3WNEA

Cyclic hexapeptide pkidng in complex with hiv-1 integrase
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
154
structure length
138
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein/peptide
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
publication title Hexapeptide mimetics of LEDGF in complex with HIV-1 integrase
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 47
structure length 138
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3wneA00
1BIZA 4IBNA 3OS0A 4BDZA 2A1RA 1KLNA 4E7KA 4HVJA 2OYQA 1ITGA 4FM0A 1KLMA 3CYMA 3LZIA 2VG7A 4DTPA 3RMDA 2GV9A 4B9UA 3VA0A 2VWJA 4RW6A 5KRSA 2I5JA 3OYFA 4E1MA 3TARA 3RRHA 4C8NA 4H4OA 4M3UA 4CJLA 3VA3A 4KHQA 2HHVA 4CEQA 5SWMA 3KLEA 2HB5A 1U47A 2F8SA 2ZQBA 4O55A 3VQDA 3V81A 1NK0A 3ZSYA 3SV3A 2DTUA 3P5JA 1S6PA 4GMJB 3IG1A 4FK4A 4EP4A 4M3YA 1RTIA 3TAMA 4O5BA 4Z0UA 5KGWA 3ZSQA 3K5MA 5CYMA 1CZ9A 3ZSXA 3V9UA 2HMIA 4CK3A 1TL3A 1WN7A 4DMNA 4CHZA 4MFBA 1LWEA 2G8FA 1QQCA 2VG5A 3K5OA 1A5WA 1J9AA 4DFPA 3LWLA 3NGIA 1UOCA 3SPYA 2HVHA 3MXIA 3K5LA 3LAMA 5J1EA 3V9WA 4NYNA 4N56A 4HHTA 2OPSA 4F4KA 4FK2A 3RMBA 3DLKA 2ITGA 1KFSA 4ZHRA 4AHUA 3KIOA 2HHTA 1S1XA 2XO7A 5HRNA 3ZT0A 3OYIA 3SUNA 3ZCMA 1ZBIA 4CJQA 2WOMA 2PYJA 4FJJA 3EYZA 1JLBA 2IAJA 3I8DA 3L2VA 4FLWA 3HXMA 3RMAA 3NH1A 4KI6A 4Z4HA 2W42A 4M3RA 3UIQA 4RW9A 2ATQA 3TAFA 1NK8A 4DU4A 3MXMA 3VQEA 3ZSRA 2DFFA 2XRIA 4N5SA 1Z26A 3RR8A 4KI4A 1QSLA 1TK0A 4CIEA 3G10A 4YNQA 4O0JA 4OVLA 3NH2A 2IOCA 4CFAA 2G8KA 2G8UA 2G8IA 4FM2A 4DF4A 4F8RA 3QNNA 4KV8A 3JSMA 3NE6A 1BI4B 1Q8IA 4MQ3A 4BWMA 3KK2A 4CGIA 3V6DA 4Z4IA 4DLGA 3NF7A 1JLFA 4LSNA 4CJKA 1C0MA 1TL1A 3ZT1A 3HT3A 3M8PA 1LV5A 3OVNA 1NOZA 3V4IA 3TI0A 3DOLA 1ZYQA 4DU1A 4W5OA 2G8HA 4CGJA 4JRQA 3KK3A 4CK1A 3MEGA 2QKBA 1KSPA 1YT3A 3DLGA 3SZ2A 4HUGA 5D3GA 1C1AA 1LAVA 2D0BA 3EY1A 1BI4A 3ISNC 4CJSA 3KJVA 4CF0A 4DSJA 4B9NA 4BDPA 2DFEA 3E01A 4AHCA 4CEDA 2YNFA 3OYGA 1JLAA 3QLHA 3VQ6A 4CFDA 1RTJA 3NF8A 