3ZEUA

Structure of a salmonella typhimurium ygjd-yeaz heterodimer bound to atpgammas
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
229
structure length
229
Chain Sequence
RILAIDTATEACSVALWNNGTINAHFELCPREHTQRILPMVQEILAASGASLNEIDALAFGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGANLPMIGVSTLATMAQGAWRKTGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDAQGVWQGEETEAVLKPERVGERLKQLSGEWATVGTGWSAWPDLAKECGLTLHDGEVSLPAAEDMLPIASQKLAAGETVAVEHAEPVYLRNEVAWKKLPGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
publication title Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 73
structure length 229
sequence length 229
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zeuA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zeuA02
2GUPA 2D4WA 2Q31A 5ELZA 5KPTA 1D4XA 4PL8A 5AQQA 3A8YA 3ATUA 4BQLA 3HZ6A 4MLHA 4DCHA 3G25A 3MMVA 5AQTA 3VEXA 1C0GA 4H0PA 2V52B 5CE3A 3B8AX 3IMXA 1E4FT 4BR9A 5ADXH 1ZBSA 2Q0UA 3LDLA 4FL9A 4K41A 1Z6RA 1TUUA 1NM1A 4JAXA 2YI1A 2V51B 2E2QA 2QWPA 3FZFA 4EAHD 2IVOA 2P9IA 4BR0A 4CZMA 3HTVA 2HMPA 4FPBA 4CZLA 4DQ8A 3WEEB 5BRHA 1BU6O 1QZ6A 1GLEG 1GLDG 2A41A 3C0BA 1NGAA 1Z05A 3GBTA 5AZIB 4QS8A 4WQ4A 5KQDA 4IWVA 2YHXA 1BWFO 2QM1A 3VERA 3C7NA 4BRPA 3H3OB 2BTFA 5KQ8A 2UYTA 5AQRA 1BUPA 4ISFA 4IZ9A 3ZEUB 3O4WA 4M7YA 1U6ZA 2D0OA 1HJOA 2I7PA 4EHUA 1QQMA 3UKRB 1XUPO 3AAPA 4WQ5A 1Q18A 3FLCO 3D2FB 3EZWA 4BG9A 4MO4A 3A5MC 5F1XA 4B1ZA 1NGBA 5BREA 2QWQA 4K42A 5EVZA 3L4IA 3SLCA 4BRIA 2QWLA 1NMDA 4Y0WA 4XH5A 2YJEA 3QICA 4JHDB 3TU5A 5BR9A 4HWIA 5AQPA 2IVPA 3FZMA 5AZJB 4BRMA 3CHWA 1JCFA 1MWKA 3O1BA 5AQYA 1LOTB 2WUSA 4H0XB 4IO8A 2P9SA 4PKHA 3VGLA 3GDQA 2CH6A 5ADXA 4H0TB 1U2VB 2P9UA 2E88A 3JS6A 4BGAA 2QWRA 4FWRA 4CBXA 5JICA 4CZKA 2OANA 2IIRA 4Z94A 3L0QA 4J8FA 4JD2B 3EO3A 3ZEUA 3CJAA 3FGUA 2HF3A 1SZ2A 3CI5A 4CZFA 4B1YB 2P9NB 3D2FA 4DB3A 2A40A 5EY4A 5AQZA 2CGJA 1NGDA 2PBDA 3L6QA 1NGHA 5AQLA 3U4LA 3CJ1A 2Q36A 1T6CA 4B1WB 1YUWA 3AARA 3ULEB 3VPZA 2P9LB 4WQ4C 4CBUA 3QMLA 5AQKA 2GELA 1HKBA 2CGKA 4JHDA 2DPNA 1XQSC 5FPMA 5B8HA 2W40A 4E1JA 3CJ7A 3WXJA 2J4RA 3A0IX 