3ZETA

Structure of a salmonella typhimurium ygjd-yeaz heterodimer.
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
229
structure length
226
Chain Sequence
MRILAIDTATEACSVALWNNGTINAHFELCPREHTQRILPMVQEILAASGASLNEIDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGANLPMIGVSTLATMAQGAWRKTGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDAQGVWQGEETEAVLKPERVGERLKQLSGEWATVGTGWSAWPDLAGLTLHDGEVSLPAAEDMLPIASQKLAAGETVAVEHAEPVYLRNEVAWKKLPG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
publication title Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. st4/74
total genus 67
structure length 226
sequence length 229
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetA02
2KHOA 2YHXA 2GWKA 4IZ9A 4BRMA 3G25A 4H0TB 4BRIA 1T44A 3QMLA 3VETA 2V7YA 3QFUA 2P9NA 2NLXA 2VYPA 1BA0A 5FPEA 5AQOA 4JAXA 5BN8A 5JMVA 3WQTA 4WQ4A 4JD2B 1Z6RA 3A8YA 5BPLA 3VEXA 4FWPA 4FWLA 5AQPA 2E1ZA 4K42A 4M63C 4B1XB 1V4SA 2ZWHA 4H03B 5AQHA 1SAZA 4BR4A 4EHUA 3UKRB 3MK6A 2IVNA 3AAPA 3GL1A 4H0PA 2VCPA 4FWQA 5AQNA 4CBXA 4FPBA 5BN9A 3ULEB 1V4TA 2E2NA 1EQYA 3LDLA 2QWMA 4A2AA 4FPAA 1S22A 2P9PB 1X9JA 5BR9A 1SQKA 4Y0WA 1JCGA 4FWOA 4FO0A 3VEWA 3VEZA 1S3XA 3QB0A 3HBTA 3U4LA 4E1JA 3LL3A 2QM1A 3GBTA 1Z05A 3KVGA 3FLCO 5AZIB 2CGJA 3DXKB 2FF6A 5AQZA 1ESVA 4PKHA 5BPNA 4FOEA 4XH4A 4MLHA 1BG3A 2P9LA 3HTVA 5B8HA 2IIRA 1BU6O 5AQXA 2GELA 4IWVA 1NGBA 3O1WA 2A41A 3QBWA 1KAYA 4BQZA 1U6ZA 1C0FA 2QW9A 2Q0UA 5EVZA 2V51B 3B8AX 3IFRA 2PAVA 3ZX0A 3F9MA 4K43A 3I8BA 2F9WA 3VEYA 5E26A 3H3OB 3FZMA 2I7PA 3CHWA 3VESA 3ATUA 4FSVA 1HKBA 2DPNA 4IO8A 3H46O 3UKUB 1G99A 4H5TA 5CE3A 1R59O 1GLDG 2WUSA 1NGEA 1QZ6A 2BTFA 3C7NA 3CJ9A 4CZKA 2QXLA 3WXIA 1HJOA 3D2EB 2PBDA 2QWQA 5AQUA 5KPRA 2QWPA 3D7EO 4PKIA 4XEIA 3GOIA 4O5FA 1NMDA 4WYBA 4C23A 2GWJA 4H0XB 3LDPA 4LC9B 5AQVA 4JN4A 3CJAA 5BREA 2FF3B 1QHAA 4Z94A 