3ZETB

Structure of a salmonella typhimurium ygjd-yeaz heterodimer.
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
337
structure length
337
Chain Sequence
MRVLGIETSCDETGIAIYDDKKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKEAGLTASDIDAVAYTAGPGLVGALLVGATVGRSLAFAWNVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPMLSKMASQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRSNGGDEQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALESTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMQKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGVTADLGVTVRPRWPLAELPAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
publication title Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. st4/74
total genus 113
structure length 337
sequence length 337
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetB01
4LC9B 1LOTB 2VWBA 4ISGA 3SMSA 5EX5A 4BG9A 3VF6A 3SMPA 2ZF5O 1T6CA 2ITMA 2IVPA 3QFUA 3F9MA 3O4WA 3VENA 4CI6A 1ESVA 1QQOA 5AQKA 3UB5A 5AQJA 3WQTA 4PL8A 2V7YA 2PBDA 3FZFA 2E1ZA 3LDOA 5AQWA 3CHWA 4FWSA 4HTLA 1XQSC 4QS7A 2DPNA 4BRPA 1NGIA 2WUSA 2NZTA 3H6EA 5AQPA 5AQGA 4CZGA 5AQIA 4M7XA 5BN9A 4EHUA 2E8AA 5FPEA 3R8EA 3C7NA 4BRMA 4E1JA 4FOIA 1E4GT 4BC3A 5EVZA 2AP1A 2P9UB 4BC5A 2BTFA 3ATVA 5BN8A 2P9IB 3U8XA 3H46O 1YAGA 3QMLA 5ADXH 3M6GA 3CIPA 4DCHA 4PKHA 5AQLA 4BR2A 2D4WA 1TYQB 3BF3A 4L3QA 3EL2A 3R6MA 3FFKB 4CZLA 2ASPA 3M3ZA 1YVNA 3DJCA 1Z6RA 1NGCA 4RWTA 1K8KA 3MMVA 2QM1A 1SQKA 2E88A 3FR0A 4J8FA 1NMDA 3UKUA 1RGIA 2A6AA 4DQ8A 5AFUH 4BRHA 1DEJA 1IJJA 4F9OA 3SK3A 4JAXA 2P9NB 1ZC6A 3L6QA 5KPRA 3HM8A 2ZGZA 3VPZA 2D1KA 2FSNA 3H45C 5BPNA 4FWPA 4EIAA 1XC3A 1Y64A 2YHYA 3BUZB 3J8AA 4H0PA 2FF6A 5AQTA 4CZIA 3WXJA 4XH1A 3MN6A 4BREA 3LDLA 3VEWA 2IVNA 4QS9A 3G25A 3LDQA 1E4FT 4O8KA 4B1ZA 3LDPA 3M1FA 5AQOA 2GUPA 4BR4A 3IFRA 3W3DA 4H03B 4CZKA 4BRGA 3BF1A 2P9PB 5AQZA 5EXWA 