3VQQA

Hiv-1 integrase core domain in complex with 2,1,3-benzothiadiazol-4-amine
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
152
structure length
144
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPYNPMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords POL polyprotein
publication title Parallel screening of low molecular weight fragment libraries: do differences in methodology affect hit identification?
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 53
structure length 144
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3vqqA00
3NH2A 4DWIA 4N41A 2X74A 4PA1A 3ZSVA 1CLQA 4Z0UA 1D9DA 4K8XA 1I39A 4JS4A 3G10A 3OYMA 2JGUA 4CK1A 4IFYA 4DMNA 4W5RA 3RMCA 3DM2A 2P5OA 4NCBA 4KTWA 1R0AA 4PWDA 3SQ2A 4DS5A 1L3VA 1ZBIA 4C8NA 1VSEA 3CFPA 3S9HA 2HMIA 3HVRA 3M8SA 4FLWA 3NH0A 4DU1A 1REVA 2QXFA 2OYQA 3VQ9A 5HLFA 1KTQA 4CK2A 4O44A 2XY8A 3QEVA 1KRPA 3PX0A 3ZT1A 3HP6A 1U4BA 3H08A 1KLNA 4CEDA 4DSKA 3BGRA 2GBZA 4TSXA 3L2VA 3SUQA 1VRUA 2ZQBA 4ID5A 1RT1A 1TKZA 4NCGA 4M3WA 4Z4IA 3AVCA 1YTUA 2B4JA 4KREA 1QE1A 4R5PA 4DQRA 2HNDA 3K57A 4QAGA 2E6MA 4ICLA 3NAEA 4DU4A 2FBXA 3HL8A 1DTTA 3DRSA 3L2QA 1W9HA 3DOKA 4OPJA 4C8KA 5KGWA 4AHSA 1NKEA 1CZBA 3LZIA 4FJNA 1J53A 1TL3A 1D5AA 2NUBA 1TAQA 4AILC 1RDCA 2D0CA 3DLHA 4DSJA 1JKHA 3TAFA 4M3ZA 1HYVA 1QSYA 1EETA 1KVBA 2IOCA 4I9LA 1QSLA 4CGFA 3TAQA 3V9UA 3LAKA 4KRFA 2ZD1A 3KLGA 4RW8A 1NOYA 1JL1A 3NGZA 3ULDA 3AVAA 1JLQA 4KHWA 3OS2A 3HT3A 4QOZB 1LAVA 1WN7A 1LWCA 4CF1A 1VRTA 3OYBA 3KLHA 4FM0A 1D8YA 3RR8A 1SKSA 4FJJA 4JLHA 4J2BA 2VG7A 4BE0A 1L3TA 1JLBA 1GOAA 1YT3A 4Y1DA 3NGIA 1J54A 3SI6A 1L3SA 1S1TA 2OPPA 1JLGA 1ZBUA 1VSDA 5FDLA 2OPQA 2X6SA 2BANA 1IH7A 4LY7A 4CJVA 3DLEA 1VSFA 4E7HA 1WSIA 3HM9A 4DF8A 1NKCA 