3WQ5A

Beta-primeverosidase in complex with disaccharide substrate-analog n-beta-primeverosylamidine, natural aglycone derivative
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
475
structure length
475
Chain Sequence
SFNRTSFPDGFVFGAASSAYQFEGAAKEGGKGPNIWDTFTHEFPGKISNGSTGDVADDFYHRYKEDVKVLKFIGLDGFRMSISWARVLPRGKLSGGVNKEGIAFYNNVINDLLSKGIQPFITIFHWDLPQALEDEYGGFLSPHIVNDFRDFAELCFKEFGDRVKHWITMNEPWSYSYGGYDAGLLAPGRCSAFMAFCPKGNSGTEPYIVTHNLLLSHAAAVKLYKEKYQAYQKGQIGITLVTYWMIPYSNSKADKDAAQRALDFMYGWFIEPLSFGEYPKSMRRLVGKRLPRFTKEQAMLVKGSFDFLGLNYYIANYVLNVPTSNSVNLSYTTDSLSNQTAFRNGVAIGRPTGVPAFFMYPKGLKDLLVYTKEKYNDPVIYITENGMGDNNNVTTEEGIKDPQRVYFYNQHLLSLKNAIAAGVKVKGYFTWAFLDNFEWLSGYTQRFGIVYVDFKDGLKRYPKHSALWFKKFLLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-primeverosidase
publication title Crystal structures of beta-primeverosidase in complex with disaccharide amidine inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Camellia sinensis
total genus 188
structure length 475
sequence length 475
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.149: Beta-primeverosidase.
pdb deposition date 2014-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3wq5A00
1HP5A 5LA0A 3PZMA 2EJ1A 3JUGA 3WNKA 3N11A 4HZ8A 4OOUA 1ODZA 1B3ZA 1HX0A 4DUVA 5BWFA 1UYQA 4FK9A 4CGTA 2PBGA 3CZEA 3IJ8A 1VAHA 1ITXA 1GQJA 2QF8A 5HDRA 2PB1A 1XGZA 5FL0A 4QDMA 2D0FA 4JKKA 2BHZA 4HA4A 5LA2A 4ACZB 1UR9A 1CLXA 1E6SM 3WUGA 4PTMA 3CUFA 1CXKA 2YDSA 4UQ9A 4GO9A 1ZS2A 3WF3A 3AIUA 1PEZA 1NOFA 5M03A 2J8GA 3VDHA 2XSAA 2XSBA 2J7BA 3WY1A 1H0GA 5HXMA 4UQEA 2VZSA 5AYIA 2A3AA 4GZJA 4E4PA 1H5VA 3GZAA 1E40A 1KB3A 3PZIA 1H4PA 1V02E 4ZXLA 5I5RA 1E70M 1ESWA 2NT1A 3CBWA 4GQQA 2ZUTA 4D71A 3AIQA 1E5NA 2YA0A 3AHYA 5A6SA 2WBGA 2BY0A 1RH9A 1HT6A 4WJXA 1OSEA 3IAQA 4MJ4A 4J3WA 3BAJA 1QBAA 4H04A 4D6DA 4GXPA 4ACYA 1UUQA 4B9YA 4OIFA 1TMQA 2C0HA 3I3EA 3WD0A 1HKKA 4C7GA 3B8SA 4UTFA 3KZSA 4UNIA 2A3BA 2ZX7A 