3VQ9A

Hiv-1 in core domain in complex with 6-fluoro-1,3-benzothiazol-2-amine
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
152
structure length
142
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords POL polyprotein
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 53
structure length 142
sequence length 152
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vq9A00
4RW9A 1TVRA 4JRPA 1X1PA 3T19A 4O4GA 2BANA 2OPRA 3WNHA 1DTTA 4J2EA 3V1QA 1JLFA 3V1RA 3OYGA 1I3AA 1Q8IA 1WSHA 2X6SA 1N6QA 4PUOA 3SV3A 4CEDA 4C8MA 1FKPA 4DQQA 1HNIA 3V4IA 3MAQA 2G8HA 1IKVA 2RPIA 1NKBA 3AA5X 4HUGA 4K8ZA 4CJEA 1RT2A 3DRPA 3FFIA 3MXJA 3TAMA 3QEWA 3QEPA 3L8BA 1KLMA 4W5TA 4AHSA 4OLBA 1Z25A 4KHUA 3RR7A 4FM1A 1ZBUA 3K57A 3QESA 1UA1A 4L8RB 5I3UA 4KKOA 2XY5A 1NOYA 4CEOA 1EP4A 1IKXA 5KI6A 2YNHA 4AHCA 3RTVA 4E1MA 2HNDA 1F21A 1WSGA 1A5VA 3LZJA 3ULDA 3VQ9A 5HROA 3AO4A 4Y1CA 3KK3A 4IDKA 1BCOA 3LWMA 1NJYA 1NK6A 4DTSA 1L3VA 4CK1A 3PX6A 1SL0A 3ZT4A 4DF4A 2X6NA 2EHGA 3CFRA 1KLNA 2PZSA 4BE2A 2VWJA 2ZE2A 1NJXA 3C6UA 5J2NA 4E7HA 4M41A 2GUIA 3VQ4A 1TK0A 4IKFA 1HJRA 3L2VA 3HP9A 1BI4B 1QSLA 4K8XA 3CM5A 1I39A 3OYEA 1UAXA 1T8EA 4I9QA 1SV5A 2G8IA 3SQ1A 4N47A 3P5JA 1S6QA 3L3UA 3L2RA 2YKNA 3NGIA 4DF8A 4J2BA 4Z4CA 1SL1A 4M3ZA 4CJWA 1NK8A 3D45A 3HXMA 4OKKA 1U47A 2HB5A 1ASVA 5DMRA 1S1XA 3LAKA 4HVJA 3HPOA 1NJZA 4B9NA 4OJRA 1DTQA 1RT7A 1XHXA 4O0JA 5J2QA 3MEEA 1W9HA 3JSMA 4HCBA 4B3OA 3HPHA 2HHWA 3ZSOA 2KQ2A 4QAGA 1S9EA 3OYKA 5JS2A 2R7YA 1BIUA 3CFOA 4FLTA 4FLUA 1K6YA 3KIOA 3RMAA 1RTDA 3AVBA 3RMDA 1CLQA 1VSHA 4NYFA 3ZSWA 2G8VA 1BQNA 1LAWA 3DOLA 5FDLA 2YV0X 4LSLA 4BWMA 4ZHRA 2F8TA 2HHUA 4ICLA 1IKYA 2FBVA 1U49A 3TAEA 4FW2A 4JRQA 3F9KA 2BDPA 4Z4HA 