4EZ9A 1NK5A 2HHQA 4BWJA 3DYAA 3LP2A 1DLOA 4BACA 3HK2A 2E6LA 4Q5VA 5E41A 4CEFA 4AHVA 3SCXA 1SV5A 1XHZA 3HSTB 1FXXA 4KI4A 2DTUA 1U45A 2KFNA 3HO1A 4AHTA 4JRQA 4DTNA 4WE1A 3JYTA 3VQAA 4CGJA 4QCLA 3D45A 3LALA 3VQ6A 5HRSA 4YNQA 2Y1IA 3SQ4A 1C0TA 3TABA 4B9NA 2DFHA 4B9VA 5SZTA 4HCBA 4E89A 2ITGA 3VQDA 1IG9A 3OJSA 2XRIA 1A5VA 3AVJA 3AA4A 3G0ZA 3V1RA 3O3GA 4DLEA 2G8UA 4IDKA 2WOMA 5HP1A 1TKXA 4IFVA 4CJEA 2YNIA 4CJ4A 3SUOA 4FZXC 1RT2A 2A1SA 1VSMA 3AVGA 4CIGA 4CHQA 3RRHA 3L3VA 4IBNA 4FJ7A 4E7IA 3U6FA 3QINA 2YNHA 3OYAA 4E0DA 1KCFA 4CJKA 4OGCA 1IKYA 3QEIA 2PYJA 4PUOA 1WSHA 3HJFA 3O4NA 4OPKA 4CECA 3TAPA 1T05A 4Z4HA 1KFSA 2OPSA 4O5BA 1RTJA 3KTQA 1TL1A 4CJ5A 1U48A 3QEWA 4DSFA 1S9GA 3V9ZA 3LANA 3ZT3A 1TAUA 3V1QA 1C1BA 4CGGA 5JS1A 3T1AA 4F2RA 3OYDA 2IC3A 2FBVA 3RMDA 2X78A 5T7BA 3RR7A 1GOBA 1TKDA 4BDZA 5KGXA 1BGXT 3KLEA 4DQQA 3M8QA 2HHXA 4M41A 3HPHA 3QLHA 3AVFA 4YFUA 4CJSA 3RRGA 3ZSYA 4JS5A 3ZSWA 1ZBHA 3OVNA 3SUPA 4FK4A 4C8MA 1WLJA 3NF8A 2B6AA 1HMVA 3AO2A 3QIOA 4H4MA 2OZSA 2ATQA 3THVA 3ZSOA 1EXQA 1JLCA 3WNHA 1X9WA 1WSFA 4DLGA 1RT3A 1NK4A 3MEDA 1RNHA 1TVRA 3D0PA 1Y97A 4IG0A 3L8BA 3T19A 2P5GA 4E1MA 1Q8IA 3KKRA 2G8VA 3LWMA 5J2PA 1BL3A 3RTVA 4UQGA 1IKVA 1S6PA 5DK5A 3RMBA 3K5NA 4BDPA 4FJLA 2EHGA 4B9SA 1RTIA 1SL1A 3T3FA 2I5JA 2KZMA 1N5YA 2KZZA 2HHTA 5SWMA 4G1QA 2YNGA 1XC9A 4DFPA 3NH1A 3K2PA 1S9EA 3OY9A 4B8CA 3NDKA 3CG7A 2EX3A 3L2WA 3L2UA 1RBVA 4CHPA 3NCIA 3I0SA 2G8KA 4DQSA 1SL2A 3CYMA 4PQUA 1VSKA 4CJRA 4LSLA 4C8OA 1S1XA 2XY5A 2FBTA 3LAMA 1QSSA 2Z1HA 1B92A 1RBRA 1QHTA 3CM5A 5FROA 2ZE2A 2VWJA 2YNFA 3QERA 5K14A 3AA3A 4RW6A 4FVMA 4DU3A 4DFMA 2OZMA 4HCCA 4PY5A 3NFAA 1XI1A 3OS1A 1A5WA 4M3RA 4M3TA 1KSPA 5I42A 3ZT0A 4F2SA 4ZHRA 4CJFA 3DMJA 1O1WA 1UWBA 2HNZA 2IS3A 2LSNA 4CEEA 