3VILA

Crystal structure of beta-glucosidase from termite neotermes koshunensis in complex with salicin
Total Genus 201
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
201
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
TVYTFPDEFKLGAATASYQIEGAWDENGKGPNIWDTLTHEHPDYVVDGATGDIADDSYHLYKEDVKILKELGAQVYRFSISWARVLPEGHDNIVNQDGIDYYNNLINELLANGIEPMVTMYHWDLPQALQDLGGWPNLVLAKYSENYARVLFKNFGDRVKLWLTFNSPLTFMDGYASEIGMAPSINTPGIGDYLAAHTVIHAHARIYHLYDQEFRAEQGGKVGISLNINWCEPATNSAEDRASCENYQQFNLGLYAHPIFTEEGDYPAVLKDRVSRNSADEGYTDSRLPQFTAEEVEYIRGTHDFLGINFYTALLGKSGVEGYEPSRYRDSGVILTQDAAWPISASSWLKVVPWGFRKELNWIKNEYNNPPVFITENGFSDYGGLNDTGRVHYYTEHLKEMLKAIHEDGVNVIGYTAWSLMDNFEWLRGYSEKFGIYAVDFEDPARPRIPKESAKVLAEIMNTRKIPERFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase
publication title High-resolution structures of Neotermes koshunensis beta-glucosidase mutants provide insights into the catalytic mechanism and the synthesis of glucoconjugates
pubmed doi rcsb
source organism Neotermes koshunensis
total genus 201
structure length 472
sequence length 472
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3vilA00
2YJQA 1JFXA 3WNLA 4C7FA 1H1NA 3DYMA 1CGUA 3NSMA 4HOXA 3ZT7A 4ZXOA 2PWFA 1ISVA 3W53A 1MW3A 2DDXA 5A6BD 2DT2A 2V3EA 2D2OA 1GJUA 3VD3A 3K8KA 1ODUA 2J79A 2GDUA 1BAGA 1HP4A 4AZHA 2WNWA 3KL0A 5AYIA 5A94A 1G9HA 1ESWA 2ZX5A 1UKOA 1UA7A 1W1TA 5E9AA 1CXKA 4FLRA 1IV8A 4HTYA 3W37A 2VZVA 1W9DM 4CCDA 1CGYA 3GNRA 1U30A 3VMPA 3T2QA 1KXHA 3AHVA 1E6QM 4PMDA 1EA9C 3PTKA 2WMKA 4AD5A 3WDIA 3WD2A 2QHAA 4LGXA 5E70A 4PTVA 3VIPA 2E8ZA 1ZL1A 2WW5A 4MJ4A 2W91A 3A4XA 2J75A 5BWFA 1KB3A 1DEDA 1UKSA 4N0RA 1BYAA 3WELA 1KCKA 2W92A 5CPTA 3VIOA 3LMYA 5ABGA 3AIUA 4MNMA 1DWAM 5C8BB 2W62A 4U2YA 5FCZA 2J7EA 4W8BA 2Q8XA 4CVUA 2UY2A 1GOQA 3VMNA 5EMYA 3VDCA 1UYQA 3ARYA 1XH2A 2XYLA 3O9NA 2V5CA 1TUXA 1B3XA 4CGTA 1VFOA 4PMRA 3WNPA 1OT1A 4CUCA 2JF6A 1HF6A 3PZMA 3UG3A 1KR0A 