3ZSQA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-06-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zsqA00
4E0DA 1CLQA 3DOLA 1XI1A 1TKTA 1B9FA 3VQ6A 3MXJA 3ZCMA 3QEPA 3PX0A 2HNDA 3ZT0A 4CGJA 3OJUA 3V1RA 4I9QA 3C6TA 2XO7A 3JYTA 5KGWA 2VWKA 4XIUA 1WSEA 2XY6A 1EKEA 4CGHA 4CF2A 4CJQA 1X9SA 1W0HA 2RF2A 3T19A 1RT7A 4CFBA 4GW6A 4DTPA 3OYMA 2BDPA 1Z26A 5KTQA 4KI4A 4DQRA 1R0AA 2G8WA 1NK9A 1NJYA 3MXMA 2FBTA 2FBYA 3HPGA 4O0JA 1RT3A 4KI6A 1HJRA 3VA0A 3QINA 4I2PA 5KI6A 3RR7A 1S6QA 3LZJA 5J2PA 1D9DA 4FZXC 3I8DA 4HUGA 4KHSA 4LH5A 3SPZA 4CEFA 2KZZA 4DQQA 1KFDA 3U6FA 4F4KA 4CHYA 2IDOA 1FK9A 4DS4A 3OYHA 5FRNA 1TKXA 4CIEA 4FLYA 2HHWA 3O3FA 4FK4A 3ZT1A 1NKEA 3BGRA 3AVCA 3ITHA 4CK2A 2P5GA 1KLNA 1VSLA 3AVAA 4F8RA 1VSHA 3KKRA 3LP1A 1KFSA 1CZBA 1KVBA 1G15A 1HRHA 1O1WA 2GUIA 1WAFA 2RKIA 3CYMA 4CFDA 1TKDA 1XC9A 1JL1A 3OYJA 1JLQA 1T03A 2G8KA 3NAEA 3K5MA 3SI6A 5SZTA 3TARA 3VQ7A 1X9WA 1ASWA 4DQIA 3RRHA 2B5JA 4FM2A 4B3OA 1FXXA 4HUFA 1JXEA 4DSLA 4ELUA 1NK7A 5HP1A 3K2PA 4FXDA 1RTIA 3DYAA 1HQEA 3C95A 4CJLA 4CK1A 3RMCA 5SWMA 3M8PA 4B8AB 3OYLA 1NK4A 4RW6A 1NJZA 4KTQA 4H8KA 3OYCA 1L3TA 2FC0A 4LY7A 2Z1JA 3OYGA 4BE2A 1RBVA 3RR8A 4H4MA 4E7JA 4Z4HA 1SKWA 1L3SA 4CFCA 4OPJA 4N56A 3TR8A 4CEOA 3K5NA 1YVUA 3OYIA 3MEDA 1TAUA 4W5NA 4ELTA 4ZTFA 1TK8A 1VSEA 1Y97A 1UAXA 2IAJA 1WSHA 3F9KA 4I2QA 1SKSA 3VQDA 1UA1A 3LP0A 3SQ0A 1RT6A 3C94A 4CJSA 3EYZA 3OYAA 4OKEA 1IH7A 3VQPA 1RTDA 1QSYA 3DLRA 3V9WA 3OS0A 1UOCA 1IKYA 3LALA 4IBNA 1NKCA 4OLAA 4DSKA 1VSIA 3PO5A 3NHGA 3HVTA 1HYSA 3WNFA 4IG0A 5CZ1A 3OY9A 3PX4A 4NCAA 1IKWA 1REVA 1HQUA 4OGCA 4CJWA 4HTUA 1NJWA 4KHQA 5CYMA 5FRMA 2DY4A 1RT2A 3MXIA 2PZSA 3M8QA 1C0UA 2HNYA 1U4BA 2P5OA 4DTJA 2VG6A 4CECA 2YNFA 5T7BA 3AO4A 4Z4IA 4O44A 4E1NA 3ISNC 3L2QA 4B9LA 3CG7A 2QKKA 3L2RA 2G8IA 3KD5E 1CXQA 4LD0A 1TK0A 2ITGA 4IKFA 4BE1A 4F3TA 4FJMA 2HHTA 4LSNA 1BISA 3DLBA 4FJLA 3L2WA 1LWEA 4NYNA 2R7YA 1D9FA 1RTJA 4NCBA 2IGIA 4EZ6A 1VSDA 5J1EA 3VN5A 1C1AA 2JGUA 1D5AA 4O4GA 2W42A 2F96A 4DU4A 1BCOA 4KAZA 4DFJA 5HRRA 4RW4A 1ZBLA 1S1UA 3ZSOA 1U45A 1TL1A 4CEEA 3LPTA 