3VQ5A

Hiv-1 in core domain in complex with n-methyl-1-(4-methyl-2-phenyl-1,3-thiazol-5-yl)methanamine
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
151
structure length
133
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords POL polyprotein
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 48
structure length 133
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq5A00
5C24A 2IAJA 3V9XA 2B5JA 1DTTA 3SUPA 1LAWA 3TANA 3VQ4A 3NH2A 1NJYA 4CJ4A 3ZSVA 1FKPA 2HW3A 3HPGA 4M45A 1KVBA 3AO1A 1HYZA 4JRQA 1TV6A 4DTSA 4DSEA 4RW7A 1QHTA 2HHSA 4KHUA 2P5GA 1S9EA 5KI6A 1XHXA 5FRNA 2ATQA 3PUFA 4CFAA 4DSKA 3V1QA 1RT1A 1WLJA 2DFFA 4DQRA 1EETA 3TWHA 1CLQA 1U4BA 1D9DA 4CF9A 2DTUA 1J9AA 4I2QA 3HT3A 3QEWA 5T7BA 4CERA 4DTRA 1RTHA 3MEEA 4FLUA 4DF8A 3OS2A 1KFDA 2XY7A 3NFAA 2OA8A 2DY4A 1WSFA 3ZT2A 2YHAA 3L3UA 3ZT0A 4DFPA 4C8LA 3K5NA 3C94A 4KB1A 1A5VA 1TL1A 3ZSYA 3NE6A 2RF2A 3VQEA 3WNHA 4FCYA 1WN7A 3SCXA 4N47A 1TAQA 4B3OA 2Y1IA 3MEGA 2OPPA 3HL8A 1HPZA 4CJKA 3AVFA 3KKSA 1F21A 4LSNA 3BGRA 3VQ7A 4AHVA 3QEXA 3TARA 3VA3A 2OPRA 3HVTA 1QSSA 3DLBA 4BDZA 3KLGA 1QTMA 4J2EA 2Z1JA 2O4GA 3NGYA 1VSMA 2JLEA 2RPIA 1RT2A 2RN2A 3M8RA 3L2VA 1RDDA 2HHQA 1LWCA 3E01A 2VWJA 1CZ9A 4LH5A 2PZSA 1SV5A 3OS0A 3JSMA 3CQ8A 3RRGA 1VSFA 1S5JA 1REVA 1VSLA 3MEDA 4M42A 1TKTA 1SKWA 4DLGA 1S6QA 3HYFA 1JKHA 5HRPA 3TAEA 3LP3A 1VSEA 3SQ4A 3SQ1A 1UA0A 1ITGA 3DMJA 1T7PA 5D3GA 2G8WA 1TKDA 2Z1HA 2IGIA 2KZMA 4Z4HA 4CIGA 1S1VA 2VG6A 3ISNC 3AO3A 4BWMA 1ZYQA 1JLBA 1ASVA 4DF4A 2KFZA 3KTQA 4FZZA 2FBVA 4QAGA 4FJLA 4O5BA 3QETA 1RBUA 3OYGA 1D5AA 4DTNA 1HRHA 3U3GA 1GOCA 1Z25A 3NF6A 4PUOA 2D0BA 3P5JA 4JS4A 2HNDA 1NOZA 1ZBHA 4CEAA 3HP9A 4YNQA 3MAQA 3NDKA 3MXMA 5SZTA 1GOAA 