3WXLA

Crystal structure of trypanosoma brucei gambiense glycerol kinase complex with adp, mg2+, and glycerol
Total Genus 173
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
173
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
publication title Molecular basis for the reverse reaction of African human trypanosomes glycerol kinase.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
total genus 173
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2014-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxlA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxlA01
3MN9A 1KAZA 4QS9A 2FF6A 2BUPA 2FLOA 1NGDA 2GWKA 1DKGD 3KZBA 3ATUA 3UKUB 1Z6RA 4C23A 4CZGA 5AQQA 3VETA 3ZETA 1T6CA 2P9SA 1GLDG 3VEYA 1RFQA 4H0VB 4JHDB 3EO3A 4FWSA 1BDGA 5KPZA 3QDKA 3M1FA 3KVGA 4ISGA 4CBWA 3C7NB 4O8KA 3QFPA 3R8EA 4IJNA 5JLHA 1GLBG 3CQXA 1X3NA 2P9LA 1HUXA 3QB0A 4BR7A 1NGEA 4BRDA 2ZWHA 3S41A 5AQFA 4FOEA 4BR9A 2GUPA 2PBDA 1KXPA 4FWNA 4BRKA 4BVOA 1IG8A 3CJ7A 2CH6A 4GY2B 4A2AA 4I6MB 5AQKA 2E2NA 3FZLA 3D2EB 3ZX2A 3VERA 1NLVA 3R9PA 3DJCA 3GG4A 4XH5A 5BN8A 1E4FT 3A5LC 3O08A 1H1VA 3MN7A 2P9SB 4BR4A 1BA0A 5AQXA 3U4LA 2YJFA 2PAVA 3G25A 2P9IA 4Z94A 1KAXA 2F9WA 3L6QA 2NZTA 1HX1A 3HI0A 4BR2A 3FFKB 2QWQA 3VEWA 2D1KA 1HLUA 2A5XA 1NGHA 3ZEUA 2A6AA 3LDLA 1NMDA 1V4SA 4A61A 2P9LB 3ULEA 4FL9A 3UKRA 2HMPA 5BN9A 3QFUA 3SMSA 3MN5A 5AQMA 1HKGA 3CHWA 4H0TB 2QW9A 1MDUB 3CETA 4ISFA 3TPQA 2HOEA 3B8AX 4NO7A 1QQMA 5BPNA 3H1VX 4RTFD 3LDQA 2Q1NA 4Y0WA 5ADXH 3VEXA 1T44A 2CH5A 4H5VA 4FWLA 4K41A 1NGBA 2FSJA 4CD3A 2HF4A 3CERA 4NB4A 5JMVA 3O1BA 4HWIA 4B1WB 3DWLA 3HM8A 3VESA 2P9IB 3L4IA 5AFUA 3OHRA 4MLHA 3ZEUB 3VGLA 5E84A 2E1ZA 1HJOA 4DB3A 3SK3A 3WXKA 3A5NC 3ATVA 3IMXA 1NGJA 2P9KB 4E1JA 3CJ9A 4BRNA 2YHYA 1TYQB 3VGMA 3WEEA 2Q31A 3O4WA 3UB5A 4FPAA 4BRLA 2QWLA 2YI1A 4A2BA 4JHDA 4ISEA 3GOIA 4BRFA 1WOQA 3CJAA 3FLCO 1SQKA 3VEOA 1NGAA 3CJBA 3F9MA 3D2FA 2QWNA 1SAZA 3D7EO 3AARA 3DXKB 3CIPA 3HBTA 4BR0A 5AFUH 5AQIA 3W0LA 5EX5A 4I6MA 4FSVA 3D2EA 5FPDA 1QQOA 4YDUC 2V52B 3VEZA 2I7PA 