3VPZA

Crystal structure of glucokinase from antarctic psychrotroph at 1.69a
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
322
structure length
322
Chain Sequence
QFDPILVADIGGTNARFALITAFDAAKNEFVIEYNHTFPSADFGSLQNATRHYLSTVPHIKPVRACLAVAGPIKAGQVHLTNLGWHFSVSEFKQAFSFLQLEVINDFAAFAYAAPYLDSNQNVVIKAGQADENSNIAVMGPGTGFGAACLVRTAQSSAVLSSEGGHISLAAVTDLDAKLLIELRKEHPHVSLETVFSGPGIAHLYKAMAAVNGITAKHLDAAQISNLANTGECEVCDATLNQFCDWLGSAAGDLALAYGALGGLFIGGGILPRMQSRLLESRFVERFSQKGIMSQYNGQVPVTLVTQDNIPLIGAAACLHNS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Glucokinase
publication title Crystal structure of glucokinase from Antarctic psychrotroph at 1.69A
rcsb
source organism Pseudoalteromonas
total genus 103
structure length 322
sequence length 322
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2012-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02685 Glucokinase Glucokinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3vpzA01
3.40.367.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Hexokinase; domain 1 Hexokinase; domain 1 3vpzA02
4JD2B 2CH5A 3EN9A 4BR2A 4EAHD 3LM2A 4CD1A 4IO8A 2QWMA 1V4TA 1MWMA 2E2PA 2P9NB 1KXPA 5AQWA 1NGBA 3VF4A 3D2EA 4BRIA 4BGBA 1WOQA 3SJHA 2CH6A 2QWOA 4CBUA 4CI6A 4FWLA 2GWKA 4AM6A 4BRCA 4B1XB 1BU6O 4WQ4A 4CBWA 4FWQA 1OKJA 3JXUA 4FL9A 2FXUA 2H3GX 5AFUA 5LJWA 3D2FA 4PKIA 3H1VX 5AQQA 3ENOA 1U2VB 3LM9A 1ESVA 2QWNA 3HBTA 4CZJA 4FPBA 4FWKA 4B1ZA 3WT0A 4YDUC 2I7NA 5AQTA 2WUSA 3WEEA 2QM1A 3BF1A 1H1VA 4JN4A 1MWKA 2EWSA 3WXIA 4BVPA 4JD2A 1IG8A 1DEJA 4JAXA 4H0XB 1HX1A 3JS6A 4EHTA 2VCPA 4LC9B 1BDGA 1BO5O 2YHWA 2QWLA 3M1FA 4BRNA 2YHYA 3VENA 2E88A 1NBWA 2P9KA 2P9NA 3FZHA 4BRDA 4H03B 3DAWA 4NB4A 1NGJA 5AQUA 4H0VB 4M7YA 2NZTA 1SQKA 4K43A 4BREA 3VEXA 4BR9A 3SK3A 1J6ZA 1K8KB 4BQLA 3VETA 5BPMA 3L6QA 1S3XA 4QS7A 3ZX0A 3FGUA 2QW9A 5EVZA 1GLFO 1U2VA 2Q0UA 1Q18A 5E84A 4B1VA 3WXLA 1XUPO 4BG8A 1KAZA 3LDLA 4NO7A 1JCEA 1MDUB 3A8YA 3QICA 3O5BA 3MN5A 3U4LA 1JCFA 4BRKA 1HKBA 4EIAA 4IJNA 4A2AA 4FPAA 3U9ZA 2F9TA 5KQ8A 5TKYA 3CJ9A 2V7YA 1T6CA 1S22A 2YHXA 1YVNA 3IFRA 4XH1A 4BRQA 4K25A 3VGKA 1QHAA 3H3OB 1HLUA 4BVOA 2FF3B 4ISFA 4WQ5C 3AY9A 3D7EO 