3ZCMA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design.
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords HIV INTEGRASE
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2012-11-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zcmA00
5CYMA 5SWMA 3VQPA 4CIGA 3HVRA 1XI1A 4CJ4A 3LWMA 3RRHA 3PX0A 3TI0A 1RDDA 1YT3A 3MAQA 3RMCA 5HROA 4ELUA 3V4IA 4IKFA 4KO0A 1KRPA 1DTTA 1HRHA 3ZSOA 4CESA 1RT6A 4NCGA 5J2MA 1T8EA 2Z1GA 3AO5A 3RR7A 3O4NA 3NAEA 3P1GA 2HB5A 1W9HA 4KI6A 2HHSA 3O3FA 3L3UA 2ETJA 4DFKA 3MXMA 3DLRA 3B6OA 1LAVA 2FBYA 4N47A 1JLBA 1Z25A 3AO3A 4FLWA 4M3TA 2RN2A 4GMJB 4E7IA 4Z4IA 2G8HA 1X9SA 2HMIA 4M42A 3EZ5A 3DLEA 4CJFA 2OZSA 2D5RA 4GVMA 4B9UA 1XWLA 3MEDA 2Z1HA 4M3YA 3OYHA 4DMNA 3AA4A 4RW7A 1ZBUA 3BDPA 2FBVA 4OLAA 5D3GA 3DM2A 2X74A 3K2PA 3VQBA 4FLTA 1JKHA 4DQPA 1KTQA 3ZSQA 3LZJA 3QIOA 2IOCA 2HNZA 3HL8A 4PUOA 1C1BA 3AVBA 3SUNA 3QEVA 1UAXA 3MEEA 4F2RA 3UIQA 2BGGA 2YKMA 4H8KA 4W5NA 3TAPA 1IH7A 4IFYA 4M3XA 4CEEA 4B08A 1VSIA 3K5MA 2P5OA 1NK5A 2YNFA 4KI4A 3HJFA 2WOMA 4J2BA 3VQCA 3T19A 4ELVA 2X6SA 1KLNA 3LP1A 3O4QA 4UQGA 3LAMA 4RW8A 1GOBA 3RMAA 3VQ5A 1WSFA 4DSEA 3QO9A 3M8QA 4CJPA 3ZSRA 2KQ2A 2VWKA 3AA5X 3D45A 1B92A 4AHCA 3K5NA 1F21A 3DLBA 1X9WA 4FVMA 5HLFA 1VSEA 3QEWA 4OGEA 2XO7A 4M3RA 4E3SA 1SL1A 2GUIA 3TAFA 4DSFA 5KGWA 1HNIA 2E6LA 4C8NA 4CJEA 4KTWA 1REVA 4L8RB 1C0TA 2QK9A 3QEPA 4OPJA 3KK2A 5JS1A 3HP9A 4Z4HA 3OY9A 4DU1A 1NJWA 1Z26A 3JSMA 1RT4A 1BISA 3HXMA 4AH9A 1VSJA 3VA0A 4OKKA 4DTOA 1EXQA 1T05A 4I9QA 4JRPA 3KLFA 4H4MA 4OJRA 1LW2A 3WNFA 2G8WA 3DLKA 1JLQA 4EZ9A 1JL2A 4DG1A 1BIZA 1EP4A 1NK8A 1I39A 3SUQA 1NK6A 3KK1A 4FJKA 4LSNA 4OLBA 1L3VA 4CGIA 3BGRA 1HMVA 1NOZA 1WAFA 1ZBFA 3I0SA 5DMRA 3RTVA 3KTQA 2OYQA 4N41A 2XY8A 3LPUA 1T7PA 1T03A 3A2FA 3AVKA 4MQ3A 1U49A 4CF9A 4Z4GA 4CHOA 4FLZA 4CJWA 1L5UA 4Y1CA 1NOYA 3PY8A 2IS3A 4C8LA 3VQ6A 3VQEA 3OYLA 4LD0A 2B4JA 1W0HA 3HPGA 1A5VA 1NKEA 3SZ2A 4HCBA 4CF1A 3KJVA 5E41A 3PV8A 2PZSA 3G0ZA 5CY4A 1CXUA 3OVNA 4IFVA 3OYAA 3V9XA 1BL3A 1KCFA 4O4GA 3SNNA 1ZBLA 4FK4A 3NF9A 4FJMA 4E89A 4BWMA 4CFCA 4F3OA 1WSHA 3LP3A 4RW6A 3OYGA 3TANA 