3WNHA

Cyclic hexapeptide pkzdnv in complex with hiv-1 integrase
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
153
structure length
137
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein/peptide
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
publication title Hexapeptide mimetics of LEDGF in complex with HIV-1 integrase
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 48
structure length 137
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3wnhA00
1SKSA 1WSFA 4FJ7A 2ETJA 4FZXC 5CY4A 3JSMA 2LSNA 4RG8A 4DSEA 1KCFA 1A5WA 1LW0A 2X6NA 4O5BA 4O0IA 3QEIA 4FJJA 1C0MA 5J2NA 4Q5VA 1VSJA 1HYZA 3P83D 1RT1A 2YKMA 4FM1A 3HT3A 2DFEA 1S1XA 4W5TA 2G8VA 2P5OA 3TAFA 3L3VA 3ZSOA 1XHXA 3RMAA 4CEBA 2VG5A 1GOAA 1CZ9A 1RBSA 4B9LA 3KLIA 4EZ9A 3S3NA 3WNHA 2FBYA 4HCCA 2HHUA 2DY4A 2YV0X 2IGIA 4MFBA 5HROA 1I3AA 4NCBA 1BCMA 2HHXA 3KKRA 3TAQA 3LWMA 4N47A 3V4IA 3RR7A 4N41A 4CK1A 4AHSA 1TGOA 4C8OA 2XY8A 3V9ZA 1NK9A 1S1UA 1RTDA 4HVJA 3LZJA 3KK3A 3TAEA 5KRSA 3L2UA 1U04A 3K58A 3QEVA 4LH4A 2P1JA 4CESA 2RN2A 4E19A 5SWMA 3SQ1A 4DTJA 3L2WA 1A5XA 4FJMA 5FROA 2KW4A 4E7JA 5J1EA 3V6DA 3NE6A 3SUQA 4FJ5A 3RMDA 1ZYQA 1RILA 1FKPA 2EX3A 1S5JA 4KB1A 4FXDA 3LP2A 3LP1A 3NGZA 3HVTA 4FLVA 2KFNA 5DK5A 4CJEA 3CFRA 1DTQA 2D0BA 4LSLA 1RT3A 4QCLA 2YNFA 4AHRA 3IG1A 2RF2A 1IO2A 3AVCA 3VQ8A 4FJ9A 1D5AA 2QKBA 4CGFA 4JRPA 2HHQA 1KVCA 1UAXA 3P5JA 4BDZA 4B9VA 1RT2A 4ELVA 3M8SA 4LY7A 2WONA 4TSXA 4CIGA 5HBMA 4N5SA 2PYJA 1KVBA 2HHWA 3HVRA 4FJKA 2EHGA 1HQEA 4M41A 1R0AA 3M8PA 1DTTA 3OJSA 1BQMA 4DU4A 1NJXA 4GVMA 4CEQA 1T7PA 4KB0A 3LAKA 4KHUA 4Z4HA 4FK2A 1A5VA 4GW6A 4RW6A 2YKNA 2A1SA 4FM2A 4CFAA 4ZTJA 3VN5A 2Z1IA 3ZCMA 4AHVA 1B9DA 4Z4IA 1C0UA 4LSNA 2OZMA 3VQBA 1YVUA 