3ZX0A

Ntpdase1 in complex with heptamolybdate
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
404
structure length
385
Chain Sequence
KYGIVLDAGSSHTNLYIYKWVVQQLEECQVKGPGISKYAQKTDEIAAYLAECMKMSTERIPASKQHQTPVYLGATAGMRLLRMESKQSADEVLAAVSRSLKSYPFDFQGAKIITGQEEGAYGWITINYLLGRFKGSTFGALDLGGSSTQITFVPLNSTLEAPETSLQFRLYGTDYTVYTHSFLCYGKDQALWQKLAQDIQVSSGGILKDPCFYPGYKKVVNVSELYGTPCTKRFEKKLPFNQFQVQGTGDYEQCHQSILKIFNCPYSQCAFNGVFLPPLQGSFGAFSAFYFVMDFFKKMASSQEKMTEITKNFCSKPWEEVKASYPTVKEKYLSEYCFSGTYILSLLLQGYNFTGTSWDQIHFMGKIKDSNAGWTLGYMLNLTNM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
publication title Crystallographic evidence for a domain motion in rat nucleoside triphosphate diphosphohydrolase (NTPDase) 1.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 117
structure length 385
sequence length 404
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2011-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zx0A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3zx0A02
3O5BA 4O5FA 3L0QA 3QBWA 2NZTA 2ZGZA 2ZF5O 1ATNA 3JS6A 3SK3A 3AARA 1HKCA 1SZ2A 4BVPA 3C0BA 1V4TA 3O6WA 1CZAN 2VCPA 4RTFD 5AQSA 1U2VA 3M1FA 5BN9A 4FWQA 3VGKA 1MWKA 4KBOA 2E88A 2Q0UA 2UYTA 4B1XB 2FLOA 2ZWHA 3ZX2A 4MO4A 2VWBA 2A42A 2FF6A 2GEMA 3OHRA 2AP1A 3H1VX 4Z94A 2FSNA 4YDUA 1SQKA 4JN4A 4B1YB 1SAZA 3MMVA 5BR9A 5AQGA 1QQMA 2BTFA 2E8AA 1ATSA 3KHYA 3VPZA 1E4FT 4HWIA 4BGAA 3GOIA 3LDNA 3A8YA 4QS7A 4QS9A 4I6MB 3WEEB 3O08A 1GLLO 4GY2B 4BR5A 2P9IA 5JMVA 5JICA 4K25A 2P9NA 4BR2A 1X3MA 4BRCA 5AQVA 1KXPA 1ZBSA 3EN9A 3IMXA 3HBTA 5E84A 4K42A 3CIPA 3ULEA 1T6DA 3DXMA 4A2AA 4O8KA 4B1VA 1XC3A 4BR7A 3VETA 2QW9A 4FWSA 4NB4A 2I7NA 5FPEA 4BQLA 2QWNA 3D2FB 3O1BA 1BWFO 4EHTA 1QQOA 3U4LA 3AY9A 3H6EA 1NWKA 3VERA 2BUPA 2QWOA 5AFUH 2CGJA 5AQNA 5F0XA 3HI0A 3CQXA 4CZIA 3A5OC 2CGLA 2IVNA 3U9ZA 3GL1A 3EKUA 3LDQA 3ATVA 5ELZA 3DJCA 3UKUB 5F1XA 4H0TB 2HF4A 5KPTA 2E1YA 4CBUA 3A5MC 4IWVA 3VF4A 3LDOA 1HKGA 4IJAA 2HMPA 5AQMA 1YAGA 1YXQA 4BROA 3DWLA 5JLFA 2CH5A 5AZIB 5AR0A 4YDUC 4BRLA 5TKYA 4ISFA 3FE1A 1LCUA 1OKJA 3WT0A 4H0XB 4I6MA 3QFPA 3WEEA 3VENA 5KQDA 3I33A 3ZEUB 3EKSA 2E20A 2QWRA 1HPMA 1S3XA 