3R6MA 4H5WA 5AZJA 4FOIA 4BRCA 2H3GX 3MK6A 4WQ5C 3EKUA 3KVGA 3LM9A 1NGIA 3VOVA 2CH5A 1R59O 3DXMB 3S41A 1U2VA 4O8KA 5E84A 2Q0RA 3UKUB 2ZGZA 3HM8A 3QDKA 4NO7A 4K43A 2P9PA 1YXQA 1NGGA 2P9KA 3HBTA 5AQGA 1ATNA 1HLUA 1NGEA 3AAQA 3GOIA 2ZWHA 4JD2A 2VWBA 1S3XA 5AQWA 1ZC6A 3I33A 4BROA 5F0XA 4XEIA 2Q1NA 3AY9A 4BRLA 2ASOA 3WQTA 1NBWA 3GL1A 4B1VA 3DWLA 4ISEA 3MN5A 4FWQA 1GLJO 5JLFA 2ASMA 2E1YA 3D2EB 2A3ZA 5LY3A 3ZETB 4CD3A 3DAWA 2QW9A 1BA1A 1WOQA 3BF1A 1MDUB 2ZGYA 5AQFA 3CETA 2P9LA 3R8EA 5JMVA 4PL7A 1XC3A 2ASPA 4FSVA 3CQXA 3QB0A 5F2RA 1SQKA 3H6EA 4EIAA 2NRHA 3OHRA 3EL2A 1OKJA 4M7XA 4M63C 5EXWA 1GLLO 4FWKA 4B1UB 4H03B 4WYBA 2ZF5O 4BVPA 4CZEA 3WXLA 3O1WA 3HI0A 4KBOA 1V4TA 2FSJA 4IXCA 1MWMA 4BR5A 1HPMA 3ENOA 1MA9B 1GLFO 3IFRA 1EQYA 3KHYA 3ZX3A 3LDQA 4QS7A 5KPZA 1LCUA 1YAGA 1GLAG 5AQNA 2Q2RA 2GWKA 5AQOA 2EWSA 2GEMA 1HX1A 1IG8A 4O5FA 4PKGA 3WEEA 3D7EO 3MN7A 5AZIA 1X3MA 4BREA 5AQIA 5BRFA 3ZETA 4YDUA 4BC5A 3ENHA 2D0PA 5AFUH 2E20A 1BO5O 1NGCA 4CZGA 5JLHA 3O6WA 5AQMA 4C23A 4GNIA 1GLBG 4H0OA 3CERA 2FLOA 2VYPA 3UKRA 3VESA 1CZAN 3IUCA 4JNEA 2NLXA 2VCPA 1RDWX 3DJCA 1QHAA 3LDPA 4NB4A 4ISGA 3P4IA 3A5NC 3WXIA 3W0LA 2V7ZA 4B1XB 5BN8A 3BUZB 4AM7A 3VEOA 4F9OA 1BA0A 3CJ9A 3VGMA 4A61A 3ZX2A 2I7NA 3VF6A 2V7YA 5AQXA 3H46O 5AQJA 4DHYA 2A6AA 3J8AA 3WXKA 1BG3A 2QWMA 4BRFA 4RWTA 4BRDA 1C0FA 4JN4A 2YCHA 2FXUA 1HUXA 3ATVA 2FSNA 4H5VA 4HTLA 3VEZA 4RCHA 1ATRA 1QZ5A 5TKYA 3EN9A 3C7NB 5BPNA 2A42A 3LDOA 5AQUA 4AM6A 3U9DA 2QWNA 3H45C 3ID8A 3VEVA 4BG8A 1DKGD 4XH4A 2E1ZA 3CQYA 4MLEA 3VEWA 4BQZA 2AP1A 3U9ZA 5FPDA 4CD1A 2QXLA 2P9NA 4IJAA 1DEJA 1KAZA 4GY2B 3TPQA 2AA4A 4FWOA 4QS9A 3O80A 3VF2A 2HOEA 1ZXOA 4H0YB 4BVOA 1YVNA 3GE1A 1TYQB 3A5LC 3LM2A 3CIPA 4BRGA 2CGLA 3QBWA 1JCGA 1Y64A 4BRNA 3M3ZA 5EX5A 5LJWA 3ULEA 1IJJA 3O8MA 2D1KA 3EKSA 5AFUA 4YDUC 1T6DA 1BOTO 4BRHA 3F9MA 3O08A 3CJCA 3VF4A 4RTFD 3M6GA 2E8AA 1X3NA 1WUAA 3BP8A 1T44A 3BF3A 2Q97A 1G99A 1X9JA 2P9SB 1J6ZA 4BGBA 1P8ZA 5E26A 1QQNA 4CBWA 4EHTA 3QFPA 3VETA 4I6MB 1HKCA 5BN9A 5LJVA 5BPMA 2P9UB 4FWNA 2YHWA 2FF6A 3DXMA 1RFQA 4XH1A 1QQOA 3A5OC 3UKUA 4BC2A 1RGIA 