1RBVA 4N41A 2FC0A 3SZ2A 4FK2A 2PY5A 2IGIA 3OYFA 1HQEA 3BDPA 3OS1A 1BCMA 1S1VA 2YNFA 3DLRA 1QSYA 2OPSA 3OYIA 5KRSA 1QSSA 1ASWA 2VG6A 3SQ0A 1LW0A 4HTUA 1LWFA 3I0RA 1BI4A 3MEDA 3K5MA 4F8RA 1IG9A 3NF6A 3KD5E 3TABA 5D3GA 4CHZA 4ID5A 1BHLA 2D0AA 2Z1JA 3OY9A 3K5NA 1VSKA 3DOKA 3MXIA 2YHBA 4DU1A 4ELUA 2G8UA 4J2DA 1C0MA 2D0CA 1RT3A 3OYDA 1VSIA 5E41A 3CYMA 4KO0A 3DYAA 3OJUA 1RDBA 4Q5VA 4B9LA 1Q9YA 4NYNA 3SYZA 3NH0A 4Q0BA 3HT3A 3K5LA 4BACA 4CCHA 2P51A 4CFDA 3TAQA 3RRGA 3NBPA 1KSPA 1VSLA 5C24A 3K59A 1ITGA 1WN7A 3LP2A 4FW1A 5HBMA 1BL3A 3KKSA 1IO2A 2D0BA 3LANA 5HRSA 2PYJA 4XIUA 3OYCA 4FJ8A 4N76A 3L2UA 4O5BA 4KTQA 1JL1A 4B9MA 3SQ4A 1J54A 4Y1DA 4DFJA 4Z0UA 4IG0A 1HNVA 1C0TA 4KREA 2XY8A 4CJUA 2FBTA 3VQQA 3V1OA 4PWDA 3OYBA 4IFYA 4CJRA 4Z4FA 1C1BA 3AVKA 4MQ3A 4B8AB 4JS5A 4E19A 1TKXA 1VK0A 4DTMA 2XRIA 4CHPA 4OGCA 4NCBA 1TAUA 3HPGA 1CZ9A 1G15A 3TARA 1R0AA 3D0PA 1T7PA 1WNSA 1NK0A 3M8PA 4CJPA 5HRRA 4H4MA 4CIGA 3KJVA 3NF9A 1JXBA 3B6PA 3HL8A 4FJ7A 4FZXC 1JLQA 1TK5A 2ATQA 3OYLA 3V9ZA 1QE1A 3QEXA 3U6FA 2QK9A 4E7JA 4Z4GA 1IH7A 4E89A 2E6LA 4G1QA 1EETA 3QERA 4C8KA 2F96A 3ZSRA 3LP3A 1NK4A 4E7LA 2BE2A 4DSJA 4CE9A 2G8KA 3ZSZA 1NJWA 1JKHA 2E4LA 4KB1A 4IFVA 3TI0A 4AHRA 2W42A 2A1RA 5CYQA 2KFNA 1MU2A 4M42A 2BGGA 4I2PA 4CEQA 3EZ5A 4KTZA 2DFFA 3RMBA 1S1UA 2KW4A 2QKBA 1Y97A 1RILA 3HP6A 3LZIA 2E6MA 1BIZA 1DLOA 3NF7A 4CF8A 5KGWA 4OKEA 3S3MA 2JGUA 1B9DA 3NGZA 4JS4A 3SUOA 4C8NA 2IC3A 4AILC 3NH2A 4KRFA 5J2MA 1J5OA 3ZT2A 3MEGA 3VQ7A 1C6VA 3P1GA 3ZCMA 3OYMA 1L3UA 1YTUA 4M3YA 2ZQBA 3HJFA 3VQCA 4KV8A 2QXFA 3T1AA 4ZTJA 1SL2A 3ZSXA 1QTMA 4HUFA 3ZSVA 1VSMA 1JLEA 1S1WA 3V9SA 4CEFA 1EXQA 1CZBA 4NCGA 2ETJA 3VQ8A 4CJ4A 1U4BA 5KGXA 3O3GA 2LSNA 3O4NA 3KD1E 3AA2A 