3ZT3A

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 53
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zt3A00
4M3UA 3TAFA 1C0MA 4GMJB 3LP0A 1SL2A 4DTPA 1SUQA 4CFAA 3V9ZA 4KO0A 4DTOA 4BDYA 2VWKA 5HP1A 1T05A 1EKEA 5CYMA 3CYMA 4E0DA 1RTIA 1REVA 3K5NA 2G8UA 4KHNA 2IDOA 4CJ3A 2RN2A 4OVLA 4FJMA 1D9FA 1VSMA 2WONA 2HHQA 1Q9YA 3ISNC 4H4MA 3S3NA 3KIOA 4KRFA 2OPQA 1NKEA 2ATQA 4FLYA 4QOZB 4DQRA 4GVMA 3G10A 1UA0A 1NK5A 2ZE2A 1SV5A 2P5GA 5SWMA 3QLHA 3L8BA 3OYNA 4E3SA 3NH1A 3OY9A 1EETA 1HQEA 4LH5A 1G15A 2Z1JA 4I9LA 3HK2A 2HHWA 3O3FA 4IDKA 2HHTA 4W5NA 5I3UA 2ETJA 4IKFA 1YTAA 4CEDA 3PO5A 2DY4A 1JLBA 3NAEA 3VQ8A 3RMBA 2X74A 3SQ4A 1IH7A 3THVA 3DRPA 1S1UA 3KKSA 2BGGA 4HUGA 3B6OA 4YNQA 3HM9A 2FC0A 2XY5A 1HNIA 1LWEA 4BDZA 2HB5A 3M8QA 3L3VA 3O3GA 3ZSQA 4CGJA 3AO3A 1C0TA 2RF2A 3TAMA 3ZT4A 3DI6A 4FM2A 4FJ5A 4CGFA 3DLBA 5C24A 3NF9A 4DTXA 4B9TA 4CHPA 3SUOA 4I7FA 2JLEA 3KTQA 1QSSA 3DRSA 3AVKA 3A2FA 4FLUA 3K5LA 1BISA 4ICLA 4CJVA 3KLGA 5K14A 3HPHA 4AHUA 4DTSA 3L3UA 2HHUA 1HQUA 4C8MA 3QO9A 3AA5X 4KHWA 2FBXA 3HP9A 2XO7A 4DF8A 4CERA 3RMDA 3NH0A 2B4JA 1O1WA 2JGUA 4HUFA 4DQSA 3MEGA 5J2MA 3SPYA 3P83D 4LD0A 4DFMA 1X9SA 3VQ5A 4AH9A 2QKBA 2FBVA 1LAVA 2P1JA 2WOMA 2QKKA 4KFBA 3ULDA 4OGEA 2HVHA 1QTMA 3MECA 1BHLA 1SKSA 3PX6A 1BIUA 1ZBUA 3ZSRA 2D0BA 1S5JA 4H8KA 1IKYA 4KB1A 3LWLA 1J53A 1RT4A 3HO1A 2ZD1A 3V9SA 2D5RA 4DS4A 4Z4EA 4PY5A 3V1QA 5SZTA 3OJSA 3OYKA 2OPRA 3DLKA 4DSKA 2E6MA 3AVGA 4CJ4A 2G8KA 4FZYA 4DQPA 4ELTA 3V6DA 3VQ7A 3M8SA 3TANA 4F2SA 4EP4A 3AVHA 1HYZA 5DMRA 4CIFA 4CJTA 4FXDA 4Q0BA 4CK1A 3QNNA 4O5BA 1ASWA 3PV8A 1KFDA 1VRTA 4KREA 4LY7A 3MEDA 1DTTA 2DFHA 3VN5A 4CJKA 4FLWA 4FK0A 1YVUA 3KK2A 3K59A 4ID5A 3LDSA 3TAGA 4Y1DA 4KHYA 1KFSA 3CQ8A 3HYFA 1LWCA 1FKPA 2XY6A 3CFRA 4F2RA 4FJ9A 3I8DA 4DG1A 3SYZA 4YFUA 4HTUA 1KLNA 3PY8A 1D8YA 1C1CA 1RTHA 2Y1IA 3IAYA 4CF0A 3LZIA 1HJRA 2HVIA 3LANA 4DLGA 3VQ9A 1TKZA 1R0AA 4CEFA 4ELUA 3HXMA 3M8PA 5HRNA 3LZJA 2DFFA 3T19A 2IAJA 1NJXA 3T1AA 2D0AA 5CYQA 1S1XA 3S3OA 3OYLA 3UIQA 2KZZA 2Q3SA 1KVAA 2HNYA 4MQ3A 2PZSA 1VK0A 1TAQA 3P5JA 3L2QA 