3VQBA

Hiv-1 in core domain in complex with 6-fluoro-4h-1,3-benzodioxine-8-carboxylic acid
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
152
structure length
142
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPSMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords POL polyprotein
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 51
structure length 142
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqbA00
3RRGA 3NGIA 3HK2A 1S1UA 3OYNA 2FBYA 1S1TA 4DU4A 4OPKA 2Y1IA 3RMDA 2AJQA 4CGHA 1JXBA 2B4JA 2YNHA 4CHQA 3TAEA 4OVLA 1NKEA 4LD0A 4AHVA 3OYLA 1J9AA 1D5AA 1LW2A 3L3UA 4DQRA 2FBTA 4FJKA 5JS1A 3TAMA 2X78A 3MXJA 3V9XA 3U3YA 1WLJA 3AO1A 4EZ6A 3DM2A 1VRTA 2XRIA 4CJ4A 3M8QA 4CF2A 4HUFA 4BE2A 3NH1A 3F9KA 3ZSYA 4CGGA 4DG1A 1F21A 1JLFA 1VK0A 3OYDA 3K5MA 1X9SA 3KLEA 3TAPA 4DFPA 2HHTA 4Z0UA 4N56A 1LWFA 4ELVA 3OYHA 3RR8A 4L8RB 4LSNA 1DTTA 1RT3A 4CIEA 3QLHA 3ISNC 1HQEA 3V9SA 3S3NA 3IAYA 3AVNA 3AVJA 4I2QA 3QEVA 3DLKA 3OYJA 4KO0A 1U04A 3LP0A 4NYFA 3QNOA 2ATQA 4FJ7A 1XI1A 1RBUA 2HHWA 3AVFA 2DFHA 5HP1A 3LP2A 4DMNA 4DS4A 4DQPA 3DRPA 3K57A 4PUOA 4KV8A 2VG7A 4HUEA 1LAWA 1QS4A 4GMJB 4CEDA 4OKKA 3OYFA 4FLXA 3RRHA 2QK9A 3HVRA 4ZHRA 2A1SA 1VSIA 4Y1DA 5J2MA 4FM2A 1L3VA 2XY6A 1XC9A 4KTQA 3D0PA 4CJTA 4CJVA 4KB0A 1BISA 2EX3A 4MFBA 4DTMA 4KHWA 3ZT2A 4PA1A 1TV6A 5KI6A 3VA0A 4H4OA 4H8KA 3QEWA 1RBSA 4DTSA 1QSYA 1RBVA 4CJSA 3RR7A 3OYBA 1YT3A 1HYVA 1TKZA 1EXQA 2D0AA 2BE2A 4N5SA 1K6YA 3WNFA 1TL3A 2GUIA 3O3GA 2DFFA 4CJFA 4CHNA 5T7BA 1RT7A 2G8UA 3AVAA 2A1RA 1JLEA 3IRXA 2HVHA 1C1BA 2JGUA 3P5JA 4KHUA 4H4MA 1U4BA 1NOZA 1UOCA 4IKFA 4E1MA 2HHUA 4N47A 4CESA 4Z4CA 1ZBLA 1I39A 1VSDA 5CYQA 3K2PA 1U49A 4DSFA 4AHRA 4B9LA 1C1CA 5HROA 2ZQBA 