3WNFA

Cyclic hexapeptide ckidnc in complex with hiv-1 integrase
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
153
structure length
133
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein/peptide
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
publication title Hexapeptide mimetics of LEDGF in complex with HIV-1 integrase
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 46
structure length 133
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3wnfA00
4OLAA 3A2FA 3WNFA 5I42A 2F96A 5EU7A 2YNIA 4CK3A 1IG9A 1XWLA 1O1WA 4AHUA 1NK0A 3VQDA 3OY9A 1RTDA 1A5VA 1RBTA 4CJ5A 3QEIA 1FKPA 3MXIA 4KAZA 4FLTA 1TAUA 4CJEA 2Z1GA 4E7LA 4Q5VA 4DFKA 1UA0A 1F21A 2XO7A 3PX4A 2R7YA 4JS4A 1W9HA 1RDCA 3KKSA 1U04A 4QAGA 5FROA 1KFDA 3OYLA 3ULDA 2Y1JA 3IG1A 4B8CA 1YVUA 1TKXA 2D0BA 4FLWA 1RDBA 1XHXA 1YTAA 3SJJA 3ISNC 4DTUA 5KI6A 1NJXA 3SUPA 1RT5A 3DYAA 2FBYA 3DI6A 4DTMA 3V1RA 4E7JA 3MXMA 4NYNA 5C24A 3K2PA 1QHTA 4CGGA 3KLFA 3NHGA 5D3GA 2BE2A 2Z1IA 3SZ2A 4C8KA 1S1WA 3KK1A 3NE6A 5JS2A 4FJKA 3OYHA 1NKBA 3OYJA 3ZSXA 3LALA 4CGIA 3TAQA 2GUIA 4ZTJA 2HHQA 4CGJA 3U6FA 1QE1A 1RTJA 3L3VA 1W0HA 5J2MA 3K59A 3C6UA 3DLRA 3NF9A 3U3YA 1RT2A 4O0JA 4CEEA 1L3SA 1GOAA 1TVRA 3TAGA 4CGDA 4KHNA 4N76A 1CLQA 4E7KA 1TKTA 4G1QA 3QLHA 3CM5A 3LAMA 4KO0A 1JLEA 4Y1DA 3ZSYA 4FYDA 1J5OA 5JS1A 1Q8IA 3M8SA 3ZSVA 2DY4A 1ZBLA 3MAQA 1RTHA 2VG6A 4DQQA 2X6SA 2KZMA 1JLGA 4H4MA 3SQ2A 2OA8A 5J2QA 2HHXA 4FJ8A 2VWKA 3C95A 1S5JA 5I3UA 1YT3A 1Z25A 3DOKA 4O55A 4DTJA 3ZT4A 4E89A 4I7FA 3OS0A 3LANA 2B4JA 3AVCA 2P5GA 3QNNA 3HVRA 2XY6A 4CIGA 5J2NA 2KQ2A 3QETA 4BE0A 1NKEA 2ATQA 4FJHA 2KW4A 3HO1A 1I39A 2DTUA 2RN2A 1N5YA 4N5SA 3QEWA 3TAEA 1RDDA 2FC0A 1SV5A 3I0SA 3ZT2A 1HNVA 4M3ZA 3S3NA 