3VQCA

Hiv-1 in core domain in complex with (5-methyl-3-phenyl-1,2-oxazol-4-yl)methanol
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
151
structure length
141
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPSMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords POL polyprotein
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 49
structure length 141
sequence length 151
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqcA00
5SZTA 3JSMA 3NH1A 3QIPA 1RBTA 4DTOA 3NGYA 4DMNA 4JS5A 1VRUA 2W42A 4RG8A 1REVA 1UA1A 1SKWA 2BDPA 3V1RA 1CXUA 1RILA 3TAQA 4KHUA 4KRFA 4DTXA 5D3GA 2XY7A 1HJRA 1WSJA 4BACA 1SL0A 4M3ZA 2O4IA 4M3XA 3TAEA 3O3GA 2OPQA 1QS4A 4ZTFA 4NCGA 3HK2A 2HHVA 1RT6A 3L3UA 1RDBA 2DTUA 4AHTA 4CGHA 1VSMA 4JRQA 3G10A 4KFBA 4HHTA 1GOBA 3MXMA 4C8KA 4N76A 1C1AA 1W0HA 3B6PA 1D9FA 1D5AA 3AVLA 1FK9A 4O5BA 3ZSXA 4FJXA 3KKSA 2ATQA 2JLEA 4K8ZA 3KLGA 4YFUA 1QSYA 1LV5A 1LW2A 3DRSA 4CK1A 4DG1A 3CM5A 2YNHA 3V9XA 3OYMA 1JLQA 4TSXA 1YTUA 1ITGA 3KLHA 1RT4A 3SQ2A 5HRNA 1D8YA 1KRPA 2KFNA 5T7BA 4DQPA 1WSHA 1N5YA 2QKBA 4CHZA 4CF8A 3K58A 4UQGA 3K5LA 4FJGA 3V81A 4Z4EA 1NK7A 4DWIA 3DLHA 2LSNA 3AVNA 4OVLA 3V4IA 4KI4A 1WAJA 4CHNA 1KLMA 4E7JA 3LP2A 5I3UA 1Q9YA 2R7YA 3DLBA 1NKEA 1GOCA 3IS9A 1ASVA 4WE1A 4N5SA 3OYJA 1NK4A 4FLXA 4B9TA 4DSKA 2XO7A 3NF7A 3AV9A 4EP4A 4KB1A 3L2RA 4YNQA 4FJKA 3WNEA 4CF1A 1WAFA 3O4NA 3QERA 1L3UA 4M42A 4CE9A 4F8RA 1DTTA 1RCHA 3U6FA 1S1UA 3QEVA 4O0JA 3WNHA 4E3SA 1BCOA 1KVCA 2OZMA 3BGRA 4AH9A 1NJXA 4QOZB 2YHAA 4FLTA 5I42A 1WSIA 1X1PA 2WONA 1JLGA 3DLRA 4GVMA 4J2BA 1ASUA 3MEEA 1QSSA 2IDOA 3HL8A 4CEQA 3U3YA 5FRNA 1U47A 1S1XA 1WSFA 3OS2A 3SNNA 5KRSA 2YNFA 3PX6A 4CEOA 2PYLA 4KTQA 3ZCMA 2D5RA 5J2QA 4RW4A 4K8XA 