2V3EA 3POCA 2VL4A 2CPUA 1AQ0A 4JFTA 1HJWA 1VJZA 2WZHA 3T2PA 1B3VA 2ZX6A 3UG4A 1E1FA 4UCFA 5ABGA 1V3HA 1UD4A 2CIPA 2Y2WA 1JF6A 1G1YA 1P6WA 1GVYA 2UY5A 4HMEA 2V5CA 5GNXA 4B9ZA 1V6WA 1M7XA 3EYPA 2VVNA 4LX4A 1R7OA 3OA5A 1E9LA 1LQ0A 1EDQA 1WDQA 3OZPA 1NM9A 2XJ7A 2QHAA 1VB9A 3ARTA 3MUZ1 2DSZA 3BGAA 2DSKA 2RGMA 4NSBA 3VPLA 4UOZA 2W67A 2ZE0A 1QVBA 3FN9A 5A6JA 4ZFMA 1CBGA 1OT1A 1B3WA 3RDKA 2VZVA 4UQCA 2OLHA 2XGIA 4MPKA 3ARXA 3W24A 2X0HA 6A3HA 5EBAA 2WLYA 2D0HA 4QAWA 3W27A 3ZQ9A 1F4HA 5C71A 1OGGA 4W5UA 3TTSA 1UR0A 3AXIA 1J12A 3NSMA 3SUSA 4PMQA 4QP0A 4BA0A 3W29A 2CHNA 4ML4A 1W9DM 3SUTA 3BSGA 1PIGA 2D1ZA 4AZBA 4U5IA 1HF6A 4XZBA 3CZKA 2YA2A 1GOQA 4F9JA 1BHGA 1HL8A 1X6NA 1XCXA 3DECA 5GPRA 4PMRA 3AIBA 4HZ6A 3AFBA 5DMYA 1JD9A 3HMCA 5EMYA 4QFUA 1K9TA 1XD0A 2VX7A 4AXNA 1DP0A 2Y8VA 2VRJA 2G3JA 4AZCA 3MMUA 5EFDA 3BXWA 4JKLA 1E71M 1VEPA 1FH9A 2D0GA 3VIIA 1TE1A 3CHCA 2HISA 4AD4A 2CEQA 1SMAA 4DM1A 5F7UA 4AY1A 3UERA 1UD5A 1GONA 4OKDA 2WZEA 1NARA 4FF5A 4ZE4A 2YDRA 4MDPA 1GQLA 2HVMA 1JGIA 2GK1A 4U2YA 1J9YA 2XIBA 4GI8A 1Q6DA 3T2QA 2XFYA 1UKQA 1E0VA 1CWYA 1J0YA 1MQRA 4S3KA 3BCFA 2VX4A 3AZTA 4PMUA 5D8WA 1GNXA 5I0DA 1R86A 3UR7A 2XGBA 1FOBA 3DYPA 2PWDA 3N12A 5D8ZA 3OLIA 2JF6A 3QOMA 1E6PA 5HOSA 1V3KA 4QCEA 3VMOA 1E6QM 1H09A 1GW1A 2DDXA 2CKRA 2AMGA 4PCTA 3ARQA 5JIWA 1JZ5A 1W2VA 1NWTA 3SCVA 4CCCA 4UFJA 2ZXBA 1DHKA 4P7LA 1G01A 5CZKA 3AMDA 5I23A 1XH0A 1JF5A 3EMZA 1WE5A 1JXKA 3WUFA 3SUUA 2J79A 1UWRA 1S46A 4PUDA 1JFHA 3IJ7A 5A8PA 2WHKA 2E9BA 4JIEA 2GJXA 1VFMA 2O9RA 1B3YA 3ARZA 1MFUA 1V3LA 4WKHA 1E4MM 3BH4A 2WM0A 1E55A 1W3JA 2BHYA 3T0AA 1CENA 4A4AA 7CGTA 1BYCA 2WC3A 4W88A 3AZSA 3CUHA 3MO4A 1CLVA 5D9PA 3U5YA 5A2CA 3CO4A 3ECQA 4J7RA 3RILA 3FNDA 5I6SA 1PJ9A 4TUFA 4U2ZA 6TAAA 4HZ7A 4PMZA 1LL4A 4LYRA 1BVZA 4W8LA 3BAXA 3L2LA 2BHUA 5A8OA 4LXFA 2J7CA 3WKZA 3S2CA 4YPJA 3M6DA 4KMQA 5I79A 1A47A 1J0KA 4HOXA 1BYAA 2XVNA 2Y4SA 3SIMA 2J7DA 4JZ5A 4W87A 4EE9A 4AIOA 1O6IA 3ARVA 3LPFA 