The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
VTLFVALYDYEARPNRPLDLSFHKGEKFQILNWWHVRGDWWEARSLTTGETGYIPSNYVAPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
|
| molecule keywords |
BETA-SECRETASE 2
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| publication title |
Mapping the Conformational Space Accessible to Bace2 Using Surface Mutants and Co-Crystals with Fab-Fragments, Fynomers, and Xaperones
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
11
|
| structure length |
62
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| sequence length |
62
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-01-28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4ORZ A; 2P4R A; 2QDL A; 2L3S A; 3VS5 A; 4IIM A; 4J9B A; 4R0K A; 3R6N A; 3VS7 A; 4HVV A; 2MIO A; 3IQL A; 1BK2 A; 4LE9 A; 2AZV A; 2KXC A; 4D8K A; 1M8M A; 3PVL A; 1GCP A; 2SRC A; 4JJC A; 2FRY A; 1JQQ A; 4A63 B; 2JS0 A; 3EG1 A; 4F14 A; 2HEQ A; 3O5Z A; 2A28 A; 1G83 A; 1YP5 A; 2KYM A; 2O31 A; 2KRN A; 1WFW A; 2LX7 A; 3KFV A; 2ECZ A; 1X2K A; 2KGT A; 3M0T A; 3PE0 A; 2ENM A; 1X27 A; 1TG0 A; 2RPN A; 1GL5 A; 2L3Q A; 2OI3 A; 4K11 A; 2J6F A; 3THK A; 2K7A A; 1K0X A; 1PKS A; 4RTZ A; 1GBR A; 2CSI A; 1OOT A; 1S1N A; 2KXD A; 1OPK A; 1T0H A; 1YCS B; 4JPB W; 2D0N A; 1RLP C; 1WYX A; 1GFD A; 2VWF A; 1JO8 A; 2HDA A; 2M51 A; 1WLP B; 2DLP A; 4HVW A; 1AWJ A; 2AK5 A; 2RF0 A; 4CC2 A; 1HD3 A; 1X43 A; 2CUD A; 2RQR A; 4J9D A; 2BTT A; 2EYX A; 4KRT A; 1QLY A; 2HBW A; 2VKN A; 2PNI A; 1ZX6 A; 2ROT A; 2EPD A; 1PHT A; 1SPK A; 1N5Z A; 1MUZ A; 1M3A A; 2J6O A; 1NYF A; 3LH5 A; 3ULR B; 2AKK A; 1TUC A; 4M4Z A; 1B3Q A; 3A98 A; 1Z9Q A; 2C0T A; 2K79 A; 2ROL A; 1AEY A; 1T3L A; 2YT6 A; 2JMC A; 2RQU A; 2OAW A; 2DL3 A; 3EHQ A; 2EGE A; 4JZ3 A; 4EIK A; 3REB B; 3M0U A; 2LQN A; 5GJW B; 2PTK A; 3PVQ A; 2DM1 A; 2A08 A; 3UF4 A; 1NYG A; 1B07 A; 1X69 A; 2JXB A; 2NUZ A; 1MV0 B; 2DVJ A; 2JS2 A; 4LNP A; 1U06 A; 1PRL C; 4J9H A; 1AWW A; 3NGP A; 5IXB A; 2GQI A; 5FWB A; 2DX1 A; 2MCN A; 4HCK A; 1PNJ A; 