3ZT4A

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
154
structure length
151
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 57
structure length 151
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zt4A00
4IKFA 2X6NA 3AVIA 3VA3A 4FJLA 1NKCA 5KRTA 1HMVA 1HPZA 2YKMA 4Z4CA 4M3WA 2BDPA 4B8AB 3DLEA 4CJ5A 4QCLA 2DFFA 3KLEA 4DSJA 4M3XA 2JGUA 1FKOA 1LWFA 4CF2A 3I8DA 1G15A 2HHQA 1RT4A 3VA0A 1TKTA 3AVBA 3P1GA 4HUEA 2GUIA 4DTOA 3OYFA 4DTNA 4CERA 4NCAA 1HQUA 3WNHA 4Z4FA 3L2QA 1RTJA 4LSLA 3LDSA 3LP0A 4K8ZA 4CEAA 1WNSA 3OS2A 1KTQA 1IKXA 2ZE2A 3DMJA 4RW8A 2A1RA 1XI1A 4FJ8A 4F2SA 1DTQA 1LW0A 1D9DA 4PY5A 2FBYA 3K5OA 5T7BA 5JS1A 4ZTJA 1QE1A 4DSLA 1IH7A 1S1VA 5CY4A 4B9SA 1HYZA 1HQEA 1L5UA 4DF4A 3RMDA 3DLBA 2HHVA 4R5PA 4HHTA 1HRHA 5HP1A 2P5GA 1ASVA 3LPUA 3PY8A 1NK4A 1JXEA 4IBNA 2RN2A 4B9NA 1NJXA 4DU4A 4E7JA 1RDBA 2XO7A 4JLHA 2Y1IA 1QQCA 4B9UA 1WLJA 1REVA 5HRPA 1NKEA 4LD0A 4Y1DA 1A5WA 4CIEA 1BIZA 3V9SA 4LH4A 3O4QA 4FZZA 3CFPA 1TAUA 4C8NA 4CJ3A 1RTHA 5J2NA 3KKSA 1YT3A 3VQDA 1NK7A 3OS0A 2FBXA 3F9KA 4KI6A 3AO3A 3OYCA 4B9VA 1JLGA 4M45A 1XHZA 4RG8A 4Y1CA 1NK8A 4CEEA 4OGCA 3V1RA 4FK0A 4Z4EA 1CXUA 1VSKA 1MU2A 2HVHA 4PQUA 5KRSA 4FJMA 3K59A 3SUQA 4I2PA 4E7LA 3VQ5A 3HP6A 3KLHA 3DLRA 3JSMA 4J2DA 4LSNA 3M8RA 1C6VA 4OVLA 3ZT2A 4B9LA 1L3SA 4Z4GA 4WE1A 3ZSRA 5HRNA 4H4OA 1D9FA 2GBZA 4AHVA 4CJWA 3K2PA 1JLQA 3G0ZA 3LP1A 2IGIA 3KK1A 3SQ2A 4M3TA 2DTUA 1X1PA 1JL1A 2HMIA 3ZSVA 4FK2A 3JYTA 3ZSXA 2OZSA 1JXBA 4CEQA 3SNNA 2E4LA 3ZCMA 1TVRA 2B4JA 4W5NA 4Z0UA 2IC3A 2KW4A 4FM1A 3V9XA 1QSLA 1VSJA 4NCBA 1NK6A 1VK0A 3NH0A 3NDKA 1B9DA 2BANA 3AO4A 4F3OA 3OYGA 1VSIA 3RRGA 1VSFA 4EP5A 2G8VA 4CK2A 3S3MA 2YNHA 1S1TA 1QTMA 1JLFA 1XWLA 3K5LA 3AVKA 4FLUA 4FJIA 1J53A 5CZ2A 2XY7A 4FJXA 2Y1JA 1T8EA 4CIGA 3QEPA 4H4MA 3M8PA 4O0IA 1BL3A 4GW6A 1S6PA 4GVMA 2HHTA 2G8WA 3CM6A 2PYLA 4Q0BA 1RDDA 1RT3A 4ZTFA 3AO2A 1RT7A 4FM2A 5J2MA 1KSPA 4HUFA 2IOCA 3TI0A 3VQAA 1NJYA 1KVAA 1LWCA 1CZBA 3SV3A 2PZSA 1BGXT 1KLMA 3LALA 3SCXA 3DLHA 4KHWA 1S6QA 4AHUA 4CIFA 4DSEA 1KCFA 3L2RA 2OA8A 3VQQA 3SPZA 2PYJA 4M3ZA 4O0JA 3LAKA 3V9WA 1BI4B 