4FWKA 4FO0A 1BU6O 3LDPA 3H3OB 3CJ9A 3U9DA 3FGUA 4M7YA 1NLVA 2YHXA 3O4WA 4FWLA 4IJNA 2V7YA 4FOEA 1HJOA 3MN6A 4FPAA 3CQYA 3IUCA 5AQWA 1WUAA 2W40A 5BRFA 5KQ8A 2HOEA 1NGAA 3HTVA 2GTDA 1RDWX 3D2FA 2D0OA 2W41A 3QFUA 4FWNA 4GNIA 3VEVA 3O1WA 4BVOA 3F9MA 3WXIA 1J6ZA 3IFRA 4EFHA 3S41A 1NGHA 4ISEA 4HTLA 3R9PA 3WQUA 3FZLA 3MDQA 3LM2A 4PL7A 4CZJA 4DB3A 4FWPA 3UKUA 3GBTA 2ASPA 4CD3A 1Z6RA 2P9UB 4NO7A 3DAWA 4J8FA 3VESA 3W3DA 3R8EA 1BA1A 2Q36A 4PL8A 3HM8A 3H46O 4JD2B 3TPQA 3D2EB 2A5XA 3L4IA 2QWMA 4B1WB 3ENHA 3HSCA 3MCPA 2NRHA 3A5NC 5AZIA 1RFQA 3D7EO 4CZMA 1BA0A 3VEOA 4BC2A 1R59O 4CZEA 5KPZA 1NBWA 4BRKA 2D1KA 4FWOA 5AQZA 1Z05A 3ZETB 4BRDA 2Q2RA 3M3ZA 5AQLA 1LOTB 4MO5A 1GLCG 4WQ4C 4QS8A 5AQXA 5F2RA 3ZEUA 4A2BA 3U8XA 4CZHA 2GUPA 4BRFA 1JCGA 2EWSA 3SJHA 3VEYA 3CJ1A 1TUUA 3MN5A 2QWQA 4XH5A 4RWTA 2YHYA 2Q97A 3WXKA 1BOTO 3A5LC 2E2OA 4EIAA 5AQPA 5B8HA 4BRMA 3LM9A 3DXKB 3UKRB 1QZ6A 4C23A 4BC4A 4H5TA 1NM1A 4BGBA 1NGEA 5LY3A 1QZ5A 3BEXA 1HUXA 4IZ9A 5BRHA 1K8KB 5BREA 5KPRA 2HF3A 2E2PA 2Q0RA 2YI1A 1C0FA 2CGKA 2A41A 2QXLA 4BRGA 3ID8A 3LDLA 5AQTA 4WQ5A 2GWKA 4BQZA 3QDKA 4CZGA 3GG4A 1KAYA 1GLJO 2P9UA 3RSEB 3SLCA 1Y64A 2YJEA 4BR4A 1ZC6A 4BC3A 2AA4A 2DPNA 4JD2A 1DGKN 5BPNA 3D2EA 3TU5A 3R6MA 3GE1A 3VEZA 5AQJA 5AQIA 5LJWA 1NGGA 3CJBA 1BUPA 4A61A 4BRNA 1GLDG 1WOQA 4FWMA 2P9PB 4H5VA 4DQ8A 1QQNA 1MDUB 4FWRA 4RCHA 4Y0WA 4CD1A 4A62A 4B1UB 1MA9B 2P9SB 5AQRA 4BC5A 2ASOA 4M7XA 3VF6A 1GLEG 1DKGD 1YUWA 3QMLA 4BR0A 4WQ4A 3ZETA 4BRQA 4PKGA 2P9KB 1BG3A 4H5NA 1TYQB 3H3NO 3W0LA 1EQYA 3M6GA 5ADXA 2F9WA 3J8AA 4DCHA 4EAHD 1U6ZA 1QHAA 4CBWA 5EOYA 3SMSA 4F9OA 4H5RA 2V51B 4H0PA 1KAZA 1ATRA 4B9QA 1GLFO 3DXKA 3UKRA 4WYBA 3WXJA 1S22A 3C7NB 3CERA 2D0PA 2P9LB 3ATUA 4FL9A 3MN7A 4BRPA 2KHOA 3AAQA 2IVPA 2GELA 4CZFA 3CHWA 3UB5A 1X3NA 1XUPO 5FPNA 4XH4A 4CZLA 4BG8A 1D4XA 4WQ5C 3G25A 2E2QA 4FOIA 3RSEA 2V7ZA 1NMDA 2FSJA 5FPMA 3EO3A 3JXUA 5AZJB 1NGIA 3BF3A 4K43A 3VEWA 1C0GA 3I8BA 2ITMA 3QICA 5FPDA 3P4IA 2P9PA 2Q31A 5AQFA 2YCHA 4ISGA 5AQOA 2ASMA 2P9SA 4AM7A 2NLXA 2FSKA 4E1JA 3FFKB 3QBXA 1BDGA 4H5WA 5E26A 1X9JA 5I9EB 3LL3A 2OANA 2P9KA 2YJFA 3FZKA 3CETA 4IXCA 5BRDA 4M63C 1P8ZA 4JHDB 1TYQA 