1X9MA 3OYGA 2F8SA 1VSIA 4FM0A 5SWMA 1D9DA 3ASMA 1RBVA 2A1SA 1ZBFA 2QK9A 3C6TA 1KSPA 1HMVA 4DMNA 1VSMA 3NH1A 1BCOA 3OJUA 4HUFA 1C1AA 4NCAA 3SQ1A 4I9LA 1LAWA 3HM9A 4AHCA 1BI4A 2IDOA 4M3YA 2HNZA 2DFEA 2OPSA 4E7IA 3S3MA 1KVBA 4Z4HA 1RT1A 4CECA 3TABA 1I3AA 3QO9A 4M45A 1RBSA 5DMRA 4F8RA 1ASVA 4KHUA 1BHLA 4C8MA 1A5WA 4IFYA 3O3FA 4CGHA 2IC3A 1K6YA 3SCXA 4CEQA 4CJLA 1CZ9A 3RRHA 4LH5A 1T03A 4CJFA 3OYFA 3S9HA 1QSLA 4FJ5A 4HCBA 4FJNA 1DTQA 3KJVA 4KTQA 1BGXT 1S1TA 4Z4EA 3LP0A 3VQ8A 1NK8A 3DLBA 1JL1A 3RRGA 3LP2A 1VSDA 4EP4A 3O4NA 1SKRA 4FJJA 3SQ4A 3TAMA 2DFFA 3JSMA 3V6DA 1S9GA 1XI1A 4FM1A 1N6QA 4Z4FA 4RW8A 4BACA 3OYCA 3LZJA 1JXBA 1JLFA 4R5PA 1HYVA 4F3OA 1S1XA 4KREA 4CF2A 1L3UA 3VQ9A 5CZ2A 3SYZA 4DU4A 3QIPA 4CJVA 4CGFA 3VQEA 4PA1A 3L2RA 4DSLA 1SL1A 3KLGA 4E19A 4OGEA 3AVGA 3NH0A 1JLAA 2OYQA 2IAJA 3AO3A 4Z4CA 1ZBIA 3HK2A 1J54A 1VSEA 4C8LA 1RBRA 1T8EA 4B9NA 1KCFA 2BGGA 2EX3A 4FK0A 4O0IA 4CERA 3MEEA 5C25A 2I5JA 4NCGA 4MQ3A 4FCYA 2Y1IA 3SPYA 1QTMA 1ASUA 3ZT0A 2B5JA 3RMBA 1J9AA 4ELTA 3AVBA 1WAFA 3ZT1A 1S6PA 4PWDA 1IKWA 3VA0A 4FJIA 4DS5A 2VWJA 3KLHA 4Z4IA 2YKMA 3AVAA 4XIUA 1QQCA 3S3OA 1BQMA 2HNDA 4CJWA 3AV9A 3LDSA 3CFPA 1EP4A 4JRPA 5HP1A 4ELUA 4CFAA 4J2AA 4FJ7A 1HYZA 1RT3A 4FK2A 2G8HA 1C0TA 1TAQA 1Z26A 3QINA 4FLXA 3TAFA 3PO5A 4CJUA 3HT3A 1KRPA 3LPUA 1ITGA 3HJFA 3M8RA 3ZCMA 1RNHA 3HP9A 1RCHA 3DOLA 3V9XA 2G8VA 4YNQA 4W5QA 3V9UA 2RKIA 3TANA 5KGWA 3DRPA 4HVJA 1RBUA 4EP5A 3SUNA 4KKOA 1WN7A 4DF4A 1U49A 4FJ9A 4C8NA 4KFBA 4PUOA 3WNGA 4F2SA 4CJ3A 1TK5A 2FBVA 4IG0A 1WSFA 1WAJA 1L3TA 1BIZA 4CF9A 5T7BA 4M3XA 4GMJB 1NK7A 2O4IA 3HP6A 3L2VA 2FBXA 4KHWA 2FBTA 4LSNA 1CXQA 3O4QA 2HB5A 2RF2A 4ICLA 5HRRA 4AHSA 1ASWA 3VQBA 3L2UA 1S1UA 3DM2A 1TL1A 3DRRA 4DF8A 1TK0A 