3ZSOA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based design
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 56
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-06-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zsoA00
3DLRA 1WSFA 4FM2A 3OYGA 1KRPA 4CHZA 3PX0A 3OYNA 3LP1A 4DQQA 4AHSA 1CXUA 4CEFA 3O3HA 3V9XA 1HJRA 1U4BA 3T1AA 3AVJA 4W5RA 3V9WA 5HP1A 1NK9A 1C6VA 3MEDA 1ZBIA 3QINA 5HROA 4TSXA 5T7BA 1TK5A 2YHAA 1NKCA 2HHVA 3LWMA 1J5OA 4BE0A 1NJYA 3HPOA 3QLHA 2PZSA 4ID5A 4E3SA 1TL3A 2IC3A 1KCFA 4CJUA 3RWUA 4E7LA 4F4KA 4FJLA 2XHBA 1ASUA 4LH5A 5CZ2A 3OS0A 3SQ2A 2G8FA 4OLAA 3O3FA 3KLFA 4I7FA 4Q5VA 1BCMA 1U04A 1TKTA 1BIZA 2B4JA 4IFYA 3QIPA 3QIOA 3L2WA 1WSEA 3QNOA 2XY6A 4FM1A 1UA1A 4OKEA 1W9HA 1HNIA 4PWDA 2HHWA 4FJXA 3ZCMA 1MU2A 3M8PA 3P5JA 4NYFA 3HM9A 1NK8A 3NGIA 3KLGA 2HHTA 4BACA 1I3AA 3EZ5A 2E6LA 3DLHA 1WAFA 3S9HA 4DF4A 1NK5A 2QKBA 4CGFA 3L2QA 4CIFA 3IS9A 4F8RA 4FLVA 2JGUA 3OS1A 1ZBFA 2KQ2A 4JS4A 3SUPA 4CJ3A 3ISNC 4DSIA 1ASVA 5KTQA 4I9QA 1QQCA 4ICLA 4CESA 4DU3A 2RKIA 3AVIA 2HNYA 4B9NA 3U3GA 3HVRA 4NCGA 3VA0A 4N56A 3ZT1A 1CZBA 2QXFA 4FYDA 2YV0X 1J53A 3MXJA 4CJ5A 3K5NA 4DLEA 3TI0A 1VRUA 1NJXA 1TK8A 3VQPA 3B6PA 3ZT2A 1T7PA 1VSLA 2VWJA 4DU4A 1GOBA 1L3VA 1Q9YA 1L3UA 1LWEA 1ZYQA 1WSIA 2ATQA 3PY8A 4G1QA 3SI6A 4IDKA 2RN2A 1SKWA 1G15A 1CLQA 2HHUA 3O3GA 3SV4A 4CHPA 2OPSA 2X6NA 1Y97A 3VQDA 4ZHRA 3U3YA 3SJJA 3SNNA 1RBTA 1JLEA 3L2RA 1T8EA 4KHWA 4FJGA 1NKBA 4FVMA 3PO5A 1S1WA 2GUIA 3VQ4A 2D0AA 5DMRA 3AVAA 3HP9A 3NGZA 3TABA 1NK4A 1NK6A 2PYLA 3LP3A 4IG0A 4DFPA 3SPYA 3I8DA 1GOCA 4DWIA 3CM5A 4KHQA 1WSHA 3VQBA 4CFBA 3SZ2A 2DFFA 4OLBA 3H08A 2O4GA 2R7YA 4YFUA 2KFNA 4H4OA 2Y1JA 1F21A 3VQ7A 4KPYA 3OYCA 2ZE2A 5DK5A 2VG7A 4E7HA 4EZ6A 3NF7A 4M3YA 3M8SA 3ZT3A 1VSKA 3HYFA 2O4IA 1IKVA 4B8AB 3QEXA 3WNGA 5HLFA 1JXBA 4W5TA 5CYMA 4RW8A 3TR8A 3MEEA 1ZBLA 3AVCA 1D9FA 2HW3A 4BDYA 2D0CA 1KLMA 4O0JA 3ZT4A 3OJUA 4HUGA 4CEDA 4CFAA 2P5GA 1C0TA 2A1SA 3MEGA 4C8MA 3SYZA 4C8LA 4QAGA 2VG5A 5I42A 4E1NA 3VA3A 3DLBA 2IGIA 3ZSZA 4RW4A 1BQNA 3LWLA 1D8YA 1JLGA 1FK9A 4AHUA 4CEZA 3QEIA 3RRGA 1D9DA 4M3XA 