3NE6A 3EZ5A 4FLTA 3KD1E 4FZZA 1MU2A 3DLKA 3UIQA 4W5NA 1LW0A 4LH5A 4CHZA 4FW1A 3OYLA 3VQ7A 3LP0A 4O0IA 2R7YA 3VA3A 5J2MA 3MXIA 4F4KA 5CYQA 4IKFA 3KD5E 3SYZA 3JSMA 1CXUA 4KFBA 1LWFA 1C6VA 3MEGA 3BDPA 2YKMA 2G8FA 3V9SA 4DQIA 4ELTA 4ID1A 4NYFA 5CY4A 1B9FA 4DQPA 3SQ1A 2DY4A 3U3GA 1RDDA 3VQEA 4ZTFA 3O3HA 2PY5A 2GV9A 3IRXA 1WAFA 2D0AA 3PY8A 4Q0BA 4KV8A 2HW3A 3B6OA 3NF6A 4O4GA 4O55A 4CE9A 2OA8A 2HHUA 3AVNA 3KLIA 3OYJA 1RBTA 3O3FA 2QKKA 1J5OA 4B9UA 2D5RA 3ASMA 3DI6A 1G15A 1X9SA 3OYHA 1LV5A 2HVHA 3EY1A 1U47A 1LWEA 1NJXA 1L3UA 4Z4FA 1RCHA 4CEAA 3AO4A 1UOCA 1NK8A 3C95A 1BQNA 1T03A 4M3YA 3L3UA 4BE1A 2X6NA 3AVLA 3MXJA 4DTRA 4MFBA 4HUGA 2G8HA 1T7PA 4J2EA 1ZBFA 1FK9A 3CM6A 3P1GA 3LPTA 1WSEA 2G8IA 4IG3A 3V1OA 3NHGA 2BGGA 2QK9A 4FXDA 4CF0A 3P83D 4GMJB 4DG1A 4CFAA 1SKWA 2HVIA 5KI6A 3QNOA 1Z25A 3PX6A 5FRNA 3AVIA 3QO9A 2BE2A 4NCAA 1BIZA 1YTAA 1RBUA 4AHRA 2KFZA 4J2AA 4FYDA 2Z1GA 3CFRA 1TKTA 5DMRA 3A2FA 4CK3A 4KPYA 2PZSA 4M45A 3NGYA 3LDSA 3ZSXA 3QETA 2FC0A 4FLVA 4DTPA 4OKEA 3I8DA 4E7KA 3AO5A 2DFEA 3KK3A 1YVUA 4CFBA 1NJWA 1BISA 4CEOA 2HNYA 1UA0A 1RT4A 2GUIA 1HRHA 4I2QA 2PYLA 1VSHA 4I7FA 1HYZA 4BDYA 2RF2A 3L2RA 1TK8A 1KLMA 3SQ0A 1BIUA 1FKOA 3E01A 3VQCA 4B9MA 1ASVA 4FLYA 1NK6A 3VQPA 5I3UA 2RN2A 2KW4A 3CFOA 1CXQA 1Q9XA 1RTHA 4LSNA 1NOZA 3HXMA 3K5MA 1VSLA 2RPIA 3TR8A 4I9QA 2O4GA 1HPZA 4B9LA 4N76A 3QNNA 4E3SA 4RW9A 4FCYA 4KTQA 4M3UA 1SKRA 1RILA 4CF9A 4B08A 4CGIA 1EKEA 1S6QA 2XHBA 4DSIA 4K8ZA 4FK0A 4CFCA 4CJLA 3VN5A 4DFKA 3DOLA 1C0MA 1WSGA 4OJRA 5HBMA 3VQBA 3WNFA 3KK2A 3IAYA 4CEZA 3EYZA 3DLRA 4CHYA 1HQEA 1BI4B 3S3NA 3KLFA 3V81A 3WNEA 3SZ2A 2RKIA 4LD0A 3V4IA 2B5JA 3LP1A 3V9WA 4ZTJA 4RW7A 4FJ5A 1S5JA 3OYCA 3NF7A 4NYNA 1WAJA 4B9TA 2F8SA 4FM2A 1W0HA 4GW6A 1TK0A 3OYEA 3TAEA 5D3GA 