5E26A 3C7NB 3WT0A 2QWQA 3WQUA 3DXKA 1NBWA 4PKGA 3CJ1A 4BQLA 1G99A 1MA9B 3L0QA 3A0IX 2P9UA 4IXCA 4K41A 5AQMA 3QBWA 4FWMA 1GLCG 5E84A 2QWLA 3OHRA 2Q36A 4PL7A 1ATSA 2A5XA 5F2RA 4K43A 1TYQA 2Q31A 3DXMA 4BR0A 3CQXA 2IVOA 1NGEA 2CH5A 1NGAA 3CQYA 1RFQA 2P9SA 5AZIA 1J6ZA 3UKUB 3FLCO 1NGGA 3VEYA 4A62A 2QWNA 3SLCA 3HBTA 1NGJA 1YXQA 2P9NA 2D0OA 3BP8A 4HWIA 4IZ9A 4CD1A 3AARA 1MWKA 3GL1A 2J4RA 4QS8A 3AY9A 4CBXA 1KAYA 3EKSA 3O08A 4H5TA 2CGJA 5ELZA 4FO0A 1ATNA 1HJOA 3UKRA 4NB4A 3HTVA 4CD3A 5I9EB 4A2BA 2PAVA 3FZKA 4BRKA 2QW9A 1S3XA 3KZBA 4XEIA 4O5FA 3B8AX 1QZ5A 1QQMA 1T6DA 2CGLA 1XUPO 3VOVA 4FOEA 5EOYA 3EKUA 3VETA 5FPMA 4RTFD 4B1UB 2HMPA 3TPQA 3HZ6A 4M7YA 1JCEA 3ULEA 4BC4A 3O8MA 3GOIA 4H5RA 5AR0A 4CBWA 1JCGA 4GY2B 1LCUA 2NLXA 3FZHA 2P9LB 2P9PA 1CZAN 3DXKB 4EFHA 5ADXA 4WQ5C 3ZEUA 3DAWA 4BRIA 4BGAA 3QDKA 4MO4A 1HKCA 2Q0RA 3QFPA 1KAXA 4CZJA 3VEXA 1OKJA 1U6ZA 2GELA 4WQ5A 3CJCA 2Q97A 3DXMB 3ENHA 4B1XB 4H0XB 4JHDA 2YJFA 2HF4A 2YCHA 3AAPA 2P9SB 4Y0WA 5AZIB 1IG8A 5AQVA 3HI0A 4H5WA 2OANA 3ZX0A 3H3NO 3ZETA 1DKGD 3CETA 2E1YA 2FSJA 3VESA 4EAHD 2A41A 1BWFO 4WYBA 3GG4A 3D2EA 5BPMA 4H0VB 2P9KB 1BUPA 4FWQA 2GTDA 2E20A 4C23A 3LM2A 2E2PA 2V7ZA 1ATRA 3VGKA 1SAZA 3UKRB 3U4LA 5BRDA 5KQ8A 1HKGA 3MDQA 1BO5O 5KPZA 2H3GX 2Q0UA 4IJAA 2F9TA 2E2OA 3I33A 1HUXA 3LM9A 3A5MC 3LL3A 5KQDA 4FWRA 4JD2B 3I8BA 3JS6A 1Z05A 3ULEB 1H1VA 3W0LA 5BRFA 1GLJO 3WEEA 1T44A 3U9DA 2EWSA 1HKBA 2ZWHA 2QXLA 4FPAA 2FLOA 4BRQA 2CH6A 3DWLA 2P9LA 3VGLA 4FWKA 4BVOA 3ZEUB 3CI5A 4ISEA 4PKIA 3U9ZA 3MN7A 3MCPA 4CZFA 4FWNA 4CZMA 5JICA 3S41A 1R59O 4A61A 4H0YB 4IWVA 3O6WA 4JHDB 5AQYA 5LY3A 4MLHA 5B8HA 4BR7A 5F1XA 4B1VA 1BA1A 3WUHA 3IMXA 3ZETB 1DGKN 4IO8A 3FE1A 4JN4A 3A5OC 2KHOA 3P4IA 3D2EB 2W41A 3O1WA 3GBTA 2Q2RA 2Q1NA 3H1QA 3R9PA 5AZJB 3WXLA 3MK6A 2VCPA 3HSCA 1V4SA 3TU5A 3VEZA 2P9KA 4K42A 4KBOA 3EN9A 3WXKA 4A2AA 2E2QA 4BRAA 4BRCA 1EQYA 2QWRA 