1W1F A; 2FEI A; 5I22 A; 1YNZ A; 1GCQ C; 1UHF A; 4Z89 A; 2ABL A; 4OMO A; 2F2W A; 1FYN A; 1HSQ A; 1JU5 C; 2K2M A; 3M0P A; 1VYT A; 1UJ0 A; 4LUD A; 1W6X A; 1WI7 A; 2DL4 A; 1ABO A; 2D8J A; 2G6F X; 4AG1 C; 2E5K A; 2J05 A; 2VVK A; 1X6B A; 1UJY A; 1U5S A; 1VYU A; 5IHK A; 2A37 A; 2EYZ A; 4ESR A; 1T3S A; 2BZY A; 1NLP C; 1OEB A; 4FSS A; 2NWM A; 2FG0 A; 1H92 A; 1E6G A; 1CKB A; 3I5R A; 2LP5 A; 2YUN A; 4AFU C; 2LJ1 A; 3H41 A; 2DE0 X; 1AVZ C; 2KBT A; 3FJ5 A; 4HVU A; 1M30 A; 1UEC A; 2EW3 A; 2BZ8 A; 2X3W D; 5IHN A; 2GGR A; 1J3T A; 4AFS C; 2DYB A; 1UFF A; 3QWY A; 1PRM C; 4OMQ A; 1IO6 A; 4D8D A; 2C0O A; 1X2Q A; 1UE9 A; 2KRO A; 1GFC A; 2EQI A; 1OPL A; 1UTI A; 1ABQ A; 1QWE A; 4DEY A; 2ED0 A; 2RQT A; 3VS0 A; 2O88 A; 2XMF A; 2RN8 A; 2K9G A; 1AWO A; 2EYY A; 4DEX A; 1K1Z A; 1WXT A; 2RQV A; 4AG2 C; 2L2P A; 1HJD A; 3UA7 A; 1QCF A; 2LNH B; 1I0C A; 2DMO A; 1VA7 A; 4JZ4 A; 1ARK A; 1SHG A; 3QWX X; 1AZG B; 2L3P A; 1RUW A; 2CT3 A; 1M27 C; 2LJ0 A; 1M3B A; 3UAT A; 1K4U S; 1Y57 A; 2W10 A; 2PZ1 A; 3RBB B; 1WA7 A; 2V1Q A; 2C0I A; 2F2V A; 1OV3 A; 1SRM A; 2YUP A; 2EKH A; 4Z8A A; 3VS6 A; 1K76 A; 1AOJ A; 1UGV A; 1KFZ A; 2DJQ A; 2D8H A; 2KE9 A; 3TSZ A; 4LUE A; 5I11 A; 3I9Q A; 1ZUY A; 1AD5 A; 4J9F A; 4RTW A; 1WX6 A; 3EG0 A; 1JXO A; 1SEM A; 5GJV B; 1W70 A; 2GBQ A; 2LZ6 B; 2HCK A; 1YWP A; 2LMJ A; 1BBZ A; 2HSP A; 2EGC A; 2DRM A; 1JXM A; 2EVR A; 3VS3 A; 5IHI A; 1WXB A; 2LJ3 A; 2RMO A; 1A0N B; 3H0F A; 1EFN A; 3SHW A; 2JT4 A; 1I07 A; 3M0R A; 2O9S A; 3TSW A; 4J9G A; 5IH2 A; 2KT1 A; 3CQT A; 1NM7 A; 1WXU A; 3VRY A; 1NLO C; 2RNA A; 2FPD A; 1UUE A; 5IXF A; 2LQW A; 4AFQ C; 2DNU A; 1Y0M A; 3NPF A; 2DL5 A; 2YSQ A; 1KSW A; 2BZX A; 1K0S A; 2SEM A; 3EHR A; 1K9A A; 2J7I A; 3H0I A; 2JM9 A; 1E7O A; 4AFZ C; 3M0S A; 2DA9 A; 1ZSG A; 3JV3 A; 4QT7 A; 5L23 A; 2DRK A; 2KR3 A; 1UHC A; 2RQW A; 2JTE A; 1I1J A; 2DIL A; 2AKL A; 2FPF A; 5FWC A; 2OJ2 A; 1T0J A; 1YWO A; 1U3O A; 4J9I A; 4RUG A; 2YUO A; 4LN2 A; 2AZS A; 1PKT A; 4WCI A; 1SSH A; 2KNB B; 2O9V A; 3M0Q A; 2V1R A; 4IIO A; 1AWX A; 2DBK