4BRFA 1ATSA 2Q2RA 3LDOA 1QQMA 3HM8A 3MN9A 4BR5A 2GEMA 2CGKA 2D0PA 2ZGYA 2BUPA 4K41A 5JLFA 1ATNA 3FZFA 3BF3A 1TYQA 3JS6A 2HF4A 3H1QA 1WUAA 3M3ZA 4FWRA 4A61A 5BRHA 4FOIA 1HLUA 3MN7A 4EFHA 3ZEUB 1RDWX 3I33A 5BRFA 4JD2A 3EO3A 5AQSA 1NGJA 3MCPA 4WQ5C 3U9DA 2Q1NA 1GLAG 1Q18A 1GLJO 1BWFO 1HPMA 2YJFA 3VEOA 2NZTA 1XQSC 2P9KB 4H0VB 1RGIA 3CJBA 4GNIA 3VENA 4AM6A 3GDQA 3KHYA 3W3DA 1K8KB 4BC2A 5AQQA 2QWRA 1BA1A 3W0LA 2ASOA 4EHTA 5ADXA 3SLCA 3WQUA 2P9PA 3CJCA 2FSNA 2QWOA 4I6MB 3DXMA 4PL7A 2A6AA 2P9NB 3ZX2A 3A5OC 2F9TA 5JICA 1TUUA 5BRDA 1GLLO 4H5NA 4JHDA 3SJHA 4BG9A 2QWNA 2P9SB 3WXKA 4BGBA 5AQTA 2YHYA 5KQ8A 2VWBA 4CD1A 5LJWA 3LM2A 5AZIA 3DWLA 3DXKA 5TKYA 4BC5A 4IXCA 5AZJB 1BDGA 3VGLA 2E2OA 2P9UB 4FL9A 4CZHA 1NGHA 2E20A 2V7ZA 3S41A 1BOTO 3IDHA 3BF1A 3A0IX 3SMPA 4BR2A 3UB5A 1YVNA 3HI0A 3DJCA 4DHYA 3WT0A 3IMXA 3WEEA 3KZBA 5EX5A 2FSJA 3EL2A 1NGAA 3FZLA 5ADXH 1NBWA 3H6EA 3VF6A 2A42A 5AQMA 4BROA 3ZETB 1NGGA 3ZX3A 3MMVA 3VF2A 3WXJA 2E8AA 5FPMA 3D2FB 4YDUC 2HMPA 4CZLA 1XC3A 5AFUA 2QWLA 1NLVA 3MN6A 5AQKA 1H1VA 1X3MA 2ASMA 4ISEA 3BEXA 4QS9A 2HF3A 5F2RA 1QQOA 4H0YB 1JCFA 1DKGD 4HWIA 3UKUA 4K25A 2E1YA 1ZC6A 4JNEA 1NGIA 2A5XA 3LM9A 4ISGA 3VOVA 2P9LB 2CH5A 2OANA 4BRKA 2ZF5O 3CERA 1NGFA 2A40A 3D2EA 3VF4A 4BVPA 4BRNA 4BREA 2EWSA 2CGLA 3ATVA 4BR9A 1MWMA 3QICA 2Q0RA 1ATRA 3O5BA 4IJAA 3R9PA 4IJNA 2IVPA 5AQLA 4H5WA 1ZXOA 5AFUH 3VEVA 3EZWA 4DCHA 5FPDA 1XUPO 4CZEA 3L6QA 1HUXA 2E88A 4B1UB 1KXPA 4A2BA 2P9IB 1T6CA 4BRQA 5AQFA 3O1BA 3WUHA 3C0BA 3QDKA 1QQNA 3ENHA 4B9QA 3RSEB 4EAHD 4WQ5A 4CZJA 4BRPA 4F9OA 3SK3A 3C7NB 1ZBSA 1U2VB 3R8EA 3ZEUA 3H45C 3HSCA 1X3NA 3FE1A 3O08A 5AQWA 5EXWA 2AP1A 4H5VA 4BG8A 5KPZA 3O4WA 5F1XA 2YI1A 3AARA 3TPQA 3AY9A 3LDQA 1TUYA 3SMSA 2YCHA 2P9KA 3VERA 2W41A 4H5RA 5LJVA 1LCUA 1RFQA 2CH6A 1HX1A 4M7YA 1K8KA 2ZGZA 1GLEG 3VGKA 3UKRA 2V52B 1YUWA 4B1WB 4CD3A 