5AQGA 1T6DA 3D2EB 2HF4A 3CI5A 4FOEA 1LCUA 2E2NA 3KZBA 5JLFA 1NWKA 5JICA 3FZFA 1TYQA 1C0GA 4O5FA 1K8KA 2DPNA 5AQYA 1HJOA 2AA4A 2V7ZA 4IXCA 3D2FB 4CZGA 3ZEUA 4A61A 4BR4A 2OANA 3RSEA 2F9WA 4B9QA 4BRFA 3GBTA 4BQZA 2ASOA 3EZWA 5AQMA 3O08A 2ZGZA 2W41A 3WEEB 4WQ5A 4BC2A 2P9SA 3ZX2A 3KVGA 1G99A 5AFUH 5BRHA 3CJ1A 4QS8A 2E1ZA 4A62A 1XC3A 3EO3A 2GWJA 1WUAA 3LDPA 3R8EA 5EXWA 5KPZA 4BC3A 3CJAA 3UB5A 4CZEA 4K42A 3CIPA 4EHUA 2CGLA 2P9LA 4HWIA 3MCPA 5JLHA 5AR0A 3AAPA 1NGCA 2Q0RA 3WXJA 3VEZA 2P9KB 4E1JA 2QWPA 4MO5A 3BP8A 2ITMA 5BN9A 1HKGA 2A5XA 3FLCO 3IMXA 1GLCG 4Y0WA 4EFHA 2ZWHA 4CD3A 3L4IA 4BRPA 3FZLA 3H6EA 4BRMA 1YAGA 4DQ8A 2D1KA 5F2RA 2CGJA 5FPEA 3DWLA 4H5RA 3SMPA 2I7PA 3HZ6A 1X9JA 2J4RA 2D4WA 3GOIA 5AQLA 3U9DA 3UKUA 2BTFA 1GLLO 1Z6RA 2IVNA 2E2QA 1U6ZA 1NGAA 5I9EB 1KAYA 3I8BA 2Q2RA 3BUZB 2P9IA 2HOEA 3C0BA 3ENHA 4CZFA 1SAZA 2FF6A 3O1BA 4CZHA 2GEMA 3LDOA 4MO4A 2ZGYA 2NLXA 2PAVA 5EOYA 3VEWA 3WQUA 4K41A 1NGHA 4FSVA 2V51B 3ATUA 2VWBA 4CZIA 4DCHA 4BR7A 4H5WA 5BRDA 5B8HA 3HM8A 1Y64A 5FPNA 3G25A 3H46O 3HI0A 5AQSA 3F9MA 4BR0A 4YDUA 3CETA 4I6MA 2IIRA 3FZKA 3FZMA 4DHYA 2E20A 3ID8A 1ATNA 1TYQB 2VYPA 4IWVA 3DXKA 2ASMA 4CZMA 2NRHA 1XQSC 1NGDA 1EQYA 3IDHA 3ZEUB 1ATSA 5AQJA 4ISGA 3R9PA 4PL7A 3H1QA 3RSEB 3VEVA 1HKCA 4J8FA 4B1UB 4C23A 3A5MC 4FO0A 2E8AA 4FWPA 3FE1A 1YUWA 4DB3A 2P9SB 5AQVA 2Q97A 4HTLA 3CHWA 5ADXA 4PKHA 2HF3A 3C7NA 4JNEA 3FR0A 1BA1A 1BWFO 1QQMA 3GL1A 3QFUA 4XH4A 2GELA 1R59O 2GTDA 4ISEA 2QXLA 3P4IA 2P9LB 5AQOA 2AP1A 3MN9A 3TPQA 3ULEA 4H5NA 3VOVA 3MN7A 1NGEA 3BF3A 3FFKB 4M63C 3I33A 3VERA 4BRLA 3GDQA 3ATVA 4BRGA 3O6WA 1NLVA 3UKUB 3EKSA 1GLAG 4B1WB 3H3NO 1ZXOA 5AZJB 2P9UA 1NM1A 1ATRA 1NGIA 1QZ5A 4H5TA 1KAXA 4O8KA 3VEOA 1BA0A 3WUHA 2BUPA 4RCHA 2P9IB 2HMPA 1V4SA 3UKRA 3DJCA 1GLJO 1NGFA 2PBDA 3VEYA 5KPTA 2YJFA 4CJ7A 1SZ2A 3LDNA 1ZBSA 3VF6A 4BC5A 2FSJA 3WQTA 2A6AA 2FSKA 4FOIA 3S41A 5LY3A 4F9OA 1DGKN 1TUUA 4MLHA 2E1YA 5AQZA 5LJVA 2QWQA 4BRAA 5AQRA 3MK6A 5BPLA 3AAQA 4L3QA 3ZETA 1NMDA 3QBXA 3ZX3A 1DKGD 1Z05A 5KPRA 4I6MB 2P9PA 3CQXA 4CBXA 1RDWX 4BR5A 5AQHA 3CERA 1MA9B 4H0TB 4BG9A 4MLEA 2YJEA 3DXMB 4KBOA 3QMLA 3DXKB 1BUPA 5E26A 2Q1NA 5AZJA 5CE3A 4BC4A 2E2OA 3QDKA 