4DF4A 3S3MA 4KPYA 2VG6A 4NCBA 5CY4A 3NBPA 4N5SA 3QIOA 4XIUA 3L2UA 1S6QA 4EP5A 2XY7A 2YNHA 1L3UA 4KKOA 2A1SA 1RT5A 3AVMA 2EHGA 5FRMA 3AVBA 1S9GA 4R5PA 3SI6A 3SCXA 3AA3A 2QXFA 3AVJA 2GV9A 5J2QA 3DLHA 4F3OA 4M3ZA 3AO1A 4CGDA 1NK4A 4E1NA 2W42A 2F96A 3KK1A 4CEAA 1CZBA 2BE2A 3WNFA 4ID1A 2VWJA 5J2PA 1Y97A 3OYJA 3BDPA 3D0PA 1IKXA 2Y1JA 2I5JA 1NK7A 4J2DA 4PA1A 2EX3A 5CZ2A 4JRPA 3VQ6A 1C1AA 1ZBFA 4CEEA 4N56A 4BWMA 4OJRA 3B6PA 4FW1A 3OJUA 2PY5A 2R7YA 1TGOA 2YV0X 3NGZA 1JLEA 3HVRA 3T3FA 1TK8A 3ASMA 3ZSOA 2ZQBA 3C95A 5KGXA 1LW2A 1K6YA 3VQPA 1A5WA 1RBRA 3KD1E 1J9AA 1RDAA 2GBZA 3H08A 4UQGA 1VSKA 3SNNA 3AV9A 4RW7A 1RT3A 1JKHA 1HYVA 1BI4A 3ZSXA 4E89A 1XC9A 3I0RA 3DOKA 1NK6A 3QEPA 1JLQA 2YNIA 3L2RA 2HHVA 4EZ6A 3LWMA 1QS4A 2D0CA 4I2PA 3V1OA 4CJPA 3OS1A 4CEZA 3MXMA 3RWUA 4BACA 4FJKA 1C1BA 3SJJA 4B9VA 1U48A 4CJWA 1NKCA 1Q8IA 3ZT0A 3TABA 4Z4FA 1YTUA 1IO2A 2OPSA 3KK3A 3L2VA 1ZYQA 5C25A 4CHZA 2YKMA 1JLFA 4BE1A 4KV8A 1SKWA 1L3VA 2YHAA 3DOLA 3CM6A 4DSLA 1QSLA 3TR8A 4NCAA 1XHXA 3OS0A 3ZCMA 1S1TA 4GW6A 3QETA 1NJZA 2A1RA 2NUBA 5KRTA 3KLEA 3TWHA 4I2QA 1TVRA 1ASUA 4CFCA 4TSXA 3V4IA 1S9EA 1LV5A 3ZSZA 3VA3A 4Z4IA 3SUPA 3WNGA 3SZ2A 2G8HA 1JLGA 4DMNA 5C42A 4HVJA 4L8RB 2X6SA 3U6FA 1WNSA 4HCBA 2KTQA 3AA2A 1BL3A 5CZ1A 3VQCA 4AHTA 4BE0A 4PWDA 4CFBA 3OYDA 4BE2A 4AILC 3TAEA 1TAUA 4FLVA 4DU1A 1CZ9A 4FVMA 3K5MA 3RR8A 4M3XA 1RT2A 3OYFA 4IG3A 2VG5A 1IKVA 1RT7A 1Z25A 3DYAA 4FLZA 4J2AA 3BGRA 1UOCA 3VQ4A 3SUNA 4CCHA 1WAJA 1RBTA 4KHQA 4FK4A 3LP1A 4DTRA 4HUEA 2F8SA 5E41A 2OZMA 2B6AA 1WSEA 1D9DA 1KVBA 2LSNA 2E6LA 1VSLA 1VSIA 4IFYA 4DSFA 1LW0A 4E19A 3SV4A 3QEXA 1N5YA 4C8KA 1HMVA 1WSJA 4AHCA 3AVIA 1RBUA 4M41A 3NE6A 2G8FA 1I39A 1RBSA 4WE1A 1HNVA 3LPTA 3C94A 5DK5A 3CFOA 4NYFA 2KFNA 5KTQA 4CHYA 2XHBA 3QEVA 4E7KA 2B5JA 3ZSWA 3OYMA 2FBTA 3S9HA 3V1RA 4RG8A 1RTDA 3D45A 1KSPA 3AVNA 4Y1CA 4C8NA 3ZSVA 3IG1A 3NH2A 2ITGA 1Q9XA 4N76A 4O44A 3P1GA 1TK5A 4HHTA 4IFVA 3L2WA 4DTNA 2YHBA 2HHXA 3AA4A 4W5OA 1HRHA 3QINA 1NKBA 1QHTA 3AVCA 3IRXA 4B9UA 4PUOA 3TARA 1BI4B 3NGIA 3VQBA 1CLQA 1CXQA 2YNFA 4FYDA 3I0SA 3QEIA 