4Q22A 2DQXA 2J7EA 2DT3A 2XVKA 4BQ3A 4GZIA 2CBIA 3AXXA 3NDZA 1Y7VA 4KH2A 3L4ZA 4GINA 3NSNA 4Y7EA 2Z1KA 1SYTA 3RJYA 1C90A 2XM2A 3K4DA 1V0KA 4ZENA 5JUVA 1GVIA 3GTNA 1QHZA 1XYZA 4U3CA 3GXFA 3AQUA 4JL1A 1OB0A 1FP8A 2W91A 3WNLA 2CBJA 4U33A 1KWKA 4WSJA 4DUWA 4M24A 1XV8A 1OCQA 2J8FA 4HPGA 1ZBWA 4EAMA 1I75A 2W66A 4TXEA 3VIPA 1US2A 3ZJ8A 1V0MA 3GM8A 1CTNA 5CPTA 5FL1A 5ABEA 3APGA 4TVUA 4UFLA 4AD1A 3PZVA 3VIOA 2WMGA 3OLGA 4B15A 4GQRA 1B30A 3U7BA 1UR8A 2ZUMA 2AAAA 4JHZA 1UHVA 2VX5A 5KZ6A 1ZJBA 2VQUA 4IISA 2VQTA 2DT0A 2WVSA 1XSIA 2ZX8A 1UH4A 3CIVA 2BXZA 3T0BA 2WHJA 3VGDA 5IFPA 4P7NA 3AHVA 4AW7A 1YHTA 2EPMX 1AMYA 4GI6A 1HJVA 4D6EA 3FAWA 4AC1X 1XSJA 4FMVA 3WD4A 2WMJA 4MNLA 3A47A 1LL6A 5E9AA 1FHLA 3A4XA 3O9NA 2X0YA 1UQYA 4GI9A 2GUYA 2WKLA 1CGYA 4AD5A 1MWOA 2WPGA 4MB4A 1EH9A 3GBDA 4GZEA 1MW2A 2WVUA 3E1F1 3B9DA 2E8YA 5CGMA 1EDTA 2X09A 6CGTA 1KGXA 5CSUA 4ATDA 5BXRA 4P7RA 1KQYA 1J18A 1PZ3A 3KL0A 1LG2A 5A6LA 1GHRA 1HN1A 3BMVA 4W89A 5A1AA 4P8XA 1V3JA 5A2AA 3WF1A 1CXIA 1H1NA 1CGVA 4J3UA 2ZXAA 3KL3A 2J74A 3AMGA 3CUJA 4L4OA 3KE0A 1FHDA 1ISZA 4AZ7A 1WDRA 4BCEA 4BQ4A 1WZAA 4FLSA 1G0CA 3VIMA 3FHQA 4FLQA 1SMDA 3OB8A 4QLLA 3NDYA 1MYRA 1KGUA 3UG3A 1RPKA 4UFHA 3W6LA 4MAVA 1XC6A 4HA3A 2J25A 1HIZA 3MUAA 3TA9A 3VIFA 2YOCA 1JZ3A 1JYNA 1TA3B 4PYSA 3BLPX 1LG1A 2VJXA 2XVPA 3WMSA 3OLDA 3ZJ7A 3W82A 4UOQA 4CU6A 4EANA 1UD6A 3U7VA 1IZKA 2QV4A 4W5ZA 1W1YA 1PPIA 1GOKA 4P7OA 1EDGA 3VX1A 3AIVA 3SCOA 2UY2A 1VBRA 2EPOA 1XHGA 3EDEA 2FHFA 2XTKA 2DGAA 2VT0A 4EKJA 4KGLA 1KBKA 1OM0A 1B2YA 2YLLA 1JXJA 4WLCA 1IV8A 1WB0A 3DHPA 1QW8A 4D6HA 1GOOA 1BGAA 3WEOA 5LYRA 1LWHA 2CYGA 5D9MA 4UFMA 1FH8A 1OGSA 4CD5A 1Z32X 4NF7A 1BYDA 3L4UA 2WMIA 4C7FA 3RIKA 3ZT6A 1EO7A 2WMFA 4HOZA 2OSXA 4WKAA 2X05A 2XPKA 5JBFA 4PMXA 1OGBA 1UH2A 1D3CA 1UA7A 3T08A 3OGVA 5E70A 3D5HA 3WF2A 3EMQA 4KWUA 5BROA 3HU7A 1U30A 1GQIA 2AOSA 7A3HA 1TFVA 2VOTA 3L4YA 1CXFA 3TP4A 1R87A 4ZE5A 3T0DA 5BRPA 2WMHA 2WC7A 1PX4A 3GH5A 4P8UA 