4KHUA 3TAMA 2KFZA 1Z25A 5KI6A 4DMNA 2IDOA 2XY6A 3BGRA 3OYLA 3PV8A 3OYKA 4O4GA 4CF1A 4DQIA 3KLFA 1S9GA 1RCHA 3ALYA 4CJRA 3DLKA 3I0SA 3SUPA 3OYJA 1RDCA 1RBVA 5C24A 3V9ZA 4DTUA 4FJ7A 3MECA 1XHXA 3VN5A 3KK3A 4C8OA 1GOBA 5HRRA 1IKWA 2DFHA 4KKOA 4AHRA 4BE2A 2DY4A 4N76A 2YHBA 4CJLA 3NCIA 1UOCA 4I9LA 3D0PA 3DOLA 3V4IA 4DTMA 2RKIA 3WNFA 1R0AA 4CJSA 1S1UA 3B6OA 3M8SA 3HYFA 2QK9A 1RNHA 4JS4A 5HRSA 4CJTA 4KHYA 2HHXA 3KK2A 4CHYA 3ZT4A 3VQ8A 4EZ6A 1CXQA 1Q9YA 2X74A 5J1EA 1BHLA 1WN7A 3EYZA 1EX4A 4OPJA 2HHSA 1Q9XA 2VG5A 4KHNA 4M3RA 3EY1A 4AHCA 3VQEA 3PX6A 1NK9A 2YNIA 3KD1E 4ZHRA 3E01A 4Z4HA 1WAJA 1YVUA 4BWJA 5SZTA 4AILC 2KZZA 1S1XA 3VQPA 1B92A 3TABA 3ZSZA 1FXXA 4NYNA 3ZT0A 3V1QA 1TK0A 5JS2A 3SUNA 4PA1A 3ITHA 4DF8A 3S9HA 4DSIA 4M42A 1LWEA 2Z1GA 5KGWA 1UWBA 2G8UA 1NK0A 4KO0A 3VQ6A 1WSFA 3KLGA 4DFJA 1X9MA 4DWIA 1Y97A 3IRXA 3ZSOA 5C42A 5SWMA 3U3YA 3LP3A 5CZ1A 4YNQA 3NH1A 3TAGA 3NAEA 4KTZA 3I0RA 5KTQA 1KLNA 3KLIA 4YFUA 3QERA 3QLHA 4I7FA 2Q3SA 3NF8A 5HLFA 4RW9A 4W5TA 2FBTA 4NYFA 1SKSA 2D0AA 2R7YA 1RBSA 3KJVA 1SL2A 2ETJA 3LAMA 1TL3A 1WSEA 1D5AA 4B3OA 4CESA 1GOAA 1C1BA 4CGIA 5I3UA 4DSKA 4ELTA 1BISA 1WSIA 1RBTA 1K6YA 2HNYA 3NHGA 1SL0A 4CF8A 3OVNA 4MQ3A 2O4IA 4J2BA 1C1AA 1JKHA 4CEFA 4OKEA 1BCMA 3CQ8A 4CGFA 3AA3A 3EZ5A 4CGGA 3SQ0A 3NF9A 4CEBA 3S3NA 2OPRA 1NJZA 5CYQA 4FJ9A 4FK4A 2HNDA 3D45A 4CEOA 1QSYA 1W0HA 3O3GA 2YKNA 3TR8A 2LSNA 4Q5VA 5HROA 3AVJA 3S3OA 2X6SA 3LWMA 3IS9A 4FM0A 1J54A 1BQNA 4DG1A 4QAGA 2OYQA 3NF7A 3ZSWA 4ELUA 2E6MA 1SV5A 3LPTA 4OKJA 3SYZA 2X78A 1EKEA 3TAPA 1UA0A 1RTDA 3U6FA 3QIOA 4IFVA 2OPSA 2GV9A 4KRFA 4OJRA 4M41A 3K5MA 2HVIA 2AJQA 2I5JA 4GMJB 1C1CA 4OKKA 4DQRA 3HVTA 3LZIA 3NFAA 1KFSA 4CJFA 1YTAA 1WAFA 3AVFA 3QEVA 3DI6A 3WNGA 4E19A 2OZMA 3PUFA 4FJGA 4FLZA 1S9EA 5CYMA 1C0TA 4CJPA 4F2RA 3QO9A 2KTQA 4OLAA 4DTXA 3SQ4A 3MXMA 1UA1A 4E1NA 4EZ9A 1WSGA 3G10A 3WNEA 4KHSA 3ZT3A 4FVMA 3P83D 4DLEA 3SI6A 1RBRA 4FJHA 3HPHA 3HSTB 3L2VA 3AVHA 3B6PA 2YNGA 1RT2A 2Z1HA 1LW2A 3L3UA 4CE9A 3O3HA 2ZD1A 1NOZA 5HBMA 2VWKA 3F73A 1TKZA 2WONA 3AV9A 3VQ7A 4CF9A 1GOCA 1WSHA 3V1OA 3OYAA 4KPYA 4AH9A 4IG0A 