3ZSWA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zswA00
4HUFA 1VSEA 4BDZA 3O3FA 4KO0A 2ZQBA 5SZTA 2G8VA 1VRUA 4LY7A 1BISA 1CXUA 1UWBA 3T1AA 1ASWA 2B6AA 2Z1IA 4KTWA 4DTUA 4FJGA 4NYNA 4KHSA 5HBMA 1J53A 1Q9YA 2EX3A 2Z1JA 4KTZA 3NF6A 5C24A 4C8NA 3KJVA 3OVNA 4AHVA 3NH1A 3L2WA 2KZMA 1WSFA 5FDLA 3OYHA 4Y1DA 1RT1A 3TABA 3HYFA 2IS3A 1TK0A 3AO4A 2HMIA 4CFCA 4CGFA 3V6DA 3PO4A 1QE1A 2OZSA 1S6QA 4RW6A 3VQCA 1WNSA 4YNQA 2D0BA 3HVTA 3AVKA 3LZJA 1X9SA 2G8IA 4DSIA 5D3GA 2KQ2A 2O4IA 4O44A 4DQRA 1RBSA 3V9WA 1SL0A 1N6QA 5KGWA 3PX6A 3AV9A 4IBNA 4EP4A 3DYAA 4MFBA 4FW1A 1JLAA 1JKHA 3I0SA 3ZSRA 1KFDA 4PY5A 3QESA 4NCGA 3L3VA 3P5JA 3HJFA 1NK5A 1KVBA 3KK1A 1X9WA 3DLHA 2NUBA 3DLBA 3WNFA 1VSLA 4W5NA 3CFPA 3SPZA 4FXDA 2I5JA 3L2UA 1S9GA 1WSEA 4M41A 3ZT3A 4CEFA 1JLQA 4F3TA 4KFBA 4FLVA 1F21A 1JLFA 2HHVA 2IAJA 4FLTA 3TAGA 1RDBA 1SV5A 1X1PA 3NF8A 3VN5A 1C1BA 4I9LA 5KRTA 5KI6A 1TK5A 3NH0A 2OZMA 1NJZA 3HXMA 3M8SA 4KI6A 4CEBA 4W5QA 5I42A 1NK6A 3TR8A 3DMJA 1WSGA 3NGYA 4KHQA 3AVFA 4PQUA 4HVJA 3QEPA 1UAXA 2Y1IA 3K57A 3MECA 3ISNC 3TAQA 2VG7A 4CJ3A 1HYSA 1XWLA 2E4LA 3ZSVA 3QEVA 4ELUA 4FZZA 3KLGA 3THVA 3L8BA 4CF2A 3RMAA 1T7PA 2PZSA 3IAYA 1BQMA 2XY5A 4CF8A 3SV4A 4AHSA 2VWJA 1EKEA 3HSTB 1TK8A 4EZ6A 4KAZA 2KZZA 3VQ8A 4DTJA 3ZSXA 1C0UA 1VK0A 5C42A 1Z25A 2DTUA 4CF0A 1FKOA 3ASMA 1KLNA 5C25A 3AVGA 3NGZA 1KSPA 2ITGA 3HL8A 1UA1A 2P51A 1FKPA 4RW4A 1I3AA 3V1OA 4QCLA 1BQNA 5JS1A 4C8MA 2HHQA 5HROA 3OYKA 4DLGA 2HNDA 3ZT1A 1GOBA 2RF2A 1Q9XA 3E01A 5T7BA 3CFOA 3IS9A 4CFDA 3RRGA 3VQ4A 1J9AA 4KKOA 4Z4HA 1A5VA 3FFIA 3NF7A 1O1WA 1ASUA 4CE9A 2P5OA 1S6PA 3TARA 4FJKA 5HRPA 4IFYA 2GUIA 2HVIA 4ID5A 4KB1A 4KI4A 1B9FA 3SUQA 4IG3A 2PYJA 1ITGA 2HHSA 3RMDA 1R0AA 4RW9A 1I39A 2VG6A 1KRPA 3DRSA 1TKZA 4N41A 1JLCA 4AHRA 3AA4A 1RT6A 1YTUA 1KVCA 4B9LA 3KLFA 3OS2A 4B9MA 1ZBFA 4AH9A 1VSJA 2YNHA 2ETJA 4CECA 1QHTA 4DG1A 3KLEA 4BACA 2F8TA 3NDKA 3HO1A 4KTQA 4KHYA 1TAQA 2ATQA 4FLUA 2D0AA 1XC9A 2HB5A 1KVAA 4F3OA 3AA2A 2RN2A 2FBTA 4FW2A 4H4OA 3D0PA 4Z4EA 5I3UA 1VSDA 1S5JA 4OPKA 3MAQA 2F8SA 4B3OA 3DM2A 3LP0A 