3WXIA

Crystal structure of trypanosoma brucei gambiense glycerol kinase (ligand-free form)
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
publication title Molecular basis for the reverse reaction of African human trypanosomes glycerol kinase.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
total genus 168
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2014-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxiA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxiA01
5FPMA 1Q18A 4B1VA 4EHUA 4BRMA 4FSVA 2A42A 3LDLA 2V7YA 2E1YA 4I6MB 1DGKN 3I8BA 3UKUA 1TUUA 4WQ5C 2QWMA 4BG8A 3QDKA 2BUPA 3LDPA 5F1XA 1BO5O 3SLCA 1V4TA 5JLHA 3VETA 4QS7A 1NGDA 4CZHA 1LOTB 3GE1A 1R59O 1ATSA 5LJVA 2FF3B 4MO5A 2NLXA 3CIPA 3BEXA 4FWQA 4FWMA 2EWSA 4H0YB 5BRDA 5B8HA 4FOEA 1K8KB 3VOVA 1T44A 2P9UA 2IIRA 4QS8A 1RFQA 3CI5A 3WEEA 5BPLA 2ASMA 3O80A 4H5WA 4BR5A 3R6MA 5BPMA 1GLAG 3VEOA 1BA0A 2F9TA 3M1FA 4XEIA 2CH5A 3ULEB 1G99A 2P9NB 3BF1A 3CQYA 4H0VB 4BRKA 4BRLA 5AQRA 2I7PA 3WQUA 3VEVA 3IUCA 3CERA 2P9IA 2Q31A 2IVOA 3CJBA 2PAVA 3VEWA 5BPNA 1ATNA 1YAGA 3WXJA 4LC9B 4BRAA 1U2VB 1ZXOA 4CZIA 5EX5A 5LY3A 1XC3A 2V52B 4H03B 2YJEA 3OHRA 5JMVA 4FWSA 4I6MA 4JHDB 3RSEB 4QS9A 2UYTA 2D0PA 3O8MA 4H5TA 3ZX2A 1IJJA 4C23A 3QB0A 1QHAA 2WUSA 2Q36A 1HJOA 4O5FA 4BR9A 1WOQA 2D0OA 5AQKA 2BTFA 3U4LA 3F9MA 4BREA 2VCPA 3WXLA 4BQZA 5EOYA 2D4WA 3VEZA 3BUZB 3VEXA 3H3OB 4DB3A 3CJCA 2FSNA 2P9KB 2FSKA 1GLDG 4EFHA 1K8KA 3IFRA 2E1ZA 3VGKA 4BVOA 1QZ5A 3O5BA 4CI6A 3ZEUB 3KVGA 1NGJA 3ULEA 4H0OA 1X3MA 3WT0A 1MWKA 1QQMA 4DHYA 4CZEA 3QFPA 1ATRA 2P9UB 2Q2RA 1KAXA 4BRNA 3ATUA 3QICA 5AR0A 5AQGA 5AQWA 1H1VA 4CJ7A 3ZX3A 1NGGA 4FPBA 4EIAA 5ADXH 3GBTA 2FSJA 3MN5A 1HKGA 3MN9A 3ZETB 5KQ8A 1U2VA 3GOIA 4A62A 3A5LC 2VYPA 2ASOA 2HOEA 5FPNA 4PKHA 3WXIA 1SZ2A 2A6AA 5ADXA 1BWFO 1NGIA 1RDWX 5AQIA 1OKJA 3LM9A 4JHDA 3RSEA 1EQYA 4AM6A 2HMPA 3HM8A 3MDQA 2QWPA 5AQPA 1CZAN 4WQ4A 5BN9A 4PKGA 4B9QA 4H0PA 4AM7A 2CH6A 3FZMA 2QWLA 3M6GA 4IO8A 4BR4A 5F0XA 3CHWA 4FWKA 1P8ZA 2YCHA 