3ZJKA

Crystal structure of ttb-gly f401s mutant
Total Genus 155
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
155
sequence length
424
structure length
424
Chain Sequence
EKFLWGVATSAYQIEGATQEDGRGPSIWDAFAQRPGAIRDGSTGEPACDHYRRYEEDIALMQSLGVRAYRFSVAWPRILPEGRGRINPKGLAFYDRLVDRLLASGITPFLTLYHWDLPLALEERGGWRSRETAFAFAEYAEAVARALADRVPFFATLNEPWCSAFLGHWTGEHAPGLRNLEAALRAAHHLLLGHGLAVEALRAAGARRVGIVLNFAPAYGEDPEAVDVADRYHNRFFLDPILGKGYPESPFRDPPPVPILSRDLELVARPLDFLGVNYYAPVRVAPGTGTLPVRYLPPEGPATAMGWEVYPEGLHHLLKRLGREVPWPLYVTENGAAYPDLWTGEAVVEDPERVAYLEAHVEAALRAREEGVDLRGYFVWSLMDNFEWAFGYTRRSGLYYVDFPSQRRIPKRSALWYRERIARA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA GLYCOSIDASE
publication title Semi-Rational Approach for Converting a Gh1 Beta-Glycosidase Into a Beta-Transglycosidase.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
total genus 155
structure length 424
sequence length 424
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2013-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3zjkA00
3VNZA 4GO8A 3VKKA 1CXIA 5CXPA 4AZCB 3NJ3A 2CBVA 3MO4A 3B9EA 2OWWA 1JZ4A 2E3ZA 1CEOA 2OYKA 2C8NA 3RCNA 1MW3A 3AHYA 2JALA 1CGYA 4Y7EA 2IXUA 4RL3A 4AYSA 1BYDA 4J7RA 2XVGA 2WC4A 4ZENA 4XV0A 5CPTA 1OIMA 4QCFA 3WL1A 4HZ7A 3OGVA 3RM9A 1LF1A 4MDOA 4PMXA 1V02A 2EPKX 3PHAA 1SMAA 3NUKA 3WQ8A 3OIHA 3M46A 2NT1A 4CN1A 3FAXA 1LL6A 2Y4SA 3AMGA 1A3HA 2W5FA 4WF7A 4XZWA 5A8PA 1V6UA 5A6SA 3GBEA 2UY5A 4TUFA 2WHKA 4KMQA 4UOZA 4FF5A 4PMNA 2J7EA 5E6ZA 2X1IA 3ARZA 1KR0A 2CKSA 4W7WA 4LPCA 5BCAA 1GORA 3WEOA 1DWHM 1VJZA 3N17A 3AHVA 1UKOA 3VD5A 4DWSB 1PX8A 3LPPA 3E1F1 3MKKA 3SEPA 4WK9A 1QVBA 3MMDA 1E6RA 3ARRA 3WNKA 4QAWA 4UFLA 5IHRA 3K8LA 5A6MA 2QV4A 4ZFMA 3LPGA 4UQDA 1J0YA 2CPUA 3GDBA 1JF5A 1ISWA 1NP0A 1JI2A 2BY2A 2J78A 1JAEA 3ZJKA 2V3FA 1HJUA 2JIEA 1WO2A 4M81A 4AZ7A 1ISZA 1V3HA 4LYPA 2A3EA 3K46A 3BCDA 3N13A 4M8UA 1VENA 4UR9A 1WNOA 1DTUA 1FP8A 1PEZA 1V3KA 3VIIA 2J8FA 2QLYA 4U5KA 2YA1A 1HJVA 3KL5A 1VB9A 2VVNA 4PMOA 1KB3A 3AISA 3RJYA 2XWDA 3ZSSA 4MTVA 4JCLA 5I2UA 3AIBA 5A8NA 5ABFA 1WDSA 3FY1A 1MQQA 1UOKA 4GO9A 2ZUUA 2DIEA 2E9LA 2IXVA 