3VQ7A 4O4GA 4Z4EA 3IS9A 2D0CA 4HUGA 2DFHA 1T8EA 2HHVA 1WAJA 3O3FA 1NKEA 4CIFA 5D3GA 3EZ5A 4FLWA 3DOKA 3PUFA 4CIEA 1HJRA 3QLHA 4DQRA 1CXUA 3KLEA 1NK0A 1C1BA 1S1TA 3NAEA 2OYQA 4NYFA 4PUOA 1SKWA 1RDDA 1JLEA 4EP4A 4E7KA 4OLAA 4L8RB 3S3MA 2YNHA 3F73A 4FJLA 4NYNA 4E1NA 4MQ3A 3MAQA 4PY5A 4KI4A 1TAUA 1ASWA 1REVA 4KV8A 3OYAA 1VRTA 4CK3A 3K2PA 5C42A 1F21A 4BDPA 4F2RA 2B4JA 3BGRA 4R5PA 3O4QA 5JS2A 2B5JA 3OYBA 3RWUA 3KD1E 4RW7A 3U3GA 4XIUA 4BDYA 3C6TA 3CFPA 1FKOA 2G8IA 3NHGA 2X78A 4FW2A 1EXQA 3TAMA 3DM2A 3KJVA 1RNHA 1GOBA 2IOCA 1VRUA 4CK2A 5KRTA 4FLYA 1B9FA 4CJKA 4FJHA 3ISNC 3TR8A 3VQEA 3DLGA 4CJUA 3P1GA 3VQ4A 3RMCA 4M42A 2F8TA 1HQUA 3ZSWA 4FLTA 1UWBA 3S9HA 3NH2A 5T7BA 4ICLA 1RT6A 4WE1A 2NUBA 3K5LA 1QSLA 3UIQA 2QK9A 3HK2A 5I42A 3HPOA 1TV6A 4F3OA 2VG7A 4K8ZA 4IDKA 1S1WA 4Y1DA 3ZT1A 2JGUA 1TKXA 3NBPA 4CJPA 3F9KA 4KHQA 4M3WA 2G8UA 3TAGA 2XRIA 4YFUA 1X9MA 1WAFA 2ATQA 5HP1A 1ZBLA 1NOZA 3MEDA 3KTQA 4B08A 3KK1A 4BACA 1JL2A 4UQGA 3PO5A 3QEWA 1SL2A 4CGDA 4FJ8A 1KLMA 1HYVA 3CQ8A 4DTOA 1EETA 2RPIA 4CJQA 3OY9A 1SV5A 3T19A 4DFMA 4CJWA 3KLFA 3V81A 3NH0A 4CF9A 1W9HA 3S3OA 2B6AA 2G8WA 2G8FA 4QOZB 3SUNA 3ZSZA 3BDPA 4I9QA 4J2BA 1TL3A 4DQQA 3QEXA 4DFPA 3ASMA 3OYEA 3PX0A 4CF1A 1D8YA 2DTUA 1X1PA 2E6MA 4KFBA 4KREA 4OKEA 3LANA 1CXQA 4DTPA 4CHNA 4E7LA 4F2SA 3SNNA 2E4LA 1TL1A 5KGWA 1L5UA 4B3OA 1RT5A 3SPYA 2HW3A 3EYZA 1TKDA 2GUIA 2YNGA 4CF8A 3MECA 3OS2A 4DTXA 4KTQA 4EP5A 1BQNA 3V9SA 3HM9A 4I2PA 4OLBA 2WOMA 1TKZA 3V1QA 3NCIA 3PV8A 2FC0A 2GBZA 1LAWA 1JLGA 1S9GA 4CECA 5HRNA 3M8RA 4IBNA 1KFSA 1IH7A 3L2RA 3NF9A 4H4OA 4OVLA 4OPJA 1IKYA 3OJUA 3DI6A 1NK8A 4DSIA 3OVNA 4CJRA 4DQIA 1VSHA 3CM5A 3D0PA 4FM0A 3SYZA 4DG1A 2Y1IA 1N5YA 3VA0A 1WSEA 3QESA 3ZT2A 4DSLA 4FZZA 3QIOA 