3WBEA

Rice os3bglu6 beta-glucosidase e178q mutant in a covalent complex with glc from ga4ge.
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
478
structure length
478
Chain Sequence
GLTRGSFPEGFVFGTASAAYQYEGAVKEDGRGQTIWDTFAHTFGKITDFSNADVAVDQYHRFEEDIQLMADMGMDAYRFSIAWSRIYPNGVGQVNQAGIDHYNKLIDALLAKGIQPYVTLYHWDLPQALEDKYKGWLDRQIVDDFAAYAETCFREFGDRVKHWITLNQPHTVAIQGYDAGLQAPGRCSVLLHLYCKAGNSGTEPYVVAHHFILAHAAAASIYRTKYKATQNGQLGIAFDVMWFEPMSNTTIDIEAAKRAQEFQLGWFADPFFFGDYPATMRARVGERLPRFTADEAAVVKGALDFVGINHYTTYYTRHNNTNIIGTLLNNTLADTGTVSLPFKNGKPIGDRANSIWLYIVPRGMRSLMNYVKERYNSPPVYITENGMDDSNNPFISIKDALKDSKRIKYHNDYLTNLAASIKEDGCDVRGYFAWSLLDNWEWAAGYSSRFGLYFVDYKDNLKRYPKNSVQWFKALLKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase 6
publication title Enzymatic and structural characterization of hydrolysis of gibberellin A4 glucosyl ester by a rice beta-d-glucosidase
pubmed doi rcsb
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 200
structure length 478
sequence length 478
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2013-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3wbeA00
1W1VA 3F5KA 5A8QA 1QI3A 2D3LA 1G0CA 1W3KA 2J74A 3NIYA 1HKIA 3UEQA 4AZCB 1MW3A 3BC9A 5HBFA 2W4XA 3MUZ1 1TUXA 3PTKA 1XSIA 1J0KA 1KB3A 2E8YA 1US3A 4JKLA 4MTVA 3RJYA 3WQ5A 1W9PA 1EOMA 4PYSA 3T0BA 3OB8A 1C8QA 5I3DA 3UCQA 3B9AA 5AYIA 1V02E 5AY7A 2VI0A 4WSJA 1FP9A 5HPOA 1WAWA 3W27A 1QW8A 1GQKA 4OBRA 3L4YA 4UQBA 7A3HA 4CU8A 3ARSA 1J0JA 4Z2KA 4JFUA 2Q8XA 1G9HA 4MDOA 4CKQA 1UD6A 1VEOA 4CCCA 4GZEA 3RDKA 4LXFA 4CD7A 5I78A 3GH4A 4WKFA 1R86A 2EPNA 2WSKA 2J7CA 1ZBWA 4QCEA 1EO5A 1SMDA 4H04A 2XIIA 1ZB5A 4MJ4A 1F4HA 3AIWA 3ARUA 1UQZA 1NM9A 1XH2A 4FF5A 3CO4A 3D3AA 3VDBA 1MYRA 2G4FA 3WD2A 2YIHA 2CPUA 2GJPA 3GH5A 3SCOA 3RM8A 1NH6A 3ZT6A 2DQXA 3WMCA 2GDUA 1GONA 3VNZA 3ZIZA 4W5UA 4E4PA 4Z2LA 1E56A 2Y8KA 1MW0A 1AMYA 3ARYA 4UQCA 1GVIA 1GOMA 1H1NA 1E5JA 3ZJKA 1D2KA 