1K6YA 5J2PA 1CXQA 2XRIA 3AA2A 3HPOA 3U6FA 5FROA 4FK2A 1WSGA 4CGIA 3O4NA 3DLHA 4KREA 3C6UA 4M3YA 4OLBA 1ZBUA 1BISA 3KLIA 4RW8A 4FJ5A 1HQUA 4OKJA 3LPTA 4IFVA 2HHXA 3NCIA 4NCAA 4IBNA 3SYZA 2G8VA 4FJ8A 4DQSA 4F8RA 3D45A 4KHNA 3VQQA 4E0DA 4E7JA 3TAMA 1QE1A 3PO5A 4DU3A 1WSJA 1JL1A 1Q8IA 1VSHA 1JLFA 4B8AB 2FBXA 4FJJA 3ZT4A 4CEOA 1EXQA 4I9QA 2AJQA 3OYLA 4FVMA 4C8OA 4FYDA 1BI4A 4LH4A 3AVNA 1BGXT 2E6MA 4CJ5A 3LANA 4W5RA 3K59A 3V9WA 2G8HA 3KD1E 3AVIA 3SJJA 4F4KA 1EP4A 4PWDA 5KGWA 1L3SA 1RT6A 4BWJA 3DYAA 5I3UA 4CJTA 2WOMA 3PX0A 4HVJA 2F8SA 2KFNA 1RBRA 3TR8A 1NK7A 1ASUA 1HYVA 4CEQA 4CJQA 1DLOA 4CFBA 1D8YA 4M41A 1TGOA 1N6QA 4KB0A 4DLEA 3VQAA 4IFYA 4FK4A 3U3YA 4HCBA 4DS4A 1RBTA 3OYIA 2KQ2A 5FRMA 5KRTA 2NUBA 3KK2A 4EZ6A 2OZSA 3SUOA 4DFKA 2D5RA 4E7KA 2BE2A 1C6VA 2HHUA 1G15A 1I3AA 4AHUA 4B9TA 1KRPA 1TAUA 4DG1A 4IKFA 2O4IA 3LWLA 3SUNA 3TI0A 3QEIA 1U49A 4ELTA 3V81A 5HRNA 3AV9A 1LW0A 2I5JA 3F9KA 4FJKA 2FBYA 4KRFA 3PX4A 3A2FA 4CF1A 5C42A 1Y97A 4CK1A 1J53A 3DOKA 4KHSA 4KFBA 2D0AA 4EP5A 4OPKA 4CECA 4CJFA 3ZSQA 3L2UA 3SI6A 3TAPA 4N56A 1RDBA 4CHNA 1XI1A 3DOLA 5HLFA 2YNGA 2RKIA 4E7LA 4CJEA 4O0IA 4RW9A 3LALA 3VQPA 2ITGA 3CG7A 4KHYA 1HQEA 3OYEA 1W0HA 1BHLA 1SL0A 3B6PA 4CK2A 1RTJA 1LWFA 3PO4A 3HXMA 2HNYA 4NCGA 1L5UA 3OYKA 4B9NA 3PY8A 1O1WA 3RR8A 4CEFA 3I8DA 4CGGA 3QO9A 1VSKA 4XIUA 3K57A 4N76A 4C8NA 1BQMA 3G10A 4FZYA 2VG5A 4KPYA 4CJVA 3HO1A 4HTUA 4ID5A 3PV8A 3SPYA 5FDLA 4I2PA 4C8MA 4DS5A 1S9GA 4KHQA 2XO7A 2GUIA 4CF0A 5K14A 1FKOA 1KFSA 4FLVA 1U47A 3DLEA 1JXBA 4NCBA 4FJHA 3NH0A 3QERA 3VA0A 3DRSA 1VK0A 4B9MA 2LSNA 4DTXA 4F2SA 3OYAA 4DSJA 3HK2A 4WE1A 4KTZA 1RBSA 4B8CA 3OYCA 1SKRA 3VQCA 4CIFA 2A1SA 1HJRA 3SV3A 4FK0A 1IKWA 3AA4A 3AVLA 2IDOA 