3A5NC 2Q0UA 1BUPA 3FGUA 3A8YA 4IJAA 3FFKB 1NLVA 2P9KA 3TU5A 4BRHA 5AQZA 3UB5A 3O1WA 4ISGA 4CBXA 2YHYA 1Z05A 2HF4A 3ZEUA 2P9SB 5E84A 4BRCA 1HX1A 5AQOA 3D2EB 3L4IA 1BA1A 2P9PA 2QWRA 3EZWA 2NRHA 4IZ9A 2FLOA 3GL1A 2W40A 1NGCA 4HWIA 3L0QA 4K42A 3ZETA 3VGLA 3WQTA 3UKRB 2CGLA 3H3NO 3WUHA 3O4WA 1WUAA 5BRHA 3FR0A 2A3ZA 4EAHD 2YJFA 5AQVA 3LL3A 4J8FA 1U6ZA 4GY2B 5TKYA 4CZGA 3MN6A 5AFUH 1GLCG 3VF4A 1GLFO 2GEMA 3H45C 3DJCA 4YDUA 5KQDA 2HF3A 4BRFA 2E2NA 4E1JA 3AAPA 5AQYA 4PL7A 1BG3A 3SK3A 2AP1A 5AFUA 3EO3A 2FF6A 4BG9A 5AQHA 3JXUA 3ID8A 4BVPA 2FXUA 4FWOA 4A2BA 5LJWA 1D4XA 5I9EB 1X3NA 3S41A 3DXMB 4K25A 3IMXA 4BC4A 3D2FB 4Z94A 4BRPA 3LDQA 5BN8A 3ATVA 4WQ4C 1TYQB 4JD2B 2P9SA 3DXKB 5AQMA 4BC3A 4BRGA 3U8XA 3D2EA 3BF3A 3HSCA 3MK6A 3H46O 2ZGZA 4IWVA 3UE5A 1Y64A 1Z6RA 4CZKA 1SAZA 1T6CA 1NGEA 2V7ZA 3FZHA 3L6QA 4CBWA 5AQTA 3VERA 2E88A 4BQLA 3UKRA 4F9OA 2AA4A 2ASPA 2IVNA 4XH5A 2P9PB 3O6WA 3EL2A 1YUWA 3CQXA 5KPRA 4K41A 4HTLA 1QQNA 3C7NB 3I33A 3G25A 4BR2A 3ENHA 1RGIA 2CGJA 4PKIA 4BC2A 3A0IX 5FPEA 3CJ9A 3QBXA 3H1QA 2ZWHA 4CZLA 4FWNA 2OANA 4M7XA 5EXWA 3QFUA 4CZMA 4WYBA 3IDHA 3VGMA 5AZJB 3AY9A 3LDNA 1BDGA 4NO7A 3SJHA 4JN4A 3DXMA 4RTFD 5ELZA 1YVNA 2V51B 3D2FA 5KPZA 1DKGD 4JNEA 4A2AA 1JCFA 4M7YA 2ITMA 4BGAA 1TYQA 4JD2A 2QW9A 3DXKA 4IJNA 4FWPA 5KPTA 4YDUC 4PL8A 5CE3A 4L3QA 3EKUA 4BR0A 2CGKA 4CD1A 2W41A 4CZJA 5BR9A 3KZBA 3A5OC 2A5XA 2E2PA 1DEJA 1X9JA 2I7NA 3O08A 2QWQA 1KAYA 1GLJO 4B1WB 2E20A 3QMLA 1BU6O 2QM1A 3VEYA 1XQSC 1S22A 4ISEA 1NGAA 3AARA 2QWNA 4BGBA 3FZFA 5F2RA 3C7NA 4H5RA 5BREA 4RWTA 3GDQA 4H5VA 1HKCA 1ZC6A 3CJ1A 4H0TB 4KBOA 2NZTA 3P4IA 1JCGA 2P9LB 4IXCA 4B1UB 4FL9A 5AQFA 1TUYA 3HTVA 4FOIA 4EHTA 1JCEA 5AQXA 5E26A 1HPMA 3U9DA 3VF6A 3FLCO 2J4RA 1QZ6A 4FPAA 1NGBA 1NM1A 3VF2A 2KHOA 2VWBA 2Q97A 4BROA 5AZJA 4CD3A 3BP8A 1NMDA 5AQUA 1KAZA 1KXPA 1ESVA 4BRDA 3M3ZA 2ZGYA 4FWLA 3R8EA 1NWKA 3GG4A 5JICA 1YXQA 4DCHA 3W3DA 1MA9B 2YHWA 2GWJA 2Q0RA 3LM2A 1GLLO 1J6ZA 4JAXA 1QQOA 3VENA 2E8AA 4RCHA 4K43A 2Q1NA 4B1XB 4WQ5A 1SQKA 4H5NA 4DQ8A 5FPDA 