1U4BA 4J2AA 1JLCA 4CJRA 4IG0A 3LANA 4KAZA 4CJVA 3T3FA 3RR8A 4JRQA 4B8CA 1CLQA 3OYDA 3HT3A 4FJNA 1BI4A 4CF2A 5HP1A 1RTJA 4CHZA 4B9NA 3WNHA 3AVCA 4OKEA 1RDAA 3DLHA 3OS1A 1ASVA 1Q9YA 4CJ3A 2HW3A 4KRFA 2Q3SA 4W5QA 4DS5A 1SKSA 3OJUA 4DSKA 1A5XA 3L2UA 3DRSA 4ELTA 3VN5A 1HQUA 4KB1A 4B8AB 4YFUA 1TAQA 4CE9A 5KI6A 2QXFA 1ASUA 4BACA 3TABA 3HM9A 3OYEA 2VWJA 4I2QA 1J54A 4CFBA 2G8FA 4FJ5A 4QOZB 3SQ1A 1D5AA 3NCIA 1TAUA 1JXBA 4YNQA 1WNSA 2DTUA 1C0UA 1RCHA 1L3UA 1UA0A 3WNEA 3S3NA 2HHQA 3FFIA 3QINA 4NCAA 4FZYA 3M8PA 5KRSA 1L3TA 3ULDA 1BCMA 5HRNA 1BGXT 2VG5A 4O0IA 2OPQA 3DRRA 2XRIA 1VSKA 3CG7A 4IBNA 1EETA 3IS9A 3V81A 3OYFA 1RBTA 3H08A 3VQAA 4DQQA 3NDKA 1R0AA 4DSJA 2RKIA 2B5JA 3NFAA 4MFBA 3ZT3A 3TAEA 4FJLA 3NH0A 4J2DA 4DQIA 1I3AA 1QQCA 2PY5A 1MU2A 4KHYA 4DFMA 3AVFA 4FK0A 1LW0A 1YTUA 1X1PA 4BWJA 2IC3A 1UA1A 1VSFA 4K8ZA 3NH1A 4E7LA 3ZT4A 2P51A 3HYFA 1RT1A 3QNOA 3V1RA 3SCXA 1TK0A 1VSLA 3I0RA 2VG6A 2KTQA 4EP5A 1JLGA 4RW9A 3ALYA 3C6TA 1TKXA 1WSIA 1XHZA 1KVBA 3NBPA 1IKXA 1S9GA 4AHTA 4TSXA 4O5BA 3SI6A 4E7HA 1RT3A 4DTXA 3S9HA 1CZ9A 1KVCA 5CZ2A 1J9AA 2KW4A 3P5JA 4HCCA 3TWHA 1SKRA 4M3UA 3ISNC 4DTPA 2OA8A 3PX6A 4CCHA 2JLEA 1WSJA 4FM2A 1NK9A 3V6DA 4JS5A 4RW4A 4DLEA 2HNDA 1U47A 4HUGA 1D9FA 1QHTA 1FKOA 4WE1A 1TV6A 3V9WA 3ZSZA 3CM5A 4F2SA 4LH4A 1RDBA 5HRSA 4FLVA 4C8OA 2KFNA 1NK7A 4GW6A 4W5RA 3PUFA 1XHXA 3ASMA 4Y1DA 4M45A 3KKRA 4NYFA 4I7FA 4C8KA 1BCOA 2DFEA 1BQMA 4CJ5A 3DRPA 4FZXC 4CGDA 4HTUA 4DTNA 3LZIA 1YTAA 5J1EA 4CHNA 1Q9XA 4B9LA 5FRNA 4CF8A 4N5SA 4KV8A 4HUFA 3L2VA 3SPZA 1KFSA 4E0DA 3OS2A 4B9MA 3TARA 3SUPA 3I8DA 2YNHA 2OZMA 3AA3A 2FBTA 3NH2A 4FJJA 4NCBA 4PY5A 2IDOA 4DTMA 4B9TA 4HHTA 5EU7A 3HSTB 4LH5A 2AJQA 3HPHA 1S6QA 4O0JA 4ID5A 1J5OA 1JL1A 4AHVA 1VRUA 4LSLA 2HHVA 1HPZA 4CK2A 3OYIA 3ZSVA 3HVTA 3AA2A 1TL3A 4EZ6A 2BANA 3NGYA 1NKBA 1S1VA 4FLUA 3AO2A 4DFPA 3TAGA 3OYCA 1D9DA 3JYTA 2Y1IA 4CGJA 2YNIA 3OS0A 2ITGA 1QE1A 3HK2A 4I2PA 2EX3A 3MEGA 4PA1A 4Z4CA 1LV5A 2HHXA 4M3WA 4B3OA 3AVMA 1IKYA 3NF7A 4IG3A 1NK0A 3C95A 3AO1A 2GBZA 2FBXA 5I3UA 1WSEA 3VQ7A 3CFPA 1RNHA 2E6MA 4QCLA 1TKDA 3KD5E 3KLIA 1QSSA 4ZTFA 1EKEA 1S1WA 