1NJWA 4OGEA 3HJFA 4O44A 1RT2A 5HRSA 1VRTA 3RTVA 4FLXA 2XY5A 2KZMA 1FKPA 4CJTA 1SUQA 2OZSA 1KCFA 4KKOA 4KREA 1HMVA 3D45A 1BQMA 1TV6A 5HRPA 1J53A 4HUEA 4ELVA 4PQUA 1EX4A 1Y97A 1T7PA 1ZBLA 2F8TA 4CIGA 3AA4A 4O4GA 1IO2A 3H08A 4Q0BA 1EP4A 4KTQA 1LWCA 4KO0A 3V1RA 1JLGA 4QOZB 1I39A 4CHYA 4AILC 3TWHA 2FBVA 5EU7A 3OYLA 1WSHA 2HNYA 2XY8A 3QNOA 3SQ2A 3BGRA 4W5TA 3RR7A 2YKMA 2YV0X 4CERA 4N76A 3RMCA 4J2EA 4QAGA 1TAUA 1BQNA 2IS3A 1WAFA 1S1VA 1RDDA 3AVNA 1Q9XA 3LP3A 4DTUA 1C6VA 4CECA 4B9TA 3DLEA 2HHWA 4G1QA 4CEAA 3DRRA 4B8AB 3OYBA 3B6PA 1BISA 3DI6A 1F21A 1QS4A 5KRTA 3SV4A 1D8YA 3CM6A 4K8ZA 2Z1GA 3AVGA 4ID5A 4OGCA 3HP9A 5CY4A 4JS5A 1J5OA 3DM2A 2PZSA 4DSKA 3AO5A 4FJHA 3AO1A 2E6MA 3M8SA 2Z1HA 3P83D 4BE2A 3HYFA 1DTQA 1CXQA 1UWBA 1FK9A 2X6NA 3ZSOA 3VQ8A 4B9SA 3CFOA 3U3GA 1NOYA 3OYJA 2KFNA 1SKSA 5HBMA 3L3VA 3AO2A 4WE1A 3NAEA 1TGOA 1RBUA 3SPZA 4N41A 3AVHA 4FJIA 3O3FA 4OLAA 1JXBA 2P5OA 1QHTA 1VSLA 4DLEA 4DSFA 4IG0A 3EZ5A 3P1GA 5J2MA 3MECA 2X74A 2Y1JA 4DQIA 4FJ8A 3ITHA 4FLTA 1B92A 2P1JA 4RW8A 1J54A 3V9SA 3HSTB 2EX3A 4CHQA 3ZT3A 2KTQA 1EETA 3OYCA 3L3UA 4IG3A 3SQ1A 1X9MA 3SUQA 4DFMA 1NK4A 1RT4A 4DFKA 3ZSVA 4BE1A 4ZTJA 2YNGA 1D5AA 3NFAA 5JS1A 3LANA 4JRPA 1RT5A 3LP0A 1WAJA 1HYVA 1ZBHA 3MAQA 1D9FA 4ELTA 1VSFA 4FZZA 1XI1A 3O3HA 2YNHA 1FXXA 4FZXC 1SV5A 3IS9A 3QETA 4RW7A 4W5RA 2B6AA 3LPTA 2O4IA 1VRUA 1RBSA 4LY7A 2RKIA 1TKTA 4E7LA 3MEEA 3S3OA 3HPHA 3LP1A 5CYQA 5SZTA 1WSFA 3AVLA 1NK5A 1HYSA 4EZ9A 3TAGA 3AVFA 4M3TA 5CZ2A 4B8CA 1QSSA 1HQEA 3PO4A 4ID1A 1RT6A 1R0AA 1VSDA 4FW1A 1YTUA 1X9SA 1SKWA 3C94A 2BDPA 3CM5A 1UA0A 2FBTA 4DFJA 4J2DA 1BHLA 3QEPA 1G15A 4TSXA 4FJ5A 4M45A 2KFZA 5J2NA 2X6SA 4GW6A 4OKJA 3TAQA 3HVTA 4LD0A 1ASWA 1ZBUA 1CXUA 3AVMA 4DTSA 3I0RA 3PUFA 2OPQA 2P5GA 1XC9A 2IC3A 3CQ8A 3QEXA 3RWUA 1RBTA 2X78A 1WSEA 3KLHA 4DSLA 4FZYA 3AV9A 2FBYA 1A5VA 1CZBA 2JLEA 3SUOA 1HNVA 1XHZA 3JYTA 1TKXA 1WSGA 2HNDA 3G0ZA 4CF1A 1TVRA 1U4BA 2Q3SA 3L2RA 4KTZA 1IKWA 3V9XA 2RPIA 