3VOCA

Crystal structure of the catalytic domain of beta-amylase from paenibacillus polymyxa
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
416
structure length
416
Chain Sequence
AVADDFQASVMGPLAKINDWGSFKKQLQTLKNNGVYAITTDVWWGYVESAGDNQFDWSYYKTYANAVKEAGLKWVPIISTHKCGGNVGDDCNIPLPSWLSSKGSADEMQFKDESGYANSEALSPLWSGTGKQYDELYASFAENFAGYKSIIPKIYLSGGPSGELRYPSYYPAAGWSYPGRGKFQAYTETAKNAFRTAMNDKYGSLDKINAAWGTKLTSLSQINPPTDGDGFYTNGGYNSAYGKDFLSWYQSVLEKHLGVIGAAAHKNFDSVFGVRIGAKISGLHWQMNNPAMPHGTEQAGGYYDYNRLIQKFKDADLDLTFTCLEMSDSGTAPNYSLPSTLVDTVSSIANAKGVRLNGENALPTGGSGFQKIEEKITKFGYHGFTLLRINNLVNNDGSPTGELSGFKQYIISKAKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta/alpha-amylase
publication title Structural analysis by X-ray crystallography and small-angle scattering of the multi-domain beta-amylase from Paenibacillus polymyxa
rcsb
source organism Paenibacillus polymyxa
total genus 163
structure length 416
sequence length 416
ec nomenclature ec 3.2.1.1: Alpha-amylase.
pdb deposition date 2012-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3vocA00
5JIPA 4HOZA 2PWEA 3EDFA 2YJQA 3CUGA 1F4HA 4XB3A 4AC1X 3WQ6A 1ODZA 1CXKA 3AIBA 2GDUA 3T08A 4LGXA 2XSAA 3MS8A 5HOSA 4UFHA 4D6CA 1LG2A 3S6TA 1VJSA 1E0VA 3I3DA 5A3HA 2XYLA 1JXKA 2WMIB 3GXIA 3N17A 1CECA 2VZVA 5I77A 2WMHA 1R8LA 3A47A 5DEZA 1DWAM 1QW8A 4AD3A 3PZVA 3IK2A 3CLWA 4A4AA 3POCA 3VMOA 2WVVA 5BROA 5M03A 8A3HA 1FA2A 3MV11 3WEZA 4H8UA 2ZX7A 2XWEA 2GVYA 1OD8A 1V08A 3ARQA 2YA1A 2V5DA 4X9YA 3K8KA 2XVPA 4WKFA 1IT0A 1JYXA 4AIUA 3SURA 1E5NA 2F8QA 2FHCA 1B3XA 4AD4A 1KBBA 1TA3A 1RH9A 4AYSA 5A6MA 1AQMA 3OLDA 3AMCA 5HBFA 1V02A 1OM0A 3OZPA 3WMSA 2J7CA 3WDPP 4P7QA 4BS0A 3G6MA 1DWGM 2WMKA 4GQRA 1JXJA 2VQTA 1S46A 3ZMRA 4UOJA 2VRKA 4JFTA 1EHNA 3OG2A 3ARWA 1CIUA 3WMBA 4AZBA 1PIGA 4PMNA 1JF5A 2V5CA 4HZ8A 1OT1A 1PPIA 3FXYA 3PN8A 4DUVA 4AD1A 6CGTA 3VTRA 1E73M 5A6LA 2ZE0A 3VM5A 1EDGA 3ZSSA 1AQHA 1PEZA 3DC0A 3IJ9A 4GXPA 1ZL1A 4M8UA 1V03A 1JD9A 3BAJA 5EFFA 1HP5A 3GBEA 1J0ZA 2BXZA 2CITA 5BWFA 5A6AA 1OSEA 4HTYA 1GW1A 1WZLA 3MUIA 5CGTA 4M81A 3VIIA 1BYAA 4P8XA 4AZHA 5GNYA 1C3FA 4CU8A 1UWUA 2W66A 