1YQ2A 1W91A 5E09A 3KZSA 3VGGA 4W86A 3TA9A 1E6XM 4P7RA 1VBRA 1GVYA 1BYAA 1V3MA 2D0GA 4MJ2A 1BGGA 1OT1A 4ACZA 2PWFA 4D6JA 1UKPA 3G6MA 4J3TA 3GDBA 4UOZA 1G94A 4PBGA 3EDFA 1CECA 3AMDA 3BMWA 3UG5A 3WL1A 3MMWA 5JBFA 4TXEA 4H8UA 1GPFA 2UY5A 2V3DA 4OBSA 3VPLA 3TTSA 4L4PA 1TVPA 1J0IA 1GOQA 2FH8A 1UWIA 2UY3A 4W7WA 4ATLA 3VGEA 4AD1A 2A3EA 3ZJ8A 3O6AA 1JIBA 4K68A 2XFRA 4ZENA 3TP4A 1W2VA 2D20A 3ARWA 1J0ZA 2ZWZA 4GI9A 1BFNA 2ZX7A 1CGXA 2WVUA 4AIOA 1ECEA 3T2QA 1KQZA 7TAAA 2HISA 1UKOA 4JAWA 1GQIA 1L8NA 1HNYA 1LWJA 3AYSA 2EXOA 2W62A 2VVNA 2DPEA 1LL4A 1DEDA 1E6SM 4U2ZA 5EFFA 5I2UA 4AIEA 1QI5A 1UZ1A 2WCAA 4ML4A 2GJXB 2AOSA 5CGTA 1XD0A 2VUYA 4L4OA 3PZQA 1XHGA 4BF7A 5FKYA 1KQYA 1I1XA 1W32A 3VGBA 4DUVA 4W93A 1C7SA 2YDQA 3OLGA 1UD5A 2D22A 4DM1A 3PZVA 3WUBA 3VDCA 1M7XA 4Z2IA 4GO8A 3AFBA 3PZUA 4Q22A 2ZICA 4PTMA 4D6FA 4HZ7A 1MWOA 4GKLA 4MPKA 3K8MA 5HNNA 3BAKA 3OLEA 4P8UA 2XGBA 3SURA 5ABGA 3EYPA 4UCFA 3IJ7A 1NOWA 3AIQA 1JG9A 4OOUA 1X6LA 1NQ6A 4QAWA 2YOCA 2GDVA 2CYGA 1HJVA 1OCQA 3AS2A 1E15A 2G3JA 1XCWA 2FHFA 2BVDA 2E9LA 3GYCA 2YDRA 1OT2A 5HPCA 3NCOA 1ZBCA 3SUVA 1C92A 2BXZA 3POHA 1DWGM 2VRKA 5FCZA 2WCGA 3KEHA 3N18A 4XB3A 3WEOA 2WWCA 1JAEA 3W0KA 2CHOA 5C8BB 1E55A 1GOKA 1UD3A 2FGZA 4N42A 2ZUUA 3CH9A 4WJXA 3MO4A 2WANA 2ZOXA 1Q6DA 3BAWA 4HA1A 4B9ZA 2WBGA 4LYQA 2WHKA 2X1IA 4ZXLA 4UTFA 2YBTA 2W5FA 3NSXA 4PUEA 1WZAA 3RIKA 3B9DA 4UQ9A 3L4ZA 4HA4A 3GH7A 4PMDA 4JFVA 1B3ZA 3VUPA 2FDMA 2WZHA 2J75A 2O92A 1LL6A 3WUEA 1ZJBA 2J25A 5HDRA 4TTUA 1PX8A 2VRQA 1FFQA 1G5AA 3AHXA 5FD0A 3OLIA 4GZIA 5CLTA 1V3KA 1BYDA 3WH5A 4J3SA 4AZGA 2VZOA 4GI8A 4D6GA 3APGA 2VC9A 4JIEA 3ZO9A 5CGMA 4PCSA 2WVVB 2V3EA 3SCRA 1GOOA 2Z1SA 2VR5A 5BRPA 5FL1A 2OSXA 2DT1A 2F2HA 1VENA 2X09A 4BZYA 4D6DA 2A3BA 4F79A 1KXTA 4U33A 1BF2A 1MXGA 2XGIA 3VTRA 5A8OA 3ARRA 3VIKA 1KGXA 1B3VA 2Y2WA 3AMLA 4QP0A 4GZJA 2WHMA 4ZFMA 4E8DA 1HXJA 2WBKA 3WH8A 4PMZA 5M17A 3MSGA 2PBGA 2XVPA 1CIUA 4W88A 3CUGA 2PWGA 2XUCA 