A; 4OML A; 1BB9 A; 5FW9 A; 4F16 A; 3NHN A; 3EG3 A; 1PWT A; 2CUB A; 2EGA A; 1QKX A; 2H8H A; 2DF6 A; 2YUQ A; 1NG2 A; 2CT4 A; 2FO0 A; 4JJD A; 3EG2 A; 1M3C A; 4E6R A; 1KJW A; 2F2X A; 1BU1 A; 4HXJ A; 5ECA A; 2O2O A; 1H8K A; 4OMP A; 1Z9Z A; 2DL7 A; 1X6G A; 1CSK A; 2B86 A; 2CDT A; 2KRM A; 3VS4 A; 2KT8 A; 2IIM A; 2GTO A; 4RTX A; 4Y92 A; 1XOV A; 5EC7 A; 3SEM A; 2CSQ A; 2JMA A; 1V1C A; 3VS2 A; 1JEG A; 2ED1 A; 2X3X D; 1QKW A; 2KYB A; 1KIK A; 1UDL A; 4GLM A; 1NEB A; 2YDL A; 2FPE A; 3VRZ A; 1TUD A; 2L0A A; 2KRS A; 1RLQ C; 3H0H A; 3REA B; 1VYV A; 3C0C A; 2J06 A; 4OMM A; 1UG1 A; 2KEA A; 4X1V A; 3EGU A; 5HCK A; 2EBP A; 2ESW A; 1WIE A; 1RI9 A; 3U23 A; 2A36 A; 4F17 A; 1SRL A; 2CH4 W; 2GTJ A; 2JW4 A; 1ZUU A; 1WDX A; 2CRE A; 2DL8 A; 4ZNX A; 2CH4 A; 2D1X A; 3VS1 A; 3ZL7 C; 2I0N A; 2W0Z A; 1GBQ A; 2LCS A; 2DBM A; 2EYW A; 4J9C A; 1YN8 A; 1FMK A; 4CC7 A; 4OMN A; 3I35 A; 4CC4 B; 1NEG A; 1MV3 A; 3TVT A; 4RTY A; 1ZBJ A; 1G2B A; 1SHF A; 4RTV A; 2M0Y A; 4Z88 A; 2MOX A; 4J9E A; 4JJB A; 3I5S A; 4CC3 A; 1ZLM A; 2K6D A; 1AZE A; 4GBQ A; 1GCQ A; 1CKA A; 1E6H A; 1ZUK A; 1GRI A; 1LCK A; 4RTT A; 2K3B A; 2GNC A; 1H3H A; 2J6K A; 2JM8 A; 3GBQ A; 4RTU A; 3RNJ A; 3UA6 A; 2FRW A; 3NMZ C; 1QWF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SSF A; 3OYY A; 4ORZ A; 2COW A; 2QDL A; 3VS5 A; 4J9B A; 4C0G A; 1FMV A; 3FB9 A; 1YIJ A; 1YJW A; 3JB9 I; 5LJ3 f; 5GAN j; 5KH6 A; 1G5V A; 5LJ3 d; 1Q7Y R; 4NL2 A; 3EFS A; 3L2Z A; 3PVL A; 1FMW A; 1KC8 U; 3JCM h; 4X34 A; 4PJO G; 1BI3 A; 1KK7 A; 4JJC A; 2M16 A; 2JS0 A; 4XTZ A; 4PLL A; 4WTO B; 3E9F A; 4PFO A; 1G83 A; 2O31 A; 3KFV A; 3H9N A; 1N6A A; 1GL5 A; 1EX4 A; 2L3Q A; 3JB9 J; 2LDM A; 4J8O A; 3LWH A; 3D7S B; 1YIT A; 2K7A A; 3HTR A; 1PKS A; 5IAY A; 1K0X A; 1OOT A; 1OPK A; 4JPB W; 1OU9 A; 2D0N A; 4EMK C; 1RLP C; 3OYL A; 4PJO F; 1U1S A; 4BI8 B; 2M51 A; 1WLP B; 3J81 E; 2E12 A; 3MKD A; 2RF0 A; 2Z0W A; 3UWN A; 1K9M U; 4DOW A; 3LGL A; 1X43 A; 3DB4 A; 3V7R A; 2ZPH B; 2CUD A; 4C8Q E; 2RQR A; 4XTU A; 2EYX A; 4KRT A; 3WVD B; 2XKO C; 