1ZYQA 1KVCA 3NFAA 3AVIA 2F8SA 4PQUA 3DRSA 2Q3SA 4UQGA 1WSEA 3V9XA 1ZBFA 1HRHA 4EZ6A 1S9GA 1RDCA 3HYFA 2Y1IA 3AO2A 2RKIA 4R5PA 3QETA 4W5RA 2HVIA 1RTIA 1HYSA 2DTUA 4RW6A 3OYNA 4QCLA 4CFAA 4GVMA 1L3TA 3O4QA 1RT4A 4LSNA 2HHSA 4KB0A 2WOMA 4C8OA 1A5XA 1WLJA 3KLEA 3VQBA 1XWLA 5FRMA 3A2FA 2KTQA 2IOCA 3VQPA 4C8LA 4DSEA 4B9UA 4B9SA 4KHWA 3DLEA 4FLXA 1RBRA 4DSKA 1FXXA 3SUPA 4DU4A 4BDPA 3PUFA 4TSXA 5HRPA 4BDYA 3TAPA 4FYDA 4KTWA 4I2QA 1RDAA 5J1EA 4CF0A 1ZBLA 1D8YA 2HW3A 1TAQA 2QKKA 3AO1A 1RTHA 3DLHA 4FJ5A 2OPQA 4DQRA 2P5GA 2IDOA 4KI6A 4CHNA 4KFBA 1N5YA 2IAJA 1RBSA 3LP1A 3EYZA 4BE1A 1Z26A 1TKTA 1S1TA 4FJKA 4M3RA 4O55A 4CFBA 3MXMA 1XC9A 4OLAA 1C1CA 3PY8A 2HVHA 3F73A 1HQUA 1HPZA 2VG5A 4CGFA 3I0SA 1J53A 2HMIA 4Z4EA 3AV9A 3CG7A 3NF8A 4GW6A 3PX0A 4F2SA 1ZBHA 1CXQA 4OGEA 1JLAA 3SQ2A 3P83D 4DTNA 5CZ1A 4DQIA 4ELVA 3IS9A 4FJLA 4FJHA 1WSJA 2O4GA 4DLEA 4KHSA 4FZZA 2GV9A 4HHTA 4AHTA 1BISA 4CHQA 3QIPA 3WNEA 3NHGA 2XY6A 4FJMA 4CJ3A 4W5OA 4OVLA 2XO7A 4YNQA 4HUEA 4DTRA 3KLIA 3TAGA 2DFEA 1U45A 4M45A 1TK8A 4CHYA 1D9FA 3ZT1A 4FJXA 4DFMA 1B9FA 4EZ9A 3AVFA 4F4KA 4E7IA 4CJVA 3M8QA 2G8FA 3VA3A 4FM2A 3AO5A 3SPYA 4IG3A 2ITGA 2HNYA 4N5SA 3VN5A 3EY1A 2P5OA 5CZ2A 4I7FA 2VWKA 4FM0A 4DTXA 1WSFA 2Y1JA 1U04A 4CK2A 1D5AA 4LH4A 1KVAA 4YFUA 1SKSA 2OZMA 4DS4A 3SV4A 3V9UA 1KCFA 3QEIA 4FJJA 1WSIA 2I5JA 1B92A 1W0HA 5C25A 5HRNA 3SCXA 2P1JA 3HSTB 4E7KA 3VQAA 3CM6A 1X9WA 3OYJA 1NK5A 4FLVA 3LPTA 4KPYA 1O1WA 4RW8A 2HHTA 1LAVA 1VSDA 3KK2A 1VSJA 1BQMA 4GMJB 2D5RA 1T05A 3TANA 5DK5A 4DSLA 3AVNA 3U3YA 4E0DA 1JLBA 1L5UA 3VQEA 2Z1GA 3U3GA 3K58A 4ZTFA 1YT3A 2Z1IA 1X9SA 3VQ6A 1NK7A 1L3SA 4CF1A 1QQCA 1NKEA 1JXEA 5HLFA 2EX3A 1C1AA 3S9HA 3E01A 2HNZA 5I42A 1LV5A 4KHNA 3C6TA 