2OYLA 3BSGA 5KZ6A 4ATWA 2QV4A 3DYMA 1W2PA 3TTYA 2CXGA 4HMEA 2PWDA 1P6WA 4MB1A 4RE2A 3M07A 1H2JA 2CESA 2WZEA 2VZUA 3OZPA 4TUFA 3CZEA 1GQLA 3L4XA 3M46A 3AJ7A 4P7NA 1JZ4A 2O9OA 3OBAA 3PZIA 4JZ5A 4M1RA 2EPKX 4DWSD 4TTGA 3VD3A 1HVQA 4H8HA 4HPHA 1B0IA 1CNVA 3VIIA 3WQ6A 3GZAA 2WMKA 3SEPA 4MADA 2PC8A 1E5NA 1TE1A 3AMGA 2CKSA 5LYRA 1O7AA 1UWUA 3WD4A 4W89A 4M56A 4HTYA 2G3NA 4TVUA 3TTOA 2PB1A 1GZJA 3T0DA 2ESCA 3GTNA 4CD6A 1QHOA 2J7DA 1BSIA 3K8LA 1B3XA 4NI3A 4U5KA 1E73M 1GOIA 1C90A 3AQUA 1MFUA 4A3HA 3D5HA 4HMDA 3U7BA 2J7BA 1C8XA 4UFKA 1K9DA 4HA3A 1H49A 2J7FA 3VVGA 1ISZA 2WYSA 1V3LA 4KGJA 1CXKA 4JFTA 5M03A 2VZVA 3AIEA 5A6KA 1WO2A 5I77A 2BY2A 3VD7A 3VIPA 4AISA 2X8RA 4P7LA 9CGTA 4W7VA 1NWTA 2YL5A 3IAPA 2BS9A 2DSUA 3AICA 4W8LA 1Q4NX 1GQJA 1GCYA 1V6WA 3AROA 1Y7VA 3MUY1 3PTMA 3W6MA 1B90A 3B9EA 5CSUA 1ISWA 2DDXA 4TVDA 4H7VA 2GK1A 5CJ5A 3RPMA 2XVNA 1LWHA 2BVTA 3EMCA 4QLLA 1EDGA 2O9RA 4AZ7A 1V6VA 4CN4A 1UR4A 1JXKA 5AC4A 2OSWA 1R85A 1W9UA 2RGLA 4XUYA 3W81A 1E71M 2W67A 2QHAA 2B31A 4B9YA 1JDCA 4DUWA 3SCNA 4P8WA 4M29A 4R27A 3NDYA 2O9TA 4LPCA 3WUFA 3ZT5A 2WSPA 3KL5A 2XVLA 1CXHA 1JYNA 1EDTA 2VCBA 4OUEA 1V08A 4WIWA 1PAMA 1V6YA 1JZ8A 1CDGA 1M04A 3WNNA 3BCFA 3N04A 1GHSA 1B1YA 1OSEA 1V02A 3K8KA 4N0RA 1FH9A 1VRXA 3MSDA 1AQ0A 2Y8VA 1FHDA 4PMUA 2OWXA 3ARPA 4LGXA 3I3BA 3K4DA 3SIMA 3UR7A 1JF5A 1O6IA 5DT5A 3AIBA 4JKMA 3VD4A 3W38A 1Q6CA 1QHPA 1QBBA 2XG9A 1KXHA 3T2OA 1U2YA 2UWFA 4E2OA 4J3WA 1UUQA 1JF6A 2YKKA 4AD2A 2YL9A 3ZR6A 2FHCA 1NWRA 3VNYA 1W1YA 1EO7A 3SCVA 3VIMA 2WKGA 3AHTA 3WNPA 5A3HA 1CGWA 2EPLX 5BXSA 1QNSA 4X0VA 3TONA 3TTQA 5ABFB 2D3NA 4E8CA 3W28A 4YN5A 1TZ7A 4U5IA 1BGAA 2ZXDA 4BQ4A 1WDRA 1E40A 1E0XA 4P8VA 3L2LA 3WDHA 3WNOA 3WMBA 4W8AA 1E4NA 3WNKA 1M01A 4MB3A 5CPTA 2EPMX 1QI0A 1BG4A 1FFRA 4MNJA 3HJEA 4AY1A 1E0VA 3HU7A 2BHYA 2V5CA 3G6LA 3VMPA 4B3KA 3S2CA 1LG2A 1EHAA 3OA5A 2ZUTA 3AIRA 1U30A 4CGTA 5ABEA 1PX3A 4BCEA 2WMFA 3MV11 3U5UA 3ZQ9A 1XV8A 