3PX0A 3ITHA 4FZXC 3TI0A 4O55A 4NCBA 4KV8A 3KLIA 1CXQA 4BWMA 1U4BA 1JLBA 3DLKA 5FROA 3C6TA 4FLYA 3AVAA 1U48A 3AA5X 1RBTA 3DLEA 2D5RA 3VQAA 4FM0A 1U49A 2EHGA 1WSJA 1TV6A 3U3GA 4F4KA 4E7IA 4M42A 1VSFA 3SNNA 3ZSYA 1FXXA 3LDSA 3KKRA 4E0DA 2A1SA 4CFAA 2X6SA 3AVBA 4DFJA 4IKFA 2QKBA 3DRRA 1U47A 2BGGA 1NJXA 2FC0A 4KHNA 3B6PA 2IC3A 4N47A 1IKWA 4DTOA 4DF8A 4OKEA 2P5GA 4C8LA 1S1WA 4F2RA 2BE2A 1VSKA 3WNGA 2QXFA 3ZT0A 4FK4A 1IG9A 3AVNA 4CJPA 3M8PA 1EX4A 3S9HA 1LW0A 3LPTA 3KK2A 4BE1A 2XHBA 4CEAA 4B9TA 1CLQA 3HT3A 3DLRA 2G8UA 4H4MA 3QERA 4CGHA 3JSMA 3M8QA 3VQ9A 4YFUA 1W9HA 4DSFA 2IDOA 4IG0A 3KTQA 1SL1A 3IG1A 5SWMA 4Q5VA 1NK8A 1BIUA 4DQSA 4Z4IA 1BI4A 5HRNA 3F73A 1JXEA 4OVLA 3QO9A 3RRHA 4Y1CA 3PX4A 5J1EA 4FJIA 3OJUA 3V9UA 1VSMA 4DU4A 4ZTJA 4ICLA 3LP2A 4DTMA 2G8HA 1L3SA 4AHTA 5KGXA 3V81A 4DSJA 2HHTA 1XHXA 2PYLA 4ZTFA 4M45A 4OLAA 3OYEA 2HHWA 4DQQA 4B9VA 1ZBLA 3AVJA 4CHNA 2KFNA 3ALYA 4AILC 4AHUA 4ZHRA 4DQPA 3VQDA 3SQ1A 1T05A 1RBUA 2Y1JA 4DSLA 2HHUA 2DY4A 4G1QA 1EP4A 4KB0A 3ZCMA 3MXJA 4GW6A 4O0IA 3BDPA 4M3WA 3KKSA 4KHUA 4B9NA 1X9MA 4CF9A 3OYBA 1CZ9A 3AO1A 3QNOA 4DSEA 2WONA 4FCYA 1C1AA 3SUOA 4KRFA 2P1JA 4RW7A 4Z0UA 1JL1A 3WNHA 4CERA 3U3YA 4CGIA 1LV5A 1BI4B 1WAJA 1TGOA 3NH2A 4JS5A 1Y97A 4E7HA 4XIUA 4CJ5A 4NYFA 4B8CA 3DRPA 1RT3A 4ELVA 4MQ3A 4DWIA 1LWCA 4CEZA 3OYIA 2G8WA 1VSHA 1RT4A 1KLMA 1RT2A 2DFEA 2XRIA 2YNIA 1NOZA 3CFRA 4Z4FA 3OJSA 4E7LA 4CHPA 3SPYA 1DLOA 3G10A 3NF9A 4GVMA 3HK2A 1K6YA 4LD0A 4CIGA 1RNHA 1RBRA 5KRSA 2FBXA 3QIPA 4CF1A 4DTNA 3T3FA 2KFZA 1Z26A 4I2PA 4RG8A 2PY5A 2VWKA 3AO5A 4E19A 4CIEA 4FJ7A 1Q8IA 5CY4A 5CYMA 4J2AA 4FK2A 1HYZA 3ZT2A 4DU3A 4F8RA 4OKKA 3TANA 1LW2A 3SQ0A 1XI1A 1J54A 3OYNA 4FK0A 3MEEA 2RPIA 3RMCA 3PO5A 4FJXA 2XY8A 4CIFA 1W0HA 4BE2A 4O0JA 3OYCA 3TAEA 4M3TA 3V9XA 3VQ7A 3OYJA 2X78A 4CGDA 3KD5E 1HYVA 3RWUA 4FYDA 4IDKA 3NAEA 2BANA 5J2MA 4N5SA 1L5UA 3HPGA 4FM1A 1LWEA 3IRXA 4O5BA 2X74A 4CJTA 4CJKA 4F2SA 1RT7A 1TKXA 3OYFA 2YHAA 3LP3A 4I9QA 2VG5A 4DF4A 1CZBA 3HP6A 1S9EA 3QINA 1WSIA 4JLHA 1VSIA 2OA8A 1JLGA 2B4JA 5CZ1A 2IOCA 5FRMA 