1GLLO 1P8ZA 1NGDA 2QWMA 3FZLA 5LJVA 3SJHA 1QQNA 5JMVA 3CJ7A 5AQXA 1GLBG 2FSKA 3D2FB 4H0OA 3VF2A 1BA0A 4JD2A 4K25A 4I6MA 1X9JA 4BRFA 2I7PA 1ZXOA 3WEEB 5AQNA 3FGUA 1GLDG 1WUAA 5AQFA 2D0PA 4CZEA 2V51B 3H1VX 3O5BA 1Q18A 1NGFA 4B9QA 1U2VB 3VGMA 4BR9A 2A40A 2YI1A 4BVPA 2ASOA 2A42A 1KXPA 4B1WB 3BEXA 1NGHA 3A5LC 4CJ7A 4XH4A 3L4IA 2NRHA 4EHTA 1SZ2A 1RDWX 4DB3A 3KVGA 3WXIA 5EY4A 5AQSA 1HLUA 5AFUA 2ZGYA 5F0XA 5BRHA 4FL9A 4JNEA 2BUPA 2IIRA 2QWOA 3GDQA 3ZX3A 4BC2A 1D4XA 2ASMA 1NLVA 2V52B 4Z94A 1NWKA 5AZJA 1GLEG 4H5VA 4FSVA 1TUUA 3UE5A 4GNIA 5BREA 3H3OB 5AQRA 2VYPA 3A5NC 5LJWA 1X3MA 4BRLA 3GE1A 3VF4A 2YJEA 3ID8A 1MWMA 3CERA 1C0GA 4ISFA 3AAQA 2FXUA 4M63C 1YUWA 4BG8A 3D2FA 4I6MB 3RSEA 5AQQA 1C0FA 1GLFO 3C0BA 3D7EO 3CJAA 3O1BA 3O80A 5CE3A 3ENOA 3QB0A 4BR5A 4YDUC 5JLFA 3ZX2A 3ATUA 3IUCA 2HOEA 5JLHA 2I7NA 2GEMA 3FZMA 2GWKA 1BU6O 4AM6A 1U2VA 2A3ZA 3A8YA 2UYTA 1X3NA 3EZWA 1JCFA 4YDUA 2QWPA 3JXUA 2AA4A 1QZ6A 3EO3A 3QBXA 4MO5A 4CZHA 4BROA 4AM7A 3VEOA 4BRNA 3VEVA 4WQ4C 3VERA 1TUYA 4NO7A 3QICA 1NM1A 4FWLA 4BGBA 1BOTO 5BPLA 5BR9A 1ZBSA 4XH5A 2F9WA 3CJ9A 4MLEA 4FPBA 4WQ4A 5AQUA 1BG3A 2HF3A 3IDHA 1KAZA 1WOQA 4FWOA 2CGKA 3LDNA 2P9IA 4RCHA 3CJBA 1GLAG 1HX1A 4IJNA 2FF3B 4BRDA 2GWJA 2YHXA 3MN5A 1BDGA 5FPDA 2E2NA 5KPTA 2W40A 4H0TB 2YHWA 4H5NA 1K8KB 1NGBA 1MDUB 1QHAA 5AQHA 4CBUA 3MN9A 3KHYA 4BQZA 4DHYA 1S22A 1V4TA 1HPMA 3RSEB 5TKYA 4B1YB 5FPNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IS9A 2VWBA 4JK7A 4ISGA 4BG9A 1UAXA 1HQEA 2B5JA 1XC9A 2ZF5O 1CXUA 1T6CA 2ITMA 1RT4A 2IVPA 3SV4A 5HP1A 4F8RA 4FJ8A 1VQ9N 1ESVA 3PSFA 3NF6A 3UB5A 4CFAA 1EO1A 4FJGA 3FZFA 1HNVA 3CHWA 1XI1A 4OJRA 4HTLA 3OS2A 4NCAA 2KZMA 3HPOA 2R7YA 3HP9A 1VSLA 5AQPA 1KVBA 3CQ8A 5BN9A 4EHUA 4QOZB 3G4SN 2E8AA 1J5EK 1SL1A 4ILGB 1E4GT 1U48A 2X78A 5EVZA 2P9UB 1NK9A 2BTFA 3U8XA 4OKEA 5FRMA 3QMLA 2DFFA 5ADXH 1U45A 5AQLA 4DQSA 2D4WA 2NRWA 