3KLFA 1WAFA 2Z1IA 4E7JA 2G8VA 2AJQA 1NOZA 1A5VA 3WNHA 2IC3A 4OPJA 1RNHA 1DLOA 4OLAA 3K58A 2G8IA 4CJEA 3OYCA 4KTZA 3QNOA 3LP2A 4KHUA 4B8AB 3LAKA 4FLTA 3ZSYA 3SV3A 1GOBA 3HT3A 3F73A 3EYZA 1FKOA 5HRPA 1L3TA 2X6NA 3HP6A 2F8TA 1XHZA 4CK2A 4FJLA 2KQ2A 3ZT3A 1WLJA 2KW4A 3VQAA 3ZT1A 4CGGA 4OKJA 4CEBA 4CJ5A 4OKEA 3NF7A 4CHOA 4ZHRA 4W5TA 4FM0A 2BDPA 4K8XA 4M3YA 4EZ9A 5JS2A 3EY1A 2DTUA 2IOCA 3K57A 1IG9A 1BQNA 3AVAA 3LAMA 3C6UA 1HYSA 1VSHA 5FDLA 5HRSA 2KZMA 4OLBA 1TL1A 2O4IA 5JS1A 3OYHA 4HCCA 5HBMA 4CJRA 4O0IA 4B3OA 3RMAA 1EP4A 1F21A 1B9DA 4Z0UA 4FJ7A 1VSFA 4IG0A 3O3HA 4O4GA 4ZTFA 1JLCA 1J5OA 3RRHA 3U3YA 1WN7A 3DLGA 3DRRA 1T03A 4CJLA 3PO4A 4FK2A 4B8CA 3VA0A 4DLEA 5J2NA 1UAXA 5D3GA 4JRQA 4FCYA 1JXBA 2X78A 2PYLA 2VG7A 3CM5A 1XWLA 4DFPA 1UA1A 1NK0A 1RT6A 4AHSA 1SL1A 1KLMA 3RMCA 1U45A 4M42A 4O55A 5HRRA 1NK9A 4W5RA 3KLHA 2BANA 5HROA 3AVLA 1NK8A 3QESA 4KTQA 4KB0A 3O4QA 4B9SA 2XY8A 4CJUA 1VSDA 3JYTA 3PX0A 1NOYA 4ELVA 2P51A 4N41A 4Z4HA 4FM1A 1JXEA 1NJYA 4F3TA 1TKTA 4NCGA 1LAWA 3OVNA 4RW9A 1TL3A 4KTWA 3JSMA 3PUFA 5HLFA 3QEWA 4FJHA 3HSTB 4OGCA 5EU7A 4FZXC 1NJWA 1L3SA 4CGIA 4DWIA 1KRPA 1KCFA 4B9LA 5FROA 4KI4A 4Z4GA 3U3GA 1WSIA 1KVCA 4O0JA 4N47A 4F8RA 4Q5VA 4K8ZA 3O4NA 4JS4A 4LH4A 3KKRA 3CFPA 1W0HA 1A5XA 1QE1A 4ZTJA 4FJJA 4FZZA 4E1MA 2HMIA 2PYJA 4FW2A 3CG7A 2Z1HA 1RCHA 4I9QA 1RT1A 1J54A 1HPZA 1U4BA 1T8EA 1TKDA 4DTUA 3G0ZA 3SQ1A 2GUIA 5T7BA 4E7IA 4DSEA 3OYIA 3HVTA 1C6VA 1EX4A 3AO4A 4M3RA 4AHRA 3TAPA 5FRNA 1BCOA 1ITGA 4C8OA 3FFIA 3TI0A 1L5UA 3AO2A 2YKNA 1ZBHA 1RTJA 3NF8A 1BQMA 2O4GA 5I42A 2QK9A 1B92A 2HNZA 4RW4A 4DS5A 3EZ5A 1LWFA 2HNDA 3LALA 4MFBA 3V9WA 1TV6A 4KHSA 2DFEA 1TK0A 4BDPA 4CIGA 4LSNA 4CEOA 3NHGA 1X9WA 3NFAA 4CEQA 3HJFA 4CESA 4CF2A 3RTVA 1N6QA 1BGXT 1RBVA 4DU4A 1IKWA 1S6PA 4RW8A 3SQ0A 3TAQA 1Z26A 1RDBA 3VQEA 1B9FA 3ALYA 2HW3A 1C0UA 4W5QA 1GOCA 4CE9A 2IS3A 3DM2A 4E7HA 1RDDA 4CJFA 1S1WA 3V9XA 4QCLA 4CF9A 3WNEA 3QIPA 4DQIA 1GOAA 3DMJA 1SKRA 3DLRA 1VSEA 4DU3A 4OPKA 3MXJA 4CJSA 1RILA 4IBNA 4LSLA 4CJQA 1BIZA 4E7LA 2HHSA 1ZBIA 1WSGA 4J2EA 4OKKA 1DTQA 2OZSA 1ZBLA 1MU2A 