3EY1A 3O3GA 4E7IA 4LSLA 1TKXA 4CEZA 3T3FA 1BL3A 1RT3A 3K5LA 4FJXA 1YT3A 4AHSA 1UAXA 5CZ2A 3NAEA 4Y1CA 3V9SA 2QXFA 3QIPA 3OYMA 4KAZA 3FFIA 2BDPA 4CJWA 3KIOA 1B92A 3NF8A 3M8SA 1IO2A 2BANA 1DTQA 5EU7A 3CYMA 1IKXA 5JS2A 3LZJA 4PQUA 2X6NA 3NF7A 1SUQA 1B9DA 1RBVA 3OJUA 5CZ1A 3ZSZA 4Z4GA 1S1XA 2YNIA 3NHGA 1TVRA 1QS4A 3LP1A 2QKKA 4K8XA 4JRPA 1QSLA 3WNFA 2Q3SA 3VQ5A 3LAKA 4H4OA 4CHOA 4N5SA 1B9FA 4MQ3A 4RW6A 1VRTA 4DU1A 4CESA 1XWLA 4E1MA 1BIUA 3AO2A 2XY6A 1NK4A 1X9SA 1NKEA 4Q5VA 4F2RA 2G8KA 1MU2A 1KLMA 5J2QA 3DLRA 1VSDA 1J54A 2P5OA 4K8ZA 3H08A 3QLHA 3ZSWA 4CJUA 4E1NA 3DM2A 1S1WA 1S6PA 4KTWA 5KRSA 4R5PA 4E7HA 5HP1A 2G8UA 1JL2A 3L2QA 1NK6A 4OGCA 3AVBA 4H4MA 4ZHRA 3SQ2A 3KJVA 3RTVA 1C1CA 4OGEA 1LV5A 2YV0X 4CF8A 1WAFA 3V1RA 4FZXC 1FXXA 1KVAA 1HNIA 4AILC 4JLHA 2JGUA 1SL1A 1ZBFA 2HB5A 1UOCA 3G0ZA 4DSFA 4Q0BA 1TL3A 3JYTA 3NGIA 1RT4A 4FW1A 3OYFA 4IG0A 2XY5A 3AVJA 4CGFA 4OVLA 3QNNA 3QNOA 4CHPA 2DFEA 1YTUA 1RNHA 3DRRA 3AO4A 1J5OA 2OPQA 1BQNA 1TKZA 3MXJA 4M3RA 1R0AA 3RWUA 2E6LA 3RMAA 3LWMA 1BCMA 1ZBIA 3OY9A 3KKRA 1S1UA 1C1BA 1KSPA 2KTQA 4FM2A 1S1TA 4MFBA 3ZT1A 2XHBA 1JLEA 3OYNA 3T19A 2PY5A 3KD5E 1HYSA 4DFJA 3TAGA 4H8KA 3AVGA 2R7YA 3OS1A 1C0UA 3IRXA 4F3OA 4FXDA 3DRPA 4Z4FA 1IKVA 2FC0A 1WSHA 1UA1A 3IS9A 5HRRA 3DI6A 1TK0A 4IDKA 1U45A 4E19A 1NK8A 2HHVA 2E4LA 2ZE2A 4B9LA 1C0TA 4HUGA 4LD0A 3HM9A 4BACA 4ELVA 4W5NA 4KO0A 3CM6A 4DQIA 3AVHA 4NYNA 4J2DA 2OPSA 3AVAA 2W42A 1NKCA 3TAQA 2XY8A 3BDPA 1QQCA 3WNGA 1JLCA 2F96A 1KLNA 4B9UA 3ZSRA 2WONA 3LP2A 4FM1A 3KLEA 2HVIA 2EHGA 4PY5A 4O0JA 4Z0UA 4O4GA 2G8IA 4QOZB 1BI4B 3DLGA 2IC3A 1W9HA 3I0SA 4LY7A 4CEEA 4CF2A 3SV4A 4DTPA 1SL2A 3MXIA 1L3VA 1IG9A 4Z4CA 4Y1DA 4AH9A 1SKSA 4I9LA 3ZSXA 3HSTB 4KTQA 