3PX6A 1NK7A 3NF9A 4FYDA 1RBVA 4DQPA 1RDBA 3LZJA 2WONA 4LH4A 4LSLA 4OJRA 4K8XA 4DTMA 3QERA 2GUIA 3K59A 1IKXA 2XY7A 3WNFA 4PA1A 3KKRA 3ZT2A 1JKHA 4CEZA 4HUFA 3WNHA 3RRGA 3NHGA 4C8MA 2HVIA 1RT3A 1C1BA 3V9ZA 4CEEA 5T7BA 4CF2A 3AA5X 3VQ5A 2D5RA 2E6LA 3CG7A 4OKEA 3AVJA 3U6FA 1HNIA 1S5JA 3A2FA 1SL2A 1BIUA 2B4JA 3QINA 3O4QA 1L3VA 4FXDA 4FK0A 3QESA 2ZD1A 4CFBA 2VG6A 4CFCA 4EP5A 3PX4A 2EHGA 4DU3A 4OPJA 2XY6A 3ZSZA 3LWMA 3KLGA 4F2SA 4FCYA 4FJNA 1S1WA 1IG9A 4FM1A 3SJJA 1N5YA 2YKNA 4KHWA 3NGZA 5I3UA 5HLFA 4KB0A 1MU2A 4FJXA 1TKDA 2FC0A 1K6YA 1X1PA 4Q5VA 4CJRA 3K2PA 2F96A 5DK5A 3K58A 4XIUA 4E7JA 1U04A 3HL8A 3C6TA 1TK8A 3DLHA 1L3SA 3O3GA 1NKBA 4KPYA 5FRNA 1Q9YA 4KRFA 1RTHA 4Z4CA 4R5PA 2KZZA 1IKVA 4C8KA 4E3SA 4FLUA 1KRPA 2OZMA 1U48A 1S9EA 2KQ2A 4QCLA 3DMJA 3LPUA 1REVA 4FVMA 2A1SA 4KTWA 4Y1DA 4UQGA 1TK5A 3K5NA 3T3FA 3VN5A 4B9VA 3OS2A 1S9GA 3HPOA 1KFDA 1ZBFA 5FDLA 3L2QA 3I0SA 4CIFA 1HRHA 4DG1A 4CHOA 4B9MA 1RT1A 1W0HA 1LW0A 4CJEA 1LAWA 3AVIA 4W5QA 1RDCA 4CHPA 1JL2A 4DQRA 4CK2A 1S1TA 2XHBA 2YNIA 4E1NA 4B08A 2NUBA 1EXQA 3DRPA 4CJPA 3VQAA 4FLYA 4IFYA 4CJVA 3QO9A 1ASVA 4FLZA 1W9HA 3LAKA 1C0UA 3NGYA 2VWKA 5C25A 2G8WA 4CJ4A 1Z25A 3KD5E 1HYZA 4C8LA 2Y1IA 4DS5A 4FJ7A 1C0TA 4AHTA 2HHQA 3K57A 1HQUA 2IDOA 1RBRA 4Z4FA 3OYNA 3AO3A 4DTJA 2IGIA 4ELUA 1L3UA 2D0AA 3DYAA 3FFIA 3HPGA 3IRXA 1LW2A 3AVBA 2QK9A 4CEFA 1JXEA 3KLFA 3THVA 4FJGA 3IAYA 1N6QA 2DFHA 4IFVA 4GVMA 3T1AA 1RCHA 2HHUA 4BACA 4RG8A 5JS2A 4KB1A 1UA1A 1JLCA 1WNSA 3AVAA 1S1UA 1WLJA 4CEBA 4J2BA 1GOAA 5KTQA 4E7HA 5FRMA 1GOBA 1CLQA 2PYLA 3CFPA 1JLEA 3DRSA 4YFUA 3LDSA 2P51A 4DS4A 4DQQA 3S9HA 1QTMA 4NYFA 1HJRA 3OJUA 3KTQA 3L2WA 4HCCA 3BDPA 3C95A 4CE9A 4FW2A 3TANA 3HO1A 2BE2A 4OLBA 2BGGA 3HK2A 5HRRA 2R7YA 4KFBA 2KW4A 3SQ0A 4CESA 4E19A 4DTXA 4I7FA 4KHYA 3MXJA 4DWIA 3OYEA 3HVRA 5FROA 1NKCA 1DLOA 1VSKA 1I3AA 1VSHA 3AA2A 3KKSA 3OJSA 4PWDA 1L5UA 4CCHA 3F73A 4B3OA 4OKKA 4H4MA 4FJ9A 3TR8A 3VQQA 4DTRA 4NCBA 4M42A 1BGXT 