1QQCA 1EXQA 3KLIA 4JS5A 4DSIA 4PQUA 3OYAA 1S1VA 2RKIA 4CIEA 4Z4CA 1XI1A 4KI6A 1WSHA 1KTQA 4KAZA 3HL8A 3SPZA 3K2PA 1FK9A 2Z1GA 3MEEA 3VQDA 4CFDA 4DQQA 3KD5E 4FJNA 3IS9A 4CECA 3E01A 5KI6A 3OS2A 2OA8A 4B9MA 4FJGA 4FJ8A 4M3TA 4DFJA 3V9UA 2YNGA 1U47A 3F9KA 3PX4A 2G8WA 3VQQA 1U04A 1CXUA 5KRSA 1U49A 4FJIA 1SL0A 3OYEA 4RW6A 1VSJA 2XRIA 3OYGA 1QSYA 1X9MA 4NYNA 4C8LA 1JLAA 4DTMA 2KFZA 1TKXA 2OYQA 4BWJA 4B08A 4CHQA 3MXIA 5J1EA 3AVFA 3NF6A 4G1QA 3KJVA 3NCIA 3V81A 4JLHA 3LPUA 4B9NA 4AHVA 2E4LA 2FBYA 3C6TA 2OPPA 3HPOA 3MAQA 3RRGA 1UWBA 3NDKA 1JL2A 4H4OA 3RR7A 1ASVA 1T7PA 1W9HA 2RPIA 3K5OA 3ZT2A 4CF1A 1YT3A 3QERA 1BCMA 4CF8A 1FXXA 3LP3A 1I3AA 1RDCA 1X1PA 2IGIA 3ITHA 5KGWA 3DLEA 4DFKA 4FJXA 4FLXA 3SUQA 4M3WA 3HPGA 3NGYA 3SQ2A 3M8RA 2P5OA 3AO5A 4F4KA 1VRUA 1WSFA 4DTJA 4CHNA 1D5AA 4DSJA 4M45A 4QAGA 4J2BA 4CK3A 1JL1A 3OYBA 4CGHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M3UA 2KLAA 2OTLN 3GG4A 4BDYA 3MN9A 5HP1A 2P9UB 3UKUA 3CYMA 1REVA 4M7XA 2G8UA 3R9PA 4OVLA 1S72N 4E1JA 3S3NA 2ATQA 1DEJA 3KWIA 4GVMA 2KKZA 4CZGA 3DXKA 1G15A 2HHWA 1S22A 4W5NA 3LL3A 2ETJA 3A5MC 1ATRA 1YTAA 4CEDA 4IKFA 3VQ8A 4BVOA 1YIJN 2QI2A 3THVA 1IH7A 3DRPA 5BR9A 1N8RO 1U2VB 5BPNA 3JAMO 1LWEA 1VQ4N 3PSFA 1ESVA 3L3VA 4FM2A 4CGJA 1X3MA 2RF2A 1RFQA 4DTXA 1YJNN 4CHPA 3AVKA 3O1WA 3M5RA 4KHWA 4CERA 1WOQA 1O1WA 5J2MA 3QDKA 1D4XA 1KAXA 2GEMA 3VGMA 3H45C 3VQ5A 2QKBA 2P1JA 2WOMA 4R79A 5JICA 4MDBA 4OGEA 1QTMA 3MECA 3E9PA 4KB1A 2D0BA 1IKYA 1XQSC 2D5RA 3OJSA 2OPRA 3H1VX 1KQSM 2P9LA 5AQHA 2E6MA 5AFUH 1NGEA 5MLCQ 2P9NB 3LDQA 3G6EN 5AR0A 4CJTA 4Q0BA 3CCEN 1KFDA 4KREA 4FWKA 4XH1A 1K8AO 4FK0A 1YVUA 2YHXA 2ZJQL 3TAGA 3ENOA 5M1KA 2VGMA 4F2RA 1BU6O 4YFUA 3FZMA 1C1CA 2Y1IA 4UY8O 1R0AA 4CBWA 3LZJA 5HRNA 1X9JA 4BRDA 2PZSA 3P5JA 3L2QA 4KPYA 4RTFD 3QIOA 4EP5A 2XY7A 4KKOA 3CPWM 2WC9A 3SCXA 3H6EA 3AA3A 5J2QA 3CCUN 1NMDA 2W42A 2VWJA 5J2PA 1Z6RA 3EKUA 3D0PA 2Y1JA 2I5JA 3C0BA 5CZ2A 5AZJB 2A5XA 1Q18A 2ZGYA 4FW1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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