5EY4A 3CJ7A 5AQJA 1V4SA 5AZIB 4A61A 5AQQA 3LDOA 4XH1A 2IVPA 3VESA 3FZLA 1BOTO 4BC5A 2QWOA 1LCUA 3TPQA 2GTDA 3SMPA 4BR7A 4MLHA 3W0LA 2GELA 2GUPA 3DWLA 1E4GT 3MN7A 3MCPA 4GNIA 4FO0A 2D1KA 3HBTA 4H0XB 3UKUB 1NGFA 4FWRA 1C0GA 5AQNA 2A41A 1HUXA 3J8AA 2E2OA 2H3GX 5BRFA 2E2QA 3KHYA 2ZF5O 4M63C 4ISFA 3R9PA 4BRIA 2P9LA 3WXKA 1NBWA 3EN9A 3FZKA 1GLEG 4XH4A 4BRQA 3HI0A 2F9WA 3DAWA 3CJAA 3JS6A 3H6EA 1MDUB 3HZ6A 2GWKA 2P9NA 4NB4A 1HLUA 3A5MC 4CZFA 1T6DA 2YI1A 3WEEB 3CETA 1HKBA 3O1BA 5JLFA 3C0BA 1XUPO 2PBDA 3D7EO 3EKSA 5AQSA 1E4FT 2QXLA 3U9ZA 1ZBSA 1C0FA 1GLBG 2DPNA 4B1ZA 1S3XA 2YHXA 2A40A 4O8KA 2P9IB 5EVZA 5AZIA 5AQLA 3SMSA 3ZX0A 4MO4A 1NGHA 3AAQA 3QBWA 3MMVA 3B8AX 3FE1A 4MLEA 1MWMA 4B1YB 4Y0WA 1IG8A 3VPZA 3ENOA 3H1VX 4CBUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C0UA 5FPMA 4N5SA 4E0DA 2HHWA 4BRMA 3EYZA 4DV4K 4FSVA 1EO1A 3LDLA 3NFAA 5JVHL 1DGKN 3NGYA 4I7FA 1XMOK 2HVIA 3NVMA 3UKUA 1VSLA 4WQ5C 4BG8A 3QDKA 4FZYA 4AHRA 5FRNA 5F1XA 4IOCL 3KD5E 1V4TA 2YHBA 1ILYA 3O3HA 5GAHP 5GAEP 2OZMA 1R59O 4CEEA 4MO5A 3O9UA 2NLXA 3BEXA 5A2QO 4FWQA 4CJLA 4JK9A 4LY7A 4CHZA 1L3SA 1QVGM 1NOYA 4FOEA 1BISA 1K8KB 5CYMA 3DRSA 4CGDA 5BPLA 2IGIA 4AHVA 1GLAG 1M1KO 1VQ6N 2F9TA 4JKEA 4IDKA 1KCFA 4CHNA 1IH7A 3BF1A 1YTAA 3VMFB 4JK7A 4BRKA 3L4QA 3PO5A 3HOTA 3VEVA 3SQ2A 4B8CA 4GV3A 1JLGA 3CERA 1TL3A 5M1OA 4FK0A 2ZJPL 1A5WA 4F4KA 1QQCA 2RF2A 4LC9B 1U2VB 5FLXO 3SQ4A 3E1YA 4JI1K 3T1YK 4DQPA 3OTOK 5HBMA 3OHRA 3CCVN 4GKJK 3CF5L 3AVHA 4LH4A 4I6MA 4JHDB 3PY8A 3J7YP 3O8MA 4KPYA 4LSLA 1YT3A 1DTTA 1QHAA 1NJYA 1R0AA 2G8VA 1Q9XA 3F9MA 2VCPA 3D0PA 3BY5A 4CEBA 3KLGA 2G8HA 3BUZB 5IT9O 4DSIA 4OGEA 3IG1A 4HTUA 3CJCA 2FSKA 1GLDG 5CYQA 2E1ZA 3VGKA 4BVOA 1ITGA 4TSXA 4AILC 4KI4A 1VQNN 1NGJA 2VQEK 4E7IA 1MWKA 5C10A 4FCYA 1QE1A 4FW2A 5AQGA 5AQWA 3KK1A 3ZT0A 1FW6A 4FPBA 4EIAA 1C1CA 3O9SA 2YHAA 3GOIA 2VWKA 3A5LC 1RNHA 3OVNA 5M1NA 3KK2A 1QSYA 2Z1JA 5FPNA 2ASOA 2HOEA 3CFOA 2WOMA 4PKHA 3ZT4A 4W5RA 3THYB 4IG3A 2F4VK 1BWFO 1NGIA 3HYFA 3AO2A 4E7HA 4F3OA 1KVBA 4KH4A 5FRMA 