3WD2A 3TONA 1JZ3A 1V3HA 2HISA 4GI6A 4PSRA 2QHAA 4EE9A 1J11A 1JI2A 4JFVA 1TE1A 1GOWA 4A3YA 1VF8A 1G01A 4PUDA 1OCQA 3WDIA 4XX6A 1M01A 4IPNB 1EHAA 3CZJA 3WDQA 3PTMA 2EPLX 3RILA 3SUVA 1WAWA 4MB1A 1DEDA 1BGGA 3AIRA 4WSJA 3CZ8A 3B8SA 1W2VA 1JG9A 1NWSA 3B9AA 5HNNA 6TAAA 3AROA 2EPKX 3VD7A 3ARUA 1WDSA 1GOIA 2YL8A 3CIVA 4W85A 4M29A 5D4YA 1KGWA 3WH9A 1WDRA 3EYPA 3EMZA 1GJWA 3PZMA 4KGJA 4JKKA 1IZJA 5AY7A 1CGVA 3DYOA 3W37A 3MUZ1 1J10A 4MAZA 2OYMA 2Y8VA 3VIKA 2E9BA 1EQPA 3ECQA 4E2OA 2WMJA 2GFTA 4WJXA 2CBIA 1K9FA 4AY1A 3BAYA 5FL0A 3VGFA 3AS3A 3VX1A 4KRTA 3CZEA 2D0GA 4MB5A 1TZ7A 3N13A 3GDBA 3SCUA 1KQZA 3SCSA 1B2YA 3F4VA 3UETA 1R85A 1AQ0A 5AYBA 4UQ9A 4M56A 5I79A 4W8BA 1L8NA 2A3EA 1EO7A 1OINA 2WZEA 4Q22A 1VENA 4LPCA 4NSBA 5IXEA 1WCGA 2J25A 2VR4A 2VI0A 1W9BM 2O9RA 3MUAA 2CERA 4CD5A 3HMCA 1GQJA 4JKLA 2YL9A 1EA9C 3WD4A 5BXSA 5IFPA 3TTYA 1CWYA 4X0VA 4YHGA 2BHYA 2JE8A 3BAXA 1BG4A 3L2MA 1V0NA 2WCSA 4OBRA 2YA0A 4W84A 4AIEA 3TTOA 1PIFA 1E4LA 1UR4A 3CHFA 2XGBA 2JIWA 1B3ZA 3BMVA 3UR8A 2ZOXA 2PWFA 3WF0A 2QV4A 5A8NA 4MB4A 2BFGA 4J3SA 2ZUWA 2G41A 3QOKA 3WL1A 1FP9A 5C70A 4B3KA 4OBSA 2ZX6A 5BRQA 1G0CA 1NOFA 2CPUA 2WZHA 1V3KA 5A2AA 1CEOA 3CZLA 1DTUA 1HKKA 3WN6A 4UFIA 2ZUTA 3T2PA 1CTNA 2WWCA 1H11A 2J7DA 1LWJA 1E4IA 1EXPA 3NSNA 4YPJA 3ZJ7A 3TP4A 1MQRA 2XUCA 1H41A 5C8BB 2G8ZA 3VD4A 1FH8A 3SCOA 2C8NA 1E4NA 3WNPA 1VEOA 5D9NA 1FH7A 4W89A 3ALGA 3N04A 1VEMA 2CHOA 2DT3A 5FOOA 1KGXA 5A2CA 5FKYA 4NZCA 1HJUA 2IXVA 1UH4A 2BY3A 3DYPA 4U3AA 4PTXA 1XCWA 1LLOA 1GQKA 2VX4A 4QLLA 4CN4A 1W1VA 4ZE5A 3WELA 2X0YA 3K8LA 3K1DA 4F8XA 1K9DA 3G6LA 1HNYA 4D71A 3WD3A 4D6DA 1WB0A 4H8VA 3AYSA 4PTWA 2W62A 2QPUA 1AVAA 4JCLA 4ACZA 1FH9A 1H5VA 2VZOA 4GI9A 2E9MA 4L4OA 3FN9A 2GJXA 1PX8A 5I6SA 2D22A 3BGAA 1QHZA 1KR0A 2DSVA 2W4XA 1HKMA 3N18A 4IUGA 2BV9A 3WBEA 3L4XA 2G3IA 4BA0A 5LA2A 5A94A 3SEPA 3ZT7A 5AC4A 1UWQA 3VIJA 1HJXA 4ZFMA 5AYIA 1B31A 1VFOA 1BF2A 1QNPA 2WMFA 3VNZA 1J0JA 1FFRA 4AD2A 4CCDA 4XZBA 1E40A 4TVUA 3BCDA 5A6SA 3WH6A 1BHGA 1HJVA 3WD1A 1TVNA 2XM1A 3WFZA 1O6IA 5DT5A 4DWSC 4K68A 1BFNA 2VC9A 3AHYA 2WBGA 1GOOA 2YDSA 5LA0A 4TOQA 1U33A 3UCQA 1J9YA 3W25A 1I1WA 1W9DM 3ZR6A 