3V6DA 4KHYA 3IG1A 4O0JA 2AJQA 1RT6A 2QKBA 4E7JA 4ELVA 3K59A 3MXMA 3LWLA 1TV6A 1VK0A 4FK2A 2VG6A 4E19A 1NJYA 4MQ3A 5J2QA 1Q9YA 4KTZA 1IO2A 3OYIA 3TANA 1SUQA 3QIPA 2IDOA 2VG5A 4BE2A 1EP4A 4I2PA 4N5SA 4H4OA 4N56A 3SPZA 3QESA 1WNSA 4CEQA 4KAZA 3K5OA 3HPOA 4FJIA 3O4QA 3PO4A 4LH4A 1UAXA 1RDAA 1IKWA 3C6TA 3SJJA 3WNGA 2DFFA 3OYKA 4OKKA 2YV0X 4JRPA 1BCMA 2F96A 4RW4A 2KQ2A 4CF8A 1J9AA 4E1NA 1HJRA 3K5LA 1FKPA 2YHBA 3AO1A 1RT5A 1S1UA 4Y1CA 5HRRA 4EP4A 4W5QA 4F3TA 1C0UA 3S3OA 3VQ4A 5HROA 4OLAA 4OLBA 3ZCMA 4L8RB 2VWKA 1C1AA 2HHVA 4B8AB 1C1CA 1HNIA 3VQQA 3AA2A 3ITHA 1BI4A 4E7LA 4FJ9A 4DF4A 4CJWA 3HPGA 3KIOA 1QS4A 1U04A 4KHUA 3LZJA 4C8LA 4KO0A 1JLAA 4EP5A 1L5UA 4CJ3A 5FRMA 3ZSRA 5J1EA 3C94A 4AHCA 4HHTA 2KTQA 3PV8A 1NK9A 1A5XA 2XY7A 2F8TA 4ELUA 1JL2A 4M42A 3AVHA 4Z4GA 1ZYQA 3KKSA 1N6QA 1VSJA 4FLZA 2D0BA 4CJTA 4FJKA 1ITGA 1KVCA 4CEBA 4FJXA 3M8RA 5KRSA 1JXBA 4DTJA 3S3MA 4AHUA 1JLFA 3OS0A 4J2DA 4KI6A 4B3OA 1U49A 1ASWA 3HP9A 1SL0A 1VSIA 3C6UA 1KVAA 2E4LA 4Z4CA 3OYNA 4HVJA 3TI0A 2FBYA 4KHQA 3PX4A 4EZ6A 2P1JA 4F3OA 2A1RA 1QQCA 3ZT2A 3K58A 1GOCA 3TAMA 1JLEA 3NF9A 3TWHA 2JLEA 3ZSZA 4DTUA 1JXEA 3LPUA 5C24A 4CHOA 5KRTA 2YKNA 3OYFA 4FJGA 1S1WA 3QEPA 1ZBLA 2BDPA 4DTXA 3ALYA 5HRPA 4FJHA 1KFDA 1RT7A 5J2NA 3M8PA 3MEEA 1NK7A 4FW2A 4M3XA 3AVKA 4CIFA 1NKBA 4FJMA 1TK5A 2Z1JA 1B9DA 3F73A 4HUFA 4AH9A 3P5JA 4N47A 1BCOA 4KKOA 1BQMA 1RTDA 1HQUA 3KK1A 3CQ8A 3SPYA 2G8WA 3ISNC 3OJUA 4DSEA 1XWLA 4CIEA 3SV4A 4OKJA 4CJUA 2Z1IA 3SV3A 4Z4EA 4OVLA 4CJQA 2P51A 4H8KA 3HYFA 3DLBA 4CERA 4XIUA 3SUNA 3RMAA 3NBPA 4BWMA 4F8RA 4CF2A 5CYMA 5KTQA 2XO7A 4FLUA 4KHNA 4W5OA 1X9MA 3TAGA 4KB1A 4DTSA 4DTOA 1LAWA 2HB5A 1XHXA 3VA0A 2ETJA 3F9KA 4RG8A 1DTQA 1EX4A 4CGHA 1X1PA 3AV9A 2HHWA 1K6YA 5CZ2A 1RDBA 4CJPA 