5ADXH 3B8AX 2Q1NA 5EY4A 4BR9A 2A40A 4LC9B 5AQYA 2QWPA 4JAXA 2IIRA 1ZXOA 2FXUA 1T6CA 4B1ZA 1YVNA 2A6AA 1NGJA 3C7NA 4H03B 4AM6A 2P9LA 1GLAG 3H1QA 3O80A 3WXLA 1HX1A 4BG9A 2IVOA 4CBXA 3VEXA 2PAVA 4PKIA 3VGMA 3CJ7A 1GLBG 5BPLA 1E4GT 3UE5A 5BN8A 3H45C 3O8MA 4L3QA 2F9TA 4BRHA 5AQKA 1HLUA 3EL2A 2YHWA 3WUHA 3FZFA 5AQQA 3VF2A 1HKBA 5AZJA 2H3GX 4BRIA 3CI5A 3CJCA 1NGFA 3AAPA 2CH6A 5EXWA 2V52B 4CJ7A 3WQTA 4CZKA 1U2VB 4BRAA 1IG8A 1V4SA 2D4WA 3FZHA 1XQSC 3ZX3A 1NGCA 4H0OA 3QB0A 1ESVA 3KZBA 3L6QA 5EVZA 4CI6A 2ZGYA 4H0YB 2E2NA 1NGDA 2GWJA 2VYPA 3HZ6A 3GDQA 4FPBA 4JHDA 1JCFA 3SMPA 1DEJA 3ENOA 3MN9A 4EHUA 4IO8A 3VGLA 3BF1A 1IJJA 5BPMA 5LJVA 3MK6A 4MLEA 4H0VB 5CE3A 2P9IB 3A0IX 3KVGA 1MWMA 1JCEA 2P9NB 4XEIA 4XH1A 1TUYA 5AQHA 1Q18A 4MLHA 1H1VA 1K8KA 3EZWA 1RGIA 2J4RA 2QWLA 4PKHA 1NGBA 5JLHA 3BUZB 4K41A 3FZMA 3IDHA 3BP8A 1KAXA 3ULEB 2I7PA 2PBDA 1BO5O 3DXMB 2FF3B 3ZX0A 4BREA 3FLCO 1T44A 5AQUA 4FSVA 2E1ZA 3CJAA 3FR0A 3VOVA 4DHYA 2QM1A 5AFUA 1G99A 2A3ZA 4JNEA 5EX5A 2WUSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FZZA 1S72N 3L0QA 3QBWA 2ZF5O 4CVNE 4DQIA 3SK3A 3AARA 4IOXA 3BZKA 1V4TA 3O6WA 5AQSA 1S1XA 3M1FA 1MWKA 3LZIA 2E88A 2Q0UA 4FXDA 1HYSA 1N33K 2FC0A 3OHRA 1S9EA 1RT5A 3OYHA 2FSNA 4NCGA 1C0TA 1TK0A 2EHGA 3MMVA 5BR9A 5AQGA 3O3HA 1QQMA 1TAQA 1ATSA 3V6DA 3VPZA 4FLUA 1D8YA 2G8KA 3CPEA 4CF8A 4BGAA 1P90A 4ZTFA 3LDNA 4QS9A 1IKXA 1JXBA 4YFUA 1B92A 1GLLO 1GOBA 3CF5L 4BR2A 1X3MA 4RW6A 4CEFA 1JKHA 5FRMA 3ZSVA 1RTJA 5AQVA 1VSIA 5MLCQ 1SL1A 4CJSA 2FBXA 5E84A 3RRHA 3PY8A 4LF5K 1CXQA 3ULEA 3CIPA 1BI4B 3DXMA 4A2AA 1NG9A 3SNNA 4LF8K 4FWSA 3KKSA 3VQ6A 2NRWA 4BQLA 5FPEA 4M3TA 4H4MA 1BWFO 2O4GA 3T1AA 1QQOA 3F5TA 4EHTA 4CK3A 2HHTA 3AO2A 3V81A 2QWOA 5C2FA 2BH1A 1X1PA 4DS5A 2IVNA 3U9ZA 4DTXA 5ELZA 3ZT4A 3AO5A 4GVEA 1QVGM 4CBUA 4WFAL 3OYBA 4IWVA 3HJFA 3LDOA 4OPKA 1X9SA 1IBMK 4KH4A 2ZJPL 4WE1A 5KGXA 1YXQA 2QXFA 5JLFA 2CH5A 1VSDA 3ASMA 5TKYA 4ISFA 4O5BA 3OYMA 1QSYA 1LCUA 1NK0A 3HOSA 4CJKA 4YOTA 4H0XB 3QFPA 4KB1A 5DMRA 3OVNA 3ZEUB 5AJ3K 3HVRA 2E20A 1VSEA 1NK9A 1JLEA 1HPMA 3K58A 3CJ9A 5J2MA 4CF0A 1FK9A 3O4WA 4FWLA 4DV4K 4MDAA 4FPAA 3IUCA 5JS2A 1WUAA 3SQ0A 