4CCHA 2G8FA 4BE0A 4L8RB 3SPZA 3SUQA 1N5YA 4KI4A 1XC9A 2QKBA 3SZ2A 4FJIA 1T8EA 1VSJA 1WSEA 5E41A 3RMCA 2P1JA 4TSXA 1RCHA 4HUEA 4O44A 4DQQA 3S9HA 2VWKA 1IKYA 1NK0A 4CJLA 4EP4A 1HNVA 1A5WA 1HMVA 3VQDA 1WNSA 3P83D 3HPHA 4M3XA 1XHZA 1LWEA 5I42A 4B9VA 4G1QA 3LPUA 2PYJA 4W5QA 2HVHA 1RILA 4Z4IA 3M8PA 4DSIA 4CGJA 4CHYA 1T03A 3EZ5A 4BE1A 1EKEA 2IOCA 3ALYA 3KLFA 4RW4A 2VG7A 1KVCA 2X78A 3ZSOA 4AHCA 2GBZA 1BIZA 4CEBA 1JLAA 3CFRA 3OYHA 2P51A 1Q9XA 2KW4A 4OLAA 3KLHA 3RRHA 3NGZA 1IH7A 4FW2A 1RTIA 4CJSA 3V9UA 3K5OA 1VSIA 4OKEA 3VQ6A 4FLZA 1NK9A 1UWBA 3KK1A 3S3NA 2DFHA 3NH1A 3QEVA 5CYQA 4AHTA 1RDAA 4ELUA 3SQ0A 2HHTA 1EX4A 1A5XA 3QINA 5KGXA 4ZTFA 4N41A 1NKBA 1JLQA 3I0RA 1KTQA 3NF9A 5JS1A 5J1EA 2FBTA 3CFOA 3V9ZA 5HROA 4DTJA 3SNNA 4EZ9A 4CFDA 4DWIA 4DQPA 4BDPA 3VQ9A 4DFMA 3UIQA 1JLGA 4ICLA 4DMNA 3LZIA 3THVA 1Z26A 3OJSA 2IS3A 3AVKA 2B6AA 2Y1JA 4CJ3A 3IAYA 4QCLA 3O4QA 4FLXA 2HHWA 4DSLA 1RDCA 1U04A 2YKNA 3C95A 4O55A 4CFCA 4E3SA 3V1OA 4M3TA 4GW6A 3OVNA 3V4IA 2X6SA 4BE2A 4Z4EA 1X9WA 2YHBA 3LDSA 3AVCA 3VQBA 2QK9A 3VN5A 3AA5X 1X9MA 1L3UA 4C8KA 1C0MA 3ASMA 3EYZA 4AHRA 3HP6A 4HHTA 4PA1A 5SWMA 4KKOA 3RMDA 4M3UA 3RMBA 4CHZA 1T05A 4BDYA 3TAFA 1ASWA 2ZD1A 4NYFA 4CGDA 3F73A 3KK3A 1NJZA 3K2PA 2ETJA 4DTOA 1TK5A 2YNHA 2X74A 5KTQA 4CJRA 4JS5A 4DTMA 1CZBA 2YNFA 5CYMA 4CE9A 3AVMA 3LAMA 3HVRA 3RR7A 4B9SA 4FM0A 4IG3A 4UQGA 4DTUA 3M8QA 3ULDA 4CGHA 2F8TA 1RT5A 3NBPA 3B6OA 1FK9A 4DU4A 4KI6A 3L3VA 2EX3A 2A1RA 4FJ7A 5DK5A 4HCCA 3HJFA 4F3TA 4FLTA 3O3FA 4CHQA 3S3MA 1LW2A 1RT7A 4GMJB 2OYQA 1BCOA 3OYJA 4J2BA 1NJWA 4B08A 3LP0A 3IG1A 1C1AA 1WSIA 3K5MA 3CFPA 3V6DA 1JXEA 1CXUA 3QEPA 1L3TA 4CEDA 2KZZA 3L2WA 1X1PA 4KV8A 4FLWA 3QIOA 1D9FA 1QSYA 1KCFA 3P1GA 1NOYA 1YTAA 