1BVNP 1QHOA 4M8UA 3AOFA 5DEZA 4DWSA 3HN3A 3RJXA 4A3YA 1ZB5A 1M03A 3UR8A 1UWSA 1E4IA 1ECEA 1RD6A 3SCRA 4ATLA 3PZGA 1JI2A 1J0JA 3ARWA 1VFUA 4PTWA 4F9DA 4H8VA 1W1PA 2WSPA 2YJQA 4NZCA 1E43A 2Q8XA 1WNOA 2WBKA 1NOWA 1ISWA 4M81A 1KFWA 5IFTA 1FH7A 3WDIA 2QMJA 4JAWA 2VZTA 2XG9A 1EHAA 4WF7A 3MKKA 3NCOA 3WQ8A 4W93A 2EO7A 4Z2IA 1RP9A 2VZOA 1WKYA 1UD8A 2JIEA 2VX6A 1QNPA 1U33A 1C8YA 2VZUA 2VC9A 4LYPA 3OIHA 3VUPA 3SCUA 2G4FA 2OYKA 1QOXA 1N82A 2PF0A 4CU8A 1UKPA 8A3HA 2E9LA 1E4LA 3WEZA 1VEMA 3G6LA 2D24A 4LQ1A 1HKIA 3OGRA 1V0LA 3LPPA 4AMCA 3VIJA 5KEZA 1AQHA 1VEOA 3VD3A 3W4RA 2WMKA 4ATWA 3OGSA 1EGZA 3PZ9A 3VGFA 3AMCA 5CPSA 4CN4A 2W5FA 2OWCA 4ACZA 2G3NA 2BY1A 3WEMA 3F5KA 5E6ZA 1PIFA 2XFFA 1B1YA 3TTYA 3AROA 4HP5A 1DWHM 5M17A 5GNYA 2WXDM 3AJ7A 2PWHA 1CECA 1JL8A 3CGTA 1MQQA 4IM4A 4E8DA 4OOZA 1JYVA 3WQ5A 4JHOA 2BV9A 4TOQA 1A3HA 3B9AA 4WSKA 1JZ4A 2G41A 4C7DA 3THDA 3WNNA 2WKGA 2JE8A 1W9UA 4MB3A 5CLWA 1GOIA 3VM7A 3LPGA 4RE2A 1EHNA 3VMPA 4ZEPA 3NJ3A 3CHFA 2DEPA 4HA1A 1UQZA 4WKFA 4NRSA 1HJSA 2EXOA 1HKMA 5A8MA 2X1IA 1HJQA 3ZIZA 3PZTA 2FH6A 1FFRA 3K46A 9CGTA 1E6XM 3VNYA 2A3CA 3IJ9A 2UY4A 1MW3A 4XUYA 4MTVA 2WANA 1XH1A 4UZUA 3WSUA 4NI3A 4B3KA 3VTRA 2VRKA 3OZOA 4CUCA 2IXVA 5FIPA 1EQCA 5IDIA 2E0PA 5A6BD 4CVWA 2OYLA 1UWIA 3N17A 3WDJA 1F4AA 3F5JA 3GNPA 1TCMA 2ZXQA 1B3XA 2BNJA 2ZICA 4IPLA 5ABFA 1B31A 3QHMA 1KGWA 3EDFA 3WELA 1BG9A 1E4NA 1KXQA 4L4PA 4HMCA 4PSRA 1CGTA 2BFGA 2V3GA 4AZ5A 5A94A 2VI0A 3WH5A 5AC5A 3PZUA 8CGTA 3AIWA 5A69A 3BCDA 4PMDA 1JZ6A 4AZGA 1JG9A 2E9MA 1R8LA 3AHTA 2FGZA 2VUYA 1BYBA 2PWEA 5BYWA 3VGEA 1ISVA 1GOWA 1MVYA 1H49A 2OSYA 2YA1A 1JD7A 1DWGM 4TX8A 3ZT5A 4TTGA 2D3NA 3CMGA 1BAGA 1W1TA 1ZBVA 1NP0A 1CIUA 1QPKA 3MUIA 4PN2A 1QI0A 5AYBA 3L4VA 4MB5A 1CYGA 2A3HA 3AYSA 1QHPA 1VF8A 1OD8A 5BXSA 1DWIM 2DPEA 3N13A 4EK7A 3AIRA 5I3DA 2CNCA 4MADA 1V6YA 1G9HA 4CD6A 5I77A 1H0IA 2XVLA 3W25A 5CSYA 4V27A 1E6NA 2EPKX 1FFQA 2GFTA 3M7SA 1BF2A 4PRWA 1CDGA 4PTVA 2XWEA 