2G8VA 4B9TA 2ETJA 2P5GA 4PQUA 4FLTA 2NUBA 4IFYA 3LP3A 2FBVA 3SV4A 1Y97A 4KKOA 2GV9A 3RWUA 4CIGA 4CCHA 1KVBA 2Z1IA 4DTPA 3AVGA 3NF9A 4OKJA 1SL0A 4CJLA 2G8FA 1N5YA 4FXDA 1HJRA 1WSJA 3RMCA 4Y1CA 4KHQA 1NK4A 3ZSXA 1WAFA 2PZSA 4DU1A 4PWDA 4O55A 5CZ1A 1CZBA 5CZ2A 3OS2A 2KZMA 3QEIA 5I42A 4RG8A 1BL3A 3DMJA 4FVMA 3ZT1A 2YNGA 4CIFA 3HT3A 4PY5A 4EP5A 4AHSA 3ALYA 4ICLA 4YNQA 2I5JA 2BDPA 3AA3A 2YNFA 3H08A 3NE6A 4BDPA 2Y1JA 4FJIA 4DU3A 4G1QA 1O1WA 4CF9A 3VQ8A 4DS5A 4N41A 3NGZA 2B5JA 4M3TA 3DRSA 1LW0A 2X6NA 4AHTA 2W42A 3AA4A 4E7JA 1WSIA 1HQUA 3L2RA 1Z25A 3L2VA 1NK0A 3B6OA 4OLAA 3PO4A 5HRRA 3OJUA 3VQEA 1TVRA 1IKVA 1CZ9A 3MEDA 1SKSA 4CFBA 2IOCA 1JLBA 3UIQA 4FK0A 4DFJA 4RW9A 3HO1A 3VQCA 3PO5A 4KHNA 1TAUA 3EZ5A 3MAQA 3U6FA 3K5OA 2R7YA 3AA5X 1T8EA 3AV9A 1RDDA 2ITGA 2Z1GA 4M3YA 2G8IA 4Q0BA 5KGWA 4DSJA 4BDZA 3OYMA 3IG1A 5C42A 5J2QA 4F2RA 3C94A 2BANA 3DLEA 1FKPA 2DFEA 1NK9A 2IS3A 1ITGA 3SZ2A 1NJWA 4RW7A 1NJXA 1BHLA 1BI4B 1ZBFA 3OYKA 4CJ3A 3OS0A 1RTJA 3NAEA 3QIOA 3SCXA 1A5VA 2RKIA 5K14A 3V1QA 4CEEA 3TABA 4FJJA 2KW4A 4FLYA 3RTVA 4Z4FA 1VSHA 1IO2A 5HBMA 3HSTB 3AVIA 3S9HA 3KK2A 3QEPA 5FRMA 2F8SA 1RBTA 1QQCA 2PY5A 2X74A 4ID1A 4IG0A 5E41A 1S9GA 2RF2A 1B9FA 2F96A 3LZJA 2E6LA 1U48A 3CM5A 3HVTA 3ZSOA 5FROA 4CF0A 1T03A 1HYSA 3AO5A 3TAQA 2Z1JA 3HP6A 4R5PA 1XWLA 4CE9A 2P51A 3NHGA 4JRQA 4DTRA 3M8PA 4DTUA 3PY8A 5KRTA 2YV0X 1JL2A 1EETA 1W0HA 3LAMA 2VWJA 4CFAA 1HYZA 1KRPA 3QINA 4NCAA 1EKEA 3VQ4A 1VSFA 1RT1A 3U3GA 4DFMA 4HHTA 3AVCA 3VQ5A 1IKXA 4QOZB 3WNEA 3KIOA 4NCBA 1B9DA 2HNZA 4M3WA 4F4KA 2DTUA 3KKSA 1JLQA 3DRRA 4FZYA 1WSGA 4JS4A 4J2AA 4BDYA 4KREA 2D5RA 4DLGA 3SQ2A 4KTZA 4FLZA 3PX6A 5FRNA 1REVA 4OPJA 4DQQA 3V81A 4FJNA 3K58A 3NBPA 2EHGA 4DF8A 1BIUA 4LH5A 