2O4GA 3WNGA 4G1QA 4KB0A 3SQ4A 1DLOA 3ZCMA 4DF4A 1CZBA 4DTSA 2YKNA 2XY7A 1ZBIA 2B6AA 2X78A 4QAGA 2A1SA 2ATQA 3TAMA 1ZYQA 4H4OA 4CJTA 4DWIA 3VQDA 2OPSA 1S1TA 4FM0A 4AHRA 3AVAA 3OYJA 4KTZA 3VQ8A 3F9KA 4BDYA 4DTUA 4BE1A 4K8XA 2YV0X 3M8SA 3LALA 3KKSA 3K57A 1TL1A 2FC0A 4O55A 4CF0A 1VK0A 4KHWA 4N76A 1HYVA 4CHYA 1SKWA 5J2PA 4CEBA 2G8VA 1NJXA 4KTQA 2KZZA 1RBVA 2ZQBA 4FYDA 4IDKA 1LAWA 4J2EA 4AILC 4CFDA 4DTJA 1QSLA 3SUOA 2D0CA 4NYNA 4DU3A 2QKKA 4ID1A 3ZT2A 2PYJA 1C6VA 4FLXA 3QESA 3M8RA 1BIUA 2I5JA 1JXEA 3SV4A 3S3MA 2OPPA 4BDPA 4DSLA 4DSIA 3L3VA 4FJ9A 4Q0BA 3AVHA 2HNYA 3K5OA 3RMBA 1SL2A 4FJ7A 4CIFA 3ITHA 3QETA 1U48A 1NJYA 1G15A 2HVHA 2KFZA 4DLGA 3NF6A 4OGCA 1NK4A 5J2NA 5HRRA 4CHQA 3LP2A 3AV9A 1GOAA 1FXXA 4RG8A 3OYMA 4DU4A 1TK8A 1RILA 1C1AA 3AVJA 3DOKA 3QIPA 1ZBHA 4FCYA 5HBMA 3TR8A 2XY6A 4ZTJA 3LWLA 1L3SA 3V9UA 3CFRA 1K6YA 2RPIA 1HQEA 2ZD1A 3L2QA 2Z1IA 1HYZA 3VA3A 4DF8A 3E01A 1C0MA 2DY4A 1BHLA 3K59A 3RRGA 4CGGA 4CFAA 3OYNA 2O4IA 5KRTA 1S6PA 1TKTA 2LSNA 5CYQA 4FJ8A 1RTDA 1FK9A 1ASWA 3HP6A 4HUEA 4F8RA 3LP0A 3MECA 4E19A 3K58A 3AO4A 2A1RA 1VSMA 2G8UA 3DLGA 1TGOA 1EX4A 3C94A 1D8YA 3PO4A 4AHSA 1S1XA 1RTHA 1S5JA 2DFHA 4I9LA 2GV9A 4E1MA 4W5OA 3S3OA 3RWUA 3B6PA 3IG1A 4F4KA 4CEQA 4B9VA 3C6UA 2QKBA 3AVGA 4F3TA 2VG7A 1IKVA 3L2RA 3L2WA 2P1JA 3EY1A 1TVRA 1NJZA 3ZSYA 4Z0UA 4DS4A 1J53A 2HVIA 2OPRA 2Z1JA 1LWCA 3NHGA 3G10A 3AVLA 4KKOA 4CJUA 3KLHA 4FLYA 3RMDA 3IAYA 3KD1E 4Z4FA 3O3GA 5SZTA 4CEZA 1BI4B 3NE6A 4M41A 3F73A 3PX4A 1NKCA 1LWEA 3QERA 4CIEA 1RDCA 2ZE2A 3D0PA 1YVUA 1QTMA 1O1WA 4CERA 4JLHA 2WONA 1KLMA 2P5GA 1JLFA 3T1AA 1B9DA 5KTQA 3NGIA 1IKWA 3V9ZA 3SPYA 2HHWA 3CQ8A 1UWBA 4OVLA 5K14A 1JLAA 4FW1A 2F8SA 1HJRA 3P83D 4CK1A 4CK3A 1C1CA 4BDZA 4AHUA 3SQ2A 4DTRA 4M3ZA 2JGUA 1FKPA 1S1UA 4R5PA 4FM1A 4CJQA 4CEFA 5JS2A 1N5YA 4Z4EA 3CFOA 3OYKA 4FK2A 3V1QA 4DQSA 1GOCA 5C42A 5FROA 4EP4A 3KLEA 2IAJA 2X6NA 2RF2A 4DQRA 5CZ1A 3ZT1A 3CYMA 3DI6A 3AVNA 4FZZA 1VSHA 1HYSA 4B9SA 4KHQA 4CGFA 5DK5A 2G8KA 5FDLA 5C24A 1B9FA 3QNNA 3KK3A 2BDPA 3U3GA 2YHBA 2EHGA 1Y97A 3MXIA 5I42A 1IG9A 3OYBA 2D0AA 4CJLA 1SV5A 4CHPA 4BE0A 3CM6A 3U3YA 