3ZX3A

Crystal structure and domain rotation of ntpdase1 cd39
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
406
structure length
399
Chain Sequence
NVKYGIVLDAGSSHTNLYIYKWPAEKENDTGVVQQLEECQVKGPGISKYAQKTDEIAAYLAECMKMSTERIPASKQHQTPVYLGATAGMRLLRMESKQSADEVLAAVSRSLKSYPFDFQGAKIITGQEEGAYGWITINYLLGRFKGSTFGALDLGGASTQITFVPLNSTLEAPETSLQFRLYGTDYTVYTHSFLCYGKDQALWQKLAQDIQVSSGGILKDPCFYPGYKKVVNVSELYGTPCTKRFEKKLPFNQFQVQGTGDYEQCHQSILKIFNNSHCPYSQCAFNGVFLPPLQGSFGAFSAFYFVMDFFKKMASSQEKMTEITKNFCSKPWEEVKASYPTVKEKYLSEYCFSGTYILSLLLQGYNFTGTSWDQIHFMGKIKDSNAGWTLGYMLNLTNM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
publication title Crystallographic Evidence for a Domain Motion in Rat Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolase (Ntpdase) 1.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
total genus 125
structure length 399
sequence length 406
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2011-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zx3A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3zx3A02
2E2QA 5BRHA 3TPQA 1SAZA 1YUWA 3CI5A 4FO0A 4CBWA 5AFUA 5AQOA 1SQKA 2ITMA 3A5LC 4B1XB 2CH5A 4MLEA 3GBTA 4MO4A 4K41A 4M7XA 5AQUA 3LDQA 3GG4A 4XEIA 4EFHA 1NGAA 1GLLO 4CZLA 1Z6RA 4H0XB 3VEYA 3C0BA 4FL9A 4BVOA 2ZGZA 4EHTA 1JCFA 1DKGD 4JAXA 1TUYA 1YXQA 1NGIA 3M3ZA 4FOEA 3UKRB 1QQNA 3LDOA 1V4SA 3UKRA 1NGEA 3VERA 4CD3A 1WOQA 1HKBA 3ZX2A 1LOTB 3EZWA 3HSCA 3FZMA 5BREA 3H6EA 4QS7A 4BC5A 3ZX3A 2QW9A 5AQSA 2CGLA 4CZEA 3FZKA 1KAZA 4RCHA 3SLCA 4FWLA 1S3XA 2YI1A 3WQUA 2YHYA 4JN4A 2I7NA 3DXKB 1KAYA 4NO7A 3KVGA 3DXKA 3L4IA 1MA9B 3CJAA 4I6MB 3SK3A 2A6AA 4I6MA 2D4WA 5AQLA 5BRDA 3I33A 3LDPA 3M1FA 5LJVA 4C23A 1BO5O 5BPMA 4FWRA 3U4LA 2E1ZA 2P9SB 4IJNA 5ADXH 2P9SA 2D0PA 4IO8A 4K42A 1WUAA 1BUPA 4FOIA 3BEXA 3WXJA 1QZ6A 3DWLA 3JS6A 3VF6A 3IFRA 1NBWA 4Y0WA 4BGBA 4WQ5A 4BRIA 1HPMA 2Q1NA 5AQZA 3UE5A 1GLFO 2Q2RA 5EXWA 4YDUC 1E4GT 4AM7A 2F9TA 5AFUH 2I7PA 4QS8A 5JLFA 4M7YA 3VEXA 3ZETB 1GLCG 3EO3A 3ZETA 4A2AA 3R6MA 2Q0UA 3GOIA 3WEEB 3H3NO 1NGFA 4MO5A 4A2BA 3WEEA 4BRPA 4RWTA 5CE3A 5B8HA 2GTDA 1HJOA 4CZJA 2GUPA 3DAWA 3VOVA 3RSEB 2VWBA 4H5WA 2P9UB 3RSEA 