1L3VA 4CGIA 4CEZA 3I0RA 3OYGA 3JYTA 1B92A 4KHYA 3HP6A 1X9SA 1RBVA 4IFVA 4JRQA 1Z25A 1VSKA 4N76A 3CFOA 4CFDA 1ZBIA 5SZTA 3K5OA 3OYLA 4FVMA 3HP9A 1ASVA 4Z4CA 2XO7A 3RMBA 4FJGA 1EX4A 3O3HA 4HUEA 1ZBUA 1RCHA 4W5RA 1JLFA 4LH5A 3OYJA 1O1WA 4Y1CA 2XY5A 1BIZA 3G10A 3IRXA 2KTQA 4FJNA 1NKBA 4CJFA 3DYAA 4I2QA 1TKTA 1JL1A 5HLFA 3V9XA 1VSIA 3AA3A 1X9WA 2PZSA 1HNVA 2YNIA 3T1AA 1TK8A 3DOLA 4Z4FA 4O44A 4KTWA 5E41A 1IKXA 3FFIA 1RBTA 3KD5E 3HJFA 3LALA 3L2QA 1C6VA 3VQDA 2BANA 1TAQA 2P51A 4I9LA 4DTRA 1RTHA 4PA1A 3AV9A 4CJ4A 3RRHA 4DSFA 1KFDA 3DRSA 4FLUA 3QINA 4KKOA 2P5GA 3O3GA 5KGXA 2ITGA 3PX4A 4QAGA 5J2PA 1Y97A 2IAJA 4EZ6A 1S6PA 4J2AA 3CG7A 3SQ4A 3SQ2A 3OYKA 3TARA 1IKVA 4IFYA 3KKSA 4DFKA 4KPYA 4B9NA 4NCAA 1EKEA 3WNFA 4B8CA 4RW4A 3QEPA 2IC3A 4OKKA 4BE1A 1XWLA 3VQ5A 4DSKA 4KHWA 1HNIA 2Y1JA 4HUFA 4CF2A 4KRFA 2HVHA 2HNDA 4E7IA 1KLNA 2BDPA 1XI1A 4DQPA 4DS5A 4KHSA 3VQ9A 3ZT3A 4CE9A 4FJXA 1GOCA 3VA3A 4DLEA 2ZE2A 2Q3SA 1U45A 4BE2A 4K8XA 1BCOA 3SJJA 2HHSA 3PX6A 4ID5A 1BL3A 4CGHA 3OYDA 3V1RA 4F8RA 3HXMA 4DFJA 1JLCA 3ZSVA 3SQ0A 3AO5A 4F3TA 1NK7A 3DRRA 4CHPA 5FRNA 3DRPA 3AA5X 1RTIA 1YTAA 4CJVA 3OYFA 1RDBA 2QXFA 2AJQA 4BE0A 4M3UA 2F8SA 1NJWA 1Z26A 4KHNA 2OPQA 1D9DA 4KO0A 1VSFA 3M8QA 4W5QA 4FLXA 1QE1A 3A2FA 4DS4A 4FYDA 3AVMA 3SZ2A 3LZIA 3RR8A 2IDOA 4CEDA 3WNEA 3SCXA 5KI6A 1L3SA 3AVIA 2YHAA 4CJTA 4OGEA 4M3RA 2I5JA 3MEEA 1U47A 3AVAA 5JS1A 1RT7A 3B6PA 1J9AA 4CFBA 1T05A 5CYQA 4Q0BA 2HB5A 3THVA 4ID1A 3L3UA 4DTUA 2R7YA 4AHCA 3ZSXA 1UA0A 1HYSA 3VQAA 1J5OA 3EY1A 3TWHA 3OYIA 1J54A 1Q9XA 3AVJA 2XHBA 4CF0A 4AH9A 5EU7A 1S6QA 2D5RA 1VSLA 3LDSA 5FRMA 1RDAA 3QNNA 4HTUA 1NKCA 1SUQA 2F96A 4CEFA 3K57A 4ELUA 1BGXT 1BHLA 1J53A 1JLQA 3CM6A 3AVLA 2OA8A 4B9MA 4ZTFA 3SPZA 3AA2A 2XY7A 