2BVYA 4PMOA 1CXEA 4X0NA 1UZ1A 4CKQA 2WC4A 2WCGA 3EDDA 2XUCA 3BAWA 3WF0A 1XH2A 1MXDA 5A6BA 3TTOA 4UZSA 1GORA 1HKJA 3WNPA 4N42A 1EXPA 3EBVA 2E3ZA 2V5DA 4Q7NA 1UZ4A 5I78A 1FP9A 3CZJA 3MMDA 3N9KA 1C93A 4HTYA 5GQBA 1VIWA 3UEQA 2YL6A 1RP8A 1JFXA 1GQKA 5DT7A 5E0FA 3L4TA 4J3VA 1SFSA 2ZUNA 1O7AA 2J4GA 1K6AA 4M1RA 5HNNA 3WIJA 5CLTA 1XD1A 2XWDA 1W3LA 1CGUA 2WWCA 3NUKA 1M04A 4UQDA 1V6VA 2XHYA 3SCQA 2PC8A 3WDQA 4IPNB 3S6TA 1US3A 3DYMA 3WD2A 1EA9C 5AC4A 3GNOA 3M07A 1VFOA 1B9ZA 2XM1A 1HP4A 3GXMA 4P8VA 2Y8KA 3I3DA 4PUEA 4KRTA 1GUVA 2GJPA 2VCBA 3VGHA 3AICA 2WK2A 5M3WA 3FHAA 5LA1A 1CGXA 4LPCA 5CXPA 2PWFA 1BGGA 1BTCA 5A3HA 1VENA 3BAIA 3VDCA 1KQZA 2DSVA 3CH9A 1AQMA 3GYCA 4Z2GA 2WSKA 3VDAA 2YL9A 1H2JA 2DH2A 1G94A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HP5 A;  5LA0 A;  3PZM A;  2EJ1 A;  3JUG A;  3WNK A;  3N11 A;  4HZ8 A;  4OOU A;  1ODZ A;  1B3Z A;  1HX0 A;  4DUV A;  5BWF A;  1UYQ A;  4FK9 A;  4CGT A;  2PBG A;  3CZE A;  3IJ8 A;  1VAH A;  1ITX A;  1GQJ A;  2QF8 A;  5HDR A;  2PB1 A;  1XGZ A;  5FL0 A;  4QDM A;  2D0F A;  4JKK A;  2BHZ A;  4HA4 A;  5LA2 A;  4ACZ B;  1UR9 A;  1CLX A;  1E6S M;  3WUG A;  4PTM A;  3CUF A;  1CXK A;  2YDS A;  4UQ9 A;  4GO9 A;  1ZS2 A;  3WF3 A;  3AIU A;  1PEZ A;  1NOF A;  5M03 A;  2J8G A;  3VDH A;  2XSA A;  2XSB A;  2J7B A;  3WY1 A;  1H0G A;  5HXM A;  4UQE A;  2VZS A;  5AYI A;  2A3A A;  4GZJ A;  4E4P A;  1H5V A;  3GZA A;  1E40 A;  1KB3 A;  3PZI A;  1H4P A;  1V02 E;  4ZXL A;  5I5R A;  1E70 M;  1ESW A;  2NT1 A;  3CBW A;  4GQQ A;  2ZUT A;  4D71 A;  3AIQ A;  1E5N A;  2YA0 A;  3AHY A;  5A6S A;  2WBG A;  2BY0 A;  1RH9 A;  1HT6 A;  4WJX A;  1OSE A;  3IAQ A;  4MJ4 A;  4J3W A;  3BAJ A;  1QBA A;  4H04 A;  4D6D A;  4GXP A;  4ACY A;  1UUQ A;  4B9Y A;  4OIF A;  1TMQ A;  2C0H A;  3I3E A;  3WD0 A;  1HKK A;  4C7G A;  3B8S A;  4UTF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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