3UIQA 1WN7A 4Y1CA 4OPKA 1Q9XA 1S5JA 2WOMA 1EKEA 1B92A 3CYMA 1SKSA 3TAEA 2QKKA 2Y1IA 3HXMA 3NCIA 1YTAA 2I5JA 4AHTA 3PUFA 1L3TA 3DMJA 3CQ8A 4O0IA 4E7IA 4FJ7A 1HRHA 4FW1A 4W5OA 3HT3A 3JSMA 4HHTA 4CF8A 1BQMA 3NF6A 3TAGA 2JLEA 3OYEA 4FK4A 4BDPA 4CJ4A 1BL3A 4OVLA 3AA4A 3ZSQA 4CJWA 4CEQA 4E7JA 1UAXA 3K5OA 1RBRA 1IH7A 3AA5X 3V1RA 1N6QA 2HHSA 2KZMA 4GMJB 2KW4A 3IRXA 3WNFA 2YNGA 2ZD1A 5J2PA 2IAJA 2VWKA 3DLGA 2OPPA 4Z4EA 1RDDA 4JS5A 4M3TA 3OY9A 3VQQA 4M3RA 4HCCA 4OJRA 3KD1E 4FXDA 3VN5A 4DSFA 4KB0A 1HQUA 3KJVA 5FRMA 1XWLA 3QESA 3M8RA 4JRPA 1XC9A 4DFJA 1RNHA 1VSJA 2ZQBA 3LDSA 3IAYA 4ELTA 1RBUA 3VQCA 1GOAA 1YTUA 3O4NA 1ZBUA 4CGGA 4IFVA 1TKXA 3SPZA 1SKRA 4E0DA 1T05A 1A5WA 4WE1A 4FJIA 1S1UA 3AVLA 3HPGA 1S6QA 2GV9A 2XY8A 3ZSWA 3L2UA 1U48A 1NKEA 4J2DA 4M3ZA 3NE6A 1JLFA 5CY4A 4IG3A 2XO7A 1WSGA 1D5AA 3DI6A 3LAMA 3P83D 3TAPA 2RPIA 1K6YA 3IG1A 4OGCA 1HNVA 3QETA 1B9DA 2X6SA 1C1CA 3DLKA 4CGIA 4DTOA 2P5OA 1Z26A 4DS4A 4B9VA 3CFOA 4K8ZA 4N41A 3HPHA 3I0RA 1IKWA 3OYKA 3KK3A 3SV3A 2KFZA 5HRNA 3OVNA 3NF9A 4B9MA 3CFPA 3AVKA 3KIOA 1U49A 4CF0A 3K59A 1EP4A 1WAJA 4Z0UA 3CFRA 3NF8A 4BE2A 1QSLA 1S1TA 4CFDA 3C94A 4M41A 3KK1A 1TKDA 4DTMA 1JLBA 3CM6A 5KRSA 4HUEA 1X1PA 5HRPA 2XY5A 3RMDA 4CE9A 3OYFA 4M3UA 1JKHA 3LP0A 2OPRA 1X9WA 2YKMA 3U6FA 1ITGA 2X74A 5J1EA 3V4IA 2XY7A 2DY4A 1KFDA 4DQRA 3QEVA 2LSNA 3SQ4A 3PX4A 3T3FA 1TKZA 1BISA 3AO2A 3QERA 1HYZA 2VG6A 3AVMA 1RTIA 4CJFA 4RW9A 4Z4FA 3WNHA 4FJ5A 3TAFA 2OZMA 4QCLA 2G8KA 4KREA 1JL2A 1WSJA 3AVBA 1IKYA 4B3OA 3G10A 3AVGA 4FLXA 1B9FA 3AO1A 3K58A 3VQ5A 3OYAA 1WLJA 3ZSYA 3V81A 1C1AA 1VK0A 5SWMA 2WONA 4EP5A 2RF2A 3MAQA 3RRHA 5CZ1A 3RR7A 1JL1A 1I39A 4CEOA 4M3WA 3KK2A 5HRSA 3ALYA 3PV8A 3KD5E 3AVFA 3D0PA 1FKOA 5FRNA 4DFKA 1NJZA 4HTUA 2ITGA 4OGEA 3LPUA 3TAQA 1BHLA 4AHVA 3LPTA 4KV8A 1RDBA 3NH0A 4ELVA 4EZ9A 4KFBA 1QE1A 2OZSA 3TANA 3SCXA 5D3GA 2YNFA 3V1QA 2P1JA 2EX3A 4O4GA 1KSPA 4KI4A 2HNDA 4DG1A 1LW0A 4AHCA 3LZJA 4O5BA 3QEWA 2EHGA 2IDOA 3RMBA 4KRFA 3KTQA 4JRQA 1QSSA 4CK3A 4B8CA 1SL1A 4CIEA 4CIGA 3SUNA 1WNSA 4B08A 4CERA 1SV5A 5CYQA 4FK0A 1W0HA 4DTJA 4F3OA 3NDKA 4CF2A 2BE2A 3LANA 