2OZMA 3ZCMA 3O3HA 4ID1A 4YFUA 3K58A 1Q9YA 4CK3A 4RG8A 4ZTJA 1RTDA 3OYBA 4FJNA 2BGGA 4OKKA 5J2MA 3L8BA 5HRSA 3ZT3A 4FJMA 4CJPA 4OJRA 2Z1GA 3C6TA 5HBMA 1YVUA 2HNZA 4E89A 1ZBLA 4FJ9A 1WAJA 3AA3A 5CY4A 3AO5A 3WNEA 1U48A 4M3WA 4M3ZA 3CM5A 4W5TA 4OPJA 1TK8A 5C25A 3D0PA 3MECA 4W5OA 2PYLA 3L2RA 2D0CA 2B4JA 2HMIA 4I7FA 2ZQBA 3TABA 4KHWA 3QESA 3PX6A 4FLYA 2GV9A 4CIEA 3S3OA 1VRUA 3VQ8A 4J2AA 1LAVA 5DMRA 4FJGA 2YKMA 1I39A 5J2NA 1GOBA 3ITHA 2Z1IA 4HUFA 3DLKA 3OYDA 3T1AA 4GVMA 1NJXA 1NK5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3V9XA 4JKGA 4IFEA 3E9LA 2E5LK 4M45A 4CZEA 1HYZA 1KAZA 1QHTA 1R59O 4BRAA 1S9EA 1EETA 4HWIA 1J9AA 4I2QA 5T7BA 4LF7K 4DTRA 1RTHA 1KFDA 3L4QA 4JYAK 2OA8A 1WSFA 2YHAA 3EL2A 3A8YA 5A2QO 3K5NA 1OH6A 1WN7A 2GWJA 1TAQA 4B3OA 2Y1IA 2OPPA 5HOOA 3AVFA 1NG9A 3VA3A 3HVTA 1QTMA 4FPBA 2O4GA 2JLEA 2HHQA 2RN2A 4PKHA 1RDDA 3VENA 3E01A 1CZ9A 2OTLN 2PZSA 3RRGA 1VSFA 2CGLA 1Q81O 1NGJA 2FF3B 1S6QA 5LJVA 3ENHA 4NLBA 3TAEA 2G8WA 1TKDA 2Z1HA 4B1UB 1S1VA 5AFUH 4BWMA 3MK6A 4DF4A 4WFAL 4FJLA 3QETA 1D5AA 2NRVA 4FWQA 3H1VX 4BVPA 4JS4A 5KPZA 1QQNA 3MAQA 3T7ZA 2ZGZA 3MXMA 5SZTA 3K9JA 1CXQA 5AQTA 3HPOA 3QICA 4FK2A 5FROA 3CCMN 4KREA 4OLBA 3MDQA 1IJJA 1KQSM 3EN9A 3O1BA 4OKJA 3T1HK 3NCIA 4FJ8A 2D0PA 5AQVA 3P31A 2P9UB 4E7JA 4JI7K 4Y0WA 4DU3A 1Q8IA 1C0GA 4WQ5A 3IMXA 3VF4A 4CEOA 1TYQA 2HF3A 3FZKA 3T1YK 3AVNA 1BGXT 2E6MA 5CR4A 4CJ5A 4PWDA 3V9WA 3VF2A 3AVIA 3VEXA 4CJTA 4YOVA 1SQKA 3TR8A 2QM1A 2BUPA 3R6MA 1D8YA 3DXKA 1TGOA 3MN9A 4IFYA 1NNEA 3U3YA 3T69A 3TTFA 4KH5A 2QWLA 1S22A 3PSIA 2OZSA 1ILYA 3C7NB 2D5RA 1KAYA 2BE2A 1C6VA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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