3JXUA 4FWMA 4FWQA 5AQJA 3FZMA 1C0GA 3SMPA 4KBOA 3WEEB 5F0XA 2D0OA 4AM6A 2ZGYA 5AQUA 4BRMA 3ENOA 1DGKN 3QBXA 3FE1A 1X9JA 2I7NA 5FPNA 4CZLA 4BGAA 2GTDA 4MLEA 5B8HA 5BR9A 2D0PA 2AA4A 3D2FB 4H5WA 1K8KB 2W40A 4RWTA 3O1WA 3O80A 2D4WA 4WQ4A 1P8ZA 3AAPA 3I33A 5AQTA 3QBWA 5ELZA 3EKSA 2VCPA 4H5RA 1XUPO 4DCHA 4B1UB 3AAQA 5ADXA 1GLFO 3BP8A 5EY4A 1U2VA 2ZGZA 4BC2A 1KAYA 2E20A 2W41A 4FO0A 4EAHD 1ATRA 1G99A 3CJ1A 4JD2A 5FPMA 2IVNA 1BWFO 5BRDA 1MWKA 5CE3A 4HTLA 3QMLA 3WQUA 5AQYA 5KQ8A 3BF1A 1BOTO 4IXCA 4BRCA 4O5FA 4IJAA 3VF4A 1NBWA 2E88A 2Q2RA 2IVPA 4PKIA 4WQ5A 1NGFA 3GDQA 2A40A 2P9KA 4MO4A 1GLLO 4M63C 1TYQA 3VOVA 2GELA 1D4XA 3DAWA 5EXWA 3GL1A 2ASPA 3WXLA 4BRGA 3H3OB 3FZHA 3EN9A 1QHAA 5BRHA 1QQNA 4PL7A 1JCFA 3BEXA 3MMVA 1YUWA 4IO8A 4WQ4C 5F1XA 2ASMA 3UE5A 3EZWA 4BRPA 1U2VB 2E1YA 2QWOA 1U6ZA 2QWPA 3A5OC 4BG9A 1BUPA 4A62A 4JD2B 3QICA 4YDUA 1J6ZA 3DXKA 1NWKA 3H6EA 4IWVA 1ZBSA 3I8BA 3WUHA 2QM1A 2CGJA 3H46O 3O6WA 2P9UA 3C0BA 3SJHA 1GLCG 3A5MC 1RDWX 3LM2A 3J8AA 5AQWA 2GEMA 1XC3A 5I9EB 3O5BA 2IIRA 4K43A 3IUCA 4B1ZA 1XQSC 2P9NA 1NM1A 5F2RA 2AP1A 1MA9B 4WQ5C 5AQGA 3WXIA 3HSCA 3FGUA 4BC5A 4XEIA 5AQVA 2E2OA 1JCGA 2YHXA 2WUSA 3KHYA 3VEVA 4FWRA 3RSEA 4CZIA 5AZJB 4FOIA 3ZX3A 1BA1A 4FPBA 1K8KA 2CGLA 4EHTA 4FWPA 4BRQA 5BPLA 3GBTA 3A8YA 4EFHA 2HF3A 2YJEA 2ZF5O 3LDOA 3FZFA 2P9UB 4BG8A 1Q18A 3MK6A 4H03B 1HKCA 2A42A 2V7YA 3U9DA 3CQYA 5KPRA 1TUYA 4JNEA 4PL8A 2E2QA 5EVZA 4EHUA 2P9PA 1ATSA 2P9NB 3VF2A 4B1VA 1QZ5A 1LCUA 4B9QA 4CZJA 1SZ2A 4H0XB 1YVNA 4H5NA 5BRFA 2VWBA 4BROA 3WXJA 1YAGA 3WQTA 1IJJA 4BQZA 4H0OA 2J4RA 4GNIA 3RSEB 2YHWA 3SLCA 2GWJA 3A0IX 3LM9A 4BC4A 5JLFA 3ZX0A 4BRHA 1DEJA 4JAXA 5TKYA 4DQ8A 5EOYA 3LDPA 1BG3A 2NRHA 4IZ9A 1GLJO 2VYPA 2E2PA 2Q36A 2Q0RA 4DHYA 1X3MA 3DXMA 4QS8A 4EIAA 3MDQA 3BUZB 3GE1A 4B1YB 3O8MA 2P9PB 5AQLA 1ESVA 1HPMA 3IDHA 3WT0A 4FWKA 3VENA 3AY9A 1MWMA 5JICA 4K25A 5E26A 5LJVA 1YXQA 2UYTA 1R59O 3R6MA 3H1QA 3JS6A 4BC3A 5FPEA 4CI6A 1NGGA 3EL2A 4M7XA 1WUAA 3ID8A 1ATNA 3MCPA 4L3QA 2FSKA 3ZETB 3H3NO 4F9OA 2BTFA 3FR0A 3LDNA 3VPZA 4CBUA 4LC9B 