3V9ZA 3QERA 4CJUA 4FLVA 3TI0A 3AVKA 3LANA 4GVMA 2XO7A 1Q9XA 3PV8A 3DLRA 4CEQA 4CK2A 3LALA 4IDKA 3AVHA 4ZTJA 4CEFA 3KD5E 3I0SA 4CEAA 4B8CA 1TK5A 3LP1A 2FC0A 1J54A 3T1AA 1VSJA 4CK3A 4DSKA 1NK8A 4B9SA 3ZSQA 4TSXA 1KSPA 4DSIA 2VG5A 4CECA 3V4IA 3HXMA 2Q3SA 4W5NA 1WSHA 1GOBA 4CF8A 1RDAA 1RTIA 4NYNA 4I9QA 3M8SA 1Z26A 1X1PA 1TGOA 4CHPA 3HPGA 4DTOA 4B9MA 1ZBHA 3M8RA 3SYZA 4M3XA 3QESA 5HRPA 3L2UA 3WNHA 4AHCA 3SNNA 4HCBA 2VG6A 3AVMA 1C1AA 1S1VA 4W5OA 4E7HA 1ZYQA 2BGGA 4CK1A 3TAFA 3MXIA 4J2BA 1YTUA 1VSLA 1G15A 2D0CA 3LAKA 3T19A 3L2QA 5I3UA 3SUNA 4FLWA 1C0MA 3TWHA 4BE0A 4J2DA 4CJRA 1B92A 1W9HA 2OZMA 4KTWA 4DTNA 1D8YA 1X9MA 1KVCA 4I2PA 3OYGA 1JL1A 3NFAA 4CJQA 3SQ1A 2G8WA 4KPYA 3VA3A 2KFNA 1DTQA 3D45A 4OGCA 4DF4A 4CGJA 4F3TA 4IG3A 1EP4A 1HPZA 3KKRA 3ZT4A 4CJEA 1C6VA 4E7KA 1NKCA 1Q9YA 3E01A 1KLNA 4JRPA 1LWEA 3V1OA 2QKBA 3HPOA 1J53A 4WE1A 3OYCA 1XHXA 2OPPA 3OYAA 3V9UA 2PYJA 4W5QA 3FFIA 4E0DA 4F3OA 4IBNA 1Q8IA 3ZT0A 4CJWA 4EZ9A 3KD1E 4HTUA 3O4NA 1IKWA 2OYQA 1EX4A 1L5UA 4FJ5A 3I8DA 3ZCMA 4FJXA 4LSLA 4DQIA 3TAGA 1BGXT 1KCFA 1VRUA 3A2FA 1D9FA 4Z4HA 4I7FA 3AA2A 4CHOA 4RW6A 4CJKA 1TKTA 3VQBA 3KK3A 1QSLA 1BIZA 1A5XA 1C0UA 1S6PA 4O44A 3LWMA 2O4IA 1LWCA 4KAZA 1RTHA 3C95A 1JLAA 2E4LA 3NDKA 4F8RA 1FXXA 1WSFA 1L3SA 4LY7A 1KFSA 4FCYA 4K8ZA 2VWKA 3HL8A 4FK4A 1WSEA 1KTQA 2D0BA 3SQ4A 1J5OA 3TARA 3K5NA 1NJZA 3G10A 1VSEA 3THVA 1QTMA 1SV5A 5DMRA 5C24A 3S3OA 3AVBA 2HHVA 2ZD1A 3DLBA 1NJYA 1ASWA 4QAGA 3C6UA 5HLFA 4FJMA 2LSNA 3V9WA 4KFBA 3LZIA 3TANA 5CYMA 4B3OA 1JLGA 2WOMA 1GOCA 3MEGA 2QKKA 1ZBIA 3P1GA 1BCOA 3SI6A 4FJLA 4RW8A 4HUGA 4FJGA 4KHYA 1SKWA 1WAJA 3NH2A 2ZE2A 1FKOA 1ASVA 3SPZA 1RBRA 3VN5A 3JYTA 4FJ8A 1T05A 1TAQA 4B9UA 1NK7A 4CFCA 4BE1A 3OVNA 