3W4RA 2QF8A 1E6SM 3M46A 4U3CA 3U7BA 2E8YA 5D8ZA 2WMHA 1IT0A 2Y5EA 1E3XA 1GQIA 3HMCA 2O9RA 1MFUA 5CXPA 1RPKA 3SCSA 1HJVA 2Y2WA 1JYWA 1NQ6A 4HPGA 2JFEX 2XTKA 2ZOXA 3WNMA 3SURA 3RJXA 1IZJA 3GNOA 5CPSA 1HJXA 4HU0A 2CESA 4TXEA 4Z2KA 5A2CA 1DWGM 5A8NA 2VT0A 4MTVA 3HN3A 4M29A 1F4AA 2VI0A 1UQYA 1C7SA 1E56A 2DEPA 5FKYA 4PSPA 2VQTA 1GORA 4H41A 1C8QA 3ZT6A 1NOWA 2WVUA 3KL5A 3RDKA 3K1DA 1JGIA 2XVLA 3VDAA 3LPPA 4ZXLA 2WLYA 1SYTA 3AMKA 1KBBA 2FH8A 3WEMA 1VJSA 2IXUA 1EH9A 3IK2A 2EPLX 1F4HA 3THCA 1J18A 1UD4A 1V3IA 4PMZA 4DM2A 1HJWA 3EDEA 2YL6A 1DP0A 4WKHA 1MFVA 2CERA 3EDJA 1XHGA 1ZJBA 5F7UA 4JHOA 2ZUSA 1UZ4A 5E0CA 1RP9A 2GK1B 1JF5A 2O92A 5AC4A 1OSEA 4CD5A 1ITXA 1TA3B 3T2OA 2CBUA 3WFZA 2QMKA 1V3JA 1JDAA 2CXGA 2RGLA 1OIFA 2WYSA 2ZIDA 3VINA 2VX4A 3BAXA 3TP4A 1K9TA 1AVAA 1EQPA 4CCEA 2D0FA 3G6LA 5A8OA 1GQJA 1PBGA 3NUKA 3L4UA 3AIEA 3KL3A 2OYLA 5JIWA 1QPKA 5A6LA 2XHYA 5BXTA 3WKZA 3WF3A 1V3MA 3RO8A 3EDDA 4D6FA 4BQ2A 3GBEA 1YQ2A 3U5UA 4U3AA 2YL9A 2OSXA 4XUYA 4P7NA 1W3LA 2EEXA 4JFWA 2VMFA 1W1VA 2UY4A 3AISA 4WF7A 3WD0A 1DWIM 3TTOA 2PWGA 3PZIA 4D6JA 4GO8A 2Y24A 1OB0A 1U33A 1FH7A 1R7AA 4WSKA 1OWQA 3MUAA 2BY2A 5CG0A 1VF8A 3WH8A 5JUVA 3AJ7A 2X8RA 2DSWA 2X0YA 2OSWA 1J0ZA 1KGWA 4LYQA 5CLTA 1E4NA 3GH4A 1RD6A 2VZUA 1E0VA 1HJQA 3OLIA 4J3SA 4C7GA 3RILA 4UQ9A 2OWCA 5A95A 2ZUVA 2WPGA 3PZUA 1KWKA 2G3JA 3ZJ8A 3AHTA 4PMOA 1HL8A 2VVNA 4HMCA 2ZUWA 1WDPA 4QCEA 4Z2GA 1Q6EA 2VUYA 1W9XA 2FDMA 3CLWA 3D3AA 4F8XA 4PTMA 5M5DA 4J3XA 4J3TA 3VX0A 1GCYA 3CBWA 5A6SA 4H8UA 3KWXA 4AZ7A 1RP8A 2Z1KA 4CD8A 4XB3A 4J3UA 3ZOAA 1QW8A 1E1FA 1GW1A 5EFDA 3ARPA 1BYCA 1C93A 2E3ZA 5CSUA 4MNJA 4BQ5A 1B31A 1M53A 1WO2A 4PTWA 1WAWA 1MW1A 2YDSA 2CKRA 1V3LA 5CSYA 5ABFB 2CBVA 1BTCA 2YBUA 1VIWA 1QI5A 5ECUA 4CN4A 4BCEA 4NZCA 1E0XA 1BVNP 3ARQA 4U5IA 3PZTA 5A8PA 2D3NA 5AC5A 4NRRA 4DUXA 3S2CA 3B8SA 4ACZB 1JFHA 3VPLA 4OBRA 2D24A 3K4AA 4FLOA 1E5NA 1E71M 1BHGA 4M1RA 1TG7A 4WIWA 5IXEA 3IJ8A 2YOCA 5D8WA 