4J2BA 1YVUA 3V9SA 1LV5A 4EP4A 1HQEA 1JLAA 5J2MA 5C24A 1X9MA 3NBPA 1RDCA 4Z4CA 4E19A 1SL0A 2KTQA 1HPZA 5HBMA 3OYLA 2IOCA 3DRSA 4FLZA 5I3UA 1KVAA 1RBVA 1Z25A 1J54A 1S1XA 4FJMA 2Z1JA 4LY7A 3QO9A 1S9EA 4Q0BA 1TAUA 3A2FA 4DLGA 2Z1HA 2OPQA 3AO4A 1KFSA 2PY5A 4B9UA 4CJEA 2D5RA 3D45A 5C25A 4CHQA 4AHRA 1LW2A 4I9LA 1U45A 3OYDA 3VQ9A 4IKFA 3OYHA 2HVIA 4CHOA 2FBVA 3S3OA 3C6UA 1JLCA 3ZT0A 1N5YA 4AH9A 2HHQA 1TV6A 2NUBA 4NCBA 2P51A 3E01A 4FLWA 4KTQA 1TVRA 4H4MA 3L8BA 2OA8A 4O55A 1KTQA 2ETJA 1RCHA 2W42A 3T19A 4DF8A 2GBZA 3SQ1A 4DU1A 1KVBA 4PA1A 3G0ZA 1BCOA 4DTRA 3RR8A 3LP2A 3NGYA 3V1OA 2B6AA 3RMAA 2G8UA 2F8TA 3RMCA 1UA0A 4OPJA 3QNNA 3K2PA 1T03A 4KHNA 4DQPA 4DTXA 2HNZA 3L3VA 1DTQA 3MXIA 1A5VA 1QS4A 1L5UA 2F96A 4OKKA 1NK0A 1RTJA 1UOCA 2FBYA 3DM2A 4FJHA 3HO1A 5JS2A 4DSKA 2BANA 1LAWA 1RT1A 4KTWA 4HVJA 3PX6A 3HK2A 1VRTA 4KB1A 4FJKA 3HJFA 1DTTA 3LAKA 3I0SA 2DFHA 3AO3A 1XI1A 4DFMA 1VSFA 3VQAA 4CJTA 3VQ6A 4E89A 4ZTJA 1HYVA 1REVA 4M45A 4Z4IA 1EXQA 4YNQA 1EX4A 3BGRA 1TL1A 5KI6A 2IS3A 5KGWA 3C95A 3TAMA 4Z4HA 4W5QA 2YNHA 4DS5A 4DTSA 1QTMA 1Q8IA 3NHGA 3DRPA 2KZZA 1BI4A 4BWJA 4I2QA 4UQGA 4XIUA 4ID1A 2OYQA 4PQUA 1CXQA 1IKXA 3L2VA 3TWHA 3QEPA 4DQSA 4FLUA 4QOZB 1NK7A 4ZTFA 1X9SA 4KKOA 1VSHA 4CGJA 1C0UA 1FXXA 2YNIA 1HYSA 3DYAA 4FW2A 4DTUA 1BIUA 3PO4A 4DTPA 4E7KA 3CG7A 2FC0A 2XRIA 4DSLA 3O4QA 2FBXA 5J2NA 4KAZA 3NH1A 3THVA 2AJQA 3V9UA 3ULDA 1S6PA 3AVHA 2Z1GA 4M42A 2BGGA 4LSNA 3ITHA 1TAQA 4C8KA 1J9AA 1VSDA 4FZZA 1R0AA 2E4LA 2B5JA 5KGXA 3NAEA 3KKSA 5C42A 1RT2A 3MECA 4DSEA 4Y1DA 3OYMA 3ZSOA 3AA2A 3F9KA 4NYNA 4K8XA 4J2EA 4Z4GA 4CEBA 3P1GA 3HSTB 3SUOA 3V9ZA 4LSLA 5J2QA 4CCHA 1C0MA 2DFEA 4BWMA 4J2AA 3VQ8A 3AO5A 4DMNA 4BDZA 4CJVA 3KLEA 2HMIA 2QK9A 3EY1A 4CFCA 1RTHA 1IG9A 3ZSVA 3NH2A 4FLYA 4FJ8A 1FKPA 3V6DA 4CEAA 2G8WA 1SUQA 3RTVA 4KI6A 3VQEA 3OS2A 3DOKA 3AV9A 1ZBHA 1S1VA 4B9LA 1VSMA 1EETA 1NOZA 3OYBA 5KRTA 4R5PA 4CGHA 3F73A 4KTZA 1LAVA 3FFIA 4B9TA 4CJPA 1IO2A 4N5SA 4C8OA 2YKNA 4F2SA 2Z1IA 1NJWA 4F2RA 1A5XA 3LALA 3HVTA 2BDPA 3BDPA 2HHXA 1RT7A 4PUOA 5JS1A 4GVMA 5FDLA 3B6OA 3ZSRA 4RW7A 3L3UA 4FJNA 1BGXT 4OKJA 2PYJA 4PY5A 