4ID5A 3DM2A 2BE2A 1D8YA 3QETA 1QHTA 1VSKA 4FLTA 4M3YA 3NFAA 3NE6A 3KLIA 2IS3A 4DSEA 3HL8A 3S9HA 5JS2A 1SKRA 4OPKA 4UQGA 4R5PA 3U3YA 1ASVA 1EETA 1RT1A 2D0BA 4FW2A 3M8RA 1FKOA 1VRUA 4E7HA 4J2BA 2P51A 2OPQA 1SL2A 1CZ9A 3HSTB 3VQEA 1JLCA 4Z4CA 3OYBA 3ULDA 1A5WA 4CJ3A 5I42A 1KRPA 4KHWA 4Y1DA 3C6UA 3PY8A 3LAKA 4K8XA 3NDKA 2YHBA 3LP3A 4KHNA 1A5VA 4TSXA 3VQ9A 4CJRA 4BDZA 1K6YA 1S1WA 5DMRA 3MAQA 3RRGA 3AA2A 4OJRA 3VQQA 3K5OA 2YKMA 1RDDA 3LANA 4FK2A 4CHPA 4KTZA 2D5RA 4E7IA 2OPSA 1NKBA 4KO0A 2E6LA 3TAFA 2A1RA 4HCBA 4CGFA 4FCYA 2HNZA 4J2AA 1XHXA 5I3UA 4KPYA 4Z4FA 3KD1E 2KFZA 1C0TA 4F2SA 2HW3A 4OVLA 5EU7A 5E41A 1U04A 4FJIA 1JLEA 2Z1IA 4DF8A 4KFBA 4EP5A 3L8BA 4L8RB 1A5XA 4QCLA 2OPRA 4BDYA 3DLKA 4E3SA 2DFHA 3VQBA 1CXUA 4FJ7A 3CFRA 3BDPA 4CGIA 3V1OA 4FM0A 2G8VA 1T05A 3SNNA 1ITGA 1KLMA 2YKNA 3PUFA 3SV3A 3NH1A 3SUOA 3KJVA 4DSIA 1TAQA 3IS9A 3LP2A 4AHSA 4E1MA 1Z25A 4B9VA 4KB1A 4M3UA 1RT5A 2YNIA 4AHVA 3AA4A 2X6SA 1I39A 3O3HA 3KK1A 2G8UA 1C1BA 2PY5A 1LAVA 1ZBFA 3K58A 3ZT2A 1GOAA 1QSLA 4RW9A 3ASMA 1B9DA 1VRTA 2JLEA 5C42A 2VWJA 1U48A 1BCMA 1S1TA 3FFIA 3OYKA 1VSMA 3H08A 2A1SA 2QKBA 4KHUA 4NCGA 3SJJA 1RBTA 3A2FA 3QIPA 3SQ2A 3S3NA 3OYEA 1WAJA 1KVCA 1SL1A 1WSIA 4J2DA 2HHUA 1KVAA 2HB5A 2G8FA 3SPYA 3DMJA 5JS1A 4CEBA 2HMIA 3SUPA 4C8KA 4M3ZA 3L3VA 4LSLA 4B9UA 2HHSA 4DTRA 4DS5A 3AVLA 3K57A 4JRPA 2Y1IA 2I5JA 1BIZA 3AVKA 4CHQA 4M3RA 4CJFA 5K14A 3V9XA 3SCXA 4BACA 3DLEA 3PV8A 1TVRA 1N5YA 2NUBA 4CEQA 3LZIA 1HNVA 4EZ9A 3B6PA 3QIOA 3NH0A 3JSMA 3SZ2A 3HYFA 1IO2A 4I9LA 3AV9A 4HUEA 4DTSA 3QEVA 4DWIA 2QK9A 4KRFA 4CIFA 2HVHA 3ZSWA 3WNGA 3UIQA 5CZ2A 3ZSZA 4IG3A 3ZSVA 5KGXA 4FLWA 2YNGA 3V9UA 4OKKA 3DI6A 3V1QA 1QSSA 4FM1A 2QXFA 4DSFA 3TAPA 1RDCA 3ALYA 1RDAA 4G1QA 3NF7A 3VQAA 4HVJA 4PY5A 1QQCA 3AVMA 3V6DA 3WNHA 3DRRA 3NCIA 1J5OA 2G8HA 1JKHA 2BANA 1XWLA 2XHBA 4DQSA 1SUQA 4AHCA 1RTHA 4CJUA 3HPHA 4M42A 2EHGA 4OLBA 3NGIA 5J2MA 3DLGA 3LPUA 2LSNA 4CF1A 4E7KA 3I0SA 1C6VA 3AVHA 4IDKA 3O4NA 4ID1A 3V4IA 3I0RA 3OS2A 2X78A 3MEEA 1HYZA 3ZSXA 3LWMA 4ZTJA 3NGZA 4JRQA 3KTQA 1TV6A 1VSJA 1L5UA 4N41A 2PYLA 