3AO2A 1UA0A 1YVUA 2HNDA 5JS2A 3CFRA 4CHYA 4AILC 3VQ6A 1IH7A 3NGYA 3SUQA 2YHBA 3CFOA 4NCGA 4BWMA 1X9WA 4CEZA 3AVLA 2HMIA 3L2WA 2GBZA 4HVJA 5CY4A 4RW4A 3QEXA 5FDLA 1N6QA 4C8MA 1L3TA 3HPHA 4CGFA 4KI6A 3ZSWA 3ASMA 3DYAA 3KLHA 2Z1HA 2HHXA 3QETA 1L3UA 4Z4GA 1CLQA 4CFDA 1LAVA 4E7LA 4FJ9A 4M45A 1BCMA 3V1RA 5SZTA 3B6PA 3L3VA 5J2NA 4Z4IA 3EY1A 2KFZA 1LV5A 5SWMA 3ZSRA 3ULDA 3ZSVA 2IC3A 4E19A 1VSMA 4KI4A 3CM6A 4I9LA 3LPUA 4FJHA 4M3ZA 1KLMA 1KVAA 1SUQA 1T7PA 1NKBA 4OLBA 2O4GA 1U45A 2XY5A 3CG7A 4CERA 3HM9A 5J2PA 4O4GA 3K5LA 3K59A 1JXEA 4IFVA 4AH9A 3T3FA 1S9EA 3AO3A 3MXMA 4E7IA 4CJ5A 3PX0A 3SUOA 1TK0A 1NK6A 2KTQA 3ZSZA 3QNNA 3VQ9A 3BGRA 4BACA 4E1NA 3OY9A 1QSSA 3EYZA 3VQDA 4C8NA 2IDOA 3JSMA 3CYMA 3PUFA 1TK8A 1NOYA 1GOAA 3DLHA 1KFDA 1JLCA 1TL1A 2YKNA 4ZTFA 1UA1A 2HHQA 4CHZA 3PX4A 2OA8A 4OJRA 4M42A 4YFUA 3KLGA 4DSLA 2F8TA 3CQ8A 1SKRA 2IGIA 3DLGA 4UQGA 2P1JA 3NF6A 1DLOA 3O4QA 3L8BA 5KGXA 2P5OA 4FZXC 4BWJA 2DY4A 2RN2A 1TKDA 3HJFA 1QE1A 3LWLA 3F73A 1VSKA 2QXFA 1MU2A 1HRHA 4OKEA 5J1EA 1HNVA 4GW6A 4DLEA 1RTDA 1BI4A 4AHUA 1IKYA 1R0AA 3OJSA 2YHAA 1UAXA 2OZSA 3LDSA 2YNIA 4B8AB 3SV3A 5EU7A 2KZZA 3KJVA 3RMBA 1D9DA 3KTQA 3NF8A 4QCLA 1S1XA 4C8LA 1RT4A 4KHSA 4DSEA 4JLHA 2IAJA 3AO4A 4JS5A 2JLEA 4CGDA 3O3FA 1S1WA 2G8HA 4C8KA 2OPSA 4M3RA 2FBXA 3VQPA 4CEBA 4DTXA 2XHBA 1IG9A 2E6MA 1BQNA 1TKXA 1RT2A 3V6DA 1S6QA 3IS9A 3VQ7A 4HCCA 3OYEA 4O5BA 4O0IA 1RT6A 2PYLA 1RNHA 1I3AA 2G8KA 1RDBA 3NF7A 2OPQA 4Q5VA 2X6SA 2YKMA 3MEEA 4B9VA 1ASUA 3NCIA 2XY8A 4EP4A 4M3UA 1WN7A 3SQ0A 1SL1A 4FZZA 3CFPA 4FLUA 4CEOA 5HRNA 1U47A 2B6AA 3O3HA 1SL2A 3SPYA 4CF1A 1BQMA 2XY7A 1A5WA 3VQAA 4FM1A 3RMAA 1UWBA 5KTQA 4OGEA 4N76A 4KRFA 4B9NA 3ITHA 4F2SA 1S5JA 3S3MA 1HMVA 3HP9A 4CJPA 1JKHA 