4F3TA 4HUFA 2DTUA 4RW6A 4W5NA 2X78A 4DTNA 4GW6A 4O44A 1VSEA 2D0BA 5E41A 4KHUA 3KLIA 4B9SA 3AVNA 4H8KA 3OYIA 1KVCA 5SZTA 3K5MA 1NOYA 4KHSA 4MFBA 2G8IA 4FLTA 4DQIA 1QHTA 3HL8A 3K57A 4CJSA 3S3MA 1TK0A 2YHBA 4FZYA 1JLQA 1O1WA 2G8VA 1VSIA 4CJQA 1S9GA 4CHNA 3SUQA 3MXMA 1HMVA 4CF9A 1XHZA 5EU7A 1RT3A 1JXEA 4AILC 4KO0A 1KLNA 3OYJA 4CJKA 3SQ0A 1RTDA 1CZ9A 3C6TA 1RT4A 4CK2A 1LWFA 3ASMA 1C1BA 4FM0A 3S3NA 1RDAA 1XHXA 3EYZA 1SL2A 3AA3A 4ELUA 3ZSXA 1TGOA 5HRRA 3JYTA 5FROA 3WNEA 2G8HA 3KLHA 4CGDA 3HP6A 3TARA 4BE1A 4FJJA 1U47A 2E6MA 3DLEA 4CJLA 4N76A 2A1RA 1RBSA 1RT5A 5K14A 4KHYA 3OJSA 3K5LA 4MQ3A 1YT3A 1QSYA 1BI4B 3DRRA 4LD0A 3DOLA 3NFAA 1LWCA 4HCBA 2F8SA 4CEEA 4CJRA 4E1MA 4FCYA 4LH4A 4JLHA 4FK2A 1UWBA 2FBTA 3LZIA 4C8NA 2HVHA 4N47A 2Q3SA 4L8RB 4CK1A 2HB5A 4FZXC 4IBNA 4I2PA 4RG8A 4FJ9A 4CF1A 1L3SA 4NCAA 4CECA 1RT6A 1RILA 4DSJA 1DLOA 4CHYA 3KKRA 3M8QA 1ASWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DLRA 1KRPA 3PX0A 3P4IA 4AHSA 1CXUA 4EHTA 5C10A 4CZGA 4PHTX 5HP1A 4H0TB 4JKBA 3TSUA 2O8CA 4C1NI 1J5OA 5AQIA 4E3SA 3KWGA 1KCFA 4B1WB 4GVEA 5CZ2A 2G8FA 2QTDA 1ATSA 4OLAA 1OH6A 3DJCA 1BIZA 3L2WA 3HRGA 2E2QA 3HI0A 1W9HA 2NZTA 4BROA 4PWDA 2HHWA 1MU2A 1HPMA 4YOWA 4QS7A 1NK8A 4G9ZA 2HHTA 4BACA 1OH8A 1JJ2M 4JI1K 3S9HA 3DLHA 2QKBA 3OS1A 1VQ6N 1XC3A 1ZBFA 2HSTA 3FR0A 4CJ3A 3G4SN 4ICLA 4QS9A 3AVIA 2P9SA 2HNYA 3T1YK 4YHHK 4U7BA 3U3GA 3HVRA 1BA1A 3CD6N 2UYTA 1CZBA 5C0YA 4DLEA 2PAVA 1VRUA 3VQPA 2CGKA 3B6PA 3ZT2A 1L3VA 1GOBA 5C2DA 1TYQB 1QQMA 4FWMA 1T44A 1SKWA 1CLQA 2HHUA 4B1VA 3SV4A 4CHPA 5KPZA 3SJJA 4KH5A 3L2RA 4FJGA 3KZBA 4FVMA 1S1WA 3VQ4A 2D0AA 5DMRA 4MO5A 1NK4A 4DFPA 4KHQA 3CM5A 2QWOA 2D0PA 3QMLA 4H4OA 4BC4A 3OYCA 3SAHA 1BG3A 3QDKA 4OX9K 4FOEA 3ZT3A 3ZX2A 3HYFA 5JVGL 4B8AB 1JXBA 5CYMA 2NRTA 4BRAA 4EIAA 4C8LA 4BRLA 4YDUA 3ZSZA 4RW4A 3LWLA 4AHUA 1KXPA 1D9DA 3UIQA 4OPKA 1S5JA 2ZM6K 2NRXA 3J81O 3D2EB 3U9DA 1YTAA 2UUCK 4FWPA 4FW1A 5AQHA 3ID6A 4HHTA 3JAMO 3LDPA 5AQYA 4BG8A 1N32K 3U4LA 1C0GA 2NRVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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