2YJFA 4BRCA 3H45C 2Q31A 1DEJA 2P9UA 4BREA 3BP8A 3EKUA 3VPZA 4NB4A 4PKGA 5AQYA 1NGGA 1J6ZA 2E20A 1NGBA 2H3GX 1ATNA 3TU5A 3ULEB 4QS9A 5BRFA 5BN9A 3ULEA 4CD1A 4H0YB 4CZGA 5BPNA 4CI6A 2CGJA 3H1VX 3I8BA 3CJ9A 2VYPA 1ZBSA 1Q18A 3FGUA 4FWMA 3SMPA 3W0LA 4WQ4C 4DQ8A 4WYBA 3VGMA 3MDQA 3OHRA 4O8KA 1T6DA 1GLBG 4PKHA 1ATSA 2KHOA 3CJBA 2YHXA 1QZ5A 2BTFA 3L0QA 1S22A 4B1UB 1IG8A 4IWVA 4FWOA 1D4XA 3P4IA 2QWNA 3G25A 3VESA 2IIRA 3MN5A 3LM2A 3FLCO 3A8YA 1G99A 3B8AX 5AQTA 4BRFA 2QXLA 3AAQA 3FZFA 3QDKA 4H03B 4BGAA 3BF3A 4EAHD 4JD2B 1KXPA 1BWFO 3ATVA 1T44A 4JD2A 1CZAN 1MDUB 4B1WB 2Q0RA 2P9IB 4ISFA 2ZWHA 2E2OA 2P9IA 4BC2A 1NMDA 2AP1A 3GDQA 5LJWA 5KPZA 2V7ZA 3A5OC 3QBWA 3IDHA 2QWMA 3LL3A 1RDWX 1V4TA 3O1WA 5F1XA 1ATRA 3FZHA 2NZTA 3ZX0A 5JMVA 4H0VB 4BR9A 1P8ZA 4L3QA 3VF2A 4JHDB 2PBDA 4JHDA 4H0TB 3O8MA 3C7NB 5EVZA 5AQKA 2YJEA 3C7NA 5E26A 1NGCA 4GY2B 4XH4A 1JCGA 5AQJA 3WXKA 4BRLA 3HI0A 3FFKB 3R8EA 3IUCA 5TKYA 4BQLA 3O80A 3VEWA 4A61A 1NWKA 1GLEG 3DJCA 3O1BA 4B1ZA 3CETA 3BF1A 3AY9A 5AQQA 4H5NA 4DCHA 4LC9B 5AZJB 1K8KB 2P9KB 3O4WA 5AZJA 1XC3A 2DPNA 3A0IX 1K8KA 2FLOA 2P9KA 2Q97A 2YCHA 2E1YA 4FWSA 3MCPA 5EOYA 3SJHA 3VENA 1SZ2A 5BN8A 3EN9A 4B1YB 4AM6A 4FWQA 4PL8A 4H5TA 2A3ZA 3IMXA 4BR4A 4BRDA 4H5RA 4BRMA 2PAVA 4GNIA 2FF3B 4DHYA 1E4FT 1X3NA 1GLAG 3CJ7A 2VCPA 3QBXA 3D7EO 2FF6A 1GLDG 3VF4A 3UKUB 4BRAA 3UB5A 4FWPA 2E2PA 3UKUA 5FPDA 4YDUA 4CZFA 3VETA 2QWRA 1LCUA 2EWSA 4IZ9A 4FPBA 2CH6A 3U8XA 3LDLA 1EQYA 2E8AA 2FSJA 2QWOA 5JICA 1XQSC 3D2EB 2HF4A 2IVPA 4BG9A 1HUXA 4RTFD 2HOEA 3D2EA 4A62A 4E1JA 4CZMA 4FSVA 4BRKA 5AQHA 1T6CA 3WXIA 5KPRA 1MWKA 2V52B 5LY3A 4CJ7A 1BA1A 2ASPA 5I9EB 2P9NB 2A5XA 3KHYA 2P9NA 3FZLA 1RGIA 5AQWA 3VEVA 2A42A 2GEMA 4KBOA 5KQDA 2HF3A 4K43A 3J8AA 3ENOA 4ISGA 1U6ZA 3O6WA 4H0PA 2F9WA 1HLUA 2ASOA 3CHWA 3KZBA 5BPLA 3MN9A 4H5VA 3FE1A 3WT0A 5FPNA 3ZEUB 4CZKA 5EY4A 2YHWA 3CJ1A 3O08A 3ZEUA 3ENHA 4JNEA 4BRNA 2W40A 2V51B 3A5MC 3A5NC 2W41A 2WUSA 4MLHA 3CIPA 3M6GA 3GE1A 2QWLA 5AQVA 3CQXA 3VGKA 4CZIA 4BR5A 3O5BA 2UYTA 5AQXA 4FPAA 3WQTA 4BR7A 1YVNA 1U2VB 3H1QA 5FPMA 1U2VA 4BRGA 1RFQA 4ISEA 1TYQB 4CBXA 5EX5A 1NGJA 1TYQA 2QWPA 2E88A 4XH5A 1ZC6A 3F9MA 3U9DA 4IXCA 1BOTO 