4ID1A 2HHXA 2OPQA 3MXMA 1RTHA 3QETA 4CHQA 1BIZA 3EZ5A 3AA3A 4B08A 1QS4A 1S1XA 3KLHA 5J2PA 4FZYA 1RT5A 4DU1A 3ZSZA 1RTDA 4QOZB 1J5OA 3LP1A 5JS2A 3V1QA 3U6FA 4CJQA 5HLFA 4CGJA 3KIOA 5CZ2A 3MXIA 4E1NA 3O4QA 2HNZA 2Z1HA 4M3XA 1D9FA 3HPOA 3VQBA 3SJJA 3CG7A 1YTAA 4CEOA 4CJLA 2O4GA 1DTTA 3BGRA 1WSHA 1HQEA 4CJVA 1TVRA 4CJRA 4UQGA 4E7KA 1NK9A 4TSXA 2G8FA 3OYLA 1NK7A 4PUOA 2HNYA 4HHTA 1LWFA 3ULDA 2RKIA 1KFSA 5HRSA 4FJLA 2OPSA 5FRNA 3VQEA 1HNIA 4BE0A 3AVLA 1NKEA 2Q3SA 1RTJA 4CJWA 1QTMA 1LAWA 1C1CA 4FJ9A 2W42A 4DS5A 2YNFA 4BDPA 5K14A 4GMJB 3PY8A 3G0ZA 2ZD1A 4CK1A 1C6VA 2OYQA 2Z1GA 4FJ5A 1S1VA 5HP1A 3QEWA 3P83D 4LSLA 3V1RA 1NKBA 2E6LA 3K5NA 1ZBHA 4M3RA 1KCFA 1IO2A 4CK3A 3VA3A 1GOCA 4Z4CA 3HVRA 1FK9A 1B9DA 3AVMA 3K5LA 4B9SA 3UIQA 3TAMA 4JS4A 2D0CA 3OS0A 1NJYA 3RR7A 3VQQA 2AJQA 1TAUA 3EYZA 4FJ8A 1B92A 3O3GA 3AVHA 3QEIA 1BGXT 4CGGA 3L2RA 1ZBIA 2GV9A 1EXQA 1LAVA 1RDCA 1YVUA 2YKNA 3NBPA 2JGUA 3QIOA 4AHCA 3NE6A 3MEGA 3SZ2A 3S3NA 1HJRA 1SKWA 4DFPA 1REVA 1IKVA 1BCOA 4CJSA 3VQ6A 3DI6A 2B5JA 3DOKA 3T19A 3VQ5A 4FLZA 4FJMA 1RDDA 4JRPA 2XY6A 1TKTA 4I7FA 1HNVA 3NCIA 3V9ZA 1L3TA 4ELTA 4L8RB 4DTPA 3LALA 4W5OA 4KREA 1WLJA 3NHGA 3TWHA 4HUGA 3SI6A 2DFFA 4CK2A 4J2BA 4E89A 4DTSA 1VRTA 2OPRA 3I8DA 3OYMA 3RTVA 3OYGA 4B8AB 3LANA 4CJFA 3D45A 3O3HA 3L2QA 4FVMA 4CHYA 3VA0A 4CCHA 4PWDA 1C0MA 3S3OA 4M3UA 1YT3A 1BHLA 3C6UA 4CESA 5J2QA 1XHZA 2FBVA 1TKDA 1L3VA 3P1GA 1T03A 1WN7A 3A2FA 3PUFA 3RMBA 4DSKA 2A1RA 1HPZA 4OGCA 4OJRA 4OKJA 3S3MA 4LH5A 1GOAA 2KW4A 1TL3A 4OGEA 3K5MA 1C0TA 1QSSA 1RDAA 1KTQA 1ASVA 3V9SA 2E6MA 4LSNA 3AO2A 5DK5A 3WNEA 3DOLA 4HCBA 1JLEA 3SQ2A 5CYQA 1UA0A 4DLEA 1A5WA 4N56A 1QSLA 1JL2A 4CHZA 4RW8A 3NFAA 4JRQA 1HMVA 3V4IA 3B6OA 3F9KA 3HM9A 3CQ8A 1NK0A 4Q0BA 4FLWA 1ZYQA 2QKKA 3HP9A 5HRRA 4BWJA 3ZT4A 1U45A 1SUQA 4M3YA 4OLBA 2WOMA 4WE1A 1EETA 3SCXA 4R5PA 3LZIA 4M3ZA 4W5TA 5EU7A 1A5XA 4PA1A 4CFBA 4FLXA 4E3SA 2G8KA 4IFVA 4HTUA 4I2QA 3C95A 3AO3A 4C8KA 2BDPA 4CJEA 1BL3A 2GBZA 5KTQA 2QK9A 4N76A 1DTQA 4J2EA 1S1UA 3OY9A 3JYTA 1NJWA 1RBVA 4LH4A 1IKXA 2F96A 1T8EA 2JLEA 