1VK0A 3NDKA 4ZTFA 4KHNA 4CEOA 2LSNA 3VQ9A 3C6UA 1TKZA 4ICLA 4Y1CA 4AHSA 4E89A 4KAZA 4FJMA 5KGXA 1VSEA 4CGDA 4FLVA 1TAQA 2GBZA 4CGGA 4LH5A 4CJ3A 4IKFA 3VQ7A 3ZT4A 4JS4A 4DQSA 4M3XA 4CJWA 3NCIA 1HPZA 3SCXA 1RILA 1NK6A 5K14A 4RW4A 4DTNA 3LP2A 3AA3A 1NJZA 4E0DA 3PY8A 3DLBA 4DSIA 3DLRA 3CFRA 3S3NA 5E41A 5J2QA 1BCMA 3QIPA 3V1OA 3V1QA 4F3OA 2HW3A 3TABA 3OYHA 3OYAA 3HM9A 1VSIA 2Z1IA 2B5JA 5KI6A 4F2RA 4W5NA 1T03A 3SQ4A 3OS1A 3M8QA 1QSYA 4Z4EA 5I42A 3QEVA 1D9DA 4PUOA 1B9DA 4I2PA 3WNGA 1XHXA 3M8RA 1NJYA 3OYMA 1C1CA 2OPRA 3ASMA 3OYKA 3PV8A 4C8OA 2JGUA 3NF6A 3PX0A 2D0CA 3S3MA 4L8RB 4I2QA 5HROA 1BL3A 3LALA 2ZE2A 4CGHA 4JLHA 1SL0A 1SL1A 1IKYA 4CJ5A 2DY4A 3QIOA 2O4GA 1T05A 2BANA 1SKRA 3TAEA 1U49A 3SI6A 4M3ZA 1EKEA 4BDYA 4KHSA 4M41A 4O0IA 2HNZA 4I9LA 2RF2A 4CF8A 1VSMA 5J2PA 3DOKA 3SYZA 3QEWA 5CZ1A 2G8VA 1RDAA 1BCOA 3B6OA 4OPKA 1S6QA 4NCGA 3VQ4A 1WSIA 4CGFA 4PY5A 1QE1A 3L8BA 2Z1JA 5C24A 4CJUA 4CF9A 5HP1A 3ALYA 1NJXA 3F9KA 1LWFA 1T8EA 1XWLA 3AO4A 4N47A 1RNHA 1VSJA 3D0PA 2OPPA 3T19A 1YTAA 2QXFA 2YHBA 3OYDA 4B9LA 4BWJA 4J2AA 3ZSWA 1RTDA 3HP6A 3NH0A 4BE0A 3OY9A 3L2UA 2FBXA 2HHXA 1U45A 3SNNA 4CJFA 4I9QA 2RN2A 1B9FA 3TAPA 4AHVA 2QKKA 3KD1E 3U3YA 1O1WA 4F3TA 1WSJA 4IDKA 1YVUA 2YHAA 3MEDA 5DMRA 3ULDA 4HCBA 4FJKA 1GOCA 3PO5A 3VQBA 3KLIA 1JLQA 3AVKA 3AVCA 4NCAA 3WNEA 2HHSA 1A5XA 4E7IA 1UAXA 4EZ6A 4Z4GA 2OA8A 1KVCA 4M3WA 1X9WA 1IH7A 4H8KA 3NBPA 3KK1A 4AH9A 2E4LA 1DTTA 4DSEA 4DTOA 3SUPA 2ETJA 4CHNA 4HTUA 1NKEA 1ASUA 1RT7A 1KVBA 3O4NA 3VQPA 4DF8A 4KHUA 4FJLA 5C42A 3QEIA 2AJQA 4AHRA 1JL1A 3VQCA 1KVAA 1L3TA 1KTQA 2PY5A 1NK9A 1FKOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OS0A 4IBNA 3HZ6A 4E7KA 2E2PA 3I33A 2F7TA 3MCAB 3VA0A 4RW6A 5KRSA 3L6QA 4H0PA 2HHVA 5SWMA 1U47A 3EO3A 2P9PA 1YUWA 4XH1A 2GX9A 1NGJA 3SV3A 3P5JA 4DUZK 4FK4A 4PKGA 1RTIA 4AQYK 2E8AA 5CYMA 2GTDA 1TL3A 3HOSA 4A2BA 1QQCA 3HSCA 1A5WA 3K5OA 1K9MO 3CI5A 3MXIA 3LAMA 4NYNA 4N56A 3A5LC 3E66A 1VQNN 