3MMVA 2IVOA 4M63C 1X9JA 2J4RA 2V7YA 1H1VA 3VEZA 1C0FA 3MN7A 2P9PB 3AAPA 1NM1A 4IJAA 4BC3A 2P9PA 4F9OA 4PL7A 2OANA 4HTLA 2ASMA 1KAXA 3H3OB 1IJJA 2FSNA 3QFPA 2ZGYA 4O5FA 5AQMA 3LDNA 1TUUA 1Y64A 2P9LB 3QICA 4H0OA 1Z05A 5AQNA 1NGDA 4BRHA 2P9LA 4BQZA 2QWQA 1X3MA 3H46O 1YAGA 2HMPA 3CERA 5AQGA 3EL2A 3CQYA 1BA0A 1NGHA 5AQRA 3VGLA 5FPEA 4WQ5C 4BG8A 3EKSA 3ID8A 4BR2A 4BR0A 1DGKN 5AR0A 3WUHA 4BRQA 4EIAA 5E84A 2NRHA 1GLJO 3R9PA 5F2RA 2AA4A 2FXUA 3MK6A 4XH1A 4PKIA 1BU6O 1HX1A 2IVNA 4B1VA 3W3DA 4CZHA 3JXUA 1ZXOA 1XUPO 1BDGA 1QQMA 2A40A 3AARA 5KPTA 1QQOA 3QFUA 4DB3A 3GL1A 4FWNA 3QB0A 2D1KA 3WXLA 1ESVA 3HBTA 3MN6A 4FWKA 5AZIB 4BC4A 3U9ZA 3FR0A 4EHUA 2A41A 5AZIA 2FSKA 5AQPA 4J8FA 2ZF5O 3S41A 4CBUA 4BROA 5BR9A 3HZ6A 1C0GA 3QMLA 3LM9A 1BG3A 1OKJA 5KQ8A 1MWMA 5ADXA 3HM8A 1HKCA 3SMSA 1R59O 2E2NA 2NLXA 1JCEA 3HTVA 2Q36A 4K25A 1NLVA 1QHAA 1HKGA 3BUZB 3ATUA 2GELA 5F0XA 4HWIA 2QM1A 5ELZA 3L6QA 5AQFA 3DXMB 2GWKA 4Z94A 5JLHA 3CJCA 3DXMA 3VEOA 2D0OA 4B9QA 3D2FB 4WQ4A 2BUPA 2CGKA 3D2FA 2GWJA 5AQIA 4BVPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IKFA 1QVFM 3CI5A 5T7BA 5LMUK 4CBWA 4GKJK 3T19A 4DV5K 4DR3K 1KVAA 3SCXA 3KD5E 3QO9A 3SV4A 4N76A 1RCHA 4B1XB 4M42A 3AVJA 3T3FA 4CJLA 5AQUA 4KPYA 4G9ZA 4QCLA 3OYDA 2BDPA 3O3HA 3VEYA 3NH1A 3A2FA 1FK9A 3J7YP 3NGIA 4LSNA 4EHTA 4Y1DA 4DFMA 2E6LA 2BGGA 2NRTA 4ICLA 2HHWA 1OH8A 2UXCK 1V4SA 3VERA 1HNXK 1LOTB 4LF5K 4CZEA 1S6QA 1KAZA 1XMQK 4RCHA 5LMNK 3QEPA 1TKXA 1KAYA 4FZZA 4ILHA 2A6AA 3OYGA 3M5RA 2DFEA 1WSIA 2WOMA 1S1VA 4BY9C 3ALYA 1KSPA 2HHUA 3M1FA 3V9XA 1BO5O 2NUBA 5BPMA 4FWRA 3ITHA 2P9SB 4BDPA 4W5OA 3DRSA 4IO8A 4HCCA 3VQDA 3KK7A 3ZSYA 3KKRA 3CMAN 1BUPA 4FJ5A 4ZHRA 3BEXA 3WXJA 4CESA 4DWIA 1RNHA 3VF6A 3IFRA 1NBWA 4Y0WA 4BGBA 3MWTA 4CW7B 4BRIA 2OPRA 3OBWA 2Q1NA 3UE5A 2G8KA 4C8OA 2QTDA 3CMEN 4IOCL 1VSHA 3PX0A 2I7PA 4M7YA 1RDDA 1BGXT 1GLCG 4RW9A 4FK0A 4JKHA 4IBNA 1NGFA 2ATQA 4MO5A 4CGGA 4DSIA 3WEEA 4RWTA 4Y1CA 2GTDA 1S9EA 5JVHL 3RSEA 4JLHA 3CC4N 3BP8A 2YNHA 2E6MA 4N47A 1C0UA 4DF8A 2E20A 2HVHA 1NGBA 2FBYA 3I0RA 5BRFA 3NBPA 5BN9A 3ULEA 4CZGA 5BPNA 1WAJA 3DLBA 2CGJA 4JI1K 3QEXA 2DY4A 4WFBL 4DQ8A 1XMOK 3MDQA 4LF8K 4O8KA 3CD6N 