4PWDA 1KVAA 3U6FA 3PO5A 4KPYA 3O3HA 1RT7A 4ICLA 4C8MA 4CJSA 3LAKA 2BE2A 1A5WA 1QS4A 1S9EA 3NF8A 3QEIA 1RBUA 1RBRA 1WLJA 4LY7A 1TKZA 4BE2A 1RBSA 4Q5VA 1X9MA 1VSDA 3VQQA 4FJXA 3ZSWA 5FRMA 2HHUA 2IGIA 1ITGA 1N6QA 1U45A 4E7KA 1SL0A 1XC9A 4KHSA 4CECA 1WAJA 4ZHRA 1KFDA 2YHAA 2XHBA 3K5LA 4KHUA 2G8IA 4HVJA 3DOLA 3LPTA 3IRXA 3ZSXA 4N56A 3KLGA 4OKJA 4KHNA 4PQUA 4KREA 4O44A 5T7BA 1WSGA 1SUQA 3AVIA 4OPKA 2W42A 1HNVA 3QLHA 5KGXA 4JS4A 3QEXA 1QSYA 3LDSA 1BQNA 2DFFA 1Q8IA 4E7JA 1RT5A 2R7YA 3SJJA 4FJGA 2D0BA 3HPOA 3MXJA 1IO2A 1UOCA 4CJKA 3EYZA 1U04A 3SV3A 2F8TA 1JLEA 5J2QA 4FW2A 3ZT0A 4E1NA 3TAQA 3OJSA 1DTQA 3DYAA 4FJHA 2NUBA 1RTIA 4FXDA 4KFBA 4CEDA 2F96A 3V1OA 1WN7A 1RT2A 5C25A 4XIUA 3V9SA 4DFJA 3DMJA 5HRPA 3NGZA 3SYZA 3KIOA 2YNGA 4CEAA 2Y1JA 3THVA 2XY5A 2HHTA 2PYLA 4FJIA 4W5TA 4CGHA 2E4LA 4CEOA 3SQ0A 3HO1A 3VQ4A 1TK5A 1LWFA 3L8BA 1VRTA 2KZMA 1KSPA 3VQ9A 1CXQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQNA 1H1VA 4CIGA 3HVRA 5EVZA 3MAQA 3WQTA 3A5NC 3V4IA 1KRPA 1DTTA 4PHTX 4CESA 1RT6A 3MK6A 3U9DA 3CCLN 1EWRA 1W9HA 4KI6A 2HHSA 1WB9A 3O3FA 2UXCK 4ISEA 5AZIB 3TTFA 4LF5K 4E7IA 2G8HA 1ZXOA 4GY2B 1HLUA 2D5RA 2O8CA 4B9UA 4BR2A 3EKUA 2Z1HA 4DV0K 3I56N 3BDPA 3IKMA 3K2PA 3C0BA 4NLCA 1NGGA 3SUNA 2W40A 1NU0A 4H8KA 3TAPA 1V4SA 2J4RA 2P5OA 3J80O 4KI4A 2WOMA 2HHHK 3O9RA 3QO9A 1C0GA 3ZSRA 1HUXA 3O9UA 3D45A 1B92A 3K5NA 4JHDA 5HLFA 3QEWA 4M3RA 4A5BA 2GUIA 3TAFA 4JD2A 5KGWA 4C8NA 1C0TA 4MLHA 4PKGA 4OPJA 3OY9A 4Z4HA 4DU1A 3JSMA 1IBKK 1RT4A 3HXMA 5AQRA 4I9QA 1EXQA 5HOOA 3CJ7A 3WNFA 1JLQA 4DG1A 4IEEA 2QWQA 4PKIA 3FZKA 3BGRA 5AZJB 5DMRA 3I0SA 2XY8A 1RFQA 4BRGA 4OPAA 4ISFA 3A2FA 4IEIA 1YUWA 4MQ3A 3EO3A 2Q97A 3VTIA 3OTOK 5E26A 4Y1CA 4C8LA 4MDBA 3ATVA 3VQEA 2W6KA 4HCBA 3SZ2A 5AQJA 4CF1A 3QB0A 1I94K 4FPAA 4IFVA 3OYAA 5LY3A 1BL3A 3NF9A 4FJMA 4BWMA 3SJHA 2UUCK 4IG0A 3VF2A 3BP8A 3G71N 3AY9A 3HT3A 1BI4A 1RDUA 2GX9A 1RTJA 2Q36A 4OKEA 3DLHA 5F0XA 4CJ3A 2Q3SA 4DS5A 3VN5A 3HRGA 4KB1A 3ZEUA 4BACA 3TABA 3HM9A 1J6ZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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