4UQAA 1QI3A 3RO8A 4UFJA 3LMYA 3ZIZA 3CHDA 5DMYA 4TUFA 2J75A 1ISVA 4JL2A 1OGSA 2UY5A 3ARVA 5DO8A 1ITXA 1JDCA 2BY1A 4LYQA 4Q7NA 3N12A 3AIWA 3VOCA 1OBAA 3UG5A 4CUCA 1JYVA 4U33A 2WPGA 3FW6A 4E4PA 1V3IA 3VGEA 1GNXA 1DHKA 3WEMA 3VDHA 1V6YA 2PWDA 3WQWA 4ATDA 2CCRA 3PHAA 3PZQA 3U57A 1MW0A 1NP2A 1Q6DA 4J3WA 1WKYA 2VX5A 3GZAA 1EIBA 3E1F1 4WF7A 4ZXOA 4HP5A 1B30A 2B31A 2XSBA 4JHOA 3KL5A 1JZ5A 1PZ2A 3AHTA 4AZ7A 4H7VA 2ZX5A 4PCTA 4AMCA 1XH2A 1RPKA 3ARYA 4EKJA 4M24A 3ZO9A 4GQQA 5E09A 2VUYA 3W6MA 1HT6A 4AXNA 5ABFA 1JZ6A 3CBWA 4OIFA 2XM2A 4J3TA 4HPHA 2UY3A 3UG3A 2Q8XA 3K4DA 1GUVA 4L4PA 2XVLA 3AMLA 3MUY1 7A3HA 1MWOA 4CVWA 1TCMA 1ZJBA 1J0HA 3AIEA 1SR0A 3A4WA 2VTFA 4CN6A 3F5LA 2G3NA 4H41A 1BLIA 5A2BA 3KZSA 3AHXA 3ZM8A 1OGGA 4AZGA 5JIWA 1R86A 4GPNA 4TVDA 3ARXA 5AC5A 1WPCA 2VCBA 4PUEA 2NT1A 1E0XA 2GK1A 2CKRA 1XCXA 3MANA 5FIPA 1J0IA 1K6AA 2DSKA 3SUUA 1XSIA 3WFLA 3ZT5A 1UQZA 3T09A 4DM1A 1V3JA 1XYFA 1IV8A 3SCNA 2PI6A 1W1YA 1D3CA 1HIZA 3PZTA 1JYWA 2W67A 2ZUMA 1VBRA 3F5JA 4PN2A 3FHQA 3WQ8A 2C0HA 2BS9A 3CUHA 2WM0A 2J77A 1JDDA 3OLGA 1TA3B 1X6LA 4OZOA 1E43A 1UKTA 1M53A 2UY2A 4MNKA 3WDJA 1ISWA 3AHVA 1HKJA 2XVGA 2NSXA 2CESA 2FGZA 1E3XA 2VX7A 2OSYA 4ZEPA 4JL1A 5EBAA 3FY1A 1NWUA 1UG6A 2V3FA 5D9OA 1NWRA 1QBBA 3CHEA 3OGVA 4D6FA 4J3UA 5CJ5A 3L4WA 1QOXA 3QGVA 5A6BA 3T2OA 4IISA 2ZXQA 5A95A 1TR1A 1V3LA 4WKHA 4OJYA 2X8RA 3LPOA 2WNWA 3SCQA 4B16A 2ZX8A 4DM2A 4PEEA 1CGTA 4D1IA 1VAHA 1UR2A 4UOZA 3W53A 3GXFA 1BYBA 3AFBA 1UR9A 3WSUA 1MW1A 1HL9A 2E8ZA 1JL8A 4W8AA 3M07A 4GKLA 1QPKA 3EMQA 1H3GA 1XC6A 2WXDM 3EMCA 1VIWA 2PC8A 2CEQA 4PMZA 2ESCA 1MFVA 1W1PA 2QLYA 3O6AA 2VRJA 4UOQA 5BRPA 1W3JA 4CU7A 1J01A 2BVYA 1DWFM 5IDIA 1FHDA 3GH7A 4FK9A 3VINA 4JFSA 5A8MA 3ZJ8A 5I3DA 3RJXA 1US2A 2EBNA 2VCCA 4IM4A 2WMIA 4M82A 2VRQA 1B3YA 4TTUA 4CD8A 4B3LA 1XSKA 3W26A 3WUBA 3K8MA 3BSHA 2HVMA 4AD0A 2VT0A 4J27A 4TTGA 2YDRA 1NM9A 1W1TA 2D3LA 1Z32X 3WNOA 3OGRA 2XGIA 1VEPA 4XV0A 1Q4NX 1OWQA 1JIBA 2DT2A 2Z1KA 4S3KA 5CPQA 1HN1A 1C91A 4W7WA 3VILA 1A47A 2ZIDA 3OIHA 1XD1A 2BY0A 4WK9A 1E6SM 1KXQA 3SUWA 2EJ1A 3W38A 2VCAA 3QHMA 1CLVA 3AS2A 2YL5A 3AIUA 4HU8A 2BHZA 1OGBA 4H04A 2J7GA 1WDQA 