3NVKA 1QZ5A 2BTFA 3ENBA 1DLOA 5FRNA 4FWOA 2X74A 3VA3A 5J2MA 3P4IA 3KLGA 3SQ2A 3LALA 3G25A 4NLBA 3ZLJA 3I8DA 3LM2A 4YORA 2KLAA 1G99A 4BDZA 3FZFA 2OZMA 1KXPA 4B1WB 4CEFA 4CJSA 1YTUA 2ZWHA 1RTJA 4FW1A 4BC2A 2V7ZA 3A5OC 3QBWA 1KVCA 3IDHA 2QWMA 1HYVA 1V4TA 1W9HA 1ATRA 3FZHA 5JMVA 4BR9A 4JRQA 2HW3A 4JHDA 1ILYA 4RW8A 4GV3A 3AVGA 3U3YA 5AQKA 3C7NA 3VQ7A 4XH4A 4KAZA 1JCGA 3WXKA 2BH1A 4BRLA 4RW7A 3AA2A 2D0CA 3VQAA 3IUCA 4G1QA 4O44A 1JKHA 1VQ9N 3CETA 2W42A 1K6YA 3BF1A 4DTNA 3OYHA 1B9DA 3MXIA 4JI2K 2OCEA 1RT1A 2ZJQL 2E1YA 4FWSA 5HP1A 2HB5A 3KLFA 5C12A 4FLYA 1NJZA 3PV8A 5K14A 4CK1A 1KFDA 3EN9A 5HRSA 3HL8A 3O4NA 3ZSVA 2O8BB 1IKYA 1WBDA 1VQLN 1YJ9N 3QETA 3CJ7A 2VCPA 2VG7A 3D7EO 3EY1A 1GLDG 4B08A 3UKUB 5C25A 3OTOK 3DLLL 2O8FB 3SBTA 2EWSA 3SPYA 3F9KA 4NCAA 4YNQA 2CH6A 3C6AA 3CYMA 3U8XA 4FVMA 5HLFA 3LDSA 3PLAA 2FSJA 3HSTB 3KK1A 1CXUA 1IKXA 1NKBA 4DQIA 4OGCA 5D3GA 4A62A 3ZCMA 4CZMA 4E7HA 2O4IA 1D5AA 3WXIA 1RTIA 5KPRA 2XY5A 1IKWA 1TK8A 3AVKA 1N8RO 1W2BM 4FLVA 5M1NA 3PIPL 2O8CA 2GEMA 5SWMA 4B8CA 4KTZA 1RDAA 2AJQA 3CPEA 2G8HA 3NAEA 2ASOA 3EE8A 4AHUA 1ZYQA 3P1GA 2PZSA 3VQ9A 3CJ1A 3ZEUA 3ENHA 3T69A 3ISNC 2KZZA 2V51B 3RRHA 3OS2A 1J53A 3AGRA 2QWLA 5AQVA 3LZJA 3THXA 4F8RA 4I9QA 2YNGA 4CZIA 3T1HK 1ZBFA 2UYTA 5AQXA 1S6PA 3WQTA 4DR4K 5FPMA 1U2VA 1G15A 3KK3A 1HR0K 4JKCA 4LF9K 4NYNA 1KFSA 2FBVA 4XIUA 5KTQA 1TYQB 5EX5A 1WSJA 1NGJA 5IWAK 3ZYYX 4KHQA 2E88A 4XH5A 5JS2A 2F4VK 1XHZA 4FLWA 2YX6A 4GW6A 3P5JA 4GV6A 3PO5A 2IVOA 1X9JA 3K9KA 2J4RA 1NK0A 4B3MK 2VGNA 3AAPA 1TKZA 3LAKA 1VQ5N 3DLHA 1QTMA 4C8LA 4HTLA 2A1RA 4LD0A 3NE6A 1J54A 4O5FA 3WNFA 4FM0A 4KHWA 1IKVA 2P9LB 1CXQA 3QICA 4OKKA 1NGDA 4DV1K 1X9WA 1J5OA 4BQZA 4FJ7A 4B9VA 1YAGA 4FJXA 2HMPA 2DFHA 1VAZA 3CC7N 1BA0A 2YKNA 2OTJN 2P1JA 1QHTA 1QSYA 5C2FA 3WUHA 3RR7A 4F4KA 1HNIA 1EWQA 4IEIA 1FXXA 3V81A 3M8QA 1Q86O 3I0SA 3L2VA 2FBXA 2AA4A 2NRZA 3AGKA 3C94A 4PKIA 3VTIA 1NK9A 3OYNA 1SV5A 3JXUA 1ZXOA 3KWIA 1QQMA 2A40A 3AARA 5KPTA 3QFUA 3QB0A 4GKKK 4DR5K 2Z1HA 1BCOA 4NCGA 3HBTA 3MN6A 4ZTFA 3FR0A 1JXBA 2FC0A 4CHNA 2A41A 5AZIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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