3HM8A 1Q8IA 4DTOA 5AQPA 4EP5A 3TAQA 3VQPA 4FJ5A 2QWLA 4BR4A 3J7ZO 1WSJA 1QS4A 4H4OA 3B6PA 4FWKA 3S9HA 2HBMA 3A8YA 1JLCA 1C6VA 1RDUA 3E01A 3P38A 4IJAA 3T1HK 3VQCA 1NLVA 3AGKA 1S1TA 4CBXA 1KFSA 3ZEUA 4X66K 2RPIA 2P9SB 3TR8A 3QEVA 1JLEA 1VSEA 3TTCA 1YF5L 5AQOA 1W97L 1RBSA 2FBYA 3OYGA 1TAUA 1BA1A 1TV6A 3KD1E 1RT5A 4OX9K 2HBLA 1NGCA 2NNWA 1SKRA 4NCAA 2HB5A 4DTNA 3PSFA 3WUHA 4MFBA 1WUAA 3LZIA 4Z4GA 3FR0A 3CM5A 4CJ5A 5HOOA 1U6ZA 1HNWK 1RT7A 4DSKA 3SYZA 5CZ2A 3L8BA 3H45C 1C1AA 4M42A 4DQSA 4E1JA 4FJ8A 3AAPA 3B6OA 2WFBA 4PL7A 3OYBA 1IO2A 2AP1A 2YKMA 3UIQA 5AQHA 4WFAL 1K73O 3JXUA 3ID8A 4FWOA 4A2BA 5LJWA 1D4XA 5M1FA 4YOYA 4YFUA 3TANA 3DXMB 1O13A 1W7AA 4BRPA 1C1BA 4Z4CA 3NCIA 3V9ZA 1TYQB 4JD2B 2HSTA 3NF7A 3TARA 5AQMA 3U8XA 3ULDA 1JXEA 1L3VA 4CJVA 3BF3A 3J81O 3P5JA 3PX4A 2KFNA 1Z6RA 4CZKA 3U3GA 2Z1IA 1Y97A 3G71N 3L6QA 4CBWA 5J2NA 3VTIA 3UKRA 4CE9A 4XH5A 2P9PB 4DFMA 3O6WA 3EL2A 1NJZA 5AJ3K 5KPRA 5GIPA 2Z1GA 2B5JA 4DF4A 4DR6K 1S1WA 3U3YA 1RGIA 2ETJA 2Y1JA 2D0BA 1KC8O 3CJ9A 3CPEA 3QBXA 2ZWHA 4OGCA 3LZJA 4WYBA 4JKFA 3IAYA 3IDHA 3HPOA 5AZJB 3AY9A 3S3NA 3LDNA 4NO7A 3SJHA 4BACA 4JN4A 1WNSA 1JCFA 4M7YA 4BGAA 4B9NA 3RR7A 3DOKA 4IJNA 4FWPA 4R5PA 4BE1A 4IDHA 4E7LA 2CGKA 4C8MA 4CD1A 4CZJA 4UQGA 4B3SK 4CECA 3CCUN 4FJJA 1DEJA 4J2BA 3SAFA 1X9JA 2HHQA 3N4PA 3O08A 3QINA 3MEDA 1KAYA 5T7BA 3OYJA 3NBPA 4JI5K 2E20A 1BU6O 2O8FB 1RT1A 1NK8A 1NMNA 2XY8A 4RWTA 4HUGA 1IG9A 2LSNA 1HKCA 2QKBA 1TK5A 4JKGB 3E9PA 4B1UB 4FOIA 3RRGA 1WLJA 1JLBA 4FPAA 1NM1A 2RE2A 3OBWA 4BROA 4CK1A 4U67L 2P51A 4CEAA 1KAZA 1KXPA 4FZZA 1IBMK 4F8RA 4DV0K 1YXQA 3W3DA 3NF9A 4JAXA 1WAFA 4RCHA 3AVLA 5FPDA 3CJ7A 5JS2A 1TKDA 2O8BB 4OLAA 1BOTO 3TPQA 2GTDA 1TVRA 3U6FA 3W0LA 4DTMA 1WSGA 4B9LA 4DU3A 2GELA 3LP1A 3DWLA 4CFAA 1VQKN 1I39A 3UKUB 5AQNA 3HRGA 2H3GX 2E2QA 4PY5A 2ZF5O 4M63C 4LF5K 4KHNA 4DTUA 3R9PA 2P9LA 3C95A 4FJ9A 1NBWA 4O0JA 2O8EA 1GLEG 4CJTA 5KI6A 3JS6A 1VAZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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