4HCBA 3SPYA 4FLXA 2O4GA 1B9FA 4CGDA 4KV8A 3SJJA 1ASWA 1X9WA 4CHQA 4O5BA 3KKRA 1U04A 1VRTA 5FROA 4JS5A 1UAXA 5FRMA 3MEGA 3TWHA 4TSXA 4CGHA 4DFPA 4N56A 4JRPA 4AHTA 2A1SA 3AA5X 3HM9A 3T1AA 3DOKA 3RR8A 3BDPA 4PWDA 3AO5A 1SKRA 1IO2A 1Q8IA 1U4BA 4ICLA 3TAFA 4RW7A 2PY5A 4QOZB 1N6QA 2HW3A 3CM5A 2VWJA 3DLGA 3MEEA 1O1WA 1C0MA 4KB1A 3QIPA 1VSLA 5EU7A 1RT1A 4CJVA 4DQSA 3NGIA 3T3FA 3RMAA 4OLBA 2EHGA 1T7PA 2IS3A 4N5SA 3PX4A 1L3UA 3RR7A 5DMRA 1TGOA 4E1MA 4HCCA 1NOYA 5E41A 2P51A 4FZXC 1Z26A 3K58A 1RTIA 3OYEA 4FLTA 1N5YA 3DRRA 1JLAA 3NGYA 1L3VA 4DTPA 3T19A 3MXIA 1KFDA 4CGJA 2P5OA 5D3GA 2F8TA 4EP4A 2OPQA 2JLEA 2W42A 1EXQA 1LV5A 4OGEA 1S1WA 4KAZA 1JL2A 4MFBA 3OYBA 4CFDA 3QETA 2EX3A 1BIUA 2RPIA 2ATQA 1TK5A 1I39A 1KRPA 4FJJA 2WOMA 1LAWA 3KD5E 3V81A 2F96A 4O55A 3RTVA 4E7IA 4DLGA 1EP4A 3IAYA 4F3TA 3PX0A 3LP2A 3SZ2A 3AVCA 4E89A 1NJWA 1BQMA 1VSMA 5FRNA 3NE6A 4CEZA 4BDZA 3ULDA 2HNZA 4DQQA 4DTSA 3OJUA 4KTQA 3UIQA 1KVBA 3NF6A 1NKBA 4O44A 4F4KA 4KB0A 3HL8A 4HUGA 4F8RA 1SKWA 1RBUA 1BI4A 3HO1A 3QESA 4KI4A 4CJUA 3NBPA 4CK1A 1A5XA 1IG9A 4BE1A 3CFRA 1VRUA 1ZBIA 1TAQA 3THVA 2B6AA 2G8HA 3TARA 4G1QA 3ASMA 1RILA 3K57A 3DM2A 1ZBHA 4FXDA 3L2WA 2YV0X 1VSHA 3NH2A 1HNIA 1HNVA 4N47A 4XIUA 2XY5A 2Z1IA 4KREA 3OYMA 3O4NA 3QNNA 4UQGA 1NK5A 2XY8A 1SUQA 2ITGA 4KTWA 4PUOA 3L3VA 4CHPA 3OYIA 2G8IA 1ZBFA 3OJSA 2D0CA 4ID1A 3OYNA 1U47A 1IKYA 1RT6A 4CFCA 1HJRA 3AVMA 4CECA 3AA4A 3AVGA 4I2QA 4HVJA 4BACA 1QSSA 4KHQA 3HVRA 4C8KA 4E0DA 3AVAA 1JLCA 4FJNA 4CJEA 1LAVA 3U3GA 1QHTA 4CJ4A 3QEIA 1QS4A 3CG7A 3P5JA 4B08A 4FZYA 3V9UA 3LZJA 3LANA 1HYSA 1KVCA 4CHNA 2KFNA 3ZSQA 3K5NA 4FLYA 3IG1A 3NGZA 3AVLA 3CFOA 4I9QA 4N41A 5DK5A 4BE0A 1SL1A 3A2FA 2FBVA 4DTRA 4M3UA 4IFYA 4BDPA 4IDKA 4NCGA 4ID5A 3VQ4A 4CF0A 4K8XA 1F21A 3AVNA 4DU1A 4E3SA 2P1JA 4FW2A 4BWMA 1IKVA 4FLVA 1U45A 4C8LA 1TKXA 3ZSYA 4DS5A 1RDAA 3MEDA 4CFBA 1RT5A 1J9AA 2KQ2A 3OY9A 3MXJA 3MAQA 4FYDA 3OS1A 1VSEA 3C6TA 3SV4A 3KIOA 4L8RB 3RMCA 3ISNC 3HP9A 3HJFA 2HHWA 4CHOA 1CZ9A 1DTTA 3HPOA 1ZBUA 4CCHA 2VG7A 3PO4A 3RWUA 2DFEA 2Z1JA 2QXFA 2XRIA 3QINA 1TKDA 4CK3A 3DRSA 1FKPA 5FDLA 4M3YA 4Z4IA 