4FJMA 4ID5A 3AA2A 2HVHA 1KVAA 4RW7A 1WSHA 2VG7A 1TKZA 1D9FA 4GVMA 2KFZA 2E6LA 1GOCA 1TKDA 2KTQA 1HYSA 5KRSA 3V9SA 4FM2A 3HXMA 2IOCA 2IGIA 3ZT3A 4CJPA 4CHOA 4DQIA 2E4LA 1TGOA 2HHVA 1QSYA 4DTOA 3DLGA 1LAVA 3KTQA 3ZSQA 4FLZA 2GV9A 4DSKA 3SV3A 3AA3A 1CZBA 3CFRA 4FLVA 3IRXA 3ZSZA 4B9SA 3OYBA 2ITGA 4KI6A 4DTRA 2XY8A 1SL2A 1A5XA 4W5TA 4BE1A 4F3TA 4C8OA 5K14A 2OZMA 1NOYA 2QKBA 1UOCA 4AH9A 3LAKA 3OYMA 4DLGA 4W5NA 4DU1A 2BANA 2YNGA 2RPIA 4H4OA 4CK2A 2G8KA 3RTVA 4FW2A 4OKEA 3VQ6A 3VQCA 1ZBUA 1LWCA 4AHTA 2DFHA 3T19A 1L5UA 5KRTA 4W5RA 3T1AA 1EXQA 4KHSA 3VQQA 2HHWA 2PY5A 3E01A 4O4GA 4CEZA 3K5NA 3NAEA 4FJXA 4K8ZA 1KFSA 3ZSRA 3JYTA 4HTUA 3VQ4A 3LP1A 1RT7A 1D8YA 4M41A 2YHBA 4CFBA 3NDKA 4DSIA 4K8XA 4QOZB 4PQUA 1Y97A 4OVLA 5CYMA 3OYNA 3AO2A 4DG1A 4OPJA 4CJTA 3BGRA 4DTPA 3THVA 1UA1A 4B3OA 1B92A 4DTXA 2KFNA 2AJQA 1KLNA 4F4KA 1DLOA 1J53A 1X9SA 3SUOA 4N41A 3AO5A 3B6OA 3SI6A 3RR8A 3NF7A 2HMIA 4KRFA 3OYEA 2ZD1A 3HPGA 1IO2A 3OS1A 1C1BA 4FJLA 4HUGA 1JLQA 4CFCA 3BDPA 4E0DA 3AA5X 4FK4A 2D0AA 2P51A 3PX0A 1XC9A 4CEDA 2GBZA 3LWMA 3AVMA 3QIOA 4AILC 1DTTA 3AVKA 4CF0A 1NKCA 1QSSA 3TI0A 5CY4A 5HROA 4EZ9A 2OZSA 1G15A 3VA3A 5HRPA 1BQNA 3O3HA 4I2QA 3QESA 1WNSA 4KI4A 1LW0A 3FFIA 4KTWA 1HQUA 1WSGA 3AVNA 4CEAA 3V4IA 1WSJA 2XY5A 3B6PA 3K58A 5SZTA 1IKXA 3D45A 4BE2A 5CZ1A 3V9ZA 4HHTA 4OKJA 1IKYA 3PUFA 4YFUA 3RMDA 3TAPA 1FK9A 3KD1E 4M3UA 5KTQA 1RILA 3AVIA 4CF1A 1TL3A 4DQSA 2JGUA 1HJRA 5FDLA 1BI4B 4CHQA 1RT6A 2VG5A 3NCIA 1VSJA 4CHYA 5HRNA 1JXEA 2BDPA 4KHQA 2YHAA 3OJSA 1KTQA 1VK0A 1B9DA 1HNIA 4CJSA 4DLEA 2HHUA 4WE1A 1NOZA 4OLBA 4CEOA 1C1CA 4DFPA 3MEGA 1T05A 3PV8A 2HVIA 1LW2A 4OKKA 3KLEA 3SV4A 2YKNA 3ITHA 4Q0BA 3HL8A 4KTZA 1T7PA 4Y1CA 3F9KA 2O4GA 3LPTA 2OPPA 1SL0A 1VRUA 