3DLKA 2ITGA 3KIOA 4DV6K 1HJOA 2YJFA 2PYJA 1WOQA 1JLBA 3HXMA 4M3RA 2BH1A 1NK8A 2P9NA 1QSLA 1VQON 2A6AA 4OVLA 1WUAA 3D2FB 3OW2M 5GIPA 2P9KB 3NE6A 3KK2A 3V6DA 4CJKA 4BR5A 4C23A 3CQXA 3M8PA 3TI0A 4DU1A 3QB0A 4W5OA 1T6DA 3AARA 1T3VA 5E26A 2A42A 3TU5A 1YT3A 3BF1A 3EY1A 4ISFA 2V52B 4B9NA 3FFKB 2DFEA 4AHCA 3QLHA 1NJWA 3NF8A 1KC8O 5CR4A 5AZJA 3RTVA 1VRTA 3QDKA 4FLXA 4LF5K 1SZ2A 1Q82O 1SUQA 3EKSA 1TV6A 1BQMA 4CZGA 2UXCK 4MO4A 1T7PA 1ZBLA 1YXQA 3AA4A 4BG8A 1EP4A 4Q0BA 4KTQA 3L0QA 3V1RA 1U2VB 3CCJN 1HNXK 2XY8A 3A5NC 3SQ2A 2YKMA 4BC2A 4CERA 1HKCA 4QAGA 1TAUA 1WAFA 3VEVA 4I6MB 1HR0K 2UXBK 5C2FA 2HHWA 3DI6A 3LDLA 1IBKK 1D8YA 4BY9C 3AVGA 4DSKA 2PZSA 3DM2A 3THYB 4U67L 1DGKN 3HYFA 3QBWA 1S22A 1UWBA 2GELA 3ZSOA 4B9SA 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3ZLJA 4NLBA 2NUBA 2IVOA 4YDUC 5M1PA 3LAKA 2KKZA 2VWBA 3WXKA 1Z25A 2G8WA 3KD5E 3CMAN 4HTLA 1KAYA 3ZEUA 2IDOA 1RBRA 3THWB 4Z4FA 3O6WA 2D0AA 3DYAA 1LW2A 4CZLA 3R8EA 3KLFA 3LL3A 3ULEA 4YHHK 3G25A 3IAYA 4KHPK 3FZHA 3AVAA 1WLJA 4DCHA 2KLAA 5KTQA 1GOBA 5BR9A 3CETA 2PYLA 3CFPA 1JLEA 4IEEA 1EWRA 1WBDA 3S9HA 1BWFO 5AQSA 3MN9A 3TTDA 4O8KA 4BQZA 4DTXA 4I7FA 1M90O 4DWIA 3OYEA 3HVRA 4DV4K 2YJEA 3KKSA 1I3AA 1RGIA 4FJ9A 4GV9A 4NCBA 4BC3A 1VK0A 4MLHA 4KHNA 4CEOA 4ICLA 5KPTA 4E89A 2P9UA 1VSEA 4CGDA 4LH5A 4CJ3A 3H45C 4JS4A 4DQSA 4M3XA 3IUCA 3LDPA 1XC3A 3PSIA 5EOYA 3DLRA 3VMFB 2PFUA 3I56N 5J2QA 1BCMA 3I55N 4F3OA 2HHHK 3KVGA 3TABA 2Q0UA 5KI6A 2B5JA 5AQHA 1T03A 3CERA 5AQGA 4Z4EA 4LC9B 3WNGA 1NJYA 3CJCA 3OYKA 4C8OA 2O8EB 4JK9A 1BL3A 5AR0A 1SL0A 4CJ5A 2DY4A 1T05A 1SKRA 3UKUA 3K9KA 1EKEA 4KHSA 3QEWA 1WBBA 4JD2A 4CF8A 3O08A 5AQLA 2ASPA 4OPKA 3C65A 4NCGA 3M1FA 1MWMA 1QSSA 1K8KA 1XWLA 1RFQA 3AO4A 4N47A 1RNHA 1YTAA 4BWJA 1RTDA 1U45A 3SNNA 2Q97A 4CJFA 4I9QA 1B9FA 2QKKA 3U3YA 4F3TA 4IDKA 3MEDA 2QWNA 4HCBA 1GOCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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