4RW9A 4DLGA 5CYMA 3KD5E 1KVBA 1ZBUA 4CGGA 1N6QA 1Z25A 3OYAA 4FYDA 3L2QA 4CJQA 1S1WA 4DQIA 4ID1A 2B5JA 1TKTA 1U04A 4B9VA 3SQ0A 4M41A 1VSDA 1WSGA 3AA4A 3NHGA 4FM1A 3NF9A 3LPUA 4I2PA 2GBZA 4CF2A 4IG3A 3NGIA 1BIZA 1RBVA 2BGGA 3P5JA 4KPYA 5CZ1A 1U4BA 2DFEA 4CCHA 4N56A 4N47A 1BGXT 4HUEA 2G8IA 4OGCA 2HHTA 3ZT0A 1TK0A 4CJFA 3K57A 4AHUA 3DLKA 3OVNA 3CFPA 5DK5A 3AVJA 2EHGA 3MXJA 1VSKA 4KKOA 3SUOA 2KZZA 4B8CA 3LP0A 3RMAA 3AA5X 1TK5A 3NE6A 4CFBA 3QEXA 1NKBA 1K6YA 3VQ7A 3AVFA 4FJJA 1VSLA 2B4JA 4ICLA 3SQ4A 3RRGA 4DLEA 2FBYA 3PX0A 2DY4A 4F2SA 1Q9XA 3IRXA 3OYBA 3M8PA 4OJRA 3P1GA 4O4GA 4C8MA 3K2PA 4FM2A 4BE1A 1YT3A 2E4LA 2Y1JA 3SUNA 4HCBA 1TKDA 3SPZA 1ASWA 2PY5A 3MXIA 3RMDA 4H4OA 2HMIA 2KZMA 4HTUA 1TL3A 5KGWA 4FJ5A 2RF2A 2VG7A 1S6PA 2O4GA 3ZSYA 1NOYA 3C94A 4BDYA 1Q8IA 1NK9A 4FK2A 4HVJA 4Y1DA 1IKYA 3KKRA 3OYKA 3RWUA 4CEDA 1IKXA 4E0DA 1ZYQA 1QQCA 2VG5A 3L2UA 3FFIA 4KTWA 3AO1A 5FROA 4CEZA 5J1EA 3V9ZA 4CESA 4CEFA 1QSLA 1B9DA 4PA1A 2X6NA 1KCFA 3S3NA 3NF8A 5CY4A 2HVIA 1RTJA 3OS0A 1I3AA 1CZBA 3CM6A 4DTNA 1WN7A 3LWMA 3LP1A 3VQ8A 4HCCA 4EP5A 3HM9A 4E7HA 1U48A 3ASMA 1C0TA 4KHWA 1MU2A 1KFDA 4E1MA 3KK1A 5KTQA 2VWJA 4DF8A 1TV6A 4R5PA 3TABA 3RR8A 3HPHA 3DLGA 4FLUA 4MQ3A 1T03A 2QKKA 4AHRA 3K5NA 5J2NA 1UWBA 3KTQA 2ZE2A 3AVIA 1EX4A 2EX3A 2IOCA 2BANA 2XY8A 3T3FA 5CZ2A 3HXMA 2GUIA 3HPGA 2F8TA 2HHWA 2KW4A 3VQ5A 4HUGA 4FM0A 2BE2A 4CERA 4CJUA 4PUOA 4Z4CA 2OPPA 1CLQA 4RW7A 4CFDA 1KVAA 1NK8A 3KLIA 1R0AA 1FKPA 1UAXA 4OLAA 1JLAA 4E89A 3NF6A 3WNGA 3SI6A 1HRHA 1NK5A 4DFPA 4F2RA 4W5OA 3DRRA 3ZT3A 5KRTA 3LDSA 4EZ6A 4O44A 1C0UA 1HNIA 1LAVA 3AVMA 4Z0UA 1BHLA 4CJTA 1U45A 3QESA 3TI0A 2X78A 3QNNA 4DTPA 3TANA 4NCBA 4KO0A 3OS1A 2D0BA 4CGDA 4O55A 1TAQA 3VQPA 4DS5A 2DFHA 