5KQDA 1GLBG 4CZKA 3R6MA 3U8XA 5AQKA 5AQPA 3VGLA 3OHRA 1HUXA 2D0OA 4FWRA 4IZ9A 3GE1A 4AM7A 4QS9A 3EL2A 1ZC6A 3C7NB 4GNIA 4XH5A 5AQNA 1LOTB 4JHDB 2QWRA 2A41A 5BREA 1D4XA 5EX5A 3M6GA 1E4FT 3VPZA 2A3ZA 3ULEB 5ADXH 3A0IX 3J8AA 5FPDA 3HTVA 2D0PA 1HPMA 2A42A 3QFPA 4FWMA 3EKUA 1C0FA 3A5OC 4BGAA 4BROA 1TUYA 1YXQA 2Q36A 5AZIB 3DXMA 3UE5A 5ELZA 3H45C 5F1XA 1QQNA 5EY4A 3QB0A 3AARA 1BG3A 3O4WA 2P9UB 3WXKA 2YCHA 4PKGA 3VESA 5F0XA 3SMSA 3IUCA 3W0LA 4CZLA 3MDQA 3UKRB 3GG4A 2FLOA 4WYBA 2ZF5O 5BRFA 4A2BA 2IVOA 1P8ZA 2A40A 2FSNA 2CGKA 4M7XA 3A5LC 3BEXA 4JHDA 3O8MA 2IVPA 3TU5A 3M3ZA 2Q31A 1CZAN 3CJCA 1GLDG 3MMVA 3ZETB 3VF2A 4GY2B 2YI1A 4H0YB 5AQXA 2P9PB 4XEIA 4RWTA 3QBWA 4H0OA 5AZIA 4FWNA 4H5VA 3VGMA 4FWSA 4RTFD 1BOTO 3O1WA 1RFQA 2V52B 1QZ6A 1RGIA 3MN6A 3KHYA 3B8AX 4IJAA 1QQOA 1X3NA 3CJBA 5BPNA 5BN8A 3LDQA 4B1YB 2UYTA 3CQYA 3CJ7A 1T44A 2W40A 2KHOA 3L0QA 4Z94A 1JCGA 4H0PA 3SLCA 4BRHA 5AQFA 1X3MA 1GLEG 3W3DA 5JMVA 3HSCA 5BR9A 3LL3A 4FWOA 1E4GT 2GUPA 4PL8A 1IJJA 5AQIA 3O80A 1NGGA 5FPMA 2ASPA 4WQ4C 3A5NC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YNGA 2HB5A 3VTIA 3NH0A 5KGWA 3SAGA 4IO8A 1JLFA 4CF0A 3OYIA 4AHVA 3HRGA 1QE1A 1HRHA 5AQWA 3ENBA 1RILA 4BGBA 4FVMA 4CCHA 2OCEA 2YX6A 1U47A 4BRCA 4AM6A 4FJIA 3O9QA 4CBWA 4DTJA 4DS5A 1OKJA 4FL9A 1NU0A 4X64K 4DQRA 3LP0A 5AQQA 3WNGA 1S9GA 3HBTA 4FPBA 1ILYA 4FWKA 3WT0A 1T05A 3QINA 4CFCA 4B3TK 1UA1A 4CHPA 4H0XB 4DLEA 1HX1A 4JI2K 3ASMA 2VCPA 1RDBA 4CFDA 2QWLA 3LALA 1M1KO 3IRXA 4AILC 3LZIA 2P9KA 2P9NA 1BIUA 4RW7A 3NDKA 4M7YA 1RDDA 3LP3A 1SQKA 3JYTA 2UXBK 3CCJN 4C8MA 3CQ8A 1S3XA 2DY4A 1L3VA 1GLFO 1OVQA 1REVA 4KHPK 1Q82O 3VQDA 1VQ6N 3DRRA 1XUPO 3TAQA 4FLYA 4H4OA 1MDUB 3QICA 3O5BA 4NLBA 4EIAA 4J2EA 1BL3A 4M42A 2ZE2A 4DV4K 5JS1A 4CJKA 4FK0A 5KQ8A 4IO9L 1NK4A 3AVHA 2KFNA 3VQ9A 4FJHA 4ISFA 4WQ5C 4O44A 2YNHA 3P39A 1LCUA 2E2NA 1BCOA 2FC0A 5JICA 3FZFA 5J2QA 4CJPA 4O5FA 1QSLA 1YF5L 2DPNA 4DTXA 1HJOA 4IXCA 3D2FB 3KWIA 1L3UA 1JJ2M 4LFBK 4M3XA 3K9KA 3OVNA 2F9WA 4PA1A 1TKTA 4BQZA 3U3GA 3I0SA 4YORA 2ZGZA 1X9MA 3WEEB 2X78A 2P9SA 4DV7K 1XNRK 4UY8O 3PX0A 4LH4A 3RMBA 3CCMN 1QTMA 1JLAA 4JKEA 4W5RA 3V9WA 4BC3A 3CJAA 5JVGL 3AO1A 4W5TA 3CIPA 