3I3EA 1GHSA 2XUCA 2XGIA 4L4PA 2UY5A 2GDVA 5I78A 1V02E 1WNOA 4B15A 1HT6A 4XZWA 1OD8A 1TZ7A 1UWTA 3POHA 7CGTA 3RMEA 4UZSA 3WMSA 3THDA 3TA9A 1FP9A 2OYKA 1UH2A 1V08A 1W2PA 3EBVA 2DH3A 3HJEA 5A1AA 4MADA 3VMOA 4UFHA 3EDKA 1P6WA 3BAYA 3EYPA 2VO5A 1TE1A 3WMCA 1JYXA 3AXXA 1GONA 2WCSA 1E6ZA 2CNCA 5LA1A 1BG4A 2GJRA 1OIMA 3QGVA 1SMAA 1JF6A 5IFTA 3J7HA 2WSPA 3CH9A 2CETA 1L0PA 1CNVA 4F79A 1G01A 1PEZA 3EMCA 2XVGA 1FFRA 4HZ6A 4PMYA 5DMYA 2B31A 3SCQA 4UR9A 2WB5A 4L4OA 1JAKA 1JZ7A 3VNYA 3VIIA 1US2A 4ZEPA 1VEMA 2PWEA 2VCBA 4W89A 4AD2A 3VGBA 1LQ0A 1WP6A 1UD3A 4U31A 1J10A 1CBGA 4PEEA 2XSAA 4LXFA 3T0AA 1ISZA 3WD1A 4OZOA 2X0HA 1TCMA 3KZSA 4MAVA 2VQUA 1MXDA 4H8HA 3AQUA 1LL6A 3VIKA 1R87A 3GBDA 1CWYA 4AZGA 3PZNA 4D6HA 3D5HA 3B9EA 4IPNB 1E0WA 4W7WA 4GKLA 3VILA 5D9OA 4FF5A 4PMNA 1ZBKA 1QHPA 1BGGA 1EIBA 4ATWA 5A2BA 1QI3A 5ABEA 1UQZA 1BYBA 1X1NA 5CGTA 2XFYA 2OWXA 3PZGA 2ZXQA 5E0FA 3VIJA 2VRJA 1OT2A 1BG9A 3VD9A 1GOOA 1BQCA 5JBFA 1CXIA 6A3HA 4D6DA 3N9KA 5GNYA 1KXTA 3WSUA 3WDRA 1ISWA 4M56A 1QNOA 1LL7A 1NWTA 1AQHA 3N17A 1GJWA 1R8LA 1OGBA 1UR8A 2EXOA 5BROA 1H41A 4NSBA 2J8GA 4U2ZA 4AEEA 3LPGA 1RH9A 3AI0A 3WL1A 4B3LA 3AS0A 2C0HA 2G3IA 3M7SA 4GO9A 4WK9A 4AD3A 2QV4A 3VKKA 3SUSA 3QOKA 3CIVA 3W6MA 1J11A 3EDFA 3WNNA 2FHBA 3N18A 4H04A 4S3KA 1MVYA 9CGTA 2ESCA 2VCCA 1OBAA 3UG4A 1UG6A 2XIIA 1XYZA 1XC6A 2C7FA 4NRSA 5BXRA 4UOJA 2J7BA 2WAGA 3NSNA 2VURA 2VZOA 4MJ2A 4AEFA 1V6WA 3A4WA 3WN6A 4RE4A 3OB8A 1BF2A 1EO7A 4JAWA 4WLCA 5IHSA 3NYDA 3SUTA 6CGTA 2HISA 2G3NA 2VX7A 3MMDA 2YLLA 1HNYA 5BCAA 2WZEA 4AMCA 2BNJA 1ZS2A 3VX1A 3ARSA 4OKDA 2W5FA 4GIAA 4YHEA 3MS8A 5I5RA 1QNRA 5DF0A 4IUGA 2V3FA 5IDIA 4JKMA 4ACYA 5A8QA 4GXPA 1ITCA 3WMBA 1CECA 5E09A 2BFGA 1HIZA 1XSJA 4KH2A 3AHXA 1WB0A 1H09A 2ZE0A 4KRTA 1KR1A 4LYPA 4MB3A 1H11A 3W28A 1PPIA 1BGAA 2WHKA 2X1IA 2J7FA 3BSGA 4N42A 3S6TA 4UQBA 3FAWA 4UQCA 1TVPA 2CBJA 3AICA 3QHOA 3BAIA 4MB4A 2WMIA 3VGDA 1WDQA 1VFFA 1H5VA 1N82A 3PZ9A 1HJSA 4V2XA 