2ZE2A 1G15A 3QNNA 1NK4A 4EP5A 2R7YA 4K8ZA 4KPYA 4DFMA 1N5YA 1IH7A 1SKSA 4DS4A 3SV3A 3OYDA 1NOYA 3EY1A 3I0RA 3K59A 3C94A 1SKRA 4O4GA 1U04A 2HW3A 4E1MA 1WAFA 1NKCA 3KK3A 2LSNA 5E41A 3DLGA 4HCCA 4KHWA 4Z4GA 1D8YA 3L2VA 3M8RA 3TAPA 3AVIA 4DTRA 3OYAA 1IKYA 3L3UA 4K8XA 1UOCA 4CJ4A 3H08A 3HPHA 4E7JA 4QAGA 4EZ9A 3ZSWA 3TAFA 2X6NA 4DMNA 1HQUA 1ZBUA 3ZSQA 4W5RA 3KD1E 2YKMA 2OPPA 3CYMA 3MEDA 4H8KA 1S1TA 4CHOA 1JXBA 4DFKA 2XY7A 3SQ4A 4FM2A 3PV8A 3SUPA 2DFHA 2FBYA 3ZSOA 4BDYA 3O4NA 1D5AA 4CEQA 3OS1A 2IGIA 3LPUA 1RCHA 3QEXA 1SL2A 5J2NA 1D9DA 2HVHA 1MU2A 3NGIA 1RTIA 4FJHA 3RR8A 2KTQA 3AVCA 2YNGA 1TL1A 3K58A 4CEDA 3VQPA 3K5OA 2XO7A 1RILA 3K2PA 3LWLA 3LWMA 4HUEA 1HRHA 4C8OA 4FJNA 1QQCA 5DMRA 4FJJA 4NCAA 3SYZA 4B9UA 4J2DA 2YHBA 1QSYA 3LAKA 3SUNA 3QLHA 4CEEA 1BCMA 2YV0X 4DTXA 4CJUA 4OPJA 3CM6A 4DQIA 1L3UA 3CM5A 3LAMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O9SA 1OH7A 2QI2A 5GADP 4LY7A 5JLHA 1NG9A 1ASWA 2Z1IA 3CJ1A 3ENHA 4CJ7A 5GAGP 2Z1JA 4C8NA 1SAZA 1ESVA 3KJVA 5DM6L 5AQSA 5FDLA 2A3ZA 3O08A 3UB5A 2IS3A 1TK0A 3R6MA 2GX9A 2HMIA 5E26A 4CZEA 3PO4A 3VTHA 3U9DA 2YI1A 3VQCA 3HVTA 2G8IA 4H0TB 4FWPA 4DSIA 3MMVA 4DQRA 1N6QA 2HBMA 3AV9A 3VF2A 4IBNA 4EP4A 3FZFA 1NMNA 4NXNK 4NCGA 3L3VA 3E9OA 4BRQA 3ZLJA 1VQ5N 4M41A 2HHVA 1FJGK 3TAGA 3LDQA 1WOQA 3M8SA 4H5TA 4CEBA 5I42A 3GG4A 3DMJA 1NGCA 4HVJA 2Y1IA 3MECA 3ISNC 4U7BA 1XWLA 3QEVA 4ELUA 4WQ4A 3RMAA 2PZSA 4DV2K 5AZIA 4CF8A 2VWJA 3HSTB 3P31A 3VEZA 1T44A 1C0UA 2DTUA 5LMUK 1KSPA 2ITGA 4F9OA 1DGKN 5HROA 4A2AA 2E1YA 3ZT1A 4UY8O 3A8YA 3E01A 4BC3A 1FW6A 4H03B 4M7XA 4CFDA 3IS9A 1J6ZA 4KKOA 4IOAL 1A5VA 2GTDA 1O1WA 5AQUA 4IFYA 2GUIA 1QVFM 3CC7N 4KI4A 3SUQA 4RW9A 2VG6A 4DCHA 1TYQA 4AHRA 4LFAK 3AA4A 1HKGA 4AH9A 2HSTA 1VSJA 3KLEA 2ETJA 1QHTA 1KAXA 3CC4N 4BACA 2F8TA 2UXCK 4B3RK 3CCVN 1XC9A 1KVAA 2F8SA 3DM2A 5EX5A 3PX0A 3ITHA 4O55A 3KZBA 1MA9B 4FOEA 3DLKA 3C6TA 1U48A 3DLEA 2YCHA 2Q97A 1IBKK 3H1VX 4E7IA 4M42A 1VSFA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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