1BUPA 2YJEA 4CI6A 4BRDA 1TYQB 3A5MC 4I6MA 2GTDA 5F0XA 5AQGA 3ULEA 1OKJA 5BPMA 5JLHA 1YAGA 2J4RA 4CJ7A 1DGKN 2P9SA 3O6WA 3ENOA 3CJ7A 3AAQA 4NO7A 5AZJA 4XH5A 2Q36A 3FZHA 2P9UA 3GE1A 2FSKA 3CQYA 2FLOA 2Q97A 2ASPA 3FFKB 3QBXA 4O8KA 4PL8A 1MDUB 4YDUA 3A5NC 3O8MA 4WQ4C 3FGUA 3O80A 4BGAA 4FWKA 3EKUA 3WXLA 4BQLA 1MA9B 1J6ZA 3U8XA 1T6DA 4MO4A 3ZETA 1NWKA 3JXUA 4H0OA 3DXMB 4BRGA 3D2FA 2ITMA 2W40A 1CZAN 1QZ5A 5E84A 4FWSA 3HZ6A 3QFPA 4XH1A 3BP8A 3H1VX 3A5LC 4JHDB 3CJ1A 4HTLA 1KAXA 4KBOA 4A62A 4B1ZA 1Y64A 3VPZA 3FZKA 3CIPA 5AQIA 3CI5A 4B1YB 3CQXA 4EIAA 2D0OA 4M7XA 4CZMA 3LDNA 4BC3A 5EOYA 5AQYA 1E4FT 1DEJA 1KAZA 3MN5A 2H3GX 1HKCA 2E2PA 1GLBG 1SZ2A 2Q31A 4RTFD 5FPNA 3WEEB 1E4GT 3IUCA 5KPTA 1GLFO 1P8ZA 2HOEA 3UE5A 4FWMA 3H3NO 3M6GA 4CZFA 1D4XA 3M1FA 2FXUA 5I9EB 4CBWA 1NGCA 4PKGA 1NM1A 4BC4A 3GG4A 3R6MA 4L3QA 1NGDA 4FWNA 1HKGA 2P9IA 3L4IA 2A3ZA 4MO5A 3BUZB 4BRCA 1GLCG 4DQ8A 2YHWA 4RCHA 5EY4A 4B1VA 5AQRA 3EKSA 1YXQA 3RSEA 4AM7A 2D1KA 4BRLA 3TU5A 4DB3A 2UYTA 1WOQA 2AA4A 4RWTA 3J8AA 1U2VA 3CETA 3P4IA 1C0GA 4CZIA 5KQDA 4ISFA 1MWKA 5AQJA 1BO5O 4QS8A 2NRHA 4BRAA 2D4WA 4BRHA 4BR7A 2IVOA 2GUPA 3ID8A 3L0QA 4BVOA 4BR0A 4J8FA 3EN9A 5ELZA 3MDQA 4MLEA 3DAWA 4CBUA 5LY3A 1LOTB 2I7NA 1IG8A 1JCEA 5AR0A 4GY2B 3OHRA 4QS7A 4NB4A 1IJJA 3U9ZA 3VGMA 3FR0A 4CZGA 2E2QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YHXA 3C6HA 1JLFA 3T3FA 4IZ9A 4H0TB 2LSNA 1GOBA 2KZMA 2NLXA 2O8BA 5JS1A 2IGIA 3HL8A 3A8YA 1YJNN 5BPLA 3CFOA 3PSFA 3VEXA 3ZLJA 4FWLA 1D5AA 5CHIA 5KI6A 4B1XB 4H03B 2ZWHA 3CCUN 4BWJA 3D0PA 1HNXK 2OPRA 4FXDA 5GAGP 5A2QO 4WFAL 3OYNA 5AQNA 4CBXA 1Q82O 3D6RA 3CQ8A 4BDYA 1VQNN 2KFNA 4C8KA 4A2AA 4FPAA 5BR9A 2P9PB 1X9JA 3O3HA 1SQKA 4Y0WA 1RBRA 1VSMA 4FWOA 3ZT1A 3ALYA 4B8CA 4IOXA 4EZ9A 4I9LA 3GBTA 2YNIA 1LWCA 4K8ZA 2FF6A 5J2MA 1ESVA 3P5JA 4PKHA 5BPNA 5CZ1A 5I3UA 1BG3A 1XNQK 3NF9A 