4NL3 A; 1WJQ A; 4PJN A; 1ZX6 A; 3CCE Q; 2BIV A; 2DXC A; 2XHC A; 3S3N A; 5GAO l; 3M9Q A; 5EG2 A; 5A0G A; 3CCU A; 1N8R R; 4FYX B; 3CC4 A; 1NYF A; 2EJG A; 3ZBD A; 3MCA B; 5GAO m; 4OB1 B; 1YIJ T; 1B3Q A; 2QAZ A; 2C0T A; 1XJW B; 3EG9 B; 3I55 Q; 2KI7 A; 8ATC B; 1KC8 C; 4BI4 A; 4QKU A; 2DL3 A; 3OMC A; 5C0M A; 5KYU A; 3OYD A; 4JZ3 A; 3REB B; 3M0U A; 2LQN A; 5GJW B; 2MK5 A; 5D7U A; 2KAF A; 5LJ5 g; 1ZSZ C; 4E7J A; 1VQ8 Q; 3HFO A; 4HKE A; 3AT1 B; 4IUV A; 3CD6 Q; 4EMG A; 3HPW A; 3BDL A; 3UF4 A; 3OYN A; 2NUT A; 4M78 D; 1B07 A; 4C8Q A; 1KD1 C; 2NUZ A; 3VUB A; 1MV0 B; 2VGM A; 3E1S A; 1OZ3 A; 1LVK A; 1YIT T; 1NE8 A; 1PSE A; 1I81 A; 4BUG A; 1HYO A; 3S6W A; 1K73 R; 2FEI A; 3TU4 K; 4FIB A; 1UHF A; 2ABL A; 1Q81 R; 1FYN A; 1VYT A; 1UJ0 A; 2CP2 A; 1W6X A; 1ACM B; 4BE2 A; 2IVW A; 1WI7 A; 2HKN A; 1K9M C; 4ANJ A; 1ABO A; 5KE2 A; 1U5S A; 1D1B A; 5CKB A; 1WHL A; 2BZY A; 2KVQ G; 4FSS A; 3PGG A; 3M5A A; 1E6G A; 3CXC S; 3F70 A; 4AFU C; 3CCU T; 5IT9 E; 5KCO A; 1UGQ B; 4HVU A; 1AVZ C; 2X4Y A; 3CC4 T; 3M59 A; 2L3R A; 4JLG A; 5GAM f; 2BUD A; 2EYQ A; 1M9S A; 1VIF A; 2CP0 A; 2X3W D; 2GGR A; 5IHN A; 2EKO A; 2K2V A; 4M78 F; 3QWY A; 1VQ5 A; 2MF2 A; 2QG9 B; 4JRP A; 4C92 D; 4FM4 B; 2DEU A; 4ATO A; 1IO6 A; 4D8D A; 3NTK A; 1Q82 U; 3RIR A; 3J80 E; 1X2Q A; 2KRO A; 4PJO E; 3QO3 A; 4M75 C; 2EQI A; 5DLO A; 1OPL A; 3SWN B; 1ABQ A; 5GAN 7; 4M78 B; 3WXM B; 4J7I A; 3JB9 D; 2XMF A; 4M77 C; 4FCY A; 2R57 A; 3OSS C; 2GFA A; 3JCM P; 2P0K A; 2RA2 A; 4ZN1 A; 1YIJ Q; 1I0C A; 3QYH B; 3VU3 C; 4JZ4 A; 1Y7X A; 3QWX X; 1M2V A; 4M7D D; 3L2V A; 1RUW A; 4BAC A; 3J7A F; 2LJ0 A; 5LJ5 j; 2OAU A; 1V76 A; 2JN0 A; 4JRI A; 3GPL A; 2YUP A; 1M90 R; 3CPF A; 4Z8A A; 3RES A; 2QXF A; 2DJQ A; 4LUE A; 1V29 B; 2CGH A; 3PFS A; 1AD5 A; 4FYY B; 4LDU A; 4RTW A; 5KYW B; 1WX6 A; 1SEM A; 3EH2 A; 1W70 A; 3V7C A; 1BBZ A; 4F04 B; 3A8G B; 2EGC A; 3PNW C; 1YIT Q; 5LJ5 e; 2KQW A; 3H0F A; 4C92 F; 4JRK A; 2JT4 A; 2KDS A; 4N0A C; 3M0R A; 3SHW A; 2O9S A; 2R5M A; 3TSW A; 2VV5 A; 4PL6 A; 1N9R A; 2KT1 A; 4F7U G; 4KGV