1NOFA 1XH0A 2D23A 1F4AA 4UQEA 3PZGA 4PN2A 1GORA 1JAKA 1IV8A 3THCA 3RILA 5A2CA 1V3JA 1VJZA 3WDJA 5D9PA 5CPSA 3S6TA 4BS0A 3WDPP 4U3CA 1WZMA 1UG6A 4CD4A 3ALGA 3UETA 3L4TA 1E1FA 1DP0A 1C93A 1H0GA 3MS8A 5BCAA 2QMJA 3WDRA 5D9OA 4UFHA 3VGDA 2DSZA 5CQ1A 2VO5A 2D1ZA 1I75A 5JIPA 1U33A 2OSYA 4GINA 3WQWA 3WF2A 4UQAA 3A4AA 1GW1A 5HXMA 1VEMA 4BQ3A 1JZ3A 3ZM8A 4J3XA 1WDPA 4AIUA 4CU7A 4PTXA 4WSKA 2AMGA 3CMJA 3BXWA 3CZJA 1UR2A 1WDSA 2XM2A 1QVBA 2WNWA 3N13A 3N17A 5I5RA 1CZ1A 1V3IA 4MAVA 1J18A 2VVSA 5CPQA 2IXUA 2WC4A 2ZUWA 3JUGA 2YLLA 4ZE4A 1GJUA 2GJRA 3QHMA 4CN6A 5E0CA 1EH9A 5LA1A 2EQDA 2WMIA 1UA7A 1JZ5A 1H11A 4W87A 2XPKA 3AXIA 4TX6A 5BXPA 4UFIA 1W1TA 4V27A 3GNPA 3DHUA 3BLKA 5C71A 3CZ8A 3U57A 1PJ9A 3VKKA 1J9YA 1TG7A 4JCLA 5ABHA 3SCTA 2CETA 3L2MA 5M5DA 1HKJA 5E6YA 2XHYA 3ZJ6A 1AQHA 3K1DA 4J3UA 3CUJA 1PIFA 3VGHA 3FHAA 3WH7A 3UG4A 2GUYA 1J11A 1HN1A 1DWAM 3W29A 1FA2A 2YLAA 3W26A 1OGBA 1BAGA 1WKYA 4AD5A 2WLZA 4PRWA 4RL3A 4UOQA 3WD3A 1CBGA 2J77A 3NDZA 5IHRA 1KBKA 1HVXA 1X6NA 2Z1KA 3WF1A 1VBUA 2VOTA 4GXPA 2WK2A 1LQ0A 2AAAA 4S3KA 1J01A 1VFFA 3UR8A 5FL0A 5I23A 2O9PA 3FXYA 3VINA 4YHEA 3BGAA 2YL8A 4W85A 5LA2A 4NF7A 3OLDA 1WPCA 2C7FA 3DYOA 4IPNB 8A3HA 2A3AA 3AYRA 2YL6A 1MQRA 3LPOA 1NP0A 1E0WA 3VGFA 5A6BA 1QI2A 3MKKA 2OYMA 3EDKA 1GJWA 1R7OA 1ISVA 3CLWA 4DUXA 1BYBA 1KXQA 3WUGA 3WEMA 5BWFA 2PWHA 4PMQA 4JCMA 4MNKA 3WQ4A 1MQPA 4P8XA 3WF4A 1PX4A 5GNZA 3CHDA 4B15A 3BAXA 4W84A 4GO9A 4C7FA 3RCNA 2ZX9A 2J78A 1E43A 2WMGA 1B2YA 3NSMA 5FOOA 4PSRA 2DSKA 1V0MA 1VEPA 2NSXA 3WNMA 1UD8A 1UR0A 4CVWA 2CBIA 4B16A 3W37A 1HKMA 2ZXAA 2W66A 3WNLA 3AMCA 4QLKA 3VMNA 3BMVA 1VJSA 1W9XA 2WVTA 1UKTA 2VX7A 2NT0A 3A4WA 1SR0A 3W82A 2WMHA 3WDQA 2W63A 1R7AA 1LG1A 5C70A 4H2CA 3W24A 3EMZA 1XC6A 1WCGA 2VNCA 1EGZA 4F9JA 3WKZA 2CITA 3OIHA 3L4UA 1JDDA 1ZU8A 3PZ9A 4Z2GA 4F9DA 5DMYA 3CTTA 4XZBA 2RGMA 3OGSA 2WWDA 2V3GA 4KGLA 4W7UA 4D1JA 2J79A 5IFTA 4MDPA 1KFWA 3ARZA 4HOWA 3RM4A 4LQ1A 3MU7A 