2YV0X 5HRSA 3KIOA 4B9UA 1REVA 1JLBA 1LWFA 5J1EA 2ZE2A 3SNNA 4ELVA 3KK2A 3NGIA 1QS4A 2IS3A 4LSLA 4N47A 1BL3A 3CQ8A 4CIEA 3AA4A 2W42A 4DSEA 4B9VA 3PO4A 2D0CA 2X74A 4BDZA 4RW6A 1LWEA 4DS4A 1WSEA 1U48A 1FXXA 3ALYA 3SQ0A 4DWIA 3UIQA 1C0UA 3T3FA 3NFAA 1LV5A 3VN5A 2G8IA 1IKVA 1S9EA 4IDKA 4B08A 4UQGA 3L8BA 3K57A 3VQ5A 1TK8A 2PYLA 3RMAA 4JRQA 4Z0UA 3TWHA 4W5OA 2XRIA 3EZ5A 3QNOA 1SKWA 4B9LA 4E7HA 2WOMA 1NJZA 3HSTB 4FLYA 4FLUA 1EETA 3QERA 1X9WA 3HVTA 5DK5A 3TR8A 3EYZA 3L2QA 4O44A 2Z1JA 4B9TA 3LP3A 4CCHA 3NGYA 3RWUA 4FZXC 3SPZA 1BISA 4AHVA 1Q9XA 4CJKA 3KLIA 3PX6A 4PY5A 3L3UA 4DTSA 4I9QA 3DRSA 1HQEA 1XHZA 4OGCA 4NYFA 1BIUA 1ZBHA 1RDAA 4H8KA 4B8AB 1S1VA 4LD0A 1KLMA 2QKKA 3WNEA 1VSFA 3WNHA 1U47A 4FVMA 4O5BA 3KK3A 2P5OA 3VQAA 4IKFA 1SKSA 2OPQA 1BCMA 3C94A 1JL2A 3AO4A 4KB1A 3DLEA 5KGXA 3QEVA 3LWLA 1KVCA 1JLCA 3NBPA 2E6MA 4GW6A 3V1QA 4IG3A 4DQPA 4NCBA 2YNHA 3ZSWA 4CE9A 4DQRA 4J2DA 4ZTFA 5CYQA 3U3GA 1NJWA 2HHSA 4DSFA 2P1JA 3CYMA 3DLHA 2ETJA 1VRTA 2WONA 4JS5A 4J2EA 3LZIA 4CJRA 1C0MA 4CIFA 1GOBA 3OVNA 4BDPA 3AO1A 3KKRA 4M3RA 1IH7A 3AVLA 3EY1A 1RTIA 1ZYQA 1NK4A 4B9MA 2QXFA 3QEXA 4DSJA 3OYKA 3OS2A 4DFJA 4M3WA 1EX4A 1WLJA 5HLFA 3DLKA 3OYAA 1U4BA 3OYDA 4KHYA 4Z4GA 2HNYA 3HYFA 3V9WA 3PY8A 1HPZA 1L3VA 3G10A 3TARA 3IAYA 2LSNA 3IS9A 3M8PA 4OJRA 3G0ZA 4E1MA 3MECA 3HPOA 5FRMA 3QEPA 2HHTA 3V1OA 4AHRA 4FZZA 4M3TA 4OPKA 1C6VA 4HCCA 4QCLA 5FRNA 4KV8A 1FKOA 1CXUA 3OYIA 4DTNA 3V81A 2PYJA 4FZYA 2PZSA 3AVJA 4FW1A 1MU2A 2XY7A 2A1RA 4CK1A 3RR7A 1NJYA 2Z1HA 1TV6A 3K5LA 2HW3A 4TSXA 1D5AA 1B9FA 3SUQA 1X1PA 3CM6A 4L8RB 3ZSOA 1Q9YA 4DU3A 1YTUA 3RMCA 1WSIA 1SUQA 4CJ4A 3NGZA 2JLEA 2EHGA 4JLHA 3P1GA 1RT4A 2X6NA 1R0AA 3VQPA 4M42A 4IBNA 5HBMA 1HRHA 3P83D 4CHZA 3DMJA 2YNFA 