1UR9A 2WVVA 1V6WA 2OWXA 1W1VA 2Y24A 2YLLA 4PUDA 4ZEPA 3A47A 2CBIA 1QBAA 4P7RA 3WNOA 1HKMA 1H41A 1DWFM 1OGBA 1VFFA 3BMVA 4R27A 1PIFA 1JYXA 3WSUA 3W24A 2CHOA 3CBWA 1E0WA 3AMCA 1GOOA 3GH4A 1V6YA 2EPLX 3SUSA 2O9PA 2J74A 3NIYA 4KRUA 2VX4A 4NSBA 2E9MA 4HP5A 5KEZA 3F4VA 4H8UA 1JD7A 4Z2HA 1NARA 4E2OA 4W89A 4M82A 2VRJA 3VO0A 3W0KA 4DWSC 3ZR5A 4M24A 4EE9A 4CKQA 1U33A 3RDKA 5F7UA 3AIWA 2XM1A 1MVYA 4UQEA 2CXGA 2EPMX 1V08A 1E70M 1XD1A 1E4NA 2GDVA 2WC7A 3WBAA 1J0HA 1XCWA 3VIJA 3RILA 4M80A 3O2LA 3PTMA 5CLTA 2XGBA 4NZCA 1AQ0A 3VGDA 1RPKA 3VD4A 4OKDA 3WKZA 3A3HA 5D4YA 2UWFA 4TOQA 2ZXQA 1ISVA 4W7VA 4KGJA 6A3HA 4B15A 2GJXA 4AD4A 2YDQA 5DEZA 3BC9A 4S3JA 1E73M 5HBFA 1KFWA 1G1YA 2VZTA 1WDPA 2FGLA 3HU7A 4Z2KA 4KH2A 3W27A 3WMCA 1GPFA 3ZIZA 4B16A 2D22A 3FHQA 4JL2A 1EQCA 1UD3A 4E8DA 1W9XA 1ODZA 1JDDA 4FLOA 3B9DA 1QPKA 5HOSA 1JYWA 3ECQA 3W37A 1WZMA 1SFSA 1QNRA 1JZ2A 2Y2WA 4J27A 3VX0A 1CLVA 1B3YA 3BAWA 1IZJA 1NWUA 1OT1A 2BY1A 3BH4A 3GXDA 1H0GA 1EA9C 1LLOA 5DO8A 2ZUNA 5EMYA 2ZICA 3VILA 1H49A 2W67A 1OGSA 4WIWA 2GFTA 2VZVA 4W93A 1DEDA 5CG0A 2UY2A 5HXMA 2YOCA 3W81A 2A3CA 3WBEA 1ZB5A 2JFEX 2WCGA 3WD0A 2OLHA 5IFPA 3CMJA 4J3SA 4DUXA 1VJSA 3VMPA 3M6DA 5D9MA 1CPUA 1QW9A 1G0CA 1UKQA 1GQIA 1UKPA 5CSUA 1HJQA 3WN6A 3EMQA 4AZIA 2MANA 1CLXA 2D0FA 3VIGA 5I0DA 1TA3B 3BLPX 1BVNP 1BYCA 2HISA 2OSXA 3CUIA 3T2QA 2EXOA 2YLAA 4FLQA 2WM0A 2A3HA 5E70A 1L8NA 1MW2A 1W9VA 4ZE5A 1HXJA 4AD0A 3VDCA 2J7BA 3TTSA 2BVTA 3VD3A 1ISYA 3F5JA 2BHYA 4U3AA 4JL1A 2ZWYA 4X0NA 1FHDA 1UUQA 1LG2A 1C8QA 1WP6A 1H4PA 1H09A 2PWDA 4JIEA 2DSZA 5BXTA 1HL8A 1QI0A 3MMWA 3NSMA 3VTRA 3TONA 1F4HA 3NSXA 2QHAA 3AS1A 4ML4A 1TMQA 2D3LA 3SUUA 4D6HA 4AIEA 2VUYA 2J7HA 2QMKA 3VGEA 2DT2A 5IDIA 4WJXA 3AHTA 4IM4A 1V0NA 4HA3A 1N82A 3DYMA 5JBDA 5GQBA 3MV01 1QNOA 5ECUA 2V5CA 1LG1A 5AC5A 1HKIA 2XM2A 1NOFA 4OBSA 2X05A 3BMWA 2QF8A 3AIEA 4F9DA 1UD8A 1O7AA 1KWGA 1E3XA 1WPCA 5C70A 3F5LA 3VINA 3WF2A 3AFBA 3AMLA 1XYFA 2EQDA 4IPLA 3SCWA 1GONA 2J47A 4TTUA 7CGTA 3U57A 2GDUA 1EO7A 1ODUA 2V3GA 1NOUA 3VGFA 4WKFA 2WB5A 3OG2A 3VX1A 1G9HA 2ZUMA 3CZJA 2F2HA 1BVZA 1UWQA 1V03A 3POHA 1DWJM 5A6LA 1DWGM 1NWTA 2ZXAA 1WE5A 