2W40A 5BRFA 4LFCK 2HOEA 4HUFA 1EETA 1RDWX 3SUOA 2KTQA 3DI6A 3V4IA 4HCCA 1YT3A 4CCHA 3F9MA 2B5JA 4EFHA 4NXNK 4HTLA 2WOMA 4HCBA 3ZYYX 1HNWK 3T1YK 4F3OA 3LM2A 3QEXA 4FJ7A 4GKJK 1VQ5N 2UU9K 1Z6RA 2E6LA 3VESA 2BGGA 1BA1A 3SUNA 3H46O 4JD2B 3ZSXA 3RR8A 4MFBA 3OYJA 3MCPA 3G71N 3CC2N 2NRHA 1L3UA 3HK2A 4DSEA 1RFQA 4YOWA 4CZMA 1RTHA 3OS2A 4DSIA 1S1UA 1NBWA 3VTIA 4BRKA 4CJ4A 5AQXA 3U8XA 4DFKA 3TANA 2GUPA 1JCGA 3L2RA 2YHAA 5KI6A 3VEYA 3SZ2A 1RBUA 4LD0A 4I9QA 1UAXA 1QQCA 2OZSA 3ID6A 4DQPA 4FJIA 4JI1K 3K5LA 1N36K 3VA3A 2YHYA 1LW0A 2Q97A 3WXKA 1BOTO 4DKWA 2JWKA 5AQPA 1QSLA 3OYEA 3DXKB 4C23A 4E89A 3CCVN 1HRHA 4AF1A 1ZBLA 4H5TA 1NM1A 1NGEA 2P1JA 4B9NA 4CECA 1O13A 1VQLN 1HUXA 4IZ9A 1K8KB 2O8EA 1JJ2M 1OVQA 3V1QA 1HYZA 2OPRA 3PX4A 3ITHA 4QAGA 1NMNA 4WQ5A 1JLQA 3V9WA 4FJMA 4CZGA 4CHOA 1GLJO 4JI2K 2YV0X 4DFMA 2YJEA 2E6MA 5DK5A 3NHGA 2AA4A 3KJVA 1DGKN 5BPNA 3D2EA 3SYZA 4JKEA 3VEZA 3V9UA 3LZJA 5LJWA 1IH7A 5CHIA 4KREA 3SQ1A 1BUPA 1R0AA 3A2FA 4BRNA 4FWMA 3D0PA 2P9PB 4DQ8A 4FJKA 3O9SA 4FWRA 4A62A 4B1UB 4CE9A 2P9SB 3L8BA 4BC5A 1RT7A 4B9MA 4M7XA 3VQAA 4BR0A 4WQ4A 3ZETA 4KHSA 4PKGA 1L3SA 5M1KA 4H5NA 3I0RA 3Q7CA 4O44A 2RE2A 3VQQA 1TL1A 1TYQB 4UQGA 1EQYA 4DCHA 1ZBUA 3TTFA 4CEOA 4CBWA 4IDHA 4CGIA 4H5RA 1DTTA 1RBVA 2EX3A 3SBTA 1GLFO 4B9QA 3RMBA 3O9RA 2O8FB 4DSJA 3OA9A 1K6YA 2QKKA 1S22A 3C7NB 3CERA 3NF8A 4JEPA 1VQNN 4HUGA 5FDLA 1QE1A 1BIZA 3UB5A 3T19A 2Y1IA 4B3MK 4B3OA 1TK5A 4OVLA 3ZT2A 1JLFA 4DR7K 2E2QA 1IKWA 3RSEA 2V7ZA 3K5NA 4CJPA 3AVAA 3EO3A 3O9QA 2DY4A 3BF3A 5GAEP 3CC4N 4K43A 3VQEA 1C0GA 3I8BA 3QICA 3NGIA 5FPDA 3P4IA 2Q31A 4I9LA 4LF6K 2NLXA 3L4QA 4H5WA 3U3YA 5E26A 3AVKA 5I9EB 2OANA 2P9KA 1C0MA 4DFJA 2F8TA 4M63C 1TAUA 3OYGA 1LWEA 3B8AX 4BR9A 3L2UA 2A40A 4PA1A 1VQPN 3P39A 4CGHA 3OBWA 4JAXA 3IAYA 3MEGA 1D5AA 3MEEA 3O4NA 2FXUA 1M90O 1U45A 3D6RA 4B1ZA 2A6AA 4EP4A 4KRFA 2Q3SA 2G8WA 2RF2A 2P9LA 1GLAG 3VQ9A 4X62K 3C6TA 4DTRA 3QETA 1HX1A 4DTUA 5FRNA 4KI4A 4CBXA 4M3ZA 4PKIA 5K14A 1L3TA 1Q81O 5BPLA 5BN8A 3THYA 4DR4K 4L3QA 5DM7L 1UA0A 4N56A 5AQKA 2YHWA 3DOKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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