1H09A 2ZXAA 4LYRA 1CXHA 3UERA 4W8LA 1WNOA 4Z2JA 1V3MA 2CYGA 4GZIA 1UZ4A 3WNNA 2WK2A 2VMFA 4P7NA 4HOWA 3QR3A 1V6WA 2ZXBA 1BPLB 3O9NA 1EOKA 3KEHA 4MJ4A 5M17A 3BC9A 2OSWA 3OA5A 3T0BA 5I23A 3QHNA 1XD0A 1JYNA 1BYDA 4LQ1A 2CBJA 4ZENA 3NIYA 2A3AA 2EXOA 3TOPA 4W7UA 2J7FA 1G9HA 4CGTA 4AD5A 3MMDA 1E0WA 4CCCA 2JALA 4WIWA 3VD5A 3K4AA 2VZSA 3IANA 4GO9A 1HJQA 1V02E 4X0NA 1W9XA 2DPEA 5BXRA 2A3HA 3W82A 1LL7A 2E0PA 2CIPA 4HA4A 1PBGA 2G3JA 1CXFA 3UR7A 1QHPA 4AZIA 3AZSA 2PWGA 2WC3A 2W61A 2F61A 4E8CA 2F2HA 4U2ZA 3VIHA 4U2YA 1CGXA 4J3VA 4B9ZA 1R87A 2VNCA 4J28A 3L4ZA 2J62A 1KB3A 2ZUUA 1UD6A 3L4UA 3MMUA 4PMYA 1NOWA 1SFSA 3UG4A 1O7AA 5D9PA 1C8YA 3VKKA 5ABEA 3T0AA 2D3NA 4U31A 3BXWA 1CLXA 2BVTA 5A6BD 2G3MA 3FHAA 1BSIA 5CSYA 1TG7A 4JIEA 4EANA 2WW5A 3AXHA 3K46A 3L4YA 2WANA 3ARPA 1J18A 3QHOA 2QPSA 3PZGA 3B9DA 5DFAA 3SCWA 1JNDA 3VGHA 1HVXA 3EDDA 4BF7A 3AMGA 7CGTA 1ISXA 2WAGA 3GYCA 3CUJA 1K9TA 1ECEA 1RD6A 2VR5A 3RDKA 1ITCA 3VIGA 3VO0A 2ZUVA 4KMQA 3VGBA 1U2YA 3WDHA 4C7GA 4ACZB 2WCGA 3ARTA 3OBAA 3NUKA 3VX0A 4JFWA 3PZOA 2GJXB 5A1AA 3W0KA 5FCZA 1CXIA 4BQ3A 1WO2A 1Q6FA 7TAAA 2MANA 4E8DA 1B9ZA 1HF6A 1EH9A 3BAWA 3OGSA 4P8WA 4PSPA 2A3BA 2JF6A 3EBVA 1XH0A 4TVCA 1DWIM 3GTNA 1Q6EA 1KXVA 3GNRA 2PBOA 2X2YA 1KBKA 2ZXDA 3WH5A 1XV8A 2E4TA 1PZ3A 4PMQA 3GXDA 2QMKA 2WHLA 3CO4A 4RE2A 4CD7A 3THCA 4ATLA 1JAKA 3KL0A 3MKKA 3GBDA 5E0FA 3VMPA 1VBUA 1GQLA 3B9EA 5DT7A 4YN5A 4GI8A 3CZKA 5JBDA 4CD4A 2X1IA 1I1XA 1GHRA 1BAGA 4Y7EA 3AJ7A 3N15A 3GM8A 4EK7A 2J79A 4JCMA 2XPKA 5JBFA 2WC7A 1UH3A 3BMWA 1B90A 2TAAA 1UA7A 2DT1A 1CGWA 4LX4A 1KQYA 3IAPA 2XIIA 3NYDA 4RL3A 1PX4A 4PMXA 1ESWA 3ZJKA 3OZOA 2GSJA 4GIAA 4W5UA 5I2UA 4JAWA 1GOMA 1GCYA 2JF7A 1MW2A 1PX3A 3T0DA 4MPKA 1E6RA 4RE4A 3RM4A 1VRXA 2YL6A 4YHEA 1XRVA 3II1A 2YKKA 1UA3A 2DEPA 2WBKA 2XJ7A 1UOKA 1H49A 3PZIA 1G1YA 5DF0A 3VIFA 4UQDA 4FLSA 1QI0A 3BLKA 2PBGA 5CGMA 3AS1A 3D5HA 1BQCA 2J7HA 3SCPA 3BCFA 4HZ6A 4V27A 2QMJA 2VURA 3SCTA 4KWUA 4AZCA 2DIEA 2WHJA 1UKOA 4WSKA 4MDOA 4PTMA 5FL1A 2OLHA 1V6UA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5JIP A;  4HOZ A;  2PWE A;  3EDF A;  2YJQ A;  3CUG A;  1F4H A;  4XB3 A;  4AC1 