4CJEA 1U47A 4L3QA 4JI7K 4FLYA 2O8CB 3VQEA 1YVNA 3T69A 3DJCA 1NGCA 2D0AA 4A57A 1N5YA 4FZXC 3FR0A 4WE1A 4KTQA 4O0JA 3ULDA 4CHPA 4CEDA 4JKGA 3EYZA 1YHQN 4JKHA 2P9NB 4DR1K 4B9TA 2ZGZA 4E3SA 2D1KA 3H45C 1I94K 3LDSA 1Y64A 2YHYA 3SAGA 1T05A 3NMUA 4PWDA 3WXJA 3TR8A 3V1OA 4BREA 4RW7A 3T7ZA 1QVFM 3TABA 3TTCA 5KGWA 4C8LA 4Z0UA 3LDQA 4GVMA 3LDPA 3M1FA 4OVLA 5AQOA 4BR4A 3SPYA 3W3DA 4CJ5A 1XHZA 3WT0A 4DTMA 1JLAA 2QWQA 3DXKA 4Z4GA 4JI3K 2YNFA 4FLXA 3T1YK 4IXCA 4K41A 4Y1DA 4DLGA 2X6SA 4I9LA 4FZZA 5F2RA 2OPPA 5J2MA 5K14A 1TYQA 4ZTJA 1NK8A 4FJKA 4AQYK 1NJWA 4BR0A 3CQXA 1XNQK 1ZBLA 1X9SA 2YHAA 4FVUA 5EU7A 1NGAA 1J6ZA 3FLCO 4B9MA 2VQFK 1VRTA 1WNSA 2ETJA 2QWNA 3J7YP 1RCHA 3QIOA 2ZE2A 2WFBA 1I3AA 1QQCA 4YOXA 3MXIA 3O08A 2EX3A 5ELZA 1VQ8N 2RHKA 1ATNA 2A1RA 1HJOA 3UKRA 4NB4A 1TGOA 4B8CA 3F2KA 5I9EB 1QS4A 4A2BA 4CEQA 2KFZA 4JKAA 2CGLA 3AA3A 4CJPA 3EKUA 2QKBA 3KKSA 5M1PA 3HZ6A 2NRXA 1LV5A 3O8MA 3GOIA 4H4MA 2UUAK 2VG6A 5AR0A 4CBWA 4YOWA 1LCUA 3BZCA 2NLXA 3ZSYA 3FZHA 3KTQA 2P9PA 1EP4A 4NCBA 1CZAN 3TAFA 4RW9A 4B8AB 1RTIA 4ELUA 2WC9A 2Q0RA 3AA4A 3SQ4A 3H08A 4U67L 1X9MA 3L3VA 1VSMA 5M1KA 1U6ZA 4OPJA 4WFNL 1RBVA 1DTTA 1BISA 3K5LA 4B9LA 4JKBA 4JHDA 4CCHA 2P9SB 3ZT0A 1N32K 2BGGA 2OANA 4J2EA 1HQUA 1NJZA 4I7FA 1KLNA 1D5AA 1VQPN 2YX6A 1WSIA 3VESA 4EAHD 4O55A 3DLHA 4WYBA 3C94A 4JK9A 3M8RA 4HUFA 3SQ0A 5FRNA 4H0VB 2P9KB 3G71N 3TAGA 1BUPA 4CEOA 2E2PA 3VGKA 3HPGA 1SAZA 3U4LA 1W7AA 3MDQA 5KPZA 2OCEA 4KKOA 4ID1A 4AHSA 4M3XA 3AVGA 3I8BA 1Z05A 1H1VA 1HYZA 1EWRA 2VGNA 4IG0A 1OVQA 2BE2A 4KTZA 3TI0A 1DT9A 4GKKK 4KI6A 2QXLA 3P38A 2FLOA 2CH6A 4QCLA 2AJQA 4WFBL 3ZEUB 1WSJA 1HR0K 4FJIA 4ISEA 4PKIA 3VQ8A 4F4KA 4CZFA 4JKCA 2WOMA 2PYLA 2W6LA 4A61A 3VQ9A 4DSKA 4F2RA 5C2DA 5LY3A 1E3MA 4MLHA 4LD0A 1BI4A 3WUHA 4B1VA 4KPYA 3IMXA 2HVIA 5HRSA 1JLEA 1IV0A 4GVEA 1RT5A 1ZBFA 3OVNA 2KHOA 3SV3A 3HSTB 3IAYA 4DFKA 3GBTA 2Q1NA 3CXCM 3CCRN 