1ZBUA 5D3GA 4K8XA 5HRSA 1HNIA 4XIUA 3G0ZA 4DTJA 3LPTA 3BDPA 3KLIA 1NK5A 1FK9A 2WONA 3I0RA 4LH4A 1RCHA 3KLFA 4DQSA 3VQQA 1C0TA 4FW2A 3MECA 5KRSA 4C8OA 4J2EA 3OYIA 2HVIA 3TR8A 3WNGA 1WNSA 3OS1A 5C25A 4CGIA 4ELUA 4FYDA 3QIPA 4FM0A 4DFKA 4Z4EA 2HW3A 2HB5A 4FW1A 3KK1A 4B08A 4ELTA 1RDCA 4ID5A 1RILA 2OPRA 3QO9A 4W5RA 3SJJA 1YTAA 3HYFA 2KQ2A 4FK2A 1QHTA 2HHSA 4E89A 3DOKA 5DK5A 4W5TA 3DI6A 3SUPA 3ZT3A 4O0JA 4E3SA 1CXUA 1RT5A 4KB1A 1CXQA 4MQ3A 3DOLA 3P83D 2HNYA 3NH0A 1XHZA 2RPIA 4DWIA 4M41A 3C6TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BR7A 3RRGA 3HK2A 4F9OA 4OPKA 3RMDA 4DV1K 4CGHA 1JXBA 4CHQA 2YNHA 4WFNL 1QVFM 4OVLA 5F1XA 5BR8K 4LD0A 1NKEA 3OYLA 1D5AA 3MCAB 4H0YB 3CJAA 5F0XA 3MXJA 3V9XA 4YDUA 1WLJA 3AO1A 4EZ6A 5LY3A 4CJ4A 2YJEA 3LDPA 5AQQA 5AQYA 5BRHA 3OA9A 3ZX0A 4L8RB 5KPZA 3VEZA 5KPTA 4CIEA 3QLHA 3V9SA 3IAYA 3AVJA 5AQPA 4JAXA 1RBUA 3L6QA 2DFHA 2VGNA 3DRPA 3K57A 2VG7A 1QQOA 1LAWA 3P39A 4GMJB 4CEDA 3OYFA 1VQ6N 2A5XA 4BRPA 2QM1A 2XY6A 3D0PA 3UE5A 2EX3A 4MFBA 4H0XB 2E88A 4KBOA 4KHWA 3U9ZA 4H5VA 4ISFA 3VEXA 4DTSA 1RBVA 4CJSA 3E1YA 3RR7A 3OYBA 4BC4A 1NBWA 4V19S 2GUIA 1GLDG 3VESA 3A0IX 5T7BA 3TSQA 3HRGA 1OH5A 3BF3A 2JGUA 4H4MA 2HHUA 3ENOA 4CESA 1ATNA 4A5AA 2Q97A 1I39A 5CYQA 1U49A 4DR3K 2P5GA 1Y64A 5AQRA 1YXQA 3CCUN 4DR2K 2GV9A 3AGRA 3RWUA 1KVBA 3WT0A 1N5YA 1NGDA 3CHWA 3ZSXA 4DU1A 3D7EO 4QS7A 3VEVA 3CCSN 2ZGZA 3QEIA 3HM8A 3DMJA 4FVMA 3ALYA 4ICLA 3RSEA 4YNQA 1HNWK 4GVEA 3SMSA 2NNWA 4DS5A 4YOUA 1S22A 2Q0RA 2X6NA 3AA4A 2O8DA 2P9UA 2GWKA 4OO1J 5B8HA 1NK0A 4OLAA 3M1FA 5HRRA 3OJUA 1XC3A 1IKVA 4FWNA 4CFBA 4FK0A 4DFJA 4RW9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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