1IKVA 1XHXA 1BI4B 1EKEA 3V1QA 4CHQA 2FBXA 5HBMA 4CJSA 5J2MA 2IAJA 4NYNA 2B6AA 3V1OA 1XHZA 1RT3A 4FXDA 2HW3A 2XHBA 1DTQA 2YKMA 3TWHA 3O3HA 4H8KA 1NOZA 4FZXC 4CGJA 1J9AA 3VQ4A 1RT7A 2ITGA 3PO4A 1SV5A 4CEAA 3MEDA 4GMJB 3DI6A 4DU4A 4LY7A 5CYQA 4CIEA 1IG9A 3CQ8A 4DU1A 1B92A 4CIFA 4Z4HA 4DQQA 1GOAA 1UA0A 3KK3A 3ZSOA 4FK4A 5HRSA 3IG1A 1KSPA 1RDDA 4FVMA 4ZTJA 4RW6A 5HRPA 1VK0A 3HVTA 4CJWA 3NGZA 3SUQA 3OYFA 3V6DA 3M8RA 3AO3A 4CECA 3MAQA 3ZSWA 3PY8A 1SKRA 3DRPA 1L3TA 4PWDA 1VRTA 1A5VA 3AVAA 1ZBHA 4W5QA 3QINA 4AHCA 4QCLA 4KI6A 3C6UA 3K5OA 2I5JA 3LAKA 2OA8A 4F4KA 4OPJA 2P5OA 1IO2A 2KFZA 4OKKA 1RT1A 2DFFA 4PQUA 2GV9A 2KQ2A 3HPOA 4M45A 1NJWA 1EETA 3SQ1A 4B9LA 1S6QA 2PYJA 3D45A 4Z4GA 2F8SA 4IKFA 4KHNA 1S1VA 1RNHA 2E6MA 2WOMA 5E41A 3TAGA 4BE0A 5C42A 3VA0A 3NH2A 5HRRA 3QLHA 3S3MA 1VSFA 4FJLA 4CJ5A 1L5UA 4CHPA 1XWLA 1TGOA 3AVHA 5HROA 3JYTA 4M3RA 4QAGA 3VQDA 4CGIA 4O0IA 4IG0A 1S9GA 3I8DA 2G8FA 3KLEA 4DFJA 3TR8A 1BL3A 4B3OA 4DTJA 1LWFA 1G15A 5K14A 3OYGA 3I0SA 3LP3A 4KREA 2G8VA 4N41A 3VQ9A 4DTUA 1TAUA 3RRHA 1VSHA 3QIOA 1D9DA 3AA2A 4I9QA 3QO9A 1W9HA 1QE1A 2F96A 3F9KA 4XIUA 1NJYA 1T05A 3AA3A 1BQNA 4CJVA 4I9LA 4DTMA 3ZSZA 4JS4A 4OLBA 4Z4IA 5SWMA 2QXFA 1FXXA 3ZSQA 4OGEA 4AHVA 3OYDA 1ZBFA 3DLEA 3L2WA 3EZ5A 1SKSA 4DSJA 4B9MA 1UOCA 3LZJA 1X9WA 3PV8A 4J2AA 2HB5A 3LANA 4DF4A 3P83D 1S1TA 1Z26A 4ZHRA 3L2VA 4I2QA 4ELVA 3L3VA 4F3OA 4DSIA 5KGXA 2KTQA 1HPZA 4BE2A 3L8BA 1C0MA 4B08A 1LAWA 2HVHA 3ZSVA 2OZSA 2YNGA 4CFAA 3F73A 3C6TA 1L3VA 2HNDA 4CJEA 4CJKA 3OYIA 3V9UA 3ZSRA 4B9UA 4Q0BA 4PY5A 3NDKA 2OPSA 4C8OA 2Z1HA 4CEBA 4W5RA 3KLFA 4JRPA 3B6OA 4C8LA 3QEPA 3UIQA 2P5GA 3DOKA 4CK2A 4F3TA 1YVUA 2P1JA 1ZBLA 1J5OA 4ELUA 2HHXA 4KV8A 5JS1A 3HYFA 4CF0A 3LWLA 1ZBIA 