1MU2A 2BGGA 4KV8A 4GMJB 1IKXA 5HRNA 4CJTA 1TKZA 5DK5A 4CESA 4CGDA 3L2UA 2B6AA 2E6MA 4RW8A 4DLGA 4CFAA 3V9ZA 4IFYA 4CJKA 1XHZA 1U47A 5C25A 1J9AA 4AH9A 1RT4A 3AVIA 2VG5A 5C24A 4FW1A 4CEZA 1TK5A 2IOCA 3QEXA 3OYDA 3P1GA 2YV0X 4B8CA 4DU3A 3VQ4A 3QEWA 4DSJA 4K8ZA 4N47A 1LAWA 4CJ4A 4BDPA 4CJPA 2ZE2A 2EX3A 2ZQBA 3CM5A 4OKJA 3S3OA 4CCHA 1QS4A 4DTUA 4DU1A 4CHOA 4B9NA 4DMNA 4C8OA 3SQ1A 3TI0A 2P1JA 3AVBA 2PYJA 3QERA 1RBRA 3NF6A 1BQNA 3OYNA 4CF9A 2YHAA 4KKOA 1EXQA 1U49A 3RWUA 4QOZB 1BIUA 1QE1A 2KFNA 3VQ8A 1NK8A 3NH2A 1ZYQA 4DF4A 3IG1A 4F3OA 1Q9YA 3RMAA 4JLHA 1S1VA 3O4QA 2GBZA 3THVA 1ASUA 3MEGA 1S9EA 3NF9A 3KLHA 3HPOA 3SV4A 3P83D 1NOZA 4CJVA 2KW4A 4FJGA 4OGEA 4AHRA 2DFFA 1WLJA 3M8SA 3HK2A 3AO2A 4WE1A 4CHNA 2HHVA 3HXMA 1ZBHA 2ATQA 2OYQA 1S9GA 1L3UA 3SYZA 1TL3A 4BWMA 4DLEA 1UA0A 4M41A 1BL3A 2HHXA 3TAEA 3D45A 3KK2A 1SV5A 2DFEA 4CK3A 4BE0A 3EY1A 4DTXA 1T7PA 3V81A 4CIGA 4Q0BA 1RBSA 1ZBIA 1JLGA 3PO4A 1Q8IA 3P5JA 3HT3A 2XY8A 1JLAA 2D0AA 2Z1GA 4FJJA 4O0IA 1YT3A 3ZSRA 1IG9A 4KB0A 3HM9A 3ZT4A 4B9TA 2XRIA 3S3MA 1DLOA 1JL2A 3ZT3A 3ZSYA 3O3GA 3IRXA 3V9SA 4KHYA 4B08A 4C8NA 4DFMA 1YTUA 4Z4GA 4DFPA 5J2QA 3NGYA 4ZHRA 2X6NA 1VK0A 5FDLA 3DRPA 4CGGA 2VG7A 1RCHA 1WSFA 4H4OA 4N5SA 4CJEA 4O5BA 4DG1A 5HLFA 3E01A 4IFVA 2F8SA 3RMBA 4PA1A 5FROA 4F2RA 4YNQA 5KRTA 3K59A 3B6OA 3HO1A 4ICLA 4FK0A 2D0CA 1FKPA 1VSFA 2Z1HA 3G0ZA 4M3XA 2KTQA 4FJ5A 1WN7A 4RG8A 3LAMA 4JS5A 4HCCA 3L2VA 1HYVA 4FYDA 2ETJA 4CHZA 4MFBA 3L3UA 1GOBA 3PX6A 1Q9XA 2OA8A 2DTUA 4Y1CA 3IAYA 4HHTA 1RDBA 1TGOA 1HMVA 4AILC 3RTVA 4PWDA 3WNEA 4CF0A 4FLXA 2FBVA 3T3FA 3TWHA 1J54A 4O55A 5HBMA 3LDSA 3SUNA 4KTWA 3TAGA 1HNIA 2O4IA 2WOMA 3QO9A 3MECA 3AVJA 4AHUA 1X1PA 1LWCA 2GV9A 4QAGA 1BGXT 4M45A 1N6QA 4E7LA 3QEIA 3HJFA 4JS4A 4M3TA 3KKSA 4W5QA 4CF8A 1JXBA 4BWJA 4CJ5A 1BI4A 5HRPA 1T8EA 4FZZA 4FLUA 3TAMA 4B9SA 2HHQA 1QTMA 2B4JA 3SUQA 1C0MA 3AO5A 5KRSA 4YFUA 4FJXA 4DTOA 5HRSA 4M3WA 2X74A 1KSPA 4NYFA 5CYQA 3QNNA 1L3VA 2HVIA 2RPIA 1S6PA 4CE9A 4W5RA 1WSGA 2YNHA 2ZD1A 3HP6A 1NK0A 3DOKA 5J2NA 1LWFA 1BQMA 1NK5A 1WSJA 4FLZA 4Z0UA 3AVNA 4DFKA 