B; 4C92 B; 1YFN A; 1F1B B; 5IXF A; 1VQ5 T; 3NPF A; 1Y0M A; 2HKQ B; 2YSQ A; 3INZ A; 1Y71 A; 4RG8 A; 1VQO A; 2LCC A; 4M7A C; 1K0S A; 2E70 A; 1PSF A; 3LLR A; 3VYG A; 3E19 A; 2J7I A; 1E7O A; 1G3W A; 1U1T A; 2ZPF B; 3CCS A; 2PVG B; 3MEV A; 2KR3 A; 3CCU Q; 2JTE A; 1IRE B; 4N4H A; 2DIL A; 2VXE A; 2AKL A; 3MEA A; 2K57 A; 1YWO A; 4RUG A; 1U3O A; 5KYX B; 2YUO A; 4M7D B; 4LN2 A; 5GAN 3; 4WCI A; 2LC4 A; 1SSH A; 5AYF A; 2DTO A; 4C5H A; 2G3R A; 4OML A; 1BB9 A; 3RER A; 3NHN A; 1PWT A; 2CUB A; 2YUQ A; 2H8H A; 5GAM h; 1NG2 A; 2WSC E; 4LXC A; 4JJD A; 2DZC A; 3EG2 A; 2E3I A; 5CQX A; 5ECA A; 1YJ9 A; 1K8A U; 3O8V A; 3FJP A; 1EIF A; 2O2O A; 1JJ2 A; 4OMP A; 2ZPI B; 1X6G A; 3JCM V; 2RHX A; 3PIP A; 2B86 A; 3MP1 A; 3RUX A; 1VQ9 A; 3HSB A; 4HA8 A; 1UB4 A; 2NYS A; 3A8O B; 4DA4 A; 3OA6 A; 3CCM A; 2IIM A; 2PQW A; 3SEM A; 2OTJ Q; 1JEG A; 1AHJ B; 2X3X D; 4OGC A; 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4OP0 A; 4O5V A; 2OTL Q; 1X27 A; 3EGX B; 3L1A A; 2RPN A; 1TUG B; 3P8H A; 1OZ2 A; 1RAI B; 4FW1 A; 3JRZ A; 4RTZ A; 1GBR A; 2CSI A; 4J83 A; 1YI2 A; 1T0H A; 2JVV A; 4M77 A; 3A8M B; 1IXD A; 4PNO A; 1QP3 A; 1GFD A; 1Q7Y U; 4C8Q F; 1YHQ A; 5KYU B; 4BDY A; 2AK5 A; 4CI0 C; 4Y28 E; 4J9D A; 4ZGD B; 3CME T; 4QQG A; 3CPW A; 1QLY A; 1VQO Q; 4M7A E; 2HBW A; 1NPR A; 2PNI A; 2HSE B; 2X9H A; 2EPD A; 4F7U A; 1M2O A; 1N5Z A; 3CCS Q; 3LX7 A; 2YXY A; 3QPH A; 4KH1 B; 1TUC A; 5GAN f; 2QQA A; 1QCO A; 5GAN d; 3CPW S; 4BE1 A; 2E10 A; 1SF9 A; 1AEY A; 3M56 A; 2JMC A; 2RQU A; 3CC7 Q; 4Y91 A; 4N0A A; 5CKD A; 3CCR T; 1VQL A; 4OB0 B; 2PTK A; 3VJP A; 4C0D B; 4RCB A; 3TRE A; 3JCM e; 1M1G A; 3CCV Q; 1YJ9 Q; 2QI2 A; 4PJO D; 3JCM Q; 2JXB A; 4FU6 A; 4WF2 A; 2O4X B; 1D0X A; 4BE0 A; 2JJ9 A; 1VQ9 Q; 4M7A A; 4LNP A; 4JUV A; 1N8R U; 5CIU A; 3CCM Q; 1R8O B; 2GQI A; 2MCN A; 1YI2 T; 4HCK A; 3LYI A; 1PNJ A; 4E7S A; 5CKH A; 1GCQ C; 1VQN A; 4OMO A; 2FYK A; 1MMD A; 1YHQ T; 3ZEH A; 2K2M A; 4LUD A; 2D8J A; 4IUQ A; 2J05 A; 1VYU A; 5IHK A; 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