3P83D 2IIRA 5GAHP 3OS2A 1ZBFA 1BU6O 1A5XA 3VTHA 4CIEA 4JRPA 2A41A 2VWJA 1U6ZA 4DV3K 4FLTA 3AO4A 2YNHA 3B8AX 3IFRA 2KW4A 3I8BA 3F9KA 2YHBA 3MEEA 4CW7B 3TTFA 1W0HA 1HKBA 3K0SA 2DPNA 1VSJA 1MU2A 2G8UA 1TK0A 1VQ8N 3U6FA 5HL7L 1GLDG 3M5RA 3C7NA 2BTFA 3CJ9A 4ELUA 2QXLA 3OW2M 1HJOA 2QWQA 4E1MA 2DFEA 3O3FA 2QWPA 4CEQA 4FZYA 4PKIA 1UA1A 4E1NA 1QTMA 4LC9B 3ZCMA 2JWKA 1ATSA 4KTQA 1QQMA 4E7HA 4C1NK 4FJIA 4DTUA 4FM1A 3OY9A 2BUPA 4CJVA 4F3TA 5JLFA 4Y1DA 3SPZA 5C25A 5FROA 1TYQA 5JVHL 3CCMN 3H1QA 3M3ZA 4FWRA 4H4MA 4YOTA 4CF2A 4RW8A 1IV0A 4OPAA 5AQSA 3AVMA 1LW0A 3MCPA 1VQPN 4WQ5C 1VQ5N 2Q1NA 2UUBK 1GLJO 4FYDA 1BWFO 2YJFA 3VEOA 4IO9L 1SL0A 3JAMO 3I56N 5HLFA 4H0VB 1VRTA 1SL2A 4AM6A 3KHYA 3W3DA 1VHXA 4LF7K 4BC2A 3BDPA 5AQQA 2QWRA 4CHZA 3P31A 2P9PA 4CGFA 4I6MB 5KGXA 2P9NB 1RT1A 2HW3A 2F9TA 3ASMA 4CFAA 4ZTFA 5BRDA 3LWLA 3WXKA 5FDLA 3TWHA 2DY4A 3VGLA 1A5VA 3KIOA 4A5AA 2JLEA 1S1UA 1NGHA 4JEPA 3PLAA 1IKWA 4BWMA 3A0IX 4BR2A 1YTUA 3DJCA 2KZZA 2OA8A 3KZBA 1M1KO 5ADXH 1WSJA 3ID6A 3HSTB 3VF6A 1NJWA 2BANA 4PA1A 1SKRA 1XC3A 3LALA 1RT4A 3AVIA 1R0AA 4KH5A 1JLGA 5M1NA 4LF9K 2ZJQL 1NK6A 4FW2A 4JI1K 1VQMN 1WSHA 3VQ5A 3IS9A 3N4PA 1IO2A 4HWIA 2OZMA 3TR8A 3V9SA 4JNEA 1NGIA 4CEAA 3QESA 1W9HA 4ISGA 1JJ2M 2P9LB 1LW2A 4KHWA 3KKSA 1LAWA 4BREA 2G8FA 2CGLA 3O4NA 3DYAA 3ATVA 5HRNA 4BR9A 4YOXA 2O4IA 2HHSA 2Q0RA 3JSMA 3O5BA 3R9PA 4IJNA 4H5WA 2NRWA 1UAXA 3NVKA 3P39A 3AVJA 5DM7L 4DCHA 3AVAA 1HUXA 3VQPA 4B1UB 4B9MA 3O1BA 3VA0A 3V9WA 1QQNA 1HRHA 3VQBA 5KRTA 3ENHA 4BY9C 1O1WA 3LP0A 3KLEA 3AA2A 2YNGA 4M3ZA 4F9OA 5D3GA 1U2VB 1Q9YA 3L4QA 3H45C 3J81O 4M3RA 3FE1A 5EXWA 3HK2A 4X62K 3OYBA 5KPZA 3O4WA 3KK1A 1JL2A 1C1AA 3TPQA 4HCCA 2ATQA 4CIGA 3SMSA 1NOYA 5LJVA 2W41A 4H5RA 1YT3A 4H8KA 4M7YA 4DTRA 3VGKA 4FJKA 4U67L 5FRMA 1U04A 3PX4A 3RRGA 4BRDA 4I6MA 4W5NA 5GAEP 3THWB 1OKJA 5BPMA 4PWDA 2HBLA 1QSYA 