2FF3B 3DXMB 4AM7A 4BRAA 4B1XB 2KHOA 1S3XA 5AQOA 4JN4A 2QWMA 5AZJA 2ITMA 5AQSA 3M3ZA 4BGBA 1NGIA 5AQZA 5KPTA 3CJCA 1QZ6A 4WYBA 4K42A 4CD1A 3HZ6A 3MN6A 4MO5A 1E4GT 2H3GX 4H5TA 1NGCA 1BU6O 5BREA 2NLXA 1JCEA 2V51B 5AQRA 5AQNA 4FWOA 5KQDA 5AZIA 3IFRA 4H0PA 1T6DA 1S22A 4CZEA 3U8XA 2Q97A 4CZFA 3EKUA 1LOTB 2ASOA 4BREA 4J8FA 3TU5A 2OANA 1C0FA 4H0YB 2CGKA 2A41A 2YCHA 1OKJA 4BQLA 3M6GA 1EQYA 2EWSA 3W3DA 2FSNA 4RCHA 3ULEB 1GLEG 5BPMA 1Y64A 3U9ZA 3CI5A 3H45C 5AQHA 1HKBA 2DPNA 3UKUA 5LY3A 4CZHA 1V4TA 3UKRB 4BVPA 3ENHA 4CZKA 4BR5A 4PKHA 5AR0A 4QS7A 4CBXA 1CZAN 1GLAG 2A3ZA 4M7YA 2E8AA 5AZIB 3L0QA 3FZKA 5AQPA 3BF3A 2F9TA 3C7NA 3P4IA 1RGIA 2FXUA 1ZXOA 1ZC6A 3HTVA 1Z05A 2IVOA 4PKGA 3VGKA 4CZMA 3LL3A 2QXLA 4XH1A 4BRIA 3VF6A 2V7ZA 1BO5O 2QWRA 4CJ7A 1TUUA 4XH4A 2Q0UA 5LJWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1EX4A 2FLOA 3KK7A 1NGDA 4GVEA 3CCQN 1WBDA 2NRWA 4BDPA 1D8YA 1Z6RA 4C23A 4JI7K 4FVUA 1NJZA 1K9MO 4IOCL 3VMFB 3P39A 5CR4A 1TK8A 1WSEA 5KPZA 3M1FA 3MEDA 2WOMA 5JLHA 1DT9A 1HNZK 4IJNA 5I3UA 4CJUA 4DQRA 3EY1A 2D0AA 3HXMA 1NJXA 1J5OA 1C1CA 1U4BA 2KFNA 1NGEA 4JKEA 4GV6A 4FOEA 3Q7CA 1QVFM 2ZJPL 3OYAA 4C8MA 2E2NA 4FK2A 3GG4A 1JKHA 3A5LC 3OVNA 1BQMA 4LH5A 3JYTA 3V1OA 4BR4A 1BA0A 3U4LA 2PAVA 4YORA 4YOUA 1BCMA 1RT7A 2QWQA 3ZSVA 1KVBA 3QEVA 3PY8A 3LDLA 5J2QA 4CF9A 1NMDA 1V4SA 2XY6A 3G10A 3KKSA 1VSJA 4OPHA 3L2QA 2WFBA 3CCUN 2JWLA 5HRSA 2BE2A 3OYIA 1ZBLA 1N34K 1NOZA 4H0TB 3OJUA 3TPQA 4ISFA 3B8AX 1IBLK 2ZJQL 4E7IA 2RF2A 1TVRA 3H1VX 4Y0WA 5ADXH 1T44A 4H5VA 2HF4A 3CERA 5JMVA 3O1BA 3C6AA 4HWIA 3VQCA 3HM8A 3SUOA 3L4IA 4DLEA 4OJRA 3K0SA 2FBYA 3VGLA 4PA1A 4UY8O 4YOWA 3ATVA 1TK0A 5EU7A 2P9KB 3CJ9A 2HNZA 4KI4A 2YHYA 3NF7A 1KVCA 1J53A 5TKWA 4DTMA 2YI1A 3FFIA 4JHDA 1WB9A 3KD5E 4ISEA 2B4JA 1S72N 3MWPA 3VQAA 4DTRA 1T7PA 3OYEA 3CJBA 3F9MA 3JSMA 2QWNA 4E0DA 3TAQA 3P1GA 5AFUH 5AQIA 1VK0A 2UXCK 4FSVA 2P1JA 1KVAA 2NRZA 1NOYA 3D2EA 4DSFA 4QAGA 4CJPA 5C42A 1RDDA 4YDUC 2I7PA 4O0JA 5AQJA 3SMPA 4H4MA 4JRQA 3CM6A 2VG7A 4DR3K 3VN5A 2ZGYA 5AQUA 3ENOA 3KK3A 3VTIA 