4RG8A 4DQSA 4DTOA 1NOZA 3AO3A 4AHUA 3ALYA 4ELTA 4BWJA 3S3OA 3G10A 1GOCA 4F3TA 1YVUA 3M8RA 3UIQA 1RCHA 3THVA 4DTPA 3O3FA 1Q9XA 3ZSQA 4DSIA 3RR8A 3NCIA 3AVCA 4BE0A 4CGDA 3OS0A 3OYAA 3SI6A 4FK0A 1TL1A 1WAJA 4DFKA 4FZYA 3M8SA 4RW4A 4CFCA 4FJNA 2OZSA 4M3XA 1UWBA 1D9DA 1HYVA 3AVGA 3WNGA 4PY5A 4FJGA 3HM9A 3V9WA 3VA0A 4F3OA 4CGGA 2DFHA 2YKMA 4CHOA 3G0ZA 3O3HA 1KFDA 5CYMA 5CY4A 1REVA 4W5QA 4M3WA 4W5NA 1QHTA 4LY7A 4MFBA 2JLEA 1JLCA 3LALA 4CIEA 4H4OA 1YTAA 1RNHA 2XY7A 3LPUA 1LWCA 3CQ8A 4M3UA 2KZMA 1TKZA 3BGRA 3KKRA 3DLBA 3KLHA 2HHXA 1SKRA 2AJQA 3SNNA 5C42A 3PX4A 1RT5A 4DMNA 4NCAA 4B9VA 2X74A 2OPPA 5J2PA 4M3TA 1HMVA 5T7BA 4EP5A 3SJJA 3OYHA 3AVMA 4RW7A 3KLGA 5EU7A 3I8DA 3NH1A 2NUBA 4AH9A 3ZT3A 3ZT0A 4F2RA 4HCCA 3T3FA 2HHQA 1C0UA 3SUQA 4H8KA 2YNGA 4CJTA 4J2AA 3ISNC 1UA0A 3AVLA 1LW2A 4CJFA 3V81A 4Z4IA 1JLGA 1RDDA 4OPKA 1VRUA 4QOZB 4E3SA 3H08A 2G8WA 2KFZA 3DLGA 4KAZA 3QINA 2RN2A 3ITHA 1EKEA 3AA4A 3TWHA 1JL2A 3QLHA 4KI4A 3NDKA 4B08A 1RBTA 1FK9A 2X78A 3VQDA 1EX4A 4CJ5A 2HHVA 1LWEA 2GBZA 3QO9A 4DS5A 2YNIA 4I9LA 3AVAA 5KTQA 4N56A 1RTJA 1KFSA 3L2WA 3K2PA 1GOAA 3IRXA 2OA8A 1A5WA 4OKJA 4FJ9A 3L2QA 3NAEA 3PV8A 3NGYA 2DY4A 1VSFA 1X9MA 3JYTA 3LWLA 4CEEA 2WONA 4CESA 1FKOA 1TL3A 3PO4A 4FLYA 3KLFA 1S6PA 2RF2A 4FXDA 4DTJA 3TAFA 4CEBA 3AVHA 4OPJA 1CXUA 4KHQA 4FCYA 4O0IA 4CF9A 4CK3A 2B5JA 1NK9A 1ZBIA 4FLZA 1KRPA 3QIOA 1KTQA 4CGHA 3RRHA 2O4IA 4JLHA 4BDZA 3QNOA 1QS4A 4DWIA 3B6OA 5K14A 3L3VA 3LP0A 3VQ5A 4CERA 3DI6A 3V6DA 3HVTA 5JS1A 4DG1A 4KHYA 2ZD1A 3IAYA 4CJQA 3C95A 5FRNA 4FK4A 3DM2A 3OS2A 1BGXT 4CJLA 3LAMA 4CIFA 3DLKA 3AVJA 3ASMA 4CGJA 2VG7A 3WNFA 2IS3A 5KRTA 3OJSA 4DTUA 3NE6A 1TGOA 5HP1A 4FLWA 1RBUA 2FBYA 3SPZA 1XI1A 2XHBA 2A1SA 4FVMA 3MECA 