1H1VA 2KHOA 3DXKB 3FR0A 3FZLA 3QFUA 1DGKN 4BRAA 3MN6A 1K8KB 2ITMA 1V4SA 3GG4A 2YHYA 2F9WA 4CZJA 2YJFA 1NGFA 4BC3A 4A2BA 5FPEA 3SK3A 1BDGA 3RSEB 4BRQA 2BUPA 3SMPA 1SAZA 2NZTA 3WQUA 3LL3A 4L3QA 4H5NA 1KAYA 1ESVA 1NWKA 1ATSA 4MO5A 4EFHA 1TYQA 3D2EA 4FPAA 2IVNA 3WUHA 3I8BA 5EOYA 4A2AA 4BR7A 3MCPA 5BRDA 4FWLA 3SMSA 3ZX0A 3H1VX 4CJ7A 4PKIA 5AQHA 3FZKA 4BR4A 3W3DA 3M1FA 3HSCA 4CI6A 4BRKA 3O5BA 5I9EB 4IJNA 2A5XA 1S22A 4BC4A 4LC9B 2GWJA 3FZHA 3H3NO 4I6MA 3H1QA 4CZHA 3MDQA 3QBXA 4FO0A 3KZBA 3WT0A 4K25A 1KAXA 4FWSA 3VEYA 2E2OA 2P9PB 2P9KB 4H5TA 3FFKB 3DXKA 1TUYA 3IDHA 3SJHA 4BR2A 2GTDA 5KPRA 1K8KA 3MN9A 1JCEA 2F9TA 2P9IB 2W41A 3BEXA 5AR0A 4B9QA 3CJBA 3FE1A 2PAVA 3JXUA 5BPLA 5AQSA 3VGKA 4A62A 3R9PA 3RSEA 1GLCG 5AQVA 3UE5A 2E2NA 3LDNA 2FSKA 4FWMA 1NGJA 2QWOA 4CZIA 2FF3B 1HKGA 4H0VB 4H5RA 3U8XA 2E2PA 3VENA 1E4GT 4FWPA 3UB5A 1KXPA 5FPNA 1NLVA 4FOEA 2HF4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D4WA 2KZZA 5KPTA 3CCRN 3OYFA 5HRRA 4CGHA 1D4XA 4DCHA 5AQQA 3A8YA 4BQLA 1I39A 4MLHA 1JLGA 3MMVA 3AVHA 5K14A 1C0GA 3E1YA 5DM7L 3I55N 5J1EA 4EZ6A 5CE3A 3B8AX 3AA3A 3KKSA 2IC3A 3IMXA 5M1KA 1E4FT 3ENBA 3VA3A 1RT2A 2A1RA 4O44A 2E2QA 3OYGA 2QWPA 4V19S 2HMPA 4CEOA 1N8RO 1QZ6A 5C2FA 4YOUA 4NLCA 4CHNA 1RT6A 2WONA 5AZIB 3LZJA 1IKWA 3ISNC 3T1HK 5KQDA 4DR7K 4IWVA 3V1RA 4M3TA 3VTHA 1BWFO 1O13A 4U7BA 2UYTA 5C10A 1BUPA 4ISFA 3OS0A 4M7YA 1U6ZA 3UKRB 1EETA 1XUPO 3FLCO 4BG9A 2VWJA 3SUNA 3A5MC 5F1XA 2X6NA 4IDHA 4GKKK 1MU2A 3L2UA 3DLEA 3DLLL 5HP1A 1KQSM 3HPOA 3S3OA 1W0HA 1WSIA 2YJEA 4JKDA 5H1SQ 4JHDB 4O4GA 5AQPA 1UA1A 4FJXA 4JI5K 1KFDA 4LF9K 5AZJB 3LP1A 4BY9C 1D5AA 3PIPL 2FBVA 1X9MA 4C1NK 1CZ9A 1WBBA 5ADXA 4H0TB 4CHYA 4CBXA 4YNQA 3L0QA 3EZ5A 4M3RA 3J81O 4JD2B 1XNRK 1EO1A 3DRPA 3TAEA 4FJIA 3PX4A 4W5NA 3CI5A 3AVJA 4GV9A 2IGIA 4EP4A 1Q9XA 4FJHA 1NGDA 3L6QA 1NGHA 4RW7A 4FLVA 3FFIA 2UXDK 1RTJA 1LW2A 1Q82O 3SAHA 1TKTA 4RG8A 4O55A 1YUWA 3MEEA 4CK2A 2GELA 2NRXA 2F7TA 4QCLA 1HKBA 2CGKA 1IKYA 1XQSC 4J2DA 3WXJA 1WSHA 3AVKA 4JI8K 2QA4N 2OTJN 4BRCA 2H3GX 4AF1A 3BDPA 4JS4A 2OPPA 1GOAA 3MK6A 1FKPA 1NOYA 3EKUA 3MX5A 