5D8ZA 4MB3A 2Y8KA 1UD6A 2J75A 4W8LA 2CBJA 2NSXA 1B30A 2YA2A 5A2CA 4D1JA 1E55A 1J18A 4ACZB 1TVPA 5BXPA 1JNEA 1XSJA 2A3AA 1OGGA 2WC3A 1E43A 3MU7A 1V3IA 5AC4A 1C8XA 3ZSTA 3AS2A 3L4VA 3G6MA 1B3WA 2WHJA 4GQQA 1UHVA 1K9FA 4MPKA 4IUGA 3VMNA 2WBGA 1LQ0A 2CYGA 3JUGA 3PTKA 4LYQA 3II1A 4W85A 1JYNA 1J11A 1TUXA 4U5IA 4FMVA 4AMCA 4PTXA 3GYCA 1C92A 3WQWA 3WH9A 3N15A 4JZ5A 1QNPA 2D2OA 3AS3A 2EO7A 1JL8A 1E6SM 3WF4A 2VRQA 3DECA 2EEXA 2V38A 2DSVA 3ARSA 2OYMA 4W7UA 4LQ1A 2ZIDA 1QHZA 1W1TA 3CZKA 3EDKA 3M07A 3SCNA 3D5HA 1YQ2A 1ZBCA 1GUVA 3LPFA 4HMEA 1ZBKA 3AMKA 1K9DA 1PZ2A 1SYTA 2VZSA 2FHFA 4UFIA 1WZKA 3OZOA 4LYRA 2W63A 3IJ9A 2GUYA 3OLDA 1B31A 3PZUA 4JKKA 4AIUA 3EBVA 4PBGA 4AD3A 1H3GA 3PN8A 4HPHA 2YDRA 4L4PA 1OINA 4PCSA 2PBOA 3OA5A 1MQRA 2VTFA 1US2A 2WWCA 2J7GA 1X6LA 5CZKA 2WZIA 3N9KA 4V28A 4LX4A 5A95A 4PMQA 4GQRA 1RP8A 2WKGA 1E5NA 3WNLA 2W66A 1UWTA 4P7QA 3QOMA 4PUEA 4P7NA 3POCA 1W1YA 2XVLA 1RD6A 3AZSA 5FOOA 2F61A 2ZUVA 3ZJ6A 2O9RA 1JZ5A 3WQVA 4AC1X 3WF3A 2XUCA 1UG6A 1ITXA 2AAAA 4HMDA 4NRRA 1JNDA 4W5ZA 4E8CA 1D3CA 1C3FA 4UFHA 2OSWA 3WF0A 2DH3A 1NH6A 4YHEA 2DIJA 2ZOXA 3AOFA 2EPNA 1HF6A 1W2PA 2X09A 2Z1SA 1GW1A 1JDCA 2XSAA 3AHZA 5A6AA 2W61A 3ALFA 2X8RA 1GCYA 1FP9A 1JIBA 5HPCA 3MSGA 5TD4A 3K1DA 1E72M 1V3LA 2BV9A 1HVXA 5I3DA 5A6KA 1CDGA 3MV11 4B3LA 3IJ7A 3OLGA 2GK1A 3MS8A 4E4PA 4MJ2A 3UETA 1OIFA 1KXTA 2VZOA 3L4UA 2CITA 4KRTA 3PZGA 1G5AA 4HZ6A 4AZCA 3WUGA 2XTKA 1V02E 4GPNA 2J25A 3UCQA 5A8OA 4EK7A 4JKMA 5I77A 2ZUSA 1HP5A 3VIMA 3CGTA 4AD2A 4NRSA 4HZ8A 1K9EA 5JIPA 3W6MA 4MJ4A 3WH6A 1UH2A 1H2JA 1RP9A 1JGIA 1TR1A 1JZ7A 3VIPA 3WEMA 4XB3A 3CZ8A 5IHSA 2J7DA 3CUGA 5D9NA 1EOKA 3ARWA 3NDZA 4ZXLA 3SUWA 1QI5A 3T2OA 3BLKA 2D20A 1UQYA 3VUPA 5A69A 1O6IA 4ZXOA 4PN2A 1CNVA 4WSJA 2XSBA 1J0JA 3VDHA 4JAWA 1UWIA 1IT0A 2E8ZA 4JHOA 1C93A 3TP4A 3QHNA 1OCQA 1MW0A 2EPOA 4QLJA 3GTNA 1IV8A 1JZ3A 2WCAA 3VVGA 3HN3A 3AJ7A 1OM0A 3KZSA 2FHCA 4GKLA 2CBUA 4DWSA 5I79A 4UQBA 5JBEA 1ECEA 3UEQA 2W91A 3WIJA 2XIBA 4BZYA 5CGMA 3AXIA 3OLEA 4MADA 2V3EA 1VF8A 4F66A 3WF1A 3I3EA 1E4LA 1W9DM 4HOXA 4W84A 2YL5A 1C90A 3SCTA 3AQUA 1CXEA 2WMIB 3UESA 2ZXBA 4Z2IA 2EJ1A 2YKKA 