4EHUA 4AQYK 2GBZA 1C0UA 2P51A 2Q0RA 3WXJA 4FXDA 2ITMA 3DLEA 4HCCA 3TTCA 4CD3A 1NNEA 4BRMA 4IEIA 3VA0A 4DQ8A 1JLQA 2D1KA 5F2RA 2I7PA 3HZ6A 3OYHA 1X9JA 2J4RA 3DLRA 2D4WA 2QA4N 3GOIA 1HQEA 5AQLA 4NXNK 1GLLO 4N47A 2IVNA 4F8RA 4O55A 4Q0BA 3I8BA 4A57A 4MFBA 1XWLA 4CGFA 4DMNA 3ENHA 1NJIO 4CZFA 3NGYA 3LDOA 4MO4A 1TKXA 2ZGYA 3TWHA 3NF8A 1VSFA 1RT3A 2F96A 2XY6A 4CFAA 4OPHA 3ATUA 5DM6L 2VWBA 4CZIA 3DLGA 4BR7A 5BRDA 1Y64A 2D0BA 4PHTX 5AQSA 4CGGA 1BI4A 3CETA 4I6MA 2IIRA 1VSMA 1SUQA 4DHYA 5HOOA 2E20A 4CEDA 1D9DA 3F73A 1TYQB 3DXKA 3HT3A 3AO2A 4X66K 3IDHA 1C0TA 3R1XA 3RSEB 3P5JA 4DF8A 3HL8A 4J8FA 2E8AA 3FE1A 5GINA 4CW7B 1U48A 1A5XA 5AQVA 3O9TA 4CIFA 1BQMA 3THVA 2HF3A 3UIQA 2BDPA 1DLOA 3RRHA 2GELA 1R0AA 2HBMA 3SBGA 2P9LB 5AQOA 1E3MA 2W6LA 3P38A 3KK1A 3MN9A 3TPQA 4IFEA 3NH1A 4FJMA 2XHBA 4M63C 3VERA 2RPIA 4KH5A 3MEDA 3TARA 4B8AB 3MEGA 4BWJA 3O6WA 5GAHP 4NLCA 1VSLA 3QNOA 3H3NO 4JS4A 1IKYA 5AZJB 4ILJA 3O3GA 1SKSA 4X65K 1NKBA 3C6AA 3VEOA 1XC9A 1VQNN 1SKRA 2HMPA 1V4SA 3ZSRA 3CXCM 3MXIA 4IFVA 1XMOK 2YJFA 1SZ2A 2HHHK 3IKMA 3L2WA 4FOIA 4DS4A 3S41A 4PQUA 1QVGM 4C1NI 4BRAA 5AQRA 2KTQA 2O8CA 2O8DA 4L3QA 3ZETA 5KPRA 3MXMA 3MWTA 4H0TB 1N33K 2O4IA 4LF7K 3JAMO 5HRPA 4IKFA 5E26A 1B9FA 2Q1NA 3VQPA 4DUYK 2HHSA 3QO9A 1KLMA 2E2OA 4E0DA 1J5OA 1K8AO 4CZKA 1NJXA 3F2KA 3EE9A 3KLFA 2O8EA 3VGLA 3NF7A 3VN5A 4QS9A 1BCMA 1RBSA 1WSHA 4GNIA 2ITGA 1LOTB 4E1NA 1UA0A 1YI2N 5CZ1A 3SUNA 1WSFA 4NYNA 4FK4A 4HUFA 4R5PA 2VWKA 3HTVA 2A42A 2NRWA 4ZTJA 4KKOA 3G4SN 3CM6A 4L8RB 1VQ8N 4BGAA 1NKEA 1TUYA 3THXA 3CD6N 5KRSA 3DXMA 4WFNL 1GOCA 1QQNA 4KI4A 2G8WA 3F5TA 4W5OA 4X62K 4DV2K 4A5AA 4MDAA 2YCHA 4FM2A 4CEBA 4CZLA 4JI8K 4Z4GA 4C1NK 5C0YA 3GG4A 2G8VA 4E7JA 2X6SA 1TK5A 1KRPA 3RR7A 4CJUA 1QSYA 4CJEA 2UUAK 3MECA 5DK5A 4CJFA 4BE0A 4R79A 4OJRA 2IGIA 4O8UA 1IBMK 3THYA 3PO4A 4CIEA 2YI1A 4H0YB 3E1YA 4V19S 3CG7A 4JKFA 3V9UA 1SL1A 3QBWA 4H0OA 2DFEA 5AZIA 3AVIA 3TTFA 4H5VA 2DFHA 4OPAA 3VGMA 1RTHA 3O9RA 1RFQA 2V52B 4FJ9A 4DTNA 3RWUA 3KHYA 3IAYA 4K8ZA 3I55N 4DQPA 4DSEA 3AVMA 2UYTA 1JLBA 3CQYA 1JL2A 4LF8K 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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