3M8QA 4LH4A 4I2PA 4CF8A 4HUEA 5E41A 1EKEA 4E3SA 2OPRA 1U45A 4FJGA 2D5RA 2X78A 3AVHA 3P5JA 3H08A 4BWMA 4MFBA 3MEDA 1NK9A 4KB0A 3F73A 3MXJA 4N56A 4LY7A 2G8UA 4BDYA 4FXDA 2ZQBA 3L2WA 3I0RA 3K5MA 2G8FA 1VSLA 4BWJA 4IFVA 4CEFA 5C42A 1VSKA 4CEBA 1UWBA 4CESA 2KZZA 4RW4A 4E1NA 4CFDA 3CG7A 4EZ6A 3D0PA 3NF6A 2Q3SA 3I8DA 3HPHA 3O3GA 3CFOA 1S6QA 4J2BA 4DFMA 3KD5E 3VQ7A 2XHBA 4ID1A 4F2RA 2G8WA 1NK5A 4KPYA 1VSHA 2B6AA 4CHPA 1NK6A 4CJQA 4RW9A 3K5OA 1UAXA 4ZHRA 5J2PA 3NH2A 1JKHA 2NUBA 4CHNA 3NF8A 3AVFA 4RG8A 2F8TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OLAA 3WNFA 4HWIA 4A5BA 4FO0A 3R1XA 4CJ5A 2OTLN 5BPNA 1QZ5A 4FLTA 3WT0A 4CJEA 4E7LA 5AQXA 2XO7A 1W9HA 4U67L 1YJNN 4LF5K 4AF1A 4B8CA 1YVUA 5KI6A 5AQHA 3SUPA 4DR5K 2UYTA 1RT5A 1SAZA 2FBYA 4H5RA 3VESA 4E7JA 3MXMA 3P4IA 1TUUA 1QHTA 3NHGA 4DR2K 2YHYA 4HTLA 1XUPO 4FJKA 2FLOA 3OYJA 3ZSXA 5E84A 2NZTA 2GUIA 4WFAL 4LFAK 1GLCG 1R59O 1QE1A 1GLEG 4JD2B 5AQQA 4CEEA 3VGKA 1OH8A 1EWQA 4RG8A 4KHNA 3QLHA 3GDQA 3ZSYA 4FYDA 1NMNA 1HKGA 1Q8IA 3UB5A 2H3GX 3FZHA 3I33A 5A2QO 1OH5A 4AQYK 3FZLA 4DQQA 3OBWA 5F0XA 5I3UA 1YT3A 3OS0A 4Y0WA 2B4JA 4H5WA 2P5GA 2XY6A 5J2NA 2WUSA 3IKMA 3HO1A 1I39A 2ZM6K 3CQYA 2RN2A 3TAEA 4KH4A 1RDDA 2FC0A 4M3ZA 1WBBA 2E20A 1Q82O 3G4SN 5SWMA 1D9DA 2E5LK 4CVNE 3BZCA 1ATSA 1NBWA 1VSMA 3WXIA 1C1AA 4BRQA 2E2PA 3ATUA 3HM9A 2DFEA 1Q86O 4E7IA 4Z4HA 5H1SQ 4F9OA 1ASVA 3KHYA 1BHLA 4AM6A 1A5WA 4H0VB 2IC3A 5AQLA 4GV6A 4LH5A 4FJ5A 3S9HA 1GLAG 1DTQA 1S1TA 4BVPA 1NGBA 1JL1A 1SKRA 5AJ3K 3CJCA 3TAMA 1N6QA 4GV3A 5E26A 4RW8A 3AGRA 3B8AX 4BACA 3LZJA 1JLFA 1HYVA 1S1XA 2E1YA 5BN9A 1Q18A 3VQ9A 5CZ2A 3THYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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