3H1QA 2P1JA 5AZJB 3WXLA 3MK6A 4DSIA 3DLGA 2HBMA 4DF8A 2HNZA 4KHPK 4BRAA 2VWJA 2QWRA 4DTRA 1P8ZA 2HHTA 3T1HK 4OPKA 1QQNA 1XNRK 3RWUA 1K8AO 3CJ7A 1N34K 4M3RA 4I2QA 5KI6A 3ALYA 4E7KA 3OYDA 1VSIA 3E01A 4K25A 3HJFA 4I6MA 1ZXOA 5AQNA 2ZD1A 3RMDA 2GBZA 1Q18A 3L2WA 1U2VB 1TK5A 2ASOA 2ZQBA 1BCOA 4NLBA 3PV8A 3TARA 3P31A 3VQBA 2XHBA 4YNQA 3ISNC 3SPZA 1RDWX 3CYMA 1ZYQA 2FC0A 5EY4A 3NBPA 3WXIA 1L3TA 5AQSA 1HPZA 2X74A 1S1UA 2ZM6K 5J2NA 2BUPA 5GAGP 4IFEA 5KRTA 3K2PA 3PIPL 5FLXO 2UXBK 3RRGA 2V52B 3RVCA 1TKXA 1GLEG 3HP6A 3DLEA 5GAHP 1N36K 5BREA 3D0PA 1X3MA 4O44A 1ASWA 3GE1A 3VF4A 3NF7A 4M45A 1VQLN 2OA8A 4AHTA 1RDCA 4BG8A 1J53A 5AQQA 2G8IA 1C0FA 1GLFO 4OPAA 4DQPA 3D7EO 3L2VA 3V1RA 5CE3A 2G8FA 4DSEA 5JLHA 4YDUC 2I7NA 3LZIA 3DLRA 1NG9A 2F7TA 4YOYA 1REVA 3A8YA 3ZSXA 4YDUA 3JXUA 4WF9L 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4CIE A;  3CER A;  1C0G A;  1S1X A;  5LL6 Z;  4I9Q A;  4CEE A;  5DM6 L;  4I6M B;  3RSE A;  3NFA A;  4XIU A;  3O80 A;  3ENO A;  1NJY A;  3QB0 A;  1L3S A;  3C95 A;  3AVA A;  1JLG A;  3AVL A;  3UIQ A;  1RTD A;  2A3Z A;  5JVH L;  3J81 O;  4DG1 A;  2UYT A;  3MED A;  4W5N A;  4MO5 A;  4E0D A;  1X9W A;  1QSL A;  4KB1 A;  4CHY A;  3MWT A;  4BRO A;  3NHG A;  3LP0 A;  4NO7 A;  4FWL A;  3MAQ A;  3AVI A;  4NLC A;  5BPL A;  1C1C A;  3K5N A;  4LF9 K;  3P1G A;  4CFC A;  1NKB A;  2HF3 A;  3TWH A;  3O9Q A;  2RPI A;  1CLQ A;  4HUE A;  1KSP A;  1GLA G;  1HX1 A;  2KQ2 A;  4CF1 A;  3MWP A;  4G1Q A;  2NRT A;  2G8K A;  2GWJ A;  1IKY A;  3MN5 A;  1ASU A;  5C24 A;  4CGI A;  3ZT2 A;  5KPT A;  1RT7 A;  1KCF A;  4H8K A;  1TL3 A;  1MDU B;  5AQH A;  1VSE A;  3CCL N;  1WSG A;  4BQZ A;  4N76 A;  4OX9 K;  1S22 A;  4KH6 A;  3AA2 A;  5AJ3 K;  1HYS A;  5FRO A;  3AV9 A;  5TKY A;  5FPN A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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