1KVBA 5SWMA 3CFPA 2OYQA 4IBNA 3S3NA 4DLGA 3HVRA 1RT6A 3DRRA 4DFPA 2YHAA 4CF2A 4CEAA 1TV6A 3AA3A 4PA1A 2Z1HA 3DMJA 1ASUA 1J9AA 3OVNA 3SUNA 1XHZA 1SKWA 4E1NA 3RWUA 3KK1A 1HYZA 3K5OA 3QNNA 3HK2A 4B9TA 4AHVA 3LDSA 1U48A 4FJIA 3HO1A 1VRTA 3KTQA 1T03A 1RT1A 2B6AA 4O44A 1SUQA 4WE1A 4DU3A 1UOCA 4LD0A 2PYLA 1TKDA 3RMCA 4EP4A 3C94A 2KZZA 4CGIA 5SZTA 2B4JA 4CECA 4DSFA 1GOBA 5FROA 4CEZA 3PO5A 1WAFA 4DQPA 1S5JA 4LH5A 4B8CA 3IG1A 3ZSYA 4CJKA 3QEVA 1IKWA 3TR8A 1VSEA 4ID1A 2FBXA 4CJSA 1NKCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TVRA 4JRPA 4BG9A 2NLXA 2BANA 2OPRA 3WNHA 4J2EA 4BRCA 1T6DA 3OYGA 1I3AA 1Q8IA 1R59O 4H5NA 3SV3A 1GLBG 3DAWA 4BG8A 3MAQA 2G8HA 1YAGA 2RPIA 2P9PB 3A5OC 3QEPA 3CCSN 5GAEP 3Q7BA 3QESA 2HBLA 5C12A 4IJNA 2YHXA 2YNHA 3RTVA 4E1MA 2HNDA 3ULDA 4DR3K 3KK3A 3LWMA 3CC4N 1NK6A 1SL0A 1KLNA 2EHGA 4B3SK 4BE2A 3HBTA 5J2NA 3VQ4A 4JNEA 4IKFA 3HP9A 4AM7A 5AZJA 4I9QA 3L2RA 4H5VA 4J2BA 1NK8A 4EHUA 2ZJRL 3MX2A 1U47A 2HB5A 3O5BA 5DMRA 3ATVA 1NJZA 1EO1A 4OJRA 1RT7A 1MDUB 1BU6O 3HPHA 3A5LC 2F4VK 5AZIB 4RWTA 5JS2A 1BIUA 4DUZK 3KIOA 3R6MA 3ZSWA 3DOLA 1QHAA 2F8TA 2O8BB 2FBVA 1U49A 2QA4N 2ITMA 3F9KA 4FWSA 1NGIA 2GWJA 2FC0A 3SZ2A 4PKHA 3AAQA 3OYFA 3BDPA 2YNFA 3DLRA 1QSYA 4NO7A 5KRSA 5M1PA 3E1YA 3SQ0A 3MEDA 1BI4A 1IG9A 3TABA 3OY9A 2D0AA 2Z1JA 1OKJA 1VSKA 1NGGA 5AQPA 4KO0A 4PKIA 1J6ZA 2KKZA 1W7AA 3NH0A 4R79A 3HT3A 3K5LA 3EKSA 4CFDA 3TAQA 4JAXA 3JXUA 1BL3A 4WQ5A 4JD2A 4XIUA 4O5BA 3J7ZO 1J54A 3WQTA 4C23A 2FBTA 4FSVA 2HF4A 4ILJA 4CJRA 4YOTA 4JV5K 4H5WA 3FFKB 3EN9A 2GELA 4CHPA 2P9SB 5A2QO 1W2BM 3FLCO 3FZHA 3M8PA 2ZWHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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