1W9HA 4DU3A 2YHAA 3QNOA 3QEXA 4DQPA 3L8BA 3RMBA 3HK2A 4CJKA 1U49A 1A5VA 1YTUA 4DS4A 2G8FA 4E7KA 3AA2A 1HYVA 2FC0A 4CFAA 3V6DA 1C0UA 2ZQBA 3M8QA 3PO5A 1DLOA 1ITGA 4CEDA 1X9SA 1TV6A 3C94A 2NUBA 5I42A 2OPPA 4CHZA 2F8SA 4W5RA 4C8MA 5C25A 5K14A 2E6LA 1EETA 1TK8A 2QKKA 3VQ9A 2D0BA 1JLBA 2HB5A 3HXMA 4LY7A 4DFKA 3VQCA 3SQ1A 3C6UA 4KFBA 1XC9A 1T05A 1J5OA 5KGXA 4FCYA 1BCOA 3L2UA 4HTUA 4FLWA 1L3TA 3DYAA 1I3AA 4FW1A 5J2QA 1U48A 3CYMA 3TAEA 4JRQA 4B9MA 3RRHA 4B9TA 3TAQA 3ZT1A 4OPKA 4DFMA 2QKBA 4W5QA 4DTJA 1CLQA 4FJ5A 2D5RA 3HPGA 2G8KA 2YNFA 1WSJA 3O3FA 3TANA 3LWLA 2B5JA 2VG6A 3DRPA 3HT3A 5J2PA 1ASUA 3FFIA 3QEWA 3C95A 3VQBA 4DSFA 2KZMA 1TL1A 1T03A 3KTQA 4E7HA 1S5JA 4IG3A 2RF2A 1FK9A 3SUOA 1ZYQA 4FJKA 4J2EA 4AHSA 3OYHA 2BE2A 3H08A 3OYDA 1JLEA 2IAJA 1D8YA 2HHUA 1VSDA 3AO1A 4RW6A 4BDYA 4CJQA 4W5OA 4B8CA 4LH5A 1ZBLA 4ELVA 4H8KA 2BGGA 2XHBA 4J2AA 4RW4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IKFA 5FPNA 4JKFA 4M3WA 1HMVA 2YKMA 3DLEA 3DXKA 4CJ5A 4PKGA 3P39A 3P1GA 4DTOA 4CERA 4NCAA 3ID6A 1RTJA 3LDSA 4JI7K 3MK6A 3OS2A 4RW8A 1IKXA 3DMJA 5JICA 1XI1A 4BC5A 4FJ8A 1NGHA 1DTQA 5T7BA 4ZTJA 3H1VX 4BR5A 4FWQA 1HQEA 3ULEA 2AA4A 1HRHA 5HP1A 3DWLA 1ASVA 1NK4A 4IBNA 3D6RA 4B1VA 1NJXA 2XO7A 2IVPA 3M5RA 1XMOK 4B9UA 1WLJA 1REVA 5HRPA 4JYAK 4Y1DA 2KHOA 4G9ZA 3RSEA 3WXKA 3CFPA 1LCUA 2ZJQL 4CJ3A 3VGLA 1YT3A 4K25A 3TSUA 3ZEUB 2FBXA 4YDUC 4BR2A 3TTDA 2VGNA 4RG8A 1NK8A 4CEEA 1CXUA 3K59A 3SUQA 4I2PA 3O9QA 4BRAA 4LF7K 3JSMA 3DLRA 4BG9A 4IZ9A 4CJWA 1JLQA 2IGIA 4JI3K 3GL1A 3AGRA 2HMIA 3SNNA 4W5NA 4DHYA 3NDKA 4IWVA 2UUBK 1TYQB 2BANA 4F3OA 4L3QA 1VSFA 1YJNN 1HNZK 2F4VK 1QTMA 1JLFA 4FPBA 4CBUA 5CZ2A 4Z94A 3M8PA 4O0IA 3MX5A 5E84A 4DV3K 2G8WA 3WUHA 2PYLA 4Q0BA 1RT3A 1OVQA 1RT7A 3AO2A 3O4WA 1LWCA 4IOAL 1VQMN 2PYJA 4CIFA 4YOWA 1KCFA 1NGBA 2OA8A 3LAKA 3VGKA 1X3NA 3TAMA 4BQZA 3OYLA 2A40A 3PV8A 3I0SA 3SUPA 1RDCA 3AAPA 5C0YA 3H3OB 1VHXA 3VN5A 1NGIA 1GOBA 4I6MB 4BE2A 4N76A 4CJLA 4I9LA 4DTMA 3R3LA 5GAEP 1S1UA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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