X;  3WQ6 A;  1ODZ A;  1CXK A;  3AIB A;  2GDU A;  3T08 A;  4LGX A;  2XSA A;  3MS8 A;  5HOS A;  4UFH A;  4D6C A;  1LG2 A;  3S6T A;  1VJS A;  1E0V A;  3I3D A;  5A3H A;  2XYL A;  1JXK A;  2WMI B;  3GXI A;  3N17 A;  1CEC A;  2VZV A;  5I77 A;  2WMH A;  1R8L A;  3A47 A;  5DEZ A;  1DWA M;  1QW8 A;  4AD3 A;  3PZV A;  3IK2 A;  3CLW A;  4A4A A;  3POC A;  3VMO A;  2WVV A;  5BRO A;  5M03 A;  8A3H A;  1FA2 A;  3MV1 1;  3WEZ A;  4H8U A;  2ZX7 A;  2XWE A;  2GVY A;  1OD8 A;  1V08 A;  3ARQ A;  2YA1 A;  2V5D A;  4X9Y A;  3K8K A;  2XVP A;  4WKF A;  1IT0 A;  1JYX A;  4AIU A;  3SUR A;  1E5N A;  2F8Q A;  2FHC A;  1B3X A;  4AD4 A;  1KBB A;  1TA3 A;  1RH9 A;  4AYS A;  5A6M A;  1AQM A;  3OLD A;  3AMC A;  5HBF A;  1V02 A;  1OM0 A;  3OZP A;  3WMS A;  2J7C A;  3WDP P;  4P7Q A;  4BS0 A;  3G6M A;  1DWG M;  2WMK A;  4GQR A;  1JXJ A;  2VQT A;  1S46 A;  3ZMR A;  4UOJ A;  2VRK A;  4JFT A;  1EHN A;  3OG2 A;  3ARW A;  1CIU A;  3WMB A;  4AZB A;  1PIG A;  4PMN A;  1JF5 A;  2V5C A;  4HZ8 A;  1OT1 A;  1PPI A;  3FXY A;  3PN8 A;  4DUV A;  4AD1 A;  6CGT A;  3VTR A;  1E73 M;  5A6L A;  2ZE0 A;  3VM5 A;  1EDG A;  3ZSS A;  1AQH A;  1PEZ A;  3DC0 A;  3IJ9 A;  4GXP A;  1ZL1 A;  4M8U A;  1V03 A;  1JD9 A;  3BAJ A;  5EFF A;  1HP5 A;  3GBE A;  1J0Z A;  2BXZ A;  2CIT A;  5BWF A;  5A6A A;  1OSE A;  4HTY A;  1GW1 A;  1WZL A;  3MUI A;  5CGT A;  4M81 A;  3VII A;  1BYA A;  4P8X A;  4AZH A;  5GNY A;  1C3F A;  4CU8 A;  1UWU A;  2W66 A;  3WD2 A;  3TON A;  1JZ3 A;  1V3H A;  2HIS A;  4GI6 A;  4PSR A;  2QHA A;  4EE9 A;  1J11 A;  1JI2 A;  4JFV A;  1TE1 A;  1GOW A;  4A3Y A;  1VF8 A;  1G01 A;  4PUD A;  1OCQ A;  3WDI A;  4XX6 A;  1M01 A;  4IPN B;  1EHA A;  3CZJ A;  3WDQ A;  3PTM A;  2EPL X;  3RIL A;  3SUV A;  1WAW A;  4MB1 A;  1DED A;  1BGG A;  3AIR A;  4WSJ A;  3CZ8 A;  3B8S A;  1W2V A;  1JG9 A;  1NWS A;  3B9A A;  5HNN A;  6TAA A;  3ARO A;  2EPK X;  3VD7 A;  3ARU A;  1WDS A;  1GOI A;  2YL8 A;  3CIV A;  4W85 A;  4M29 A;  5D4Y A;  1KGW A;  3WH9 A;  1WDR A;  3EYP A;  3EMZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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