4NCGA 4CJSA 4DU1A 1LW2A 4DU3A 1XHZA 4DSJA 1YTUA 1LV5A 1SKRA 4F4KA 3SUOA 3V9WA 4Z4GA 1TVRA 3ULDA 4OJRA 1RDCA 1MU2A 4CEAA 4CJ5A 2KZMA 1BIUA 3NH1A 2G8KA 2VWJA 5I3UA 1TK5A 3QERA 5CZ1A 3NGIA 3MEGA 3CYMA 5DMRA 1JKHA 3ITHA 3VQPA 3KLHA 2PYLA 4CGJA 4CJLA 4I7FA 3K5MA 5J2QA 1QTMA 1WSHA 4CJ3A 4E3SA 2A1RA 3D45A 1JLBA 3QO9A 2HVIA 3NF7A 5C25A 3TAPA 5J2MA 3AVFA 2OPSA 3SI6A 3HPGA 3NFAA 1RTJA 4G1QA 4PQUA 3E01A 3QIPA 4C8MA 3NGYA 3T3FA 2Z1JA 4DLGA 2KZZA 1LAVA 3TI0A 2KFZA 3AO2A 4LD0A 4YNQA 4CEOA 1S1VA 4M3XA 1RBUA 3L8BA 3HPHA 1G15A 3H08A 4GMJB 2BE2A 1JXEA 1BI4B 4KI6A 2GV9A 3KLGA 1NK6A 5HRRA 4C8NA 4B9UA 4FK0A 3PO4A 3SV4A 3OS1A 4AHUA 3V9UA 4KAZA 3B6OA 3OYCA 1U4BA 4M3ZA 1U49A 2RKIA 1HMVA 2QKKA 5FDLA 4FK4A 3U3YA 4CHOA 4CHYA 2XY6A 1CZBA 1QQCA 3V1OA 2PY5A 1I39A 1BISA 4O0JA 1XC9A 3HO1A 4Z0UA 1U48A 2G8HA 1N6QA 3LWLA 4C8KA 4HCBA 2FBVA 1IG9A 1QSYA 3KK2A 1ZBFA 1WN7A 1QSSA 1D9FA 4OKJA 1VSEA 4FJIA 3OYNA 2BGGA 1WSIA 3HSTB 3AA4A 1YT3A 4CCHA 3C6UA 1KTQA 1Q9YA 1NJYA 2IS3A 2YHBA 4H4MA 4CERA 1LWCA 4CHZA 3TANA 4IG3A 4W5OA 2O4IA 1QS4A 3LP0A 4DTSA 1W0HA 2OPPA 3MXMA 4BWJA 1BI4A 1QHTA 4O55A 3ZSQA 2HNYA 2FBTA 1Q8IA 1KVAA 3LPTA 2VWKA 2X6SA 2HNZA 3AVHA 4OGCA 3DLKA 3VQ6A 3SUPA 4DTNA 3RTVA 3DLEA 4J2DA 3MXJA 1HPZA 3MXIA 4H8KA 3ZSYA 3K5NA 1WLJA 3NF6A 1HRHA 3G0ZA 1NOYA 3AVNA 3LPUA 1WNSA 2E6LA 2D0AA 4CGGA 4FW1A 3SV3A 3QNOA 1DLOA 1WSJA 4ZHRA 3U6FA 4CHQA 1RBRA 1NJZA 2OZSA 4B8AB 3KIOA 4B9TA 3LP3A 5HRPA 4E0DA 1UOCA 1L3UA 1ITGA 3ZSRA 4DF4A 3DLBA 4ELTA 4FCYA 1IKWA 3VQQA 1S9EA 1VSMA 3IAYA 1K6YA 4CFCA 3DLRA 3ZT4A 4DMNA 1FK9A 3WNGA 4RW8A 1NK5A 3ALYA 4DTMA 4E1MA 3TABA 5C24A 4CEEA 4JS4A 4M45A 1LWEA 1C1AA 1FXXA 1RT4A 3AVKA 1UA1A 1WSGA 2ZD1A 1KRPA 4E89A 2W42A 4C8LA 1L3TA 3NDKA 1SL0A 4E7HA 