2XRIA 2E6LA 1HNVA 2NRZA 4JLHA 3MX2A 4M3XA 3KK7A 3ENOA 3CJ7A 1NNEA 3I0RA 4NO7A 1UA0A 3OYDA 4OVLA 3FZHA 4RW4A 5LL6Z 4IOCL 1OH8A 3FFKB 3CFPA 4PL8A 1MDUB 3OYMA 1M90O 4KO0A 3A5NC 2GV9A 1NOZA 3EKUA 4LSLA 3WXLA 1MA9B 4JI8K 1DLOA 3V81A 4BRGA 3ZSXA 4ELTA 3KD1E 4O8UA 1CZAN 4DSFA 4GV9A 3OYAA 4FWSA 3HZ6A 1JLAA 1LV5A 1SS6A 3BP8A 3CCVN 1S1WA 3A5LC 3SPYA 4YHHK 5TKWA 3CJ1A 1KAXA 4A62A 3HVTA 3ZSZA 3DLGA 2D5RA 4B1ZA 4ILJA 1Y64A 1BIZA 1BL3A 3CIPA 3DRRA 1TKZA 2Y1IA 4Z4HA 4BC3A 1KAZA 3MN5A 3K9JA 4M3UA 2E2PA 5FPNA 3WEEB 4AILC 2IAJA 3LDSA 5KPTA 4LH4A 1GLFO 4OKEA 1OH6A 2FXUA 4FLUA 3O9QA 1C0TA 3VQAA 4RW7A 4BC4A 1YF5L 3GG4A 1RT6A 3TAPA 3R6MA 3NHGA 2NNWA 3R1XA 1HKGA 1QSLA 4ID1A 2JGUA 1UWBA 4C8OA 2YHWA 5EY4A 1RCHA 3CCLN 2D1KA 4K8XA 1FKPA 3ZT0A 4RWTA 3L2VA 3TAFA 1U2VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3ZSV A;  1E4G T;  3IUC A;  2PZS A;  1P8Z A;  4IEI A;  2YX6 A;  4FWM A;  1VQL N;  2RHK A;  3M1F A;  3QIP A;  4KFB A;  4DQI A;  4CBW A;  5GIN A;  4PKG A;  1NM1 A;  1DTQ A;  1KFS A;  3V4I A;  1SUQ A;  2HBK A;  3L4I A;  4MO5 A;  3BUZ B;  3OA9 A;  4DQ8 A;  3CM5 A;  4RCH A;  4OPK A;  5AQR A;  3EKS A;  4F8R A;  4CGJ A;  4AM7 A;  1TV6 A;  5DMR A;  1RT3 A;  3OJU A;  2QK9 A;  4DB3 A;  2ZQB A;  2UYT A;  3E01 A;  1YJ9 N;  2Z1I A;  1VSL A;  3J8A A;  3P4I A;  4CF9 A;  3MAQ A;  3AVN A;  3CFR A;  1X9M A;  1IKY A;  5KQD A;  1T8E A;  2UU9 K;  2KQ2 A;  1N36 K;  4QS8 A;  4CJQ A;  1KCF A;  4BRA A;  2I5J A;  1YTA A;  5C2F A;  2X78 A;  4NXM K;  5E41 A;  4BR7 A;  3VMF B;  2NRV A;  2OPS A;  4MQ3 A;  3L0Q A;  2ZJR L;  4WE1 A;  1X1P A;  3EN9 A;  3KK3 A;  4MLE A;  3DAW A;  1N6Q A;  4GY2 B;  4BE1 A;  2PYJ A;  3OHR A;  4N5S A;  3NCI A;  1IJJ A;  3SYZ A;  3DRS A;  4CZG A;  3NAE A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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