  4JZ5 A;  1PIG A;  3F5J A;  4FF5 A;  4MAZ A;  3T0D A;  1BHG A;  3CIV A;  5KZ6 A;  4V28 A;  4PMN A;  4MNJ A;  2X0Y A;  4Z2I A;  1G0C A;  3UG3 A;  2XSB A;  3VNY A;  3KZS A;  1CXL A;  4XZB A;  1CEN A;  1R87 A;  2WM0 A;  2FHC A;  2DSV A;  2XWE A;  1JIB A;  2ZWZ A;  3VDA A;  3UG5 A;  3WFL A;  1US2 A;  3DYP A;  4S3K A;  1FH8 A;  1UA3 A;  2QLY A;  1D7F A;  1NOF A;  3ZJ8 A;  1JDC A;  3BH4 A;  3F5L A;  1HKM A;  4CD6 A;  1UD3 A;  4M8U A;  1JFX A;  3W27 A;  4UOZ A;  1TFV A;  2WMG A;  4RL3 A;  3NDZ A;  2DH3 A;  5KEZ A;  1XH2 A;  4TX6 A;  2UY2 A;  2WMJ A;  4HA3 A;  1UYQ A;  4B9Y A;  3BSG A;  1JND A;  1V3M A;  3T08 A;  4AXN A;  4R27 A;  1E6N A;  2WMI A;  1LWJ A;  3MV0 1;  1NOW A;  2Y5E A;  1RPK A;  5CLW A;  1FHD A;  4UQE A;  1ZBV A;  4XB3 A;  3BMW A;  1OWQ A;  2ZX6 A;  3WQV A;  4M80 A;  5GNX A;  1LG2 A;  4DUX A;  1GW1 A;  3SCP A;  4D6H A;  1FP9 A;  3DYO A;  1UD2 A;  3VMN A;  1E4N A;  1NWU A;  4MB4 A;  4JHZ A;  3WMC A;  1W1Y A;  1KCK A;  2JAL A;  4UZS A;  1DWH M;  4KMQ A;  2WZE A;  3G6L A; 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 2CET A;  3ZT5 A;  3CHF A;  4W8A A;  3PTQ A;  1MQP A;  2Y24 A;  1U33 A;  3ZT6 A;  4KGL A;  4AMC A;  2A3E A;  2OSX A;  1UWI A;  4OOU A;  4ZFM A;  2FHF A;  3KL3 A;  2E3Z A;  2VTF A;  3ZM8 A;  2QPS A;  4UQC A;  5CZK A;  3CLW A;  1GOM A;  1WZK A;  3A47 A;  1UUQ A;  3WH8 A;  1E4I A;  3ZO9 A;  2VCC A;  5E0F A;  1E0X A;  3L2M A;  4CD7 A;  1TE1 A;  3THC A;  3HN3 A;  3CUF A;  3ARO A;  2J47 A;  5JUV A;  1KXH A;  1B3W A;  1K6A A;  1SMD A;  3ZT7 A;  1F4A A;  4P8X A;  3BGA A;  2ZX7 A;  4WLC A;  2BY1 A;  3FND A;  4UFH A;  3AMG A;  1HJU A;  1XD1 A;  4CCD A;  2BVT A;  3UEQ A;  2D2O A;  2FHB A;  4PTW A;  1BVZ A;  4D6C A;  3AHV A;  3FHQ A;  4PMO A;  5M5D A;  1JL8 A;  2CKS A;  2J74 A;  2BS9 A;  3WEZ A;  1KGW A;  5BXS A;  3DYM A;  4GQR A;  4CU7 A;  3CHD A;  3WF4 A;  3ZST A;  4AIO A;  4TVC A;  5DF0 A;  2D3L A;  2CHO A;  3VD4 A;  5HPC A;  1E1F A;  2O9R A;  1HJX A;  4JAW A;  1EA9 C;  4W87 A;  2XJ7 A;  4CU6 A;  4HOX A;  3GNO A;  4AZC B;  3J7H A;  2J7C A;  2J8G A;  2CBI A;  2WZI A;  1BLI A;  4W5U A;  4DM1 A;  5A8O A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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