1H41A 1JD9A 1ISXA 5A8PA 3IJ9A 2WMJA 2E8ZA 3MMDA 2YDSA 1W9DM 2JF7A 3WFLA 1QBAA 2ZX5A 3KE0A 5CLWA 3GXDA 1V6UA 4QDMA 1QNPA 3FY1A 2WHLA 4FLRA 5IFPA 4M81A 4H8VA 3WEZA 1NWSA 2FHBA 4S3JA 2CNCA 4UOJA 1ITCA 2J8FA 4JL2A 5EBAA 3WQVA 4FLQA 3AMKA 1JFHA 4NSBA 3AHZA 4DWSC 1GUVA 3A47A 3AS3A 1E72M 1K9EA 2VZSA 1RP8A 1DWJM 3CHCA 1EHNA 3THDA 3T2PA 3AHVA 1HKKA 3BCDA 4ACZB 1V0LA 1JI2A 3WY1A 3VIJA 1V0NA 1X1NA 4MB4A 1JNEA 4KRTA 3VMOA 1XGZA 1YHTA 3SCPA 1JD7A 5IXEA 2YA1A 3W6LA 3N15A 5M3WA 1J0HA 1W3HA 1WZLA 2BHUA 2E9MA 1CLXA 5D8ZA 2HVMA 4B3LA 1GNXA 4HZ6A 3CZGA 1J0YA 3CGTA 1PEZA 4LYRA 4PCTA 2TAAA 3BSHA 4UR9A 1B30A 3DECA 4MB5A 4BA0A 1TMQA 4H41A 4Z2HA 4Q7NA 2XM1A 4IM4A 2CBJA 3J7HA 1ZS2A 4D1IA 1EQPA 3L4WA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1W1V A;  3F5K A;  5A8Q A;  1QI3 A;  2D3L A;  1G0C A;  1W3K A;  2J74 A;  3NIY A;  1HKI A;  3UEQ A;  4AZC B;  1MW3 A;  3BC9 A;  5HBF A;  2W4X A;  3MUZ 1;  1TUX A;  3PTK A;  1XSI A;  1J0K A;  1KB3 A;  2E8Y A;  1US3 A;  4JKL A;  4MTV A;  3RJY A;  3WQ5 A;  1W9P A;  1EOM A;  4PYS A;  3T0B A;  3OB8 A;  1C8Q A;  5I3D A;  3UCQ A;  3B9A A;  5AYI A;  1V02 E;  5AY7 A;  2VI0 A;  4WSJ A;  1FP9 A;  5HPO A;  1WAW A;  3W27 A;  1QW8 A;  1GQK A;  4OBR A;  3L4Y A;  4UQB A;  7A3H A;  4CU8 A;  3ARS A;  1J0J A;  4Z2K A;  4JFU A;  2Q8X A;  1G9H A;  4MDO A;  4CKQ A;  1UD6 A;  1VEO A;  4CCC A;  4GZE A;  3RDK A;  4LXF A;  4CD7 A;  5I78 A;  3GH4 A;  4WKF A;  1R86 A;  2EPN A;  2WSK A;  2J7C A;  1ZBW A;  4QCE A;  1EO5 A;  1SMD A;  4H04 A;  2XII A;  1ZB5 A;  4MJ4 A;  1F4H A;  3AIW A;  3ARU A;  1UQZ A;  1NM9 A;  1XH2 A;  4FF5 A;  3CO4 A;  3D3A A;  3VDB A;  1MYR A;  2G4F A;  3WD2 A;  2YIH A;  2CPU A;  2GJP A;  3GH5 A;  3SCO A;  3RM8 A;  1NH6 A;  3ZT6 A;  2DQX A;  3WMC A;  2GDU A;  1GON A;  3VNZ A;  3ZIZ A;  4W5U A;  4E4P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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