1NK6A 2XY6A 1RT2A 3SZ2A 3HVRA 3PX4A 3SUPA 2ETJA 1XI1A 2HHQA 1NK0A 4E7KA 2IC3A 4LSLA 1C6VA 1DLOA 3OYNA 4NCAA 3RR7A 3QEWA 4CJ4A 1BI4A 3NBPA 3DOLA 4OKEA 2D0AA 1KTQA 4FK0A 3HP9A 1TL1A 1JLFA 4KHYA 2OPRA 1A5XA 1RBRA 1A5WA 3VQ6A 3VQEA 4CIGA 3LPTA 4I7FA 1J54A 5KI6A 2D0CA 4CJPA 3KJVA 3SJJA 1LWEA 4BDZA 4FZYA 3DYAA 1BCMA 3LALA 3AO4A 1JLCA 2G8HA 1BQMA 3OJSA 5C24A 4LSNA 3RMBA 3OYEA 4ID5A 2Z1JA 2ZD1A 3AVKA 3OJUA 4FLWA 4CEEA 4DTSA 1X9SA 2XY5A 2VWKA 1HYSA 3SPYA 1EXQA 4DU3A 1X9MA 3S9HA 4FJ9A 5FDLA 4E7IA 1U49A 1TVRA 3HSTB 1J53A 2RPIA 3I0RA 4KTZA 3MEGA 5DMRA 1HMVA 5C25A 1KFSA 4J2EA 4CJLA 5HLFA 1EP4A 1VSEA 2FBTA 3ALYA 3AVBA 4Y1CA 3SV4A 3TARA 4DSEA 3SCXA 2IGIA 3NAEA 1Y97A 2P51A 1VSIA 4DS4A 2AJQA 3E01A 4C8NA 5J2PA 1C1CA 4LH5A 4FJHA 3H08A 3OYHA 3KK2A 4DTRA 3WNFA 2QK9A 4M3WA 4KHQA 1RBSA 2E6LA 3KIOA 3TAMA 3VQCA 3ZT1A 4CF9A 3QNOA 1QTMA 4FJIA 2X74A 3D0PA 1HQEA 1WLJA 1YTAA 3O4QA 3EYZA 3VA3A 3AO5A 4ELTA 1NKCA 1FKOA 1T7PA 3QEIA 2YHBA 3VQQA 3EY1A 4W5NA 3OY9A 1RTDA 4DSLA 4IFVA 4FJ7A 4IDKA 3S3OA 1RDCA 1BIUA 2YV0X 3CYMA 3M8QA 4HUFA 1SL1A 4CJRA 1SL2A 3O3FA 3OYLA 1LWCA 3TAFA 4JLHA 2PZSA 1JKHA 4CK3A 4FJNA 2G8WA 3IAYA 1CXQA 2IS3A 3RMCA 4KAZA 3HJFA 2VG6A 4CFCA 1TK8A 4IBNA 3NFAA 2NUBA 4FCYA 4FLVA 1RT5A 3THVA 3AVGA 1SUQA 1TKXA 4LH4A 4BDPA 1BISA 2ZQBA 3RTVA 4DFKA 3ITHA 1JL2A 3OYCA 2Z1GA 4G1QA 3AVCA 1HNVA 2G8UA 3V9WA 4J2DA 1L3SA 4DSFA 4KHSA 3T1AA 3SYZA 1HYVA 4CHYA 3DM2A 1IH7A 1I39A 3V9SA 1TKZA 2FC0A 4OKJA 3TAPA 3HO1A 4CGFA 1HYZA 1S5JA 2FBVA 2YKNA 1RDAA 4W5TA 4DQSA 1WSEA 1C1BA 3SV3A 2HHUA 2XRIA 3QETA 3KD1E 3T19A 2Y1IA 1B9FA 3HP6A 4E19A 4Q5VA 1S9EA 1QHTA 5FRMA 4FJMA 1RTIA 4BWJA 3VQAA 4AHSA 4E7LA 3ZT4A 3G0ZA 3LZIA 2A1RA 4B9NA 2OYQA 4M3YA 4M3TA 1VSJA 2HNYA 4E1NA 