4P8XA 2VTFA 4JFTA 1NWSA 4UQDA 1AQMA 2CPUA 1E6RA 3WDPP 3VM7A 2YA2A 2W66A 2VNCA 5E6ZA 5HOSA 1PIFA 2Y4SA 3WH6A 3CTTA 3ZJ7A 1GQKA 1I75A 1ZBCA 5A6JA 4FK9A 3CUIA 3AMLA 2WZHA 4QCFA 3OLDA 5HPOA 2G3MA 2D20A 1QI2A 1EDGA 1EHNA 2X09A 3WEZA 1ZB5A 2AOSA 4UTFA 1KQZA 3BH4A 3B9AA 4JFSA 3W29A 4TVDA 5BRQA 4E8DA 3WUFA 3MMUA 3IANA 2D0GA 1E4LA 3IJ7A 5FL1A 2JEQA 5GQBA 3AYRA 2E0PA 2VC9A 2HVMA 1E55A 4CVWA 3F4VA 3SEPA 3BAWA 5BRPA 1JZ2A 4F9DA 1JZ3A 8CGTA 1UH3A 1DWJM 3N13A 1QNQA 1VFMA 3AIRA 4W93A 1AQ0A 1V02A 2F8QA 3RJYA 1NWUA 4M8UA 3BCFA 1QBBA 3OIHA 3RM8A 1GUVA 2YIHA 1JD9A 5CLWA 5ABHA 5JIPA 3OLGA 3PTMA 4HPHA 3MANA 1NOUA 2EPOA 1J0IA 4AZ5A 1B2YA 4AW7A 4OJYA 4W88A 3CHFA 4P8WA 3VUPA 3AMCA 1FA2A 4OBSA 4JCMA 4CU8A 1KGXA 2XM2A 1L8NA 1CYGA 3N1AA 2WK2A 3WDJA 4HP5A 2GFTA 1JI2A 1UR2A 2IXVA 4EE9A 1Q6CA 1NM9A 1XH1A 2J74A 2ZXDA 1UR1A 4TVUA 1HKKA 1PX3A 2J47A 5DFAA 1HX0A 1E15A 3AZRA 3WUGA 3OGRA 1EOMA 2WCAA 3GYCA 3MU7A 5M17A 5D9NA 2BY0A 1WE5A 4AISA 3CUJA 1FHDA 4JHZA 2JIEA 1A47A 4W8LA 3ALGA 3OZOA 5LA0A 1J12A 1NOFA 2X05A 1O7AA 2ZXBA 4JKLA 3W25A 4P7OA 3GM8A 1C92A 1H49A 1NH6A 1D3CA 1XCXA 1FOBA 4WSJA 3SCRA 2ZX8A 1BLIA 1HP5A 1JZ6A 3GXFA 3K4DA 3ZO9A 3WEOA 2BXYA 2A3AA 2YDRA 4RE2A 1CIUA 4TX8A 2WWCA 1UOKA 3RCNA 5M03A 3WF4A 1E3ZA 4LPCA 5CGMA 1JZ5A 1XGZA 1OD0A 3L2MA 2ZX7A 3VIMA 2E40A 4QP0A 1D2KA 1V0NA 1ISYA 2J7HA 4UZUA 5ABFA 4UFLA 5I3DA 4P7RA 3M07A 1UD8A 3BC9A 4C7DA 3ZJKA 5FL0A 4FLSA 2G8ZA 3AS3A 4UOQA 3OZPA 2DSKA 4J27A 4HZ7A 3K8LA 3FHQA 3OBAA 3UESA 3IJ9A 1E72M 1JDDA 2O9PA 4ACZA 1UD2A 4CN6A 1PJ9A 1TFVA 4F9JA 4TVCA 1EQCA 2F61A 2VOTA 5I24A 3L2LA 1I1WA 1R85A 2V3GA 4NI3A 3PZOA 4GPNA 2YL8A 1C91A 4PSRA 4J3VA 1UD6A 3MUY1 1KBKA 1E4IA 2WXDM 2XWEA 3GTNA 1JYNA 1GOKA 2BVYA 4DWSB 1EO5A 3ZMRA 2VL4A 2QPUA 4H2CA 2XJ7A 3WD4A 5GNXA 3VD5A 1QHOA 4X9YA 3MV01 2GUYA 2PWHA 2WHLA 5GPRA 1E43A 2G4FA 2J25A 4DM1A 2PBGA 1V6XA 1W91A 4PUDA 4PMXA 4AWEA 3UERA 1OCQA 1CPUA 4QLJA 3W81A 2VVSA 1CZ1A 2GJXB 4A4AA 