4AHTA 4N56A 2HHTA 1SL1A 4DWIA 1CLQA 4FZYA 4IKFA 5CZ2A 4OPKA 2Z1HA 3AVGA 3NF8A 1NK4A 3DLHA 3PY8A 4PWDA 3OS0A 3HL8A 3I8DA 3DMJA 4AILC 1LWFA 4W5NA 1KSPA 2OPRA 5KTQA 4JLHA 4B9SA 1EP4A 4JS5A 4DQSA 1JXBA 2DFFA 3VQCA 4M3YA 3AO4A 3AVBA 4BWMA 3K59A 3ZT0A 3I0SA 1C1CA 5CYMA 4J2EA 5HRSA 3RRGA 3O4NA 3AO3A 3OYMA 2JLEA 3HYFA 3LAMA 1JLAA 1ZBHA 1ASUA 1VK0A 3C94A 1TK0A 4M3TA 2X74A 3C95A 4FLZA 2VG6A 2KQ2A 4RW9A 3L2VA 2O4GA 2ZQBA 1VSDA 4KTZA 1T03A 2HMIA 2FBXA 5K14A 3OYHA 4HHTA 3AO1A 4DF8A 1C0TA 4IG0A 2Z1GA 3QETA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SKSA 4FJ7A 2O8EB 1BDGA 1LW0A 1A5WA 3QEIA 3L0QA 1VSJA 4FM1A 2P9IB 3HT3A 2DFEA 1S1XA 3J7AP 3I33A 3RMAA 4RCHA 3KLIA 4EZ9A 4H5TA 5HROA 1RGIA 1BCMA 1GLBG 4YHHK 1HKGA 3V4IA 3RR7A 4AHSA 4IEIA 1S1UA 1W7AA 3TAEA 5C2DA 3K58A 3ZETA 4HWIA 5FROA 5KPTA 1FKPA 2P9IA 4FXDA 3LP2A 4FLVA 4CJEA 2D0BA 3NMUA 2YNFA 4AHRA 3IG1A 2QTDA 3CCVN 1D5AA 2HHQA 3K9KA 1NMDA 1KVCA 3P5JA 1K73O 2FSKA 4LY7A 4A62A 3HVRA 4FJKA 1U2VB 1S22A 4GV6A 3FLCO 1DTTA 3D6RA 1NJXA 4DU4A 1T7PA 3QDKA 1K8AO 4KHUA 4FK2A 1A5VA 4RW6A 1N8RO 5I9EB 3QBXA 4CFAA 3UKUA 3FZHA 2Z1IA 3LDPA 3QICA 4BGBA 2BH1A 3VQBA 1YVUA 5E26A 3SLCA 4O4GA 1M1KO 3C6HA 1NGAA 2DFHA 2NRRA 1WAJA 5F1XA 4CIFA 5D3GA 5KQDA 3EZ5A 3F9MA 2AA4A 3DOKA 3PUFA 1MA9B 3QLHA 3VEZA 3KLEA 4ILHA 2IVPA 4LF4K 2QM1A 1JLEA 4BR4A 3MK6A 2YNHA 4JAXA 4FJLA 4C23A 1YJWN 4PY5A 3VF4A 5CE3A 3QB0A 4KV8A 3OYAA 4F2RA 3K2PA 1U2VA 3H45C 4MO5A 4YOYA 4KHPK 3RSEA 1WB9A 4L3QA 4DHYA 3OYBA 1NG9A 1K8KA 3NHGA 3KJVA 4FW2A 1EXQA 3TAMA 5LMUK 1GOBA 2IOCA 5KRTA 4CK2A 3CPWM 3ISNC 1G99A 3LM2A 4M7YA 4BRFA 5KQ8A 1CZAN 1W2BM 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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