3HT3A 5JS2A 1T8EA 3U3GA 3BDPA 3MECA 2G8KA 1IKWA 1KLNA 4BWMA 4FJ8A 1RTHA 4B8AB 4IFYA 1RBUA 2RKIA 4FLZA 4M3UA 2HHSA 3DMJA 1JLEA 4CHOA 4RW8A 3CFRA 3ISNC 2RN2A 4FLYA 1JLBA 4DQRA 5HP1A 3PO5A 4L8RB 4LD0A 3CFOA 3ZT2A 1JXBA 1LW0A 4FW1A 4MFBA 1CZ9A 3K59A 4B9SA 1XC9A 3NCIA 3VQBA 3A2FA 1JL1A 4Z4FA 3K5MA 1NJZA 3ULDA 3LAMA 3PUFA 4FW2A 2JGUA 2Q3SA 4GW6A 4EZ9A 4CJ3A 4AILC 4DFMA 2A1SA 3NH0A 3VN5A 1JXEA 2Z1IA 2YNIA 1F21A 1WNSA 1HQUA 3M8SA 1O1WA 3AO2A 4KB0A 2HNZA 4NYFA 4OPKA 3CG7A 3C95A 2X6SA 4H4MA 4FZZA 5EU7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OX9K 3JSMA 4DTOA 4FWRA 1UA1A 4IEIA 4ISEA 4YY3K 2BDPA 3J81O 1RILA 1KD1O 5D3GA 1HJRA 1WSJA 1SL0A 4M3ZA 3VEWA 4JKFA 3TAEA 3O3GA 4ZTFA 2QWQA 4NCGA 4F9OA 2HHVA 4JRQA 3G10A 3H3NO 4KFBA 4HHTA 1GOBA 3MXMA 4N76A 2QI2A 4JEPA 3AVLA 2QWPA 4KBOA 4PHTX 2V7ZA 3CCLN 1M1KO 2FXUA 4X62K 2ATQA 2JLEA 1Z05A 3O6WA 1NGAA 1LW2A 1LV5A 2JWLA 3R1XA 4TSXA 5IT9O 4RWTA 4DQPA 1WSHA 1N5YA 3O4WA 4CHZA 4FJGA 4Z4EA 3AAPA 4DWIA 2LSNA 3V4IA 4CD3A 1KLMA 5I3UA 3LP2A 3MWPA 5LMUK 3IS9A 4IDHA 4WE1A 3OYJA 2XO7A 2YX6A 2IVNA 2Q0UA 2YJFA 3O8MA 4IEEA 3WNEA 1L3UA 4F8RA 2AA4A 1RCHA 2OZMA 1KVCA 4DHYA 4FWSA 4DR4K 3VEZA 5JVGL 1IBKK 4A2BA 4NLBA 1K8KA 1YXQA 5FLXO 4DUYK 1ASUA 4BRDA 5FRNA 1MA9B 4DR1K 1U47A 2YNFA 1BG3A 3ZCMA 2D5RA 4RW4A 1N6QA 3O1BA 3GG4A 4BGBA 1EO1A 3DXMA 4M41A 3NHGA 4CZMA 3KHYA 2E20A 1BIZA 3P5JA 2FLOA 4CJFA 5GAEP 3DLKA 4EHUA 3VF2A 3CFPA 5M1OA 3FE1A 3M6GA 2VGMA 1BWFO 3VQ7A 3RRGA 2FBYA 3VGKA 1Z6RA 1JJ2M 1Q9XA 3CCRN 3OYBA 1NGHA 3K2PA 4BE1A 3MXIA 5AQTA 5BR9A 2KZMA 4HTUA 3CC2N 2P9IA 4LF4K 4FJ5A 2VG7A 1NK9A 3RWUA 5TKWA 4CEDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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