3S6TA 1BAGA 3BGAA 4H8VA 2VX5A 4D1IA 5A3HA 3M7SA 2VR5A 4EAMA 1EIBA 4C7GA 2VCCA 1X1NA 3AI0A 4MNMA 1EHAA 3ARUA 5I5RA 4U31A 1XSKA 2WVUA 1V6VA 3KE0A 3VGHA 1I75A 4KWUA 1S46A 3VNYA 1SR0A 1B9ZA 3VM7A 1R85A 1PX3A 2YL6A 4RE3A 5AY7A 3IAPA 4AZBA 4Q22A 1R87A 2CNCA 3WD3A 1Y7VA 1CGUA 1QI3A 2WMGA 1C7SA 3F5KA 3AYRA 1HN1A 3SUVA 3CO4A 4P7LA 3THCA 3U7VA 2UY4A 1MYRA 1V0KA 2XJ7A 3AS0A 3RIKA 4HPGA 4TX8A 4CU8A 1PAMA 4CVUA 2D1ZA 3BXWA 2YDSA 3WFLA 4A3YA 1MFUA 2WCSA 3W53A 3AZTA 2WZEA 1LL4A 5CGTA 3T0BA 1VFUA 3BAKA 1JXKA 1E56A 1KGWA 2ZX6A 3S2CA 4W8BA 4PSRA 2GSJA 1GNXA 3GBDA 3A4AA 3CLWA 5EFFA 1MWOA 4AZGA 4C7FA 1EXPA 2FH8A 4GINA 1J12A 2YL9A 3MMUA 4TX6A 4NI3A 1CGWA 1BGAA 5M3WA 3FN9A 2ZWZA 1E0VA 2BS9A 1CWYA 1WDQA 3K4AA 1L0PA 4UOJA 5BYWA 3W29A 1BTCA 1HVQA 1WZLA 1PX4A 4GXPA 5GPRA 3RM4A 1J0ZA 4HTYA 3SCUA 2Y8VA 4WKHA 7A3HA 3T0DA 4DM1A 2Z1KA 3L2LA 3OLIA 4GZEA 3O6AA 3ZM8A 1UA3A 3RO8A 3AYSA 1JG9A 1WZAA 1UH4A 3IAQA 2VMFA 1CXLA 3VMOA 1CGVA 3WH7A 5FL0A 3TTQA 5A1AA 4GIAA 4U2ZA 3TTOA 1Q6CA 3WD2A 3I3BA 3SCVA 5GNZA 1GOKA 1ISXA 3CZGA 1GVYA 4AY1A 4CD5A 3DHUA 1YHTA 4MB1A 1KGUA 5ABGA 4AEEA 2C7FA 3WDIA 4L4OA 4PTVA 5CPQA 2VVSA 2WMJA 2F8QA 1KCLA 2FGZA 4JFUA 3MUIA 1MXGA 4D6JA 1UR2A 1E6ZA 2XHYA 4D6IA 4AZHA 2VL4A 1GZJA 2XYLA 1DWAM 3VGGA 2PB1A 3QR3A 1E71M 2VOTA 3TOPA 1E1EA 4M29A 4AWEA 5EFDA 1KBBA 3CUJA 2D3NA 5CSYA 1Q6EA 1J10A 5A6BA 3PZMA 1XGZA 2J7FA 1ZS2A 1A47A 2G8ZA 5A2BA 2WLYA 5ABEA 2VQUA 3VDBA 3ZT6A 2EBNA 2FDMA 1PIGA 1FH7A 3FXYA 1SMDA 4X9YA 2WNWA 2BHZA 1R7OA 4D6GA 5BRQA 2GVYA 3SCOA 1CXFA 1W3LA 1HNYA 2IUZA 4JCMA 4J3UA 1EO5A 1X6NA 3WQ4A 1XC6A 1HKJA 1B2YA 1XYZA 5DF0A 1E4MM 1LWHA 3WDQA 1H5VA 1E6XM 4HA4A 1GJWA 1TG7A 3K8KA 1TFVA 3UG5A 1UR1A 1NOWA 1BYBA 3FAWA 3GM8A 2DSWA 1TA3A 1E15A 3CH9A 3BAJA 4UQ9A 1GHSA 3PZIA 3PTQA 5LA0A 2XVKA 1H1NA 2YL8A 1MXDA 3CIVA 1BF2A 4D72A 1UQZA 3KL3A 2UY3A 3L4TA 4UCFA 1G01A 2VQTA 3MUY1 1W9UA 5E9AA 5CJ5A 3EMCA 4CVWA 1J01A 1TVNA 2BHUA 1XCXA 1UR0A 4CCCA 1VAHA 3UR7A 7TAAA 1C91A 3PZNA 2BVYA 5C8BB 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VNZ A;  4GO8 A;  3VKK A;  1CXI A;  5CXP A;  4AZC B;  3NJ3 A;  2CBV A;  3MO4 A;  3B9E