3VQ8A 1D9FA 4DTMA 4FM1A 4HUEA 3MAQA 3RWUA 3AA5X 1Z26A 4KB0A 5C25A 4HTUA 4CCHA 3I0RA 3ZT4A 3QEXA 1WSJA 4DS4A 4CHNA 3TARA 4W5TA 3B6PA 4DFJA 3HVTA 2W42A 3U3YA 3VQ5A 1S1VA 3IS9A 1IKXA 3PO5A 2HHSA 2WONA 3ZSQA 2XY6A 1T8EA 2OPRA 5C42A 4FLXA 3AVBA 3OYGA 2Q3SA 1HNVA 4DSLA 1CZ9A 2Y1JA 4FZYA 3DLGA 1UA1A 1HYSA 2O4IA 1ASUA 2YHAA 3AVMA 3LP3A 4CFDA 2IGIA 3DRRA 4CESA 5HRNA 3V9XA 5CZ1A 2IAJA 3AO3A 1NK0A 4FJ8A 3KJVA 3SNNA 1F21A 1TGOA 5JS2A 4OGEA 4CGDA 1NJZA 5EU7A 3DRPA 1I3AA 1LW2A 1BHLA 1RBSA 3FFIA 3MECA 3PUFA 4GVMA 4KHSA 1QTMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YOYA 3O80A 3GE1A 1I39A 4JS4A 3TI0A 4CK1A 1GLLO 1R59O 4IFYA 3DM2A 4PWDA 1L3VA 5FPEA 4C8NA 3ZX3A 2NZTA 3S9HA 2HMIA 3NH0A 1KAXA 1BU6O 3VQ9A 4DV6K 2NRZA 5AZIA 3QEVA 1KRPA 4JKBA 2NNWA 4IEEA 4IOXA 4CEDA 1RT1A 2HBLA 3AVCA 2RHKA 3UE5A 1QE1A 4DQRA 2HNDA 3E9LA 3P39A 2GTDA 4C1NK 1W97L 3VENA 1DTTA 3DRSA 1VQ4N 4FJNA 1J53A 5AQZA 1KQSM 1TL3A 3VEYA 2NUBA 1TAQA 2VGMA 2D0CA 3DLHA 4M3ZA 5LJWA 1QSLA 3V9UA 3WXJA 3OBYA 4YDUC 3AVAA 3NVMA 3HT3A 4QOZB 4XEIA 4CF1A 1NGBA 4FM0A 1QZ6A 1YT3A 2X6SA 1IH7A 3QFPA 1VSFA 4E7HA 1WSIA 3SMSA 5LMNK 4EZ9A 5AQXA 4BWJA 4GV9A 3FFKB 2VGNA 3HK2A 4Q5VA 4DB3A 3J81O 5E41A 3HI0A 3SBGA 4CEFA 5KPTA 1SV5A 1FXXA 1Q18A 4DQ8A 4AHTA 5AR0A 4KH5A 1NLVA 3VQAA 3LALA 3VQ6A 4JYAK 4YNQA 1C0TA 3TABA 2CGKA 4A62A 5AZJB 1A5VA 2A3ZA 4B3TK 3BZCA 3V1RA 3O3GA 3T7ZA 4IDKA 5CE3A 3OBWA 4FZXC 4DV7K 4M7XA 3AVGA 4JKGB 4IBNA 5A2QO 4E7IA 4CJKA 4BG9A 5FPDA 4GV3A 3GDQA 3O4NA 3KTQA 1KFSA 3LANA 3ZT3A 3MDQA 1C1BA 5JS1A 2UYTA 1TKDA 5BR8K 4PHTX 5KGXA 2HHXA 4DQQA 3D7EO 2F9TA 2GWJA 4FK4A 2NLXA 1WLJA 3AO2A 5AJ3K 3AARA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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