4P8UA 4OOZA 3BMVA 2D22A 1FH9A 4JCLA 1V6VA 4YPJA 4CD6A 1E6XM 4PN2A 2Z1SA 1QNSA 5I6SA 4BQ4A 4JFUA 4KMQA 4FMVA 1ECEA 2V5DA 3W82A 3AHYA 1PZ3A 1XYFA 5HDRA 2WVVB 4HOWA 5HBFA 3WF0A 4AZCA 3IAPA 1GHRA 4MPKA 2WMFA 4R27A 2J7DA 3PHAA 3QHMA 5AYBA 4WKFA 3WUEA 2J7CA 1XRVA 3GZAA 1JXJA 1MW2A 2YLAA 4UFMA 1UWUA 1IZKA 5A6MA 4EAMA 3SUVA 3ZM8A 3TTYA 4AZBA 1VBUA 1NP2A 3ZQ9A 2W61A 3MSDA 2RGMA 5M3WA 3A4AA 2BHYA 3U5YA 4ZENA 2WBGA 2XGBA 4DWSD 1EGZA 1MQQA 1W3HA 4B9ZA 1EOKA 3MV11 3PZVA 4X0VA 3ZT5A 3F5JA 3GDBA 5LA2A 5EB8A 1KCLA 2YBTA 3VTRA 3CUGA 2VX6A 2YL5A 4IISA 5DEZA 1HKMA 4EANA 1W32A 1VRXA 2YA1A 4JKKA 3ZJ6A 2OYMA 1W3JA 2EPNA 4AC1X 4AYSA 3AROA 1MQPA 3WF1A 1BSIA 5FIPA 2BXZA 1QHZA 1M01A 4OOUA 1E73M 1M03A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2YJQ A;  1JFX A;  3WNL A;  4C7F A;  1H1N A;  3DYM A;  1CGU A;  3NSM A;  4HOX A;  3ZT7 A;  4ZXO A;  2PWF A;  1ISV A;  3W53 A;  1MW3 A;  2DDX A;  5A6B D;  2DT2 A;  2V3E A;  2D2O A;  1GJU A;  3VD3 A;  3K8K A;  1ODU A;  2J79 A;  2GDU A;  1BAG A;  1HP4 A;  4AZH A;  2WNW A;  3KL0 A;  5AYI A;  5A94 A;  1G9H A;  1ESW A;  2ZX5 A;  1UKO A;  1UA7 A;  1W1T A;  5E9A A;  1CXK A;  4FLR A;  1IV8 A;  4HTY A;  3W37 A;  2VZV A;  1W9D M;  4CCD A;  1CGY A;  3GNR A;  1U30 A;  3VMP A;  3T2Q A;  1KXH A;  3AHV A;  1E6Q M;  4PMD A;  1EA9 C;  3PTK A;  2WMK A;  4AD5 A;  3WDI A;  3WD2 A;  2QHA A;  4LGX A;  5E70 A;  4PTV A;  3VIP A;  2E8Z A;  1ZL1 A;  2WW5 A;  4MJ4 A;  2W91 A;  3A4X A;  2J75 A;  5BWF A;  1KB3 A;  1DED A;  1UKS A;  4N0R A;  1BYA A;  3WEL A;  1KCK A;  2W92 A;  5CPT A;  3VIO A;  3LMY A;  5ABG A;  3AIU A;  4MNM A;  1DWA M;  5C8B B;  2W62 A;  4U2Y A;  5FCZ A;  2J7E A;  4W8B A;  2Q8X A;  4CVU A;  2UY2 A;  1GOQ A;  3VMN A;  5EMY A;  3VDC A;  1UYQ A;  3ARY A;  1XH2 A;  2XYL A;  3O9N A;  2V5C A;  1TUX A;  1B3X A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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