A;  2OWW A;  1JZ4 A;  2E3Z A;  1CEO A;  2OYK A;  2C8N A;  3RCN A;  1MW3 A;  3AHY A;  2JAL A;  1CGY A;  4Y7E A;  2IXU A;  4RL3 A;  4AYS A;  1BYD A;  4J7R A;  2XVG A;  2WC4 A;  4ZEN A;  4XV0 A;  5CPT A;  1OIM A;  4QCF A;  3WL1 A;  4HZ7 A;  3OGV A;  3RM9 A;  1LF1 A;  4MDO A;  4PMX A;  1V02 A;  2EPK X;  3PHA A;  1SMA A;  3NUK A;  3WQ8 A;  3OIH A;  3M46 A;  2NT1 A;  4CN1 A;  3FAX A;  1LL6 A;  2Y4S A;  3AMG A;  1A3H A;  2W5F A;  4WF7 A;  4XZW A;  5A8P A;  1V6U A;  5A6S A;  3GBE A;  2UY5 A;  4TUF A;  2WHK A;  4KMQ A;  4UOZ A;  4FF5 A;  4PMN A;  2J7E A;  5E6Z A;  2X1I A;  3ARZ A;  1KR0 A;  2CKS A;  4W7W A;  4LPC A;  5BCA A;  1GOR A;  3WEO A;  1DWH M;  1VJZ A;  3N17 A;  3AHV A;  1UKO A;  3VD5 A;  4DWS B;  1PX8 A;  3LPP A;  3E1F 1;  3MKK A;  3SEP A;  4WK9 A;  1QVB A;  3MMD A;  1E6R A;  3ARR A;  3WNK A;  4QAW A;  4UFL A;  5IHR A;  3K8L A;  5A6M A;  2QV4 A;  4ZFM A;  3LPG A;  4UQD A;  1J0Y A;  2CPU A;  3GDB A;  1JF5 A;  1ISW A;  1NP0 A;  1JI2 A;  2BY2 A;  2J78 A;  1JAE A;  3ZJK A;  2V3F A;  1HJU A;  2JIE A;  1WO2 A;  4M81 A;  4AZ7 A;  1ISZ A;  1V3H A;  4LYP A;  2A3E A;  3K46 A;  3BCD A;  3N13 A;  4M8U A;  1VEN A;  4UR9 A;  1WNO A;  1DTU A;  1FP8 A;  1PEZ A;  1V3K A;  3VII A;  2J8F A;  2QLY A;  4U5K A;  2YA1 A;  1HJV A;  3KL5 A;  1VB9 A;  2VVN A;  4PMO A;  1KB3 A;  3AIS A;  3RJY A;  2XWD A;  3ZSS A;  4MTV A;  4JCL A;  5I2U A;  3AIB A;  5A8N A;  5ABF A;  1WDS A;  3FY1 A;  1MQQ A;  1UOK A;  4GO9 A;  2ZUU A;  2DIE A;  2E9L A;  2IXV A;  1UR9 A;  2WVV A;  1V6W A;  2OWX A;  1W1V A;  2Y24 A;  2YLL A;  4PUD A;  4ZEP A;  3A47 A;  2CBI A;  1QBA A;  4P7R A;  3WNO A;  1HKM A;  1H41 A;  1DWF M;  1OGB A;  1VFF A;  3BMV A;  4R27 A;  1PIF A;  1JYX A;  3WSU A;  3W24 A;  2CHO A;  3CBW A;  1E0W A;  3AMC A;  1GOO A;  3GH4 A;  1V6Y A;  2EPL X;  3SUS A;  2O9P A;  2J74 A;  3NIY A;  4KRU A;  2VX4 A;  4NSB A;  2E9M A;  4HP5 A;  5KEZ A;  3F4V A;  4H8U A;  1JD7 A;  4Z2H A;  1NAR A;  4E2O A;  4W89 A;  4M82 A;  2VRJ A;  3VO0 A;  3W0K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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