3LM9A 2XY5A 3QEXA 1KLMA 1J5EK 3ASMA 5C24A 3JAMO 3V9ZA 2P5OA 4FZZA 3QDKA 3MXJA 3ALYA 2NUBA 3AAQA 3HT3A 1W97L 4CECA 5AQWA 4BROA 4BDPA 3VMFB 3ZSVA 1A5WA 1S1VA 1D8YA 4BRLA 3PIOL 3WQTA 5DM6L 3OS2A 4E7KA 3F9KA 4ISEA 4JI4K 2OPQA 4X66K 3LAKA 3O3FA 1BA1A 3BF1A 5AQFA 4B8AB 1XC3A 2BGGA 2X74A 1LV5A 4CHQA 4CJRA 5GAGP 5FRNA 4M63C 1Q8IA 3V1QA 3R1XA 5EXWA 1GLLO 4H03B 4BVPA 2ZF5O 4H4MA 3MX2A 4DMNA 4KBOA 4DUYK 2FSJA 3JSMA 4FJMA 1RT5A 2X78A 3ENOA 3VQ7A 1KVBA 5FRMA 1GLFO 4E0DA 4QS7A 4PQUA 1YAGA 1B9FA 3I0RA 3ID6A 3L2RA 4Z4HA 3G10A 2NNWA 2GEMA 4BE2A 1VSFA 3MWPA 4ILHA 4KTWA 3AGRA 3CC4N 4O5FA 1KRPA 4JKAA 4I9QA 5GAEP 4JI2K 3NFAA 2UXCK 4OJRA 3MN7A 3KTQA 3VQ6A 5AZIA 1VSHA 4JKEA 1XC9A 5IT9O 4BREA 3UIQA 1XHZA 4I2PA 3ENHA 3J80O 4CF2A 1BL3A 4A57A 5I42A 3AVGA 5JLHA 1GLBG 1JLFA 1X1PA 3UKRA 3VESA 4CHOA 5HRSA 1VRTA 3DYAA 4DV0K 1UAXA 4ISGA 3WNGA 5GIPA 4B1XB 1NJWA 3BUZB 3ITHA 4DR6K 3KLHA 3M8RA 2QTDA 3H46O 1DTTA 1IBKK 1RBVA 1BGXT 1TL1A 2FXUA 1HUXA 3CM5A 4DTRA 1W2BM 3VEZA 2HHUA 2KLAA 1ATRA 4IOCL 2A1SA 2FC0A 3SNNA 3F73A 3LDOA 1OVYA 2JWKA 3SQ2A 1IBLK 4LF5K 2QWNA 3H45C 1RDBA 3VEVA 1DKGD 4LF7K 3MWTA 1WBDA 3VEWA 2AP1A 3U9ZA 4LFAK 2QXLA 5KTQA 3DRRA 4GY2B 2AA4A 2HBKA 4FWOA 1ZXOA 4IOXA 4BVOA 5LL6Z 1YVNA 1VHXA 4OPAA 3P39A 3CQ8A 1F21A 3PV8A 3KWGA 5EX5A 3VQ9A 4PHTX 5C15A 1IJJA 3O8MA 5AFUA 4KTQA 4CHPA 4LD0A 3VF4A 1B9DA 4RTFD 3ZT3A 3A2FA 1C0TA 1WUAA 3NCIA 2Q97A 2O8BB 1X9JA 4GV3A 3OBYA 4CJPA 4E7HA 4BGBA 2O8DA 1P8ZA 4EHTA 5JS2A 4K8XA 5A2QO 4I6MB 5BN9A 5LJVA 1Z26A 4B9NA 2FF6A 4XH1A 5M1FA 1FXXA 1NMNA 5MLCQ 4OPHA 1EWQA 4JK8A 3S9HA 4A5BA 1KVCA 4BC2A 2KHOA 5M1OA 3V81A 3QFUA 4BRAA 3AO4A 4LH4A 2YJFA 1Z25A 4UY8O 3CCSN 2F8SA 3RR7A 3ZSXA 5C42A 5KRTA 4MDAA 4JKFA 4ID1A 1ATSA 3AVBA 4MO5A 4EFHA 1TYQA 4BE0A 4FPAA 4DUZK 4AHRA 2KZMA 3KK1A 4MDBA 2ZJPL 2HHXA 1S5JA 3SMSA 3PSFA 2E6MA 4DU1A 3NVKA 4M41A 3O9QA 4DF4A 3W3DA 4KHYA 4FW2A 4CI6A 5I9EB 4BRKA 3OYJA 4LC9B 3QEWA 2G8KA 2PYJA 3PX0A 3QBXA 4E7IA 3WT0A 1GOBA 4BDZA 2E2OA 2P9PB 5J2PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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