3CFOA 3VQCA 4W5OA 3AVGA 1S5JA 1F21A 4E19A 4CERA 1YTAA 4GVMA 1NOYA 3NBPA 4CEDA 3TAQA 3HP9A 1W9HA 3OVNA 5HROA 4ELVA 4J2EA 3TABA 1RILA 1GOCA 1WNSA 3OJSA 3CFPA 1RBUA 4FJHA 4AHTA 2O4GA 1IKVA 5CY4A 4DTNA 3RMDA 4KREA 1HPZA 2F8TA 3U3GA 1I3AA 3CM6A 1S1XA 4W5TA 4Z4EA 3KLGA 1C1CA 3VA3A 1ZBUA 3QNOA 2XY7A 4FJKA 4CEAA 3DLHA 3KIOA 3ZSQA 2AJQA 3AA3A 1LW2A 1DTQA 3DRSA 4RW7A 2XY5A 4FVMA 4FLVA 1SL0A 2IC3A 4PQUA 1B92A 1KTQA 4MQ3A 3QLHA 4I7FA 4N76A 1JLFA 1UWBA 2FBXA 3EZ5A 3K5LA 3AO1A 2OZMA 4FZYA 2E4LA 1EX4A 2RN2A 5D3GA 3KLEA 4C8MA 1LW0A 3HVRA 3QESA 4Q5VA 4FJ8A 3NF8A 2Y1JA 1DTTA 2OPPA 4E89A 1RNHA 3G10A 1NJXA 1BHLA 1EP4A 3LWLA 1JLBA 1KCFA 2KQ2A 2WONA 3CQ8A 1NK6A 2KZMA 4DTMA 3VQ5A 3OYFA 1LV5A 3KK3A 2Q3SA 3AA5X 4FJ9A 3TANA 3SQ4A 3KLFA 3AO3A 4EP4A 3D0PA 3F73A 1BI4B 3T1AA 4C8LA 4DQPA 2OZSA 4LH4A 1J53A 4B9MA 4FJNA 3AVFA 4PUOA 3OS1A 1X9MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D0OA 5TKYA 4JI0K 4WQ5C 1XI1A 1B9FA 4KH5A 2FXUA 5AQHA 3O8MA 3VEVA 1EKEA 4CGHA 4K43A 1W0HA 3QBWA 4CFBA 4BRIA 3HI0A 3THYB 4KI4A 4LF6K 4BR4A 1NK9A 4BG9A 3QDKA 2F9TA 2IIRA 4O0JA 3VA0A 3QINA 5J2PA 5E26A 3RSEB 3I8DA 1YIJN 4LH5A 4ILGB 3L0QA 4CHYA 3H6EA 4DS4A 3L4IA 5BRHA 4FLYA 4JV5K 3ZT1A 2CGKA 4CD3A 4CJ7A 2P5GA 1T44A 4F8RA 3G6EN 2RKIA 4BR7A 4C23A 1Q82O 2G8KA 3VENA 2KKZA 5ADXH 4DQIA 1ASWA 3TSQA 4B3OA 3WUHA 4DSLA 4ELUA 5AQWA 3B8AX 3DYAA 3C95A 3ZYYX 4CJLA 5E84A 3M8PA 4B8AB 4KTQA 1BUPA 1KAYA 4H4MA 1SKWA 3SAHA 2IVNA 4JK8A 4LF8K 3DJCA 3E66A 4WQ5A 4ZTFA 1TK8A 1VSEA 1UAXA 4DKWA 3SQ0A 1TUYA 4AF1A 3OYAA 4OKEA 2HBJA 2WUSA 3FLCO 3LALA 3RVCA 1NKCA 2W6LA 3PO5A 3NVMA 3HVTA 3OY9A 3I8BA 1IKWA 4W5NA 5FRMA 1NJWA 3E9LA 3M8QA 3WXJA 1U4BA 2OYQA 4DTJA 4CECA 3MN5A 3L2QA 3CG7A 3VESA 4LD0A 1W97L 3HOTA 2HHTA 5AQMA 1BISA 1ATNA 4NCBA 1RTJA 5AQSA 2IGIA 1K9MO 5JMVA 5J1EA 3VN5A 1JCGA 1C1AA 2JGUA 1D5AA 4DU4A 2F4VK 4KH4A 3MX2A 1QQNA 1S1UA 2FF3B 4CEEA 3LPTA 4ID5A 2BE2A 4BGAA 3H1QA 3DXMA 2NRXA 3NFAA 2FLOA 2P9SA 3L6QA 3S9HA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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