2YNGA 3DM2A 3D6RA 5FPNA 4CZLA 4MLEA 1RT1A 2AA4A 4DS4A 3IRXA 3IS9A 4H5WA 4KB1A 2D4WA 4WQ4A 2XO7A 2ZM6K 2PYLA 3R3LA 5AQTA 4K8ZA 1X9WA 2W6LA 4ZTJA 4B1UB 1WN7A 2Z1JA 1GLFO 2FC0A 3I8DA 4BC2A 5FPMA 1BWFO 1MWKA 1U04A 1BOTO 4BRCA 2HHWA 2Q2RA 4DSLA 5GAEP 1RTIA 3ZT3A 4OGCA 1RTHA 5CYMA 4B9LA 1JJ2M 4NCAA 3VOVA 2HHSA 1NKCA 3WXLA 1Q86O 1KTQA 4CEOA 3KK1A 3V9WA 1F21A 1NK6A 3SQ0A 4Z4HA 4YHHK 4DTUA 5GADP 1ASWA 1SL2A 2BGGA 3V4IA 1CXQA 1C1BA 2GX9A 4YDUA 4LFBK 1EETA 1NWKA 4CK3A 4DR4K 3I8BA 3HPHA 4NYNA 4W5OA 3WUHA 1U48A 2P9UA 3E9OA 5FLXO 3A5MC 4BE2A 3ZSZA 1EP4A 2GEMA 1N33K 3LP2A 1P90A 4K43A 3OYBA 1VSLA 4WFNL 5F2RA 1TGOA 4ID5A 5C25A 4HCCA 4WQ5C 3SAGA 4A59A 3WXIA 3FGUA 4NLBA 3AGKA 5AQVA 3RSEA 4DTJA 4CZIA 5AZJB 2X6NA 1WAFA 4FPBA 4NCGA 1K8KA 1A5XA 1BIZA 4FWPA 4CEBA 4AILC 5BPLA 3MEGA 2ZF5O 2YJEA 4Z4FA 5AJ3K 2QK9A 2EHGA 3E1YA 4M41A 3MXJA 2P9UB 1XMOK 1VQ7N 3AA4A 3MK6A 4H03B 1HKCA 3U9DA 3I56N 4JNEA 4PL8A 4HUGA 2G8WA 2UUCK 5EVZA 1RTDA 1KSPA 3VF2A 3PX0A 1SZ2A 5M1QA 3LWMA 4JV5K 1R0AA 1REVA 2O4IA 4BROA 4DSJA 4CEQA 3WXJA 3WQTA 4FLTA 5K14A 4AHSA 4GNIA 3RSEB 2YHWA 3O9RA 4JKDA 5JS1A 2GWJA 3VQ4A 3ZSQA 3KJVA 3AVCA 3CCVN 3THWA 2G8UA 3RR8A 4Q0BA 4E1NA 1NU0A 3SYZA 5M1KA 4H4OA 3LANA 3QIOA 1N36K 2Q36A 3DXMA 4OKKA 4HVJA 4B1YB 4DFPA 4B8AB 3ZSRA 1ESVA 2ZQBA 3WT0A 5DMRA 2JWKA 1MWMA 2RPIA 3V1RA 1S1WA 5JICA 3CC7N 1NMNA 1HNWK 1TKZA 4B9TA 4FJHA 1L3TA 2QKBA 1VSHA 3JS6A 2VQEK 1NGGA 3EL2A 4M7XA 2DY4A 1OVYA 3THWB 3G4SN 2QEXN 3R1XA 4C8LA 1VSIA 4CVNE 3DXMB 3SV4A 2KHOA 3VQ5A 1NKEA 4O8UA 1S3XA 3NAEA 2ITMA 4DV4K 4OGEA 1I94K 5AQZA 4WYBA 4K42A 4KHYA 3P31A 4CJRA 2ETJA 4ELUA 1EWRA 3AV9A 1NGCA 1BU6O 3HL8A 4CGHA 4H0PA 1MU2A 4J2BA 4FJ7A 1S22A 4CZEA 4BE1A 2HSTA 3U8XA 4CZFA 1HYSA 3EKUA 1LOTB 2ASOA 1OH6A 4DKWA 4H0YB 2X78A 2YCHA 5IT9O 3M6GA 4CJ5A 2OPSA 4CFAA 3TAMA 4CJKA 4DFJA 5BPMA 4F8RA 2G8IA 1Y64A 1K6YA 3WNFA 3U6FA 5LY3A 3PUFA 1N8RO 1VQNN 3L2WA 2HBJA 1FXXA 1C0TA 1K8AO 4BR5A 1YIJN 4OKEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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